ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PADA IKAN LAUT DALAM SPESIES IKAN GINDARA

(Lepidocibium flnvobronneum)

Oleh :

Ahrnad Sudarsono

C34103019

PROGRAM STUD1 TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2008

AHMAD' SUDARSONO. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri pada Ikan Laut Dalam Spesies lkan Gindara (Lepidocibium flavobronneum). Dibimbing oleh KOMARIAH TAMPUBOLON dan WINARTI ZAHIRUDDIN.

Ikan gindara (Lepidocibium jlavobronneum) merupakan salah satu spesies ikan laut dalam yang banyak digemari oleh masyarakat, selain rasanya yang gurih juga memiliki khasiat untuk dijadikan obat demam berdarah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis bakteri yang diduga hidup pada ikan laut dalam spesies ikan gindara berdasarkan sifat morfologi dan fisiologinya.

Metode penelitiannya adalah uji kesegaran ikan secara organoleptik dengan scoring test 1-9 serta isolasi dan karakterisasi bakteri. Prosedur pada tahap pembiakan bakteri adalah: (1) Persiapan media, (2) Persiapan sampel, (3) Pengenceran, dan (4) Penuangan ke dalam cawan. Selanjutnya dilakukan isolasi dan karakterisasi bakteri berdasarkan sifat morfologi dan fisiologi. Koloni bakteri terpilih diberi kode Al, A2, A3, A4, A5, A6, dan A7.

Hasil analisis bahan menggunakan uji kesegaran ikan secara organoleptik didapatkan nilai rata-rata semua parameter (mata, insang, bau, dan konsistensi) adalah 5,75 yang berarti kondisi ikan agak segar. Bakteri genus Psetldomonas memiliki sifat Gram negatif, sel berbentuk batang, aerobik, dapat menggunakan nitrat sebagai electron aseptor, dapat hidup pada pH 4,5, uji katalase positif, oksidase positif, motil, dan chemoorganotrof. Isolat koloni bakteri A1 berbentuk batang dengan sifat Gram negatif, tidak berspora, oksidatif, dan motil. Hal ini menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri A1 sudah mendekati genus Pseudornonas tetapi masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian ini, yaitu pengamatan flagela, uji nitrat, chemoorganotrof, dan pertumbuhan pada NaCl 10 %. Bakteri genus Bacillus memiliki sifat Gram positif, motil, memiliki endospora, aerobic atau anaerob fakultatif, chernoorganotrof, fermentatif, dan katalase positif. Isolat koloni bakteri A2, A3, A4, dan A5 berbentuk batang dengan sifat Gram positif, oksidatif, dan katalase positif. Hal ini menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri A2, A3, A4, dan A5 sudah mendekati genus Bacillzrs tetapi masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian ini, yaitu uji fermentatif dan chemoorganotrof. Bakteri genus Staphylococcus bersifat Gram positif, tidak motil, tidak berspora, koloni krem atau putih, anaerob fakultatif, chernoorganotrof, fermentatif, katalase positif, oksidase negatif, dan mereduksi nitrat. Bakteri genus Micrococcus bersifat Gram positif, motil, tidak berspora, chemoorganotrof, katalase positif, dan oksidase positif. Isolat koloni bakteri A6 dan A7 berbentuk bulat dengan sifat Gram positif, oksidase negatif, katalase positif, tidak motil, dan tidak berspora. Hal ini menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri A6 dan A7 paling mendekati genus Staphylococcus tetapi masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian ini, yaitu uji fermentatif, chemoorganotrof, dan uji nitrat. Untuk dapat menyimpulkan dugaan bakteri dengan pasti dari isolat koloni bakteri Al, A2, A3, A4, A5, A6, dan A7 perlu dilakukan pengujian lanjutan.

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PADA IKAN LAUT DALAM SPESIES IKAN GJNDARA

(Lepidocibiumflavobronneum)

Oleh :

Ahmad Sudarsono

C34103019

Skripsi

Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Institut Pertanian Bogor

PROGRAM STUD1 TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2008

PERNYATAAN MENGENAI SKRTPSI DAN SUMBER INFORMAS1

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi dengan judul :

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PADA IKAN LAUT DALAM SPESIES IKAN GINDARA (Lepidocibiurnflavobronneum)

adalah karya saya sendiri dan belum pemah diajukan dalam bentuk apapun kepada Perguruan Tinggi manapun. Adapun sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Bogor, September 2008

' Ahmad Sudarsono C34103019

LEMBAR PENGESAHAN

Judul Penelitian : ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PADA IKAh' LAUT DALAM SPESIES IKAN GINDARA (Lepidocibiumflavobronneum)

Nama : Ahmad Sudarsono

NIM : C34103019

Menyetujui,

Pembimbimg I Pembimbing I1

Ir. Komariah Tam~ubolon. MS NIP. 130 355 555

Ir. Winarti Zahimddin. MS NIP. 130 422 706

tas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Penulis yang bemama lengkap Ahrnad Sudarsono.

Penulis dilahirkan di Pandeglang pada tanggal 13 April

1984 mempakan anak terakhir dari lima bersaudara dari

pasangan Bapak Sajum dan Ibu Nurinten serta adik dari

kang Cakra, Rasto, Cahyono, dan Kartono. Pertama kali

penulis mengenyam pendidikan di SDN Karyamukti 111,

Sidamukti-Pandeglang pada tahun 1991-1997. Tahun 1997-2000, penulis

melanjutkan pendidikan di SLTPN 1 Panimbang-Pandeglang dan dilanjutkan ke

SMUN 1 Cipocok Jaya Serang dari tahun 2000-2003.

Pada tahun yang sama, penulis diterima di Institut Pertanian Bogor melalui

jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI). Penulis memilih pada

Departemen Teknologi Hasil Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,

Institut Pertanian Bogor.

Selama masa pendidikan di IPB, penulis pernah aktif di berbagai organisasi

kemahasiswaan baik intra maupun ekstra kampus (KAMMI, LDF FKMC, BEM,

dan DPM). Jabatan tertinggi di organisasi kemahasiswaan adalah sebagai ketua

Dewan Perwakilan Mahasiswa Keluarga Mahasiswa (DPM KM) IPB. Selain aktif

di organisasi penulis juga sering inengikuti ajang perlombaan ilmiah baik tingkat

IPB maupun nasional (PKM, LKTM, PPKM, loinba Essay, Abstrak, dan Techno

Entreuprenership), serta asisten mata kuliah Pendidikan Agama Islam pada tahun

2005-2007.

Dalam menyelesaikan tugas akhir, penulis melakukan penelitian dan

menyusun skripsi dengan judul Isolasi dan Ihrakterisasi Bakteri pada Ikan

Laut Dalam Spesies Ikan Gindara (Lepidocibiumflavobronneum) dibimbing

oleh Ir. Hj. Komariah Tampubolon, MS dan Ir. Winarti Zahiruddin, MS.

KATA PENGANTAR

Segala puji bagi Allah SWT Robb pencipta alam semesta, sehingga

penyusunan skripsi ini dapat diselesaikan. Shalawat dan salam tercurahkan kepada

teladan bagi manusia Rasulullah SAW pembawa risalah kebenaran untuk

mencapai kenikmatan kekal di akhirat.

Skripsi penelitian ini merupakan hasil penelitian yang dilakukan oleh

penulis sebagai syarat untuk mendapatkan gelar sarjana perikanan. Judul yang

diambil adalah Isolasi dan Karakterisasi Bakteri pada Ikan Laut Dalam Spesies

Ikan Gindara (Lepidocibiumflavobronneum).

Penulis ucapkan terima kasih kepada Ibu Ir. Hj. Komariah Tampubolon, MS

selaku dosen pembimbing 1 dan Ir. Winarti Zahiruddin, MS selaku dosen

pembimbing 2 yang telah memberikan masukan dan saran selama

penulis melakukan penelitian maupun dalam penyusunan skripsi, bapak

Sugeng Heri Suseno, S.Pi, M.Si yang telah memberikan bimbingan secara

spiritual maupun materil sehingga penulis dapat menjalankan dan menyelesaikan

penelitian sampai tersusunnya skripsi.

Akhir kata, semoga skripsi hasil penelitian ini dapat berguna sebagaimana

mestinya.

Bogor, September 2008

Ahmad Sudarsono

C34103019

UCAPAN TERIMA KASIH

Bismillakirrolzmanirrolzim

Assalamu'alaikum Wr. Wb.

Segala puji dan syukur kepada Allah SWT atas segala rahmat dan karunia-

Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan judul Isolasi dan

Karakterisasi Bakteri pada Ikan Laut Dalam Spesies Ikan Gindara

(Lepidocibiuttzflavobrotztzeum).

Pada kesempatan kali ini penulis mengucapkan terima kasih kepada:

1. Ibu Ir. Hj. Komariah Tampubolon, MS dan Ir. Winarti Zahiruddin, MS selaku

dosen pembimbing skripsi yang telah memberikan saran, arahan, dan masukan

selama penelitian dan penyusunan skripsi kepada penulis.

2. Ibu Dr. Ir. Linawati Hardjito, MSi selaku Ketua Departemen Teknologi Hasil

Perairan sekaligus dosen pembimbing akademik yang telah memberikan

inspirasi dan saran yang sangat berarti.

3. Ibu Dr. Tati Nurhayati, S.Pi, MSi dan bapak Dr. Ir. Agoes M. Jacoeb, MS

selaku dosen penguji yang telah memberikan saran kepada penulis dalam

penyelesaian penulisan skripsi.

4. Bapak Sugeng Heri Suseno, S.Pi, MSi yang telah memberikan bimbingan baik

akademis maupun spiritual dan telah banyak membantu penulis selama

menjalankan pendidikan di IPB baik moril maupun materil termasuk dalam

pembiayaan penelitian penulis.

5. Ibu Dr. Puspita Lisdiyanti, Ibu Rohmatussolihat, dan Ibu Ema yang telah

membantu dan memberikan arahan selama penelitian.

6. Bapak Dr. Rimbawan dan Bambang Riyanto, S.Pi, MSi yang telah

membimbing penulis selama aktif di organisasi kemahasiswaan KM IPB.

7. Keluargaku tersayang: kedua orang tua, bibiluwa, sepupu, kakak-kakakku

Kang Darjo, Kang Cakra, Kanganto, Kangono, dan akh kartono; kakak-kakak

iparku Teh Nur, Teh Ilah, Teh Ita, dan Teh Yeni atas kasih sayang, doa,

dukungan, semangat, pengertian, nasehat dan kebahagiaan, serta keponakan-

keponakanku yang cantik, ganteng, lucu, imut, dan menggemaskan atas

keceriaan, kebahagiaan dan semangat yang selalu diberikan.

8. Murobbi dan saudara-saudara di lingkaran kecilku yang telah memberikan

kekuatan dan pencerahan dalam menapakai jalan ini.

9. Manajemen Yayasan Karya Salemba 4 (YKS 4) dan DIKTI dengan beasiswa

PPE (Peningkatan Prestasi Ekstrakurikuler) atas bantuan biaya pendidikan

penulis hingga terselesaikannya kuliah di IPB.

10. Ikhwah fillah Aktivis Dakwah Kampus IPB yang sangat luar biasa semangat

perjuangannya khususnya ADK FPIK 40 (Iqbal, Adit, Asep, Budi, Dadan,

Kiki, Akbar, Rahmat, Aris, NP, Herman, Hilman, Kastana, Ika, Eni, Ina,

Baiduri, Cita, dan Nola), jazzakumullah khairan katsiran. Semoga kita semua

tetap Istiqomah dan tetap merajut ukhuwah dalam dakwah ini, amin.

11. Rekan-rekan perjuangan di DPMJMPM KM IPB 2003-2004 dan 2006-2007;

DPM FPIK 2004-2005; BEM FPIK 2005-2006 khususnya Departemen

Perikanan dan Politik (DKPPol) yang telah memberikan keceriaan, dukungan,

semangat dan menjadi tempat bertukar pikiran selama penulis beraktifitas di

kelembagaan mahasiswa.

12. Teman-teman THP 40 yang tidak mungkin disebutkan satu persatu atas

kerjasama, kebersamaan dan pengalaman yang berharga selama ini.

13. Teman-teman THP 41,42, dan 43 atas kebersamaan dan semangatnya.

14. Teman-temanku di Al-Kahfi, ICC, dan Madinah atas motivasi, persaudaraan,

kasih saying, dan perjuangannya. Semoga kita semua akan selalu bersama

hingga bertetangga dengan Rasulullah di Jannatullah, amin.

15. Semua pihak yang telah membantu selama penelitian dan penulisan skripsi.

Akhir kata, semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi penulis maupun semua

pihak yang membutuhkannya.

Wassalamu'alaikum Wr. Wb.

Bogor, September 2008

Ahmad Sudarsono C34103019

DAFTAR IS1

Halaman

DAFTAR TABEL ................................................................................................ x

DAFTAR GAMBAR ........................................................................................... xi

DAFTAR LAMPIRAN ....................................................................................... xii

DAFTAR SINGKATAN ................................................................................. xiii

1 . PENDAKULUAN

1.1. Latar Belakang .................................................................................. 1

.................................................................................. 1.2. Tujuan Penelitian 3

2 . TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Pembagian Zonasi Laut Dalam .......................................................... 4

...................................................................... 2.2. Karakteristik Laut Dalam 5

2.3. Ikan Gindara (Lepidocibiumplavobrunneum) .................................. 7

2.4. Bakteri .............................................................................................. 8

2.5. Kultivasi Bakteri ................................................................................ 10

.................................................................... 2.6. Faktor Pertumbuhan Bakteri 11

.................................................................... 2.7. Pola Pertumbuhan Bakteri 12

2.8. Isolasi dan Identifikasi Bakteri

3 . h4ETODOLOGI

3.1 . Waktu dan Tempat ................................................................................ 19

3.2. Alat dan Bahan ................................................................................ 19

3.3. Metode ............................................................................................ 19

3.3.1. Uji kesegaran ikan .................................................................... 20 3.3.2. Isolasi dan karakterisasi bakteri ............................................ 21

(1) Tahap pembiakan bakteri ........................................................ 21 (2) Tahap isolasi dan karakterisasi bakteri ................................ 23

3.3.3. Prosedur kerja ................................................................................ 23 (1) Organoleptik .................................................................... 23 (2) Pengujian terhadap isolat bakteri ............................................ 24

4 . HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Analisis Bahan ................................................................................ 28

viii

4.2. Isolasi Bakteri ............................................................................................ 29

................................................................................ 4.3. Karakterisasi Bakteri 31

(1) Sifat morfologi ............................................................................... 31 ................................................................................ (2) Sifat fisiologi 33 ................................................................................ 4.4. Pendugaan Bakteri 47

5 . KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan ............................................................................................ 49

........................................................................................................ 5.2 Saran 50

6 . DAFTAR PUSTAKA .............................................................................. 51

LAMPIRAN ........................................................................................................ 54

DAFTAR TABEL

Nomor Halaman

1 . Zona-zona fauna laut dalam .............................................................................. 5

2 . Karakteristik lingkungan laut (daerah beriklim subtropis dan tropika) ............ 6

.................................... 3 . Komposisi bahan pembuat media nutrient agar (NA) 21

4 . Reaksi-reaksi yang terjadi pada uji media TSI ............................................ 26

5 . Hasil uji organoleptik ikan gindara .................................................................... 28

6 . Morfologi koloni bakteri yang terpilih untuk diisolasi ................................ 30

7 . Hasil pengamatan morfologi sel bakteri ........................................................ 32

8 . Hasil karakterisasi fisiologi dan biokimia bakteri ............................................ 34

DAFTAR GAMBAR

Nomor Halaman

1 . Klasifikasi lingkungan laut ...................................................................... 4

2 . Ikan gindara (Lepidocibium plavobrunneum) .............................................. 7

3 . Berbagai bentuk bakteri .................................................................................. 9

4 . Fase pertumbuhan bakteri .................................................................... 13

5 . Hasil uji hidrolisis pati .................................................... 35

6 . Hasil uji hidrolisis lemak .................................................................... 36

7 . Hasil uji hidrolisis protein .................................................................... 37

8 . Hasil uji fermentasi karbohidrat ..................................................................... 39

9 . Hasil uji fermentasi gula (TSIA) dan H2S ...................................................... 41

10 . Hasil uji merah metil ................................................................................ 42

11 . Hasil uji sitrat ............................................................................................ 43 . . . 12 . Has11 UJI urease ............................................................................................ 44

DAFTAR LAMPIRAN

Nomor Halaman

1 . Komposisi media yang digunakan ........................................................ 54 . . . .

2 . Pen~lalan UJI organoleptik ................................................................................ 56

3 . Bentuk pertumbuhan koloni .................................................................... 58

4 . Rekapitulasi hasil uji organoleptik ikan gindara ................................. 59

5 . Koloni bakteri yang diisolasi .................................................................... 60

6 . Kunci identifikasi bakteri Gram positif (Cowan dan Steel's 1993) ........ 61

7 . Skema identifikasi jenis bakteri menurut Shewan et a1 . (1970) .................... 62

8 . Hasil uji morfologi dan fisiologi bakteri ........................................................ 63

DAFTAR SINGKATAN

Nomor Halaman

1 . MR-V Broth (methyl red v broth) .................................................................... 19

2 . TSI (triple sugar iron) ................................................................................ 19

3 . N A (nutrien agar) ............................................................................................ 19

4 . S A (starch agar) ............................................................................................ 19

5 . SMA (skim milk agar) ................................................................................ 19

6 . SNI (Standar Nasional Indonesia) .................................................................... 28

1. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Habitat terluas di bumi yang tidak didiami oleh organisme hidup ialah

bagian samudera yang jauh dari perrnukaan, termasuk dasarnya yang diliputi

suasana gelap dan dingin sepanjang masa. Luas perairan-perairan bahari dangkal

yang berbatasan dengan benua dan pulau hanya 10 % dari luas semua samudera,

sedaugkan bagian atasnya yang dapat diterangi sinar matahari merupakan bagian

yang lebih kecil lagi dari seluruh volume samudera yang dapat dihuni berbagai

organisme. Permukaan bumi yang sebanyak 70 % tertutup air, sekitar 85 % dari

luasnya dan 90 % dari volumenya merupakan suatu wilayah yang gelap dan

dingin, yang dinamakan laut dalam (Nybakken 1988). Walaupun habitat yang

dinamakan laut dalam ini merupakan habitat terbesar di bumi, tetapi segi

biologisnya paling sedikit diketahui dan diteliti, khususnya potensi ikan yang

hidup di dalamnya.

Pemanfaatan sumber daya ikan laut dalam oleh perusahaan industri

perikanan di negara-negara maju sudah sejak lama dilakukan. Untuk kawasan

Asia Pasifik, pemanfaatan sumber daya ikan laut dalam belum dilakukan secara

intensif. Di Indonesia, perhatian terhadap komoditas perikanan ini belum begitu

besar sehingga belum dibuat usaha secara komersial. Hasil pengkajian yang telah

dilakukan terhadap sumberdaya ikan Indonesia, menunjukkan bahwa jumlah

potensi lestari adalah sebesar 6,409 juta ton ikdtahun, dengan tingkat eksploitasi

mencapai angka 4,069 juta ton ikdtahun (63,49%). Pemanfaatan tersebut tidak

merata untuk setiap wilayah pengelolaan perikanan, bahkan di beberapa wilayah

pengelolaan telah terjadi overfishing seperti di Perairan Selat Malaka (176,29 %),

Laut Jawa dan Selat Sunda (171,72 %) serta Laut Banda (102,74 %)

PRKP 2001). Oleh karena itu, perlu adanya pemanfaatan ikan laut dalam secara

optimal sebagai alte~natiffishing ground baru.

Ikan gindara (Lepidocibium Jlavobronneum) merupakan salah satu spesies

ikan laut dalam yang banyak digemari oleh masyarakat, selain rasanya yang gurih

juga memiliki khasiat untuk dijadikan obat demam berdarah (Prayitno 2007). Di

Pelabuhan Ratu, ikan gindara (Lepidocibium Javobronneum) diperoleh dari hasil

tangkap pada kedalaman laut 150-250 meter dan ditangkap dengan menggunakan

pancing rawai tuna (long line). Dalam keadaan dioperasikan jangkauan

kedalaman mata pancing pada pancing rawai tuna dapat mencapai 100-350 m

(Subani dan Barus 1989). Dengan demikian ikan gindara termasuk spesies ikan

laut dalam.

Organisme laut dalam khususnya ikan memiliki struktur komunitas unik,

dengan kemampuan adaptasi tinggi terhadap tekanan, suhu, cabaya, dan surnber

makanan. Dalam mempertabankan hidupnya organisme laut dalam memanfaatkan

proses kemosintesis oleh bakteri. Kemosintesis adalab suatu proses dimana

organisme tertentu menggunakan energi yang disimpan dalam ikatan hidrogen

sulfida (H2S) untuk berkombinasi dengan karbondioksida, oksigen, dan proton

untuk menghasilkan karbohidrat. Bakteri yang melaksanakan fungsi ini disebut

chemotrophs dan merupakan produsen utama dalam ekosistem laut dalam.

Berbagai macam konsumen tergantung baik secara langsung maupun tidak

langsung pada chemotrophs ini (DKP 2004). Selain itu, ditemukan juga bakteri

laut dalam yang dapat meningkatkan kekebalan tubuh karena menyimpan

senyawa organik yang dapat menggantikan hngsi insulin (Motik et al. 2005)

Potensi bakteri laut dalam sebagai produsen utama pada ekosistem laut

dalam karena dapat menyimpan senyawa organik untuk dimanfaatkan dalam

peningkatan kekebalan tubuh. Hal ini diduga memiliki hubungan dengan

pemanfaatan ikan laut gindara sebagai obat demam berdarah karena dapat

meningkatkan kekebalan tubuh, sementara ikan gindara merupakan ikan laut

dalam yang beiperan sebagai konsumen pada ekosistem laut dalam. Oleh karena

itu, perlu dilakukan pendugaan jenis-jenis bakteri yang terdapat pada ikan gindara

yang secara langsung maupun tidak langsung akan berperan dalam pembentukan

senyawa-senyawa pada ikan tersebut. Penelitian ini diawali dengan melakukan

isolasi dan karakterisasi dari bakteri yang hidup pada ikan tersebut. Penelitian ini

diharapkan dapat memberikan informasi awal mengenai karakteristik bakteri yang

terdapat pada ikan gindara berdasarkan sifat-sifat morfologi dan fisiologinya.

1.2. Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis bakteri yang diduga hidup

pada ikan laut dalam spesies ikan gindara (Lepidocibium plavobrunneum) dengan

melihat sifat morfologi dan fisiologinya.

Tabel 1. Zona-zona fauna laut dalam

Cahaya

I I I I I I Sumber : Hedgpeth, 1957 diacu dalam Nybakken, 1988 Catatan : (?) = Berubah-ubah'

Eufotik (Dapat

ditembus cahaya) Redup

sampai tidak ada cahaya

(disfotik dan Afotik)

2.2. Karakteristik Laut Dalam

Laut dalam gelap gulita kecuali di bagian atas zona mesopelagik dimana

Kisaran Kedalarnan

Zona Pelagis

Epipelagis atau eufotik

Mesopelagis Batipelgis (?) Abisal pelagis (?) Hadal pelagis

pada kondisi tertentu masih ada sedikit cahaya matahari. Tidak adanya cahaya

mengakibatkan hewan laut dalam harus memiliki indera-indera khusus untuk

Kisaran Kedalaman

(m) 0-200

200-1000 1000-4000 4000-6000 6000-10000

mendeteksi makanan dan lawan jenis bagi keperluan reproduksi, serta untuk

Zona Bentik

mempertahankan bermacam asosiasi intra maupun interspesies. Bertambahnya

Paparan benua atau sublitoral

Batial

Abisal

Hadal

kedalaman tiap-tiap 10 km akan mengakibatkan meningkatnya tekanan hidrostatik

(m) 0-200

200-4000

4000-6000

6000-10000

sebesar 1 atmosfer, sebagian besar laut dalam bertekanan hidrostatik antara

100-600 atm. Tekanan sangat mempengaruhi morfologi sel, termasuk kemampuan

membentuk kumparan mitotik dan melangsungkan mitosis. Tekanan juga sangat

berpengaruh terhadap proses-proses fisiologis dan biokimia misalnya fisiologik

otot tertentu (Nybakken 1992). Gambaran karakteristik dari berbagai lingkungan

laut disajikan pada Tabel 2.

Tabel 2. Karakteristik lingkungan laut (daerah beriklim subtropis dan tropika)

(0-100 atau (100 atau 200 lebih dalam dangkal 200 m)

Karakteristik sampai dasar) dasar)

cahaya

produktivitas primer

Persediaan makanan

Biasanya sekitar 28°C sampai 1O0C, kadang-kadang mendekati O°C di musim

sekitar

Biasanya sekitar 7-3,5%0

Kandungan oksigen

sepanjang dasar)

Zona twilight Secara esensial Ada bagian Secara esensial tidak ada cahava vanz daoat tidak ada cahava

Sedikit atau tidak ada produktivitas primer, organisme migrasi ke atas untuk makanan atau menunggu makanan iatuh

Sedikit atau tidak ada produktivitas primer, organisme migrasi ke atas untuk makanan atau menunggu

cahaya Terjadi produktivitas primer

I makanan jatuh I

dari atas Tidak ada oroduktivitas

Biasanya sekitar 15-5OC

biasanya turun sampai I0C atau kurang di bawah 4000 m

primer kecuali kemosintesis; oganisme menunggu makanan iatuh

sampai sekitar 1O0C

dari atasnya Biasanya antara 15'C dan -Z°C:

Biasanya antara 5°C dan -2'C:

biasanya turun sampai I0C atau kurang di bawah 4000 m

Biasanya sekitar 30°C

tengah dari sekitar 34,529~0 dan 30%0 34.52%0 d; bawah lintang tinggi di bawah 4000 m dengan runoff 4000 m memiliki salinas I air tawar 1 35-3.2.jPba:air

lebih kecil

Biasnnja sekitar 35-3?.jQbo. dnn

Biasanya sekitar 5-4%0, dengan nilai lebih kecil dari 1 pada oksigen minimum

Biasanya sekitar 6-596'00 sekitar 7- 6-4%0, dengan

beberapa kondisi anoksik

anoksik dan di basin

90 n&m3 di sedimen bentik dalam, tapi tinggi di bawah daerah

I / terisolasi

Suhu di laut dalam tidak berubah-ubah dalam waktu yang panjang dan tidak

didapatkan perubahan suhu musiman atau tahunan sehingga suhunya konstan.

Kadar oksigen yang terdapat dalam massa air laut dalam masuk ketika massa air

Kandunean 1 Biasanva I Biasanva sekitar I Biasanva sekitar I Biasanva I Biasanva rendah

karbon organik untuk

lingkungan bentik)

Surnber : Pipkin et al. (1987) diacu dalam Nybakken (1992)

dangkal upwelling upwelling

ini masih merupakan suatu massa air permukaan. Kadar oksigen minimum

terletak pada zona antara kedalaman 500 dan 1000 m, di bawah maupun di atas

zona ini kadar oksigen lebih tinggi. Hal ini karena dikedalaman antara 500 dan

1000 m, kepadatan organisme tinggi (Nybakken 1992).

2.3. Ikan Gindara (Lepidocibiumplnvobrun~zeuinj

Ikan gindara (Lepidocibium plavobrunneumj merupakan salah satu spesies

ikan laut dalam yang termasuk jenis pelagis besar bermata besar, benvarna kulit

hitam, dagingnya berwama putih, sangat lunak, dan kaya serat. Daerah

persebaran ikan ini adalah Pantai Selatan Jawa ( D m 2006). Di Pelabuhan Ratu

ikan gindara merupakan hasil tangkapan pada kedalaman laut 150-250 meter dan

ditangkap menggunakan pancing rawai tuna sehingga dapat dimasukan ke dalam

kategori ikan laut dalam. Ikan ini berprotein tinggi, kaya lemak serta

mengandung zat-zat yang bermanfaat menambah kekebalan tubuh. Di Inggris

ikan ini dikenal sebagai oil fish karena memiliki kandungan lemak yang sangat

tinggi. Ikan gindara memiliki protein tinggi sebesar 23-24 gram protein pada

setiap 100 gram dagingnya (Yartati 2007).

Ikan gindara memiliki kemiripan bentuknya dengan blackgem jshlsnake

mackerel. Ikan gindara berwama lebih hitam dibandingkan dengan troutlcod.

Nelayan Jawa Barat sering mendapatkan ikan gindara. Harga ikan gindara yang

masih utuh di pasar Palmerah sebesar 25.000lkg. Ikan ini dapat dijadikan obat

dengan pengolahan secara tradisonal, yaitu dimasak kuah kuning @indang

kuning) lebih berkhasiat daripada digoreng (Prayitno 2007). Bentuk ikan

gindara dapat dilihat pada Gambar 2

Gambar 2. Ikan gindara (Lepidocibium plavobrunneumj

2.4. Bakteri

Bakteri adalah sel prokariot yang khas, bersifat uniseluler dan tidak

mengandung struktur yang terbatasi membran di dalam sitoplasmanya. Sel

bakteri ada yang berbentuk bola, batang atau spiral. Umumnya bakteri memiliki

diameter antara 0,s-2,5 pm (Pelczar dan Chan 1986). Bakteri adalah yang paling

berkelimpahan dari semua organisme. Bakteri tersebar (berada di mana-mana) di

tanah, air, dan sebagai simbiosis dari organisme lain. Banyak patogen merupakan

bakteri. Kebanyakan bakteri berukuran kecil, biasanya hanya berukuran

0,5-5 pm, meski ada jenis yang dapat mencapai diameter 0,3 mm contohnya

adalah genus Thiomargarita. Umumnya bakteri memiliki dinding sel, seperti sel

hewan dan jamur, tetapi dengan komposisi yang sangat berbeda. Banyak bakteri

yang bergerak menggunakanjagela, yang berbeda dalam struktumya dari flagela

kelompok lain (Pelczar dan Chan 1986).

Berdasarkan perbedaan komposisi dan dinding sel, bakteri dibedakan

menjadi bakteri gram positif dan gram negatif. Bakteri gram positif mempunyai

struktur dinding sel yang tebal (15-80 pm) dan berlapis tunggal, dengan

komposisi dinding sel terdiri dari lipid, peptidoglikan, dan asam tekoat.

Kandungan lipid pada bakteri gram positif relatif rendah (1-4 %), peptidoglikan

sebagai lapisan tunggal memiliki jumlah lebih dari 50 % berat kering sel bakteri.

Bakteri gram positif rentan terhadap penisilin, namun lebih resisten gangguan

fisik. Persyaratan nutriennya relatif lebih rumit pada banyak spesies (Pelczar dan

Chan 1986).

Pada bakteri gram negatif, struktur dinding sel berlapis tiga dengan

ketebalan yang tipis (10-15 nm). Komposisi dinding sel terdiri dari lipid dan

peptidoglikan yang berada di dalam lapisan kaku sebelah dalam dengan jumlah

sekitar 10 % dari berat kering. Kandungan lipid pada bakteri gram negatif cukup

tinggi, yaitu 11-22 %. Bakteri gram negatif ini umumnya kurang rentan terhadap

penisilin dan kurang rentan terhadap gangguan fisik. Persyaratan nutrien bakteri

gram negatif relatif lebih sederhana dari bakteri gram positif (Pelczar dan Chan

1986).

Gambar 3. Berbagai bentuk bakteri (honimous 2008)

Bentuk tubuNmorfologi bakteri dipengaruhi oleh keadaan lingkungan,

mediunl, dan umur. Oleh karena itu untuk membandingkan bentuk serta ukuran

bakteri, kondisinya hams sama. Pada umumnya bakteri yang umurnya lebih

muda ukurannya relatif lebih besar daripada yang sudah tua

Bakteri laut pada dasamya sangat beragam, sebagaimana halnya dengan

bakteri yang ada di darat. Bakteri kelompok ini berperan penting dalam

proses-proses yang berlangsung dalarn kolom-kolom air laut. Salah satu proses

penting, seperti yang diajukan oleh Ducklow (1983) dikenat sebagai microbial

loop atau lingkar mikrobia yang meliputi proses inineralisasi senyawa organik

terlarut, respirasi, daur nutrien, pertumbuhan, dan pemangsaan (grazing) terhadap

bakteri.

Pemahaman mengenai peran ekologi bakteri laut didasari oleh dua (2)

metode utama dan mendasar dalam ekolog bakteri yakni autekologi dan

sinekologi. Autekologi mempelajari bakteri dalam tataran spesies (jenis), yang

meliputi proses dan reaksi khusus serta interaksi di antara individu bakteri.

Metode mendasar yang digunakan adalah isolasi dan identifikasi jenis bakteri

untuk inempelajari kemampuan metabolisme bakteri tertentu. Metode ini

merupakan pengembangan lebih lanjut dari metode Robert Koch (1841-1910).

Pada skala laboratorium inetode ini dapat dilakukan dengan meneliti peran

ekologi dan fisiologi suatu jenis bakteri, yang kemudian dapat dideduksi untuk

inenetapkan sebuah kesiinpulan. Keuntungan dari metode ini adalah eksperiinen

atau percobaan dapat dilakukan dengan menggunakan bakteri yang telah diketahui

atau dikenali potensinya dalam keadaan lingkungan yang ditetapkan.

Metode sinekologi mempelajari bakteri pada tataran yang lebih kompleks

atau berupa gabungan beberapa jenis bakteri dalam satu tempat. Metode yang

telah dilakukan sejak masa Louis Pasteur (1822-1895) ini umumnya diterapkan

untuk memahami proses-proses daur biokimiawi (misal daur karbon) dan jejaring

makanan Vood webs) laut. Metode sinekologi ini temyata dapat menjawab

pertanyaan besar para ahli mikrobiologi kelautan jaman Zo Bell (1946) tentang

jumlah bakteri laut yang viable serta bakteri yang tidak dapat dikulturkan/diisolasi

(uncultured bacteria). Keberadaan bakteri laut yang tidak dapat dikulturkan

sangat berpengaruh terhadap munculnya komposisi taksonomi yang lebih

kompleks (Kirchrnan 2000).

Bakteri yang dapat hidup pada ekosistem laut dalam ditemukan jenis

Pseudomonas spp. (bakteri yang mendekati genus ini mempunyai karakteristik

koloni agak kekuningan, gram negatif, sel batang, bersifat fakultatif dan dapat

menguraikan poli 2hidroksibutirat sambil menyerap karbon yang ada dalam

material). Alteromonas spp. yang bersifat heterotrof dan dapat menghasilkan

pigmen. Shewanella spp. yang diisolat dari alga laut, shellfish, ikan dan sedimen

laut. Selain bakteri tersebut ditemukan juga Vibrio spp. Umurnnya bakteri yang

hidup pada ekosistem laut dalam masuk ke dalam jenis bakteri psikrofil (Munn

2004).

2.5. Kultivasi Balteri

Kultivasi adalah menumbuhkan mikroba hasil seleksi (isolat) mikroba

dalam medium I kultur I biakan buatan di luar habitat alami. Kondisi media

kultivasi harus sesuai dengan habitat aslinya sehingga isolat yang dibiakkan dapat

berkembang dengan baik. Pada saat kondisi media kultivasi sesuai dengan habitat

aslinya, maka pertumbuhan dan reproduksi bakteri dapat diamati dan diukur.

Pengaruh berbagai kondisi baik terhadap pertumbuhan maupun reproduksi bakteri

tersebut dapat dipelajari pada perubahan-perubahan apa saja yang dihasilkan oleh

bakteri di dalam lingkungan tumbuhnya juga dapat diketahui. Keberhasilan

metode kultivasi yang menghasilkan biakan bakteri yang baik tergantung pada

kebutuhan nutrisi pada media biakan. Pada dasarnya, semua organisme

membutuhkan energi untuk mempertahankan kehidupannya. Selain itu, ada

beberapa organisme yang membutuhkan nitrogen, sulfur, unsur logam, dan

vitamin untuk menunjang kehidupannya (Pelczar dan Chan 1986). Bryant dan

Robinson (1961) menyatakan bahwa bakteri memerlukan karbohidrat dalam

proses pertumbuhannya. Pemberian karbohidrat dilakukan dengan konsentrasi

yang rendah dengan tujuan pertumbuhan koloni dapat menyebar di seluruh

permukaan media. Pada sebagian spesies bakteri, penambahan hemiselulosa pada

media tumbuh dapat meningkatkan jumlah koloni daripada media yang hanya

menggunakan glukosa, selubiosa, maltosa, dan pati sebagai sumber energinya

(Henning dan Van Der Walt 1978).

Substrat spesifik yang ditambahkan pada media tumbuh akan dimanfaatkan

sebagai sumber karbohidrat oleh bakteri (Leedle et al. 1982). Pada umurnnya

substrat yang digunakan adalah pati, pektin, xilan, glukosa, dan selulosa. Media

tumbuh tersebut digunakan untuk mengetahui jumlah bakteri selulolitik,

aiilolitik, pioteolitik, lipolitik, metanogeiiik (Hobson daii Ste-gaii 1992).

Medium untuk pertumbuhan bakteri laut harus memiliki substrat organik, gula,

dan asam amino. Bahan-bahan pembuatnya adalah agar, pepton, yeast extrack,

dicampur garam yang kadarnya sesuai dengan lingkungan bakteri hidup. Bakteri

laut dapat tumbuh pada medium cair (broth) atau medium padat (agar plates)

(Munn 2004).

Disamping kebutuhan nutrien yang sesuai untuk kultivasi bakteri, juga

diperlukan kondisi fisik yang memungkinkan untuk pertumbuhan optimum

bakteri. Keberhasilan kultivasi bakteri tergantung pada kombinasi nutrien dan

lingkungan fisik yang sesuai. Beberapa persyaratan lingkungan fisik yang hams

dipenuhi antara lain: suhu, atmosfer gas, derajat keasaman, serta beberapa kondisi

khusus (Pelczar dan Chan 1986).

2.6. Faktor Pertumbuhan Bakteri

Pola pertumbuhan, laju pertumbuhan, dan jumlah total bakteri dipengaruhi

oleh suhu, gas oksigen, dan pH. Setiap spesies bakteri tumbuh pada kisaran suhu

tertentu. Bakteri psikrojl mampu tumbuh pada suhu minimum 0-5 OC, optimum

5-15 OC, dan maksimum 15-20 OC. Bakteri mesojl dapat tumbuh pada suhu

minimum 10-20 OC, optimum 20-40 OC, dan maksimum 40-45 OC. Bakteri yang

dapat tumbuh pada suhu minimum 25-45 OC, optimum 45-60 OC, dan maksimum

60-80 "C disebut dengan bakteri termofil (Lay 1994). Pada Tabel 2 menunjukkan

karakteristik suhu pada laut dalam, bakteri yang mampu hidup di dalamnya adalah

jenis psikrofil. Kelompok bakteri ini sering tumbuh pada makanan yang

didinginkan karena masih dapat tumbuh pada suhu sedikit di atas suhu

pembekuan. Bakteri termofil sering tumbuh pada makanan yang disimpan pada

suhu tinggi, contoh bakterinya adalah Bacillus thermophilus yang dapat

menyebabkan kebusukan asam tanpa gas v a t sour), Clostridium

thermosaccharolythicum penyebab busuk kembung pada makanan kaleng dan

Lactobacillus thermophilus yang merupakan bakteri asam laktat termofil

(Fardiaz 1992).

Pertumbuhan bakteri juga dipengaruhi oleh adanya keberadaan gas atmosfer

seperti oksigen dan karbondioksida. Terdapat empat kelompok besar bakteri,

yaitu aerobik adalah organisme yang membutuhkan oksigen, anaerobik adalah

organisme yang tidak memerlukan oksigen dalam hidupnya, anaerobik fakultatif

adalah organisme yang dapat tumbuh dalam lingkungan aerobik maupun

anaerobik, mikroaerofilik adalah organisme yang tumbuh dengan baik jika hanya

ada sedikit oksigen dalam lingkungannya (Pelczar dan Chan 1986).

Sebagian besar bakteri tumbuh dengan baik pada pH 6,5-7,5. Namun,

terdapat sebagian bakteri yang mampu tumbuh pada lingkungan yang sangat asam

maupun sangat basa. Perubahan pH pada medium bakteri ini dapat disebabkan

oleh senyawa yang dihasilkan bakteri tersebut selama pertumbuhannya. Untuk

menjaga kondisi seperti pH awal, maka ke dalam medium biakan ditambahkan

larutan penyangga. Beberapa senyawa yang berfungsi sebagai penyangga adalah

pepton maupun kombinasi garam pospat (Pelczar dan Chan 1986).

2.7. Pola Pertumbuhan Bakteri

Pertumbuhan untuk bakteri dan mikroorganisme lain pada umurnnya

mengacu pada perubahan di dalarn hasil panen sel (pertambahan total massa sel)

dan bukan perubahan individu organisme. Selama fase pertumbuhan seimbang

(balanced growth) pertambahan massa bakteri berbanding lurus dengan

pertambahan komponen seluler yang lain seperti DNA, RNA, dan protein. Cara

reproduksi sebagian besar bakteri adalah pembelahan biner, satu sel membelah

diri menghasilkan dua sel. Selang waktu yang dibutuhl~an bagi sel untuk

membelah diri dikenal sebagai waktu generasi. Waktu generasi setiap spesies

dengan kondisi berbeda mempunyai perbedaan. Pelczar dan Chan (1986)

menyatakan bahwa waktu generasi tergantung pada jumlah bakteri yang ada pada

awalnya, yaitu di dalam inokulum, jumlah bakteri yang ada pada akhir waktu

tertentu dan interval waktu. Pola fase pertumbuhan bakteri adalah pola

eksponensial atau logaritma (fase log). Pada fase ini, populasi bakteri bertambah

secara teratur menjadi dua kali lipat pada interval waktu tertentu selama inkubasi.

Pola pertumbuhan bakteri dapat dilihat pada Gambar 4.

Gambar 4. Fase pertumbuhan bakteri (Anonimous 2007)

Gambar 4 menunjukkan bahwa pada periode awal tanpa pertumbuhan (fase

lamban), diikuti fase kedua adalah periode pertumbuhan cepat (fase log),

kemudian mendatar (fase statis), dan akhirnya adalah suatu fase penurunan

populasi sel-sel hidup (fase kematian).

Fase adaptasi terjadi 1-2 jam paska pemindahan kultur. Bakteri mengalami

perbesaran ukuran sel, peningkatan metabolisme, dan mulai menyesuaikan dengan

kondisi lingkungan yang baru. Pada fase pertumbuhan terjadi pembelahan yang

menyebabkan bertambahnya populasi bakteri hingga mencapai titik stationernya.

Pada fase stationer, bakteri sudah tidak mengalami pertambahan populasi, dan

pada akhirnya karena ketersediaan nutrien yang terbatas terjadi fase kamatian.

Pada fase kematian jumlah populasi bakteri semakin berkurang karena persaingan

zat makanan antar bakteri (Anonimous 2007).

2.8. Isolasi dan Identifikasi Bakteri

Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai

jenis. Untuk mempelajari sifat-sifat perturnbuhan, morfologi dan sifat fisiologi

mikroba, maka masing-masing mikroba tersebut harus dipisahkan satu dengan

yang lainnya, sehingga terbentuk kultur mumi, yaitu suatu biakan yang terdiri dari

sel-sel satu spesies atau satu galur mikroba (Fardiaz 1989). Untuk mendapatkan

isolat bakteri dari suatu bahan yang mengandung campuran mikroba dapat

dilakukan isolasi dengan beberapa metode, tergantung dari jenis

mikroorganismenya (Fardiaz 1989).

Mikroorganisme yang akan diisolasi dapat berupa biakan mumi atau

populasi campuran. Bila biakan yang akan diidentifikasi ini tercemar, perlu

dilakukan pemurnian terlebih dahulu. Pemumian dilakukan dengan cara

menggores suspensi mikroba yang akan diisolasi pada agar lempengan. Setelah

diperoleh koloni terpisah, dibuat pewamaan Gram dari berbagai koloni untuk

melihat kemumian biakan (Lay 1994)

Metode Isolasi merupakan suatu metode untuk memisahkan mikroba

tertentu dari populasi campuran. Terdapat beberapa tahapan untuk mengisolasi,

yaitu pemisahan dengan agar cawan, media cair, isolasi dengan biakan dua

anggota, isolasi sel tunggal dan penggunaan media khusus. Isolasi pada agar

cawan dapat dilakukan dengan dua cara, yaitu metode gores dan tuang. Isolasi ini

dilakukan pada mikroba yang dapat membentuk koloni yang mudah terpisah pada

media padat seperti kebanyakan bakteri, khamir, jamur, dan alga uniseluler

(Hadioetomo 1985). Isolasi menggunakan metode gores dilakukan dengan cara

menggoreskan inokulum di permukaan medium nutrient agar secara steril (Lay

1994). Isolasi metode tuang dilakukan menggunakan media cair sebagai medium

pengenceran mikroba. Dasar melakukan pengenceran adalah penurunan jumlah

mikroorganisme, sehingga pada pengenceran terakhir akan didapatkan jumlah sel

yang semakin sedikit di dalam media. Oleh karena itu, dengan cara agar tuang

akan diperoleh lempengan jumlah bakteri yang optimum untuk isolasi (Lay 1994).

Media selektif dapat dipakai untuk mengisolasi mikroba dari alam, baik

secara langsung maupun menggunakan kultur (Rehm dan Reed 1981).

Penggunaan media khusus bersifat memberi kemudahan bagi tumbuhnya galur

mikroba tertentu yang dikehendaki dan dapat menghalangi tumbuhnya galur lain

yang tidak dikehendaki. Namun cara ini masih memungkinkan tumbuhnya galur

yang lain dengan sifat hampir bersamaan, akan lebih baik bila dilanjutkan dengan

pengenceran sehingga hasilnya akan lebih meyakinkan terutama dalam ha1

kemumiaanya (Judoamidjojo et al. 1990)

Karakterisasi meiupakan dasar dalam identifikasi mikroba secara sistematik

yang terdiri dari tiga tahap penting yaitu (a) klasifikasi: mengelompokkan

mikroorganisme ke dalam grup; (b) nomenklatur: menetapkan nama ilmiah

intemasional yang tepat terhadap organismo; dan (c) identifikasi penetapan

organisme ke dalam klasifikasi yang diberi nama sesuai nomenklatur (Fardiaz

1988).

Karakterisasi dapat dilakukan berdasarkan sifat sitologi (bentuk sel, gerak,

sifat Gram, dan endospora), sifat morfologi koloni, dan sifat fisiologi

(Prabaningtyas 2003). Prinsip pewamaan Gram adalah kemampuan dinding sel

mengikat zat warna dasar (kristal violet) setelah pencucian dengan alkohol 96 %.

Hal ini berhubungan dengan komposisi senyawa penyusun dinding sel, yaitu pada

bakteri Gram positif mengandung peptidoglikan lebih banyak daripada Gram

negatif (Prabaningtyas 2003). Bakteri Gram positif terlihat berwama ungu karena

asam-asam ribonukleat pada sitoplasma sel-sel Gram positif membentuk ikatan

lebih kuat dengan kristal violet. Namun, sel-sel bakteri Gram negatif mempunyai

kandungan lipid yang lebih tinggi dan umumnya mudah larut oleh alkohol yang

memperbesar pori-pori dinding sel. Dengan demikian pemucatan pada sel-sel

Gram negatif lebih cepat (Hadioetomo 1985).

Uji sitologi lain yang diamati, yaitu ada tidaknya spora. Spora dibentuk bila

kondisi lingkungan tidak memungkinkan untuk kelangsungan hidup sel bakteri

(Prabaningtyas 2003). Spora lebih tahan terhadap pewamaan dan sekali berhasil

diwarnai spora sangat sukar untuk melepaskan zat warna sehingga tidak dapat

mengikat zat wama lain yang diberikan kemudian (Fardiaz 1985).

Uji sifat morfologi koloni sangat penting untuk identifikasi bakteri karena

karakterisasi koloni bakteri pada medium lempeng dapat mempunyai nilai

identitas. Sifat-sifat koloni, seperti ukuran, bentuk, wama, dan lain-lain memberi

nilai diagnostik (Prabaningtyas 2003).

Uji karakterisasi lain yang dapat digunakan untuk identifikasi bakteri adalah

uji fisiologi. Uji fisiologi yang dapat dilakukan diantaranya uji hidrolisis pati, uji

hidrolisis lemak, uji hidrolisis protein, uji fermentasi karbohidrat (laktosa,

dekstrosa, dan sukrosa), uji fermentasi gula dan H2S, uji indole, uji methyl red, uji

Voges-Proskauer, uji sitrat, uji urease, uji reaksi susu litmus, uji katalase, dan uji

oksidase (Cappuccino dan Sherman 1983).

Bakteri yang dapat menghidrolisis pati mempunyai aktivitas amilolitik, yaitu

menghasilkan enzim amilase yang menghidrolisis pati menjadi molekul-molekul

maltosa, glukosa, dan dekstrin (Hadioetomo 1985). Jika bakteri dapat

menghidrolisis pati, maka daerah sekeliling koloni akan menjadi bening

kekuning-kuningan (Hartono 1995). Selain itu kemampuan bakteri menghasilkan

enzim amolitik bertujuan memecah pati menjadi monosakarida yang dibutuhkan

untuk metabolisme pada media dengan nitrogen (Buckle et al. 1978).

Bakteri yang dapat menghidrolisis protein adalah bakteri yang memproduksi

enzim proteinase ekstraseluler. Semua bakteri mempunyai enzim proteinase di

dalarn sel namun tidak semua mempunyai enzim proteinase ekstraseluler. Selama

fermentasi protein dihidrolisis menjadi turunannya, seperti protease, pepton,

peptid, dan asam amino (Winarno et al. 1980).

Bakteri yang mampu menghidrolisis lemak menjadi senyawa sederhana

yaitu asam lemak dan gliserol. Keadaan ini yang akan mengakibatkan bau dan

rasa yang khas (Buckle et al. 1978). Dalam fermentasi juga terjadi oksidasi yang

dapat menyebabkan ketengikan. Namun jika oksidasi belum berlanjut maka akan

menghasilkan cita rasa yang khas (Rahayu et al. 1992).

Uji fermentasi karbohidrat digunakan untuk mengetahui kemampuan

mikroorganisme dalam mendegradasi dan memfermentasi karbohidrat dengan

memproduksi asam atau asam dan gas. Kebanyakan mikroorganisme

memperoleh energi melalui reaksi enzimatis yang memacu bioksidasi dari

substrat, terutama karbohidrat (Cappuccino dan Sherman 1983).

Media triple sugar agar (TSIA) merupakan medium yang digunakan untuk

mengetahui pembentukan asam dan mengandung tiga macam gula, yaitu

galaktosa, laktosa, sukrosa, indikator merah fenol, dan FeS04. Konsentrasi

glukosa adalah 1/10 dari konsentrasi laktosa atau sukrosa agar fermentasi glukosa

saja yang dapat terlihat (Lay 1994). Jika glukosa dapat difermentasi maka

kemungkinan ada fermentasi glukosa lain, seperti monosakarida selain glukosa,

disakarida (maltosa, laktosa, sukrosa dan lainnya) serta polisakarida (Salle 1961).

Uji H2S juga digunakan media yang mengandung sulfur dan ion ~ e ~ ' . Pada saat

bakteri ditumbuhkan dalarn media yang kaya akan asam amino mengandung

sulfur seperti TSIA maka terjadi desulfurase membentuk H ~ s . F ~ ~ + . Kemudian

H2s.Fe2' bereaksi dengan asam sulfide menghasilkan senyawa FeS yang berwama

hitam dan tidak l m t air (Lay 1994).

Berdasarkan kebutuhan oksigen, mikroorganisme dapat dibedakan atas

beberapa kelompok yaitu: a) aerob obligat, hanya dapat tumbuh jika ada oksigen;

b) anaerob obligat, hanya dapat tumbuh jika tidak ada oksigen; c) anaerob

fakultatif, dapat tumbuh dengan atau tanpa oksigen.

Setiap bakteri mempunyai suatu enzim yang tergolong flavor protein.

Enzim tersebut dapat bereaksi dengan oksigen membentuk senyawa-senyawa

beracun H202 dan radikal bebas 0 2 * Bakteri aerobik dan anaerobik tetapi tidak

sensitif terhadap oksigen (aerotoleran) mempunyai superoksidase dismutase yang

memecah radikal bebas dan enzim katalase yang memecah Hz02 sehingga

menghasilkan senyawa-senyawa akhir yang tidak beracun. Bakteri yang bersifat

anaerobik fakultatif mempunyai enzim superoksidase dismutase tetapi

mempunyai enzim peroksidase yang mengkatalis reaksi antara H202

menghasilkan senyawa yang tidak beracun. Bakteri yang bersifat anaerobik tidak

mempunyai enzim superperoksidase maupun katalase (Fardiaz 1992). Oleh

karena itu, bakteri anaerob obligat akan mati bila terdapat oksigen dalam

lingkungan hidupnya karena bakteri tersebut tidak mempunyai enzim katalase,

sehingga hidrogen peroksida tidak dapat terurai dan akan meracuni bakteri itu

sendiri (Hadioetomo 1985).

Pada proses fermentasi, senyawa organik merupakan donor dan aseptor

elektron dan hasil reaksi reduksi-oksidasi dengan bantuan enzim. Salah satu

senyawa organik adalah sitokrom yang berperan dalam transfer hidrogen dari

substrat ke molekul oksigen membentuk air, sedangkan enzim yang berperan

sebagai katalisator dalam transfer hidrogen dari sitokrom yang terakhir ke

molekul oksigen adalah sitokrom oksidase (Winamo dan Fardiaz 1981).

Uji sitrat dapat menggunakan sitrat-Koser berupa medium cair atau medium

sitrat-Simon berupa medium padat. Simon'citrate Agar merupakan medium

sintetik dengan Na-sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon, NH~' sebagai

sumber N dan brom thymol blue sebagai indikator pH, sedangkan medium sitrat-

Koser tidak mengandung indikator. Bila mikroorganisme mampu menggunakan

sitrat, maka asam akan dihilangkan dari medium biakan, sehingga menyebabkan

peningkatan pH dan mengubah warna medium dari hijau menjadi biru. Perubahan

warna dari hijau menjadi biru menunjukan bahwa mikoroorganisme mampu

menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon (Cappuccino dan

Sherman 1983).

Uji merah metil (methyl red test) bertujuan untuk mengetahui kemampuan

dari mikroorganisme untuk mengoksidasi glukosa dengan memproduksi asam

dengan konsentrasi tinggi sebagai hasil akhirnya. Heksosa monosakarida glukosa

merupakan substrat utama yang dioksidasi oleh semua oraganisme enteric sebagai

sumber energinya. Uji urease bertujuan untuk mengetahui kemampuan

mikroorganisme dalam mendegradasi urea atau menghasilkan enzim urease.

Enzim urease merupakan enzim hidrolisis yang memecah ikatan nitrogen dan

karbon pada komponen amida seperti urea dan membentuk amonia yang

menciptakaan suasana basa (Cappuccino dan Sherman 1983).

3. METODOLOGI

3.1. Waktu dan Tempat

Penelitian ini telah dilaksanakan mulai bulan Desember 2007 sampai Maret

2008 di Laboratorium Preservasi Rekayasa Hasil Perikanan dan Laboratorium

Mikrobiologi Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan, dan Laboratorium Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia

(LIPI) Cibinong.

3.2. Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan antara lain inkubator, autoklaf, erlenmeyer,

pemanas, alumunium foil, lampu Bunsen, cawan petri, neraca Ohauss dengan

ketelitian 0,l g, gelas ukur, tabung reaksi, kapas, motor steril, pipet (0,1, 1,O dan

10 ml), propipet, janke dan kunkel, mikroskop binokuler, gelas objek, glass

speader, jarum ose, dan colony counter.

Bahan utama yang digunakan adalah ikan laut dalam spesies ikan gindara

(Lepidocibium Jlavobronneum) yang diperoleh dari Perairan Pelabuhan Ratu

dengan berat 6 kg, diambil daging dan jeroannya dengan berat masing-masing

10 gram untuk dijadikan sampel. Bahan-bahan yang digunakan pada penelitian ini

adalah media agar NA (nutrient agar), hibutryn agar, starch agar, SMA, Urea

broth, Larutan garam fisiologis, phenol red, Akuades, Difco, MR-VP Broth,

reagent methyl red, TSI (triples sugar iron) agar, bahan untuk uji pewarnaan

Gram (kristal violet, lug01 iodine, safranin, etil alkohol 95 %, dan akuades),

hidrogen peroksida (H202), larutan naftol (1 g per 100 ml etil alkohol) dan larutan

fenilendiamina (1 g per 100 ml air destilasi). Komposisi media dapat dilihat pada

Lampiran 1.

3.3. Metode

Metode penelitian terdiri atas uji kesegaran ikan secara organoleptik dengan

menggunakan scoring test 1-9 serta isolasi dan karakterisasi bakteri pada sampel.

3.3.1. Uji kesegaran ikan

Sampel (ikan gindara) diambil dari Perairan Laut Jawa di daerah Pelabuhan

Ratu Kabupaten Sukabumi Jawa Barat. Ikan gindara ditangkap oleh nelayan di

Pelabuhan Ratu pada malam hari menggunakan pancing rawai tuna. Pancing

rawai merupakan suatu pancing yang terdiri dari tali panjang (tali utama, main

line) kemudian pada tali tersebut secara berderet pada jarak tertentu digantungkan

(diikatkan) tali-tali pendek (tali cabang, branch line) yang ujungnya diberi mata

pancing (hook). Tergantung dari banyaknya satuan yang dipergunakan, panjang

tali tersebut bila direntangkan secara lurus dapat mencapai panjang ratusan meter,

bahkan puluhan kilometer (Subani dan Barus 1989).

Pancing rawai yang digunakan oleh nelayan di Pelabuhan Ratu adalah jenis

rawai tuna yang mempunyai ukuran panjang keseluuhan bisa mencapai 73,6 km.

Dalam keadaan operasi, jangkauan kedalaman mata pancing dapat dicapai antara

100-350 m. Pancing ini pengoperasiannya memakai perahul kapal berukuran

antara 100-200 GT (Subani dan Barus 1989).

Ikan gindara yang sudah ditangkap kemudian hams diletakkan di

permukaan yang halus, rata, dan tidak berkarat agar tidak menjadi sumber

kontaminasi dan mudah dibersihkan. Setelah dilakukan sortasi (pemisahan

berdasar jenis, ukuran, dan mutu) dan pembersihan (preparasi), ikan dimasukkan

ke dalam peti pendingin untuk menjaga kesegarannya. Setelah sampai ke

pelabuhan, ikan ditaruh ke dalam box stereofoam untuk dibawa ke laboratorium

dengan perbandingan es sebagai pendingin sebesar 1:2. Perjalanan dari Pelabuhan

Ratu menuju laboratorium selama 4-5 jam. Tujuan preparasi untuk menjaga

kesegaran ikan dan menghindari kontaminan bakteri dari luar. Persiapan media

turnbuh bakteri dilakukan sehari sebelum sampel datang. Untuk menjaga

kesegaran ikan gindara disimpan dalam freezer dengan suhu (- 15) "C.

Pada tahap ini dilakukan uji kesegaran ikan secara uji organoleptik dengan

metode scoring test skala 1-9. Pengujian organoleptiMsensori merupakan cara

pengujian menggunakan indera manusia sebagai alat utama untuk menilai mutu

produk. Penilaian menggunakan alat indera ini meliputi spesifikasi mutu

kenampakan mata, bau, rasa, dan konsistensi/tekstur serta beberapa faktor lain

yang diperlukan untuk menilai produk tersebut (SNI 01-2346-1991).

3.3.2. Isolasi dan karakterisasi bakteri

Pada penelitian ini terdiri dari 2 tahap, yaitu: pembiakan serta isolasi dan

karakterisasi bakteri. Tahap pembiakan bakteri terdiri dari: (1). Persiapan media,

(2). Persiapan sampel, (3). Pengenceran, dan (4). Penuangan ke dalam cawan.

Tahap isolasi dan karakterisasi bakteri terdiri dari: uji morfologi (koloni dan sel)

dan uji fisologi.

(1) Tahap pembiakan bakteri

(a) Persiapan media (nutrient agar)

Untuk menstimulir peitumbuhan bakteri, medium yang digunakan harus

mengandung komponen-komponen yang dibutuhkan oleh bakteri tersebut.

Kebutuhan dasar dari bakteri termasuk air, karbon, energi, nitrogen, mineral, dan

faktor pertumbuhan seperti vitamin dan beberapa asam amino. Bakteri juga

mempunyai pH minimum, maksimum, dan optimum untuk pertumbuhannya. Oleh

karena itu dalam mempersiapkan medium perlu dilakukan pengaturan pH

sehingga tercapai pH optimum untuk pertumbuhan bakteri yang diinginkan

(Srikandi 1987).

Tabel 3. Komposisi bahan pembuat media nutrient agar (NA)

Bahan kimia I Komposisi Media

Yeast extract

Pepton

Akuades

Ph

Suhu

Lablemco powder

1 Sodium klorida

Oxoid LTD (2007), kadaluarsa November 2009

2 gll

5 gll

15 g/l

1000 ml

7,4

25 O C

1 gll

5 d l

(b) Persiapan sampel

Sebanyak 10 gram sampel yang diambil dari daging ikan dan jeroannya,

kemudian dihaluskan masing-masing dengan cara menggerusnya menggunakan

mortar yang steril sampai halus. Sampel yang sudah dihalnskan dimasukkan ke

dalarn erlenrneyer yang sudah berisi akuades sebanyak 90 ml. Langkah

selanjutnya dilakukan pengenceran.

(c) Pengenceran

Larutan pengencer ditempatkan di dalam botol pengencer sebanyak 90 ml

untuk membuat pengenceran 1 : 10 (1 0 ml atau 10 gram contoh di dalam 90 ml).

Larutan pengencer yang digunakan adalah garam fisiologis. Larutan

pengencer dibuat dari NaCl 0,85 %, yaitu sebanyak 8,5 gram NaCl yang

dilarutkan dalam 1 liter akuades.

Setelah dilarutkan di dalam air destilata dan diatur pHnya, selanjutnya

dimasukkan ke dalam tabung-tabung reaksi dengan jumlah 9 ml. Kemudian

disterilisasi dengan menggunakan autoklaf pada suhu 121 "C selama 15 menit

Ojardiaz 1987).

Sampel daging dan jeroan dengan berat masing-masing 10 gram yang sudah

dihaluskan dimasukkan ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan akuades sebanyak

90 ml kemudian dihomogenkan. Sampel yang sudah diencerkan dipipet sebanyak

1 ml untuk dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang sudah berisi garam fisiologis

9 ml sehingga menjadi pengenceran 10.' kemudian dihomogenkan. Selanjutnya

sampel dipipet sebanyak 1 ml dari pengenceran 10.' untuk dimasukkan ke dalam

tabung reaksi berisi garam fisologis 9 ml sehingga menjadi pengeceran 10"

kemudian dihomogenkan. Demikian selanjutnya, dengan cara yang sama dibuat

hingga pengenceran 10.'. Tujuan dari pengenceran ini adalah untuk menurunkan

jumlah bakteri sehingga pada pengenceran terakhir akan didapatkan jumlah koloni

yang sedikit. Pada saat melakukan pengenceran alat atau lingkungan dalam

keadaan steril.

(d) Penuangan ke dalam cawan.

Penuangan larutan sampel dilakukan dengan tujuan menumbuhkan koloni

bakteri dari sampel ikan laut dalam spesies ikan gindara. Penuangan ke dalam

cawan dilakukan secara duplo dari pengenceran 10-'-10-~. Langkah dalam

melakukan penuangan sampel yang sudah diencerkan ke dalam cawan yaitu,

sampel dari pengenceran 10-'-10-~ sebanyak 1 ml dituangkan ke dalam cawan

yang sekelilingnya dipanaskan menggunakan bunsen agar tidak terkontaminasi.

Cawan yang sudah berisi lamtan sampel kemudian ditambahkan nutrient agar

~A)-yang-masih-cairsebagai-medium-pe~buhan-b&eri,~etelah-NA~udah

menjadi beku selanjutnya diinkubasikan dengan posisi cawan terbalik pada suhu

30-32 OC selama 1-2 hari.

(2) Tahap isolasi dan karakterisasi bakteri

Setelah inkubasi 2 hari, koloni bakteri yang memiliki bentuk, warna, dan

ukuran dominan kemudian diisolasi untuk mendapatkan isolat bakteri. Isolasi

dilakukan dengan metode goresan kuadran beberapa tahap hingga diperoleh 1

isolat yang murni. Untuk menyatakan isolat tersebut sudah mumi dilakukan uji

pewarnaan Gram, pewarnaan spora, dan motilitas. Apabila hasilnya sama berarti

isolat tersebut sudah murni.

Koloni-koloni yang telab terpisah tunggal diinokulasikan kembali

ke agar miring kemudian diinkubasi. Biakan murni ini disebut stok kultur yang

akan digunakan untuk menguji sifat-sifat fisiologinya. Isolat koloni bakteri yang

terpilih berdasarkan bentuk, warna, dan ukuran diberi kode Al , A2, A3, A4, A5,

A6, dan A7.

3.3.3. Prosedur kerja

(1) Organoleptik

Pengujian organoleptiWsensori merupakan cara pengujian menggunakan

indera manusia sebagai alat utama untuk menilai mutu produk. Penilaian

menggunakan alat indera ini meliputi spesifikasi mutu kenampakan mata, bau,

rasa, dan konsistensiltekstur serta beberapa faktor lain yang diperlukan untuk

menilai produk tersebut. Pada penelitian ini menggunakan uji organoleptik yang

dilakukan dengan metode scoring tes dengan skala 1-9, jumlah panelis (semi

terlatih) sebanyak 22 orang. Panelis diberikan lembar penilaian kemudian

mengamati sampel untuk menilai tingkat kesegaran ikan berdasarkan kenampakan

mata, bau, rasa, dan konsistensiltekstur. Panelis memberikan tanda ceklis (4) pada nilai yang dipilih sesuai dengan kode sampel yang diuji. Lembar penilaian

pada Lampiran 2.

(2) Pengujian terhadap isolat bakteri

A. Sifat morfologi

Pengamatan morfologi koloni dan sel bakteri dilakukan untuk mengetahui

sifat-sifat morfologi dari isolat bakteri.

(a) Morfologi koloni (Lay 1994)

Pengamatan morfologi koloni dilakukan untuk mengetahui bentuk koloni

dari atas, bentuk tepi, bentuk elevasi dan warna koloni secara visual (Lampiran 3).

(b) Morfologi sel (Lay 1994)

Pengamatan morfologi sel meliputi bentuk sel, pewamaan Gram, pewamaan

spora dan uji motilitas.

(i) Bentuk sel

Hasil preparat bakteri yang telah dibuat kemudian diamati bentuk selnya

secara mikroskopik sehingga dapat diketahui bentuknya (kokus, batang atau

spiral).

(ii) Pewarnaan Gram (Lay 1994)

Pewamaan Gram ini bertujuan untuk menentukan karakteristik mikroskopik

setiap galur bakteri, baik reaksinya maupun bentuk. Dalam pewamaan Gram ini

menggunakan empat jenis larutan, yaitu zat warna basa (kristal violet), mordant

(lugol), pencuci zat warna (alkohol), dan zat warna lain (counterstain), yaitu

larutan safranin.

Tahap-tahap pewarnaan Gram adalah sebagai berikut: mula-mula kaca

obyek dibersihkan dengan kapas yang telah diberi alkohol. Selanjutya diberi kode

(label). Biakan bakteri pada agar miring diambil menggunakan jarum ose steril

dan dipindahkan di bagian tengah kaca obyek. Kemudian ditambahkan sedikit

akuades steril. Preparat ini dibiarkan mengering di udara kemudian difiksasi di

atas bunsen. Kemudian ditetesi dengan larutan kristal violet dan dibiarkan selama

1 menit. Selanjutnya dibilas dengan akuades dengan cara memegang kaca obyek

pada posisi miring dan dikeringkan dengan kertas tissue secara perlahan-lahan.

Preparat ini ditetesi dengan larutan lugol dan dibiarkan selama 1 menit lalu dibilas

dengan akuades. Kemudian preparat ditetesi larutan pemucat wama, yaitu alkohol

95 %, selanjutnya dicuci dengan larutan akuades dan dikeringkan menggunakan

kertas tissue. Preparat ditetesi larutan safranin selama 10-30 detik lalu dicuci

dengan akuades dan dikeringkan menggunakan kertas tissue.

Kemudian diamati bentuk selnya dengan menggunakan mikroskop dengan

perbesaran 100x10. Sebelumnya preparat diteteskan dengan minyak imersi.

Bakteri dinyatakan bersifat Gram positif apabila warna selnya ungu dan Gram

negatif apabila wama selnya merah.

(iii) Pewanaan spora (Hadioetomo 1985)

Satu sampai dua mata ose air steril atau air suling diletakkan pada kaca

obyek, kemudian dihomogenkan satu sampai dua mata ose biakan bakteri dengan

air steril. Olesan tersebut dibiarkan kering di udara. Selanjutnya, olesan bakteri

ditetesi pewarna malachite green dan dipanaskan di atas bunsen selama 10 menit,

tetapi tidak sampai mendidih atau mengering. Setiap kali pewarna menjadi kering

diteteskan lagi dengan pewarna baru. Setelah itu, kaca obyek didinginkan.

Kemudian dicuci dengan hati-hati selama 20-30 detik dan diberi larutan safranin

selama 30 detik, dibilas kembali menggunakan air dan dikeringkan dengan kertas

serap. Kemudian preparat ini diamati di bawah mikroskop. Spora bakteri akan

terlihat berwarna hijau sedangkan sel vegetatif akan berwarna merah.

(iv) Uji motilitas (Salle 1961)

Uji motilitas dilakukan terhadap semua isolat bakteri, yaitu dengan cara

menusukkan isolat bakteri ke dalam medium NA semi padat menggunakan jarum

ose tusuk steril. Kemudian diinkubasi selama 48 jam pada suhu 37 OC. Bila

pertumbuhan bakteri menyebar, maka bakteri tersebut bergerak (motil) dan bila

pertumbuhan bakteri tidak menyebar hanya berupa satu garis, maka bakteri

tersebut tidak bergerak (non motil)

B. Sifat fisiologi

Uji sifat fisiologi bakteri terdiri dari uji hidrolisis pati, uji hidrolisis lemak,

uji hidrolisis protein, uji fermentasi karbohidrat (laktosa, dekstrosa, dan sukrosa),

uji fermentasi gula dan H2S, uji sitrat, uji merah methyl, uji urease, uji katalase,

dan uji oksidase.

(a) Uji hidrolisis pati (Cappucino dan Sherman 1983)

Bakteri yang akan diuji digoreskan pada cawan yang berisi medium starch

agar. Inkubasi dilakukan pada suhu 37 "C selam 48 jam. Setelah inkubasi,

koloni yang tumbuh ditetesi larutan yodium. Uji hidrolisis pati positif ditandai

deng'an terbentuknya bagian yang transparan (bening) di sekeliling koloni yang

tumbuh.

(b) Uji hidrolisis lemak (Cappucino dan Sherman 1983)

Bakteri yang diuji digoreskan pada cawan yang berisi medium tributyrin

agar. Inkubasi dilakukan pada suhu 37 OC selama 48 jam. Uji hidrolisis lemak

positif ditandai dengan koloni yang dapat menghidrolisis lemak menjadi gliserol

dan asam lemak akan membentuk zona terang di sekitarnya.

(c) Uji hidrolisis protein (Cappucino dan Sherman 1983)

Bakteri yang akan diuji digoreskan pada setengah bagian cawan yang berisi

medium skim milk agar (SMA). Inkubasi dilakukan pada suhu 37 "C selama

48 jam. Uji hidrolisis protein positif ditandai dengan adanya areal bening di

sekeliling koloni.

(d) Uji fermentasi karbohidrat (Cappucino dan Sherman 1983)

Bakteri yang akan diinokulasi pada medium cair, yaitu phenol red lactose

broth, pnenol red dextrose atau glucose broth, phenol red sucrose broth yang

masing-masing di dalamnya terdapat tabung durham. Inkubasi dilakukan pada

suhu 37 "C selama 48 jam. Jika terjadi perubahan warna dari merah menjadi

kuning maka uji tersebut positif. Selain itu diamati ada tidaknya gas.

(e) Uji fermentasi gula dan H2S (Cappucino dan Sherman 1983)

Pada uji fermentasi gula dan HzS, isolat bakteri diinokulasi pada agar miring

triple sugar iron (TSI) dengan cara membuat goresan pada agar miring dan

menusukkannya pada bagian bawah agar. Kemudian diinkubasi pada suhu 37 OC

selama dua hari. Reaksi-reaksi yang terjadi dapat dilihat pada Tabel 4.

Tabel 4. Reaksi-reaksi yang terjadi pada uji media TSI,

Bagian bawah agar

Asam Asam

Reaksi

Bagian bawah Agar pecahlterangkat ke atas Agar benvarna hitam

Keterangan

tidak memfermentasi Warna

Bagian atas agar Reaksi I Warna

Kuning Kuning

Basa

Sumber: Fardiaz (1989)

Bagian atas

Merah Basa

Basa Asam

atau sukrosa Keterangan Produksi gas Produksi H2S

Merah

Merah Kuning

gula Fermentasi glukosa fermentasi laktosa dan

(f) Uji metlzyl red (Cappucino dan Sherman 1983)

Bakteri yang akan diuji, diinokulasi pada media MR-V broth. Inkubasi

selama 48 jam pada suhu 37 O C . Indikator methyl red ditambahkan sebanyak

5 tetes. Jika media MR-VP broth berubah menjadi bemarna merah maka uji

positif sedangkan jika tetap benvarna kuning maka uji negatif.

(g) Uji sitrat (Cappucino dan Sherman 1983)

Uji sitrat dapat menggunakan medium sitrat-Simon yang berupa medium

padat. Simon 'citrate Agar merupakan medium sintetik dengan Na-sitrat sebagai

satu-satunya sumber karbon, NH~' sebagai sumber N dan brom thymol blue

sebagai indikator pH. Medium yang digunakan pada penelitian ini adalah

medium sitrat-Simon. Bila mikroorganisme mampu menggunakan sitrat, maka

asam akan dihilangkan dari medium biakan, sehingga menyebabkan peningkatan

pH dan mengubah wmna medium dari hijau menjadi biru. Perubahan warna dari

hijau menjadi biru menunjukkan bahwa mikoroorganisme mampu menggunakan

sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon.

(h) Uji urease (Cappucino dan Sherman 1983)

Bakteri yang akan diuji, diinokulasi pada media urea broth. Inkubasi

dilakukan selarna 48 jam pada suhu 37 OC. Indikator methyl red ditambahkan

sebanyak 5 tetes. Jika bakteri tersebut menghasilkan enzim urease maka akan

terjadi perubahan warna pada media, dari ungu menjadi merah jambu (pink).

(i) Uji katalase (Cappucino dan Sherman 1983)

Secara aseptis diambil satu jmum ose isolat bakteri dari agar miring dan

dipindahkan pada kaca obyek. Kemudian diberikan satu sampai dua tetes larutan

3 % H202. Adanya enzim katalase ditandai dengan adanya gelembung-

gelembung kecil oksigen yang terlihat seperti busa sabun.

('j) Uji oksidase (Cappucino dan Sherman 1983)

Bakteri yang akan diuji, digoreskan pada kertas oksidase. Jika kertas

tersebut berubah warna dari putih menjadi ungu maka uji oksidase positif.

4. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Analisis Bahan

Tahap awal yang dilakukan dalam penelitan ini adalah analisis bahan.

Analisis ini bertujuan untuk mengetahui kondisi fisik dan karakteristik sampel

sebagai informasi awal sebelum dilakukan isolasi dan karakterisasi bakteri yang

terdapat didalamnya. Sampel yang dianalisis adalah ikan laut dalam spesies ikan

gindara (Lepidocibium flavobronneum) yang didapat dari Pelabuhan Ratu

Kabupaten Sukabumi. Ikan ini ditangkap menggunakan pancing rawai tuna pada

kedalaman 150-250 meter. Analisisnya adalah uji organoleptik untuk mengetahui

tingkat kesegaran ikan.

Kesegaran adalah parameter untuk membedakan ikan yang jelek dan ikan

yang baik kualitasnya. Ikan dikatakan lnasih segar jika perubahan-perubahan

biokomia, mikrobiologi dan fisika yang terjadi belum menyebabkan kerusakan

pada ikan. Istilah "segar" tercakup dua pengertian yaitu pertama, "baru saja

ditangkap, tidak disimpan atau diawetkan", dan kedua, "mutu masih original,

belum mengalami kemunduran" (Ilyas 1983 diacu dalam Kustanti 2008).

Pengujian organoleptik adalah pengujian menggunakan indera manusia

sebagai alat utama untuk mengukur daya penerimaannya terhadap ikan. Untuk uji

organoleptik ikan segar (SNI 01-2346-1991), sasaran alat indera ini adalah

penampakan mata, insang, bau, dan konsistensi. Metode pengujian organoleptik

yang digunakan adalah scoring test, yaitu menggunakan skala angka. Skala angka

terdiri dari 1-9 dengan spesifikasi untuk tiap angka yang dapat memberi

pengertian tertentu bagi panelis. Nilai pengujian dicantumkan oleh panelis pada

scoring test. Hasil uji organoleptik pada'ikan gindara dapat dilihat pada Tabel 5.

Tabel 5. Hasil uji organoleptik ikan gindara

Parameter Mata lnsang Bau Konsistensi Rata-rata

Rata-rata hasil uji 4 6 7 6

5.75

Berdasarkan Tabel 5, hasil uji organoleptik pada yang dilakukan oleh 22

orang panelis dengan predikat semi terlatih, tingkat kesegaran ikan gindara berada

pada kisaran 4-7 dengan rata-rata hasil uji pada semua parameter sebesar 5,75

yang berarti ikan tersebut masih dalam kondisi agak segar. Kondisi mata

berdasarkan hasil organoleptik menunjukkan bahwa bola mata sudah mulai agak

cekung, pupil keabu-abuan, dan kornea agak keruh. Insang berwana merah agak

kusam dan sedikit berlendir. Bau netral dan konsistensi (agak padat, elastis bila

ditekan jari, dan sulit menyobek dari tulang belakang). Penurunan tingkat

kesegaran ikan gindara ini disebabkan karena ikan tersebut ditangkap dan

disimpan difreezer selama satu minggu sebelum dibawa ke laboratorium. Faktor

yang mempengaruhi mutu kesegaran ikan adalah daerah penangkapan ikan,

metode atau cara penangkapan, dan pendaratan hasil perikanan tennasuk juga

jarak pengangkutan dari tempat penangkapan ke tempat pendaratan, cara

penyimpanan dan keadaan cuaca, terutama suhu (Hadiwiyato 1993). Rekapitulasi

hasil uji organoleptik pada Lampiran 4.

Ikan gindara yang disimpan beku tersebut menjadi berkurang kesegarannya

karena proses pembekuan dapat mengurangi ketersedian air pada bahan

(Wirakartakusumah et al. 1998 diacu dalam Kustanti 2008). Meskipun dalam

kondisi tidak segar dan agak segar akibat pembekuan, tetapi zat gizi pada ikan

tersebut tidak akan banyak berubah karena pembekuan bukanlah proses yang

merusak zat gizi (Desroiser 1998 diacu dalam Kustanti 2008).

4.2 lsolasi Bakteri

Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai

jenis. Untuk mempelajari sifat-sifat perhmbuhan, morfologi dan sifat fisiologis

mikroba, maka masing-masing mikroba tersebut harus dipisahkan satu dengan

yang laimya, sehingga terbentuk kultur murni, yaitu suatu biakan yang terdiri dari

sel-sel satu spesies atau satu galur mikroba (Fardiaz 1989). Untuk mendapatkan

isolat bakteri dari suatu bahan yang mengandung campuran mikroba dapat

dilakukan isolasi dengan beberapa metode tergantung dari jenis

mikroorganismenya (Fardiaz 1989).

Koloni bakteri yang diisolasi dari jeroan dan daging contoh diambil7 koloni

yang tumbuh secara dominan dan yang memiliki penampakan yang berbeda.

Koloni bakteri yang dipilih untuk digunakan pada tahap penelitian selanjutnya.

Hasil pengarnatan morfologi koloni bakteri yang terpilih dapat dilihat pada

Tabel 6.

Tabel 6. Morfologi koloni bakteri yang terpilih untuk diisolasi

Berdasarkan Tabel 6, morfologi koloni dari bakteri yang diisolasi dari

daging dan jeroan ikan gindara memiliki bentuk atas koloni yang sama, yaitu

bulat. Koloni bakteri yang diisolasi bentuk tepiannya halus, bercabang, dan

bergelombang. Bentuk elevasinya ada yang timbul dan datar. Koloni bakteri yang

terlihat berwama putih, krem, kuning, dan kuning muda. Wama ini disebabkan

oleh adanya pigmen yang dihasilkan bakteri. Koloni bakteri yang diisolasi diduga

memiliki pigmen karotenoid. Piginen yang terdapat pada bakteri diantaranya

adalah pigmen karotenoid, antosianin, melanin, tripirilmethenes dan phenazin.

Pigmen karotenoid akan memberikan warna merah, orange, dan kuning.

Antosianin dapat menghasilkan wama merah dan biru, sedangkan pigmen melanin

akan memberikan warna coklat, hitam, orange, dan merah. Fenanzin memberikan

wama jingga-kuning, jingga tua, dan merah jingga. Pigmen-pigmen tersebut

merupakan hasil dari dekomposisi asam amino tirosin oleh enzim tirosinase (Salle

1961).

Pad8 Tabel 6 dapat dilihat bahwa koloni bakteri Al, A2, A3, A4, A5, A6,

dan A7 belum murni dengan melihat bentuk koloninya (A1 bulat, halus, timbul, 4

mm; A2 bulat, bercabang, timbul, 1 mm; A3 bulat, halus, datar, 3 mm; A4 bulat,

bergelombang, timbul, 2 mm; A5 bulat, bercabang, timbul, 4 mm; A6 bulat, halus,

datar, 2 mm; dan A7 bulat, halus, datar, 3 mm). Wama koloni masing-masing

adalah A1 kuning muda; A2 dan A6 kuning; A3 dan A7 putih; A4 dan A5 cream.

Untuk mendapatkan isolat bakteri yang murni dilakukan isolasi dengan metode

cawan gores (gores zigza ni bakteri dapat dilihat pada lampiran 5.

Isolasi bakteri dilakukan sebanyak empat kali pengisolasian sampai

dihasilkan isolat yang mumi. Pada isolasi yang keempat dilakukan pengamatan

terhadap morfologi sel. Pengamatan morfoIogi sel meliputi bentuk sel, pewarnaan

Gram dan pewarnaan spora. Data-data dasi uji morfologi tersebut, berdasaskan

hasil yang diperoleh, dapat membuktikan bahwa isolat bakteri tersebut benas-

benas murni. Setiap isolat mumi yang didapat, dilakukan kultur bakteri pada agar

miring. Bakteri yang tumbuh disegarkan setiap 1 minggu sekali untuk menjaga

kebutuhan nutrisi yang dibutuhkan selama perkembangannya dalam media dan

dapat diduga mengurangi terjadinya kontiiminasi.

4.3. Karakterisai Bakteri

Ciri-ciri utama suatu baktesi yang perlu diketahui dalam mengkaraktesisasi

bakteri adalah ciri morfologi, susunan kimiawi dasi sel, sifat biakan, metabolisme,

sifat antigenik, sifat genetik, dan patogenisitas. Untuk menentukan ciri tersebut,

maka diperlukan beberapa uji morfologi dan fisiologi (Lay dan Hastowo yang

diacu dalam Candra 2006). Dalarn BergeyS Manual of Determinative

Bacteriology, bakteri dikelompokkan berdasarkan gsup menurut bentuk, sifat

pewarnaan gram, dan kebutuhannya akan oksigen. Berdasarkan sifat-sifat yang

ada dengan buku manual ini dapat ditentukan genus bakteri yang berguna dalam

identifikasi selanjutnya hingga tingkat spesies. Berdasarkan hasil ulangan isolasi

yang dilakukan, diperoleh 7 isolat bakteri yang mumi. Isolat bakteri yang ada

memiliki sifat bakteri Gram positif dan negatif, ada yang berbentuk batang

maupun bulat serta ada yang berspora maupun tidak. Semua isolat bakteri yang

telah mwni diuji berdasaskan sifat morfologi dan fisiologinya.

(1) Sifat morfologi

Sifat morfologi yang diamati dalam penelitian ini meliputi morfologi koloni

dan morfologi sel. Pengamatan ini telah dilakukan pada awal isolasi. Morfologi

sel yang diarnati pada isolat bakteri meliputi pewasnaan gram, bentuk sel, spora,

dan motilitas bakteri. Hasil pengamatan mosfologi koloni bakteri dapat dilihat

pada Tabel 6 sedangkan morfologi sel bakteri dapat dilihat di Tabel 7.

Tabel 7. Hasil pengamatan morfologi sel bakteri - - -

Isolat ~ e n t u k s e l ( ~ G a r n a a n Gram I Pewamaan spora I Uji motilitas A1 I Batang

A3 1 Batang 1 Positif I Berspora I Motil

Pada Tabel 7 dapat diketahui bahwa isolat koloni bakteri A2, A3, A4, A5,

A6, dan A7 bersifat Gram positif. Bakteri Gram positif terlihat beiwarna ungu

karena asam-asam ribonukleat pada sitoplasma sel-sel Gram positif membentuk

ikatan lebih kuat dengan kompleks ungu kristal-iodium sehingga ikatan kimiawi

yang terbentuk tidak mudah dipecahkan oleh pemucat warma (Hadioetomo 1985).

Isolat bakteri A1 bersifat Gram negatif. Bakteri Gram negatif terlihat benvarna

merah. Bakteri Gram negatif mengandung lipid, lemak atau substansi, seperti

lemak dalam presentase lebih tinggi daripada yang dikandung bakteri Gram

positif, selain itu peptidoglikan bakteri Gram negatif juga lebih tipis daripada

peptidoglikan bakteri Gram positif (Pelczar dan Chan 1986).

Berdasarkan Tabel 7, isolat koloni bakteri Al, A6, dan A7 yang diperoleh

tidak berspora. Isolat koloni bakteri yang berspora terdiri dari A2, A3, A4 dan

A5. Spora biasanya terbentuk pada saat lingkungan tidak menguntungkan seperti

kekurangan sumber karbon dan energi. Selain itu spora juga dapat terbentuk

karena ada bahan kimia yang beracun. Spora akan bergerminasi kembali menjadi

sel vegetatif jika lingkungan kembali menguntungkan. Spora sendiri terbentuk

didalam sel, disebut juga dengan endospora. Bakteri dari jenis Bacillus dan

Clostridium biasanya membentuk spora. Semakin tua urnur sel bakteri, maka sel

vegeratif akan pecah dan endospora akan terlepas menjadi spora bebas. Spora

tahan terhadap pewarnaan, tetapi sekali berhasil diwarnai akan sulit melepaskan

zat warna yang telah terserap, sehingga tidak dapat mengikat zat warna lain yang

diberikan berikutnya. Ketahanan spora tersebut disebabkan oleh sifat struktur

spora yang memiliki korteks dan selubung spora yang tebal.

Zat warna yang paling sering digunakan dalam pewarnaan spora adalah

malachite green yang akan tetap diikat oleh spora bakteri setelah pencucian

Negatif I Tidak berspora I Motil

A4 1 Batang

-

A6 I Bulat

A2 I Batang Positif Bers p ora I Motil

-

Positif I Tidak berspora I Non motil

Positif Berspora I Motil A5 1 Batang

A7 / Bulat Positif I Tidak berspora I Non motil

Positif Berspora / Motil

dengan larutan safranin digunakan sebagai counterstain. Metode tersebut

membuat endospora yang masih terdapat dalam sel vegetatif maupun spora bebas

akan benvama hijau-biru, sedangkan sel vegetatif akan benvarna merah sampai

merah muda. Prinsip pewarnaan ini digunakan untuk membedakan spora dari sel

vegetatif (Fardiaz 1992).

Berdasarkan Tabel 7, terlihat bahwa isolat koloni bakteri Al, A2, A3, A4,

dan A5 bersifat motil, karena terlihat adanya penyebaran bakteri pada media.

isolat koloni bakteri A6 dan A7 bersifat non motil sehingga isolat bakteri tersebut

tidak memiliki flagela. Flagela merupakan salah satu struktur utama di luar sel

bakteri yang menyebabkan terjadinya pergerakan (motilitas) pada sel bakteri.

Flagela dapat dilepaskan dari sel secasa fisik. Sel yang sudah tidak memiliki

flagela masih tetap hidup dan dapat mensintesis flagela baru (Fardiaz 1992).

(2) Sifat fisiologi

Uji fisiologis bakteri merupakan uji yang digunakan untuk mengetahui sifat-

sifat biokimia bakteri yang diisolasi dari sampel jeroan dan daging ikan gindasa.

Uji fisiologis yang dilakukan dalam penelitian ini adalah uji hidrolisis pati, uji

hidsolisis lemak, uji hidsolisis protein, uji fermentasi karbohidrat, uji fermentasi

gula H2S, uji methyl red, uji sitrat, uji Urease, uji Katalase, uji oksidase. Hasil uji

fisiologi bakteri yang diisolasi dari jeroan dan daging ikan gindara dapat dilihat

pada Tabel 8.

Tabel 8. Hasil karakterisasi fisiologi dan biokimia bakteri

Keterangan : (+): mempunyai aktivitas ; (-): tidak mempunyai aktivitas; Laklsuk: mampu memfermentasi laktosa atau sukrosa; Glu: mampu memfermentasi glukosa

(a) Uji hidrolisis pati

Zat pati adalah polisakarida yang terdiri dari ulangan sakarida glukosa. Bila

zat pati dihidrolisiskan dengan bantuan eksoenzim amilase, zat pati diuraikan

menjadi maltosa dan glukosa. Maltosa nierupakan disakarida yang terdiri dari 2

unit glukosa. Sakarida diangkut ke dalam sitoplasma sebagai sumber energi atau

senyawa pemula dalam sintesis komponen sel (Lay 1994)

Uji hidrolisis pati meiupakan suatu uji yang dilakukan untuk mengetahui

adanya aktivitas enzim amilase dari suatu bakteri. Pada media starch agar,

amilase akan memecah pati @olimer glukosa) yang tidak berdifusi menjadi

substansi yang dapat berdifusi (Hartono 1995). Jika bakteri membentuk arnilase

dalam media yang mengandung zat pati, maka zat pati di sekeliling perturnbuhan

bakteri dihidrolisiskan. Bila beberapa tetes larutan iodium ditambahkan pada

lempengan agar tidak terlihat pembentukan waina di sekeliling pertumbuhan.

Bila zat pati tidak dihidrolisis, terlihat warna biru kehitaman di sekeliling

pertumbuhan (Lay 1994).

Zat pati bereaksi secara kimiawi dengan iodium; reaksi ini terlihat sebagai

warna biru kehitaman. Warna biru kehitaman ini terjadi bila molekul iodium

masuk ke dalam bagian yang kosong pada molekul zat pati (amilosa) yang

berbentuk spiral. Proses iodinisasi zat pati menghasilkan molekul yang dapat

mengabsorpsi semua cahaya, terkecuali wama biru. Bila zat pati ini telah

diuraikan menjadi maltosa atau glukosa, warna biru ini tidak terbentuk karena

tidak adanya bentuk spiral. Tidak terbentuknya wama biru sewaktu penambahan

larutan iodiuln ke dalam media mrupakan petunjuk adanya hidrolisis zat pati

(Lay 1994).

Berdasarkan hasil pengujian hidrolisis pati pada Tabel 8, semua isolat koloni

bakteri yang diisolasi dari jeroan dan daging ikan gindara menunjukkan bahwa

isolat bakteri tersebut tidak menghasilkanl tidak punya aktivitas enzim amilase

sehingga bakteri-bakteri ini tidak menghidrolisis pati. Bakteri-bakteri ini dapat

diduga dalam pertumbuhannya tidak menggunakan pati sebagai sumber

energinya. Hal ini mungkin dikarenakan dalam jeron dan daging ikan gindara

tidak diberi bahan tambahan apapun, seperti karbohidrat dan di dalamnya tidak

mengandung pati. Komponen paling besar yang terkandung dalam jeroan ikan

adalah protein dan lemak. Hasil uji hidrolisis pati oleh enzim amilase bakteri

dapat dilihat pada Gambar 5.

Gambar 5. Hasil uji hidrolisis pati

(b) Uji hidrolisis lemak

Mikroorganisme sering ditemukan dalsun pangan yang kaya lemak nabati

atau lemak hewani. Trigliserida yang dihidrolisiskan oleh mikroorganisme yang

menghasilkan eksoenziin lipase akan menghasilkan asam leinak berantai panjang.

Bakteri yang mampu inenghasilkan lipase menggunakan molekul ini sebagai

sumber karbon dan energi (Lay 1994).

Uji hidrolisis lemak berhljuan untuk mengetahui adanya aktivitas enzim

lipase pada bakteri. Lemak merupakan makromolekul yang memiliki energi yang

besar. Degradasi lemak seperti trigliserida dilakukan oleh enzim ekstraseluler

yang disebut lipase (esterase) (Cappucino dan Sherman 1983). Enzim lipase

merupakan ezim yang dapat menguraikan lemak menjadi asam lemak dan

gliserol. Asam lemak clan gliserol tersebut akan digunakan oleh bakteri sebagai

surnber karbon dan energi untuk inetabolisinenya. Lemak lebih sukar dipecah

dibandingkan dengan karbohidrat dan protein (Fardiaz 1992). Adanya lemak

dalam bahan pangan memberi kesempatan bagi jenis-jenis mikroorganisme

lipolitik untuk tumbuh secara dominan. Keadaan ini mengakibatkan kerusakan

lemak oleh mikroorganisme dan menghasilkan zat-zat yang mempunyai bau dan

rasa yang khas, yaitu asam lemak bebas dan keton (Buckle et al. 1978). Selama

fermentasi, oksidasi lemak juga terjadi sehingga mengakibatkan ketengikan,

namun jika oksidasi belum berlanjut maka akan menghasilkan citarasa yang khas

pada produk (Rahayu et al. 1992).

Pada uji ini digunakan media tributyrin agar untuk mengetahui adanya

enzim ekstraseluller yang menghidrolisis lemak. Tribugrin agar ini terdiri dari

nutrient agar yang ditambahkan oleh trigliserida tributyrin sebagai substrat

lemak. Tributyrin membentuk emulsi ketika disebar pada agar, menyebabkan

media menjadi keruh. Jika bakteri yang diinokulasi pada media tributyrin agar

mengeluarkan enzim lipase maka akan membentuk zona bening disekelilingnya.

Zona bening ini menandakan adanya asam lemak dan gliserol hasil hidrolisis

lemak. Berdasarkan hasil pengujian pada Tabel 8, semua isolat koloni bakteri

tidak mempunyai aktivitas enzim lipase. Dengan demikian, bakteri-bakteri

tersebut tidak mampu mengurailtan lemak menjadi asam lemak dan gliserol yang

ada pada jeroan dan daging ikan gindara. Hasil uji hidrolisis lemak dapat dilihat

pada Gambar 6.

Garnbar 6. Hasil uji hidrolisis lemak

(c) Uji hidrolisis protein

Kasein adalah protein yang terdapat dalam susu. Protein susu ini juga seperti

juga protein lainnya terdiri dari asain amino. Asam amino ini &pat digunakan

oleh bakteri tertentu sebagai sumber karbon dan energi (Lay 1994). Uji hidrolisis

protein bertujuan untuk mengetahui adanya aktivitas enzim proteinase

ekstraseluler pada bakteri. Enzim proteinase ekstraseluler merupakan enzim

pemecah protein yang diproduksi di dalsun sel dan kemudian dikeluarkan dari sel.

Semua bakteri mempunyai enzim proteinase di dalam sel, tetapi tidak semua

mempunyai enzim proteinase ekstraseluler (Fardiaz 1992). Sebelum

dimanfaatkan oleh sel protein harus terdegredasi dahulu menjadi pepton,

polipeptida, dipeptida dan asam amino (Cappucino dan Sherman 1983).

Pada uji htdrolisis protein media yang digunakan adalah skim milk agar

(SMA). Pada media ini lnengandung kasein yang merupakan protein utama pada

susu. Kasein merupakan makromolekul yang terdiri dari subunit asam amino

yang dihubungkan dengan ikatan peptida (CO-NH) (Cappucino dan Sherman

1983). Bila susu dicampur dengan media biakan bakteri, kasein dalam susu akan

menyebabkan media tersebut keruh. Kekeruhan ini disebakan oleh kasein

bereaksi dengan ion ca2+ membentuk Ca-kasein. Kompleks ini tidak larut &lam

media, namun membentuk larutan koloidal, sehingga media terlihat keruh. Bila

mikroorganisme mempunyai enzim proteinase ekstraseluler yang menghidrolisis

kasein, maka wilayah sekeliling koloni terlihat jemih. Kejemihan ini disebabkan

oleh molekul kasein yang duraikan. Asam amino yang dihasilkan dari proses

penguraian ini larut dalanl media, sehtngga kekeruhan di sekeliling koloni akan

hilang (Lay 1994), sedangkan mikroorganisme yang tidak mempunyai aktivitas

proteolitik di sekeliling koloni akan tetap keruh. Hasil uji hidrolisis protein dapat

dilihat pada Ganibar 7.

Gambar 7. Hasil uji hidrolisis protein

Berdasarkan Tabel 8 menunjukkan bahwa semua isolat membentuk zona

bening. Ini berarti isolat-isolat tersebut mempunyai aktvitas enzim proteinase.

Adanya bakteri bersifat proteolitik dalam jeroan dan daging ikan gindara

menunjukkan adanya pemecahan protein (asam amino essensial maupun non

essensial) menjadi komponen yang lebih sederhana yang dapat diserap oleh tubuh.

Selain itu, aktivitas dari bakteri tersebut akan menghasilkan asam amino yang

menimbulkan bau khas pada ikan.

(d) Uji fermentasi karbohidrat

Kemampuan memfermentasikan berbagai karbohidrat dan produk

fermentasi yang dihasilkan merupakan ciri yang sangat berguna dalam identifikasi

bakteri. Uji fermentasi karbohidrat digunakan untuk mengetahui kemampuan

mikroorganisme dalam mendegradasi dan memfermentasi karbohidrat dengan

memproduksi asam atau asam dan gas. Hasil akhir fermentasi karbohidrat

ditentukan oleh sifat bakteri, media biakan yang digunakan, serta faktor

lingkungan, antara lain suhu dan pH. Media fermentasi harus mengandung

senyawa yang dapat dioksidasi dan difermentasi oleh bakteri. Glukosa termasuk

senyawa yang paling sering digunakan oleh bakteri dalam proses fermentasi itu

(Lay 1994).

Kebanyakan mikroorganisme memperoleh energi melalui reaksi enzimatis

yang memacu bioksidasi dari substrat, terutama karbohidrat. Mikroorganisme

menggunakan karbohidrat secara berbeda tergantung enzim yang melengkapinya.

Beberapa mikroorganisme mampu memfermentasi gula, seperti glukosa secara

anaerobik namun mikroorganisme lainnya memfermentasi secara aerob. Selain

itu, bakteri anaerob fakultatif mampu memfermentasi gula secara aerob dan

anaerob. Pada proses fe~mentasi, substrat seperti karbohidrat dan alkohol,

mengalami disimilasi anaerob dan menghasilkan asam organik, seperti asarn

laktat, asam asetat, dan asam format serta gas seperti hidrogen dan

karbondioksida.

Pada uji ini menggunakan nutrien broth, seperti phenol red lactose broth,

phenol red dextrose broth, dan phenol red sucrose broth sebagai surnber energi.

Masing-masing media tersebut memiliki karbohidrat yang spesifik, yaitu laktosa,

dekstrosa, dan sukrosa sebagai substrat untuk menentukan kemampuan

memfermentasi dari suatu mikroorganisme. Indikator pH, yaitu phenol red

benvama merah pada pH 7 dan berubah menjad kuning pada pH 6.8,

men~ndkasikan jumlah asam yang ada dapat inengakibatkan perubahan warna.

Karbohtdrat yang telah difennentasi akan memproduksi asain yang

mengakibatkan indikator phenol red berubah menjadi kuning, ha1 ini

mengindikasikan reaksi positif. Pada beberapa kasus, produksi asam disertai

dengan adanya gas. Hal ini dapat dilihat dengan adanya gelembung di dalam

tabung durham. Bakteri yang tidak marnpu memfermentasi karbohidrat tidak

akan mengubah warna indikator dan tidak menghasilkan gas, ha1 ini

mengindikasikan reaksi negatif.

Berdasarkan Tabel 8, hasil pengamatan uji fermentasi karbohidrat

menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri A2, A3, A4, A5, A6, dan A7 mampu

mendegradasi dekstrosa, sedangkan isolat koloni bakteri yang mampu

mendegradasi sukrosa adalah A5, A6, dan A7. Selain itu, mampu ineinfermentasi

karbohidrat dengan diproduksinya asam, tetapi tidak menghasilkan gas. Pada

substrat laktosa isolat-isolat koloni bakteri tersebut tidak mempunyai kemampuan

mendegradasinya. Pada isolat A1 inainpu menghasilkan H2S. Hasil fermentasi

karbohidrat oleh bakteri dapat dilihat pada Gainbar 8.

Gambar 8. Hasil uji fermentasi karbohidrat

(e) Uji fermentasi gula (TSI) dan HzS

Uji fermentasi gula dan H2S merupakan serangkaian uji yang dilakukan

dengan menggunakan medium TSIA (Iriple sugar iron agar). Tujuannya adalah

untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam memfermentasi gula untuk

menghasilkan asam atau gas. Pada media TSIA mengandung tiga macam gula,

yaitu glukosa, laktosa atau sukrosa dan indikator merah fenol serta FeS04 (Lay

1994). Wama merah pada agar menunjukkan reaksi basa, sedangkan warna

kuning menunjukkan reaksi asam. Warna merah pada permukaan agar dan

kuning di bagian bawah agar menunjukkan terjadinya fermentasi glukosa. Warna

kuning pada bagian permukaan dan bawah tabung menunjukkan terjadinya

fermentasi laktosa dan sukrosa (Fardiaz 1989).

Kemampuan bakteri dalam menghasilkan H2S pada media TSIA (triple

sugar iron agar) yang mengandung senyawa FeS04. Pada media ini H2S akan

bereaksi dengan logam ~ e " yang terdapat dalam medium, menjadi FeS (Ferro

Sulfida) yang berwama hitam (Lay 1994)

Uji fermentasi glukosa digunakan untuk mengetahui kemampuan bakteri

dalam memfermentasi glukosa dengan menghasilkan asam dan gas. Pada media

TSIA dapat diketahui terjadinya fe~mentasi glukosa, laktosa, atau sukrosa dan

produksi gas dari glukosa yang ditandai dengan terbentuknya rongga-rongga di

bagian bawah agar. Warna merah pada permukaan dan kuning di bagian bawah

tabung menunjukan terjadinya fermentasi glukosa tetapi tidak laktosa dan sukrosa.

Warna kuning pada bagian permukaan dan bagian bawah tabung menunjukkan

terjadinya fermentasi glukosa, laktosa, dan sukrosa (Fardiaz 1989).

Pada umumnya, jika bakteri dapat memfermentasi karbohidrat maka dapat

memfermentasi glukosa (monosakarida). Jika glukosa dapat difermentasi,

terdapat kemungkinan adanya fermentasi karbohidrat jenis lain, seperti

monosakarida selain glukosa, disakarida (maltosa, laktosa dan sukrosa) dan

polisakarida (pati, selulosa, hemiseluiosa) (Salle 1961).

Berdasarkan Tabel 8, hasil pengamatan uji fermentasi gula ini menunjukkan

bahwa isolat koioni bakteri Al, A2, A3, A4, dan A5 tidak dapat memfermentasi

gula, sedangkan isolat A6 dan A7 dapat memfeimentasi laktosa dan atau sukrosa.

Sewaktu hidrolisis protein dalam proses fermentasi terjadi penguraian

asam-asam amino yang mengandung sulfur menjadi asam sulfida. Sementara

pada saat bakteri ditumbuhkan dalam media yang kaya akan asam amino

mengandung sulfur seperti TSIA, inaka terjadi desulfurase membentuk H~s.F~*+.

Kemudian H~s.F~'+ bereaksi dengan asam sulfida menghasilkan senyawa FeS

yang berwarna hitam dan tidak larut dalam air (Lay 1994).

Berdasarkan hasil pengamatan, terdapat isolat pada medium TSIA yang

membentuk endapan benvama hitam di bagian bawah tabung yaitu Al. Hal ini

menunjukkan bahwa isolat A1 adalah balcteri yang mempunyai enzim desulfurase

yang berfungsi untuk memecah sistein dan menghasilkan HzS. Hasil uji

fermentasi gula dan H2S dapat dilihat pada Gambar 9.

A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7

Gambar 9. Hasil uji fermentasi gula (TSIA) dan H2S

(f) Uji merah metil

Uji merah metil (metlzyl red test) bertujuan untuk mengetahui kemampuan

dari mikroorganisme untuk mengoksidasi glukosa dengan meinproduksi asam

dengan konsentrasi tinggi sebagai hasil akhirnya. Heksosa monosakarida glukosa

merupakan substrat utama yang dioksidasi oleh semua oraganisme enteric sebagai

sunber energinya. Hasil akhir dari proses ini akan sangat bervariasi tergantung

dari enzim spesifik yang ada pada bakteri.

Bakteri yang dapat mengoksidasi glukosa akan menghasilkan asam organik

dengan konsentrasi ion hidrogen yang sangat tinggi. Namun balcteri yang tidak

dapat mengoksidasi glukosa akan menghasilkan asam organik dengan konsentrasi

ion hidrogen yang rendah, kemudian asam organik tersebut akan diubah menjadi

komponen yang bersifat tidak asam (non acidic). Dalam uji ini, indikator pH,

yaitu merah metil digunakan untuk mendeteksi adanya konsentrasi asam yang

cukup tinggi sebagai hasil akhirnya. Jika medla MR-VP broth dengan pH 6 akan

berubah menjadi merah setelah ditambahkan merah metil maka mengindikasikan

hasil uji positif, sedangkan jika media tersebut tetap benvarna kuning maka

mengindikasikan hasil uji negatif (Cappucino dan Sherman 1983). Berdasarkan

Tabel 8, hasil pengamatan dari uji merah metil ini menunjukkan bahwa semua

isolat bakteri tidak dapat mengoksidasi glukosa. Hal ini dapat dilihat pa&

Gambar 10.

A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7

Galnbar 10. Hasil uji merah metil

(g) Uji sitrat

Uji sitrat digunakan untuk melihat kemampuan bakteri menggunakan sitrat

sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi. Untuk uji ini dapat digunakan

medium sitrat-koser berupa medium cair atau medium sitrat-simmon berupa

medium padat (Lay 1994). Jika bakteri tidak dapat memfermentasi glukosa dan

laktosa maka beberapa bakteri dapat menggunakan sitrat sebagai sumber karbon

untuk energi. Kemampuan bakteri dalam memanfaatkan sitrat tergantung dari

adanya enziln sitrat permease yang meinbantu transportasi sitrat ke dalam sel.

Sitrat merupakan ha1 utama pada siklus Krebs. Sitrat ini &hasilkan pa& proses

kondensasi dari asetil aktif dengan asam oksalasetat. Sitrat bertindak berdasarkan

enzim sitrase, yang memproduksi asam oksalasetat dengan asan asetat. Produk

ini keinudian diubah secara enzimatis menjadi asam piruvat dan karbondioksida

(Cappucino dan Shennan 1983). Medium yang digunakan pada uji ini adalah

Simmons citrate yang merupakan medium sintetik dengan Na sitrat sebagai satu-

satunya sumber karbon, N H ~ + sebagai sumber N dan brom t/zymol blue sebagai

indikator pH. Bila mikroorganisme malnpu menggunakan sitrat, maka asam akan

dihilangkan dari medium biakan sehingga menyebabkan peningkatan pH dan

mengubah warna medium dari hjau menjadi biru (Lay 1994). Berdasarkan Tabel

8, hasil pengamatan dari uji sitrat ini menunjukkan bahwa hanya isolate koloni

bakteri A4 yang memberikan hasil positif. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri

tersebut mempunyai kemampuan dalain menggunakan sitrat sebagai surnber

karbon untuk energinya. Hasil uji sitrat dapat dilihat pada Gambar 11.

Gambar 11. Hasil uji sitrat

(h) Uji urease

Beberapa bakteri mampu menghasilkan enzim urease yang ~nenguraikan

urea menjadi ammonium dan C02. Aktivitas enzim urease ini dapat diamati

dengan menumbuhkan bakteri dalam media biakan yang mengandung urea dan

indikator pH (biasanya phenol red). Bila urea dihidrolisiskan, NJ&+ terakumulasi

dalam media biakan dan menyebabkan pH media menjadi basa. Perubahan wama

dari inerah-jingga menjadi merah ungu merupakan petunjuk tejadinya hidrolisis

urea (Lay 1994)

Uji urease bertujuan untuk mengetahui kemampuan mikroorganisme dalam

mendegradasi urea atau menghasilkan enzinl urease. Enzim urease diproduksi

oleh beberapa organisme, yang merupakan enzim yang dapat membantu

identifikasi dari bakteri Proteus vulgaris. Walaupun organisme dapat

menghasilkan enzim urease, reaksi pada substrat urea cenderung lebih lambat

dibandingkan spesies Proteus. Selain itu, uji ini juga dapat membedakan genus

ini dengan mikroorganisme lactose-nonfermenting enterik lainnya.

Enziln urease merupakan enzim hidrolisis yang memecah ikatan nitrogen

dan karbon pada komponen amida seperti urea clan membentuk amonia yang

menciptakaan suasana basa. Pada uji ini digunakan media urea broth yang

mengandung pH indikator phenol red. Jika bakteri tersebut menghasilkan enzim

urease maka akan te rjadi perubahan wama pada media, dari ungu menjadi merah

ja~nbu ('ink) (Cappucino dan Sherman 1983). Berdasarkan Tabel 8, hasil uji

urease ini menunjukkan bahwa semua isolat bakteri tidak menghasilkan enzim

urease, sehingga bakteri-bakteri tersebut tidak dapat mendegradasi urea dan

memanfaatkan urea dalam metabolisme selnya. Hasil uji urease dapat dilihat pada

Gambar 12.

A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7

Gambar 12. Hasil uji urease

(i) Uji katalase

Uji katalase digunakan untuk mengetahui adanya enzim katalase pada isolat

bakteri. Katalase adalah enzim yang dapat mengkatalisasi penguraian hidrogen

peroksida (H202) menjadi air dan 0 2 . Hidrogen peroksida bersifat toksik terhadap

sel karena bahan ini dapat menginaktifkan enzim dalam sel. Uji ini penting

dilakukan untuk mengetahui sifat bakteri terhadap kebutuhan akan oksigen (Lay

1994). Selama proses pemapasan, mikroorganisme menghasilkan hidrogen

peroksida, pada beberapa kasus juga menghasilkan superoksida yang bersifat

toksik. Akunulasi zat ini dapat menyebabkan kematian pada bakteri, namun zat

ini dapat diurai secara enzimatis. Zat ini diproduksi oleh bakteri yang bersifat

aerob, anaerob fakultatif dan mikroaeropili ketika bakteri tersebut mengunakan

pernapasan secara aerob, sehingga oksigen menjadi elektron aseptor (Cappucino

dan Sherman 1983).

Bakteri dapat dibedakan menjadi tiga grup berdasarkan kebutuhannya akan

oksigen, yaitu bakteri yang bersifat aerobik, anaerobik, dan anaerobik fakultatif.

Setiap bakteri mempunyai suatu enzim yang tergolong flavoprotein yang dapat

bereaksi dengan oksigen membentuk senyawa-senyawa beracun, yaitu H202 dan

suatu radikal bebas yaitu 02*, dengan reaksi sebagai berikut:

0 2

Flavoprotein Hz02 + 0 2 *

Bakteri yang bersifat aerobik mempunyai enzim superoksida dismutase yang

dapat memecah radikal bebas dan enzim katalase yang dapat memecah H202

sehingga menghasilkan senyawa-senyawa akhir yang tidak beracun. Reaksi

tersebut dapat ditulis sebagai berikut:

Superoksida dismutase

2 0 2 * +2He H202 + 0 2

Katalase

2 H202 2 H 2 0 + 0 2

Bakteri yang bersifat anaerobik fakultatif juga memiliki enzim superoksida

dismutase, tetapi tidak inemiliki enzim katalase, melainkan memiliki enzirn

peroksidase. Enzim tersebut dapat mengkatalis reaksi antara Hz02 dengan

senyawa organik, menghasilkan senyawa yang tidak beracun, reaksi tersebut

adalah sebagai berikut:

peroksidase Senyawa organik 2 H202 + Senyawa organik -----, teroksidasi + 2 Hz0

Bakteri anaerobik obligat tidak memiliki enzim superoksida dismutase

maupun katalase. Karenanya oksigen merupakan racun bagi bakteri tersebut

karena terbentuknya H202 dan 0 2 * (Fardiaz 1988).

Penentuan adanya katalase diuji dengan larutan 3 % H202. pada koloni

terpisah Jika bersifat katalase positif akan terlihat pembentukan gelembung udara

sekitar koloni (Lay 1994). Berdasarkan Tabel 8, hasil uji katalase menunjukkan

bahwa semua isolat bakteri bersifat positif artinya membutuhkan oksigen dalam

kehidupannya (bersifat aerob).

Cj) Uji oksidase

Uji oksidase berfungsi untuk menentukan adanya cytochrome oksidase yang

ditemukan pada bakteri tertentu. Uji ini berguna dalam identifikasi bakteri

patogen seperti misalnya Neisseria gonorrhoea dan Pseudomonas aeruginosa

(Lay 1994). Enzim oksidase meinpunyai peranan penting pada sistem transport

elektron selama respirasi aerobik. Enzim cytochrome oksidase berperan sebagai

katalisator dalam transfer atom hidrogen dari sitokrom yang terakhir ke molekul

oksigen. Sitokrom merupakan senyawa organik yang terdapat dalam sel hidup

dan berperan dalam transper atom hidrogen dari substrat ke molekul oksigen dan

membentuk air. Bakteri aerob, beberapa bakteri anaerobik fakultatif dan

mikroaeropil, menunjukkan adanya aktivitas enzim oksidase. Uji oksidase

digunakan untuk membedakan antara genera Neisseria dan Pseudomonas yang

bersifat oksidase positif dan Enterobacteriaceae yang bersifat oksidase negatif

(Cappucino dan Sherman 1983).

Perbedaan antara proses respirasi dan fermentasi terletak pada senyawa yang

berperan sebagai donor dan aseptor elektron terakhir. Pada respirasi yang

berperan sebagi donor elektron adalah senyawa organik dan sebagai aseptor

elektron dapat berupa oksigen maupun senyawa anorganik yang mengandung

atom hidrogen, sedangkan pada proses fermentasi, sebagai donor dan aseptor

elektron terakhir adalah senyawa organik (Winarno dan Fardiaz 1984).

Pada uji ini digunakan kertas oksidase tes. Jika bakteri tersebut

menghasilkan enzim oksidase sitokrom maka &an terjadi perubahan warna pada

kertas oksidase tes tersebut dari putih menjadi ungu. Berdasarkan Tabel 8, hasil

uji oksidase ini menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri Al, A2, A3, dan A5

memberikan hasil positif. Hasil positif menunjukkan bahwa isolat-isolat bakteri

tersebut mampu menghasilkan enzim cytochrome oksidase, sehingga bakteri

tersebut melakukan metabolisme energi melalui respirasi, sedangkan isolat koloni

bakteri A4, A6, dan A7 tidak mampu menghasilkan enzim cytochrome oksidase,

sehingga bakteri tersebut tidak melakukan metabolisme energi melalui respirasi

melainkan fermentasi.

4.4. Pendugaan Jenis Bakteri

Jenis-jenis bakteri pada jeroan dan daging ikan gindara dapat diduga

berdasarkan karakterisasi sifat morfologi maupun fisiologinya. Hal ini masih

bersifat dugaan, karena untuk mengidentifikasi jenis bakteri secara pasti masih

diperlukan beberapa uji lanjut yang tidak dilakukan dalam penelitian ini.

Pendugaan jenis bakteri yang diisolasi dilakukan berdasarkan Bergey's Manual of

Determinative Bacteriology (Holt et al. 1994). Bagan dan skema identifikasi

disajikan pada Lampiran 6 dan 7.

Menurut skema identifikasi dari Shewan et al. (1970) isolat koloni bakteri

A1 yang berbentuk batang dengan sifat Gram negatif, oksidatif, dan motil

mendekati genus Pseudomonas, Alcaligenes, dun Aerobacterium. Pada Bergey's

Manual of Determinative Bacteriology (Holt et al. 1994) bakteri genus

Pseudomonas memiliki sifat Gram negatif, sel berbentuk batang, aerobik, dapat

menggunakan nitrat sebagai electron aseptor, dapat hidup pada pH 4,5, uji

katalase positif, oksidase positif, motil, dan chemoorganotrof. Hal ini

menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri A1 sudah mendekati genus

Pseudomonas tetapi masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian

ini, yaitu pengamatan flagela, uji nitrat, chemoorganotrof, dan pertumbuhan pada

NaCl 10 %. Untuk itu, perlu dilakukan pengujian lanjutan agar dapat

menyimpulkan dugaan bakteri dari isolat koloni bakteri A1 dengan pasti.

Menurut skema identifikasi dari Shewan et al. (1970) isolat koloni bakteri

A2, A3, A4, dan A5 yang berbentuk batang dengan sifat Gram positif, oksidatif,

dan katalase positif mendekati genus Bacillus. Pada Bergey's Manual of

Determinative Bacteriology (Holt et al. 1994) bakteri genus Bacillus memiliki

sifat Gram positif, motil, memiliki endospora, aerobic atau anaerob fakultatif,

chemoorganotrof, fermentatif, dan katalase positif. Hal ini menunjukkan bahwa

isolat koloni bakteri A2, A3, A4, dan A5 sudah mendekati genus Bacillus tetapi

masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian ini, yaitu uji

fermentatif dan chemoorganotrof. Untuk itu, perlu dilakukan pengujian lanjutan

agar dapat menyimpulkau dugaan bakteri dari isolat koloni bakteri A2, A3, A4,

dan A5 dengan pasti.

Menurut kunci identifikasi bakteri Gram positif dari Cowan dan Steel's

(1993) isolat koloni bakteri A6 dan A7 yang berbentuk bulat dengan sifat Gram

positif, oksidase negatif, katalase positif, tidak motil, dan tidak berspora

mendekati genus Staphylococcus dan Micrococcus. Pada Bergey's Manual of

Determinative Bacteriology (Holt et al. 1994) bakteri genus Sfaphylococcus

bersifat Gram positif, tidak motil, tidak berspora, koloni krem atau putih, anaerob

fakultatif, chemoorganotrof, fermentatif, katalase positif, oksidase negatif, dan

mereduksi nitrat. Bakteri genus Micrococcus bersifat Gram positif, motil, tidak

berspora, chemoorganotrof, katalase positif, dan oksidase positif. Hal ini

menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri A6 dan A7 paling mendekati genus

Staphylococcus tetapi masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada

penelitian ini, yaitu uji fermentatif, chemoorganotrof, dan uji nitrat. Untuk itu,

perlu dilakukan pengujian lanjutan agar dapat menyimpulkan dugaan bakteri dari

isolat koloni bakteri A6 dan A7 dengan pasti. Hasil morfologi dan fisiologi

bakteri disajikan pada Lampiran 8.

5. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan

Ikan gindara (Lepidocibiunt flavobronneum) merupakan salah satu spesies

ikan laut dalam yang banyak digemari oleh masyarakat, selain rasanya yang gurih

juga memiliki khasiat untuk dijadikan obat demam berdarah. Penelitian ini

bertujuan untuk mengetahui jenis bakteri yang diduga hidup pada ikan laut dalam

spesies ikan gindara berdasarkan sifat morfologi dan fisiologinya.

Metode penelitiannya adalah uji kesegaran ikan secara organoleptik dengan

scoring test 1-9 serta isolasi dan karakterisasi bakteri. Prosedur pada tahap

pembiakan bakteri adalah: (1) Persiapan media, (2) Persiapan sampel, (3)

Pengenceran, dan (4) Penuangan ke dalam cawan. Selanjutnya dilakukan isolasi

dan karakterisasi bakteri berdasarkan sifat morfologi dan fisiologi. Koloni bakteri

terpilih diberi kode Al , A2, A3, A4, A5, A6, dan A7.

Hasil analisis bahan menggunakan uji kesegaran ikan secara organoleptik

didapatkan nilai rata-rata semua parameter (mata, insang, bau, dan konsistensi)

adalah 5,75 yang berarti kondisi ikan agak segar. Bakteii genus Pseudontonas

memiliki sifat Gram negatif, sel berbentuk batang, aerobik, dapat inenggunakan

nitrat sebagai electron aseptor, dapat hidup pada PI-I 4,5, uji katalase positif,

oksidase positif, motil, dan cheinoorganotrof. Isolat koloni bakteri A1 berbeiltuk

batang dengan sifat Gram negatif, tidak berspora, oksidatif, dan n~otil. Hal ini

menunjukkan bahwa isolat koloni bakteri A1 sudah mendekati genus

Pseudomonas tetapi masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian

ini, yaitu pengamatan flagela, uji nitrat, chemoorganotrof, dan pertumbuhan pada

NaCl 10 %. Bakteri genus Bacillus memiliki sifat Gram positif, motil, memiliki

endospora, aerobic atau anaerob fakultatif, chemoorganotrof, fermentatif, dan

katalase positif. Isolat koloni bakteri A2, A3, A4, dan A5 berbentuk batang

dengan sifat Gram positif, oksidatif, dan katalase positif. Hal ini menunjukkan

bahwa isolat koloni bakteri A2, A3, A4, dan A5 sudah mendekati genus Bacillus

tetapi masih ada beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian ini, yaitu uji

fermentatif dan chernoorganotrof. Bakteri genus Staphylococcus bersifat Gram

positif, tidak motil, tidak berspora, koloni krem atau putih, anaerob fakultatif,

chemoorganotrof, fennentatif, katalase positif, oksidase negatif, dan mereduksi

nitrat. Bakteri genus Micrococcus bersifat Gram positif, motil, tidak berspora,

chemoorganotrof, katalase positif, dan oksidase positif. Isolat koloni bakteri A6

dan A7 berbentuk bulat dengan sifat Gram positif, oksidase negatif, katalase

positif, tidak motil, dan tidak berspora. Hal ini menunjukkan bahwa isolat koloni

bakteri A6 dan A7 paling mendekati genus StaphyIococcus tetapi masih ada

beberapa uji yang tidak dilakukan pada penelitian ini, yaitu uji fermentatif,

chemoorganotrof, dan uji nitrat. Untuk dapat meuyimpulkan dugaan bakteri

dengan pasti dari isolat koloni bakteri Al, A2, A3, A4, A5, A6, dan A7 perlu

dilakukan pengujian lanjutan. . .

5.2. Saran

Penelitian ini masih perlu dilanjutkan, yaitu perlu dilakukan uji fisiologi

yang lebih lengkap untuk mengidentifikasi bakteri yang terdapat pada ikan laut

dalam spesies ikan gindara (Lepidocibium Jlavobronneunz) sehingga dapat

diketahui genusnya.

6. DAFTAR PUSTAKA

Anonimous. 2003. Cara Menghambat Kemunduran Mutu Kesegaran Ran. Jakarta: Departemen Perikanan dan Kelautan.

Anonimous. 2004. Perairan Laut Dalarn. Jakarta: Departemen Perikanan dan Kelautan.

Anonimous. 2001. Potensi Perikanan Indonesia. Jakarta: Badan Riset Kelautan dan Perikanan.

Anonimous. 2008. Bakteri. http://id.wikipedia.org/wWBakteri diakses Mei 2008.

Anonimous. 2007. Pertumbuhan Bakteri. http://id.www.wiki~edia.com/wiki/Pertumbuhan bakteri diakses Mei 2008.

Candra JI. 2006. isolasi dan karakterisasi bakteri asam laktat dari produk bekasam ikan bandeng (Channos channos). [skripsi]. Bogor: Program Studi Teknologi Hasil Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

Cappuccino JG, Sherman N. 1983. Microbiology A Laboratory Manual. NewYork: State University of New York, Rocklagd Community Collage.

Cowan ST, Steel's. 1993. Cowan and Steel's Maizual for The Ideiltification of Medical Bacteria. Masylad: Mc Graw Hill Book co.

Efendi, Suryadi. 2004. Isolasi dan identifikasi bakteri probiotik dari ikan kerapu macan (Ephinephelus fmcogatus) dalam upaya efisiensi pakan ikan. [laporan penelitian]. Riau. Universitas Riau.

Fardiaz S. 1989. Petunjuk Laboratorium. Analisis Mikrobiologi Pangan. Bogor: Pusat Antar Universitas Pangan dan Gizi, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Institut Pertanian Bogor.

Fardi.az S. 1992. Mikrobiologi Pangan 1. Pusat Antar Universitas Pangan dan Gizi IPB. Jakarta: PT Gramedia Pustaka Utama.

Hadioetomo RS. 1985. Mikrobiologi Dasar Dalam Praktd Teknik dun Prosedur Dasar Laboratorium. Jakarta: Penerbit Gramedia.

Henning PA, Van de Walt AE. 1978. Inclusion of xylan in a medium for the enumeration of total culturable rumen bacteria. Didalam: Hobson, P.N and C.S Stewart, editor. 1997. The Rumen Microbial Ecosystem.. New York: Blackie Academic & Professional.

Hobson PN, Stewart CS.1997. The Rumen Microbial Ecosystem. New York: Blackie Academic &Professional.

Holt JG, Krieg NR, Sneath PHA, Staley JT, William ST. 1994. Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Edisi ke-9. New York: Lippicolt Williams and Wilkins.

Judoamidjojo M, Darwis AA, Said EG. 1990. Teknologi Fernzentasi. Bogor: Pusat Antar Universitas Bioteknologi, IPB.

Kirchman DL. 2000. Microbial Ecology of the Oceans. Luxemberg : John Wiley & Sons, Inc.

Kustanti E. 2008. Kajian awal senyawa antibakteri beberapa ikan laut dalam dari Perairan Barat Sumatera dan Selatan Jawa. [skripsi]. Bogor: Program Studi Teknologi Hasil Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

Lay BW. 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium. Jakarta: PT. Raja Grafindo Persada.

Motik C, Tomo HS, Praharanik S, Sondhak F. 2005. Kekayaan Laut Masa Depan Kita. Jakarta: Departemen Kelautan dan Perikanan.

Munn CB. 2004. Marine Microbiology Ecology and Application. London: BIOS Scientifik Publishers.

Nybakken JW. 1992. Biologi Laut suatu Pendekatan Ekologis. Jakarta: PT. Grainedia.

Oxoid. 2007. Nuhient Agar. Hampshire: LTD. Basing Stoke

Pelczar MJ, Chan ECS. 1986. Dasar-dasar Mikrobiologi I. Hadioetomo, Katna S, Imas T, Tjitrosono SS, Angka SL, penerjemah. Jakarta: Universitas Indonesia. Terjemahan dari : Elements of Microbiology. Masyland: Mc Graw Hill Book Co.

Prabaningtyas S. 2003. Karakteristik Bakteri Koleksi Laboratorium Mikrobiologi Universitas Negeri Malang. Malang: Chimera Vol: VIII. No.2.

Prayitno BY. 2007. &an Gindara. ht~://www.wikimu.com/News.asvx?=3551 diakses Mei 2008.

Rahayu WP, Ma'oen S, Suliantari, Fardiaz S. 1992. Teknologi Fermentasi Produk Perikanan. Bogor: Pusat Antar Universitas Pangan dan Gizi, Institut Pertanian Bogor.

Rehm HJ, Reed G. 1981. Biotechnology: Microbials Fz~ndamental, volume 1. Luxemberg: Verlag Chamie, Weinheim.

Russell JB, Brunckner GG. 1991. Microbial ecology of the normal animal intestinal tract. Didalam: J.B. Woolcock, editor. Microbiology of Animal and Animal Products. New York: Elseiver.

Satle AJ. 1961. Fundamental Principles of Bacteriology. New York: Mc Graw Hill Book Company Inc.

Saono S, Winarno FG. 1979. International Symposium on Microbiological Aspects of Food Storage, Processing and Fermentation in Tropical Asia. December 10-13. Bogor: Food Technology Development Center, Institut Pertanian Bogor.

[SNI] Standar Nasional Indonesia 01-2346. 1991. Uji Organoleptik Ikan Segar. Jakarta: Dewan Standarisasi Nasional.

Subani W, Barus HR. 1989. Alat Penangh-apan Ih-an dan Udang di Indonesia. Jakarta : BPPL

Winarno FG, Fardiaz S. 1980. Pengantar Teknologi Pangan. Jakarta: Grarnedia

Winarno FG, Fardiaz S. 1981. Bioferineiztasi dun Biosintesa Protein. Bandung: Angkasa.

Yartati. 2007. Manfaat Ikan. http:/lyartati.multi~l~.com/reviewsiitem/63 diakses Mei 2008.

LAMPIRAN

Lampiran 1. Komposisi media yang d i i k a n (Cappucino dan Sherman

Phenol red dextrose broth : Trypticase 10 g Dextrose 5 g Sodium chloride 5 g Phenol red 0,018 g pH 7,3

Phenol red lactose broth : Tmticase 10 g Lactose 5 g Sodium chloride 5 g Phenol red 0,018 g PH 7,3

Phenol 4 sucrose. broth : Trypti- Sucrose Sodium chloride Phenol red pH

Skim Milk Agar : Tripton Ekstrak khamir Dekstrose Agar Susu skim bubuk (20 %) Akuades pH

Simmons citrate agar : Ammonium dihydrogen phosphate Dipotassium phosphate Sodium chloride Sodium citrate Magnesium sulfate Agar Bromthymol blue pH

S t a d Agar

Tributyrin Agar

: Peptone Ekstrak sapi Starch (soluble) Agar pH

: Peptone Ekstrak sapi Tributyrin Agar

Triple Sugar-Iron Agar : Ekstrak sapi Ekstrat yeast Peptone Proteose peptone Lactose Saccharose Dextrose Ferrous sulfate Sodium chloride Sodium thiosulfate Phenol red Agar

Urea broth

MR-VP bmth

: Urn broth concentrate Air destilasi sted

: Peptone Dextrose Potassium phosphate PH

-. Lampiran 2. Penilaian uji organoleftik

SNI 01-2346-2606 Lcin bar pcnilaian organoleptik ikan segar

Naina Panelis : ............................................ Tanggal: . . . . . . . . .. . . . .. . .

- Cantumkan kode contoh pada kolom yang tersedia sehelum melakkan ~engujian

- Uerilah tanda d pada nilai yang dipilih sesuai kode conroll yang diuji.

Spesifikasi

. . A Kenainpakan 1 Mata

I

Nilai

Lapisan lendir jernih. transparan. mengKilar cerali.

Lapisan -1enciir-jernih. iransparan. csrah. .I.?e!~un ada perubalian w o r k .

Lapisan lendlr mulai agak keruh, v;arna agak p~rtih: kurang transparan.

Lapisan lendil- riiirlii keruh. viarlia putih agak kusan~. kuranc_l transparan

Lendir tebal 1:1:?11~;~~irnl)al. rnulai ijer-ul:ali ?:.arm pi~tili, keruli.

Lendir tebal meng~umpal. bei-mrna ~ u i i l i kuniny.

Kode ilcan , 1 2 1 3 1 1

I I \ Ceralh, bola mato rn,monjol: kurnea jeinili.

Cerah, bola mata rata, kornea jernih.

Agak cerah: bola niata rata. pupil ayak keabu-abuan. kornea agak Reruli.

Bola mata agak cekung, pupil berubah keabi!-abuan, koinea agak keruh.

6ola mata agak cekung. pupil keabu-abuan, kornea agak keruh.

601a niata cekung, pupil mi~lai berubah rnenjadi putih st~su. kornea keruh.

601a lnata sangat cekung: kornea agak kuning. 2 Insang

I iwaina nierali'cemeriang. ianpa lendir.

!JJarria nierah kurang cenierlang, tanpa lendir.

;YJa~-na merah agak kusarn. tanpa lenclir.

Merali agak ki~sani. seclikit Iendir.

Mulai ada ;jerilbai!c?n ;::arlia, merah i;ecoklaian: seclikit lendir, tanpa iel~clir. Warna merah cnklat. lendil- tebal.

Warna n~erah coklat ada scdikit piltih. Ie~:dir tellal 3 Lendir Permukaan Badan

I I I

9

8

7

5

9 a

Lendir tebol met;ygi~mpaI. ;:+arna kunincl kecoklaton I

I h :I

8

,S

., J

I

9

8

7

6

5

3 J

'I

-

...

I

I

I

I 1 i

I

I

I

I

I I

I ! I - 7

I I

I I

I

Lampiran 3. Bentuk pertumbuhan koloni (Egrdiaz 1989)

7

Bulal dengan Bulal dcngan Pcrmubm lepi bergelombang trpi timbul hrut

T i m &ntuk- L tentur .

BUIC~ d=wn Rhizoid Kompkks +erser=but BENTUK DART ATAS

. &@PI& ~ a l u s &a=- Lobat

lomhng

&% .dlk A 'I"&* S1N.t Berubang

,e<.tur

sma +'* & n ~ g ilambut

BNTUK D A R ~ PMCGIR .

- - Daur Tlmbul Konoeks

= - 0unung Umbonat &rbuklt - Tumbuh k &lam Krrte-

me& rlform B ~ K PENONJOLAN

Lampiran 4. Rekapitnlasi hasil uji organoleptik ikan gindara

Pengujian ini dilakukan oleh panelis semi terlatih dengan jumlah sebanyak 22 orang

Hasil perhitungan rata-rata : Parameter I Rata-rata hasil uji

lnsan

Konsistensi

1. Mata berdasarkan hasil organoleptik menunjukan bahwa bola mata sudah mulai agak cekung, pupil keabu-abuan, dan komea agak keruh.

2. Insang benvarna merah agak kusam dan sedikit berlendir. 3. Bau netral 4. Konsistensi (agak padat, elastis, bila ditekan jari, dan sulit menyobek dari tulang belakang)

Lampiran 5. Koloni bakteri yang diisolasi

Lampiran 6. Kunci identifikasi bakteri Gram positif (Cowan dan Steel's 1993)

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 M 21

s h a o e S S S S S S S R R R R R R R R R R R R R R . . . . . . . . . . . . . . . . . . A d d iml . W +

. . . . . . . S p w e s . . . . . . . . . + + . . .

. . . . . . . Motility c . . + . . + . . . . . D O

GmnUl in air + + & + + + . + + + + + + . - . - + + + - GmnUlannerabically I - + J w w + + + - + + + + - + + + + D - r CaLame + + W - . . . + + * * . + + . . . + + + +

. . . . . . . . . Oids6e e . . . . . X X X X X d

GlumSC (atid) D + r + + + + / . - . + + + + + + - D D + * + OF 01- F F F F F Fl- - - F F F F F F - Fl- FlOl- 0 0 ON

. . . . . . . . . . . . . . . . . . 6.2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . s . 4 . . . . . . . . . . . .

. . . d . . . . . . . . . . . . .

. . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . I . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . O - n . - . . .

Keterangan: . : Peptococm, Peptoshepiococm (juga Leuconostoc)

S : R : NT:

juga Actinomyces, Odontolytim reaksi berbcda diantara species reaksi berbeda diantara galur fermentatif oksidatif reaksi lemah tidak diketahui jenis yang tidak menghasilkan spora bentuk tipikal bulat batang tidak diuji

Lampiran 7. Skema identifikasi jenis bakteri menurut Shewan et al. 1970

I I

1 A8:rnrnc>nns I . Koilolllas. . I

gk,rn ~:n~crohncterlacr:ar .

I' . . I . rnot1.l . s .,?lrftr. "l.n-","L i 1 - okslLlare .

g~-&dsa"cC_\!-; I spesles t a l n I I 1

~ i d a k h~ . ruorna uarna k u n i n q

, okaldasc . o k s i i l o s ~ - 0 l i ~ I d n . c (1i.c I.]

.I ' 1 - I . ' ~ l a v a b o c c c r i v n I

Cvtoohoo., berv:,rna Fucrrnsccn-s r i d n k . her.- I,, j=u I l ~ o r c s e o s a n s

~ L X n l l n (11 L L) nt,rz,xe! I= I I

Lampiran 8. Hasil karakterisasi morfologi dan fisioloai bakten'