IDENTIFIKASI POSTLARVA FAMILI GOBIIDAE DARI MUARA … · di Batu Hiu Ciamis yang berjudul...

i

IDENTIFIKASI POSTLARVA FAMILI GOBIIDAE DARI

MUARA SUNGAI KEDURANG, BENGKULU

MELALUI DNA BARCODE

LILIANI ISNA DEVI

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2012

ii

ABSTRAK

LILIANI ISNA DEVI. Identifikasi Postlarva Famili Gobiidae dari Muara Sungai Kedurang,

Bengkulu melalui DNA Barcode. Dibimbing oleh Dr. Ir. ACHMAD FARAJALLAH, M.Si dan

Dr. Ir. R. R. DYAH PERWITASARI, M.Sc.

Postlarva ikan famili Gobiidae merupakan salah satu biota migran musiman dalam jumlah

yang sangat besar. Kegiatan untuk mengidentifikasi spesies dari postlarva sulit dilakukan

berdasarkan ciri morfologi karena sebagian besar panduan identifikasi ikan didasarkan pada

karakter dewasa. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi spesies postlarva ikan

gobi dalam kumpulan anakan ikan yang bermigrasi di muara Sungai Kedurang, Bengkulu

menggunakan DNA Barcode. Sebanyak 22 ekor postlarva ikan dari famili Gobiidae yang

diawetkan dalam alkohol dijadikan sebagai sampel. Ruas DNA yang dijadikan barcode yaitu ruas

gen CO1. Amplifikasi gen CO1 berhasil dilakukan dengan ukuran yang berkisar 700-800 pb.

Sampel no 4, 5, 6, 10, 11, 12, 14, 16, 18, 21, 22 dan 22 teridentifikasi sebagai Stiphodon atratus,

sampel no 19 dan 20 teridentifikasi sebagai Amblyeleotris sungami sedangkan sampel no 3

teridentifikasi sebagai Novem Genus (genus baru) dari subfamili Sicydiinae. Berdasarkan hasil

rekonstruksi pohon filogeni dengan menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) bootstrap 1000x

didapatkan dua klad besar, yaitu klad pertama yang terdiri dari Stiphodon atratus dan Novem

Genus, serta klad kedua yang terdiri dari Amblyeleotris sungami.

ABSTRACT

LILIANI ISNA DEVI. Postlarvae Identification of Gobiidae Family from Kedurang Estuary,

Bengkulu through DNA Barcode. Supervised by Dr. Ir. ACHMAD FARAJALLAH, M.Si and Dr.

Ir. R. R. DYAH PERWITASARI, M.Sc.

Gobiidae family fish postlarvae is one of seasonal migrant biota in a very large number. It

is difficult to identify fishes species according to morphological characteristics of postlarvae

because most of the fish identification guide is based on adult characters. The aim of this study

was to identify the species composition of Gobiidae postlarvae that migrated in Kedurang estuary,

Bengkulu through DNA Barcode. A total of 22 tails Gobiidae family postlarvae which were

preserved in alcohol used as sampels. Segment of CO1 gene was used for barcoding purpose.

Amplified of CO1 gene were successfully yielded in 700-800 bp fragment. Sample no 4, 5, 6, 10,

11, 12, 14, 16, 18, 21, 22 and 22 were identified as Stiphodon atratus, sample no 19 and 20 were

identified as Amblyeleotris sungami while the sample no 3 were identified as of Novem Genus of

subfamily Sicydiinae. Phylogeny tree reconstruction using the Neighbor Joining (NJ) bootstrap

1000x showed two major clades. One clade contains Stiphodon atratus and Novem Genus, other

clades include only Amblyeleotris sungami.

iii

IDENTIFIKASI POSTLARVA FAMILI GOBIIDAE DARI

MUARA SUNGAI KEDURANG, BENGKULU

MELALUI DNA BARCODE

LILIANI ISNA DEVI

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Sains pada

Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2012

iv

Judul Skripsi : Identifikasi Postlarva Famili Gobiidae dari Muara Sungai

Kedurang, Bengkulu melalui DNA Barcode

Nama : Liliani Isna Devi

NIM : G34080057

Disetujui

Dr. Ir. Achmad Farajallah, M.Si Dr. Ir. R.R. Dyah Perwitasari, M.Sc

Pembimbing I Pembimbing II

Diketahui

Dr. Ir. Ence Darmo Jaya Supena, M.Si

Ketua Departemen Biologi

Tanggal lulus:

v

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas limpahan rahmat dan hidayah-

Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah ini. Penelitian ini dilaksanakan mulai

bulan Februari hingga April 2012 sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar sarjana sains

di Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian

Bogor. Karya ilmiah ini berjudul identifikasi postlarva famili Gobiidae dari muara sungai

Kedurang, provinsi Bengkulu melalui DNA Barcode.

Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Dr. Achmad Farajallah dan Dr. Dyah

Perwitasari selaku pembimbing yang telah memberikan banyak ilmu, dan bimbingannya kepada

penulis. Ungkapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada keluarga tercinta, terutama

almarhum ayah (Drs. Abiyono, MM), ibu (Dra. Eny Mustafidah), kakak (Mohammad Awaluddin

Annas) atas segala doa yang tiada henti, kasih sayang, dan dukungannya. Penulis mengucapkan

terima kasih kepada semua keluarga besar zoologi (Mbak Kanthi, Pak Bambang, Ibu Taruni, Ibu

Rika, Pak Tri Atmo, Pak Heru, Mas Wildan, Mba Dea, ka Iqbal, ka Bisri, ka Icha, ka Rindi, Mba

Tetri, Mba Puji, Ka Sinyo, Kak Sars, Mba Tini, Mba Ani, Pak Adi yang telah berbagi ilmu serta

segala dukungannya. Tak lupa penulis sampaikan terima kasih kepada Rahmat Hafid dan sahabat

seperjuangan (Ai, Esa, Tyas, Yanti, Delvi, Anas, Dalfit, Adit, Agus) atas segala bantuan, nasehat,

dan semangat yang selalu diberikan selama penelitian. Selain itu, terima kasih kepada teman-

teman Biologi angkatan 45 yang telah memberikan motivasi kepada penulis.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat dan menambah khasanah ilmu pengetahuan kita

semua. Saran dan kritik yang membangun sangat penulis harapkan agar karya ilmiah ini menjadi

lebih baik.

Bogor, September 2012

Liliani Isna Devi

vi

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Jepara pada tanggal 03 Februari 1990 dari Bapak Drs. Abiyono, MM

(Alm) dan Ibu Dra. Eny Mustafidah. Penulis merupakan anak kedua dari dua bersaudara. Penulis

menyelesaikan pendidikan sekolah dasar di SD Negeri Harapan Baru 03 pada tahun 2002, dan

lulus dari SMP Negeri 1 Bekasi pada tahun 2005. Tahun 2008 penulis lulus dari SMA Negeri 1

Bekasi dan pada tahun yang sama melanjutkan pendidikan di Institut Pertanian Bogor, Fakultas

Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Departemen Biologi melalui jalur penerimaan USMI.

Selama mengikuti perkuliahan di IPB, penulis aktif sebagai asisten praktikum mata kuliah

Vertebrata, Struktur Hewan, dan Botani Umum pada tahun ajaran 2011/2012. Selain aktif di

perkuliahan, penulis juga aktif mengikuti organisasi yaitu sebagai bendahara BioWorld pada

Himpunan Mahasiswa Biologi (HIMABIO) dan sebagai bendahara Pengembangan dan

Pendampingan di Bina Desa FMIPA. Selain itu, penulis juga mengikuti berbagai kepanitiaan acara

seperti BOX, BIOS, BIONIC, Pesta Sains, Program Penghijauan Mahasiswa Biologi, Revolusi

Sains, dan Lomba Cepat Tepat Biologi. Penulis telah melakukan praktik lapangan pada tahun 2011

di Batu Hiu Ciamis yang berjudul pengelolaan dalam penetasan telur penyu di kelompok pelestari

biota laut (KPBL) pantai Batu Hiu, Ciamis.

vii

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL .......................................................................................................................... viii

DAFTAR GAMBAR ..................................................................................................................... viii

DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................................................. viii

PENDAHULUAN ............................................................................................................................ 1

Latar Belakang .............................................................................................................................. 1

Tujuan Penelitian .......................................................................................................................... 1

BAHAN DAN METODE ................................................................................................................. 2

Waktu dan Tempat ........................................................................................................................ 2

Bahan ............................................................................................................................................ 2

Identifikasi sampel ................................................................................................................... 2

Ekstraksi DNA ......................................................................................................................... 2

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA ............................................................................. 2

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing ........................................................... 2

HASIL ............................................................................................................................................... 2

Amplifikasi dan Visualisasi DNA ................................................................................................ 2

Analisis Filogeni ........................................................................................................................... 3

PEMBAHASAN ............................................................................................................................... 6

DNA Barcode ............................................................................................................................... 6

Hubungan filogeni antar famili Gobiidae ..................................................................................... 7

SIMPULAN ...................................................................................................................................... 8

DAFTAR PUSTAKA ....................................................................................................................... 8

LAMPIRAN ...................................................................................................................................... 9

viii

DAFTAR TABEL

1 Tahap, tanggal, dan waktu pengambilan sampel postlarva ikan Gobi ........................................... 3

2 Jumlah perbedaan nukleotida gen CO1 antar sampel postlarva ikan Gobi .................................... 4

3 Jumlah perbedaan nukleotida dan jarak genetik gen CO1 beberapa spesies Famili Gobiidae ....... 5

DAFTAR GAMBAR

1 Amplikon gen CO1 ikan Gobi di atas PAGE 6%. ......................................................................... 3

2 Pengelompokan sederhana dari sampel postlarva ikan Gobi. ........................................................ 4

3 Hasil rekonstruksi pohon filogeni beberapa spesies ikan Gobi berdasarkan ruas CO1 mtDNA. ... 6

DAFTAR LAMPIRAN

1 Gambar postlarva famili Gobiidae yang digunakan dalam penelitian ......................................... 10

2 Tahapan ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid ..................................................... 11

3 Tahapan visualisasi fragmen DNA produk PCR .......................................................................... 13

4 Hasil pensejajaran ruas gen CO1 dari beberapa spesies famili Gobiidae ..................................... 14

1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Muara sungai (estuaria) merupakan daerah

pertemuan air tawar dan laut. Estuari dicirikan

dengan kondisi lingkungan yang subur dan

fluktuatif mengikuti pasang-surut laut. Secara

umum estuaria mempunyai peran ekologis

penting, yaitu sebagai tempat berlindung,

mencari makanan, tumbuh dan bereproduksi

bagi sejumlah spesies ikan dan udang

(Subiyanto et al. 2008). Estuaria merupakan

habitat dengan keanekaragaman biota yang

sangat tinggi, baik biota residen maupun

migran. Salah satu biota migran musiman

dalam jumlah yang sangat besar yaitu

postlarva ikan gobi dari famili Gobiidae.

Famili Gobiidae memiliki siklus hidup

unik yang bersifat amphidromi. Ikan gobi

dewasa menetaskan telurnya di sungai, lalu

larva akan terbawa arus ke estuaria dan

selanjutnya menuju ke laut. Larva tersebut

akan tinggal di laut sekitar enam bulan. Larva

akan bermigrasi kembali ke estuaria dalam

bentuk postlarva. Selanjutnya postlarva akan

berubah menjadi juvenil dan akan kembali ke

sungai untuk tumbuh menjadi dewasa dan

bereproduksi (McDowall 2007).

Fenomena kembalinya kumpulan postlarva

ikan Gobi menuju estuaria akan membentuk

gelombang hitam. Gelombang ini sering

disebut sebagai ipun-ipun oleh masyarakat

Bengkulu. Ipun-ipun menjadi sumber makanan

penting bagi penduduk Bengkulu. Di lain

tempat, ikan Gobi juga dimanfaatkan sebagai

makanan yang lezat bagi orang Taiwan dan

Jepang, walaupun dijual dengan harga yang

tinggi. yaitu 20 dolar per kilo (Lin 2007).

Fenomena ipun-ipun tersebut dapat

menggerakkan rantai makanan sehingga

dinamika ekosistem berlangsung dengan baik.

Nutrient tinggi yang terdapat di estuaria

mampu menyebabkan tingginya kelimpahan

fitoplankton. Dengan melimpahnya

keberadaan fitoplankton, maka dapat

mempengaruhi kelimpahan zooplankton dan

ikan kecil termasuk postlarva yang berperan

sebagai konsumennya. Predator utama dari

postlarva ikan Gobi yaitu udang dan kepiting.

Famili Gobiidae dicirikan dengan adanya

sirip ventral yang menyatu dan membentuk

piringan penghisap. Hal ini memungkinkan

ikan dari famili ini tetap pada posisinya di

perairan dengan arus yang deras. Ikan Gobi

yang hidup di batu karang, memiliki sirip

ventral yang pendek, sedangkan ikan Gobi

yang hidup di pasir halus dan bagian dasar

yang tidak stabil akan memiliki sirip ventral

yang besar (Victor et al. 2010). Ikan Gobi

menyumbang angka keanekaragaman ikan

terbesar di Indonesia, yaitu 18 spesies

ditemukan di Sumatera, 17 spesies di

Kalimantan, 19 spesies di Jawa dan 22 spesies

di Sulawesi (Kottelat & Whitten 1993).

Ikan merupakan kelas dari vertebrata yang

memiliki keanekaragaman jenis luar biasa. Hal

ini terjadi karena ikan mempunyai morfologi

dan adaptasi biologi yang sangat

beranekaragam. Dengan kata lain, variasi

intraspesies dan interspesies pada setiap taksa

ikan sangat tinggi (Zhang & Hanner 2011).

Proses untuk mengidentifikasi ikan menjadi

tantangan tersendiri bagi taksonomis. Selain

itu, kegiatan untuk mengidentifikasi spesies

dari postlarva atau anakan ikan sulit dilakukan

berdasarkan ciri morfologi. Sebagian besar

panduan identifikasi ikan didasarkan pada

karakter dewasa. DNA Barcode dapat

menyelesaikan permasalahan ini karena dapat

mengidentifikasi larva ikan (Pegg et al. 2006).

DNA Barcode telah menarik perhatian

dunia sebagai sistem yang dapat

mengidentifikasi spesies secara cepat dan tepat

(Zhang & Hanner 2011). Ruas yang banyak

digunakan pada hewan sebagai barcode sekitar

700 pb di bagian ujung 5’ gen cytochrome

oxidase 1 (COI) genom mitokondria (Ward et

al. 2005). Teknik tersebut tidak hanya

mempunyai kegunaan untuk mengidentifikasi

spesies yang sudah dikenal, tetapi juga dapat

memastikan suatu spesies baru (Hajibabaei et

al. 2005). Selain itu, DNA Barcode dapat pula

mengungkapkan fenomena spesies cryptic,

species sibling, keragaman yang belum

terungkap, hubungan filogeni di antara takson

yang berdekatan dan dapat digunakan pula

untuk memantau asal usul suatu komoditas

laut (Syafrina 2011). Victor et al. (2007),

melaporkan bahwa secara morfologi ikan Gobi

Coryphopterus kuna sama dengan

Coryphopterus spp, namun ketika

diidentifikasi menggunakan DNA Barcode

didapatkan perbedaan runutan nukleotida

sebesar 25%. Taksonomi dan identifikasi

merupakan salah satu dasar yang sangat

penting bagi pelaksanaan konservasi.

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk

mengidentifikasi komposisi spesies postlarva

ikan gobi dalam kumpulan postlarva ikan yang

bermigrasi di muara Sungai Kedurang,

Bengkulu menggunakan DNA Barcode.

2

BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian dilaksanakan pada bulan

Februari-April 2012. Analisis DNA dilakukan

di bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan,

Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan

Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian

Bogor.

Bahan

Sampel yang digunakan pada penelitian ini

adalah 22 sampel postlarva ikan dari famili

Gobiidae. Ikan ini diambil dari muara sungai

Kedurang, Bengkulu dengan lima kali

pengambilan (Tabel 1). Sampel-sampel

tersebut merupakan koleksi Dr. Achmad

Farajallah IPB. Semua sampel disimpan dalam

alkohol 70% yang mengandung EDTA 1 mM.

Identifikasi sampel

Koleksi postlarva ikan dipilih berdasarkan

ada tidaknya sirip cakram ventral sebagai

pembeda utama anggota famili Gobiidae

(Victor et al. 2010) (Lampiran 1).

Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA dari otot epaksial dilakukan

menggunakan DNA Extraction Kit for animal

tissue (Geneaid Biotech Ltd). Alkohol

pengawet otot dibuang dengan cara merendam

potongan otot yang berjumlah sekitar 50 mg

dalam akuades steril. Otot disuspensikan

dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM,

EDTA 0.1mM, pH 8.0) dan dilisis

menggunakan proteinase K 0,125 mg/ml dan

sodium dodesil sulfat 1%. Pemisahan DNA dari

bahan organik lainya dan pemurnian DNA

selanjutnya mengikuti panduan yang dibuat

oleh produsen (Lampiran 2).

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA

Amplifikasi ruas gen CO1 dilakukan

dengan menggunakan primer universal DNA

Barcode ikan (http://ibol.org), yaitu AF282 5’-

TCTACCAACCACAAAGACATCGG dan

AF283 5’TACTTCTGGGTGTCCTAAGAAT

CA. Reaksi PCR dilakukan dengan volume

25µL dengan komposisi sampel DNA, Taq

Polimerase (Kappa Biosystems) beserta sistem

buffernya, campuran dNTP, MgCl2, primer

forward dan reverse, dan ddH2O steril. Kondisi

PCR baku (predenaturasi, [denaturasi-

penempelan primer- pemanjangan] x30 siklus-

pemanjangan akhir) dengan suhu penempelan

primer 55ºC selama 1,5 menit. Kualitas

amplikon diuji dengan polyacrilamide gel

electrophoresis (PAGE) 6% dalam bufer 1x

TBE (10 Mm Tris HCl, IM asam borat, dan

EDTA 0,1 Mm) yang dilanjutkan dengan

pewarnaan sensitif perak (Byun et al. 2009)

(Lampiran 3).

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA

Sequensing

Amplikon dengan kualitas pita tunggal

dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing

menggunakan primer yang sama dengan

amplifikasi awal. Runutan nukleotida yang

diperoleh diedit berdasarkan grafik

elektroferogram dari hasil pembacaan

sequensing otomatis ABI (Macrogen Inc) dan

dipastikan lebih lanjut berdasarkan asam

amino yang disandikan. Runutan nukleotida

yang sudah diedit selanjutnya dibuat pohon

filogeni berdasarkan pengelompokan

sederhana ke dalam lima kelompok (Gambar

2). Dipilih satu sampel dari setiap kelompok

untuk dijadikan input dalam pencarian

kesamaan runutan menggunakan BLAST

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

Runutan nukleotida semua sampel dan

yang homolog hasil BLAST saling

disejajarkan menggunakan Clustal W versi 2.0

yang terdapat dalam MEGA versi 5.00 (Larkin

2007). Analisis keragaman nukleotida

berikutnya, yaitu memastikan spesies yang

didasarkan pada model No. of differences dan

membangun pohon filogeni didasarkan pada

jarak genetik Kimura-2-parameter.

Rekonstruksi filogeni selanjutnya

menggunakan metode Neighbour Joining

berdasarkan model subtitusi Kimura-2-

parameter.

HASIL

Amplifikasi dan Visualisasi DNA

Gen CO1 berhasil diamplifikasi

menggunakan primer AF282-AF283 dengan

ukuran berkisar 700-800 pb pada 22 sampel, 7

sampel diantaranya terlihat tipis (Gambar 1),

sehingga diperoleh 15 sampel yang dapat

dianalisis lebih lanjut.

Dari hasil pensejajaran antar sampel,

diperoleh ruas DNA yang saling sejajar

sepanjang 623 nt (nukleotida) (Lampiran 4).

Dari 623 nt tersebut, terdapat 186 nt yang

berbeda dan 437 nt yang sama antar sampel.

Sampel no 4 dibandingkan dengan no 11

memiliki jumlah perbedaan nukleotida yang

paling kecil yaitu satu nt. Sampel no 3

dibandingkan dengan no 19 memiliki jumlah

perbedaan paling besar yaitu 140 nt (Tabel 2).

Berdasarkan pengelompokan sederhana ke

dalam lima kelompok, didapatkan 159 runutan

http://ibol.org/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

3

nukleotida yang homolog dan ruas DNA yang

saling sejajar sepanjang 572 nt.

Jumlah perbedaan nukleotida yang paling

kecil dapat mengidentifikasikan suatu spesies.

Berdasarkan hasil analisis, ke-15 sampel

mempunyai perbedaan nukleotida terkecil

dengan Stiphodon atratus (HQ639080),

Amblyeleotris sungami (FJ582714) dan Novem

Genus (HQ639060). Selanjutnya, keseluruhan

sampel dibandingkan dengan dua spesies dan

satu genus baru tersebut. Berdasarkan hasil

analisis melalui metode No. of differences

pada basa pertama dan kedua, didapatkan hasil

yaitu sampel no 4, 11, 12, 16, 18, 21, 22 dan

23 tidak mempunyai perbedaan nukleotida

dengan Stiphodon atratus, sedangkan sampel

no 5, 6, 10, dan 14 dibandingkan dengan

Stiphodon atratus mempunyai jumlah

perbedaan nukleotida masing-masing 7, 1, 7,

dan 1 nt. Sampel no 19 dan 20 yang

dibandingkan dengan Amblyeleotris sungami

memiliki perbedaan nukleotida masing-masing

sebanyak 9 dan 6 nt. Sampel no 3 yang

dibandingkan dengan Novem Genus

memberikan jumlah perbedaan nukleotida

sebanyak 1 nt (Tabel 3).

Analisis Filogeni

Hasil rekonstruksi pohon filogeni

menggunakan metode Neighbor Joining (NJ)

dengan bootstrap 1000x didapatkan dua klad

besar (Gambar 3). Kekerabatan dari sampel

no 3, 4, 5, 6, 10, 11, 12, 14, 16, 18, 21, 22 dan

23 menunjukkan bahwa sampel-sampel

tersebut mengelompok dalam satu klad,

sedangkan sampel no 19 dan 20 berada di luar

percabangan klad. Sampel no 19 dan 20

mempunyai cabang nodus yang paling panjang

dibandingkan dengan sampel lainnya,

sedangkan sampel no 4 dan 11 tidak

mempunyai cabang nodus. Berdasarkan hasil

pengujian, didapatkan probabilitas dengan

nilai yang tinggi yaitu sebesar 100% pada

nodus nenek moyang di dalam percabangan

klad.

Tabel 1 Tahap, tanggal, dan waktu pengambilan sampel postlarva ikan Gobi

Tahap Pengambilan Tanggal Pengambilan Waktu Pengambilan

Pertama 10 Juni 2011 15.00 WIB

Kedua 07 Juli 2011 14.10 WIB

Ketiga 08 Juli 2011 14.30 WIB

Keempat 10 Juli 2011 15.00 WIB

Kelima 11 Juli 2011 15.00 WIB

Gambar 1 Amplikon gen CO1 ikan Gobi di atas PAGE 6%. Keterangan: M=Marker atau penanda,

3-23=Nomor Sampel.

4

Tabel 2 Jumlah perbedaan nukleotida gen CO1 antar sampel postlarva ikan Gobi

Keterangan: Angka di bawah diagonal merupakan jumlah perbedaan nukleotida pada triplet basa,

angka di atas diagonal merupakan jumlah perbedaan nukleotida pada basa pertama

dan kedua

Gambar 2 Pengelompokan sederhana dari sampel postlarva ikan Gobi. Keterangan : nomor 1-5

merupakan nomor kelompok.

No.

Sampel 3 4 5 6 10 11 12 14 16 18 19 20 21 22 23

3 2 10 3 9 3 4 4 3 3 16 14 3 5 3

4 67 8 1 7 1 2 2 1 1 14 12 1 3 1

5 78 12 9 13 9 10 10 9 9 20 20 9 11 9

6 76 26 36 6 2 3 3 2 2 15 13 2 4 2

10 77 14 20 35

8 9 9 8 8 21 19 8 10 8

11 68 1 13 27 15

1 1 0 0 15 11 2 2 1

12 71 4 16 30 18 3

2 1 1 15 11 1 1 2

14 70 3 15 29 17 2 3

1 1 16 12 3 3 2

16 71 42 54 39 56 41 42 43

0 15 11 2 2 1

18 71 39 51 36 53 38 39 40 7

15 11 2 2 1

19 140 126 133 132 138 127 125 127 125 127

4 14 16 15

20 138 124 133 128 136 123 121 123 117 119 9

12 12 12

21 70 38 50 35 52 39 38 41 8 3 126 120

2 2

22 74 42 54 39 56 41 38 41 10 5 127 119 4

3

23 69 39 50 37 52 39 40 41 9 4 127 120 4 7

1

1

1 2

3

4

5

5

Tabel 3 Jumlah perbedaan nukleotida dan jarak genetik gen CO1 beberapa spesies Famili Gobiidae

No.

Sampel 3 4 5 6 10 11 12 14 16 18 19 20 21 22 23

A.

sungami

Novem

Genus

S.

atratus

3

0,01 0,02 0,01 0,02 0,01 0,01 0,01 0,01 0,01 0,04 0,03 0,01 0,01 0,01 0,02 0,00 0,01

4 2

0,02 0,00 0,02 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,03 0,03 0,00 0,00 0,00 0,01 0,00 0,00

5 8 7

0,02 0,03 0,02 0,02 0,02 0,02 0,02 0,05 0,05 0,02 0,02 0,02 0,03 0,02 0,02

6 3 1 8

0,02 0,00 0,00 0,01 0,00 0,00 0,04 0,03 0,00 0,00 0,00 0,01 0,01 0,00

10 9 7 12 6

0,02 0,02 0,02 0,02 0,02 0,05 0,05 0,02 0,02 0,02 0,03 0,02 0,02

11 2 0 7 1 7

0,00 0,00 0,00 0,00 0,03 0,03 0,00 0,00 0,00 0,01 0,00 0,00

12 2 0 7 1 7 0

0,00 0,00 0,00 0,03 0,03 0,00 0,00 0,00 0,01 0,00 0,00

14 3 1 8 2 8 1 1

0,00 0,00 0,04 0,03 0,00 0,00 0,00 0,01 0,01 0,00

16 2 0 7 1 7 0 0 1

0,00 0,03 0,03 0,00 0,00 0,00 0,01 0,00 0,00

18 2 0 7 1 7 0 0 1 0

0,03 0,03 0,00 0,00 0,00 0,01 0,00 0,00

19 14 13 18 14 20 13 13 14 13 13

0,01 0,03 0,03 0,03 0,02 0,03 0,03

20 12 10 17 11 17 10 10 11 10 10 3

0,03 0,03 0,03 0,02 0,03 0,03

21 2 0 7 1 7 0 0 1 0 0 13 10

0,00 0,00 0,01 0,00 0,00

22 2 0 7 1 7 0 0 1 0 0 13 10 0

0,00 0,01 0,00 0,00

23 2 0 7 1 7 0 0 1 0 0 13 10 0 0

0,01 0,00 0,00

A. sungami1)

6 4 11 5 11 4 4 5 4 4 9 6 4 4 4

0,01 0,01

Novem Genus2)

1 1 7 2 8 1 1 2 1 1 13 11 1 1 1 5

0,00

S.atratus3)

2 0 7 1 7 0 0 1 0 0 13 10 0 0 0 4 1

Keterangan : Angka di bawah diagonal merupakan jumlah perbedaan nukleotida pada basa pertama dan kedua yang didasarkan pada metode

No. of differences, sedangkan angka di atas diagonal merupakan perbedaan jarak genetik pada basa pertama dan kedua yang

didasarkan pada metode Kimura-2-parameter 1)

GenBank Accession Number FJ582714 2)

GenBank Accession Number HQ639060 3)

GenBank Accession Number HQ639080

6

Gambar 3 Hasil rekonstruksi pohon filogeni beberapa spesies ikan Gobi berdasarkan ruas CO1

mtDNA.

PEMBAHASAN

DNA Barcode

Amplikon gen CO1 ikan Gobi mempunyai

ukuran pita yang berbeda-beda dengan kisaran

700-800 pb. Perbedaan ukuran pita yang

terlihat pada gel poliakrilamid memperlihatkan

bahwa sampel-sampel tersebut mempunyai

panjang runutan nukleotida yang berbeda-

beda. Perbedaan panjang runutan nukleotida

sebagai identifikasi awal perbedaan spesies.

Pada gambar 1, sampel no 3 (Novem Genus)

memiliki ukuran pita yang paling pendek.

Elektroforesis dengan menggunakan gel

poliakrilamid mampu memisahkan DNA lebih

akurat dibandingkan dengan gel agarosa,

terutama untuk ruas DNA yang berukuran

kurang dari 3000 pb. Pewarnaan sensitif perak

lebih sensitif karena mampu mendeteksi DNA

dengan kandungan yang lebih kecil dari 10 pg

DNA/ mm2 (Allen et al. 1984).

Berdasarkan penelitian ini, pada spesies

yang sama memperlihatkan bahwa jumlah

perbedaan nukleotida antar sampel mencapai 9

nukleotida. Jumlah perbedaan nukleotida

tersebut dianalisis dengan menggunakan

metode No. of differences pada basa pertama

dan kedua. Jika metode yang digunakan adalah

metode Kimura-2-parameter pada basa

pertama dan kedua, maka jumlah perbedaan

jarak genetik antar sampel mencapai 0,02 atau

2% (Tabel 3). Avise (1998) mengemukakan

bahwa jarak genetik pada spesies ikan yang

sama kurang dari 2% dan kurang dari 0.1%

dari taksa lain.

Stiphodon atratus masuk ke dalam

subfamili Sicydiinae. Subfamili ini memiliki

delapan genus yang terdiri dari 80 hingga 90

spesies. Kedelapan genus tersebut yaitu

Stiphodon, Sicyopus, Lentipes, Cotylopus,

Sicyopterus, Sicydium, Akihito, dan

Parasicydium. Setiap genus mempunyai

daerah distribusi yang spesifik. Stiphodon

atratus dapat ditemukan di Samudera Hindia

bagian Timur hingga Samudera Pasifik bagian

timur (Keith et al. 2010). Proses adaptasi

dengan keadaan sekitar merupakan faktor yang

sangat penting bagi siklus hidup ikan Gobi.

Habitat ikan Gobi selalu berganti-ganti yaitu

diantara air tawar, estuaria dan laut. Menurut

Iida et al. (2010), tingkat salinitas dan suhu

sangat berperan penting bagi pertumbuhan dan

perpindahan (migrasi) Sicyopterus japonicus

(Gobiidae).

Keith et al. (2010) menemukan spesies

Gobi yang belum terdeskripsikan dan hanya

terdapat di samudera Hindia. Spesies Gobi ini

merupakan genus baru (Novem Genus) dari

subfamili Sicydiinae yang juga ditemukan

dalam penelitian ini. Ikan genus Amblyeleotis

merupakan jenis ikan dari famili Gobiidae

yang bersimbiosis mutualisme dengan udang

genus Alpheus. Dengan adanya hubungan

mutualisme tersebut, ikan Gobi ini sering

7

disebut sebagai Gobi udang. Dalam simbiosis

ini, satu atau dua ikan Gobi akan bekerja sama

dengan satu atau dua udang. Dengan adanya

interaksi yang stabil di antara kedua spesies

tersebut, maka memberikan kemampuan untuk

hidup yang lebih tinggi bagi keduanya. Selain

itu, terdapat interaksi yang membutuhkan

morfologi dan tingkah laku yang kompleks

sehingga pada akhirnya akan menyebabkan

ikan Gobi berevolusi dua kali dibandingkan

dengan jenis Gobi yang tidak mempunyai

hubungan mutualisme (Thacker et al. 2011).

Hubungan filogeni antar famili Gobiidae

Sekuen DNA mitokondria banyak

digunakan dalam analisis pohon filogeni

karena memiliki laju evolusi yang cepat

(Bargelloni et al. 1994). Topologi pohon

filogeni Neighbour Joining (NJ) digunakan

untuk melihat kekerabatan antar spesies

berdasarkan jarak genetik pada dua atau lebih

nodus (Page & Holmes 1998). Suatu klad

disebut pula sebagai suatu kelompok

monofiletik. Menurut Zein & Sulandari

(2009), suatu kelompok dikatakan bersifat

monofiletik apabila keseluruh nodus yang

dikelompokkan lebih dekat satu sama lain

secara genealogis jika dibandingkan dengan

kelompok lain yang berbeda garis keturunan.

Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon

filogeni, didapatkan hasil yaitu terbentuk dua

klad besar. Sampel no 3, 4, 5, 6, 10, 11, 12, 14,

16, 18, 21, 22 dan 23 mengelompok menjadi

satu klad yang terdapat di dalam percabangan

klad. Sekelompok taksa ini diduga berasal dari

nenek moyang yang sama. Sampel no 19 dan

20 berada di luar percabangan klad. Taksa ini

diduga berasal dari nenek moyang yang

berbeda namun saling berkerabat dekat.

Pohon filogeni terdiri dari sejumlah nodus

(nodes) yang dihubungkan dengan cabang

(branches). Nodus-nodus tersebut mewakili

unit-unit taksonomi sedangkan cabang-cabang

mewakili hubungan antar unit yang

menggambarkan hubungan keturunan dengan

leluhur (Zein & Sulandari 2009). Terdapat tiga

macam nodus yaitu nodus terminal, nodus

internal dan nodus nenek moyang. Nodus

terminal disebut dengan OTU (Operational

Taxonomic Units) merupakan organisme yang

datanya akan digunakan untuk analisis

filogeni. Nodus internal merupakan nenek

moyang yang diperkirakan, sedangkan nodus

nenek moyang merupakan nenek moyang dari

semua organisme dan berada di pangkal

percabangan atau akar (Page & Holmes 1998).

Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon

filogeni, terlihat bahwa sampel no 19 dan 20

mempunyai cabang yang paling panjang

dibandingkan dengan sampel lainnya. Hal ini

menunjukkan bahwa kedua sampel tersebut

mengalami proses evolusi yang lama. Menurut

Whelan et al. (2001) panjang cabang

menggambarkan jumlah perubahan

evolusioner yang terjadi. Keadaan yang

berbeda terjadi pada sampel no 4 dan 11.

Kedua sampel tersebut tidak mempunyai

cabang. Hal ini dapat terjadi karena sampel no

4 dan 11 masuk ke dalam spesies yang sama

dan hanya mempunyai perbedaan satu

nukleotida. Berdasarkan pembahasan sebelumnya,

dikatakan bahwa sampel no 3 dibandingkan

dengan sampel no 19 memiliki jumlah

perbedaan nukleotida yang paling besar. Hal

ini dapat dilihat dari rekonstruksi pohon

filogeni. Sampel no 19 memiliki cabang yang

paling panjang, begitu pula dengan sampel no

3 yang memiliki cabang nodus yang relatif

panjang. Perbedaan nukleotida yang besar ini

menyebabkan sampel no 3 berada di dalam

percabangan klad sedangkan sampel no 19

berada di luar percabangan klad. Panjang

cabang dapat menunjukkan jarak genetik.

Semakin panjang cabang maka semakin jauh

jarak genetiknya dan mengartikan semakin

jauh pula hubungan kekerabatannya (Zein &

Sulandari 2009).

Pohon filogeni yang telah direkonstruksi

dengan metode Neighbor Joining dapat diuji

tingkat kepercayaannya dengan menggunakan

bootstrap. Dalam penelitian ini, dilakukan

pengujian dengan bootstrap 1000X.

Berdasarkan hasil pengujian, didapatkan

probabilitas dengan nilai yang tinggi yaitu

sebesar 100% pada nodus nenek moyang di

dalam percabangan klad. Semakin tinggi nilai

pengujian dengan bootstrap, maka data akan

semakin valid (Zein & Sulandari 2009).

Ipun-ipun menjadi sumber makanan yang

penting bagi masyarakat Bengkulu. Dalam

ipun-ipun, selain ditemukan kedua spesies dan

satu genus baru tersebut, sering pula

ditemukan spesies yang mempunyai nilai

ekonomi tinggi yaitu sidat (Anguilla sp).

Karena minimnya pengetahuan tentang ikan,

banyak masyarakat menduga larva ikan sidat

sebagai cacing yang tidak dapat dimakan,

sehingga mereka membuang larva-larva

tersebut ke tanah (Sipri 28 Juni 2012,

komunikasi pribadi). Perlu dilakukan

sosialisasi agar masyarakat tidak mengambil

ipun-ipun secara berlebihan, agar ikan dewasa

dari spesies-spesies tersebut dapat dipanen dan

dimanfaatkan oleh masyarakat sekitar.

8

SIMPULAN

Pada kumpulan postlarva ikan Gobi

ditemukan dua spesies dan satu genus baru

ikan gobi. Sampel no 4, 5, 6, 10, 11, 12, 14,

16, 18, 21, 22 dan 22 teridentifikasi sebagai

Stiphodon atratus, sampel no 19 dan 20

teridentifikasi sebagai Amblyeleotris sungami

sedangkan sampel no 3 teridentifikasi sebagai

Novem Genus (genus baru) dari subfamili

Sicydiinae.

DAFTAR PUSTAKA

Allen RC, Saravis CA, Murer HR. 1984. Gel

Electrophoresis and Isoelectric Focusing

of Protein. New York: Walter de Gruyter.

Avise JC, Walker D, Johns GC. 1998.

Speciation durations and pleistocene

effects on vertebrate phylogeography. The

Royal Society 265: 1707-1712.

Bargelloni et al. 1994. Molecular evolution at

subzero temperatures: mitochondrial and

nuclear phylogenies of fishes from

Antarctica (suborder Notothenioidei), and

the evolution of antifreeze glycopeptides.

Molecular Biology and Evolution 11: 854-

863.

Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH.

2009. An effective method for silver-

staining DNA in large numbers of

polyacrylamide gels. Analytical

Biochemistry 385: 174-175.

Hajibabaei et al. 2005. DNA barcode

distinguish species of tropical Lepidoptera.

PNAS 103: 968-971

Iida et al. 2010. Survival and behavioral

characteristics of amphidromous goby

larvae of Sicyopterus japonicus during

their downstream migration. Journal of

Experimental Marine Biology and Ecology

383: 17-22

Larkin et al. 2007. Clustal W and Clustal X

version 2.0. Bioinformatics 23: 2947-2948.

Lin CC. 2007. A Field Guide to Freshwater

Fish and Shrimps in Taiwan. Taiwan:

Commonwealth publishing.

Keith et al. 2010. Phylogeny and

biogeography of Sicydiinae (Teleostei:

Gobiidae) inferred from mitochondrial and

nuclear genes. Marine Biology 158: 311-

326.

Kottelat M, Whitten AJ. 1993. Freshwater

Fishes of Western Indonesia and Sulawesi.

Germany: Zoologische Staatssammlung.

McDowall RM. 2007. On amphidromy, a

distinct form of diadromy in aquatic

organism. Fish and Fisheries 8: 1-13.

Page RDM, Holmes EC. 1998. Molecular

Evolution: A phylogenetic Approach.

United Kingdom: Blackwell Science.

Pegg GG, Sinclair B, Briskey L, Aspden W.

2006. MtDNA barcode identification of

fish larvae in the southern Great Barrier

Reef Australia. Scientia Marina 70: 7-12.

Subiyanto, Ruswahyuni, Cahyono DG. 2008.

Komposisi dan distribusi ikan pelagis di

estuaria Pelawangan Timur, Segera

Anakan, Cilacap. Saintek Perikanan 4:62-

68.

Syafrina RA. 2011. Penggunaan DNA barcode

sebagai alternatif identifikasi spesies udang

mantis [skripsi]. Bogor: Fakultas

Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,

Institut Pertanian Bogor.

Thacker CE, Thompson AR, Roje DM. 2011.

Phylogeny and evolution of Indo-pacific

shrimps-associated gobies (Gobiiformes:

Gobiidae). Molecular Phylogenetics and

Evolution 59: 168-176.

Victor BC. 2007. Coryphopterus kuna, a new

goby (Perciformes: Gobiidae: Gobiinae)

from the western Caribbean, with the

identification of the late larval stage and an

estimate of the pelagic larval duration.

Zootaxa 1526: 51-61.

Victor et al. 2010. The larval, juvenil and adult

stages of the Caribbean goby,

Coryphopterus kuna (Teleostei: Gobiidae):

a reef fish with a pelagic larval duration

longer than the post-settlement lifespan.

Zootaxa 2346: 53-61.

Ward RD, Zemlak TS, Innes B, Last P. 2005.

DNA barcoding Australia’s fish species.

Philosophical Transactions of The Royal

Society 360: 1847-185.

Whelan S, Lio P, Goldman N. 2001.

Molecular phylogenetics: state-of-the-art

methods for looking into the past. Trends

in Genetics 17: 262-272.

Zhang JB, Hanner R. 2011. DNA barcoding is

a useful tool for the identification of

marine fishes from Japan. Biochemical

Systematics And Ecology 39: 31-42.

Zein MS, Sulandari S. 2009. Investigasi asal

usul ayam Indonesia menggunakan

sekuens hypervariable-1 d-loop DNA

mitokondria. Veteriner Maret 10: 41-49.

9

LAMPIRAN

10

Lampiran 1 Gambar postlarva famili Gobiidae yang digunakan dalam penelitian.

Keterangan : No 1-23 = No sampel.

28Gambar sampel

11

Lampiran 2 Tahapan Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid

Ambil otot epaksial ±50 gram,

masukkan ke tube 1,5 ml

Cuci dengan air destilata,

2 kali pengulangan

Homogenasi dengan grinder,

tambahkan 200 µl buffer STE

Tambahkan 20 µl proteinase K

ke dalam tabung

Inkubasi pada suhu 600C selama

30 menit (bolak balik tiap 5 menit)

Tambahkan 200 µl buffer GB dan

vortex selama 5 detik

Inkubasi pada suhu 700C selama

20 menit (bolak balik tiap 5 menit)

Pindahkan sampel ke kolom GD

pada tube 2 ml

Homogenasi dengan grinder,

tambahkan 200 µl buffer STE

Sentrifugasi 13.000 rpm selama 2

menit

Pindahkan kolom GD ke tabung

koleksi baru, buang supernatan

Tambahkan 400 µl buffer W1 ke

dalam tabung

Sentrifugasi 13.000 rpm selama

30 detik

Tambahkan 600 µl wash buffer ke

dalam kolom GD


30 detik

Buang supernatant, letakkan

kembali kolom GD ke tabung


3 menit

Di saat yang bersamaan, inkubasi

buffer elusi pada suhu 700C

Tambahkan 200 µl etanol dan

vortex selama 10 detik

Buang supernatan, letakkan kolom

GD kembali ke dalam tabung

12

Pindahkan kolom GD ke tube

1,5 ml yang baru

Tambahkan 100 µl buffer elusi ke

dalam kolom GD

Diamkan selama 5 menit


30 detik

Buang kolom GD dan didapatkan

DNA yang telah berhasil

diekstraksi

13

Lampiran 3 Tahapan visualisasi fragmen DNA produk PCR

Gel yang telah dielektroforesis

dikeluarkan dari kaca gel

Bilas dengan air destilata ±200 ml

Buang air destilata dengan alat

vakum penyedot

Rendam gel dalam larutan A (DW

200 ml, AgNO3 0,2 gram, NaOH

10N 80 µl, amonia 0,8 ml) selama

8 menit

Di saat yang bersamaan, panaskan

larutan B (DW 200 ml, NaOH 6

gram, pada suhu 550C)

Buang larutan A ke dalam botol

khusus Ag

Bilas dengan air destilata ±200 ml

Rendam gel dalam larutan B yang

telah ditambahkan formaldehid

Buang air destilata dengan alat

vakum penyedot

Rendam gel direndam dalam

larutan C (DW 100 ml,

Asetat 100 µl) selama 2 menit

14

Lampiran 4 Hasil pensejajaran ruas gen CO1 dari beberapa spesies famili Gobiidae

1 3-AF_282.ab1 TACTGCACATGCCTTTGTGATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATAATTGGAGGCTTTGGAAACTGGCTCATCCCCC 160

2 4-AF_282.ab1 TACTGCACATGCTTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATTGGAGGCTTTGGGAACTGACTAATTCCCC


4 6-AF_282.ab1 TACTGCACATGCTTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATTGGAGGCTTTGGAAACTGACTAATCCCAC

5 10-AF_282.ab1 TACTGCACATGCTTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATTGAAGGCTTTGGGAACTGACTAATTCCCC




9 16-AF_282.ab1 TACTGCACATGCCTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATGCCAATCATGATTGGAGGCTTTGGAAACTGACTAATCCCAC

10 18-AF_282.ab1 TACTGCACATGCCTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATGCCAATTATGATTGGAGGATTTGGAAACTGACTAATCCCAC

11 19-AF_282.ab1 CACCGCCCACGCATTTGTTATAATTTTCTTTATAGTAATGCCAATTATGATTGGAGGGTTTGGGAATTGACTAATTCCAC

12 20-AF_282.ab1 CACCGCCCACGCATTTGTTATAATTTTCTTTATAGTAATGCCAATTATGATTGGAGGGTTTGGGAATTGACTAATTCCAC

1 3-AF_282.ab1 GCCCTTAGCCTACTCATCCGAGCTGAATTAAGTCAACCTGGAGCCCTTCTAGGAGATGACCAGATTTATAATGTAATTGT 80

2 4-AF_282.ab1 GCCCTTAGCCTACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTTCTAGGTGACGACCAAATTTATAATGTAATTGT





7 12-AF_282.ab1 GCCATAAGCCTACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTTCTAGGTGACGACCAAATTTATAATGTAATTGT

8 14-AF_282.ab1 GCCCTAAGCCTACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTTCTAGGTGACGACCAAATTTATAATGTAATTGT

9 16-AF_282.ab1 GCCCTTAGCCTACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTACTAGGTGACGACCAAATTTACAATGTAATTGT

10 18-AF_282.ab1 GCCCTTAGCCTACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTTCTAGGTGACGACCAAATTTACAATGTAATTGT

11 19-AF_282.ab1 GCTTTAAGCCTCCTAATCCGGGCTGAGCTAAGTCAACCTGGCGCCTTATTAGGTGATGACCAAATCTATAACGTTATTGT

12 20-AF_282.ab1 GCTTTAAGCCTCCTAATCCGGGCTGAGCTAAGTCAACCTGGCGCCTTATTAGGTGATGACCAAATCTATAACGTTATTGT

13 21-AF_282.ab1 GCCATTAGCCTACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTTCTAGGTGACGACCAAATTTACAATGTAATTGT

14 22-AF_282.ab1 GCCATAAGCCAACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTTCTAGGTGACGACCAAATTTACAATGTAATTGT

15 23-AF_282.ab1 GCCCTTAGCCTACTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCTGGGGCTCTTCTAGGTGACGACCAAATTTACAATGTAATTGT

15

13 21-AF_282.ab1 TACTGCACATGCCTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATGCCAATTATGATTGGAGGCTTTGGAAACTGACTAATCCCAC



1 3-AF_282.ab1 TAATGATCGGAGCCCCTGACATGGCCTTCCCTCGTATGAACAACATGAGCTTTTGGCTCCTCCCTCCCTCATTCCTGCTC 240

2 4-AF_282.ab1 TAATGATCGGCGCCCCTGACATGGCCTTTCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTGCTTCCTCCCTCATTCCTTCTT


4 6-AF_282.ab1 TAATGATTGGTGCCCCCGACATGGCTTTTCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGGCTGCTTCCTCCATCATTCCTTCTT

5 10-AF_282.ab1 TAATGATCGGGGCCCCTGACATGGCCTTTCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTGCTTCCTCCCTCATTCCTTCTT




9 16-AF_282.ab1 TAATGATCGGCGCCCCTGACATGGCCTTTCCTCGAATAAATAACATGAGCTTTTGGCTTCTTCCCCCATCATTCCTTCTT


11 19-AF_282.ab1 TAATAATTGGCGCCCCTGATATGGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGCTTTTGACTGTTGCCTCCTTCCTTCCTCCTG

12 20-AF_282.ab1 TAATAATTGGCGCCCCTGATATGGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGCTTTTGACTGTTGCCTCCTTCCTTCCTCCTG




1 3-AF_282.ab1 CTCCTGGCATCTTCAGGCGTCGAGGCAGGAGCTGGCACTGGTTGAACAGTTTACCCCCCTCTGGCAGGAAACCTTGCTCA 320

2 4-AF_282.ab1 CTCCTAGCCTCCTCAGGAGTTGAAGCTGGAGCTGGGACTGGCTGAACAGTTTACCCCCCACTAGCAGGAAACCTTGCCCA


4 6-AF_282.ab1 CTTCTAGCCTCCTCAGGAGTTGAAGCTGGGGCTGGAACTGGCTGAACAGTTTATCCCCCACTAGCAGGAAACCTTGCTCA





9 16-AF_282.ab1 CTCCTAGCCTCCTCAGGAGTTGAAGCAGGGGCTGGAACTGGTTGAACAGTTTACCCTCCCCTAGCAGGAAACCTTGCTCA

16

10 18-AF_282.ab1 CTCCTAGCCTCCTCAGGAGTTGAAGCAGGGGCTGGAACTGGCTGAACAGTTTACCCTCCCCTAGCAGGAAACCTTGCTCA

11 19-AF_282.ab1 CTACTTTCTTCTTCTTGAGTCGAGGCAGGAGCCGGGACAGGATGAACGGTCTACCCCCCGCTAGCAGGGAACCTTGCACA

12 20-AF_282.ab1 CTACTTTCTTCTTCTTGAGTCGAGGCAGGAGCCGGGACAGGATGAACTGTCTACCCTCCGCTAGCAGGGAACCTTGCACA




1 3-AF_282.ab1 TGCCGGAGCTTCTGTCGACCTGACAATTTTCTCACTTCACTTAGCCGGGATTTCGTCTATCTTAGGTGCAATTAATTTTA 400

2 4-AF_282.ab1 TGCAGGAGCTTCTGTTGACCTTACAATTTTCTCCCTACACTTAGCAGGAATTTCTTCAATTTTAGGTGCAATTAATTTTA



5 10-AF_282.ab1 TGCAGGAGCTTCTGTTGACCTTACAATTTTCTCCCTACACTTAGCAGGAATTTCTTCAATTTTAGGTGCGATTAACTTTA




9 16-AF_282.ab1 CGCAGGAGCTTCTGTTGATCTCACAATTTTCTCCCTTCACTTAGCGGGTATTTCCTCAATTTTAGGTGCAATTAATTTTA

10 18-AF_282.ab1 TGCAGGAGCTTCTGTTGATCTCACAATTTTCTCCCTTCACTTAGCAGGTATTTCCTCAATTTTAGGTGCAATTAATTTTA

11 19-AF_282.ab1 CGCTGGGGCATCAGTAGACCTCACTATTTTCTCCTTACATCTCGCTGGTATTTCCTCAATTCTTGGGGCTATCAATTTTA

12 20-AF_282.ab1 CGCTGGGGCATCAGTAGACCTCACTATTTTCTCCTTACATCTCGCTGGTATTTCCTCAATTCTTGGGGCTATTAATTTTA




1 3-AF_282.ab1 TTACAACCATCCTAAATATGAAACCCCCTGCAATCTCGCAATACCAGACACCATTGTTTGTCTGGGCTGTCCTCATTACA 480

2 4-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCCTGCAATCTCACAATACCAGACACCCCTGTTTGTCTGAGCTGTCCTTATTACA


4 6-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCCTGCAATCTCACAATACCAAACACCCCTGTTTGTGTGAGCTGTCCTTATTACA

5 10-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCGTGCAATCTCACGATACCAGACACCACTGTGTGTCTGAGCTGTCCTTATTACA

17


7 12-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCCTGCAATTTCACAATACCAGACACCCCTGTTTGTCTGAGCTGTCCTTATTACA

8 14-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCCTGCAATCACACAATACCAGACACCCCTGTTTGTCTGAGCTGTCCTTATTACA

9 16-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCCTGCAATTTCACAATACCAAACACCCCTGTTTGTGTGAGCTGTACTTATCACA

10 18-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCCTGCAATTTCACAATACCAAACACCCCTGTTTGTGTGAGCTGTACTTATTACA

11 19-AF_282.ab1 TCACCACAATTCTAAATATGAAACCCCCGGCCATTTCTCAGTACCAGACGCCCCTGTTCGTATGAGCAGTACTAATCACC

12 20-AF_282.ab1 TCACCACAATTCTAAATATGAAACCCCCGGCCATTTCTCAGTACCAAACGCCCCTGTTCGTATGAGCAGTACTAATCACC



15 23-AF_282.ab1 TTACAACCATTCTAAACATGAAACCCCCTGCAATTTCACAATACCAAACACCCCTGTTTGTATGAGCTGTACTTATTACA

1 3-AF_282.ab1 GCAGTTCTTCTGCTTCTTTCCCTCCCAGTACTTGCAGCCGGTATTACAATACTACTAACAGACCGAAACCTAAACACAAC 560

2 4-AF_282.ab1 GCAGTTCTACTGCTTCTTTCTCTACCTGTTCTTGCAGCTGGCATTACAATGCTACTAACAGATCGAAATCTAAACACAAC

3 5-AF_282.ab1 GCAGTTCTACTGCTTCTTTCTCTACCTGTTCTTGCAGCTGGCATTACAATGCTACTAACAGATCCAAATCTGTACACAAC

4 6-AF_282.ab1 GCAGTCCTACTGCTTCTCTCCCTACCTGTCCTTGCAGCTAGCATTACAATGCTACTAACAGACCGAAACCTAAACACAAC

5 10-AF_282.ab1 GCAGTTCTACTGCTTCTTTCTCTACCTGTTCTTGCAGCTAGCATTACGATGCTACTAACAGATCGAAATCTAAACACAAC




9 16-AF_282.ab1 GCAGTTCTGCTTCTTCTCTCCCTCCCTGTACTTGCAGCTGGCATTACAATGCTACTAACAGACCGAAACCTAAACACAAC


11 19-AF_282.ab1 GCCGTGCTTTTACTTCTCTCACGGCCAGTACTTGCTGCCGGCATTACAATGCTTCTCACAGACCGAAATCTAAATACAAC

12 20-AF_282.ab1 GCCGTGCTTTTACTTCTCTCACTGCCAGTACTTGCTGCCGGCATTACAATGCTTCTCACAGACCGAAATCTAAATACAAC




18

1 3-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCCTCAGGTGGTGGTGACCCAATTCTTTACCAACACCTATCCTGATTCTTGGG 623

2 4-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCCTCAGGAGGTGGTGACCCAATTCTTTACCAACACCTATCCTGATTCTTCGA

3 5-AF_282.ab1 CTTCTGTGACCCCTCAGGAGGCGCAGACCCAAATCTTAACCAACACGTATCCTGAGTCTTTGT

4 6-AF_282.ab1 CTTCTTTGATCCCTCAGGAGGCGGTGATCCAATTCTTTACCAACACCTATCCTGATTCTTCGA

5 10-AF_282.ab1 CTTCTGTGACCCCTCAGGAGGCGGTGACCCAGTTCTTTACCAACACCTATCCTGATTCTTTGG

6 11-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCCTCAGGAGGTGGTGACCCAATTCTTTACCAACACCTATTCTGATTCTTCGG



9 16-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCCTCAGGAGGTGGTGACCCAATTCTATACCAACACCTATTCTGATTCTTCGA

10 18-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCCTCAGGAGGTGGTGACCCAATTCTATACCAACACCTATTCTGATTCTTCGG

11 19-AF_282.ab1 ATTCTTTGATCCTGCAGGAGGAGGAGACCCCATTCTTTACCAACGGGTATCTTGATTCTTCGG

12 20-AF_282.ab1 ATTCTTTGATCCTGCAGGAGGAGGAGACCCCATTCTTTACCAACACCTATTTTGATTCTTCGG

13 21-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCCTCAGGAGGTGGTGACCCAATTCTATACCAACACCTATCCTGATTCTTCGG

14 22-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCGTCAGGAGGTGGTGACCCAATTCTATACCAACACCTATTCTGATTCTTCGG

15 23-AF_282.ab1 CTTCTTTGACCCCTCAGGAGGTGGTGACCCAATTCTATACCAACACCTATGCTGATTCTTGGA

IDENTIFIKASI POSTLARVA FAMILI GOBIIDAE DARI MUARA … · di Batu Hiu Ciamis yang berjudul...

Documents

Transcript of IDENTIFIKASI POSTLARVA FAMILI GOBIIDAE DARI MUARA … · di Batu Hiu Ciamis yang berjudul...