IDENTIFIKASI MOLEKULER UNDUR-UNDUR LAUT

DARI PERAIRAN PANTAI CILACAP BERDASARKAN

MARKA GEN Cytochrome Oxidase Subunit I (COI)

AGUS ALIM HAKIM

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2014

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi

Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan Pantai Cilacap Berdasarkan Marka

Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) adalah benar merupakan hasil karya

saya dengan arahan dari dosen pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk

apapun kepada perguruan tinggi mana pun. Semua sumber informasi yang berasal

atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain

telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian

akhir skripsi ini.

Bogor, Juni 2014

Agus Alim Hakim

NIM C24100031

ABSTRAK

AGUS ALIM HAKIM. Identifikasi Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan

Pantai Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI).

Dibimbing oleh NURLISA A BUTET dan ALI MASHAR.

Undur-undur laut (Albunea symmysta) merupakan kepiting yang hidup pada

sedimen pasir pantai yang masih terkena pasang surut air laut. Fenomena cryptic

species dan complex species pada biota perairan seringkali menyebabkan

kesalahan identifikasi secara morfologi. Awal penentuan genus Albunea

mengalami ketidakpastian disebabkan keragaman morfologi. Penelitian ini

dirancang untuk mengidentifikasi dan menganalisis hubungan kekerabatan undur-

undur laut A. symmysta yang berasal dari perairan pantai Cilacap berdasarkan

marka molekuler gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Isolasi dan ekstraksi

menghasilkan dua DNA total yang kemudian diamplifikasi dengan PCR,

sekuensing gen COI, dan dihasilkan nukleotida dengan panjang 650 pb yang

bersifat conserve. Gen COI A. symmysta disejajarkan dengan beberapa gen COI

spesies lain yaitu ingroup dan outgroup (famili Hippidae) yang didapatkan dari

GenBank. Pensejajaran dilakukan dengan menggunakan software MEGA 5.0.

Konstruksi pohon filogeni memperlihatkan perbedaan yang jelas antara famili

Albuneidae dengan famili Hippidae. A. symmysta memiliki 158 situs nukleotida

spesifik sebagai penciri spesies.

Kata kunci : A. symmysta, COI, identifikasi molekuler

ABSTRACT

AGUS ALIM HAKIM. Molecular Identification of Mole Crabs from Cilacap

Coastal Waters Based on Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Supervised by

NURLISA A. BUTET and ALI MASHAR.

Mole crab (Albunea symmysta) as an infaunal organism inhabits tidal-

exposed sand sediment. Like other aquatic organisms, mole crab is destined to be

cryptic species and complex species often leading to morphologically

misidentification. Taxonomic identification for genus Albunea was uncertain due

to variation in morphology. This study was aimed at identifying and analizing the

phylogenetic relationship A. symmysta from Cilacap coastal waters based on

molecular genetic marker Cytochrome Oxidase subunit I (COI). Isolation and

extraction resulted in two intact DNA product which were amplified using

universal COI primer. There were 650 bp nucleotide sequences. COI gene

A..symmysta was aligned with other species catagorized as ingroup and outgroup

(family Hippidae) acquired from GenBank. Alignment was performed using

MEGA 5.0 software. Construction of phylogeny tree showed distinction between

Albuneidae and Hippidae. There were 158 specific nucleotides in A. symmysta.

Key words : A. symmysta, COI gene, molecular identification

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Perikanan

pada

Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan

IDENTIFIKASI MOLEKULER UNDUR-UNDUR LAUT

DARI PERAIRAN PANTAI CILACAP BERDASARKAN

MARKA GEN Cytochrome Oxidase Subunit I (COI)

AGUS ALIM HAKIM

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2014

Judul Skripsi : Identifikasi Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan Pantai

Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase Subunit I

(COI)

Nama : Agus Alim Hakim

NIM : C24100031

Program Studi : Manajemen Sumber Daya Perairan

Disetujui oleh

Dr Ir Nurlisa A Butet, MSc

Pembimbing I

Ali Mashar, SPi MSi

Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir M Mukhlis Kamal, MSc

Ketua Departemen

Tanggal Lulus:

PRAKATA

Puji syukur ke hadirat Allah SWT atas segala limpahan rahmat, hidayah,

serta inayah yang diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah

ini dengan judul Identifikasi Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan Pantai

Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI).

Penulis menyampaikan terima kasih kepada:

1. Institut Pertanian Bogor yang telah memberikan kesempatan untuk studi.

2. Beasiswa BIDIK MISI yang telah memberikan dana pendidikan selama

perkuliahan.

3. Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Kementrian Pendidikan dan

Kebudayaan atas biaya penelitian melalui Biaya Operasional Perguruan

Tinggi Negeri (BOPTN), Anggaran Pendapatan Belanja Negara (APBN),

DIPA IPB Tahun Ajaran 2013, kode Mak : 2013. 089. 521219, Penelitian

Dasar untuk Bagian, Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi, Lembaga

Penelitan dan Pengabdian kepada Masyarakat, IPB.

4. Dr Ir Nurlisa A Butet, MSc sebagai ketua komisi pembimbing dan Ali

Mashar, SPi MSi sebagai anggota komisi pembimbing yang telah memberi

arahan dan masukan dalam penulisan karya ilmiah ini.

5. Dr Ir Yunizar Ernawati, MS selaku penguji tamu dan Dr Ir Niken Tunjung

Murti Pratiwi, MSi selaku komisi pendidikan Departemen Manajemen

Sumber Daya Perairan atas saran dan masukan yang sangat berarti.

6. Dr Ir Yonvitner, MSi sebagai dosen pembimbing akademik.

7. Keluarga: Bapak Mokh. Musodaq (Almarhum), Bapak Suhardi, Ibu Sulamah,

Mbak Rini (Almarhum), Mbak Nisa, Mas Anto, Mas Siswanto, In’am, Rizal,

dan Feri. 8. Sahabat Terbaik: Rizham, Dea, Dewi, Yuyun, Siska, Miftah, Wahyu, Bani,

Nia, Mbok e, Merry, Akrom, Ria, Theo, Rinrin, Hesvi, Tari, Ita, Fanny,

Ayu, Sari, Nina, Anis, Rivany, Febi, Hilmy, Lita, Noor, Mega, Anggun,

Ajeng, Annisa, Irza, Kiky, Aji, Runi, Wida, Ninda, Ruri, Raisha, Nunuh,

Lulu, Dwi, Laras, Serly, Nurul, Deni, Oci, Lufi, Sifa, Tiwi, Rifqi, Susi,

Dana, Hendra, Rana, Oka, Ohang, Dhito, Andini, Apri, Tya, Dhini, Inggar,

Dinta, Maida, bang Wahyu, bang Panji, ningsih, bang Genta, MSP 46,

MSP 48, dan MSP 49.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juni 2014

Agus Alim Hakim

DAFTAR ISI

DAFTAR GAMBAR v

DAFTAR TABEL v

DAFTAR LAMPIRAN v

DARTAR ISTILAH vi

PENDAHULUAN

Latar Belakang 1

Perumusan Masalah 2

Tujuan Penelitian 2

METODE

Waktu dan Lokasi Penelitian 2

Prosedur Penelitian 3

Analisis Data 5

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil 5

Pembahasan 9

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan 12

Saran 12

DAFTAR PUSTAKA 12

LAMPIRAN 15

RIWAYAT HIDUP 19

DAFTAR TABEL

1 Nilai rata-rata pada pengukuran morfologi Albunea symmysta jantan

dan betina 6

2 Klasifikasi Albunea symmysta, Hippa pacifica, Emerita

austroafricana, dan Emerita emeritus berdasarkan karakteristik

morfologi 6

3 Matriks jarak genetik fragmen gen COI pada Albunea symmysta,

Hippa pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita emeritus

berdasarkan metode pairwise distance 8

DAFTAR GAMBAR

1 Undur-undur laut (Albunea symmysta) 3

2 Lokasi pengambilan contoh di perairan pantai Cilacap 3

3 Pengujian hasil isolasi DNA total otot kaki Albunea symmysta pada

gel agarosa 1,2%, (kolom kiri) sampel 1; (kolom kanan) sampel 2 7

4 Elektroforesis DNA hasil pre-test produk PCR pada gel agarosa 1%,

kolom kiri sampai kanan : marker 1kb; sampel 1; sampel 2 7

5 konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen COI pada Albunea

symmysta, Hippa pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita

emeritus 9

DAFTAR LAMPIRAN

1 Hasil blast n gen COI Albunea symmysta 15

2 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Albunea symmysta

berdasarkan sekuen 457 pb yang dibandingkan dengan outgroup 17

3 Situs nukleotida mutasi gen COI Albunea symmysta 1 dan

Albunea symmysta 2 18

DAFTAR ISTILAH

barcode molekuler : urutan pendek dari basa nukleotida DNA yang dapat

digunakan untuk mengenali suatu spesies

BLAST n : (Basic Local Alignment Search Tool-nucleotide) pilihan menu

dari situs NCBI (National Center for Biotechnology

Information) yang digunakan untuk memastikan kebenaran

suatu spesies dan mengetahui kedekatan dengan spesies lain

complex species : satu spesies diklasifikasikan dalam beberapa nama spesies

akibat keragaman morfologi yang kompleks

conserve : basa nukleotida yang bersifat tetap dari setiap spesies dalam

satu situs hasil pensejajaran

cryptic species : dua atau lebih spesies yang berbeda diklasifikasikan dalam

satu nama spesies akibat karakteristik morfologi yang samar

delesi : suatu jenis mutasi di mana satu atau lebih nukleotida yang

hilang dari suatu genom

DNA barcoding : metode identifikasi molekuler yang didasarkan pada urutan

pendek basa nukleotida, segmen standar genom yang dapat

memberikan barcode biologis yang memungkinkan identifikasi

ditingkat spesies

GenBank : situs NCBI yang memuat informasi dasar mengenai

bioteknologi (termasuk informasi dasar DNA)

gen conserve : gen yang berevolusi sangat lambat, sedikit mengalami delesi,

dan insersi dalam sekuennya, serta variasi yang sedikit

insersi : suatu jenis mutasi di mana satu atau lebih nukleotida yang

masuk ke dalam genom

origin species : pusat penyebaran spesies yang menunjukkan asal spesies pada

lokasi berbeda

sekuensing : sebuah prosedur untuk menentukan urutan nukleotida dalam

sampel DNA yang berguna dalam taksonomi, identifikasi, dan

karakterisasi

singleton : satu basa nukleotida yang berbeda dari spesies lain dalam satu

situs hasil pensejajaran

variable : basa nukleotida yang berbeda dari setiap spesies dalam satu

situs dari hasil pensejajaran yang merupakan ciri khusus

spesies

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Undur-undur laut (Mole Crab) merupakan kepiting dari ordo Decapoda

yang hidup pada sedimen pasir di perairan pantai yang masih terkena pasang surut

air laut (Boyko 2002). Undur-undur laut ditemukan di berbagai perairan Indo-

pasifik (Boyko and Harvey 1999), seperti pantai Jawa, Bengkulu, dan Maluku

(Boyko 2002). Undur-undur laut juga ditemukan di perairan pantai Cilacap.

Undur-undur laut dengan nama lokal yutuk, memiliki potensi ekonomi bagi

masyarakat sekitar berupa olahan makanan khas bagi pariwisata pantai di

Kabupaten Cilacap. Penangkapannya dilakukan oleh warga setempat dengan alat

tangkap tradisional berupa sorok bambu dan jaring sodo. Terdapat tiga jenis

yutuk hasil tangkapan nelayan di perairan pantai Cilacap, yaitu Emerita emeritus

dan Hippa adactyla yang dominan ditemukan, serta Albunea symmysta yang

ditemukan dalam jumlah sedikit.

Penelitian mengenai undur-undur laut di dunia telah banyak dilakukan

meliputi aspek pertumbuhan (Fusaro 1978; Sastre 1991), kandungan logam berat

(Perez 1999), reproduksi (Kanagalakshmi 2011), kebiasaan makan (Wenner 1977),

dinamika populasi (Defeo and Cardoso 2002; Petracco et al. 2003), komposisi

spesies (Phasuk and Boonruang 1975), distribusi (Boyko and Harvey 1999), dan

filogenetik molekuler (Haye et al. 2002). Di Indonesia, penelitian mengenai

undur-undur laut belum banyak dilakukan. Fenomena cryptic species dan

complex species yang umumnya terjadi pada biota perairan sering kali

menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologi (Bickford et al. 2006),

seperti fenomena cryptic species pada ikan pari (Arlyza et al. 2013) dan fenomena

complex species pada kerang raksasa (Su et al. 2014). Oleh karena itu diperlukan

metode yang lebih akurat untuk menghindari kesalahan identifikasi.

Teknik DNA barcoding dapat digunakan dalam identifikasi suatu organisme

mulai spesies hingga subspesies secara akurat terhadap berbagai spesies yang sulit

dibedakan secara morfologi (Tudge 2000). Hasil DNA barcoding berupa sebuah

barcode molekuler dari sekuen pendek DNA untuk mengenali suatu spesies

(Hajibabaei et al. 2007). Gen Cythocrome Oxsidase subunit I (COI) pada DNA

mitokondria dapat dijadikan sebagai marka molekuler untuk penentuan spesies.

COI pada mitokondria merupakan gen yang berevolusi sangat lambat (Solihin

1994). Gen tersebut sedikit mengalami delesi dan insersi dalam sekuennya, serta

variasi yang sedikit sehingga dapat digunakan sebagai DNA barcoding (Hebert et

al. 2003). Hubungan kekerabatan antarspesies dapat dianalisis secara filogenetik

menggunakan DNA mitokondria (Avise et al. 1987).

Penentuan genus Albunea pada awal tahun 1800-an mengalami

ketidakpastian disebabkan adanya keragaman morfologi pada periopod (Boyko

and McLaughlin 2010). Permasalahan taksonomi berdasarkan morfologi tersebut

telah dapat diselesaikan dan diklasifikasikan Albunea dalam famili Albuneidae

(Boyko 2002). Pendekatan molekuler belum pernah membuktikan bahwa genus

Albunea berasal dari famili yang berbeda dari famili Hippidae, sehingga

diperlukan kajian mengenai molekuler untuk spesies A. symmysta. Hasil DNA

barcoding dari penelitian ini dapat dijadikan sebagai informasi identitas molekuler

2

A. symmysta. Sekuen nukleotida A. symmysta dari perairan pantai Cilacap dapat

dijadikan pedoman untuk mengidentifikasi situs-situs nukleotida yang bermutasi

dan spesifik pada spesies yang sama di lokasi berbeda. Data tersebut dapat

memberi informasi mengenai spesies origin dari A. symmysta.

Perumusan Masalah

Fenomena cryptic species dan complex species pada biota akuatik seringkali

dapat mengakibatkan kesalahan dalam identifikasi berdasarkan karakter morfologi.

Kepastian taksonomi (taxonomy certainty) sangat diperlukan dalam menentukan

pengelolaan suatu sumber daya. Pendekatan molekuler menjadi salah satu cara

untuk mengatasi masalah tersebut. DNA barcoding merupakan salah satu metode

untuk mengidentifikasi spesies secara cepat dan akurat, dengan menggunakan

fragmen sekuen nukleotida.

Habitat undur-undur laut (mole crab) ditemukan di pantai Cilacap yang

terletak di pesisir selatan Jawa Tengah dengan salah satu spesies yang ditemukan

adalah Albunea symmysta. Penentuan klasifikasi genus Albunea berdasarkan

karakteristik morfologi pernah mengalami ketidakpastian. Saat ini sudah

dipastikan bahwa genus Albunea berasal dari famili yang berbeda dari famili

Hippidae, tetapi pendekatan molekuler belum pernah membuktikan hal tersebut.

Oleh sebab itu, diperlukan adanya kajian DNA barcoding untuk mengetahui situs

nukleotida spesifik spesies A. symmysta di daerah pantai Cilacap.

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi nukleotida spesifik Albunea

symmysta yang berasal dari perairan pantai Cilacap dan menganalisis hubungan

kekerabatan dengan undur-undur laut lainnya dari superfamily Hippoidea

berdasarkan marka molekuler gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI).

METODE

Waktu dan Lokasi Penelitian

Penelitian dilaksanakan mulai bulan Desember 2013 hingga Februari 2014

di Laboratorium Biologi Molekuler Departemen Manajemen Sumber Daya

Perairan Lantai 4 dan Laboratorium Terpadu Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

3

Prosedur Penelitian

Pengambilan Sampel

Pengambilan sampel dilakukan pada bulan November 2014. Undur-undur

laut (Albunea symmysta) (Gambar 1) diambil dari perairan pantai Cilacap

(Gambar 2) menggunakan alat tangkap tradisional yaitu sorok bambu dan jaring

sodo.

Gambar 1 Undur-undur laut (Albunea symmysta)

Gambar 2 Lokasi pengambilan sampel di perairan pantai Cilacap

4

Sampel undur-undur laut kemudian dimasukkan ke dalam tabung koleksi

berukuran 100 ml yang berisi alkohol 96% dan dibawa ke Laboratorium Biologi

Molekuler Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan Fakultas Perikanan

dan Ilmu Kelautan untuk analisis molekuler.

Identifikasi Morfologi

Identifikasi morfologi meliputi beberapa parameter, seperti bobot, panjang

total, panjang lurus, panjang karapas, panjang telson, lebar karapas, lebar telson,

serta panjang kaki depan kiri dan kanan dari undur-undur laut. Karakteristik

morfologi undur-undur laut diamati dan disamakan dengan karakteristik yang

terdapat di buku identifikasi kepiting genus Albunea (Boyko 2002). Karakteristik

yang disamakan berupa morfometrik dan meristik undur-undur laut yang menjadi

ciri khas spesies.

Isolasi dan Ekstraksi DNA

Lima belas sampel undur-undur laut yang telah diawetkan dalam alkohol

96% diambil otot periopod pertama dengan bobot 30 mg dan dicuci untuk

menghilangkan kandungan alkohol. Sempel otot tersebut kemudian dikeringkan

dan dimasukkan kedalam microtube untuk dilakukan proses isolasi dan ekstraksi

DNA. Isolasi dan ekstraksi DNA dilakukan menggunakan kit komersil (Gene

Aid) berdasarkan manual pabrik dengan beberapa modifikasi.

Uji Kualitas DNA

Kualitas DNA diuji pada gel agarosa 1,2% dengan menggunakan larutan

buffer TAE1x. Cetakan DNA total yang dipakai sebanyak 2,5 μl. Visualisasi

DNA total dilakukan dengan menggunakan mesin ultraviolet (Butet 2013).

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA Gen COI

DNA yang memiliki kualitas yang baik layak dijadikan sebagai cetakan

untuk amplifikasi fragmen DNA gen COI dengan teknik PCR (Polymerase Chain

Reaction) menggunakan kit komersial Kapa Extra Hot Start. Primer yang

digunakan adalah primer universal untuk beberapa biota akuatik yang didisain

oleh Butet (2013, unpublish data). Amplifikasi dilakukan pada suhu

predenaturasi 94 0C selama 5 menit, suhu denaturasi 94

0C selama 45 detik, suhu

annealing 53 0C selama 1 menit, suhu elongasi 72

0C selama 1 menit, suhu

pascaelongasi 72 0C selama 5 menit, dan suhu penyimpanan 15

0C selama 10

menit. Produk PCR kemudian divisualisasi menggunakan gel agarosa 1,2% pada

mesin ultraviolet.

Pengurutan Produk PCR (Sekuensing) DNA A. symmysta Gen COI

Produk PCR yang memiliki kualitas baik layak dilanjutkan ke tahap

sekuensing untuk ditentukan sekuen basa nukleotidanya. Sekuensing dilakukan

menggunakan metode Sanger (1977) dengan mengirimkan produk PCR tersebut

ke perusahaan jasa pelayanan sekuensing.

5

Analisis Data

Pensejajaran Sekuen Nukleotida Gen COI A. symmysta

Sekuen nukleotida hasil sekuensing disejajarkan dengan menggunakan

metoda Clustal W yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011).

Sekuen nukleotida gen COI A. symmysta dengan primer forward dan reverse

diedit dan dianalisis untuk mendapatkan sekuen DNA dari gen COI tersebut.

Sebagai ingroup, sekuen gen COI A. symmysta hanya disejajarkan antara sampel 1

dan sampel 2 karena sekuens gen COI untuk spesies lain dalam genus Albunea

maupun famili Albuneidae tidak ditemukan di GenBank. Sebagai outgroup,

sekuen gen COI A. symmysta disejajarkan dengan beberapa spesies dari famili

selain Albuneidae, yaitu famili Hippidae yang meliputi Hippa pacifica

(AF246161.1), Emerita austroafricana (AF246160.1), dan Emerita emeritus

(AF246159.1). Sekuen gen COI spesies-spesies dari famili Hippidae tersebut

diunduh dari data GenBank.

Jarak Genetik

Jarak genetik sekuen gen COI antara A. symmysta dan spesies lain dari

famili Hippidae dihitung menggunakan metode pairwise distance yang terdapat

pada program MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Hasil perhitungan jarak genetik

disajikan dalam bentuk matriks data yang dapat digunakan untuk analisis

hubungan kekerabatan antarspesies berdasarkan pohon filogeni.

Analisis Filogeni

Analisis filogeni A. symmysta dikonstruksi antara gen COI A. symmysta

dengan H. pacifica, E. austroafricana, dan E. emeritus. Konstruksi pohon

filogeni menggunakan metode bootstrapped Neighbour-Joinning (NJ) dengan

1000 kali pengulangan yang terdapat pada program MEGA 5.0 (Tamura et al.

2011).

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Taksonomi Berdasarkan Morfologi

Identifikasi secara morfologi dilakukan dengan mengukur beberapa

parameter karakteristik morfologi undur-undur laut A. symmysta. Perbedaan

spesies A. symmysta jantan dan betina terlihat dari bentuk telson. Nilai rata-rata

hasil pengukuran disajikan pada Tabel 1.

Nilai rata-rata hasil pengukuran bobot, panjang total, panjang lurus, panjang

karapas, panjang telson lebar karapas, lebar telson, dan panjang kaki depan antara

jantan dan betina tidak mengalami perbedaan yang jauh. Identifikasi secara

morfologi juga dilakukan dengan menyamakan karakteristik morfologi undur-

undur laut dengan karakteristik yang ada di buku identifikasi kepiting.

Karakteristik tersebut yaitu sifat morfometrik dan meristik undur-undur laut

6

sehingga didapatkan nama spesies dari tingkatan paling umum, yaitu mulai dari

tingkat kingdom hingga tingkat spesies.

Tabel 1 Nilai rata-rata pada pengukuran morfologi Albunea symmysta jantan dan

betina

Identifikasi secara morfologi dapat membuktikan kepastian taksonomi dari

suatu organisme. Hasil identifikasi secara morfologi menunjukkan bahwa spesies

yang diamati adalah benar bernama Albunea symmysta. Perbandingan klasifikasi

A. symmysta dengan beberapa spesies dari undur-undur laut lain yang masih

dalam satu ordo Decapoda dapat diketahui hubungan kekerabatan berdasarkan

karakteristik morfologi (Tabel 2).

Tabel 2 Klasifikasi Albunea symmysta, Hippa pacifica, Emerita austroafricana,

dan Emerita emeritus berdasarkan karakteristik morfologi Kingdom Animalia

Filum Arthropoda

Subfilum Crustacea

Kelas Malacostraca

Ordo Decapoda

Famili Albuneidae Hippidae

Genus Albunea Hippa Emerita

Spesies

Albunea

symmysta

(Linnaeus 1758)

Hippa

pacifica

(Dana 1852)

Emerita

austroafricana

(Schmitt 1937)

Emerita

emeritus

(Linnaeus 1767)

Beberapa klasifikasi spesies yang masih dalam satu ordo Decapoda

ditentukan berdasarkan kemiripan morfologi, yaitu Albunea symmysta, Hippa

pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita emeritus. Spesies pada genus

Emerita memiliki kemiripan dengan spesies dalam genus Hippa sehingga

memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat secara morfologi. Ketiga

spesies tersebut memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dari A. symmysta

karena berbeda famili.

DNA Total

Isolasi dan ekstraksi DNA dari 15 sampel undur-undur laut (Albunea

symmysta) menghasilkan 2 sampel dengan kualitas DNA yang baik. Penentuan

kualitas tersebut telah dilakukan melalui pengujian terhadap DNA total pada

agarosa 1,2% (Gambar 3).

Sampel 1 dan sampel 2 memiliki kualitas DNA yang baik. Kualitas DNA

yang baik ditunjukkan dengan pita DNA yang terang. DNA yang memiliki

kualitas baik tersebut layak dijadikan sebagai cetakan untuk amplifikasi gen COI

dengan menggunakan teknik PCR.

Jenis

Kelamin

Bobot

(gram)

Panjang

Total

(mm)

Panjang

Lurus

(mm)

Panjang

Karapas

(mm)

Panjang

Telson

(mm)

Lebar

Karapas

(mm)

Lebar

Telson

(mm)

Panjang Kaki

Depan (mm)

Kiri Kanan

Jantan 5,47 34,73 33,73 27,91 18,45 26,64 6,18 21,73 21,73

Betina 5,68 34,42 33,36 27,03 17,88 26,85 7,19 22,66 22,63

7

Gambar 3 Pengujian hasil isolasi DNA total otot kaki Albunea symmysta pada gel

agarosa 1,2%, (kolom kiri) sampel 1; (kolom kanan) sampel 2

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA Gen COI

Amplifikasi fragmen DNA gen COI dilakukan dengan penempelan primer

pada suhu optimum sebesar 53ºC. Gen COI target amplifikasi berukuran antara

500-750 pb (Gambar 4). Selanjutnya 2 sampel DNA dimurnikan dan

disekuensing sehingga diperoleh kualitas sekuen nukleotida yang baik.

Gambar 4 Elektroforesis DNA hasil pre-test produk PCR pada gel agarosa 1%,

kolom kiri sampai kanan : marker 1kb; sampel 1; sampel 2

Sekuensing DNA dan Pensejajaran Sekuen Nukleotida Gen COI A. symmysta

Berdasarkan hasil sekuensing gen COI A. symmysta dan hasil pensejajaran

dengan primer forward dan reverse, didapatkan panjang nukleotida yang

dihasilkan sampel 1 dan 2, masing-masing 642 dan 630 bp. Kedua sekuen

nukleotida tersebut kemudian disejajarkan sehingga didapatkan nukleotida

sepanjang 650 bp.

Hasil analisis menggunakan program MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011)

diperoleh komposisi basa nukleotida yang terdiri dari 28,7% basa timin (T),

32,8% basa adenin (A), 15,6% basa sitosin (C) dan 22,9% basa guanin (G).

Komposisi basa nukleotida purin (guanin dan adenin) memiliki jumlah yang lebih

tinggi dari pada basa nukleotida purimidin (sitosin dan timin) yaitu sebesar 55,7%.

Sekuen nukleotida gen COI A. symmysta diunggah pada BLAST n (Basic

Local Alignment Search Tool- nucleotide) pada situs NCBI (National Center for

Biotechnology Information) untuk memastikan kebenarannya dan mengetahui

1 2

pita DNA

750 pb

500 pb

8

kedekatannya dengan spesies lain. Sampel A. symmysta memiliki kedekatan

dengan Emerita emeritus (GenBank: AF246159.1) sebesar 96% (Lampiran 1).

Data dari GenBank menunjukkan bahwa belum ada sekuen gen COI dari spesies

yang terdapat di dalam famili Albuneidae, sehingga untuk analisis filogeni

digunakan ingroup spesies A. symmysta sendiri.

Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI dengan spesies dari famili

Hippidae menghasilkan nilai conserved, variabel, dan singleton, masing-masing

sebesar 31,5% (144/457), 68,05% (311/457), dan 23,4% (107/457). Nilai variabel

menunjukkan bahwa terdapat variasi basa nukleotida antara A. symmysta dengan

spesies outgroup yang merupakan karakteristik pembeda dari masing-masing

spesies.

Analisis Filogeni Gen COI A. symmysta

Jarak genetik fragmen gen COI antara A. symmysta dengan spesies lain dari

famili Hippidae berkisar antara 0,576-0,613. Jarak genetik menggambarkan

hubungan kekerabatan antarspesies (Tabel 3).

Tabel 3 Matriks jarak genetik fragmen gen COI pada Albunea symmysta, Hippa

pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita emeritus berdasarkan

metode pairwise distance

Albunea

symmysta

1

Albunea

symmysta

2

Hippa

pacifica

Emerita

austroa-

fricana

Emerita

emeritus

Albunea symmysta 1

Albunea symmysta 2 0,165

Hippa pacifica 0,596 0,613

Emerita austroafricana 0,576 0,586 0,186

Emerita emeritus 0,600 0,610 0,169 0,131

Perbandingan antara A. symmysta dengan spesies outgroup, didapatkan nilai

jarak genetik terendah antara A. symmysta sampel 1 dan 2 yaitu sebesar 0,165.

Jarak genetik tertinggi antara A. symmysta dengan Hippa pacifica sebesar 0,613.

Data dari matriks tersebut digunakan untuk analisis hubungan kekerabatan

berdasarkan pohon filogeni. Konstruksi pohon filogeni ini menunjukkan bahwa

famili Albuneidea terpisah nyata dari famili Hippidae dengan nilai jarak genetik

sebesar 0,597 (Gambar 5).

Pohon filogeni A. symmysta, H. pacifica, E. austroafricana, dan E. emeritus

dikonstruksi berdasarkan jarak genetik pairwise distance dari basa-basa

nukleotida COI yang menunjukkan hubungan kekerabatan antar spesies. Ingroup

intraspesies A. symmysta memiliki hubungan yang erat. Cabang pohon filogeni

untuk famili Hippidae menunjukkan hubungan kekerabatan yang erat di dalam

genus yang sama.

9

Gambar 5 Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen COI pada Albunea

symmysta, Hippa pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita

emeritus

Nukleotida Spesifik Gen COI A. symmysta

Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI dengan spesies dari famili

Hippidae didapatkan situs spesifik dari A. symmysta (Lampiran 2). Situs spesifik

tersebut merupakan basa nukleotida spesifik dari A. symmysta sebagai penciri

yang dapat membedakan dengan spesies dari famili Hippidae. Terdapat 158 situs

nukleotida yang spesifik dari spesies A. symmysta yang menunjukkan adanya

evolusi spesifik pada A. symmysta.

Situs Mutasi Gen COI A. symmysta

Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI A. symmysta sampel 1 dan sampel

2 didapatkan situs mutasi dari A. symmysta (Lampiran 3). Situs mutasi tersebut

merupakan basa nukleotida A. symmysta yang mengalami perubahan berupa

insersi dan delasi. Terdapat 40 situs nukleotida mutasi pada spesies A. symmysta

yang terdiri dari 20 situs nukleotida yang mengalami insersi dan 20 situs

nukleotida yang mengalami delesi.

Pembahasan

Identifikasi morfologi terhadap spesies yang diamati menunjukkan bahwa

spesies ini termasuk dalam genus Albunea dengan nama spesies Albunea

symmysta. Nama spesies dapat ditentukan secara jelas dengan adanya buku

identifikasi genus Albunea yang mencantumkan secara detail karakteristik

morfologi dari masing-masing spesies (Boyko 2002). Fenomena cryptic species

pada udur-undur laut yang memiliki keberagaman morfologi yang kompleks

berupa bentuk periopod, mengakibatkan ketidakpastian dalam penentuan genus

Albunea pada awal tahun 1800-an (Boyko and McLaughlin 2010). Klasifikasi

spesies undur-undur laut berdasarkan karakteristik morfologi dapat

memungkinkan terjadinya kesalahan dengan adanya fenomena tersebut.

Boyko (2002) dapat menyelesaikan permasalahan taksonomi tersebut dan

mengklasifikasikan Albunea dalam famili Albuneidae. Kesamaan famili

Albuneidae dengan undur-undur laut dalam famili yang berbeda dicirikan pada

bentuk karapas yang membujur, bentuk kaki pertama hingga keempat berliku

(cekung), dan kebiasaan hidup meliang dalam pasir. Perbedaan paling nyata

10

famili Albuneidae dengan famili lain pada bentuk kaki pertama subchelate dengan

struktur seperti penjepit (capit) (FAO 1998). Pembuktian bahwa genus Albunea

berasal dari famili yang berbeda dengan famili Hippidae belum pernah dilakukan

dengan pendekatan molekuler.

Identifikasi molekuler dari A. symmysta dengan menggunakan sekuen gen

COI telah dipastikan kebenaran dan kedekatannya dengan spesies lain

berdasarkan pengunggahan pada BLAST n (Basic Local Alignment Search Tool-

nucleotide) pada situs NCBI (National Center for Biotechnology Information).

Sampel A. symmysta memiliki kedekatan dengan Emerita emeritus sebesar 96%.

Menurut Herbert et al. (2003), perbedaan jarak genetik antara A. symmysta dengan

spesies lainnya yang diperoleh dari GenBank sebesar ± 4% menunjukkan bahwa

secara molekuler dipastikan A. symmysta berbeda spesies dengan Emerita

emeritus dan Hippa adactyla dari famili Hippidae.

15 sampel undur-undur diisolasi dan dihasilkan 2 sampel DNA yang

memiliki kualitas baik sehingga layak dilanjutkan hingga tahap sekuensing.

Pengujian kemiripan dan kedekatan dilakukan dengan mengunggah basa

nukleotida hasil penelitian pada situs NCBI. Hasil tersebut menunjukkan bahwa

spesies yang dimati berbeda dengan undur-undur laut spesies lainnya. 2 sampel

yang diteliti telah dapat mewakili dalam identifikasi A. symmysta secara

molekuler.

Konstruksi pohon filogeni A. symmysta dengan outgroup menunjukkan

bahwa terjadi pemisahan secara jelas antara famili Albuneidea dengan famili

Hippidae dengan nilai jarak genetik sebesar 0,597. Penelitian ini berhasil

membuktikan bahwa terjadi suatu pemisahan secara jelas antara famili Albuneidae

dengan famili Hippidae berdasarkan konstruksi pohon filogeni tersebut. Selain itu,

dapat menguatkan identifikasi morfologi mengenai pengklasifikasikan Albunea

dalam famili Albuneidae. Penggunaan gen COI dalam identifikasi secara

molekuler berhasil mengidentifikasi A. symmysta karena gen tersebut bersifat

conserve (Herbert et al. 2003).

Menurut FAO (1998), secara morfologi, famili Albuneidae lebih tua dari

familli Hippidae. Hal tersebut dikuatkan dengan bentuk konstruksi pohon filogeni

pada penelitian ini. Kemungkinan awal evolusi undur-undur laut dimulai dari

famili Albuneidae yang terpisah dan hidup di lokasi yang berbeda. Fragmentasi

habitat menyebabkan terjadinya perubahan genetik (Moreira 2009). Fragmentasi

habitat tersebut dapat disebabkan oleh proses-proses geologis yang dapat merubah

keanekargaman hayati. Akibat fragmentasi, dalam kurun waktu yang relatif lama,

famili Albuneidae tersebut berevolusi menjadi famili lain yang diakibatkan oleh

tekanan lingkungan.

Hasil DNA barcoding undur-undur laut (A. symmysta) yang berasal dari

perairan pantai Cilacap ini dapat dijadikan sebagai informasi dasar untuk

menentukan status taksonomi A. symmysta dari perairan lainnya. Situs nukeotida

pada A. symmysta memiliki ciri yang berbeda dari spesies outgroup. Menurut

Maddison (1984), penggunaan outgroup berfungsi sebagai faktor koreksi dalam

penentuan karakter diantara ingroup yang ada.

Sekuen nukleotida pada gen COI A. symmysta menunjukkan bahwa urutan

nukleotida yang bersifat conserve pada level spesies. Keberadaan 158 situs

nukleotida spesifik menjadi penciri spesies A. symmysta yang menunjukkan

adanya evolusi spesifik pada A. symmysta.

11

Sekuen nukleotida gen COI A. symmysta mengalami mutasi berupa insersi

dan delasi. Terdapat 40 situs nukleotida mutasi pada spesies A. symmysta. Mutasi

yang terjadi antara kedua basa nukleotida gen COI A. symmysta tersebu bersifat

silent. Menurut Simon (1994), silent mutation adalah gen yang mengalami

banyak substitusi pada sekuen nukleotida tetapi tidak berpengaruh pada identitas

asam amino. Jika identitas asam amino tersebut berubah, maka terjadi perubahan

dalam pembentukan enzim yang dapat berpengaruh pada morfologi. Mutasi yang

terjadi pada A. symmysta bersifat silent sehingga tidak merubah bentuk morfologi

dari A. symmysta.

Komposisi basa nukleotida A. symmysta didominasi oleh basa purin (guanin

dan adenin) sebesar 55,7%. Basa nukleotida A. symmysta juga didominasi oleh

ikatan basa A (adenin) dan basa T (timin). Ikatan hidrogen A-T terdiri dari 2

ikatan hidrogen yang bersifat lebih lemah dibandingkan dengan ikatan hidrogen

G-C yang memiliki 3 ikatan hidrogen (Jusuf 2001). Komposisi basa nukleotida A.

symmysta tersebut menunjukkan bahwa ikatan tersebut mudah terpisah sehingga

kemungkinan terjadinya mutasi pada spesies A. symmysta lebih tinggi.

Kepastian taksonomi (taxonomy certainty) sangat diperlukan dalam

menentukan pengelolaan suatu sumber daya. Suatu spesies yang memiliki

taksonomi secara morfologi yang sudah jelas, perlu dilakukan identifikasi secara

molekuler guna mengetahui urutan basa nukleotida. Hasil urutan basa nukleotida

ini dapat digunakan untuk mengetahui perkembangan evolusi dan mutasi dari

spesies tersebut.

Komposisi hasil tangkapan undur-undur laut yang ditemukan di Cilacap

memiliki kesamaan dengan komposisi undur-undur laut yang ditemukan di

Thailand. Perairan Provinsi Phuket dan Phangnga memiliki 3 jenis undur-undur

laut sama seperti yang ada di Cilacap, yaitu Emerita emeritus, Hippa adactyla,

dan Albunea symmysta (Phasuk and Boonruang 1975). Hal tersebut merupakan

penemuan baru. Lokasi yang memiliki komposisi 3 spesies sekaligus, jarang

ditemukan di lokasi lain. Indonesia dan Thailand memiliki kesamaan iklim yaitu

negara beriklim tropis yang memiliki perbedaan komposisi dari negara yang

beriklim subtropis. Negara subtropis biasanya hanya ditemukan satu jenis undur-

undur laut.

Identifikasi molekuler dari penelitian ini telah menunjukan kepastian

taksonomi (taxonomy certainty) dari Albunea symmysta, sehingga dapat

ditentukan pengelolaan yang tepat. Basa nukleotida A. symmysta hasil penelitian

ini dapat dibandingkan dengan penelitian lain di lokasi yang berbeda, sehingga

akan terlihat perbedaan sekuen basa nukleotida yang muncul (insersi) dan hilang

(delesi) dan dapat diketahui spesies asal atau pusat penyebaran spesies.

Penurunan keragaman genetik bisa terjadi secara alami melalui penghanyutan gen.

Penghanyutan gen (random genetic drift) menggambarkan perubahan secara acak

di dalam suatu populasi yang mengakibatkan penurunan keragaman genetik dari

generasi ke generasi yang bukan disebabkan oleh tekanan lingkungan tetapi

karena adanya mutasi secara murni (Singleton and Sainsbury 2006). Selain itu,

informasi genetik ini dapat digunakan sebagai dasar penentuan genetika populasi

dan pengkajian stok dari A..symmysta. Jika suatu kawasan memiliki keragaman

genetik yang rendah dari undur-undur laut (A..symmysta) akibat tekanan

inbreeding dan outbreeding, maka perlu dilakukan konservasi terhadap spesies

tersebut.

12

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan

Albunea symmysta memiliki 158 situs spesifik yang dapat membedakan

dengan undur-undur laut spesies lain pada famili Hippidae, sehingga basa

nukleotida A. symmysta ini dapat digunakan sebagai acuan identifikasi untuk

populasi undur-undur laut dari lokasi yang berbeda.

Saran

Informasi genetik A. symmysta harus dikaji lebih lanjut dengan

menggunakan gen penanda lainnya sehingga didapatkan genom utuh A. symmysta.

Selain itu, sekuen basa nukleotida tersebut dapat digunakan untuk merancang

primer gen COI spesifik untuk A. symmysta.

DAFTAR PUSTAKA

Avise JC, Arnold J, Ball AM, Bermingham E, Lamb T, Neigel JE, Reeb CA,

Saunders NC. 1987. Intraspecific phylogeography: the mitochondrial DNA

bridges I between population genetics and systematics. Ann. Rev. Ecol.

Syst. 18:489-522.

Arlyza IS, Shen KN, Solihin DD, Soedharma D, Berrebi P, Borsa P. 2013.

Species boundaries in the Himantura uarnak species complex

(Myliobatiformes: Dasyatidae). Mol. Phyl. Evol. 66:429–435.

Bickford D, Lohman DJ, Sodhi NS, Ng PKL, Meler R, Winker K, Ingram KK,

Das I. 2006. Cryptic species as a window on diversity and conservation.

Ecology and Evolution. 22:148-155.

Boyko CB, Harvey AW. 1999. Crustacea Decapoda: Albuneidae and Hippidae of

the tropical Indo-West Pacific region, in Crosnier A. (ed.), Résultats des

Campagnes MUSORSTOM. Volume 20. Mémoires du Muséum national

d’Histoire naturelle. 180:379-406.

Boyko CB. 2002. A worldwide revision of the recent and fossil sand crabs of the

Albuneidae Stimpson and Blepharipodidae, new family (Crustacea:

Decapoda: Anomura: Hippoidea). Bulletin of the American Museum of

Natural History. 272–396.

Boyko CB, McLaughlin PA. 2010. Annotated checklist of anomuran Decapod

Crustaceans of the world (exclusive of the Kiwaoidea and families

Chirostylidae and Galatheidae of the Galatheoidea) part VI–Hippoidea.

The Raffles Bulletin Of Zoology. 23:139–151.

Butet NA. 2013. Plastisitas fenotip kerang darah Anadara granosa L. dalam

merespon pencemaran lingkungan: studi kasus di Perairan Pesisir Banten

[disertasi]. Bogor (ID) : Institut Pertanian Bogor.

13

Defeo O, Cardoso RS. 2002. Macroecology of population dynamics and life

history traits of the mole crab Emerita brasiliensis in Atlantic sandy

beaches of South America. Mar Ecol Prog Ser. 239:169–179.

FAO. 1998. The Living Marine Resources Of The Western Central

Pacific :Volume 2. Cephalopods, Crustaceans, Holothurians And Sharks.

Carpenter KE, Niem VH, editor. Rome (IT): FAO.

Fusaro C. 1978. Growth rate of the sand crab, Emerita analoga, (Hippidae) in two

different environments. Fishery Bulletin. 76(2):369-375.

Hajibabaei M, Singer GAC, Hebert PDN, Hickey DA. 2007. DNA barcoding:

how it complements taxonomy, molecular phylogenetics and population

genetics. TRENDS in Genetics. 23(4):167-172.

Haye PA, Tam YK, Kornfield I. 2002. Molecular phylogenetics of mole crabs

(Hippidae : Emerita). Crustacean Biology. 22 (4):903-915.

Hebert PDN, Ratnasingham S, De Waard JR. 2003. Barcoding animal life:

cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species.

Proc R Soc. 270:96–99.

Jusuf M. 2001. Genetika I: Struktur dan Ekspresi Gen. Jakarta (ID): Sagung Seto.

Kanagalakshmi K. 2011. Fluctuation of protein level in Haemolymph, ovary and

Hepatopancreas during non-reproductive and reproductive Molt Cycle of

Albunea symmista. Journal of research in Biology. 2: 68-72

Maddison WP, Donoghue MJ, Maddison DR. 1984. Outgroup analysis and

parsimony. Syst Zool. 33:83-103.

Moreira PA, Fernandes GW, Collevatti RG. 2009. Fragmentation and spatial

genetic structure in Tabebuia ochracea (Bignoniaceae) a seasonally dry

Neotropical tree. Forest Ecology and Management. 258:2690–2695.

Perez D. 1999. Mercury levels in mole crab Hippa cubensis, Emerita brasiliensis,

E. portoricensis, and Lepidopa richmondi (Crustacea: Decapoda:

Hippidae) from a Sandy Beach at Venezuela. Environmental

Contamination and Toxicology. 63:320-326. Petracco M, Valeria GV, Ricardo SC. 2003. Population dynamics and secondary

production of Emerita brasiliensis (Crustacea : Hippidae) at Prainha Beach,

Brazil. Marine Ecology. 24(3):231-245.

Phasuk B, Boonruang P. 1975. Species composition and abundance distribution of

anumuran sand crabs and population bionomic of Emerita emeritus (L)

along the Indian Ocean Coast of Thailand (Decapoda : Hippidae).

Research buletin. 8:1-17.

Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. 1977. DNA sequencing with chainterminating

inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA. 74:5463-5467.

Sastre MP. 1991.S ex-specific growth and survival in the mole crab Emerita

portoricensis (Schmitt) Journal of Crustacean Biology, 11(1):103-112.

Simon C, Frati F, Beckenbach A, Crespi B, Liu H, Flook P. 1994. Evolution,

weighting, and phylogenetic utility of mitochondrial gene sequence and a

compilation of conserved polymerase chain reaction primers.

Entomological Society of America. 87(6):651-701.

Singleton P, Sainsbury D. 2006. Dictionary of Microbiology and Molecular

Biology, Third Edition. England (GB): Wiley & Sons Ltd. Solihin DD. 1994. Peran DNA mitokondria (mtDNA) dalam studi keragaman

genetik dan biologi populasi pada hewan. Hayati. 1(1):1-4.

14

Su Y, Hung JH, Kubo H, Liu LL. 2014. Tridacna noae (Röding, 1798) – a valid

giant clam species separated from T. maxima (Röding, 1798) by

morphological and genetic data. Raffles Bulletin Of Zoology. 62:124–135

Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2011. Mega 5: molecular evolutionary

genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and

maximum parsimony methods. J Mol Biol Evol. 28(10):2731–2739.

Tudge C. 2000. The Variety Of Life. New York (US): Oxford University Press.

Wenner AM. 1977. Food supply, feeding habits, and egg production in pacific

mole crabs (Hippa pacifica Dana). Pacific Science. 31(1):39-47.

15

LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil blast n gen COI Albunea symmysta

BLAST ®

Basic Local Alignment Search Tool

Nucleotide Sequence (630 letters)

Query ID lcl|35979 Query Length 630

Description None Database Name nr

Molecule type nucleic acid Description Nucleotide collection (nt)

Program BLASTN 2.2.27+

Graphic Summary

Distribution of 105 Blast Hits on the Query Sequence

16

Lanjutan Lampiran 1

Deskripsi

Description Max

score

Total

score

Query

cover

E

value

Ident Accession

Emerita emeritus cytochrome oxidase

subunit I (COI) gene, partial cds;

mitochondrial gene for mitochondrial

product

769 769 74% 0.0 96% AF246159.1

Emerita benedicti (isolate Port

Aransas, Texas) mitochondrial

cytochrome oxidase subunit I gene,

partial cds

598 598 93% 2,00E-

167 85% L43102.1

Emerita rathbunae (isolate El

Salvador) mitochondrial cytochrome

oxidase subunit I gene, partial cds

556 556 94% 1,00E-

154 84% L43103.1

Emerita talpoida (isolate Panacea,

Florida) mitochondrial cytochrome

oxidase subunit I gene, partial cds

535 535 86% 3,00E-

148 84% L43106.1

Upogebia pusilla mitochondrion,

complete genome

533 533 99% 9,00E-

148 83% KC107815.1

Emerita talpoida (isolate South

Carolina) mitochondrial cytochrome

oxidase subunit I gene, partial cds

525 525 87% 2,00E-

145 84% L43105.1

Aegla uruguayana voucher KACa0394

cytochrome oxidase subunit I (COI)

gene, partial cds; mitochondrial

514 514 98% 6,00E-

142 82%

AY595631.

1

Aegla uruguayana voucher

KACaB395 cytochrome oxidase

subunit I (COI) gene, partial cds;

mitochondrial

514 514 98% 6,00E-

142 82%

AY595632.

1

Emerita analoga (isolate San Diego,

California) mitochondrial cytochrome

oxidase subunit I gene, partial cds

508 508 91% 3,00E-

140 83% L43101.1

Emerita austroafricana cytochrome

oxidase subunit I (COI) gene, partial

cds; mitochondrial gene for

mitochondrial product

508 508 74% 3,00E-

140 86% AF246160.1

17

Lampiran 2 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Albunea symmysta

berdasarkan sekuen 457 pb yang dibandingkan dengan outgroup

Spesies

Situs nukleotida ke - 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 4 4 4 4 5 5 5 6 6 7 7 7 1 2 2 2 3 3 4 9 5 7 8 9 3 4 7 8 0 1 2 2 4 5 9 0 3 4 0 6 1 2 7 9 3 4 9 2 8 0

Albunea symmysta 1 T C A C A A A T A A A A T A G T T G G G A C C A A C T T A C T Albunea symmysta 2 T C A C A A A T A A A A T A G T T G G G A C C A A C T T A C T Hippa pacifica C A T G G C T G G T T T G G C C C A T C G G A G G T G C G A A Emerita austroafricana C A T G G C T G G T T C G G C C C A T C G G A G G T A C G A A Emerita emeritus C A T G G C T G G T T T G G C C C A T C G G A G G T A C G A A

Situs nukleotida ke - 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 4 4 4 4 4 5 5 5 6 7 7 7 8 8 8 8 8 8 8 9 9 9 9 0 1 1 2 2 2 3 3 3 3 3 4 4 4 5 5 5 1 2 4 7 8 2 3 5 8 1 4 5 0 1 5 6 7 8 9 2 3 5 8 4 6 9 0 2 9 0 2 5 8 9 1 7 8 0 1 2 A G G A G G C A T T G T T G G A T G A T C A G T A C C G C T C C T A A A A T A A A G G A G G C A T T G T T G G A T G A T C A G T A C C G C T C C T A A A A T A A T C T G A C T G G C A A C C A G A C C C T T T C T T T C A C G G G G C G G G T G T T T G A C T G G C A A A C A G C C C C T T T C T T T T A C G G G G C G G G T T T C T G A C T G G C A A A C A G A C C C T T T C T T T T A C G G G G T G G G T T

Situs nukleotida ke - 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 5 6 6 6 7 7 7 7 7 7 8 8 8 8 9 9 9 9 0 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 4 4 5 5 5 5 6 6 7 7 7 5 3 7 9 2 5 6 7 8 9 0 1 3 7 2 3 6 9 0 1 3 0 3 5 6 7 9 2 5 8 4 8 0 3 4 9 6 8 0 1 2 C G A A A G A G G G T C A T T T G C C C T C A G A T T A C G A C A A T G A G A A A C G A A A G A G G G T C A T T T G C C C T C A G A T T A C G A C A A T G A G A A A T A T C T A T A T C A T T A A C A A T G C T C T T A G C T A G T T G G T G A T G C T A T C T A C A T T A T T A A C A A T G C T C C T A G C T A G T T G G T G A C G C T A T C T A T A T C A T T A A C A A T G C T C C T A G C T A G T T G G T G A T G C

Situs nukleotida ke - 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 7 7 7 7 7 8 8 8 8 8 8 8 8 9 9 9 9 9 9 0 0 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 3 4 7 8 9 0 1 2 3 4 7 8 9 0 1 2 5 6 8 1 9 0 3 4 5 9 0 1 2 6 7 8 9 0 1 2 4 5 9 3 4 G T G C T C G G G T C T A C G T A T C A T A T G G G C T C C G A T A A A C C G C C G T G C T C G G G T C T A C G T A T C A T A T G G G C T C C G A T A A A C C G C C C C T G A T T C C C T A T T T A G G G T C C A A A T T A A T T C A C T T T T T T T A C T G G T T T C C T G T T C A G G G T C C A A A C T A A T C C A T T T T T T T T A C T G G T T C C C T A T T T A G G G T C C A A A C T A A T T C A C T T T T T T T

Situs

nukleotida

ke - 4 4 4 4 4 4 4 5 5 5 6 8 0 1 2 A G C T A A G C T A G T G G G G A G C G G A G A G

18

Lampiran 3 Situs nukleotida mutasi gen COI Albunea symmysta 1 dan Albunea

symmysta 2

Spesies

Situs nukleotida ke - 1 1 1 1 6 6 6 6 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 7 9 1 1 3 4 3 3 4 4 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 4 5 6 7 4 5 3 5 8 9 0 1

Albunea symmysta 1 G T C T G G G T A G T C T G A G T A T - - - - - - - G - - - - Albunea symmysta 2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A T T G T T T – T G T T

Situs nukleotida ke - 6 6 6 6 6 6 6 6 6 4 4 4 4 4 4 4 4 5 2 3 4 5 6 7 8 9 0 - - - - - - - - - G G T A G A A A A

19

RIWAYAT HIDUP

Penulis bernama lengkap Agus Alim Hakim, lahir di

Kendal 12 Maret 1992, merupakan anak ketiga dari tiga

bersaudara dari ibu bernama Sulamah dan ayah Mokh

Musodaq (Almarhum). Penulis mulai mengikuti pendidikan

sekolah dasar di SDN 1 Sukomulyo lulus pada tahun 2004.

Melanjutkan di SMPN 1 Kaliwungu lulus pada tahun

2007 dan dilanjutkan sekolah di SMAN 1 Kendal lulus pada

tahun 2010. Penulis lulus menjadi mahasiswa di Institut

Pertanian Bogor dengan mendapatkan beasiswa Bidikmisi,

melalui jalur Ujian Seleksi Masuk IPB (USMI) pada tahun 2010 sebagai

mahasiswa Departemen Sumber Daya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

Kegiatan di luar akademik, penulis aktif dalam organisasi BEM FPIK IPB

tahun 2011-2012 sebagai anggota Departemen Sosial dan Lingkungan, Himpunan

Mahasiswa Manajemen Sumber Daya Perairan (HIMASPER) tahun 2012-2013

sebagai anggota divisi HRD. Selain itu, penilis aktif sebagai anggota dalam

organisasi Kementrian Humas pada Himpunan Mahasiswa Manajemen Sumber

Daya Perairan Se Indonesia (HIMASUPERINDO) tahun 2013-2015. Ketua

pelaksana “Water Festival 2013”. Penulis mengajar pada bimbingan belajar mata

kuliah fisika TPB IPB di Mafia Clubs. Kegiatan akademik di luar perkuliahan

penulis pernah menjadi asisten mata kuliah Metode Statistika dan asisten Ekologi

Perairan tahun 2012-2013. Koordinator asisten mata kuliah Dasar-Dasar Biologi

Populasi tahun 2013-2014. Asisten mata kuliah Metode Statistik dan Ekologi

Perairan Pesisir dan Laut Tropik tahun 2013-2014.