IDENTIFIKASI DAN UJI KEMAMPUAN JAMUR Trichoderma spp ...digilib.unila.ac.id/57550/3/SKRIPSI TANPA...

IDENTIFIKASI DAN UJI KEMAMPUAN JAMUR Trichoderma spp.SEBAGAI AGEN ANTAGONIS JAMUR AKAR PUTIH

(Rigidoporus microporus (Sw.) Overh) DANPLANT GROWTH PROMOTING FUNGI

(PGPF)

(Skripsi)

Oleh

LINA NUR HAYATI

FAKULTAS PERTANIANUNIVERSITAS LAMPUNG

BANDAR LAMPUNG2019

ABSTRAK

IDENTIFIKASI DAN UJI KEMAMPUAN JAMUR Trichoderma spp.

SEBAGAI AGEN ANTAGONIS JAMUR AKAR PUTIH

(Rigidoporus microporus (Sw.) Overh.) DAN

PLANT GROWTH PROMOTING FUNGI

(PGPF)

Oleh

LINA NUR HAYATI

Salah satu penyebab menurunnya produktivitas tanaman karet di Indonesia yaitu

penyakit jamur akar putih (Rigidoporus microporus (Sw.) Overh). Pengendalian

yang umum dilakukan adalah penggunakan fungisida kimia sintetik. Akan tetapi

aplikasi fungisida sintetik yang dilakukan secara intensif menyebabkab keracunan

bagi pengguna, pencemaran lingkungan, dan resistensi pada patogen.

Pengendalian penyakit tanaman dengan menggunakan mikroba antagonis seperti

Trichoderma spp. dapat mengurangi penggunaan dari pestisida kimia sintetik.

Selain itu, beberapa penelitian mengungkapkan kemampuan Trichoderma spp.

mampu memacu pertumbuhan tanaman dengan memproduksi Indole Asetic Acid

(IAA), sehingga tanaman memiliki pertumbuhan yang lebih baik.

Lina Nur Hayati

Penelitian ini menggunakan 7 isolat Trichoderma spp. sebagai perlakuan.

Perlakuan disusun dalam Rancangan Acak Lengkap (RAL). Uji pertumbuhan,

kerapatan spora, dan viabilitas masing-masing terdiri dari 7 isolat uji dengan 3

ulangan. Uji antagonis terdiri dari 7 isolat uji dan 1 kontrol dengan masing-

masing 3 ulangan. Pengujian PGPF terdiri dari 7 isolat uji dan 1 kontrol dengan

masing-masing 5 ulangan. Data penelitian dianalisis ragam dan apabila terdapat

perbedaan yang nyata maka diuji lanjut dengan uji lanjut Duncan’s Multiple

Range Test pada taraf α = 5%.

Identifikasi secara molekuler menunjukkan bahwa isolat T1, T2, T4, TK1 dan

TK3 merupakan spesies T. asperellum, isolat T3 merupakan spesies T.

longibrachiatum, dan TK2 merupakan spesies T. reesei. Pengujian antagonis

menunjukkan ketujuh isolat Trichoderma spp. mempunyai kemampuan dalam

menekan pertumbuhan R. microporus, isolat T3 (T. longibrachiatum)

menunjukkan persentase penghambatan yang paling tinggi sebesar 87,59%.

Pengujian PGPF menunujukkan kemampuan ketujuh isolat beragam dalam

memacu pertumbuhan tanaman dari variabel yang diamati, isolat yang terbaik

dalam memacu pertumbuhan tanaman yaitu isolat T4 (T. asperellum).

Kata kunci : antagonis, karet, kerapatan spora, molekuler, pgpf, Trichoderma

spp. ,viabilitas

IDENTIFIKASI DAN UJI KEMAMPUAN JAMUR Trichoderma spp.

SEBAGAI AGEN ANTAGONIS JAMUR AKAR PUTIH

(Rigidoporus microporus (Sw.) Overh.) DAN

PLANT GROWTH PROMOTING FUNGI

(PGPF)

Oleh

LINA NUR HAYATI

Skripsi

Sebagai Salah Satu Syarat untuk Mencapai Gelar

SARJANA PERTANIAN

Pada

Jurusan Agroteknologi

Fakultas Pertanian Universitas Lampung

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS LAMPUNG

BANDAR LAMPUNG

2019

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Dayamurni, Tulang Bawang Barat pada tanggal 21 Juli

1994. Penulis merupakan anak pertama dari tiga bersaudara, pasangan Bapak

Sumarto dan Ibu Sopiyah.

Penulis menyelesaikan pendidikan Taman Kanak-Kanak di RA Al Hidayah

Dayamurni pada tahun 2000, Sekolah Dasar diselesaikan di SDN 1 Daya Asri

tahun 2006, Sekolah Menengah Pertama (SMP) diselesaikan di SMPN 1

Tumijajar tahun 2009 dan Sekolah Menengah Atas (SMA) di SMAN 1 Tumijajar

tahun 2012.

Tahun 2012, penulis terdaftar sebagai mahasiswa Jurusan Agroteknologi, Fakultas

Pertanian Universitas Lampung melalui jalur SNMPTN Undangan. Selama

menjadi mahasiswa, penulis aktif di berbagai organisasi yaitu Persatuan

Mahasiswa Agroteknologi (PERMA AGT), Forum Silaturahim Islam Fakultas

Pertanian (FOSI FP), Badan Eksekutif Mahasiswa Unila (BEM U KBM Unila),

Dewan Perwakilan Mahasiswa Unila (DPM U KBM Unila) dan Kesatuan Aksi

Mahasiswa Muslim Indonesia (KAMMI). Pada tahun 2013, Penulis terpilih

sebagai Juara 1 dalam Musabaqah Tilawatil Qur’an (MTQ) Mahasiswa Nasional

viii

XIII tingkat Universitas dan mewakili Universitas Lampung sebagai Kafilah

Cabang Tilawah Al-Quran di Universitas Andalas, Sumatera Barat. Pada tahun

2015 penulis melaksanakan Praktik Umum (PU) di Balai Penelitian Tanaman

Rempah dan Obat di Bogor. Pada tahun 2016 penulis telah melaksanakan Kuliah

Kerja Nyata (KKN) di Desa Payung Batu, Kecamatan Pubian, Lampung Tengah.

“Dan bahwa seorang manusia tidak akan memperoleh sesuatu selain apa yang

telah diusahakannya sendiri” (An Najm [53] : 39)

“Perjuangan adalah pelaksanaan kata-kata !” (W.S. Rendra)

“Kritis berarti tidak percaya demikian saja terhadap apa yang timbul dalam

fikirannya dan selalu ingin menguji kebenarannya. Sifat kritis akan menyebabkan

saudara tidak menerima dengan mudah apa saja yang saudara lihat, dengar atau

baca. Bahkan sering saya katakan, janganlah saudara mempercayai begitu saja

kuliah-kuliah saya. Demikian juga kita harus kritis terhadap pikiran kita sendiri,

dalam arti bahwa kita harus mengakui bahwa pikiran sendiripun tidak selalu

benar” (Semangun, 1973)

“And, when you want something, all the universe conspires in helping you to

achieve it” (Paulo Coelho, The Alchemist)

“Follow your dreams, don’t get stuck in somebody else’s. Go do what you want

to do and be your own person” (New-BTS)

Kepada Ayahanda dan Ibunda Tersayang

SANWACANA

Segala puji dan syukur saya panjatkan kepada Allah SWT atas segala rahmat,

nikmat, dan karunia yang senantiasa dicurahkan sehingga penulis dapat

menyelesaikan skripsi yang berjudul “Identifikasi dan Uji Kemampuan Jamur

Trichoderma spp. sebagai Agen Antagonis Terhadap Jamur Akar Putih

(Rigidoporus microporus (Sw.) Overh.) dan sebagai Plant Growth Promoting

Fungi (PGPF)”.

Dalam kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada:

1. Bapak Prof. Dr. Ir. Irwan Sukri Banuwa, M.Si., selaku Dekan Fakultas

Pertanian Universitas Lampung.

2. Ibu Prof. Dr. Ir. Sri Yusnaini, M.Si., selaku Ketua Jurusan Agroteknologi

Fakultas Pertanian.

3. Bapak Prof. Dr. Ir. Purnomo, M.S., selaku Ketua Bidang Hama Penyakit

Tanaman.

4. Bapak Radix Suharjo, S.P., M.Agr., Ph.D., sebagai pembimbing akademik

serta pembimbing utama yang senantiasa sabar dalam memberikan perhatian,

saran, nasihat, arahan selama menjadi mahasiswa, penelitian dan penulisan

skripsi.

xii

5. Ibu Ivayani, S.P., M.Si., sebagai pembimbing kedua yang telah memberikan

nasihat, saran dan arahan selama penulis melakukan penelitian serta penulisan

skripsi.

6. Bapak Ir. Nur Yasin, M.Si., sebagai pembahas yang telah memberikan

masukan, kritik, dan saran kepada penulis sehingga penulis dapat

menyelesaikan skripsi ini dengan baik dan benar.

7. Bapak dan Ibu tercinta yang senantiasa memberikan kasih sayang, nasihat,

semangat, pengorbanan dan doa untuk putri tercintanya.

8. Kedua adikku yang selalu menghibur dan memberikan warna dalam suasana

apapun dan kondisi apapun.

9. Mba Dina, Mba Ika, Dwiyanti, Rio, Fitri, Rian, Queen, Bang Rully, Bang

Sam, Erika, dan teman-teman di Laboratorium Bioteknologi yang telah

membantu dalam penelitian ini.

10. Deska , Mba Sri, Yeti, Ida dan Deviyo yang terus memberikan banyak

semangat, perhatian, kasih sayang, nasihat, bijaksana, selama penulis tinggal

di Bandarlampung.

11. Teh Yuni, Mba Heni, Mba Aulia, Devi, Mba Tanti, Wanda, Chuni, Winni,

Rizka, Badi, Salam, Ical, Kak Andi, Kak Aferdi, Bregas, Kak Ardi dan Kak

Chandra yang terus meluangkan waktunya untuk memberikan perhatian,

semangat, nasihat dan doa untuk penulis.

xiii

12. Mba Yeti, Kak Dora, Ayuk Tiya, Rose, Mita, Mia, Sela, Rizki, Elci, Lita dan

teman-teman kostan yang selalu memberi ruang kapanpun itu.

13. Teman-teman Agroteknologi semua angkatan, terimakasih atas pengajaran,

kebersamaan, keterbukaan, selama ini.

Bandar Lampung, Juni 2019

Penulis

Lina Nur Hayati

DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR ISI ............................................................................................ xiv

DAFTAR TABEL ..................................................................................... xvii

DAFTAR GAMBAR ................................................................................ xxi

I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang ......................................................................... 1

1.2 Tujuan Penelitian ..................................................................... 3

1.3 Kerangka Pemikiran ................................................................ 3

1.4 Hipotesis .................................................................................. 5

II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Taksonomi Tanaman Karet (Hevea brasiliensis) .................... 7

2.2 Syarat Tumbuh Tanaman Karet (Hevea brasiliensis) ............... 7

2.3 Penyakit Akar Putih .................................................................. 92.3.1 Penyebab penyakit ........................................................... 92.3.2 Siklus penyakit ................................................................ 102.3.3 Gejala penyakit ................................................................ 112.3.4 Faktor yang mempengaruhi .............................................. 122.3.5 Pengendalian penyakit ...................................................... 13

2.4 Trichoderma spp. ...................................................................... 142.4.1 Trichoderma spp. sebagai jamur antagonis .................... 152.4.2 Trichoderma spp. sebagai Plant Growth

Promoting Fungi (PGPF) .................................................. 17

xv

2.5 Identifikasi Molekuler dengan PCR ........................................ 182.5.1 Elektroforesis ................................................................. 212.5.2 Skuensing dan analisis hasil sekuensing ..................... 21

II. BAHAN DAN METODE

3.1 Tempat dan Waktu Penelitian .................................................. 22

3.2 Bahan dan Alat ......................................................................... 22

3.3 Metode Penelitian ..................................................................... 23

3.4 Pelaksanaan Penelitian ............................................................. 233.4.1 Isolat Trichoderma spp. yang digunakan ...................... 233.4.2 Pembuatan media Potato Sucrose Agar-Lactic Acid

(PSA-L) .......................................................................... 243.4.3 Identifikasi isolat Trichoderma spp. secara molekuler

dan morfologi ............................................................... 243.4.3.1 Pemanenan spora Trichoderma spp. .................. 243.4.3.2 Ekstraksi DNA Trichoderma spp. ...................... 253.4.3.3 Amplifikasi ........................................................ 263.4.3.4 Visualisasi hasil PCR ........................................ 273.4.3.5 Pengamatan Trichoderma spp. secara morfologi 28

3.4.4 Uji pertumbuhan isolat Trichoderma spp........................ 293.4.4.1 Uji pertumbuhan ................................................ 293.4.4.2 Sporulasi ............................................................ 293.4.4.3 Viabilitas spora ................................................. 31

3.4.5 Uji kemampuan penghambatan Trichoderma spp. terhadapR. microporus ................................................................ 32

3.4.6 Uji kemampuan PGPF (Plant Growth PromotingFungi) .............................................................................. 33

3.5 Analisis Data ............................................................................. 34

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Penelitian ......................................................................... 354.1.1 Identifikasi isolat Trichoderma spp. secara molekuler

dan morfologi .................................................................. 354.1.2 Uji pertumbuhan isolat Trichoderma spp ....................... 424.1.3 Kerapatan spora isolat Trichoderma spp. ........................ 434.1.4 Viabilitas spora isolat Trichoderma spp. ......................... 444.1.5 Uji antagonis isolat Trichoderma spp. terhadap

pertumbuhan R. microporus .............................................. 444.1.6 Kemampuan isolat Trichoderma spp. sebagai

Plant Growth Promoting Fungi ......................................... 454.1.7 Analisis korelasi pertumbuhan, sporulasi, viabilitas spora

Trichoderma spp. dengan antagonis terhadapR. microporus .................................................................... 47

xvi

4.2 Pembahasan ................................................................................. 48

IV. SIMPULAN DAN SARAN

5.1 Simpulan .................................................................................... 52

5.2 Saran .......................................................................................... 53

DAFTAR PUSTAKA ................................................................................ 54

LAMPIRAN ............................................................................................... 60

xvii

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Identitas isolat Trichoderma spp. yang digunakan ............................. 24

2. Komposisi buffer ekstraksi 10 ml ........................................................... 25

3. Bahan yang digunakan dalam proses ekstraksi DNA Trichoderma spp. 25

4. Primer yang digunakan untuk amplifikasi .............................................. 26

5. Nomor koleksi dan nomor aksesi GenBank dari 48 isolat Trichoderma. 37

6. Uji pertumbuhan isolat Trichoderma spp. usia 1 hsi – 7 hsi.................... 42

7. Hasil pengamatan kerapatan spora isolat Trichoderma spp. ................... 43

8. Uji viabilitas isolat Trichoderma spp. ..................................................... 44

9. Persentase penghambatan Trichoderma spp. terhadap R. microporuspada 7 hsi................................................................................................. 45

10. Rerata hasil pengamatan uji PGPF ....................................................... 46

11. Korelasi pertumbuhan, sporulasi, viabilitas spora Trichoderma spp.dengan antagonis terhadap R. microporus............................................. 48

12. Hasil pengamatan diameter koloni pertumbuhan isolatTrichoderma spp. pada 1 hsi ................................................................. 61

13. Analisis ragam diameter koloni pertumbuhan isolatTrichoderma spp. 1 hsi .......................................................................... 61

14. Hasil pengamatan diameter koloni pertumbuhan isolatTrichoderma spp. pada 2 hsi ................................................................. 62

15. Analisis ragam diameter koloni pertumbuhan isolatTrichoderma spp. 2 hsi .......................................................................... 62

xviii

16. Hasil pengamatan diameter koloni pertumbuhan isolatTrichoderma spp. pada 3 hsi .............................................................. 63

17. Analisis ragam diameter diameter koloni pertumbuhan isolatTrichoderma spp. 3 hsi ....................................................................... 63

18. Hasil pengamatan kerapatan spora isolat Trichoderma spp. .............. 64

19. Analisis ragam kerapatan spora isolat Trichoderma spp. ........... 64

20. Hasil pengamatan viabilitas isolat Trichoderma spp. ........................ 65

21. Analisis ragam viabilitas isolat Trichoderma spp. ..................... 65

22. Hasil pengamatan antagonis isolat Trichoderma spp. pada 1 hsi ...... 66

23. Analisis ragam antagonis isolat Trichoderma spp. pada 1 hsi .... 66

24. Hasil pengamatan antagonis isolat Trichoderma spp. pada 2 hsi ....... 67

25. Analisis ragam antagonis isolat Trichoderma spp. pada 2 hsi .... 67

26. Hasil pengamatan antagonis isolat Trichoderma spp. pada 3 hsi ....... 68

27. Analisis ragam antagonis isolat Trichoderma spp. pada 3 hsi ..... 68

28. Hasil pengamatan antagonis isolat Trichoderma spp. pada 4 hsi ......... 69

29. Analisis ragam antagonis isolat Trichoderma spp. pada 4 hsi ....... 69

30. Hasil pengamatan antagonis isolat Trichoderma spp. pada 5 hsi .......... 70






36. Hasil pengamatan tinggi tanaman 1 hst ................................................. 73

37. Analisis ragam tinggi tanaman pada 1 hst ...................................... 73

38. Hasil pengamatan tinggi tanaman pada 3 hst ......................................... 74

xix






44. Hasil pengamatan tinggi tanaman pada 9 hst ...................................... 77

45. Analisis ragam tinggi tanaman pada 9 hst ................................... 77

46. Hasil pengamatan tinggi tanaman pada 11 hst .................................... 78

47. Analisis ragam tinggi tanaman pada 11 hst ................................. 78










57. Analisis ragam tinggi tanaman 21 hst .......................................... 83



60. Hasil pengamatan jumlah daun ........................................................... 85

61. Analisis ragam jumlah daun ........................................................ 85

62. Hasil pengamatan kehijauan daun ....................................................... 86

xx

63. Analisis ragam kehijauan daun .................................................... 86

64. Hasil pengamatan panjang akar .......................................................... 87

65. Analisis ragam panjang akar ....................................................... 87

66. Hasil pengamatan bobot basah akar ................................................... 88

67. Analisis ragam bobot basah akar ................................................ 88

68. Hasil pengamatan bobot basah tajuk .................................................. 89

69. Analisis ragam bobot basah tajuk ................................................ 89

70. Hasil pengamatan bobot kering akar ................................................... 90

71. Analisis ragam bobot kering akar ................................................ 90

72. Hasil pengamatan bobot kering tajuk .................................................. 91

73. Analisis ragam bobot kering tajuk ............................................... 91

74. Hasil amplifikasi PCR dengan ITS 1 dan ITS 4 ................................. 92

xxi

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Pengukuran diameter pertumbuhan Trichoderma spp.a) Trichoderma spp.; b) 1-4 adalah diameter yang diukur ................... 29

2. Haemocytometer dan bagiannya ........................................................... 30

3. Pengujian viabilitas spora Trichoderma spp. pada media PSA-L.(A) Titik suspensi ulangan 1; (B) Titik suspensi ulangan 2; (C) Titiksuspensi ulangan 3 ................................................................................. 31

4. Uji antagonis kultur ganda : D1= diameter R. microporus pada kontrol;D2= diameter R. microporus dalam kultur ganda .................................. 32

5. Hasil pita DNA isolat Trichoderma spp. setelah dilakukan PCRdengan panjang 600 bp ........................................................................... 35

6. Dendogram hasil analisis dengan aplikasi MEGA6 dengan metodeUPGMA dengan model p-distance parameter jenis semua spesiesTrichoderma strain dan semua isolat uji ................................................. 39

7. Isolat Trichoderma spp. usia 7 hsi isolat : A=T1; B=T2; C=T3;D=T4; E=TK1; F=TK2; G=TK3. 1 : koloni; 2 : mikroskopis ................ 40

8. a) T. asperellum (Kemala, 2015); b) T. longibrachiatum(Sutarman, 2016); c) T. reesei (Sutarman, 2016)...................................... 41

9. (A) memasukkan media tanam untuk uji PGPF ke dalam plastiktahan panas untuk di autoklave; (b) Pemberian label pada tiappolybag setelah diisi media tanam steril ............................................ 96

10. Isolat uji Trichoderma spp. yang ditumbuhkan ke dalam mediaBeras PGPF ; (A) T1, (B) T2, (C) T3, (D) T4, (E) TK1, (F) TK2,(G) TK3 ........................................................................................... 97

xxii

11. Isolat Trichoderma spp. yang telah dicampur ke dalam mediaTanam dan diinkubasi 2 hari.............................................................. 97

12. Persiapan benih mentimun sebagai tanaman indikator uji PGPF ..... 97

13. Benih mentimun yang diinkubasi selama 2 hari ............................... 98

14. Penanaman kecambah benih mentimun umur 2 hari setelah inkubasiKe dalam media tanam berisi isolat Trichoderma spp. ..................... 98

15. Perumbuhan tanaman mentimun pada uji PGPF ............................... 99

16. Pengukuran panjang akar ................................................................... 100

I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) merupakan salah satu komoditas penting

perkebunan. Hal ini karena sektor perkebunan karet mampu memberikan

kontribusi besar sebagai sumber pendapatan petani, sumber lapangan kerja, serta

sebagai salah satu sumber devisa negara. Direktorat Jenderal Perkebunan (2016)

menyebutkan luasan lahan tanaman karet mengalami kenaikan sejak tahun 2013

hingga 2017. Luasan sektor tanaman karet tersebut berturut-turut yaitu 3.555.946

ha, 3.606.245 ha, 3.621.102 ha, 3.639.092 ha, dan 3.672.123 ha dengan

poroduktivitas tanaman karet berturut-turut sebesar 1,083 ton/ha, 1,053 ton/ha,

1,036 ton/ha, 1,045 ton/ha, dan 1,058 ton/ha.

Rendahnya produktivitas tanaman karet dipengaruhi oleh beberapa permasalahan

dalam budidaya salah satunya yaitu masalah penyakit tanaman (Tim Karya Tani

Mandiri, 2012). Salah satu penyakit penting yang menimbulkan kerugian

ekonomi cukup besar adalah penyakit akar putih yang disebabkan oleh

Rigidoporus microporus (Sw.) Overh. (Semangun, 2004).

2

Penyakit akar putih menyebar melalui kontak akar tanaman sakit dan sehat.

Apabila akar dari tanaman sehat melakukan kontak dengan sumber infeksi,

penyakit akar berkembang menuju leher akar dan selanjutnya menjalar ke akar

samping yang lain. Tanaman yang terinfeksi akan menampakkan jalinan benang-

benang hifa berwarna putih dan agak tebal (rizomorf) (Anwar, 2001).

Selama ini pengendalian jamur akar putih dilakukan dengan menggunakan

fungisida sintetik. Tetapi, aplikasi fungisida sintetik yang dilakukan secara

intensif menyebabkan keracunan bagi pengguna, lingkungan dan menyebabkan

resistensi pada patogen (Budiarti dan Nurhayati, 2014). Untuk mengurangi

dampak negatif penggunaan fungisida sintetik tersebut saat ini mulai diteliti dan

dikembangkan alternatif pengendalian yang aman dan ramah lingkungan. Salah

satunya adalah pemanfaatan agensia pengendali hayati Trichoderma spp. Selain

sebagai agen antagonis, Worosuryani et al. (2006) melaporkan bahwa jamur

Trichoderma sp. mampu memacu pertumbuhan tanaman dengan meningkatkan

tinggi dan berat kering tanaman.

Di Laboratorium Bioteknologi Fakultas Pertanian Universitas Lampung terdapat

koleksi isolat Trichoderma spp. yang belum diketahui identitas serta

kemampuannya menekan pertumbuhan R. microporus dan pemacu pertumbuhan

tanaman atau plant growth promoting fungi (PGPF). Untuk itu, perlu dilakukan

penelitian untuk mengetahui identitas jamur Trichoderma spp. tersebut serta

kemampuannya sebagai antagonis R. microporus dan sebagai plant growth

promoting fungi (PGPF).

3

1.2 Tujuan Penelitian

Tujuan dari penelitian ini sebagai berikut:

1. Mengetahui identitas masing-masing isolat Trichoderma spp. koleksi

Laboratorium Bioteknologi Pertanian, Fakultas Pertanian Universitas

Lampung.

2. Mengetahui kemampuan isolat Trichoderma spp. koleksi Laboratorium

Bioteknologi Pertanian, Fakultas Pertanian Universitas Lampung dalam

menekan pertumbuhan jamur akar putih (R. microporus).

3. Mengetahui kemampuan isolat Trichoderma spp. koleksi Laboratorium

Bioteknologi Pertanian, Fakultas Pertanian Universitas Lampung sebagai

plant growth promoting fungi (PGPF).

1.3 Kerangka Pemikiran

Selama ini pengendalian R. microporus banyak dilakukan dengan

mengaplikasikan pestisida sintetik karena hasilnya dapat terlihat dengan cepat.

Namun, pengendalian menggunakan pestisida sintetik mempunyai dampak negatif

jangka panjang terhadap kerusakan lingkungan dan mikroorganisme non target

dalam tanah. Untuk itu, saat ini sedang banyak diteliti dan dikembangkan

pengendalian alternatif yaitu pengendalian hayati yang salah satunya dengan

pemanfaatan jamur antagonis (Budiarti dan Nurhayati, 2014).

Beragamnya jamur yang mempunyai kemampuan antagonis sangat perlu

dilakukan identifikasi. Identifikasi morfologi dan molekuler dilakukan untuk

mengetahui karakteristik masing-masing spesies. Pengamatan morfologi

4

dilakukan secara langsung menggunakan mikroskop majemuk, sedangkan

identifikasi molekuler dilakukan dengan menggunakan metode PCR. PCR

merupakan suatu metode untuk memperbanyak segmen DNA spesifik secara

enzimatik dan cepat skala in vitro. Setiap kali melakukan satu siklus PCR, DNA

akan memperbanyak diri menjadi dua kali lipat (Kumala, 1999). Keunggulan

PCR sangat tinggi, hal ini terletak pada kemampuannya mengamplifikasi DNA

sehingga menghasilkan produk DNA melalui sejumlah siklus serta mempunyai

keakuratan tinggi (Yusuf, 2010).

Penggunakan PCR dalam identifikasi isolat Trichoderma spp. telah banyak

dilakukan antara lain Lubeck et al. (2000) dalam mengidentifikasi 44 isolat

Trichoderma spp. dengan menggunakan primer ITS 1 dan primer umum PCR; 19

isolat yang berasal dari North Bengal yang merupakan T. viridee dan T.

harzianum (Chakraborty et al., 2010), Trichoderma endofit pisang (Taribuka et al,

2016).

Trichoderma spp. merupakan salah satu jamur saprofit tanah yang bersifat parasit

terhadap jamur penyebab penyakit pada tanaman (Muksin et al, 2013). T. viriens

dapat menghambat perkembangan patogen karena menghasilkan metabolit

sekunder sebagai antifungi (trichodermin) dan 3,4-dihydroxycarotane. T.

hamatum dilaporkan mampu menghasilkan metabolit sekunder sebagai antibiotik

(dermadin) dan gliotoxin (Kubicek dan Harman, 2002).

Selain sebagai antagonis, Trichoderma spp. juga dilaporkan mampu memacu

pertumbuhan tanaman karena kemampuannya mengeluarkan zat pengatur tumbuh

5

(ZPT) yang diperlukan tanaman. Trichoderma spp. menghasilkan hormon auksin

berupa Indole Asetic Acid (IAA) yang berperan dalam pembentukan dan

pemanjangan sel-sel akar yang menyebabkan serapan unsur hara semakin tinggi.

Selain auksin, beberapa jamur tertentu menghasilkan hormon giberelin dan

sitokinin yang berfungsi sebagai pemacu pembentukan batang dan daun. Selain

Trichoderma spp., Gliocladium spp. mampu meningkatkan pertumbuhan dan hasil

tanaman di lapangan (Shivana et al.,1994). Kelompok jamur yang berperan

dalam memacu pertumbuhan tanaman ini dikenal dengan nama plant growth

promoting fungi (PGPF) (Worosuryani et al.,2006).

Aplikasi jamur Trichoderma spp. telah dilaporkan mampu meningkatkan

performa beberapa jenis tanaman budidaya antara lain kedelai (Chamzurni et al.,

2011) dan kentang (Purwantisari & Hastuti, 2009). Penelitian Hyakumachi

(1994) menunjukkan bahwa beberapa isolat PGPF yang diperoleh dari rhizosfer

tanaman budidaya dan liar tanaman sehat dapat memacu pertumbuhan mentimun

(Cucumber sativus L.), Lobak (Raphanus stivus L.), tomat (Lycopersicom

esculentum Mill), gandum (Triticum aestivum L.), dan bentgrass (Agrotis palustris

Huds).

1.4 Hipotesis

Hipotesis yang diajukan adalah sebagai berikut:

1. Isolat Trichoderma spp. teridentifikasi ke dalam spesies yang berbeda-beda.

2. Isolat Trichoderma spp. koleksi Laboratorium Bioteknologi Pertanian,

Fakultas Pertanian, Universitas Lampung mampu menekan pertumbuhan

jamur akar putih (R. microporus).

6

3. Isolat Trichoderma spp. koleksi Laboratorium Bioteknologi Pertanian,

Fakultas Pertanian, Universitas Lampung mampu berperan sebagai plant

growth promoting fungi (PGPF).

II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Taksonomi Tanaman Karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.)

Tanaman karet (H. brasiliensis Muell. Arg.) tergolong dalam famili

Euphorbiaceae. Nama lain dari tanaman ini antara lain getah, gota, kejai ataupun

hapea. Secara taksonomi, klasifikasi tanaman karet (H. brasiliensis) adalah :

kingdom : Plantae,superdivision : Spermatophyta,division : Angiospermae,class : Dicotyledoneae,order : Euphorbiales,family : Euphorbiceae,genus : Hevea, danspecies : Hevea brasiliensis Muell. Arg. (Tim Karya Tani Mandiri, 2012).

2.2 Syarat Tumbuh Tanaman Karet (H. brasiliensis)

Tanaman karet merupakan pohon yang tumbuh tinggi dan berbatang cukup besar.

Tingginya mencapai 25 meter. Batang tanaman ini mengandung getah yang

disebut lateks. Lateks merupakan bahan mentah yang dihasilkan kemudian

diolah. Sedangkan daunnya yang berwarna hijau akan berubah menjadi kuning

kemerah-merahan jika jatuh atau ketika musim kemarau. Selain itu, tanaman ini

8

mempunyai daya adaptasi yang luas dan mampu tumbuh pada berbagai kondisi

tanah dan iklim. Tanaman karet tumbuh secara optimum apabila dibudidayakan

dalam kondisi curah hujan sekitar 2.500 mm/tahun atau lebih yang

terdistribusikan secara merata tanpa diselingi musim kemarau; sedangkan suhu

udara berkisar 25o C sampai 35o C dengan suhu optimal rata-rata 28o C. Tanaman

karet dapat tumbuh dengan optimal pada dataran rendah dengan ketinggian 200 m

– 600 m dari permukaan laut (dpl). Ketinggian >600 m dari permukaan laut tidak

cocok untuk tumbuh tanaman karet (Tim Karya Tani Mandiri, 2012).

Untuk media tanah, tanaman karet mampu tumbuh dengan baik pada tanah

vulkanis maupun aluvial. Tanah vulkanis mempunyai sifat fisik yang cukup baik

terutama struktur tekstur solum, kedalaman air tanah, aerasi dan drainase, tetapi

sifat kimianya kurang baik karena kandungan hara yang rendah. Sedangkan tanah

aluvial masih memiliki tingkat kesuburan tanah yang cukup, akan tetapi sifat

fisiknya kurang baik sehingga mempengaruhi kondisi drainase dan aerasi tanah .

Tanaman karet tetap tumbuh dan menghasilkan dengan penambahan pupuk dan

pengolahan tanah yang baik. Sifat tanah yang cocok secara umum meliputi; aerasi

dan drainase cukup, tekstur tanah remah dengan struktur terdiri dari 35% tanah

liat dan 30% tanah pasir, kemiringan lahan

9

karet. Rahmawati (2012) melaporkan bahwa mayoritas (91%) produktivitas

rendah terjadi pada areal karet nasional dan ragam produk olahan yang masih

terbatas, yang didominasi oleh karet remah (crumb rubber). Salah satu penyebab

rendahnya produktivitas tanaman karet adalah adanya serangan penyakit akar

putih di perakaran tanaman karet.

2.3.1 Penyebab penyakit

Penyakit akar putih disebabkan oleh R. microporus. Nama ilmiah jamur ini

adalah R. lignosus (Klotzsch) Imazeki atau R. microporus (Sw.) Overh.,

Polyporus lignosus Klotzsch. Selain ketiga nama di atas, jamur tersebut pernah

terkenal dengan nama Fomes semitosus Petch dan Leptoporus lignosus (Klot.). R.

microporus merupakan jamur saprofit penghuni tanah, akan tetapi apabila jamur

ini bertemu dengan akar tanaman maka jamur ini akan berubah menjadi parasit

yang disebut parasit fakultatif (Amaria et al., 2013).

R. microporus menyerang bagian akar tanaman karet dan menyebabkan pelapukan

pada akar dan leher akar. Penyakit jamur akar putih menular karena adanya

kontak antara tanaman sehat dengan akar tanaman sakit dengan kayu-kayu yang

mengandung R. microporus (Putri, 2016). Perkembangan jamur R. microporus

dipengaruhi oleh kondisi dan tingkat kesuburan tanah karena ia tumbuh dan

berkembang di dalam tanah (Parasayu et al, 2016).

Secara morfologi, R. microporus mempunyai warna permukaan atas tubuh yang

dapat berubah menyesuaikan usia dan kandungan air di dalamnya. Pada waktu

10

muda, jamur berwarna jingga jernih sampai merah kecokelatan, dengan zona

gelap yang agak menonjol. Permukaan bawah berwarna jingga, tepinya berwarna

kuning jernih atau putih kekuningan. Tubuh jamur yang tua ditumbuhi ganggang

sehingga warnanya menjadi hijau. Ketika jamur menjadi tua atau kering,

tubuhnya berwarna suram dengan warna permukaan atasnya cokelat kekuningan

pucat, permukaan bawahnya coklat kemerahan dengan tepi menggulung ke bawah

dan warna menjadi putih kotor (Semangun, 2004).

Secara in vitro, R. microporus tumbuh dengan ciri-ciri koloni berwarna putih yang

berbentuk seperti kapas, pertumbuhan koloni tidak menunjukkan lingkaran

konsentris, miselium lembut, memiliki warna dasar putih dan banyak sekat yang

tebal. Basidiospora jamur ini berbentuk bulat dan hialin dengan garis tengah 2,8-

5,0 µm yang banyak dibentuk pada tubuh buah yang masih muda. Basidiumnya

pendek yang berkisar 16 x 4.5-5.0 µm, tidak berwarna, mempunyai 4 sterigma

(tangkai basidiospora) (Semangun, 2004; Shofiana et al., 2015).

2.3.2 Siklus penyakit

Jamur akar putih sangat sulit dikendalikan karena ia mampu bertahan hidup di

tanah selama 25 tahun tanpa adanya tanaman inang. R. microporus bertahan

dengan memanfaatkan kayu yang sudah lapuk sebagai tempat tubuhnya (Nugroho,

2010). Banyaknya sisa-sisa tunggul dan akar tanaman lama di lahan tanaman

karet menyebabkan sumber penyakit akar putih masih bertahan di sana dan

mampu menyerang tanaman baru (Neliyati et al., 2015).

11

Jamur akar putih mampu menyerang tanaman karet di semua umur. Akan tetapi,

serangan jamur ini lebih banyak terjadi pada tanaman karet yang muda atau

berada di kebun muda. Penyakit akar putih dapat menular pada tanaman yang

sehat jika ada kontak antara akar tanaman sakit atau kayu yang terinfeksi jamur

dengan akar tanaman sehat melalui rizomorf. Untuk dapat menginfeksi akar yang

sehat, rizomorf jamur harus mempunyai makanan sebagai cadangan makanan

yang cukup. Dalam hal ini rizomorf jamur akar putih dapat bebas menjalar dalam

tanah , terlepas dari akar atau kayu sebagai sumber makanannya. Akan tetapi

rizomorf hanya dapat menginfeksi akar tanaman yang sehat bila masih bertumpu

pada sepotong kayu yang menjadi alasnya. Setelah mencapai akar tanaman yang

sehat, rizomorf tumbuh secara epifitik pada permukaan akar sehat sampai agak

jauh dan akan tumbuh dengan baik pada permukaan akar yang tertutup atau

berada di dalam tanah (Semangun, 2004).

2.3.3 Gejala penyakit

Tanaman karet yang sakit akan menimbulkan gejala seperti daun-daun mulai

menguning dan lama-kelamaan akan berguguran (rontok). Untuk tanaman

dewasa, rontoknya daun akan disertai dengan matinya ranting-ranting pohon.

Selain itu, bunga dan buah terbentuk sebelum masanya (pembungaan dan

pembuahan dini). Pada bagian akar yang sakit, permukaan akar menjadi kasar

serta warna akar berubah menyesuaikan dengan jamur yang menginfeksi. Akar

akan menampakkan benang-benang miselium jamur (rizomorf) yang berwarna

putih atau terkadang kekuningan menjalar di sepanjang akar dan melekat erat pada

permukaan akar. Rizomorf akan tumbuh meluas dan bercabang membentuk jala,

12

dengan ujung rizomorf menyebar seperti benang (Semangun, 2004). Akar

tanaman yang terserang terlihat adanya miselia jamur yang berbentuk benang,

berwarna putih yang menempel kuat dan sulit dilepaskan dari akar tanaman. Akar

tanaman yang terinfeksi akan menjadi lunak, membususk dan berwarna cokelat

(Neliyati et al., 2015).

2.3.4 Faktor yang mempengaruhi

Jamur R. microporus dapat menyebar atau menular dalam tanah melalui rizomorf

yang terjadi dengan adanya kontak antar akar tanaman yang sakit dengan akar

tanaman yang masih sehat. Pembukaan lahan baru yang kurang bersih

menimbulkan serangan jamur akar putih pada tanaman karet. Hal ini karena pada

lahan masih terdapat sisa-sisa kayu yang tertinggal dalam tanah yang merupakan

tempat inang jamur akar putih (Nugroho, 2010).

Jamur akar putih tumbuh dengan baik pada tanah yang berpori dengan pH 6-7

(netral), sebaliknya jamur sulit tumbuh pada tanah masam seperti tanah podsolik

merah kuning. Selain itu, untuk tanah yang lebih masam, jamur tidak tumbuh

dengan baik karena pada tanah tersebut tumbuh T. koningii yang menjadi

antagonis terhadap jamur akar putih.

Tanaman penutup tanah seperti kacang-kacangan sebagai mulsa dapat mengurangi

penyakit akar putih. Tanaman penutup tanah tersebut mampu mempertahankan

kelembaban tanah untuk meningkatkan kegiatan saprofit sehingga secara langsung

membantu proses pembusukan sisa akar sebagai sumber infeksi. Jamur akar putih

dapat menginfeksi akar-akar dari tanaman penutup tanah tersebut, tetapi tanaman

13

ini memiliki akar yang ukurannya kecil sehingga jamur akar putih tidak dapat

menjadikan akar tersebut sebagai makanan (Semangun, 2004).

2.3.5 Pengendalian penyakit

Berdasarkan Semangun (2004), pengendalian penyakit akar putih pada tanaman

karet dilakukan dengan kegiatan pembersihan kebun dari patogen tanaman

(eradikasi) dan pencegahan meluasnya penyakit di dalam kebun. Kegiatan

pengendalian dapat dilakukan secara kultur teknis dengan membersihkan sumber

infeksi yang terdapat pada pohon-pohon yang sakit atau tunggul-tunggul pohon

sehat yang terinfeksi. Pengendalian ini dilakukan sebagai langkah awal atau

pencegahan serangan jamur akar putih pada tanaman karet di lahan perkebunan.

Selain itu kegiatan eradikasi dapat dilakukan dengan dilakukan penanaman

tanaman baru, peremajaan (replanting), penanaman tanaman penutup tanah,

pemakaian bibit yang sehat, penambahan belerang pada saat penanaman dan

deteksi sumber infeksi dengan menanam tanaman indikator yaitu Crotalaria

anagyroides.

Selain eradikasi, pengendalian dilakukan dengan mencegah perluasan penyakit di

dalam kebun. Kegiatan ini dilakukan dengan pembongkaran pangkal batang dan

leher akar pohon yang sakit sehingga akar samping tidak saling behubungan.

Penggunaan fungisida juga menjadi pilihan dalam pengendalian penyakit akar

putih yang menyerang. Tetapi karena dampak yang ditimbulkan fungisida

terhadap lingkungan, Suharna (2003) mengungkapkan bahwa pemanfaatan

14

mikroba antagonis menjadi salah satu alternatif yang sangat populer untuk

menjadi pengendali patogen tanaman.

2.4 Trichoderma spp.

Trichoderma spp. merupakan jamur tanah yang bersifat saprofit pada tanah dan

kayu. Sedangkan beberapa jenis lainnya bersifat parasit terhadap jamur lain

dengan kemampuannya yang mudah diisolasi dan kosmopolit (Ganjar et al, 1999).

Selain itu, Trichoderma spp. dikenal sebagai jamur tular tanah dengan

kemampuan sebagai jamur antagonis patogen dan pemicu pertumbuhan tanaman

(Hyakumachi, 1994).

Trichoderma spp. diklarifikasikan ke dalam:

kingdom : Fungi,filum : Ascomycota,subfilum : Pezizomycotina,class : Sordariomycetes,order : Hypocreates,family : Hypocreaceae,genus : Trichoderma, danspesies : Trichoderma spp. (Soesanto, 2008).

Trichoderma spp. tersusun dari banyak sel yang berderet membentuk benang

halus yang disebut hifa. Hifa Trichoderma spp. berbentuk pipih, bersekat dan

bercabang-cabang. Cabang hifa utama tumbuh membentuk sudut siku. Sedang

cabang-cabang hifa lainnya akan tumbuh seperti anyaman yang disebut miselium.

Dari hifa inilah, akan muncul konidiofor yang bercabang-cabang dengan ujung

percabangan berbentuk fialid berjumlah 1-3 buah fialid. Fialid ini berukuran 5-7

µm yang kedua ujungnya lebih meruncing dibandingkan bagian tengah. Di dalam

fialid ini berisi konidia jamur yang berukuran 2,8-3,2 µm dengan bentuk semi

15

bulat hingga oval yang dinding-dindingnya halus serta berlendir (Ganjar et al.,

1999).

Peranan Trichoderma spp. sangat dipengaruhi oleh lingkungan tempat jamur ini

berkembang. Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Baihaqi et al.,(2013)

diketahui bahwa pertumbuhan Trichoderma spp. sangat didukung dan dipengaruhi

oleh ruang lingkup jamur, sumber makanan, curah hujan dan kelembaban udara.

Selain itu, Trichoderma spp. lebih banyak ditemukan di daerah dataran rendah

(Budiarti dan Nurhayati, 2014).

2.4.1 Trichoderma spp. sebagai jamur antagonis

Kelompok jamur antagonis dari genus Trichoderma spp. saat ini telah

direkomendasikan sebagai agensi hayati yang efektif dalam mengendalikan

beberapa jenis patogen tanaman. Beberapa spesies yang telah banyak digunakan

antara lain T. harzianum, T. virens dan T. koningii (Setiawati et al.,2004).

Sifat antagonisme Trichoderma spp. terhadap patogen berupa kompetisi ruang dan

nutrisi, mikroparasit serta antibiosis. Dalam kompetisi ruang, Trichoderma spp.

lebih mudah diisolasi, mempunyai daya adaptasi luas, mudah ditemukan di tanah

areal pertanaman, dapat tumbuh dengan cepat apada berbagai substrat, memiliki

kisaran mikroparasitisme yang luas dan tidak bersifat patogen pada tanaman.

Beberapa penelitian telah dilakukan terkait kemampuan Trichoderma spp. sebagai

antagonis patogen tanaman seperti pengendalian terhadap patogen Phytophtora

infestans penyebab penyakit busuk daun dan umbi kentang (Purwantisari dan

16

Hastuti, 2009), R. microporus penyebab penyakit jamur akar putih pada tanaman

cengkeh (Shofiana et al,. 2015), P. capsici penyebab penyakit busuk pangkal

batang tanaman lada (Prasetyo et al, 2009), dan P. palmivora, sebagai patogen

penyakit hawar daun bibit kakao (Sutarman, 2017).

Trichoderma spp. berfungsi sebagai biokontrol patogen tanaman. Kemampuan

Trichoderma spp. dalam menghasilkan enzim-enzim yang dapat menyerang dan

menurunkan kitin menyebabkan patogen yang terserang mati perlahan. Kitin

merupakan komponen struktural pada dinding sel jamur dan serangga.

Mekanisme antagonistik yang dilakukan oleh Trichoderma spp. yaitu antibiosis,

mikroparasitisme, dan kompetisi untuk memperebutkan nutrisi (Amaria et al.,

2013). Salah satu mekanisme mikroparasit dapat dicontohkan dari salah satu

spesies Trichoderma spp. yaitu T. harzianum. T. harzianum akan menghasilkan

senyawa racun (mycotoxin) yaitu senyawa metabolit sekunder yang mampu

menghambat pertumbuhan jamur patogen yang bersifat antibiosis berupa

trichorzins dan harzianins (Vey et al.,2001). Kandungan senyawa racun inilah

yang membuat Trichoderma spp. dapat digunakan sebagai salah satu

pengendalian biologi (hayati).

Pengendalian biologi (hayati) merupakan alternatif pengendalian yang dapat

dilakukan tanpa harus memberikan pengaruh negatif terhadap lingkungan dan

sekitarnya, sehingga dapat meningkatkan produktivitas dalam sistem pertanian.

Sistem PHT (Pengendalian Hama Terpadu) dianggap mempunyai lebih banyak

keanekaragaman hayati jamur tanah dan menganggap itu sebagai suatu sistem

17

terintegrasi yang menjadi dasar keberhasilan suatu produksi pertanian

(Muhibbudin et al., 2011).

2.4.2 Trichoderma spp. sebagai Plant Growth Promoting Fungi (PGPF)

Selain kemampuan Trichoderma spp sebagai jamur mikroparasit, Trichoderma

spp. diketahui mampu memacu pertumbuhan tanaman . Kelompok jamur ini

disebut plant growth promoting fungi (PGPF). PGPF dapat memacu pertumbuhan

tanaman dengan memproduksi hormon pertumbuhan bagi tanaman. PGPF

menghasilkan zat pemacu pertumbuhan tanaman seperti asam indol asetat (IAA),

giberelin, dan sitokinin (Worosuryani et al., 2006). Auksin merupakan hormon

pertumbuhan yang diperlukan tanaman dalam pembentukan akar tanaman dan

percabangan akar. Aplikasi auksin alami dan sintesis meningkatkan akar lateral

dan perkembangan akar rambut, sedangkan penghambatan transportasi auksin

mengurangi percabangan akar (Casimiro et al., 2001).

Penelitian Worosuryani et al. (2006), menunjukkan bahwa pemberian

Trichoderma spp. pada tanaman indikator mempunyai pertumbuhan yang lebih

baik dibandingkan dengan kontrol. Hal ini menunjukkan bahwa Trichoderma

spp. mampu memacu pertumbuhan tanaman dengan menghasilkan hormon

pengatur tumbuh. Sebagai PGPF, Trichoderma spp. menghasilkan hormon auksin

berupa Indole Asetic Acid (IAA) yang berperan dalam pemanjangan sel-sel akar.

Akar-akar yang tumbuh memanjang membantu dalam penyerapan unsur hara

dengan baik. Ketersediaan unsur yang cukup bagi tanaman akan mempengaruhi

pertumbuhan dan produksi tanaman tersebut (Chamzurni et al., 2011). Selain

18

Trichoderma spp., jamur yang termasuk ke dalam PGPF adalah Gliocladium spp.

(Shivana et al., 1994).

2.5 Identifikasi Molekuler dengan PCR

Pengidentifikasian jamur atau bakteri dengan cara molekuler telah lama

dilakukan. Secara molekuler, pengidentifikasian dilakukan dengan cara PCR

(Polymerase Chain Reaction). PCR merupakan suatu metode untuk

memperbanyak segmen DNA yang spesifik secara enzimatik dan cepat secara in

vitro. Dalam satu kali aplikasi satu siklus PCR, DNA akan memperbanyak diri

menjadi dua kali lipat (Kumala, 1999). PCR mempunyai kemampuan yang sangat

unggul dan berguna dalam bidang DNA. Hal ini karena PCR mampu meramalkan

tentang penelitian analisis genetika, seperti arkeologi atau terkait patologi forensik

yang sebelumnya sangat dihindari karena tingkat kesulitan dalam hal identifikasi

(Eisentein, 1990).

Pada dasarnya prinsip kerja Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah prosedur

siklus biokimia yang digunakan untuk memperbanyak segmen DNA secara

enzimatik. Enzim yang digunakan adalah Taq polymerase dan Vent polymerase

yang mempunyai kemampuan dalam mempertahankan kestabilannya pada suhu

tinggi (Kumala, 1999).

Secara teknis, perbanyakan DNA dengan PCR memerlukan tujuh komponen,

yaitu : (1) template/cetakan DNA yang akan diperbanyak; (2) enzim DNA

polimerase yang tahan panas; (3) satu pasang primer; (4) Deoksiribonukleosida

19

trifosfat (dNTP) yang terdiri dari dATP, dCTP , dGTP, dTTP; (5) kofaktor

MgCl2; (6) larutan penyangga; (7) air (Handoyo dan Rudiretna., 2000).

Pada metode konvensional perbanyakan DNA dengan PCR yang terulang dalam

30-40 siklus dan berlangsung sangat cepat yang terdiri atas beberapa tahapan yaitu

(1) Denaturasi, yaitu proses pembukaan DNA untai ganda menjadi DNA untai

tunggal. Denaturasi memerlukan suhu tinggi berkisar 94-950C selama 3 menit;

(2) Primer annealing terjadi penempelan DNA. Pada tahap ini suhu yang

diperlukan berkisar dari 30-600C selama beberapa puluh detik kemudian terjadi

penempelan primer ujung 5’ pada 3’ DNA yang akan diperbanyak. Setiap primer

merupakan oligonukleotida yang terdiri atas untaian tunggal dan urutan

nukleotida. Primer dapat menempel pada DNA karena telah dibuat urutan basa

DNA khusus, sehingga urutan basa-basanya komplementer terhadap ujung bagian

DNA yang akan diperbanyak; (3) Primer extension atau pemanjangan. Dalam

tahap ini, terjadi pemanjangan primer agar dapat terbentuk DNA untai ganda yang

lengkap. Pada proses ini perlu suhu yang tinggi sekitar 72oC dengan

menggunakan enzim Thermus aquaticus Taq DNA Polymerase, sedangkan

dengan enzim yang berasal dari Escherichia coli diperlukan suhu 37oC selama

beberapa menit (Ausubel et al., 2002).

Tiap proses satu kali siklus PCR berlangsung selama 3-6 menit dan menghasilkan

DNA dua kali lipat jumlahnya. Sehingga bila ingin menghasilkan cetakan DNA

sebanyak X kali siklus PCR maka akan diperoleh dua pangkat X kali lipat

sehingga dalam beberapa jam saja akan didapatkan hasil jutaan kali lipat DNA

yang spesifik. Akan tetapi tidak dianjurkan melakukan proses PCR di atas 40

20

siklus. Hal ini akan mengakibatkan pendataran (plauteau) pada keadaan seperti

itu meski kita menambahkan siklus PCR, tetap saja tidak akan menghasilkan

DNA yang efektif seperti semula (Kumala, 1999). Kualitas DNA yang diperoleh

akan mempengarui analisis lebih lanjut (Pharmawati, 2009).

Ada beberapa jenis PCR yang dimodifikasi untuk melipatgandakan sekuen DNA,

yaitu: (1) RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), metode ini

digunakan untuk membedakan organisme berdasarkan analisis model derifat dari

perbedaan DNA; (2) In-verse PCR, metode ini dgunakan ketika hanya satu sekuen

internal yang diketahui; (3) Nested-PCR, proses ini memungkinkan untuk

mengurangi kontaminasi pada produk selama amplifikasi dari penyatuan primer

yang tidak diperlukan; (4) Quantitative-PCR, digunakan untuk pengukuran

berulang dari hasil produk PCR; (5) RT-PCR (Reverse Transcriptase , digunakan

untuk amplifikasi, isolasi atau identifikasi sekuen dari sel atau jaringan RNA; (6)

RAPD (Random Amplified Polymorphic), digunakan untuk mendeteksi

polimorfisme pada tingkat DNA.

2.5.1 Elektroforesis

Untuk mengetahui hasil dari proses PCR, banyak metode yang dapat digunakan.

Metode yang paling sering digunakan adalah dengan menggunakan metode

elektroforesis dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil elektroforesis dapat

diamati dengan menggunakan sinar ultra violet. Proses PCR akan berhasil baik

bila terlihat pita atau bintik DNA. Akan tetapi, metode elektroforesis tidak dapat

21

menentukan identifikasi bila jumlah target pada awal urutan sangat kecil (Kumala,

1999).

2.5.2 Skuensing dan analisis hasil skuensing

Setelah diperoleh DNA hasil PCR dengan menggunakan primer ITS 1 dan ITS 4 ,

kemudian hasil tersebut dikirim ke PT. Genetika Science Jakarta untuk dilakukan

sekuensing. Menurut Yuwono (2005), sekuensing DNA merupakan tahapan

untuk mengurutkan basa DNA. Proses sekuensing dilakukan untuk mengurutkan

basa nukleotida pada suatu molekul DNA yang di dalamnya mengandung

instruksi yang dibutuhkan dalam menyusun makhluk hidup. Sehingga sekuensing

dapat digunakan dalam menentukan identitas maupun fungsi gen atau fragmen

DNA lainnya dengan cara membandingkan sekuensnya dengan sekuens DNA lain

yang sudah diketahui.

III. BAHAN DAN METODE

3.1 Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian dilakukan di Laboratotium Bioteknologi Fakultas Pertanian Universitas

Lampung dan Rumah Kaca Fakultas Pertanian Universitas Lampung pada bulan

Oktober 2017 sampai Mei 2018.

3.2 Bahan dan Alat

Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah isolat Trichoderma spp. dan

isolat R. microporus yang merupakan koleksi Laboratorium Bioteknologi Fakultas

Pertanian Universitas Lampung, media PSA-L, alkohol dingin 70%, CTAB, Ethanol,

Agarose, Primer ITS 1 dan ITS 4, akuades, buffer ekstraksi, isopropanol 60%, buffer

TE, TBE, etidium bromide (ETBr), ethanol, chloroform, phenol, isoamylalcohol,

loading dye, marker DNA, gula, agar batangan, dan tanah steril.

Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah cawan petri, tabung Erlenmeyer,

lampu bunsen, laminar air flow, jarum ose, bor gabus, ependorf, micropipette,

alumunium foil, plastik wrap, kertas label, nampan, plastik tahan panas, autoklaf,

23

kompor, microsentrifuge, rotamoixer, drigalski, oven, pendingin, tissue, pisau,

gunting dan tali raffia.

3.3 Metode Penelitian

Penelitian ini terdiri 4 percobaan, yaitu 1) identifikasi isolat Trichoderma spp. , 2)

pengujian pertumbuhan isolat Trichoderma spp., 3) uji kemampuan antagonis

Trichoderma spp. terhadap R. microporus, 4) uji kemampuan PGPF Trichoderma

spp.. Pengujian pertumbuhan, kerapatan spora, dan viabilitas masing-masing terdiri

atas 7 isolat uji dengan 3 ulangan. Pengujian antagonis terdiri atas 7 isolat uji dan 1

kontrol dengan masing-masing 3 ulangan sedangkan uji PGPF terdiri atas 7 isolat dan

1 kontrol dengan masing-masing 5 ulangan. Semua perlakuan dalam pengujian

disusun dalam Rancangan Acak Lengkap (RAL).

3.4 Pelaksanaan Penelitian

3.4.1 Isolat Trichoderma spp. yang digunakan

Sebanyak 7 isolat akan digunakan dalam penelitian ini. Isolat tersebut berasal dari 2

habitat yang berbeda. Semua isolat tersebut masih terindikasi sebagai Trichoderma

spp. Secara lengkap, isolat yang digunakan dapat dilihat pada Tabel 1.

24

Tabel 1. Identitas isolat Trichoderma spp. yang digunakan

No Nama isolatNamalain

isolatSumber isolat Asal isolat

1. T1 GTH Sekitar perakaran karet Balai Penelitian Getas2. T2 GTM Sekitar perakaran karet Balai Penelitian Getas3. T3 SPK Sekitar perakaran karet Balai Penelitian Getas4. T4 SPV Sekitar perakaran karet Balai Penelitian Getas5. TK1 Grt1 a Risosfer Produk Komersial6. TK2 Grt1 b Risosfer Produk Komersial7. TK3 Grtu Risosfer Produk Komersial

Isolat Trichoderma spp. di atas diremajakan dahulu pada media Potato Sucrose Agar

Lactic Acid (PSA-L) sebelum digunakan untuk pengujian.

3.4.2 Pembuatan media Potato Sucrose Agar-Lactic Acid (PSA-L)

PSA-L dibuat dengan cara 200 gram kentang direbus dalam satu liter akuades sampai

lunak. Kemudian disaring dan hasil saringan diukur hingga satu liter kemudian

ditambah 20 gram agar batang dan 20 gram gula putih lalu direbus kembali sampai

mendidih. Setelah itu, media disterilkan dengan autoklaf pada suhu 121oC, dengan

tekanan satu atm selama 15 menit. Kemudian pada media PSA-L ditambahkan asam

laktat sebanyak 1400 µl untuk satu liter media PSA-L pada suhu ±50oC, media

dituang ke dalam cawan lalu didiamkan hingga padat dan media siap digunakan.

3.4.3 Identifikasi isolat Trichoderma spp. secara molekuler dan morfologi

3.4.3.1 Pemanenan spora Trichoderma spp.

Trichoderma spp. yang telah berusia 7-14 hsi dipanen dengan menambahkan 7 ml

akuades. Pemanenan dilakukan dengan menggunakan drigalski. Setelah itu, hasil

25

pemanenan dimasukkan ke dalan microsentrifuge dengan menggunakan micropipet

dan dihomogenkan menggunakan vortex.

3.4.3.2 Ekstraksi DNA Trichoderma spp.

Beberapa bahan dan komposisi yang diperlukan dalam tahapan ekstraksi DNA

sebagai berikut:

Tabel 2. Komposisi buffer ekstraksi 10 ml

No Bahan Takaran ml Takaran μl1 Tris HCL 0,5 ml 500 μl2 SDS 1% 1,0 ml 1000 μl3 NaCl 2,8 ml 2800 μl4 Mercapthol Etanol 0,2 ml 200 μl5 ETDA 2,0 ml 2000 μl6 Air Steril 3,5 ml 3500 μl

Tabel 3. Bahan yang digunakan dalam proses ekstraksi DNA Trichoderma spp.

No Bahan Takaran μl1 Alkohol 70% 500 μl2 Buffer ekstraksi 600 μl3 Phenol : CHCl3 : Isoamiylalcohol 500 μl4 CHCl3 : Isoamylalcohol 600 μl5 Isopropanol 60% 600 μl6 Buffer TE 50 μl

Setelah dilakukan pemanenan isolat Trichoderma spp. yang akan diidentifikasi, isolat

dimasukkan dalam tub microsentrifuge 1,5 ml. Setelah dirotamixer, spora dalam tub

microsentrifuge disentrifuse selama 10 menit dengan kecapatan 14.000 rpm.

Kemudian pellet (endapan jamur) diambil dan supernatan dibuang kemudian pellet

ditambahkan alkohol 70% sebanyak 500 µl dan disentrifuse selama 5 menit dengan

kecepatan 14.000 rpm. Kemudian pellet diambil dan supernatant dibuang. Pellet

ditambah buffer sebanyak 600 µl. Pellet yang telah bercampur buffer kemudian

26

ditumbuk dengan menggunakan mortar sampai halus. Kemudian ditambahkan CTAB

2% 400 µl dan dimasukkan ke dalam tabung microsentrifuge untuk diinkubasi ke

dalam inkubator dengan suhu 65oC selama 60 menit. Setelah itu, ditambahkan

Phenol: CHCl3: Isoamiylalcohol sebanyak 500µl dan disentrifuse selama 10 menit

dengan kecepatan 14.000 rpm dan terbentuk dua cairan. Cairan bagian atas diambil

sebanyak 600 µl dan dipindahkan ke dalam tabung baru dan ditambahkan CHCl3:

Isoamiylalcohol sebanyak 600 µl dan disentrifuse selama 10 menit dengan kecepatan

14.000 rpm. Larutan bagian atas diambil 600 µl dan dimasukkan ke dalam tabung

microsentrifuge baru. Kemudian ditambahkan isopropanol dingin 60% sebanyak 600

µl dan diinkubasi pada suhu 20oC selama 10 menit. Setelah itu disentrifuse selama

10 menit dengan kecepatan 14.000 rpm. Supernatan dibuang dan pellet diambil dan

kemudian ditambahkan alkohol dingin 70% sebanyak 500 µl dan disentrifuse selama

5 menit dengan kecepatan 14.000 rpm. Setalah itu supernatan dibuang dan pellete

yang didapat dikeringkan selama 1 hari kemudian ditambah 50 µl buffer TE.

3.4.3.3 Amplifikasi

Primer yang digunakan untuk mendeteksi karakterisasi Trichoderma spp. digunakan

primer ITS-1 dan ITS-4 yang dibuat mengacu pada salah satu sekuen Trichoderma

spp.

Tabel 4. Primer yang digunakan untuk amplifikasi

No Primer Sekuen Panjang basa1 ITS1_F

(forward)5’CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA’3

520bp

2 ITS4_R(reverse)

5’CAGGAGACTTGTACACGGTCCAG’3520bp

27

Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan alat PCR (thermal cycler). DNA

hasil ekstraksi diamplifikasi dengan teknik PCR dengan menggunakan primer

universal ITS-1 dan ITS-4. Reaksi PCR dengan total volume 25 µl yang terdiri dari

2,0 µl sampel DNA, Green master mix 12,5 µl, Primer ITS 1 1,0 µl, primer ITS 4 1,0

µl, air steril sebanyak 8,5 µl. Semua kebutuhan tersebut dimasukkan dalam tabung-

tabung PCR. Kemudian tabung-tabung tersebut ditempatkan pada mesin PCR

(thermal cycler). Tahapan program PCR antara lain inisiasi pada suhu 94oC selama 5

menit, denaturasi pada suhu 94-95oC selama 3 menit, annealing pada suhu 30-60oC,

dan ekstensi pada suhu 72oC selama 1 menit dan final ekstensi pada suhu 72oC

selama 45 detik. Tahapan inisiasi, denaturasi, annealing dan ekstensi diulang

sebanyak 30 siklus.

3.4.3.4 Visualisasi hasil PCR

DNA hasil amplifikasi dianalisis melalui elektroforesis menggunakan gel agarose

1,5%. Tahap visualisasi DNA melipiti pembuatan gel agarose, penyiapan sampel dan

proses elektroforesis, serta visualisasi dengan menggunakan Transilluminator UV.

Pembuatan gel agarose. Gel agarose 0,5 % dibuat dengan menimbang bahan

agarose sebanyak 0.1 gram yang dilarutkan ke dalam 20 ml TBE dalam Erlenmeyer

dan ditutup alumunium foil. Agarose dimasak di dalam microwave sampai larut (± 3

menit). Setelah larut, agarose dimasukkan ke dalam kotak kecil yang telah diletakkan

sisir dan didiamkan sampai menjadi agar.

28

Setelah menjadi agar sisir dicabut dan kotak yang telah berisi agar dimassukkan ke

dalam alat elektroforesis. DNA yang telah ditambah TE diambil sebanyak tiga µl dan

dicampur dengan 1 µl loading dye , kemudian dimasukkan ke dalam agar pada tiap

sumur. Pada sumur yang lain dimasukkan 3 µl leader DNA. Elektroforesis

dihidupkan selama 40 menit dengan tegangan 50V. Elektroforesis dihentikan jika

terlihat DNA sudah berada di kotak ketiga dari bawah, kemudian dilihat

menggunakan DigiDoc.

Visualisasi melalui Transilluminator UV. Setelah selesai tahap elektroforesis,

dengan menggunakan sarung tangan, gel agarose diambil dengan hati-hati kemudian

diamati di dalam mesin transilluminator UV. Selanjutnya dilakukan dokumentasi

dengan kamera digital.

Sekuensing dan analisis hasil. Setelah DNA diperoleh, maka DNA isolat dikirim ke

PT. Genetika Science Jakarta untuk dilakukan sekuensing. Kemudian hasil

sekuensing dianalisis dengan menggunakan program Mega4 (Tamura et al., 2007).

3.4.3.5 Pengamatan Trichoderma spp. secara morfologi

Pengamtan morfologi dilakukan untuk mengetahui bentuk morfologi isolat uji

Trichoderma spp. yang telah teridentifikasi secara molekuler. Pengamatan dilakukan

secara makroskopis dan mikroskopis. Secara makroskopis meliputi warna koloni,

bentuk koloni, tekstur koloni dan pertumbuhan koloni. Sedangkan mikroskopis

antara lain, hifa bersekat atau tidak bersekat, pertumbuhan hifa (bercabang atau tidak

bercabang), warna hifa (gelap atau hialin transparan), warna konidia (gelap atau

29

hialin transparan), ada tidaknya konidia dan bentuk konidia (bulat, lonjong, berantai

atau tidak beraturan) (Ariyanto et al., 2013). Pengamatan mikroskopis dilakukan

dengan menggunakan mikroskop majemuk perbesaran 400x.

3.4.4 Uji pertumbuhan isolat Trichoderma spp.3.4.4.1 Uji pertumbuhan

Pengujian kemampuan tumbuh isolat Trichoderma spp. dilakukan dengan cara

menumbuhkan 1 bor gabus (diameter 0,3 cm) biakan murni Trichoderma spp. yang

berusia empat hari setelah diremajakan di cawan petri yang berisi media PSA-L.

Pengukuran dilakukan terhadap diameter koloni Trichoderma spp. mulai usia 1-7 hari

setelah inokulasi. Pengukuran dilakukan sebanyak 4 kali (Gambar 1).

Gambar 1. Pengukuran diameter pertumbuhan jamur Trichoderma spp.a) Trichoderma spp. b) 1-4 adalah diameter yang diukur

3.4.4.2 Sporulasi

Pengamatan sporulasi atau kerapatan spora dilakukan dengan cara memanen spora

dari biakan murni Trichoderma spp. yang berumur 7 hari setelah inokulasi.

Pemanenan spora dilakukan dengan cara menambahkan 10 ml air steril ke dalam

cawan petri yang berisi biakan murni Trichoderma spp. Spora jamur dikeruk dengan

menggunakan drigalski dengan hati-hati agar media tidak ikut terangkat sehingga

a

30

diperoleh suspensi spora yang pekat. Suspensi spora yang didapatkan selanjutnya

dimasukkan ke dalam tabung reaksi. Suspensi tersebut kemudian dihomogenkan

dengan menggunakan rotamixer selama satu menit. Setelah dihomogenkan, suspensi

diambil satu ml dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi baru yang telah diisi air steril

sebanyak 9 ml. Larutan kedua dihomogenkan selama satu menit. Tahap ini

dinamakan pengenceran tingkat 10-1. Langkah ini dilakukan kembali hingga

diperoleh pengenceran sampai tingkat 10-3.

Suspensi yang telah diencerkan hingga tingkat 10-3, diamati kerapatan spora dengan

meneteskan suspensi spora sebanyak 1µl di atas haemocytometer yang selanjutnya

diletakkan di bawah mikroskop dengan pembesaran 400 kali. Pengamatan dilakukan

terhadap jumlah spora. Kerapatan spora dihitung dengan menggunakan kotak sedang

yang tampak pada haemocytometer (Gambar 2).

Gambar 2. Haemocytometer dan bagiannya(Utami et.al.,2018)

31

Jumlah spora yang didapatkan dihitung dengan menggunakan rumus (Syahnen et al.,

2014) sebagai berikut:

=Keterangan :

S = Jumlah sporaR = Jumlah rata-rata spora pada bidang haemocytometer (kotak sedang)K = Konstanta koefisien alat (2,5 x 10-5)F = Faktor pengenceran yang dilakukan

3.4.4.3 Viabilitas spora

Suspensi yang digunakan adalah suspensi spora pada pengenceran 10-3 (suspensi sisa

dari uji sporulasi). Suspensi diteteskan ke dalam media PSA-L sebanyak 20 µl pada

tiga titik yang berbeda (Gambar 3). Selanjutnya suspensi diinkubasi selama 12 jam

dan diamati di bawah mikroskop majemuk dengan perbesaran 400 kali.

Gambar 3. Pengujian viabilitas spora Trichoderma spp. pada media PSA-L. (A)Titik suspensi ulangan 1; (B) Titik suspensi ulangan 2; (C) Titiksuspensi ulangan 3.

Pengukuran dilakukan dengan menghitung jumlah spora yang berkecambah dan tidak

berkecambah.

A

C B

32

Viabilitas spora Trichoderma spp. dihitung menggunakan rumus Syahnen et al.,

(2014).

= ℎℎ 100%3.4.5 Uji kemampuan penghambatan Trichoderma spp.terhadap R.

microporus

Uji kemampuan penghambatan Trichoderma spp. terhadap R. microporus dilakukan

dengan menggunakan metode kultur ganda pada media PSA-L dalam cawan petri.

Pengujian ini dilakukan dengan menggunakan isolat R. microporus dan Trichoderma

spp. dengan usia 4 hsi yang diletakkan di dalam satu cawan petri (Gambar 4).

Sebagai kontrol, satu isolat R. microporus ditumbuhkan di tengah cawan petri yang

berisi PSA-L tanpa Trichoderma spp (Gambar 4).

R. microporus R. microporus Trichoderma spp.

D1 D2

Gambar 4. Uji antagonis kultur ganda; D1 = diameter R. microporus pada kontrol;D2 = diameter R. microporus dalam kultur ganda.

Pengamatan dilakukan setiap hari dimulai umur 2 hsi sampai 7 hsi. Pengamatan

dilakukan dengan mengukur diameter korelasi jamur R. microporus pada cawan

kontrol dan kultur ganda.

33

Selajutnya persentase penghambatan dihitung dengan rumus yang digunakan

(Muksin. et al., 2013):

R = 1 − 21 x 100%Keterangan:R : Presentase penghambatan pertumbuhan (%)D1 : Diameter pertumbuhan R. microporus pada kontrol (cm)D2 : Diameter R. microporus dalam kultur ganda (cm)

3.4.6 Uji kemampuan PGPF (Plant Growth Promoting Fungi)

Pengujian kemampuan PGPF dilakukan untuk mengetahui kemampuan isolat

Trichoderma spp. dalam memberikan pengaruh terhadap pertumbuhan tanaman

indikator yang terpilih yaitu tanaman mentimun. Tanaman mentimun digunakan

sebagai tanaman indikator karena tanaman tersebut mempunyai daya tanggap yang

cepat terhadap serangan patogen. Pengujian dilakukan dengan menumbuhkan semua

isolat Trichoderma spp. ke dalam media PSA-L selama 3 hsi. Setelah itu, media

perbanyakan dibuat dengan komposisi 100 gram menir dimasak setengah matang,

kemudian didinginkan lalu dimasukkan ke dalam plastik anti panas. Selanjutnya ,

media disterilkan menggunakan autoklaf pada suhu 121oC, tekanan 1 atm selama 15

menit. Kemudian, isolat jamur ditumbuhkan ke dalam media beras steril dan

diinkubasi selama 10 hari pada suhu kamar untuk dijadikan sebagai inokulum pada

pengujian lebih lanjut (Worosuryani et al., 2005).

34

3.5 Analisis Data

Data yang diperoleh dilakukan analisis ragam (Anara) dengan perbedaan nilai tengah

yang akan diuji dengan Duncans’s Multiple Range Test (DMRT) pada taraf α = 5%

(Worosuryani et al, 2006).

V. SIMPULAN DAN SARAN

5.1 Simpulan

Dari hasil penelitian dapat diambil kesimpulan sebagai berikut:

1. Berdasarkan hasil identifikasi secara molekuler dan morfologi didapatkan

bahwa isolat T1, T2, T4, TK1, dan TK3 masuk ke dalam spesies

T. asperellum, isolat T3 termasuk ke dalam spesies T. longibrachiatum

dan TK2 adalah T. reesei.

2. Pengujian antagonisme menunjukkan ketujuh isolat Trichoderma spp.

mempunyai kemampuan dalam menekan pertumbuhan R.microporus.

Isolat T3 (T. longibrachiatum) menunjukkan persentase penghambatan

yang paling tinggi sebesar 87,59%.

3. Isolat T4 (T. asperellum) merupakan isolat yang mempunyai kemampuan

dalam memacu pertumbuhan tanaman yang terbaik dibandingkan tanaman

yang tanpa diberi Trichoderma spp. dan tanaman yang diberi isolat

Trichoderma spp. lainnya.

53

5.2 Saran

Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan, disarankan dilakukan uji lebih lanjut

dalam pengujian PGPF menggunakan tanaman karet sebagai tanaman indikator

dan pengujian terhadap konsentrasi IAA yang dihasilkan masing-masing

Trichoderma spp. yang telah teridentifikasi.

DAFTAR PUSTAKA

Amaria, W., E. Taufiq, dan R. Harni. 2013. Seleksi dan identifikasi jamur antagonissebagai agens hayati jamur akar putih (Rigidoporus microporus) padatanaman karet. Buletin RISTRI. 4(1): 55-64.

Anwar, C. 2001. Manajemen dan Teknologi Budidaya Karet. Pusat PenelitianTanaman Karet. Medan.

Ariyanto E. F., A.L. Abadi, dan S. Djauhari. 2013. Keanekaragaman jamur endofitpada daun tanaman padi (Oryza sativa) dengan sistem pengelolaan hamaterpadu (PHT) dan konvensional di desa Bayem, kecamatan Kasembon,Kabupaten Malang. Jurnal HPT. 1(2): 37-51.

Ausubel, F.M., R. Brent, dan R.E. Kingston. 2002. Current protocols in molecularbiology. Greene Publishing Associates and Wiley-Interscience : 1- 4647.

Baihaqi, A., M. Nawawi, dan A.L. Abadi. 2013. Teknik aplikasi Trichoderma sp.terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman kentang (Solanum tuberosum. L.).Jurnal Produksi Tanaman. 1(3): 30-39.

Budiarti, L., dan Nurhayati. 2014. Kelimpahan cendawan antagonis pada rhizosfertanaman kacang panjang (Vigna sinensis (L.) Savi ex Hassk. ) di lahan keringIndralaya Sumatera Selatan. Prosiding Seminar Nasional Lahan Suboptimal.Hal. 1-8.

55

Casimiro, I., A. Marchant, R.P. Bhalerao, T. Beeckman, S. Dhooge, R. Swarup, N.Graham, D. Inze, G. Sandberg, P.J. Casero, dan M. Bennett. 2001. Auxintransport promotes arabidopsis lateral root initiation. The Planet Cell. 13 :843-852.

Chakraborty, B.N., U. Chakraborty, A. Saha, P.L. Dey, dan K. Sunar. 2010.Molecular characterization of Trichoderma viridae and Trichodermaharzianum isolated from soil of North Bengal based on rDNA markers andanalysis of their PCR-RAPD profiles. Global Journal of Biotechnology &Biochemistry. 5(1): 55-61.

Chamzurni. T., R. Sriwati, dan R. D. Selian. 2011. Evektifitas dosis dan waktuaplikasi Trichoderma virens terhadap serangga Sclerotium rolfsii padakedelai. Jurnal Floratek. 6: 62-73.

Direktorat Jenderal Perkebunan. 2016. Statistik Perkebunan Indonesia KomoditasKaret 2015-2017. Kementrian Pertanian. Jakarta.

Eisentein, B.I. 1990. The polymerase chain reaction, a new method of usingmolecular genetics for medical diagnosis. The England Journal of Medichine.18: 178-182.

Ganjar, I., R.A. Samson, K. Van den Tweel- Vermeulen, A. Oetari, dan I. Santoso.1999. Pengenalan Kapang Tropik Umum. Yayasan Obor Indonesia : Jakarta.

Handoyo, D. dan A. Rudiretna. 2000. Prinsip umum dan pelaksanaan pholimerasechain reaction (PCR) [General principles and implementation of polymerasechain reaction]. Unitas. 9(1) : 17-29.

Hyakumachi,M. 1994. Plant growth promoting fungin from Turfgrass rhizospherewith potential for diase suppersion. Soil Microorganism., 44 : 53-68.

Kamala. Th., S. I. Devi, K.C. Sharma, dan K. Kennedy. 2015. Phylogeny andtaxonomical investigation of Trichoderma spp. from Indian region of Indo-Burma biodiversity hot spot region with special reference to Manipur. BioMedResearch International. 2015 : 1-21.

56

Kowalska, J. 2011. Effects of Trichoderma asperellum [T1] on Botrytis cinerea[PERS.: FR], growth and yield of organic strawberry. Acta ScientariumPolonorum. 10(4): 107-114.

Kubicek, C. P. dan G. E. Harman, 2002. Trichoderma & Gliocladium. Basic Biology,Taxonomy and Genetics. The Taylor & Francis e-Library. 1 : 278 pp.

Kumala, W. 1999. Polymerase chain reaction : uji molekuler di masa depan. DexaMedia. 12(1): 8-14.

Lestari, P., D.N. Susilowati, dan E.I. Riyanti. 2007. Pengaruh hormon Asam IndolAsetat yang dihasilkan oleh Azospirillum sp. terhadap perkembangan akarpadi. Jurnal Agro Biogen. 3(2): 66-71.

Lubeck, M. S.K. Poulsen, P.S. Lubeck, D. F. Jensen, dan U. Trane. 2000.Identification of Trichoderma strains from building materials by ITS1ribotyping, UP-PCR fingerprinting ang UP-PCR cross hybridization. FEMSMicrobiology Letters. 185: 129-134.

Migheli Q., L. Quirico, L. Gonzalez-Candelas, L. Dealessi, A. Camponogara, dan D.Ramon-Vidal. 1998. Transformants of Trichoderma longibrachiatumOverexpressing the β-1,4-Endoglucanase Gene egll Show EnhancedBiocontrol of Phythium ultimum on Cucumber. Phytology. 88(7): 673-677.

Muhibbudin, A., A.L. Abadi, A. Ahmad dan L. Addina. 2011. Biodiversity of soilfungi on integrated pest management farming system. Journal of Agrivita.33(22): 111-118.

Muksin, R., Rosmini, dan J. Panggeso.2013. Uji antagonis Trichoderma sp. terhadapjamur patogen Alternaria porri penyebab penyakit bercak ungu pada bawangmerah secara in-vitro. Jurnal Agrotekbis. 1(2): 140-144.

National Center for Biotechnology Information [NCBI]. 2018. Nucleotide.http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Diakses pada tanggal 22 September 2018.

57

Neliyati, Gusniawati, Lizawati, dan E. Kartika. 2015. Penerapan teknologipengendalian terpadu penyakit jamur akar putih pada tanaman karet di DesaGiriwinangun Kecamatan Rumbo Ilir, Kabupaten Tebo. Jurnal Pengabdianpada Mayarakat. 30(2) : 1-8.

Nugroho, P.S. 2010. Karakterisasi biologi isolat-isolat Rigidoporus microporus padaTanaman Karet (Hevea brasiliensis) Asal Cilacap. Skripsi. UniversitasSebelas Maret. Surakarta.

Parasayu, K.S., K.S. Wicaksono, dan M. Munir. 2016. Pengaruh sifat fisik tanahterhadap jamur akar putih pada tanaman karet. Jurnal tanah dan sumberdayalahan. 3(2) : 359-364.

Pharmawati, M. 2009. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevilleaspp. (Proteaceae). Jurnal Biologi. 8(1): 12-16.

Prasetyo, J., Efri, dan R. Suharjo. 2009. Seleksi dan uji antagonis Trichoderma spp.isolat tahan fungisida nabati terhadap pertumbuhan Phytophthora capsici. J.HPT Tropika. 9(1) : 58-66.

Purwantisari S, dan Hastuti RH. 2009. uji antagonis jamur Phytopthora infestanspenyebab penyakit busuk daun dan umbi kentang dengan menggunakanTrichoderma spp. isolat local. Jurnal Bioma. 11(1) : 24-32.

Putri. D. 2016. Pengendalian JAP (R. microporus) (Swartz;fr.) van os. PadaTanaman Karet (Hevea brasiliensis Muel. Arg.) Menggunakan FungiMikoriza. Skripsi. Universitas Andalas. Padang.

Rahmawati, R. 2012. Cepat & Tuntas Berantas Hama & Penyakit Tanaman. PustakaBaru Press. Yogyakarta.

Semangun, H. 2004. Hama dan Penyakit Tanaman Perkebunan. Gadjah MadaUniversity Press. Yogyakarta.

58

Setiawati, W., T.S. Uhan dan B.K. Udiarto. 2004. Pemanfaatan Musuh Alami DalamPengendalian Hayati Hama Pada Tanaman Sayuran. Balai PenelitianTanaman Sayuran. Bandung.

Shivana,M.B., M. S. Meera, K. Kageyama dan M. Hyakumachi. 1994. Sterile fungifrom Zoysiagrass rhizosphere as plant growth promoters in spring wheat. Can.J. Microbiol. 40: 637-644.

Shofiana, R.H., L. Sulistyowati, dan A. Muhibuddin. 2015. Eksplorasi jamur endofitdan khamir pada tanaman cengkeh (Syzygium aromaticum) serta uji potensiantagonismenya terhadap jamur akar putih (Rigidoporus microporus). JurnalHPT. 3(1) : 75-83.

Soesanto, L. 2008. Pengantar Pengendalian Hayati Penyakit Tanaman. Jakarta:Rajawali Press.

Sugiyono. 2012. Metode Penelitian Kuantitatif, Kualitatif, dan R & D. Alfabeta :Bandung.

Suharna, N. 2003. Interaksi antara Trichoderma harzianum, Penicillium sp. danPseudomonas sp. serta kapasitas antagonismenya terhadap Phytophtoracapsici in vitro. Berita Biologi. 6(6): 747-753.

Sutarman. 2016. Bíofertilizer Fungi Trichoderma dan Mikoriza.Unsida Press.Sidoarjo.

Sutarman. 2017. Pengujian Trichoderma sp. sebagai pengendali hawar daun bibitkakao yang disebabkan oleh Phytophtora palmivora. J. HPT Tropika. 17(1):45-52.

Syahnen, Normalisa, D.D., Ekanitha, S., dan Pinem. 2014. Teknik Uji Mutu AgensPengendali Hayati (APH) di Laboratorium. Laboratorium Lapangan BalaiBesar Penelitian dan Proteksi Tanaman Perkebunan. Medan.

59

Tamura K, J. Dudley, M. Nei, dan S. Kumar. 2007. MEGA4: Molecular EvolutionaryGenetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0. Mol. Biol. Evol. 24(8) :1596-1599.

Taribuka, J, C. Sumardiyono, S.M. Widyastuti, dan A. Wibowo. 2016. Eksplorasi danidentifikasi Trichoderma endofitik pada pisang. J. HPT Tropika 16(2) : 115-123.

Tim Karya Tani Mandiri. 2012. Pedoman Bertanam Karet. Nuansa Aulia. Bandung.

Utami, U., L. Harianie, N. Kusmiyati, P.D. Fitriasari. 2018. Buku Petunjuk PraktikumMikrobiologi Umum. Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim.Malang.

Vey A., R.E. Hoagland., dan T.M. Butt. 2001. Toxic Metabolites of FungalBiocontrol Agents. In: Butt T.M., C. Jackson. and N. Magan. (eds) Fungi asBiocontrol Agents Progress, Problem and Potenti. CABI publishing,Wallingford.

Wanjiru, M. M. 2009. Effect of Trichoderma harzianum and Arbuscular MycorrhizalFungi on growth of tea cuttings, napier grass and disease management intomato seedlings. Plant and microbial Sciences. 13: 305 – 312.

Watanabe, T. 2002. Pictorial Atlas of Soil and Seed Fungi Morphologies of CultureFungi and Key to Spesies. Secound edition, CRC Press Boca. Raton LondonNew York. Wahington D.C.

Worosuryani, C., A. Priyatmojo, dan A. Wibowo. 2006. Uji kemampuan jamur yangdiisolasi dari lahan pasir sebagai PGPF (Plant Growth Promoting Fungi).Agrosains. 19 (2): 179-191.

Yusuf , Z.K. 2010. Polymerase chain reaction. Saintek. 5(6): 1-6.

Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.

00 Cover luar skripsi.pdf01 ABSTRAK.pdf06 Riwayat Hidup.pdf07 Kata Mutiara.pdf08 persembahan karya.pdf09 Sanwacana.pdf010 Daftar Isi.pdf011 Daftar Tabel.pdf012 Daftar Gambar.pdfI PENDAHULUAN new.pdfII Tinjauan Pustaka - newbe.pdfIII Bahan dan Metode.pdfIV Hasil Penelitian neww setelah edit - Copy.pdfV Simpulan dan Saran.pdfVI DAFTAR PUSTAKA NEW.pdf

IDENTIFIKASI DAN UJI KEMAMPUAN JAMUR Trichoderma spp ...digilib.unila.ac.id/57550/3/SKRIPSI TANPA...

Documents

Transcript of IDENTIFIKASI DAN UJI KEMAMPUAN JAMUR Trichoderma spp ...digilib.unila.ac.id/57550/3/SKRIPSI TANPA...