Strategi pengembangan akademik yang menitikberatkan pada program peningkatan kualitas rekruitmen mahasiswa baru, kualitas proses pembelajaran, kualitas lulusan dalam suasana akademik (academic atmospher) yang kondusif. Strategi pengembangan keilmuan dan penelitian yang didasarkan kompetitif, untuk meningkatkan produktifitas dan kualitas hasil penelitian. Strategi pengembangan pengabdian kepada masyarakat menitik beratkan pada program upaya pemberdayaan masyarakat, peningkatan kegiatan yang relevan dengan kegiatan masyarakat dan peningkatan kualitas layanan kepada masyarakat. Strategi pengembangan kemahasiswaan dan alumni menitikberatkan pada pengembangan bakat, minat dan penalaran mahasiswa serta meningkatkan peran serta alumni dalam pengembangan UPY. Strategi pengembangan organisasi berupaya untuk melengkapi peraturan-peraturan dan unit kerja yang diperlukan untuk mewujudkan visi dan misi UPY. Strategi pengembangan manajemen didasarkan pada konsep SADA (Sentralisasi Administrasi dan Desentralisasi Akademik) dengan memperhatikan asas demokratis, transparan dan akuntabel untuk mewujudkan good governance. Strategi pengembangan sumber daya manusia dikembangkan untuk mendorong terbentuknya sistem evaluasi berbasis kinerja. Strategi pengembangan sarana prasarana menitik beratkan pada pengembangan sarana prasarana yang mendukung proses pembelajaran berbasis ICT (information and communication technology). Strategi pengembangan mutu menitik beratkan pada penerapan total quality management (TQM) pada pelaksanaan otonomi kampus. Strategi pengembangan kerjasama dilakukan dalam aspek akademis dan non akademis didasarkan pada empati, sinergi dan saling menguntungkan.