Evaluasi keanekaragaman hayati dan konservasi AMFKeragaman CMA memiliki konsekuensi ekologis yang signifikan karena spesies individu atau isolat bervariasi dalam potensi mereka untuk meningkatkan pertumbuhan tanaman dan adaptasi biotik dan abiotik faktor. Dengan demikian, komposisi dan dinamika populasi CMA memiliki dampak nyata pada struktur dan keragaman tanaman terkait masyarakat, baik di ekosistem alam dan pertanian (Grime et al 1987;. Gange et al 1990;. Van der Heijden et al. 1999). Prasyarat penting untuk menganalisis populasi CMA dalam studi ekologi adalah untuk identifikasi isolat individu. Selain itu, Studi fisiologis serta percobaan lapangan inokulasi dapat mengambil manfaat dari analisis genetik dan fungsional isolat yang dipilih. Sampai saat ini, tanda-tanda identifikasi AMF untuk populasi dan studi filogenetik yang semata-mata morfologi atau biokimia (Giovannetti dan Gianinazzi-Pearson 1994). Studi dari makro dan mikro-anatomi karakter jamur hasil yang "membentuk landasan sejarah dalam taksonomi jamur "(Kohn 1992), dan telah digunakan untuk membangun taksonomi AMF (Morton dan Benny 1990). Namun, banyak struktur yang hilang selama simbiosis yang diperlukan untuk morfologi identifikasi dan diferensiasi spesies. Selain itu, arbuscules yang diproduksi oleh AMF di tanaman, misalnya, sangat mirip dari satu spesies yang lain. Allozymes telah membantu dalam memberikan penanda diagnostik biokimia untuk mengidentifikasi spesies AMF, bahkan dalam akar terjajah (Sen dan Hepper 1996). Namun, alat yang paling kuat untuk mempelajari evolusi dan genetika populasi CMA adalah teknik molekuler yang bisa menganalisis urutan DNA. Teknik-teknik ini telah digunakan dalam kombinasi dengan data morfologi atau biokimia untuk menyelidiki kelompok-kelompok tertentu. Misalnya, gabungan Data morfologi dan molekuler baru-baru ini digunakan untuk mendefinisikan hubungan antara spesies kuno dalam Glomales (Redecker et al. 2000) serta memberikan primer diagnostik yang penting dalam klasifikasi ini spesies (Morton dan Redecker 2001)Kombinasi profil isozim dan urutan gen ribosom juga telah terbukti bermanfaat dalam menentukan kelompok dalam genus Gigaspora (Bago et al. 1998). Berbagai teknik dapat digunakan untuk mendeteksi Variasi urutan DNA dalam populasi AMF (Lanfranco et al. 1998). PCR amplifikasi target urutan genom diikuti oleh RFLP, alel spesifik hibridisasi, sequencing langsung, atau konformasi single-strand polimorfisme semakin digunakan untuk mendeteksi AMF dalam ekosistem alami (Sanders et al 1996.; Redecker et al. 1997; Helgason et al. 1998, 1999). PCR primer berdasarkan wilayah yang bebas nuklir dan DNA ribosom mitokondria telah dirancang untuk memperkuat dua variabel daerah non-coding, yaitu spacer yang ditranskripsikan internal (ITS) dan spacer intergenik (IGS). Mikrosatelit-prima PCR, RAPD dan probe DNA berulang yang sangat efisien untuk pendekatan identifikasi genotipe yang berbeda dan telah digunakan untuk menentukan struktur genetik populasi CMA. Penanda DNA telah berhasil digunakan untuk melacak AMF dari ekosistem pertanian dan alami (Helgason et al 1998, 1999;.. Antoniolli et al 2000; Pringle et al. 2000; Jacquot-Plumey et al. 2001; Turnau et al. 2001a). Penanda DNA juga mengungkapkan cukup keanekaragaman dalam sistem akar tunggal: beberapa jenis AMF dikaitkan dengan akar Hyacinthus tunggal (Merryweather dan Fitter 1998), dan dengan akar kecil individu fragmen daun bawang atau bawang (van TUINEN et al. 1998) dan dengan dua spesies Prunella (Streitwolfengel et al. 1997).

Salah satu aspek yang baru-baru ini mendapat perhatian dalam evaluasi keragaman AMF adalah asosiasi yang tidak biasa dengan bakteri endosymbiotic dan derajat keragaman intraspesifik mereka. Organisme seperti bakteri di sitoplasma AMF pertama kali diamati oleh transmisi mikroskop elektron pada awal tahun 1970 (Scannerini dan Bonfante 1991), tetapi konfirmasi prokariotik mereka di alam terhambat oleh ketidakmampuan mereka untuk tumbuh pada media sel-bebas. Studi lebih lanjut mengenai filogenetik baru-baru ini menunjukkan bahwa endobacteria ini mungkin mewakili baru takson bakteri (Bianciotto et al. 2002). Tes PCR dengan oligonukleotida spesifik untuk urutan 16S ini mengungkapkan bakteri ini dalam semua tahap siklus hidup jamur(spora dan miselia simbiosis). Selain itu, isolate asal yang berbeda dari tiga family Glomalean (Glomaceae, Gigasporaceae dan Acaulosporaceae) ketika diamati dengan mikroskop confocal menunjukkan adanya bakteri menggunakan pewarna fluorescent khusus untuk pewarnaan bakteri. Endobacteria dari Gigasporaceae tampaknya berbeda dari yang ditemukan dalam taksa jamur lain dalam hal kepadatan, morfologi dan PCR amplifikasi dengan primer spesifik (Bianciotto et al. 2000). Perlu dicatat, bagaimanapun, bahwa situasi yang berbeda ada dalam genus ini: Gigaspora rosea adalah satu-satunya spesies yang benar-benar tanpa endobacteria, pengamatan didukung baik oleh morfologi pengamatan beberapa isolat dan dengan PCR eksperimen, sedangkan Gigaspora gigantea memendam genetik dan morfologis bakteri yang berbeda (Bianciotto et al. 2000). Bakteri intraseluler tampak Oleh karena itu menjadi fitur umum spora CMA dan tidak komponen sporadis. Bukti tambahan dari asosiasi dari endobacteria dengan kelompok jamur adalah mereka terjadinya di Geosiphon pyriforme, sebuah zygomycete hidup bebas terkait erat dengan Glomales (Gherig et al.1996). Evaluasi keragaman genetik di Glomales diperumit oleh adanya beberapa ribosom yang berbeda varian, baik di daerah dilestarikan (besar subunit) dan di ditranskripsi internal yang lebih bervariasi spacer (ITS). Spacer ITS umumnya dianggap harus sesuai untuk membedakan di tingkat spesies, asalkan variabilitas genetik di antara isolat dari spesies yang sama lebih rendah dari variabilitas di antara spesies. Di AMF, fitur aneh adalah bahwa varian ITS telah dijelaskan tidak hanya di kalangan isolat yang berbeda dari yang sama spesies, tetapi juga dalam isolat yang sama (Sanders et al. 1995; Lloyd-MacGilp et al. 1996; Lanfranco et al. 2001). Tiga spesies yang berbeda dari Gigaspora diselidiki, dan dalam setiap spesies tingkat intra-mengisolasi ITS Variasi adalah sebagai besar sebagai variasi ditemukan isolat geografis yang berbeda (Lanfranco et al. 2001). Pola serupa telah dijelaskan dalam dan di antara isolat Glomus mosseae (Lloyd-MacGilp et al. 1996). Dalam beberapa kasus itu menunjukkan bahwa ITS varian terjadi dalam spora tunggal asal heterogenitas genetik ini tetap menjadi ditetapkan, meskipun berbagai hipotesis yang berbeda memiliki telah diusulkan. ITS urutan heterogenitas di Glomales telah berkorelasi dengan spora berinti nya (Sanders et al. 1995; Lloyd-MacGilp et al. 1996; Lanfranco et al. 1999). Kehadiran 1.000-5.000 inti dalam spora yang sama (Bcard dan Pfeffer 1993), bersama dengan kehadiran sekitar 75 salinan gen ribosom untuk setiap inti (Hosny et al. 1999), dapat menyebabkan variabilitas urutan karena (1) inti dari spora yang sama secara genetik berbeda (intraspore polimorfisme) atau (2) gen ribosom urutan yang berbeda dalam inti tunggal (intra-organel polimorfisme). Hipotesis kedua membutuhkan mutasi dan acara penataan ulang dalam inti tunggal. Di Sebaliknya, pada organisme seksual, terjadinya evolusi bersama (melalui perbatasan yang tidak sama atas atau gen konversi selama proses rekombinasi) memelihara Urutan homogenitas dalam gen MULTICOPY (Li 1997). Itu heterogenitas urutan ribosom di AMF, diduga akan organisme aseksual, dapat dijelaskan dengan tidak adanya mekanisme ini (Sanders et al 1996;. Sanders 1999). Studi hibridisasi Fluorescent DNA-DNA menunjukkan bahwa Variasi ITS2 tidak terjadi di inti individu dalam spora tunggal Glomalean (Kuhn et al. 2001), sehingga inti yang mendukung hipotesis bahwa secara genetik berbeda melakukan co-ada dalam satu individu. fenomena ini memerlukan status heterokaryotik sebagai hasil dari hifa anastomosis, yang telah diamati di AMF (Giovannetti et al. 1999, 2001). Studi morfologi, aliran dan cytometry statis, dan bromodeoxyuridine percobaan serapan (Bcard dan Pfeffer 1993;. Bianciotto et al 1995), telah menunjukkan bahwa hanya setengah 2.500 inti hadir dalam G. margarita spora bermigrasi ke arah hifa berkecambah. Hanya 10-15% kemudian masukkan siklus, dan bergerak sepanjang hifa yang menghubungi akar dan menghasilkan unit infeksi, di mana mitosis baru terjadi. Mengingat bahwa inti dari berasal spora memiliki genotipe yang berbeda, sidik jari dari miselium kolonial (dan baru diproduksi spora) akan berbeda dari spora yang berasal. Di Sebaliknya, akar yang sama biasanya dijajah olehmiselia dari spora yang berbeda, sehingga unit infeksi dengan sidik jari genetik berbeda, dan kemungkinan Peristiwa heterokaryotik segar. Varian urutan DNA juga telah ditemukan di lebihdilestarikan daerah ribosom. Clapp et al. (2001) diperkirakan besarnya variasi urutan besar subunit gen rDNA, yang harus berisi daerah dengan polimorfisme antarspesies yang cukup untuk membedakan AMF (van TUINEN et al. 1998). Analisis pada isolate dari tiga spesies (Glomus mosseae, G. coronatum dan G. constrictum) mengungkapkan beberapa urutan varian dalam isolat yang sama di semua spesies, dan analisis klaster menunjukkan bahwa beberapa urutan dari G. mosseae dan G. constrictum mengelompok dengan G. coronatum. Urutan variabilitas antara isolat karena itu dikaburkan spesies Resolusi tingkat. Sebuah studi serupa Entrophospora infrequens (Rodriguez et al. 2001) menunjukkan bahwa ini spesies yang terkandung subunit besar rDNA urutan gen yang bergerombol dengan urutan dari dua keluarga yang berbeda jamur Glomalean. Apapun asal ini genetic heterogenitas, penyelidikan yang lebih luas adalah penting prasyarat untuk mengembangkan alat molekuler khusus untuk digunakan untuk tujuan diagnostik. Mengingat pentingnya mereka dalam ekosistem, konservasi AMF baik in situ dan ex situ harus menjadi tujuan utama. Koleksi plasma nutfah telah dikembangkan untuk memperoleh, ciri dan memelihara AMF dalam budaya hidup. dua koleksi utama, BEG (Dodd et al 1994; http: //. www.ukc.ac.uk/bio/beg/) dan INVAM (Morton et al. 1993; http://invam.caf.wvu.edu/) memainkan peran penting dalam pelestarian dan distribusi jamur isolat untuk penelitian. Hal ini sekali lagi penting untuk menekankan bahwa akurat identifikasi referensi jamur isolat disimpan di koleksi publik diperlukan untuk konservasi yang benar keanekaragaman hayati ini juga untuk fisiologis dan filogenetik studi.