Dasar Biologi Molekuler Seluruh
-
Upload
siska-delvia -
Category
Documents
-
view
243 -
download
0
Transcript of Dasar Biologi Molekuler Seluruh
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 1/54
DASAR BILOGI
MOLEKULER
BY : SISKA DELVIA
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 2/54
Sel – DNA – RNA – protein
Metode sequencing
Ti!ul pert"n#""n untu$ en"ng"ni d"t"% e!u"t
pen"l"r"n
du" inggu $uli"& !eri$utn#": urut"n $esel"r"s"n d"ngeno
perteu"n
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 3/54
Sel
• Unit kerja yang mendasar dari setiap sistemhidup
• Setiap organisme terdiri dari salah satu daridua jenis yang sangat berbeda dari sel:- Sel prokariotik- Sel eukariotik yang memiliki DNA di dalamnukleus.
• Prokariota dan eukariota adalah keturunandari sel primitif dan hasil 3! miliar tahune"olusi.
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 4/54
Prokariotik and
#ukariotik $enurut bukti terbaruada tiga %abang utamapohonhidup
Prokariota termasukAr%haea&'(rang-orang kuno') danbakteri
#ukariota kelas#ukarya dan termasuktanamanhe*an jamur dan tertentuganggang
+uliah: pohon,logenetik
opik ini se%ara lebihrin%i
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 5/54
Semua Sel memiliki
Siklus umum
• ahir makan mereplikasi dan
mati
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 6/54
/itur umum dari
organisme• #nergi kimia tersimpan dalam AP
• informasi genetik dikodekan oleh DNA
• 0nformasi ditranskripsi menjadi 1NA
• Ada tiga serangkai kode genetik yang sama- namun beberapa perbedaan yang diketahui
• peterjemah dalam protein melibatkan ribosom
• jalur metabolisme 2ersama
• protein yang sama di antara beragam kelompokorganisme
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 7/54
Semua +ehidupan tergantung
pada 3 molekul penting• DNAs &asam deoksiribonukleat)- $emegang informasi tentang %ara kerja sel
• 1NAs &asam ribonukleat)
- Penetapan untuk mentransfer bagian pendek
dari informasi ke berbagai bagian sel
- $emberikan pola untuk mensintesis menjadiprotein
• Protein
- 2entuk enim-enim yang mengirimkan sinyalke sel lain dan mengatur akti"itas gen- +omponen utama bentuk tubuh
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 8/54
Struktur DNA•
DNA memiliki struktur heliksgandayang terdiri dari
- molekul gula- 4ugus fosfat
- Dan basis &A 5 4 )
• Sesuai ketentuan kitamemba%a untai DNA se%araarah transkripsi: dari ujung !6ke 36akhir! 6AA4455 363 6AAA5544 !
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 9/54
DNA yang terkandungdalam kromosom
• Pada eukariot DNA dikemas dalam kromosom linear
• Pada prokariot DNA biasanya terkandung dalam satu
lingkaran kromosom
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 10/54
+romosom $anusia
• Sel-sel somatik &semua selke%ualisel germinal jaringan-
jaringan) pada manusia
mempunyai 7 pasang dari77 kromosom8 99 &*anita) atau 9 &laki-laki) ; sebanyak <=kromosom
• Sel germinal mempunyai 77kromosom 8 baik 9 atau ;Sebanyak 73 kromosom
+aryogram dari laki-laki manusia menggunakanpe*arnaan 4iemsa
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 11/54
1NA
• 1NA mirip dengan dna se%ara kimia*i. rna biasanya
hanyalah untaian tunggal. t &hyamine) digantikanoleh u &ra%il)
• erdapat beberapa jenis rna yang memiliki fungsi
berbeda dalam sel
tRNA line"r "nd 'D (ie): &ttp:**)))+cgl+ucs,+edu*&oe*gl"s,eld*tutori"l*trn"*trn"+gi,
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 12/54
DNA 1NA dan Aliran0nformasi
1eplikasi
ranskipsi &informasiyang diba%a dalamsusunan pasangan dasardalam DNA dikirim kemolekul-molekul 1NA)
Penerjemahan &informasi dirna dikirim ke protein.0nformasi ini tidak pernahdiba*a dari protein keasam nukleus
Apakah 0ni 2enar>
DNA 2isa$embelah
Diri
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 13/54
Protein
• Protein adalahpolieptida &benangdari sisa?residu asamamino)
• Disimbolkan denganbenangmenggunakansebuah huruf dari 7@alfabet :
A#4...B++A4• Umumnya
[email protected]@@@ residu
Urease enzyme from Helicobacter p
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 14/54
Asam Amino
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 15/54
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 16/54
Protein• 7@ asam amino yang berbeda
- at-at kimia yang berbeda menyebabkan rantai protein beripat membentuk struktur 3 dimensi yang menentukan fungsi-
fungsi mereka dalam sel
• Protein melakukan semua peran penting untuk sel
- $embangun struktur sel
- $en%erna nutrien
- $elakukan fungsi metabolime
- $enghubungkan aliran informasi dalam sebuah sel dan
antara komunitas sel-sel
• Protein bekerja bersama sama degan protein lain atau asamnukleus sebagai Emesin molekulF
- struktur-struktur yang %o%ok bersama-sama dan berfungsi dalam
jalan lo%k-and-key yang sangat spesi,k
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 17/54
4en
Sebuah gen merupakan kesatuan susunangenetik yang memba%a seperangkat produk-produk fungsional yang berpotensi tumpang
tindih•Sebuah segmen DNA yang informasinya ditulisbaik sebagai molekul 1NA atau protein
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 18/54
4en dan Alel
• Sebuah gen bisa memiliki jenis yang berbeda
• Genis gen yang sama disebut alel
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 19/54
4en 2isa Ditemukan Pada+edua Untaian
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 20/54
#kson and intron Hspli%ing
#kson
intron dihapus dari 1NA setelah transkripsi
#kson digabung :proses ini disebut splicing
5’3I3I3I3’
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 21/54
Alternatif spli%ing
• Perbedaan "ariasi spli%e yang dihasilkan
...
5’
A B 5
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 22/54
DNA dan +ontinum dari+ehidupan
• Prokariot mempunyai tipe yang haploid : $ereka mempunyai satu kromosom &sirkuler).
• DNA biasanya diturunkan
&orang tua ke anak perempuan)
• +eturunan klonal
- keturunan adalah salinan yang sama
dari DNA sebelumnya
- ariasi diperkenalkan melalui mutasi
unsur berpindah dan perpindahan DNAPeta +romosom S.
dysenteriae sembilan %in%inmenggambarkansifat yang berbedadari genomhttp:??***.mg%.a%.%
n?Shi2AS#?%ir%ularJ SdCKL.htm
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 23/54
Manipulasi RangkaianBiologi
• Poin mutasi : subsitusi dasar
M A54G5 ;O A54C5
• Penghapusan : penghapusan satu atau lebih basa yangberdekatan &substring)
M GA 5A ;O 5A
• Penyisipan : penyisipan substring
M 445A4 ;O 44TCAAC A4
le%ture : Urutan keselarasan
le%ture : 4enome penyusunan ulang
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 24/54
Sekuensing genom pe!aki"an
• sekuensing DNA
- 2agaimana kita memperoleh informasi urutan DNA dariorganisme >
• 4enome perakitan
- Apa yang dibutuhkan untuk mengumpulkan informasi urutanDNA dari
sekuensing >
• Statment pertama dari masalah rangkaian :
- Peltola Sderlund arhio Ukkonen: Algorithms for some stringmat%hing
problems arising in mole%ular geneti%s. Pro%. Kth 0/0P Borld5omputer
5ongressCKQ3
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 25/54
Penemuan Dari koran yangsudah usang
>
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 26/54
1angkaian DNA
• 1angkaian DNA : peme%ahan dri rangkaiannukleotida & seluruh genom atau sebagian)
• 2anyak metode perbedaan yang dihasilkan:
- $etode $aRam- 4ilbert &CKLL)
- Sanger method &CKLL)
- igh-throughput methods FneRt-generationFmethods
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 27/54
1angkaian Sanger :rangkaian dari sintesis
• ehnik rangkaian yang dikembngkan dari CKLL
• Guga dikenal dideoxy sequencing
• DNA polymerase adalah sebuah enim yang mengkatalisis sintesis DNA
• polimerase DNA membutuhkan primer
• intesis hasil selalu dalam arah ! 6 - O 3 T
• Dalam Sanger seuen%ing rantai M terminating
• trifosfat dideoksinukleosida & dd9Ps ) dipekerjakanM ddAP dd5P dd4P ddP
la%k the 3I-( tail of d9Ps
• 5ampuran d9Ps dengan sejumlah ke%il dd9Ps
diberikan untuk polimerase DNA dengan DNA template dan primer
•
dd9Ps diberi label Vuores%ent• +etika DNA polimerase bertemu dd9P sebuah sintesis tidak dapat
melanjutkan
• asil panen proses disalin urutan panjang yang berbeda
• Setiap urutan diakhiri oleh dd9p berlabel
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 28/54
1angkaian Determinan
• Urutan diurutkan sesuai panjang dengan
elektroforesis kapiler
• Sinyal Vuores%ent sesuai dengan label
yang terdaftar
• 2asis panggilan : mengidenti,kasi yang dasar sesuai dengan posisi masing-masing dalam memba%a
sebuah
- tidak masalah W
asil rangkaian dari base disebut reads
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 29/54
1#AD AN4 S0N4+A
• SAN4#1 S#XU#N5#1 $(D#1N 20SA$#N4AS0+AN +UA0AS 1#AD SA$PA0 L!@ 2AS#
-0NS1U$#N $#N#D0A+AN ANDA D#N4ANS#2UA /0# 2#1+UA0AS UNU+ 2ASA DAA$
1#AD S#2A4A0 A$2AAN DA10 DAA U1UAN AN4 S#2#NA1NA
• 2AND0N4+AN PANGAN4 1#AD D#N4AN U+U1AN4#N#0+ $ANUS0A &7.KRC@K 2AS#)
•
1#AD A1US D0 1AN4+A0 W
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 30/54
$ASAA-$ASAA
• #11(1 DAA$ $#(D# P#N4U1UAN SAN4#1 2#1A10AS0DA10 CY SA$PA0 3 Y
• 1#P#A DAA$ DNA:
-5(N( -3@@ 2AS# (N4S U1UAN ALU AN4 D0UAN4ADAA #20 DA10 GUAAN +A0 DAA$ 4#N#0+
$ANUS0A -1#P#A #1GAD0 PADA S+AA AN4 2#12#DA
• APA AN4 #1GAD0 G0+A PANGAN4 1#P#A #20 PANGAN4DA10 PANGAN4 1#AD>
• $ASAA SUP#1S10N4 PA0N4 P#ND#+
-#$U+AN S10N4 PA0N4 P#ND#+ AN4 $#NG#AS+AN1#AD
-G0+A D02#10+AN S#P#1AN4+A S10N4 &1#AD) #$U+ANS10N4 PA0N4 P#ND#+ AN4 $#$00+0 $#1#+A S#$UA
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 31/54
1AN4+A0AN P#N4U1UANDAN +UN50 +($20NAS0• APA AN4 U$U$ &SA$A) D#N4AN 1AN4+A0AN
P#N4U1UAN DAN +UN50 ($2( UNU+$#$2U+A >
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 32/54
P#N4U1UAN B(#-4#N($# S(4UN• 1AN4+A0AN U1UAN B(#-4#N($#
S(4UN $UA0 D#N4AN 2ANA+ SA$P#DA10 DNA 4#N#0+
C.SA$P# D0S#+A S#5A1A A5A+ +# DAA$0NS#1S (/ #N4 O !@@ 2ASA
7. 0NS#1 D0P12ANA+ D#N4AN $#N4+(N0N4$#1#+A +#DAA$ S#2UA #+(1 AN4D04UNA+AN UNU+ $#N40N/#+S0 2A+#10-
2A+#103.DNA D0+U$PU+AN DA10 2A+#10-2A+#10
DAN D0U1U+AN
<.1#AD D01AN4+A0?D0SUSUN
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 33/54
P#NUSUNAN 1#AD D#N4ANA4(1$A (#1AP-A(U-
5(NS#NSUS• (#1AP -$#N#$U+AN 1#AD AN4
2#1P(#NS0A U$PAN4 0ND0•
A(U -$#N#$U+AN SUSUNAN 1#ADD0S#PANGAN4 DNA
• 5(NS#NSUS
-$#NDAPA+AN U1UAN DNA DA10A(U• 2#10+UNA $#(D# 0N0 D0G#AS+AN
DAA$ ## AN4 SAN4A A2S1A+2ANA+ D#A0 AN4 D0#BA+AN
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 34/54
$#N#$U+AN (#1AP
• P#1A$A P#NGAGA1AN (#1AP DA10 1#ADD0#$U+AN
• 1#AD 20SA DA10 SAA SAU UNA0AN DNA:1##1S# 5($P#$#N 1Z DA10 $AS0N4-$AS0N4
1#AD 1 A1US D0P#10$2AN4+AN
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 35/54
5(N( P#N4U1UAN +#P#1AN4+A0AN
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 36/54
$#N#$U+AN (#1AP
• (#1AP ANAA1A7 1#AD 20SAD0#$U+AND#N4ANA4(10$AP1(41A$
D0NA$0+ -+#SAAAN 20SAD0P#10$2AN4+AN
• P1(41A$D0NA$0+ A+AND0D0S+US0+AN#20 2ANA+
PADA DUA $0N44U2#10+UNA• S+(1 (#1AP
D0S0$PAN DAA$$A10+S (#1AP
-#N10 &0G)D02ABA(#1APD0A4(NA DA101#AD 10 DAN 1G
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 37/54
$#N#$U+AN A(U DAN
5(NS#NSUS• $#(D#$#$P#1PANGAN41AN4+A0AND#N4AN SAN4A2ANA+ D#N4AN$#$00 (#1AP
#12A0+
• +#DUA (10NAS00N0D0P#10$2AN4+AN
• P#N4U1UAN D0
P#1PANGAN4S#GAU $UN4+0N
#onsensusse$uen#e
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 38/54
$#N#$U+AN A(U DAN5(NS#NSUS
• +0A ANGU PADA (#1AP #12A0+ 2#10+UNA DAN $#$P#1PANGAN4U1UAN DA10 SANA
• $#(D# 0N0 2#1#N0 +#0+A 0DA+ ADA A40 (#1AP AN4 20SAD0P#10$2AN4+AN 7 5444AA4
C@ 45444A CC 445444
• S#GU$A 5(N04S D0AS0+AN L A45445
----------------------------------------
A45445444AA4
• 5(N04 $#1UPA+AN U1UAN AN4 2#1S#2#AAN AN4 $#1UPA+ANAS0 DA10 1#AD AN4 2#14A2UN4
3Q
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 39/54
P#N4U1UAN B(#-4#N($# S(4UN:10N4+ASAN
• U1UAN 4#N($ A4 AS0
1#AD AN4 0DA+ U$PAN4 0ND0 1#AD AN4 U$PAN4 0ND0 2#1S#2#AAN
• SUSUNAN 1#AD PADA ABANA 0DA+ D0+#AU0• (#1AP 0AN4 D#N4AN 5A1A $#NS#GAGA1+AN 1#AD• DAA$ S#2UA 39C@K 2P 4#N($ D#N4AN !@@ 2P 1#D DAN !9
5(#1A4# #1DAPA -C@L 1#AD DAN ................ P#1AND0N4ANU1UAN AN4 $010P
3K
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 40/54
RE%EAT DALAM RA&GKAIA& D&A DA& GE&OM
• 7 5(N( 1#P#A AN4 SA$A
/04U1# 7. U1UAN 1#P#A. AN4 AAS $#NUNGU++AN A(U AN4 2#NA1 DA10 04A U1UAN DNA. AN4 2ABA$#NUNGU++AN 1#P#A AN4 GAU PADA S#2UA$0SASS#$2 &SUSUNAN AN4 SAA) <@
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 41/54
1#P#A DAA$ DNA $#N#2A2+AN$ASAA DAA$ 1AN4+A0AN
U1UAN• G0+A PANGAN4 1#P#A $##200 PANGAN4 1#AD +0A$UN4+0N 0DA+ $#NDAPA+AN 1AN4+A0AN AN4 2#NA1
• $ASAA 0N0 #1GAD0 +USUSNA PADA #U+A10(0+
-3.CY DA10 4#N($ #1D010 DA10 1#P#A DAA$D1(S(P0A -<!Y DAA$ $ANUS0A
• S(US0 AN4 $UN4+0N:
C. $#N0N4+A+AN PANGAN4 1#AD M $UN4+0N> 7. $#$2A40 4#N($ $#NGAD0 2A40AN-2A40AN +#50
D#N4AN SUSUNAN AN4 D0+#AU0 DAN 2A40AN-2A40AN U1UAN S#5A1A 0ND00DU
<C
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 42/54
P#ND#+AAN P#N4U1UAN ED00D# AND5(NXU#1F : 2A5-2-2A5
• U1UAN B(#-4#N($# S(4UN
• D00D# AND 5(NXU#1
<7
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 43/54
P#N4U1UAN 2A5-2-2A5
• $AS0N4-$AS0N4 2A5 &2A+#10 2UAAN DAA$+1($(S($) ADAA S#+0A1 C!@+2P
• 5(#10N4 4#N($ $ANU0A $#$2UU+AN -3@@@@
2A5
• 2A5 S(4UN-D0U1+AN S#5A1A #1P0SA
- GU$A 1#P#A DAA$ $AS0N4-$AS0N4 2A5
SAN4A GAU #20 +#50 DA10 PADA 4#N($ UU
- ... $#$2UU+AN #20 2ANA+ +#1GA $ANUAD02AND0N4+AN D#N4AN P#N4U1UA B(#-4#N($# S(4UN
<3
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 44/54
$#(D# 0210D
• P#ND#+AAN D00D#-AND-5(NXU#1 DAN B(#-4#N($# S(4UN 20SA D0+($20NAS0+AN
-memperoleh perlindungan tinggi dari urutan
*hole-genom shotgun untuk %ontig singkat -men%iptakan eperangkat %ontig 2A5 dengan
perlindungan rendah
-menggunakan %ontig 2A5 untuk EmnyimpanF
%ontig pendek dalam tempat-tempat yang benar
• P#ND#+AAN 0N0 D04UNA+AN UNU+$#N4U1U+AN 4#N($ 0+US Nor*ay %oklat tahun7@C<
<<
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 45/54
Proyek pengurutan shole-genomeshotgun pertama: drosophila
melanogaster• alat buah merupakan organisme model yangumum dalam penelitian biologi
• 1angkaian *hole-genome ditulis dalam eugene$yers et al. .........................
• Ukuran genom C7@ $bp
<!
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 46/54
Pengurutan dari genom kehidupan +onsep dari
genom manusia diterbitkan pada tahun 7@@C
Dua upaya :
Proyek 4enom $anusia &konsorsium publik)
5elera &perusahaan s*asta)
4P: 2A5-by-2A5 approa%h
5elera: seluruh genom senapan sekuensing
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 47/54
%engu!u"an 'a!i genom ke(i'upanKonsep 'a!i genom manusia 'i"e!)i"kanpa'a "a(un *++,
Dua upaya :
• Proyek 4enom $anusia &konsorsium publik)
• 5elera &perusahaan s*asta)
• 4P: 2A5-by-2A5 approa%h
• 5elera: seluruh genom senapan sekuensing
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 48/54
Selanjutnya gen urutan :<!<
• Sanger seuen%ing adalah metode seuen%inggenerasi pertama yang menonjol
• 2anyak metode seuen%ing baru yang mun%ul
4enome Seuen%er /9 &<!< 0lmu kehidupan?ro%he)
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 49/54
Metode #"ng digun"$"n "d"l"& roc&e sequencer untu$
eper$u"t s"lin"n DNA tungg"l #"ng terd"p"r d"ri
perpust"$""n ,r"gen p"d" "ni$-"ni$ "g"ros" #"ng
eng"ndung oligonu$leotid" eleng$"pi "d"ptor diu.ung
,r"gen dic"pur d"l" r"sio se$it"r /:/+ 0"pur"n
diruus$"n ole& (orte1ing $u"t $ed"l" isel !e"ir #"ng
eng"ndung re"$t"n 20R di$elilingi ole& in#"$ d"n dipipet
$ed"l" c")"n i$rotiter 34 !"i$ untu$ 20R "pli,uc"tion.
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 50/54
0llumna atau soleRa olehanalyer• 2erp"n."ng"n leng"n '5 - 56 !p
• /-7 8! * '-4 d"# run – 9 $etep"t"n 3+5 * d"s"r d"l"
en."l"n$"n tungg"l
• Ketep"t"n 33+33; * consensus )it& '1 co(er"ge
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 51/54
Illun" sequenc# deng"n pende$"t"n sintesis
<el"i 0luster dicipt"$"n ole& "pli,i$"si .e!"t"n #"ng pri"
d"n $eep"t ,luorescentl# !erl"!el '-=<+ Di!lo$ir ole&
nu$leoti" dit"!"& deng"n DNA pol#er"se+
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 52/54
Be!iku"n-a.Gense$uen#ing/ %a'a"[padat
-2a%apanjang7!-3@bp
-C-74b?!-C@harirun-OAkurasiKKK<Y ? base-OAkurasiKKKKKY ?konsensus
denganC!R%akupan
7/23/2019 Dasar Biologi Molekuler Seluruh
http://slidepdf.com/reader/full/dasar-biologi-molekuler-seluruh 53/54
Pendekatan seuen%ing ligase-dimediasi erapan 2iosystems padatseuen%er. Dalam %ara yang sama dengan 1o%he?<!< emulsi P51 ampli,kasiDNA
fragmen untuk seuen%ing padat diperkuat pada permukaan C-m magnetikmanik-manikuntuk memberikansinyalyang %ukup selamareaksisekuensing dankemudian disimpan ke slide aliran sel. igase-dimediasi seuen%ing dimulaidengan anilprimerdenganurutanadaptorbersama padasetiap fragmendiperkuat dankemudianigase DNA disediakan bersama dengan Q mersneon-label tertentu yang ke-<dan basa-! di kodekan oleh kelompok neon terpasang. Setiap langkah ligasi
di ikuti oleh deteksi Vuor esensi setelah regenerasi langkah $enghapusbasis dari Q merdi ikat& termasuk kelompok Vuor es%ent) dan se%ara bersamaanmempersiapkan primer di perpanjang untuk satu putaran ligasi. &b) Prinsip t*obaseen%oding. +arena masing-masing kelompok neon pada Q mer di ikatmengidenti,kasi+ombinasi dua dasar urutan yang dihasilkan berbunyi dapat disaring untuk base
%allingkesalahan terhadap polimor,sme benar terhadap penghapusan basa tunggal