Darwin berasumsi bahwa makhluk hidup yang ada sekarang berasal dari hal yang sama, yaitu makhluk bersel satu. Setelah mengalami berbagai variasi kecil dan bertahap, ia berevolusi menjadi makhluk yang lebih kompleks, hingga menjadi seperti makhluk yang ada saat ini. Gagasannya menyatakan bahwa individu-individu yang beradaptasi pada habitat mereka dengan cara terbaik, akan menurunkan sifat-sifat mereka kepada generasi berikutnya. Sifat-sifat yang menguntungkan ini lama-kelamaan terakumulasi dan mengubah suatu individu menjadi spesies yang sama sekali berbeda dengan nenek moyangnya. Menurut Darwin, manusia adalah hasil paling maju dari mekanisme ini. Darwin menamakan proses ini evolusi melalui seleksi alam.Dalam teorinya, Darwin tidak pernah merujuk kepada asal usul kehidupan. Pemahaman sains pada masa Darwin masih beranggapan bahwa makhluk hidup mempunyai struktur yang sangat sederhana sehingga pembentukan sebuah sel hidup dari bahan tak hidup sangat mungkin terjadi. Pada saat Darwin menyusun teorinya, teori abiogenesis atau generatio spontanea masih dianut oleh dunia ilmu pengetahuan pada waktu itu, dan merupakan landasan bagi teori evolusi. Teori abiogenesis menyatakan bahwa makhluk hidup berasal dari benda mati. Namun kemudian., teori ini dipatahkan oleh teori biogenesis. Teori biogenesis menyatakan bahwa makhluk hidup berasal dari makhluk hidup. Pendukung teori ini adalah Fransisco Redi, Lazzaro Spallazani, dan Louis Pasteur.

Beberapa waktu kemudian, struktur gen dan kromosom ditemukan. Pada tahun 1950-an, penemuan struktur molekul DNA yang berisi informasi genetis menghempaskan teori evolusi ke dalam krisis. Alasannya adalah kerumitan luar biasa dari kehidupan dan ketidakabsahan mekanisme evolusi yang diajukan Darwin. Teori Darwin jatuh terpuruk dalam krisis karena hukum-hukum genetika yang ditemukan pada perempat pertama abad ke-20. Meskipun demikian, sekelompok ilmuwan yang bertekad bulat tetap setia kepada Darwin berusaha mencari jalan keluar. Mereka berkumpul dalam sebuah pertemuan yang diadakan oleh Geological Society of America pada tahun 1941. Ahli genetika seperti G. Ledyard Stebbins dan Theodosius Dobzhansky, ahli zoologi seperti Ernst Mayr dan Julian Huxley, ahli paleontologi seperti George Gaylord Simpson dan Glenn L. Jepsen, dan ahli genetika matematis seperti Ronald Fisher dan Sewall Right, setelah pembicaraan panjang akhirnya menyetujui cara-cara untuk menambal sulam Darwainisme.

Harun Yahya berpendapat bahwa makhluk hidup bukan terbentuk melalui proses evolusi dimana makhluk hidup yang berbeda tak muncul ke muka bumi dengan jalan berevolusi. Sebaliknya, by design dari rancangan Tuhan secara nyata dibuktikan dengan munculnya spesies makhluk hidup yang muncul secara serentak dan bersama-sama dengan sempurna. Teori evolusi menurut Harun Yahya hakikatnya adalah perang terhadap kepercayaan tentang adanya Tuhan pencipta alam semesta .Jika Darwin berkata bahwa makhluk hidup, termasuk manusia adalah hasil evolusi yang berasal dari makhluk bersel satu, dengan sendirinya ia menafikan kepercayaan bahwa manusia sebenarnya adalah ciptaan Tuhan yang disempurnakan sendiri oleh-Nya.Dengan teorinya yang secara khusus membantah teori Darwin yang fenomenal sekaligus kontroversial itu, Harun Yahya banyak menyebutkan dan mengalirkan data-data yang menggugurkan teori evolusi yang telah banyak disembah banyak orang. Dari beragam bukti ilmiah yang ditemukan para ilmuwan tak ada indikasi yang menyeret bahwa mahkluk hidup terbentuk melalui proses evolusi dimana makhluk hidup yang berbeda tak muncul ke muka bumi dengan jalan berevolusi. Sebaliknya, by design dari rancangan Tuhan secara nyata dibuktikan dengan munculnya spesies makhluk hidup yang muncul secara serentak dan bersama-sama dengan sempurnaSemua makhluk hidup di planet ini telah diciptakan menurut paparan kode yang ditulis dalam bahasa yang sama ini. Tidak ada bakteri, tumbuhan ataupun hewan yang tercipta tanpa DNA. Terlihat jelas bahwa seluruh kehidupan muncul sebagai hasil berbagai pemaparan yang menggunakan satu bahasa, dan berasal dari sumber pengetahuan yang sama.Hal ini menjadikan teori evolusi sama sekali tak berarti. Sebabnya adalah, dasar teori evolusi adalah "kebetulan", sedangkan peristiwa kebetulan tidak mampu menciptakan informasi. Jika suatu hari ditemukan sebuah ramuan obat yang sanggup melawan kanker tertulis di sehelai kertas, umat manusia akan bergabung untuk mencari tahu siapa ilmuwan yang terkait, serta bahkan memberikan penghargaan kepadanya.

Namun yang selama ini memprihatinkan adalah pandangan sebagian anggota masyarakat kita bahwa teori evolusi (teori Darwin) adalah teori yang mengatakan bahwa manusia berasal dari kera. Representasi keliru tentang teori evolusi tadi berpengaruh terhadap cara banyak agamawan [Islam] kita berbicara tentang evolusi. Dengan berbagai argumen dan dalil, mereka berusaha menggugurkan teori evolusi. Akan tetapi, yang sebenarnya terjadi adalah mereka berusaha menyanggah bagian kecil dari teori evolusi: bahwa manusia pun adalah produk evolusi. Mereka mungkin lupa (atau tidak tahu?) bahwa teori evolusi dimaksudkan berlaku untuk semua jenis (spesies) makhluk hidup, bahwa manusia hanyalah satu dari sekitar 1,5 juta spesies yang ada di bumi saat ini (malah ada yang menaksir sampai 50 juta spesies!).Harun Yahya sangat mengeksploitasi ketidakmampuan teori evolusi menjelaskan asal usul kehidupan. Ia sangat menekankan kompleksitas struktur sel. Sel yang paling sederhana pun memang terdiri atas mekanisme yang amat kompleks. Apa yang diutarakan Harun Yahya dalam beberapa pendapatnya memang ada benarnya. Tidak ada satupun ilmuwan yang bisa membuktikan dan yakin sepenuhnya bahwa makhluk hidup pertama, yang berupa sel purba, terbentuk secara bertahap dari pergabungan materi anorganik pada kondisi bumi purba. Semua hanya dugaan. Akan tetapi, apakah itu berarti teori evolusi telah runtuh?Teori evolusi tidak menyangkut bagaimana makhluk hidup pertama muncul, ia hanya membicarakan perubahan yang terjadi pada makhluk hidup pertama yang sudah terbentuk itu hingga sekarang dan yang akan datang. Teori asal usul kehidupan yang dibantah habis-habisan oleh Harun Yahya tadi adalah teori yang disebut abiogenesis. Menurut Isaak, benar tidaknya teori abiogenesis tidak akan berpengaruh terhadap teori evolusi.Sehubungan dengan fosil, Harun Yahya menekankan betapa catatan fosil bukannya mendukung teori evolusi, tetapi malah membantahnya. Menurutnya, jika memang terjadi perubahan dari satu spesies menjadi spesies lain, tentu ada bentuk peralihannya. Melihat banyaknya spesies makhluk yang ada, apalagi yang pernah ada, tentu bentuk peralihan itu juga sangat banyak, bahkan lebih banyak dari jumlah spesies yang ada sekarang. Yang lebih penting, bentuk transisi itu pastilah terdapat pada catatan fosil di seluruh penjuru dunia. Kenyataannya, menurutnya, tidak satupun bentuk transisi ditemukan, dan semua fosil yang ditemukan justeru membuktikan bahwa kehidupan muncul di bumi secara tiba-tiba dan dalam bentuk yang telah lengkap.Akan tetapi, ternyata beberapa pengertian tentang variasi yang dianut oleh Harun Yahya berbeda dengan yang dikemukakan oleh evolusionis. Volpe (1985) mendefinisikan evolusi sebagai perubahan komposisi genetik suatu populasi dalam perjalanan waktu. Selanjutnya, evolusi dibagi menjadi mikroevolusi dan makroevolusi. Mikroevolusi adalah perubahan frekuensi gen dalam sebuah populasi lokal, sedangkan makroevolusi adalah transformasi utama organisme dalam waktu geologi. Kemudian, variasi genetik didefinisikan sebagai perbedaan genetik di antara anggota-anggota sebuah populasi (Griffith et al., 1996). Jadi, yang dimaksud oleh Harun Yahya dengan variasi genetik itu ternyata oleh evolusionis disebut mikroevolusi. Dengan demikian, dalam pandangan evolusionis, karena antievolusionis seperti Harun Yahya mengakui adanya variasi genetik (menurut definisi antievolusionis) sebenarnya mereka mengakui adanya mikroevolusi. Mengenai makroevolusi, evolusionis mengakui bahwa memang tidak pernah ada yang mengamatinya secara langsung. Apakah itu lantas berarti bahwa makroevolusi tidak pernah terjadi? Evolusionis justeru yakin akan terjadinya. Alasannya, ada petunjuk kuat yang mengindikasikan bahwa makroevolusi memang terjadi (Duck, 1998). Di antara petunjuk itu (Colby, 1996) adalah persamaan yang amat besar di antara semua makhluk hidup dalam hal materi genetik, yakni DNA. Hanya ada 4 macam nukleotida, dan hanya ada 64 kodon yang menyandikan 20 macam asam amino untuk semua makhluk hidup (dengan sedikit sekali perkecualian). Semua kenyataan itu mustahil terjadi apabila spesies-spesies makhluk hidup terbentuk sendiri-sendiri. Penjelasan yang jauh lebih masuk akal adalah bahwa itu terjadi karena spesies-spesies berasal dari moyang yang sama. Dari spesies moyang yang sama terbentuk berbagai spesies yang lain, itulah [makro]evolusi. Isaak membantah keras bahwa tidak ada fosil transisi, dan mengatakan bahwa sejak zaman Darwin telah ditemukan ribuan fosil transisi. Diakuinya bahwa catatan fosil memang masih belang-kambingan, dan akan selalu demikian akibat erosi dan jarangnya tercapai kondisi yang cocok untuk pemfosilan. Di samping itu, transisi mungkin terjadi di populasi kecil, di kawasan yang sempit, dan/atau dalam jangka waktu yang relatif amat pendek, yang semuanya memperkecil kemungkinan mendapatkan fosil transisi.Selain itu, ungkap Duck (1998), paleontologiwan (ahli fosil) kesulitan untuk menetapkan apa yang disebut peralihan. Dicontohkannya, ada 10 marble yang bergradasi dari hitam sampai putih. Kesepuluh buah itu harus dikelompokkan menjadi 3 kelompok (A, B, C). Namun, lantas ada yang menuding bahwa tidak ada intermediat antara A dan B. Lagi pula, pengelompokan oleh orang yang berbeda bisa memberi hasil yang berbeda pula. Begitu juga dengan fosil transisi. Yang disebut peralihan oleh seseorang (evolusionis) bisa saja dikatakan bukan peralihan oleh yang lain (antievolusionis).