Citra Resdia 10505082-Tugas 3 Enzimologi

8/19/2019 Citra Resdia 10505082-Tugas 3 Enzimologi

1/10

TUGAS 3 ENZIMOLOGI

Nama : Citra Resdia

NIM : 10505082

STRUKTUR SUERSEKUN!ER "MOTI#$ !AN !OMAIN

1% &e'as(a) *er*a+ai m,tida) *eri .,)t,( e)/im a)+ memi'i(i m,ti-

terse*t

1.1 β-hairpins β-hairpin mera(a) str(tr serse()der a)+ a'i)+

seder4a)a da) terse*ar 'as da'am +',*'ar r,tei)%

M,ti- i)i me)adi daera4 loop e)de( a)tara 4idr,+e) a)ti6

ara'e' de)+a) 76strands% Loop β-hairpin memi'i(i (,)-,rmasi

sesi( a)+ *er+a)t)+ ada a)a)+ da) rta))a% Si*a)da

da) T4,mt,) me))((a) *a49a 0; β-hairpin memi'i(i

(ra)+ dari resid de)+a) mi)ima' 2 resid mem*e)t( turn

a)+ mera(a) (,m,)e) tere)ti)+% Keda resid β-hairpini)i memi'i(i sa'a4 sat (,)-,rmasi turn% Terdaat 2 ma.am tie

(,)-,rmasi tr)< ait tie I da) tie II%a% Tie I

Keda resid ada tie i)i memi'i(i (,)-,rmasi α-helix % Resid

ertama da'am turn i)i memi'i(i (,)-,rmasi α-heliks tar (iri


2/10

da) ,'e4 (are)a it *iasa)a mera(a) asam ami), +'isi)<

asar+i)< ata asartat% Resid6resid i)i daat memi'i(i

(,)-,rmasi de)+a) sdt Φ ,siti- (are)a tida( ada)a ra)tai

sami)+ de)+a) +'isi) da) (are)a i(ata)6i(ata) 4dr,+e) a)tara

ra)tai sami)+ da) ra)tai tama ")t( (ass asar+i) da)

asartat$% Resid (eda ada tie I ada'a4 +'isi)% &i(a di+)a(a)

asam ami), 'ai) ma(a a(a) teradi 4a'a)+a) steri( a)tara ra)tai

sami)+ asam ami), terse*t de)+a) ,(si+e) (ar*,)i' dari

resid a)+ sda4 ada%

*% Tie IIResid ertama dari tr) memi'i(i (,)-,rmasi a)+ 4a)a

dimi'i(i ,'e4 +'isi)% Resid (eda ada'a4 asam ami), ,'ar

seerti seri) da) tre,)i)%

C,)t,4 e)/im a)+ memi'i(i str(tr serse()der β-hairpin

ada'a4 e)/im TrmI dari ar.4ea Pyrococcus abyssi, e)/im phenol

oxidative "da'am amr$< e)/im malate synthase G, NS3 r,tease<

da) mitochondrial NAD-speci!c isocitrate dehydro"enases

"I!=s$%


3/10


4/10

1.3 Helix Hairpin

%elix hairpin ata αα -hairpin mer( ada ',, a)+

me)+4*)+(a) 2 se+me) a64e'i(s a)ti6ara'e'% Sema(i)

a)a)+ sat ',, sema(i) *a)a( 'a (,)-,rmasi a)+

m)+(i) teradi% Nam) demi(ia)< )t( ara( e)de( 4a)a

terdaat sedi(it (,)-,rmasi a)+ m)+(i) da) )t( ',, a)+

'e*i4 e)de( 'a+i< a)+ 4a)a terdiri dari da ata ti+a resid<

4a)a terdaat sat (,)-,rmasi% α64e'i(s a)ti6ara'e' a(a)

*eri(ata) me'a'i i)tera(si 4idr,-,*i( a)tara ra)tai6ra)tai

sami)+ ada daera4 erm(aa)% O'e4 (are)a it< asam ami),

4idr,-,*i( 4ars ada di ,sisi a)+ sesai da'am rta) asam

ami), )t( me)+4asi'(a) daera4 i)ti 4idr,-,*i(% &ara( a64e'i(s

tere)de( me'i*at(a) da resid a)+ memi'i(i ,rie)tasi te+a(

'rs ter4ada a@is dari 4e'i(s% Resid ertama ada'a4 asam

ami), a)+ memi'i(i sdt Φ da) Ψ ada daera4 em*ata) ata

daaera4 α−4e'i(s ada ',t Rama.4a)dra)% Resid (eda se'a'

+'isi)%


5/10

E)/im a)+ memi'i(i str(tr serse()der 4e'i@ 4airi) a)tara

'ai) !NA ,'imerase< endonuclease &&&< 'racil-DNA "lycosylase

"U!G$< (-methyladenine DNA "lycosylase &< da) e)/im A'(A "dari

)# coli$

1.4 α-α-corner!aera4 loop e)de( a)+ me)+4*)+(a) 4e'i(s64e'i(s se.ara

te+a( 'rs sat sama 'ai) di(ata(a) se*a+ai α-α-corner %

K,)-,rmasi i)i 4a)a daat dimi'i(i saat da 4e'i(s mem*e)t(

sdt tar (a)a)% &i(a 4e'i(s64e'i(s ter4*)+ )t(

mem*e)t( sdt tar (iri ma(a a(a) teradi ri)ta)+a) steri(%


6/10

U)+ C ada resid 4e'i(s ertama< a)+ memi'i(i (,)-,rmasi α64e'i(s

tar (iri< 4ars memi'i(i ra)tai sami)+ a)+ e)de( )t(

me)+4i)dari ri)ta)+a) steri(% Resid i)i *iasa)a ada'a4 +'isi)% Resid

ertama dari 4e'i(s (eda< a)+ memi'i(i (,)-,rmasi β< memi'i(i resid

asam ami), ,'ar< seerti seri) ata asartat< a)+ daat mem*e)t(

i(ata) 4idr,+e) de)+a) ++s N= *e*as ada )+6N a(4ir dari 4e'i(s

(eda% Resid sat dari αα6.,r)er se'a' mera(a) asam ami),

de)+a) ++s 4idr,-,*i( da) a(a) *eri)tra(si de)+a) ra)tai sami)+

),),'ar dima)a )+ dari (eda 4e'i(s sa'i)+ *er4*)+a) sat

sama 'ai)% C,)t,4 e)/im a)+ memi'i(i str(tr serse()der α-α-

corner ada'a4 e)d,)('ease da) e)/im6e)/im restri(si !NA%

1.5 Helix-Turn-Helix

!aera4 loop a)+ *er4*)+a) de)+a) se+me) α64e'i(s memi'i(i

-)+si e)ti)+% Se*a+ai .,)t,4< da'am ara'*mi) terdaat m,ti-

helix-turn-helix a)+ m).' ti+a (a'i da'am str(tr)a% !a dari

(eti+a m,ti- i)i die)+ar4i ,'e4 teri(at)a (a'sim ,'e4 ra)tai


7/10

sami)+ (ar*,(si' da) ra)tai tama ++s (ar*,)i'% M,ti- i)i ada

dia)tara 4e'i(s E da) # ada ara'*mi) "E# 4a)d$% M,ti- i)i +a

m).' ada r,tei)6r,tei) a)+ se)sitie ter4ada (a'sim seerti

.a'm,d'i) da) tr,,)i) C% E# 4a)d ter*at dari ',, de)+a) 12 resid

a)+ memi'i(i resid asam ami), ,'ar da) 4idr,-,*i( ada ,sisi

'estari% =a' i)i e)ti)+ )t( r,ses e)+i(ata) i,) ',+am da)

mem*e)t( i)ti 4idr,-,*i( a)+ sta*i'% G'isi) *erada ada ,sisi

(ee)am ada ',, )t( a'as a) str(tra'% I,) (a'sim *er(,,rdi)asi

se.ar ,(ta4edra' de)+a) ra)tai6ra)tai sami)+< ++6++s ada

ra)tai tama< da) e'art%

1.6 β-α-β-motifsβ−stra)ds a)ti6ara'e' daat di4*)+(a) me'a'i i(ata)

,'ietida e)de( mem*e)t( st(tr β− hairpin% Se*a'i()a< β−

strands ara''e' ter4*)+ me'a'i ra)tai a)+ 'e*i4 a)a)+

a)+ me'e9ati β− sheet da) me)+a)d)+ se+me) α−4e'i(s


8/10

se.ara teratr% M,ti- i)i di)ama(a) m,ti- β−α−β da) *a)a(

ditem(a) da'am r,tei)6r,tei) a)+ memi'i(i *6stra)ds

ara''e'% !aera4 ',, a)+ me)+4*)+(a) stra)d ada

se+me)6se+me) 4e'i(s daat memi'i(i a)a)+ a)+ *er*eda6

*eda% A(sis 4e'i( *erada ara'e' de)+a) β -strands da) (eti+a

e'eme) str(tr se()der *eri)tera(si sat sama 'ai)

mem*e)t( i)ti 4idr,-,*i(% ada r,tei)6r,tei) terte)t< ',,

me)+4*)+(a) )+ (ar*,(si a(4ir ada β -strands ertama

de)+a) )+ ami), a(4ir sat 4e'i(s de)+a) me'i*at(a)

e)+i(ata) 'i+a) ata s*strat% M,ti- β−α−β seri)+)a memi'i(i

'iata) tar (a)a) seerti ada +am*ar *eri(t :

C,)t,4 e)/im a)+ me)+adatasi str(tr serse()der i)i

ada'a4 e)/im LsB< irat (i)ase< L6La.tate de4idr,+e)ase< da)

a'd,'ase%


9/10

2% Aa a)+ dima(sd de)+a) d,mai) ?eri .,)t,4 !,mai) r,tei) ada'a4 )it6)it a)+ ter4*)+ sat sama 'ai) a)+

memi'i(i *er*a+ai ariasi str(tr< -)+si< da) .ara me'iat "-,'di)+

*e4ai,r$ a)+ *er*eda6*eda da) tida( *er+a)t)+ sat sama 'ai)%

Tia6tia d,mai) daat diide)ti(asi(a) *erdasar(a) 'iata))a%

?e*eraa r,tei) 4a)a memi'i(i d,mai) t)++a'< seme)tara a)+

'ai))a memi'i(i *e*eraa d,mai)% Sem'a4 ra)tai r,tei) +',*'ar

terdiri dari da ata ti+a d,mai) a)+ m).' se*a+ai D',*es%

!a'am(ass 'ai))a< d,mai) daat *er*eda de)+a) (eadaa) as'i)a<

seerti misa')a r,tei)6r,tei) a)+ *erada da'am mem*ra) se'

memi'i(i d,mai) i)trase' ata e(strase' a)+ daat di*eda(a)% a)a)+

d,mai) daat *erariasi dari 25 samai 200 asam ami),% C,)t,4)a

ada'a4 rate (i)ase a)+ memi'i(i 3 d,mai)%


10/10

Citra Resdia 10505082-Tugas 3 Enzimologi

Documents

Transcript of Citra Resdia 10505082-Tugas 3 Enzimologi