Dasar dasarDasar-dasar Diagnostik Mikrobiologi

Dr.Sofyan LubisDepartemen Mikrobiologi FK USUDepartemen Mikrobiologi FK USU

Medan

SPESIMENSPESIMEN

KLINIK

DIRECT TESTING CULTURE/ISOLATION

MACROSCOPIC :

.Deteksi Antigen

G P b

TESTS ON ISOLATES :

.Biochemical testingGene Probes

MICROSCOPIC :

Gram stain

Serotyping

Uji kepekaan

Gene probesAcid-fast stain

FAT

Gene probes

Phage typing

Percobaan hewanGene probes

Diagnosis Lab. Penyakit Infeksig y

1 Bacteriologic Approach1. Bacteriologic Approach2. Immunologic ( serologic ) Approach

Bacteriologic approach :g pp

1. Memilih spesimen klinik yang sesuai, untuk p y g ,ini perlu memahami patogenesis dari infeksinya

2 P bil i d b k2. Pengambilan spesimen dengan benar untuk menghindari terkontaminasi dengan flora normalnormal

3. Pengiriman spesimen secepatnya ke Lab atau di simpan di lemari es.

4. Informasi klinis yang diperlukan,untuk memilih metode /prosedur yang tepat.

U b t i l i l b t k• Umumnya bacteriologic laboratory work dibagi dalam 3 tahap , yaitu :

Ob i di di i• Observasi sediaan yang diwarnai secara mikroskopis( direct microscopic exam. )

• Memperoleh biakan murni (pure culture) dariMemperoleh biakan murni (pure culture) dari mikroorganisme dengan membiakkan spesimen klinik di mediaId tifik i i l t t l i d• Identifikasi isolat, antara lain dengan :

» Uji biokimia» Pertumbuhan di media selektif» Aglutinasi ,co-aglutinasi, latex aglutinasi» Immunofluorescence» DNA probes» DNA probes

Pemeriksaan awal :Pemeriksaan awal :

• Direct microscopic examination :Direct microscopic examination :• Pemeriksaan sediaan basah (wet mount)• Pemeriksaan sediaan yang di fiksasi dan diwarnai:Pemeriksaan sediaan yang di fiksasi dan diwarnai:

– Pewarnaan Gram– Pewarnaan tahan asam– Fluorescent antibody test

Tahap-tahap diagnosis Lab.p p g1. Pengambilan spesimen klinis2 P ik di di i2. Pemeriksaan sediaan yang diwarnai

dengan Gram, Z-N, dll3. Pembiakan spesimen klinis di media

tertentu untuk medapatkan biakan murni ( isolated colony )

4. Identifikasi isolat5. Antibiotic susceptibility tests

Tahap-tahap diagnosis Lab.p p g1. Pengambilan spesimen klinis2 P ik di di i2. Pemeriksaan sediaan yang diwarnai

dengan Gram, Z-N, dll3. Pembiakan spesimen klinis di media

tertentu untuk medapatkan biakan murni ( isolated colony )

4. Identifikasi isolat5. Antibiotic susceptibility tests

Bakteri yang sukar diwarnai dengan Gpewarnaan Gram

Mikroorganisme AlasanMikroorganisme Alasan.M.tuberculosis .Lipid di dinding sel,sehingga

zat warna sukar lewat.M.pneumoniae .L.pneumophila

.Sangat keci;,dinding sel (-)

.Pengikatan counterstain jelek.Chlamydia sp. .Rickettsiae sp.

.Sangat kecil,intraselular

.Sangat kecil, intraselularT l l i i ( hi ).T.pallidum .Terlalu tipis (thin )

Media yang lazim dipakai :Media yang lazim dipakai :Medium Bakteri yang diisolasiAgar Darah Bermacam bakteri•Agar Darah

•Agar Bodet-GengouB ff d h l

•Bermacam bakteri•B.pertussisL hil•Buffered charcoal

yeast extract ( BCYE)•L.pneumophila

•Agar Chocolate•Egg Yolk agar

•N.meningitidis, N.gonorrh•Cl.perfringens

•EMB & Mac Conkey•Loeffler serum

•Batang gram negatif•C.diphtheriae

•TSI •Batang gram negatif

Bacteriologic MethodsBacteriologic Methods1. Biakan darah2. Biakan usap tenggorok3. Biakan sputump4. Biakan cairan spinal5. Biakan tinja ( feses)6. Biakan air kemih7. Biakan sekret tractus genitalis8. Biakan luka dan abses

Bacteriologic MethodsBacteriologic Methods

• A GUIDE TO “ FIVE I TION”A GUIDE TO FIVE I … TION

1 INOCULA TION1. INOCULA TION2. INCUBA TION3 ISOLA TION3. ISOLA TION4. INSPEC TION5. IDENTIFICA TION

Isolasi & Inspeksip

• Karakteristik pembiakan :Karakteristik pembiakan :• Deskripsi koloni di media padat :

» Diameter koloniPi i k l i ( tli )» Pinggir koloni ( outline)

» Elevasi» Clear, opaque, translucent» Warna koloni ( terutama fermentasi laktosa)» Hemolisis : alpha, beta

• Kondisi yang mendorong/menghambat :y g g g» Atmosfir pertumbuhan» Inhibitor di dalam medium

Atmosfir pertumbuhanAtmosfir pertumbuhanGrowth Atm. Deskripsi dan Contoh

•Strict(obligate) aerobe •Memerlukan O2 atm.•Pseudomonas aeruginosa

St i t ( bli t ) Tid k t l t thd O2 t•Strict (obligate) anaerobe

•Tidak tolerant thd O2 atm•Bacteroides fragilis

•Facultative anaerobe •Tumbuh baik dlm suasana aerobik,tapi dpt p pjuga tumbuh dalam suasana anaerobik•Staphylococcus, E.coli

•Aerotolerant anaerobe •Anaerobic tapi tolerant thd O2Aerotolerant anaerobe Anaerobic, tapi tolerant thd O2•Cl.perfringens

•Microaerophilic orgs. •Lebih suka kadar O2 rendah•Campylobacter, Helicobacter

•Capnophilic org. •Lebih suka kadar CO2 tinggi•Neisseria spp.

Antigen detection tests:g• Uji deteksi Ag. ini dapat dilakukan pada :

• Spesimen yang berasal dari pasien ( direct antigen test ): urine, CSF, serum, throat swab

• Biakan murni ( isolat ).

• Metode yang dipakai:• Fluorescent antibody test• Co-agglutination• Latex agglutination• Latex agglutination

Identifikasi m.o. dgn antiserum dik h iyang diketahui

1 Capsular swelling test ( Quellung )1. Capsular swelling test ( Quellung )2. Slide agglutinasi test3 L t l ti ti t t3. Latex aglutination test4. Counter-Immuneelectrophoresis Test5. ELISA ( Enzyme-Linked Immunosorbent Assay)

6 FAT ( Fluorescent-Antibody Test)6. FAT ( Fluorescent-Antibody Test)

Quellung Testg

• Dengan quellung test ini m o dalam spe-Dengan quellung test ini m.o. dalam spesimen klinis dapat langsung diidentifikasi

• Prinsip dari test ini ialah kapsul bakteri• Prinsip dari test ini ialah kapsul bakteri akan mengembang ( swell) jika kontak dengan antiserum homolog contoh :dengan antiserum homolog, contoh :

• S.pneumoniae• H influenzae tipe b• H.influenzae tipe-b• N.meningitidis group A dan C

Slide agglutination testgg

• Koloni-koloni yang dicurigai sebagaiKoloni koloni yang dicurigai sebagai Salmonella dan Shigella dapat di identifi-kasi jika terjadi aglutinasi (clumping)kasi jika terjadi aglutinasi (clumping) sewaktu di tambahkan antisera spesifik.

• Antisera terhadap antigen O ( cell wall )Antisera terhadap antigen O ( cell wall )• Antisera terhadap antigen H (flagellar)• Antisera terhadap antigen Vi Salmonella (kapsul)p g ( p )

Latex agglutination testgg

• Latex beads yang di konjugasikanLatex beads yang di konjugasikan (coated) dengan Ab spesifik akan meng-gumpalkan m o tertentugumpalkan m.o tertentu

• Tes ini dipakai untuk menentukan adanya capsular antigen dari bakteri :adanya capsular antigen dari bakteri :

• H.influenzae• N meningitidis• N.meningitidis• Beberapa species dari streptococci• C.neoformans

CIEP

• Tes ini dipakai untuk mendeteksi ter-Tes ini dipakai untuk mendeteksi terdapatnya kapsular antigen di cairan spinal dari :spinal dari :

• H.influenzae tipe-b• N.meningitidisN.meningitidis• S,pneumoniae• Strep. Beta-hemoliticus grup-B

Bagaimana kalau kultur negatif ?1. Antibody detection tests2 A i d i2. Antigen detection tests3. Deteksi nucleic acids dalam spesimen

1. PCR

2. DNA probes

Antibody detection tests:y

• Deteksi IgM antibodi merupakan indikasiDeteksi IgM antibodi merupakan indikasi dari current infection

• Terdapatnya rising titre ( 4 x atau lebih)• Terdapatnya rising titre ( 4 x atau lebih) antara acute serum sample daan convalescent sampleconvalescent sample

• Titer IgG antibody tunggal sukar ditafsir-k k h t i f ti tkan apakah current infection atau previous infection

Serologic (antibody-based) Testsg ( y )

• Uji serologis ini untuk :

• Diagnosis penyakit infeksiDiagnosis penyakit infeksi• Diagnosis penyakit autoimmune

P t bl d t d HLA t• Penentuan blood type dan HLA type

Uji Serologis pada penyakit infeksi :j g p p y

1. Organisme penyebabnya belum dapat di1. Organisme penyebabnya belum dapat di kultur :T.pallidum, Hepatitis A,B,C

2. Organisme penyebabnya sangat2. Organisme penyebabnya sangat berbahaya jika dibiakkan:Rickettsiae

3. Teknik pembiakan belum tersedia:3. Teknik pembiakan belum tersedia: HIV,EBV

4. Masa inkubasi untuk tumbuhnya koloni4. Masa inkubasi untuk tumbuhnya koloni memerlukan waktu yang sangat lama:Mycoplasma