iGEM BAU(IPB)-INDONESIA 2013

HANDBOOK

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2012-2013

PENDAHULUAN

Synthetic biology adalah aplikasi sistem biologi secara in vitro yang banyak memunculkan aplikasi biologi molekular untuk kesejahteraan manusia, mulai dari bidang kesehatan sampai ke lingkungan hidup. Aplikasi ini berfokus pada pengkonstruksian perangkat

dasar berupa potongan-potongan DNA (part) fungsional. Part-part tersebut saling

dihubungkan untuk membangun suatu sirkuit genetik utuh secara praktis dan

murah. Konstruksi kehidupan dalam sel ini dapat dirakit dari sebuah katalog part

yang telah distandarisasi dan dikenal dengan Biobrick part.

Para ilmuwan genetik menganggap bahwa alam adalah satu set produk

fungsional untuk mengubah dan meningkatkan daya guna organisme. Sementara

para ahli biologi sintetik menganggap bahwa semua makhluk hidup hanyalah peti

roda genetik yang dapat kita eksplorasi keluar sel dimana sangat berpotensi dalam

menciptakan mesin-mesin baru yang kita inginkan. Part yang menyandikan kode

baru akan diimplantasikan ke dalam suatu sel dimana part-part tersebut sebagian

besar berasal dari beberapa organisme berbeda. Output dari konstruksi akan

menghasilkan sistem biologis sel dan menghasilkan sifat-sifat tertentu yang tidak

ada di alam menjadi sesuatu yang ada di alam.

Ketertarikan dalam mengembangkan ilmu biologi sintetik masih minim.

International Genetically Engineered Machine (iGEM) Foundation

merupakan suatu yayasan yang mendedikasikan dirinya untuk pendidikan dan

persaingan, kemajuan biologi sintetik, dan pengembangan komunitas terbuka serta

kolaborasi. Pada 2012, IGEM berputar keluar dari MIT dan menjadi sebuah

organisasi nirlaba independen yang berlokasi di Cambridge, Massachusetts,

Amerika Serikat. Yayasan iGEM mendorong penelitian ilmiah dan pendidikan

melalui pengorganisasian dan pengoperasian seperangkat alat biologi molekuler.

Salah satu programnya adalah iGEM competition.

iGEM competition merupakan kompetisi bagi mahasiswa di bidang biologi molekular dan aplikasinya, yaitu synthetic biology. Peserta yang terdiri dari tim mahasiswa akan diberikan seperangkat DNA berupa

empat macam plasmid kering dari Registry of Standard Biological Parts

(disponsori oleh IDT-iGEM) untuk mendesain sendiri suatu sistem

2

biologi/Biobrick dan mengoperasikannya di dalam sel hidup.

Indonesia merupakan salah satu negara berkembang yang kaya akan

sumberdaya alam. Di saat Era globalisasi seperti sekarang ini Indonesia membutuhkan peran banyak pemuda yang memiliki minat terhadap ilmu pengetahuan dasar dan aplikasi teknologinya dalam memberikan kontribusi terhadap bangsa guna meningkatkan kualitas dan martabat bangsa Indonesia di mata dunia. Kreatifitas dan kemauan untuk memanfaatkan sumberdaya alam

yang melimpah tidak akan pernah bisa maksimal tanpa didasari ilmu pengetahuan.

Sebagai generasi muda yang sedang menimba ilmu dalam cakupan ilmu alam

dasar (MIPA) mahasiswa perlu mempertajam intuisi dengan ikut serta beragam

kegiatan ekstrakurikuler sehingga memunculkan tenaga terampil berbasis

pengetahuan yang mampu mengelola, mengatur, maupun meningkatkan nilai

ekonomi sumber daya alam Indonesia.

Generasi muda yang sejak awal sudah berinteraksi ilmu dan aplikasinya

dalam teknologi diharapkan mampu memberi solusi terhadap permasalahan yang

dihadapi Indonesia, meliputi berbagai bidang antara lain sosial, ekonomi,

kesehatan, pendidikan, lingkungan, pertanian, industri, infrastruktur, dan sektor

lainnya. Salah satu upaya untuk meningkatkan prestasi Indonesia di dunia internasional adalah dengan berperan aktif dalam berbagai kompetisi di taraf internasional. Salah satu kompetisi Internasional yang paling bergengsi untuk kalangan akademisi di bidang biologi molekular pada saat ini adalah iGEM. Biologi sintetik

menjadi peran penting dalam peningkatan kualitas riset nasional dan percepatan

pengembangan ilmu pengetahuan. Oleh karena itu, mahasiswa diharapkan turut

berpartisipasi dalam kompetisi ini agar memberikan kontribusi keilmuan bidang

Biologi sintetis di Indonesia.

iGEM tidak hanya mendorong mahasiswa untuk merancang protokol

penelitian mereka sendiri tetapi juga memberikan pengalaman bersama dalam tim

untuk suatu pekerjaan lab besar, mengatur dan mengontrol dana penelitian serta

menjadi seorang administrator dan ilmuwan. Setiap tim harus

mendokumentasikan dan mempublikasikan setiap langkah dari proyek penelitian

3

pada wiki tim sehingga publik dapat membacanya. Kompetisi ini juga membuka

wawasan dan pandangan mahasiswa untuk terus maju dalam dunia pendidikan

sains. Pentingnya berbagi pengetahuan dan saling membangun proyek sesama tim

sangat diterapkan dalam kegiatan ini sehingga iGEM menjadi suatu wadah untuk

meng-upgrade serta mengkomparasi kemampuan generasi muda bangsa Indonesia

dalam dunia sains secara internasional. Kita tidak akan pernah tahu sejauh mana

perkembangan sains di tiap negara. Karena dasarnya perkembangan ilmu

pengetahuan sains tiap negara berbeda. Oleh karena itu, iGEM tidak hanya

menjadikan suatu kegiatan bersifat kompetitif tetapi juga memberikan sarana

bagi tim untuk berbagi , bertanya dan belajar kepada tim-tim negara lain

sehingga semua mahasiswa dalam tim terlibat untuk mengembangkan ilmu

biologi sintetik dan proyeknya.

Berikut aspek fundamental yang perlu diperhatikan dan dipelajari oleh tim untuk

menjalani kompetisi :

1. Molecular/microbiology

2. Synthetic biology (biotechnology, computational,bioinformatics)

3. Engineering

4. Teamwork

5. Running a team

6. Lab organization

7. Running experiment (included Biosafety Protocol)

8. Scientific communication

9. Scientific presentation

10. Public speaking (Human Practices)

11. Wiki

TUJUAN KOMPETISI

Tujuan kompetisi ini adalah untuk:

1. Meningkatkan pengalaman, pengetahuan, dan jaringan di tingkat internasional

2. Menerapkan dan meng-upgrade ilmu dasar alam yang telah didapatkan.

3. Memperkenalkan potensi sumber daya manusia Indonesia ke tingkat

Internasional

4

4. Menjadi wadah interaksi ilmiah antar pelajar Indonesia di berbagai belahan

dunia dan pihak-pihak terkait di tanah air untuk pengembangan ilmu dan

teknologi.

5. Melalui interaksi ilmiah lintas bidang tersebut diharapkan dapat membangun

generasi penerus bangsa yang cerdas, komprehensif, dan kompetitif (Insan

Kamil).

6. Membawa nama baik almamater, bangsa, dan negara.

7. Menumbuhkan nasionalisme untuk bersama membangun Indonesia melalui

penguatan dan akselerasi riset nasional sebagai pondasi pembangunan ekonomi

berbasis ilmu pengetahuan.

NAMA KOMPETISI

iGEM (International Genetically Engineered Machine) Competition 2012

TEMA KOMPETISI

Synthetic Biology, based in standard parts

HASIL YANG DIHARAPKAN

Bagi Tim (mahasiswa)

Mahasiswa dapat mewakili Indonesia dalam iGEM competition.

Mahasiswa dapat memberikan ide kreatif yang dapat diimplementasikan.

Mahasiswa mendapat pengetahuan di tingkat internasional, dengan adanya

interaksi dengan mahasiswa luar negeri.

Mahasiswa memiliki kesempatan untuk menambah relasi secara luas.

Bagi Instansi yang mendukung

Sebagai bentuk dukungan terhadap terciptanya generasi masa depan yang

berprestasi di kancah internasional.

Sebagai bentuk investasi sosial terhadap terciptanya sumber daya manusia yang

berkualitas.

Sebagai sarana pengembangan produk yang berkualitas yang diharapkan

5

mampu digunakan secara aplikatif oleh perusahaan/industri bagi kesejahteraan

masyarakat dimulai dari segi kesehatan hingga lingkungan.

Bagi Institut Pertanian Bogor dan masyarakat

Dapat membawa nama baik universitas di mata dunia serta dapat

merepresentasikan bangsa (masyarakat) di tingkat global.

Semakin dikenalnya universitas dan bangsa oleh publik internasional.

Aplikasi hasil riset untuk peningkatan kesejahteraan masyarakat.

WAKTU KOMPETISI

Pre-Jamboree Regional : Januari - September 2013, Indonesia (Summer Camp)Asia Jamboree Regional : Oktober 2013, HKUST, Hong Kong-China / Japan

KRITERIA PENILAIAN

KOMPETISI JAMBORE iGEM REGIONAL ASIA 2012

Tahun 2013 kami akan memilih struktur tim dan proyek berjenis ‘WetWare

Project’. Tim dapat terdiri dari mahasiswa sarjana dan pascasarjana (belum

menerima gelar master). Penilaian kompetisi iGEM secara umum dilihat dari

keasliannya, kerja keras, kekuatan keilmiahan, kebermanfaatan,, pengaruh sosial

terhadap masyarakat, dan kreatifitas untuk menamakan suatu kebaharuan. Tim

dapat memperoleh medali dengan menominasikan timnya melalui formulir

penilaian (judging form). Berikut persyaratan yang harus ditempuh suatu tim

untuk memperoleh suatu medali :

Medali perunggu

1. Meregistrasikan tim, memiliki kegiatan musim panas yang baik (summer camp)

dan berencana mengikuti jamboree iGEM Regional

2. Berhasil melengkapi dan menyerahkan formulir penilaian (judging form) iGEM

2012

3. Memberikan deskripsi proyek tim dan menyebutkan part-part yang digunakan

ke bagian Registry of Standard Biological Parts melalui wiki iGEM.

6

4. Berencana menghadirkan sebuah poster dari tim dan siap menyampaikan

proyeknya di kegiatan jamboree iGEM

5. Memasukkan informasi secara detil terkait part baru dari standar Biobrick yang

diciptakan oleh tim ke Registry of Standard Biological Parts (minimal satu),

diantaranya informasi sekuen asam nukleat primer, deskripsi fungsi dari

masing-masing part, kepengarangan/daftar pustaka, catatan keamanan hayati

proyek dan keselamatan kerja di laboratorium (harus relevan dengan proyek

yang dilaksanakan), dan pengakuan sumber dan referensi berdasarkan

pengerjaan proyek.

6. Menyerahkan DNA dari hasil Biobrick part yang baru ke Registry (minimal

satu)

Medali perak

1. Memenuhi persyaratan medali perunggu

2. Mendemonstrasikan desain Biobrick part tim yang baru, mengkarakterisasi

masing-masing part tersebut serrta mengkonstruksikan sistem kerjanya

sebagaimana yang diharapkan

3. Memasukkan informasi dan dokumentasi lainnya pada bagian Registry ‘Main

Page’

Medali emas

1. Memenuhi persyaratan medali perunggu dan perak

2. Improvisasi fungsi Biobrick part yang telah ada (diciptakan oleh tim lainnya

atau institusi tim pada tahun sebelumnya) dan telah terdaftar di Registry .

Hasil improvisasi dimasukkan ke Registry bagian “Experience”. Tim

diharapkan dapat menciptakan halaman Registry baru dari hasil improvisasi

part tersebut.*Improvisasi part yang dimaksud adalah mengembangkan fungsi

dan kemudahaan penggunaan part sehingga dapat menyatukan antar part

lainnya dalam kesatuan Biobrick yang didesain. Contohnya: kekuatan ekspresi

dari sebuah part akibat mutasi sekuen DNA, pemodifikasian satu atau sedikit

bagian dari part yang telah ada. Dalam pengkonstruksiannya, hasil modifikasi

menunjukkan fungsi part yang lebih baik dibandingkan fungsi part

7

sebelumnya. Improvisasi juga bertujuan untuk meningkatkan vektor kloning

dan ekspresinya sehingga dapat digunakan dengan mudah oleh masyarakat,

memperbaiki dan melaporkan bahwa part yang telah ada bersifat non-

fungsional. Data disajikan dalam bentuk percobaan yang dibandingkan antara

part asli/yang telah ada dan hasil improvisasi.

2. Tim diharapkan dapat membantu tim iGEM lainnya dengan mengkarakterisasi

dari sebuah part, mengkonstruksi bangunan Biobrick part, atau

mensimulasikan sistem kerjanya.

3. Memberikan cara pendekatan ke masyarakat terkait isu seputar biologi sintetik

yang berhubungan dengan proyek tim, termasuk keselamatan kerja di

laboratorium, keamanan hayati proyek, etika, paten, sharing project, dan

inovasi.

Penghargaan Spesial/Special Prizes

Penghargaan ini diberikan kepada tim yang memiliki inovasi spesifik dan

kontribusi (berupa prestasi) yang unik bagi iGEM. Penentuan nominasi special

prizes dilakukan dengan memperhatikan pengujian lab, penyerahan Biobrick part

dan kualitas Registry, validitas keilmiahan, publikasi, dan integritas data, model

komputasional, dan kualitas proyek yang aplikatif.

a. Best Human Practices Advance

Tim meyakinkan masyarakat bahwa biologi sintetik aman dan baik diterapkan

dalam pengembangan suatu produk serta menemukan berbagai cara membimbing

masyarakat untuk mengetahui pengaruhnya biologi sintetik di bidang

bioteknologi.

b. Best BioBrick Measurement Approach

Kebanyakan part belum terkarakterisasi. Improvisasi part yang telah terdaftar

sebelumnya di Registry sangat diperlukan. Desain terbaik tim dalam

pengkarakterisasian dan pengembangan part yang telah terdaftar akan

memperoleh penghargaan ini, terlebih tim yang dapat mengimplementasikan

metode baru untuk mengakarakterisasinya.

8

9

c. Best Model:

Simulasi model matematis dan komputer menyediakan cara terbaik untuk

mendeskripsikan fungsi dan operasi Biobrick part seta perangkatnya.

d. Best New BioBrick Part, Natural:

Kebanyakan secara genetik masih banyak Biobrick part yang belum terkode

fungsinya. Fakta lebih lanjut, kelimpahan gen yang ada di alam belum

sepenuhnya tersekuen. Untuk itu, banyak kesempatan untuk menemukan fungsi

baru dan yang terkode dengan baik. Terlebih dapat mengkonversikan sekuen ke

dalam Biobrick standard biological parts.

e. Best New BioBrick Device, Engineered

Perangkat BioBrick baru dapat dikembangkan dari kombinasi Biobrick part

yang telah ada. Sebagai contoh, pengembangan bagian inverters, amplifier, smell

generators, protein ballon generator, senders, receeivers, actuators, dan bagian

lainnya.

f. Best software tool

Tim menciptakan suatu perangkat lunak yang baik berdasarkan part standar

biologi sehingga memudahkan semua ssitem rekayasa biologi sintetik. Perangkat

tim harus disajikan secara jelas dan mudah ditemukan pada wiki tim.

g. Best New Standard

Standar perakitan Biobrick beserta part-part-nya akan memudahkan tim dalam

mengkonstruksikan part. Tim juga dapat mengembangkan system standar untuk

mengukur aktivitas promotor, menentukan part-part yang kompatibel, cara

menggambarkan dan mengendalikan pasca-translasi modifikasi, dan menetukan

standar dari inang-inang tertentu. Standar terbaru harus disajikan secara jelas dan

mudah ditemukan pada wiki tim.

10

h. Best Wiki

Wiki tim adalah suatu ‘wajah’, yang menggambarkan keseluruhan dari proyek

tim. Fungsi wiki adalah sebagai sumber informasi utama proyek yang berguna

bagi tim iGEM ke depan, tak lain sebagai referensi tim lainnya.

i. Best Poster

Poster sebaiknya menarik, jelas, dan menggambarkan proyek tim secara singkat.

j. Best Presentation

Presentasi sebaiknya jelas, menarik perhatian, dan menkomunikasikan proyek tim

kepada audiens secara luas.

11

Beberapa tim akan diseleksi pada jambore tingkat regional untuk maju jambore tingkat dunia di MIT. Selain medali dan penghargaan

spesial, komite penjurian akan memberi penghargaan pada bidang spesifik berikut pada Jambore iGEM tingkat dunia.

1. Best Food & Energy Project: manusia, pesawat, dan kendaraan membutuhkan pasokan makanan. Penghargaan ini diberikan

kepada tim yang mampu menciptakan suatu bioteknologi yang bertanggung jawab dalam memproduksi makanan atau energi,

tanpa kekurangan dan tanpa merugikan lingkungan pada masa mendatang.

2. Best Environment Project: menciptakan bioteknologi yang mampu menyediakan udara bersih, air minum segar dan sehat,

merestorasi kualitas tanah, teraformasi asteroid terdekat bumi, melindungi,melestarikan atau meningkatkan keanekaragaman

hayati.

3. Best Health & Medicine Project: masalah kesehatan dan medis dapat ditangani oleh peningkatan bioteknologi. Proyek tim akan

dinilai dari bagaimana biologi sintetik dapat melakukannya.

4. Best Manufacturing Project: Nanoteknologi dapat dikembangkan dengan biologi sintetik. Adapun pengendalinya adalah

ribosom, organel rakitan terpogram dan bertanggung jawab terhadap produksi produk-produk yang bermanfaat. Proyek yang

dinilai untuk penghargaan ini adalah bagaimana biologi dapat memprogram ribosom untuk memproduksi sesuatu yang berguna.

5. Best New Application Area: tim menciptakan ide yang mana manusia belum terpikirkan sebelumnya atau jika mereka lupa

mengatakan ke orang lain, membayangkan aplikasi baru bagi perkembangan bioteknologi.

6. Best Foundational Advance: penemuan dan penerapan rekombinasi DNA yang memungkinkan kita dapat merakit suatu gen

baru yang berfungsi merestriksi material genetik. Hal ini memungkinkan adanya evolusi dari biologi sintetik.

7. Best Information Processing Project: keragaman dan kelimpahan sifat-sifat biologis maupun perilaku telah menjadi sebuah

tantangan dalam pengolahan informasi yang besar. Proyek ditujukan pada penyajian suatu sistem pengolahan yang inovatif yang

memungkinkan kita dapat menavigasi dan menggunakan banyak informasi secara efektif.

12

8. Best Software Tool: terkadang perangkat lunak biologi terabaikan dalam area penelitian biologi sintetik. Penghargaan ditujukan

kepada proyek tim yang dapat mendesain pengkodean protein secara efektif sehingga pengguna dapat mengaksses Registry dan

part-part yang ada secara bersamaan.

Kalender Kegiatan iGEM 2012

Batas waktu

Kegiatan

Februari/Maret

Registrasi iGEM 2012 dibuka

31 MaretRegistrasi iGEM 2012 ditutup; batas waktu biaya registrasi tim

April/Mei Penerimaan kit DNA oleh timJuli Teachers Workshops

15 Juli Penyerahan deskripsi proyek

7 September

Waktu pembayaran biaya kehadiran pada Jambore RegionalPengajuan tema proyek timPenyerahan abstrak proyekPenyerahan data tim rosterPengisian safety questions

13

Eropa, Asia, Amerika bagian selatan

26 September

Penyerahan proyek bagian dokumentasi lainnya, termasuk semua jenis kriteria medalPenyerahan BiobrickPart DNA ke Registry iGEMPengisian formulir penilaian/judging form

3 Oktober Pembekuan Wiki tim pukul 11:59pm, EDT

5-7 OktoberJambore Regional 2012 : Eropa, Asia, Amerika bagian selatan

12-14 Oktober

Jambore Regional 2012: Amerika bagian timur, Amerika bagian barat

26 Oktober

Pembiayaan kehadiran di Jambore tingkat duniaPembekuan Wiki tim tingkat dunia pukul 11:59pm, EDTPenyerahan part DNA tambahan ke Registry iGEM (bukan prasyarat)

2-5 November

Jambore iGEM Tingkat Dunia 2012, Cambridge, MA

Timeline iGEM (BAU) IPB Summer Camp 2013 (calender event 2013 soon)

Desember Time and additional

14

Pre-summer camp1. Pembuatan BAU (IPB) iGEM Handbook 2013 Indonesia version2. iGEM BAU (IPB) publication

3. SynBio Community (SynBioCom) workshop

4. Challenge to build Biobrick project

5. Komposisi tim6. Standard job description of team7. Submit your project and let’s team up!

8. . Project Decision Meeting by BAU(IPB) 2013 judges9. Project presentation

10. Team selection

FebruariSummer camp

11. Penentuan job description of members12. Discussion judging guidelines13. Genetic circuit training

14. Pemantapan Biobrick data page15. Safety project discussion

15

16. Collaborative science17. Interviews18. Pembuatan Kalender Kegiatan BAU(IPB) iGEM

Summer Camp 201319. Collaboration & free access to lab20. Designing wikis’ template

Perincian anggaran selama summer camp dan jamborePembuatan proposal kegiatan dan sponsorhipPengajuan dana ke perusahaan/industriHaving lab space and meeting space over the summer

Kolaborasi dan akses bebas ke laboratoriumFebruariGenetic circuit training

Wet lab started....

Pendaftaran tim BAU(IPB) di iGEM Summer Camp 2013Kolaborasi dan pencarian dana ke sponsor

Maret

16

Wet labKolaborasi dan pencarian dana ke sponsorRegistrasi iGEM 2012 ditutup; batas waktu

pembiayaan registrasi timAprilWet labKolaborasi dan pencarian dana ke sponsor

MeiWet lab (Penerimaan perangkat DNA oleh tim)Kolaborasi dan pencarian dana ke sponsor

JuniWet labKolaborasi dan pencarian dana ke sponsor

JuliFinal wet lab-project!Synergy of project

Lab testing the transgenics

Field test

Final test

17

Full safety assesment

General release to public

Kelengkapan wikiCollaboration

Pembuatan video, slide presentasi, dan poster proyekInterviews

Presentation Rehearsal on Rabuan

Collaboration to sponsor and getting fund

Prepare paspor, visa invitation letter-Asia Regional Jamboree, release form iGEM for team (terlampir)Teacher workshop pra Asia Regional Jamboree 2013Penyerahan deskripsi proyek

AgustusSpeed debating to public & SynBio Survey

iGEM Mini Symposium 2013

iGEM BAU(IPB)-Summer School Students 2013Scientific Conference-SynBio

FunBio Exhibit/ Science Exhibition Center For exhibition purposes the material must be prepared and grown

18

in laboratory settings.

Bio-paintings

Building an architectural model project

SynBio video game

Minds in motion

Prepare visa, visa invitation letter-Worldchampionship JamboreeCollaboration to sponsor and getting fund

Prepare T-Shirt and leaflet

SeptemberCollaboration to sponsor and getting fund

Prepare for mascot fun run

Pembayaran biaya kehadiran pada Jambore RegionalPengajuan tema proyek timPenyerahan abstrak proyekPenyerahan data tim rosterPengisian safety questionsPenyerahan proyekbagian dokumentasi lainnya,

19

termasuk semua jenis kriteria medalPenyerahan BiobrickPart DNA ke Registry iGEMPengisian formulir penilaian/judging form

Pembekuan Wiki tim pukul 11:59pm, EDTMaking video projectMaking presentation slide part IIMaking poster part IIOktoberKeberangkatan tim ke jamboreeJamboree Regional Asia 2012

20

Deskripsi singkat kegiatan iGEM BAU (IPB) Summer Camp 2013

21. Pembuatan BAU (IPB) iGEM Handbook 2013 Indonesia versionPembuatan buku panduan ini untuk mempermudah dalam mengenalkan kompetisi iGEM ke mahasiswa IPB dan universitas lainnya. Harapannya mahasiswa tertarik untuk ikut serta dalam riset penelitian dengan mengikuti kompetisi iGEM pada tahun 2013.Target : Best Human Practice Advances

22. iGEM BAU (IPB) publication

Sosialisasi workshop akan dilakukan melalui poster, facebook, twitter (@

iGEM2013_IPB), dan blog ( BAUiGEM wordpress.com).

23. SynBio Community (SynBioCom) workshop

Sosialisasi iGEM 2013 akan diberikan saat workshop berlangsung, diantaranya penjelasan secara detil kompetisi iGEM, peraturan kompetisi, dan bagaimana membentuk suatu tim. Handbook iGEM BAU (IPB) 2013 akan diberikan kepada kandidat tim dalam bentuk softcopy setelah workshop usai (dapat di-upload di BAUiGEM wordpress.com). Kandidat tim akan dibuka untuk seluruh mahasiswa IPB dari berbagai angkatan, termasuk mahasiswa pascasarjana dan doktoral.

Berikut pengumuman workshop yang akan dipublikasi :

Who’s the next iGEM BAU (IPB) 2013 team ??

Wherever you are from,..you can be a part of iGEM team!

SynBio Community (SynBioCom) workshop

21

Thursday, December 27th 2012, 13.00-14.00

RK B2D, 2nd floor at Faculty of Animal Science, IPB Dramaga Bogor

for all IPB students ( included architectural, communication students)

Find out how you can get involved in Synthetic Biology and Biotechnology

featuring talks from:

1. Introduction of synthetic biology and iGEM competition 2013 (Dr. Ir. Utut

Widyastuti, M.Si (BAU-iGEM supervisor)

2. Sharing experience from the BAU-Indonesia iGEM team 2012

3. Introduction of success project team in Worldchampionship jamboree

Don’t miss this SynBio Community event for you interested in Synthetic

Biology and iGEM !

If you want to know Synthetic Biology and what iGEM competition is more,

please follow us in BAUiGEM wordpress.com and @ iGEM2013_IPB.

24. Challenge to build Biobrick project

Sebelum pelaksanaan summer camp akan ada workshop terkait pengenalan biologi sintetik dan kompetisi iGEM yang dibawakan oleh faculty advisor. Selanjutnya calon tim diharapkan menyerahkan ide proyek unggulannya, yaitu membangun suatu proyek dengan merakit suatu sirkuit genetik (kriteria penyerahan proyek terlampir). Panduan akan diberikan setelah workshop dimana panduan tersebut mengacu pada situs iGEM (http://igem.org). Berikut tugas yang diberikan untuk dipelajari yang ada di website iGEM :1. Registry of Standard Biological Parts

http://partsregistry.org/Help:Plasmid_Backboneshttp:// part sregistry.org/Main_Page

2. Introduction to Biobrick Standard Biological Parts and Assembling

http:// part sregistry.org/Help/Archive

22

http://www.synbiosoc.org/challenge/basic-biochemistry (UCL 2012)3. Distribution Kits

http:// part sregistry.org/Help:Distribution_Kits 4. Sending parts

http:// part sregistry.org/wiki/index.php/DNA_Submission_Instructions 5. iGEM safety guidelines

http://2012.igem.org/Safety,http://igem.org/Safety

Target: Best Human Practice Advances

25. Komposisi timTim terbentuk maksimal 12 anggota, yaitu terdiri dari baik mahasiswa S1, S2 (belum mendapat gelar master) maupun S3 * belum termasuk instruktur dan penasehat tim. Kualifikasi umum anggota tim adalah kemampuan berbahasa inggris yang baik, memiliki pemahaman molekular yang baik, rasa ingin tahu yang tinggi di bidang sains, ulet, systematic personal. Selama summer camp berlangsung, penyeleksian tetap berlangsung dengan melihat keaktifan dan kekompetitifan antar anggota.Berikut komposisi tim menurut standar pembagian kerja antar anggota tim yang telah kami konsepkan berdasarkan spesialisasi minat dan kemampuan yang terbaik yang dimiliki. Adapun komposisi tim tersebut terdiri dari: Team leader (problem solver, mengontrol kinerja anggota

dapat membuat keputusan yang tepat dalam tim, navigator, mampu mengatur anggaran proyek, dan mengontrol kegiatan Human Practices). Ketua memiliki tanggung jawab untuk membuat data prestasi anggota per

23

dua minggu. Tujuannya adalah untuk meningkatkan semangat anggota untuk bekerja maksimal, efektif dan seefisien mungkin. Ketua berhak memberikan penghargaan/hadiah kepada anggota teraktif untuk merangsang kekompetitifan sesama anggota lainnya. Selain itu, dia berhak memutuskan pengeluaran anggota apabila anggota sering lalai dalam tugasnya dan tidak dapat ditoleransi lagi.

Lab worker (gigih) Graphist & designer (memiliki kemampuan yang baik di

bidang photoshop,corel draw, videomaker,pinnacle, uleated, and power point)

Administrator-manager financial (mampu mendokumentasikan tiap kegiatan setiap waktu dengan baik dan rapih, mampu mengubah setiap kegitan yang sedang/telah berjalan ke dalam bentuk tulisan dan wiki, mendokumentasikan keuangan dengan rapih dan hemat dalam mengatur keuangan

Human Practice Advance (good interpersonal & marketing public relation, interaktif)*berkaitan dengan fundrising project, bertugas dalam mengkoordinasikan kegiatan-kegiatan di bawah ini (akan didiskusikan lebih lanjut ketika proyek dan tim terbentuk) :Speed debating & SynBio SurveyiGEM Mini SymposiumiGEM BAU(IPB)-Summer School Students 2013Scientific Conference-SynBio Scientific Conference-SynBio FunBio Exhibit/ Science Exhibition CenterBio-paintings Building an architectural model projectSynBio video gameMinds in motion

24

Media coverage: Movie & Radio; Newspaper & magazines dan Websites

26. Standard job description of team1. Administrator

- Team leader

- Financial manager

- Pembuatan proposal kegiatan

- Pembuatan proposal sponsorship

- Controlling Human Practices (HP), * HP done by all member

- Pembuatan surat-surat untuk kegiatan Human Practices

- Slide

- Poster

- Balio & media tim lainnya

- Pembuatan LPJ

2. Lab hero

- Optimisasi sub project lab (technique)

- Bertanggung jawab dlm Notebook & Logbook

- Bertanggung jawab dlm pengecekan Protokol lab iGEM dan notebook

- Bertanggung jawab dlm pembelian alat& bahan lab

- Bertanggung jawab dlm peminajaman alat& bahan lab

- Sampling

- Bertanggung jawab dlm penyiapan alat dan bahan kerja lab

- Killing & sterilization

- Bertanggung jawab dlm pengembalian alat& bahan lab

*semua terdokumentasi dalam word

3. Wiki affairs

Anggota ini dipilih berdasarkan kemampuannya dalam mengkonstruksi

sistem biologi proyek (Data Page) yang diajukan saat sesi presentasi

(penyeleksian tim).

25

1. Web designer : mendesain primer, mengkonstruksi BioBrick,

memodelkan, mengkarakterisasi, dan mensimulasi sistem,

menyerahkan parts of Biobrick ke Registry, pembuat template wiki,

membuat bio-printing dalam bentuk dua dan/ tiga dimensi, serta

pembuat animasi dan logo.

*bertanggung jawab terhadap the data page of our Biobricks

2. Web developer :

- notulis rapat

- mengatur konten wiki

- mengkode wiki

- pembuat video

- bertanggung jawab dalam mengubah hasil pertemuan/kegiatan ke

dalam bentuk tulisan, seperti kegiatan Human Practices di bawah ini:

1. Initiative

2. Interviews

3. Design

4. Safety

5. Outreach

a. Bacterial arts

b. Building an architectural model project

c. Exhibit in iGLM 2013

d. SynBio video game

e. Speed debating

f. Joining conference relate genetic engineering/SynBio

Sub project I

Sub project II

Sub project III

Sinergy of project report

References

Attribution

*semua terdokumentasi dalam Wiki per minggu (deadline: minggu), mengumpulkan semua dokumentasi dari Wiki Affairs

26

7. Submit your project and let’s team up!

Waktu : Rabu, 23 Januari 2013

Setelah mengikuti workshop dan mempelajari tugas-tugas yang diberikan,

kandidat diharapkan membuat suatu proyek unggulannya. Kandidat diharapkan

menyerahkan proyeknya dan mengisi formulir Open Recruitment tim iGEM

BAU (IPB) 2013 secara online di BAUiGEM wordpress.com. Kriteria

penugasan bagi calon tim iGEM BAU(IPB) 2013.

Submit your project!

Tahun ini dibuka kesempatan bagi seluruh mahasiswa IPB, termasuk tim

iGEM (BAU) IPB sebelumnya untuk dapat menyalonkan diri sebagai bagian

dari tim iGEM BAU (IPB) 2013. Registrasikan dirimu melalui pengisian

formulir Open Recruitment Tim iGEM BAU(IPB)-Indonesia 2013 secara

online dan upload proyek andalanmu dalam format IPB di BAUiGEM

wordpress.com. Kamu dapat menyerahkan tugasmu dari apa yang kami

butuhkan, diantaranya:

Sertakan nama dan/ timmu

Judul proyek menarik

Sebuah abstrak singkat (maks.500 kata) yang menjelaskan gagasan inti

Menjelaskan deskripsi yang lebi rinci (maks. 500 kata) terkait bagaimana

sistem proyekmu bekerja secara fungsional berdasarkan rakitan sirkuit

genetikmu (BioBrick), mengapa proyekmu layak untuk dikembangkan,

dan bagaimana sistem itu mencapat target yang diharapkan. Kamu bisa

menyerahkan referensi dari proyekmu, terutama gen-gen yang berda di

luar Registry iGEM.

Kamu perlu meng-upload sirkuit genetikmu. Gunakan simbol Registry

yang standar dari http://partsregistry.org/Part_Names, tetapi kamu bisa

membuat hand draw dan meng-scannya.

Kamu juga dapat menambah gambar secara opsional yang merangkum

konstruksimu dalam bentuk flowchart

Batas waktu penyerahan proyek: Rabu, 23 Januari 2012 pukul 17.00 WIB

27

Dapatkah saya membentuk tim? Kandidat diperkenankan untuk membentuk

tim sesuai kebutuhan sumber daya dan spesialisasi di bidang proyek yang

dimiliki. Tantangan tidak hanya diperuntukkan secara individu tetapi juga

dapat secara kelompok (maks.12 anggota) tetapi juga dapat secara individual.

Adapun anggota tim dapat terdiri dari berbagai disiplin ilmu, latar belakang

dan tingkat keahlian sesuai kebutuhan komponen tim dalam pelaksanaan

proyek. Kami berharap Anda dapat berkolaborasi dengan para ahli komputer,

biologi/biokimia bioinformatika, kimia, tanaman, tanah, perairan/perikanan,

pangan, kesehatan/medis, peternakan, komunikasi, arsitektur, dan ahli lainnya.

Jika membentuk sebuah tim, deskripsikan spesialisasi pekerjaan dari masing-

masing anggota selama pembuatan proyek secara detil sesuai spesialisasi di

bidang proyek yang Anda miliki. Sertakan pula job description masing-masing

anggota apabila tim-mu terpilih sebagai tim iGEM BAU (IPB) 2013. Apabila

proyek dan/ kemampuanmu sangat berpotensial selama proses penyeleksian,

kandidat yang bersifat individual juga memiliki kesempatan besar untuk

bergabung dalam tim iGEM BAU (IPB) 2013.

Dapatkah saya mengganti proyek yang telah saya upload? Silakan log in

kembali dan ganti proyekmu sewaktu-waktu sebelum batas waktu yang telah

ditentukan.

Kapan saya dapat mengetahui bahwa proyek saya terpilih? Proyek yang

telah diserahkan akan diseleksi dalam satu minggu oleh tim juri iGEM

BAU(IPB) 2013. Pemberitahuan proyek yang berpotensial akan diberitahukan

setelah satu minggu pengajuan proyek dan selanjutnya kandidat tim diharapkan

dapat mempresentasikan proyeknya di hadapan tim juri. . Tim juri iGEM BAU

(IPB) 2013 adalah tim yang kompeten di bidang proyek yang akan diseleksi.

Proyek terbaik akan diputuskan kemudian dan selanjutnya tim dibentuk dari

penyeleksian proyek yang diserahkan dan formulir OR yang telah anda isi.

28

Nama :

NIM :

Departemen :

Formulir Open Recruitment Tim iGEM BAU(IPB)-Indonesia 2013

Baik kandidat anggota tim maupun individu wajib mengisi formulir berikut ini :

1. Checklist kemampuan yang telah Anda miliki berikut ini (boleh lebih dari satu):

- Adobe photoshop- Corel draw- Videomaker- Pinnacle- Prezi- Pinnacle- Uleated- Powerpoint- Create blog into wordpress- Coding wiki- Ability to change thought and talks to the written text - Smart financial budgetting- Good public relation- Good businesslike personal (esp. to sponsors)- Systematical personal

2. Apa alasan Anda mengikuti iGEM competition 2013?

3. Apakah Anda sedang memiliki penelitian?

- Organisasi atau komunitas apa yang sedang Anda ikuti,sebutkan?

4. Siapkah Anda mengikuti iGEM BAU Summer Camp 2013 (dimulai dari

Januari 2013 hingga post Regional/Worldchampionship Jamboree) berdasarkan

ulasan kegiatan-kegiatan yang ada di dalamnya saat mengikuti SynBioCom

workshop?

29

Catatan:

Kegiatan summer camp akan didiskusikan lebih lanjut setelah proyek dan tim

terbentuk. Siapkan dirimu untuk bekerja keras selama summer camp. Adapun cara

terbaik untuk mendapatkan ‘feeling’ tentang pekerjaan apa saja yang akan

dihabiskan pada proyek iGEM bersama tim-mu nantinya dapat dilihat di wiki dan

video presentasi dari tim iGEM sebelumnya yang telah berhasil menuju

worldchampionship jamboree (http://2012.igem.org/Main_Page (cek bagian

sebelah kanan).

8. Project Decision Meeting by BAU(IPB) 2013 judgesPertemuan antar juri akan mendiskusikan penentuan track & three top of topic project team. Proyek terbagi ke dalam dua jenis track, yaitu wet lab dan software track. Penyeleksian proyek

yang potensial akan dinilai oleh tim juri iGEM BAU (IPB) 2013 yang

kompeten di bidang proyek yang akan diseleksi. Proyek yang berpotensial adalah proyek yang inovatif, asli, hasil desain Biobricks baru/ designing of data page, aplikatif dan dapat diterima olek khalayak lebih luas.

9. Project presentation

Maksimal tim yang terbentuk adalah 12 anggota yang mana akan diseleksi oleh

tim juri iGEM BAU (IPB) 2013. Tim/kandidat dengan proyek yang

berpotensial diharapkan mempresentasikan proyeknya di hadapan tim juri.

Diskusi diciptakan dalam bentuk debat aktif antar kandidat dan tim juri yang hadir saat sesi presentasi. Proyek yang terbaik

akan dipilih sebagai proyek unggulan yang selanjutnya akan diadakan summer

camp-nya. Pembentukan tim dapat dipilih melalui proyek terbaik yang

memiliki tim. Selain proyek yang dipresentasikan, tim juri akan melihat

spesialisasi pekerjaan dan keutuhan masing-masing anggota dalam tim.

10. Team selection

30

Tim dapat terbentuk dari sebuah tim yang mengajukan proyek potensialnya

saat proses penyeleksian. Apabila proyek yang terpilih merupakan hasil dari

kandidat individual, tim juri akan membentuk sebuah tim dengan menyeleksi

masing-masing kandidat (baik dalam sebuah tim maupun individu) sesuai

spesialisasi yang dibutuhkan di bidang proyek tersebut. Adapun anggota tim

yang terbentuk dapat terdiri dari berbagai disiplin ilmu, latar belakang dan

tingkat keahlian sesuai kebutuhan dalam komponen tim yang disesuaikan

dengan proyek yang akan dijalankan selama summer camp.

11. Genetic circuit training

Setelah tim terbentuk, faculty advisor akan melakukan pembinaan kepada

tim, diantaranya bagaimana membentuk tim yang solid, pemantapan pelatihan

tentang bagaimana membangun sirkuit genetik, cara memodelkannya secara bioinformatik sehingga menjadi suatu kumpulan Biobrick data page, dan menghasilkan sistem sirkuit fungsional dapat bekerja. Designing of Biobrick data page adalah mendesain Biobrick part, mengkarakterisasi masing-masing part tersebut dan DNA kit, serta mengkonstruksikan sistem kerjanya (berdasarkan panduan website iGEM 2013).

Target :Best Human Practice Advances

12. Pemantapan Biobrick data pageSetelah proyek potensial terpilih, tim akan kembali memantapkan pemodelan Biobrick.Target: Best New BiobrickPart, Natural/ Best Biobrick Device, Engineered

13. Safety project discussionMateri keamanan hayati terhadap pengerjaan proyek dan keselamatan kerja di dalam lab yang akan digunakan akan diarahkan oleh faculty advisor sebelum pengerjaan proyek

31

dimulai. Teknisi lab akan membimbing kami dalam mempelajari peraturan-peraturan tersebut.Target :Best Human Practice Advances, Best Safety Commendation

14. Collaborative scienceTim akan mengadakan suatu pertemuan dengan pihak industri, perusahaan, dan peneliti yang melibatkan proyek tim. Luaran yang diharapkan adalah adanya suatu kebutuhan mutual antar pihak dan tim sehingga muncul pengembangan suatu produk unggul, inovatif, dan bermanfaat bagi khalayak luas, khususnya bagi masyarakat Indonesia. Disinilah wadah tim untuk meyakinkan bahwa biologi sintetik dapat diaplikasikan di dunia industri.Target : Best Human Practice Advances

15. InterviewsPihak industri dan peneliti-peneliti terkait proyek tim akan memantau pekerjaan tim selama summer camp berlangsung dan berakhirnya pekerjaan laboratorium. Di akhir Synergy of project (dijelaskan pada no.17) akan ada pertemuan antara tim, pihak industri, perusahaan, dan peneliti terkait. Tujuannya adalah untuk memastikan bahwa prediksi proyek yang dilaksanakan sesuai target dan sasaran, tim akan melakukan diskusi secara intensif dengan pihak-pihak tersebut. Pertemuan akan menghasilkan beberapa saran atau beberapa antisipasi dari pihak-pihak tersebut karena target dan sasaran yang kurang sesuai/diharapkan. Atas saran dan rekomendasi dari para pihak, semaksimal mungkin tim akan mengembangkan penelitian selanjutnya, sebelum masa summer camp berakhir.

32

Target :Best Human Practice Advances, Best Experimental Measurement Approach

33

16. Pembuatan Kalender Kegiatan BAU(IPB) iGEM Summer Camp 2013Kegiatan summer camp akan dipublikasikan tiap minggu ke dalam bentuk kalender kegiatan melalui wiki.

17. Collaboration & free access to labTim akan observasi laboratorium yang akan digunakan selama pengerjaan proyek, termasuk perijinan penggunaan tempat. Tim juga akan mempelajari standar protokol laboratorium dan panduan yang ada di website iGEM (http://2012.igem.org/Safety ) Target: Best Human Practice Advances

18. Designing wikis’ templateWeb designer bertugas mendesain isi wiki. Deskripsi proyek, modelling of Biobrick, project artistic, kegiatan tim selanjutnya dalam summer camp dan pengumuman bagi para sponsor mulai dipublikasikan oleh tim. Project artistic adalah animasi tentang proyek yang memudahkan pengunjung wiki untuk memahami proyek tim dengan format konten wiki sebagai berikut:

34

Format wikis’ template

Menu Wiki Sub MenuHome

TeamAbout UsOfficial ProfileContact Us

Project Overview

Biobricks of Data Pagea. Modelling (figure)b. Characterization of new parts submitted to

the Registryc. Futher characterization of parts already

present within the Registryd. Additional work and characterization of parts

within the RegistryAccomplishmentsa. Synergy of projectb. References

SafetyHuman Practice

- Initiative- Interviews- Speed debating & SynBio Survey- iGEM Mini Symposium- iGEM BAU(IPB)-Summer School Students

2013- Scientific Conference-SynBio Scientific

Conference-SynBio- FunBio Exhibit/ Science Exhibition Center- Bio-paintings- Building an architectural model project- SynBio video game- Minds in motion- Media coverage

a.Movie & Radiob.Newspaper & magazinesc.Websitesd.Collaboration

-Attribution-Acknowledgements

Sponsors - Sponsor- Level Sponsorships

iGEMTarget :Best Human Practice Advances, Best Wiki

35

Wiki dipublikasikan ke berbagai pihak industri dan perusahaan untuk menarik sponsor dengan berbagai level penawaran kerjasama yang berbeda-beda.

19. Collaboration to sponsor and getting fund !Selain menawarkan proyek melalui wiki, tim bergerak secara aktif dalam pengajuan sponsor. Kami akan melakukan kegiatan yang dinamakan Collaborative Science. Adapun bentuk kerja sama yang akan diberikan dalam berbagai kategori, yaitu sebagai berikut:a. Diamond level

Sponsor dengan kategori Diamond akan dimasukkan ke dalam nama delegasi lomba i- GEM 2012.

b. Platinum level Untuk pihak sponsor kategori ini akan dijadikan sebagai sponsor utama di setiap media dan diberikan logo di setiap sudut setiap slide presentasi. Dengan senang hati tim akan menerima publisitas lebih lanjut yang akan dibahas berdasarkan permintaaan para sponsor, misalnya selama kegiatan social/human practices kami.

c. Gold levelSponsor akan dijadikan sebagai sponsor utama yang memiliki dedikasi tinggi di kalangan dunia. Tim akan menampilkan logo besar dan akan disebutkan secara lisan selama presentasi. Selain memperoleh tingkat perak, yaitu logo lebih besar yang dipromosikan, pihak sponsor akan memiliki logo di setiap media publikasi tim, seperti leaflet dan/map kertas sebagai publikasi proyek tim, serta logo besar di bagian atas poster tim. Media akan didistribusikan di jamboree tingkat Asia dan kejuaaraan dunia. Bahkan tim dapat mendistribusikan media publikasi/selebaran para sponsor/perusahaan.

d. Silver level

36

Sponsor akan mendapatkan logo yang lebih besar, promosi pengulangan logo dan pengakuan publik pada akhir presentasi dan di bagian bawah poster utama kami.

e. Bronze level

Promosi sponsor akan dipublikasikan sepanjang langkah pekerjaan tim,

diantaranya melalui website, akhir presentasi tim selama jambore

berlangsung dan atas permintaan logo pada pencetakan kemeja/kaos tim.

Seragam tim akan dikenakan selama jambore.

Target :Best Human Practice Advances

20. Synergy of projectTim harus mengimplementasikan proyek terbaiknya sesuai keinginan pihak industri. Tujuannya kegiatan ini adalah membangun sinergi antara beberapa komponen proyek dan mengetahui fungsional bagian-bagian tersebut sehingga komponen-komponen tersebut dapat bekerja sama dan luaran yang diharapkan tercapai antara tim dan kolaborator. Tim akan menghitung biaya dan dampaknya terhadap lingkungan serta memastikan seberapa layak proyek ini diimplementasikan di industry-industri.Target :Best Experimental Measurement Approach

21. Kelengkapan wikiApabila terdapat perubahan dari Biobrick of data page, tim akan kembali mendisain ulang Biobrickpart, mengkarakterisasi masing-masing part tersebut dan DNA kit, serta mengkonstruksikan sistem kerjanya. Hasil akan dipublikasikan ke wiki beserta laporan proyek.

22. CollaborationKolaborasi antar tim iGEM lainnya dalam hal membantu mengembangkan proyek mereka yang terkendala, misalnya

37

dalam mengkarakterisasi part tim lain. Berdasarkan pengalaman pengerjaan proyek dari tim sebelumnya atau yang sedang dikerjakan, tim (volunteer) berharap dapat memberi/menerima protokol, material dan/ beberapa tip dan trik untuk/dari proyek tim lain atau tim IPB. Kepedulian kepada tim lain dalam membantu dalam memahami persyaratan medal yang harus dipenuhi, akan menjadi poin plus bagi tim tersebut (volunteer).

23. Pembuatan video, slide presentasi, dan poster proyekVideo dibuat dengan menggunakan film software (contoh: tablet/pinnacle). Konten video harus memperhatikan lisensi/copy right penggunaan, terutama backsound video atau gambar. Video berisikan proyek, pekerjaan lab, keselamatan kerja lab/safety protocol, dan human practices advances. Konten slide terdiri dari video, proyek, Biobrick of data page, human practices advances and safety project. Slide sebaiknya dalam bentuk powerpoint (gerakan gambar per frame).Konten poster terdiri dari team,judul dan abstrak proyek, modelling, subprojects (Biobricks), results, human practices advances, biosafety project, teams’ information contact dan logo sponsor. Akan lebih menarik apabila poster disajikan dalam bentuk 3D. Ketiga media tersebut akan ditampilkan saat Presentation Rehearsal on Rabuan.Target: Best Poster, Best Presentation

24. Presentation Rehearsal on RabuanProyek tim akan dipresentasikan di hadapan dosen-dosen Departemen Biologi IPB. Tim akan menerima saran dan kritik yang membangun untuk presentasi dan poster terbaik yang

38

akan kami bawakan saat Jambore Regional Asia, termasuk pelaksanaan kegiatan Human Practices.

25. Teacher workshop pra Asia Regional Jamboree 2013Pemberitahuan adanya perubahan-perubahan terkait kriteria perolehan medali dan aturan perlombaan selalu berubah setiap tahun. Oleh karena itu, faculty advisor sangat diharapkan untuk mengikuti kegiatan tersebut yang mana semua peraturan kompetisi akan dikupas secara dalam untuk menuntun tim dalam mempersiapkan kompetisi. Pada sesi ini dibuka sesi tanya jawab bagi dosen pembimbing yang mewakili tim. Saat teacher workshop berlangsung, mereka juga ditawarkan oleh panitia iGEM pusat (iGEM headquarters) untuk menjadi juri di jambore iGEM regional Asia.

26. Speed debating & SynBio SurveySynBio survey bertujuan untuk mengevaluasi masyarakat umum seberapa jauh ketertarikannya pada sintetik biologi dan proyek tim. Survey akan dilakukan usaiSpeed debating. Adapun evaluasi yang ingin diketahui dari public, diantaranya pemahaman akan sintetik biologi, pandangan publik terhadap penggunaan rekayasa genetik bagi masa depan, dan daya dukung akan pengaplikasian sintetik biologi bagi suatu produk/industri atau perusahaan tersendiri (data disajikan dalam bentuk pie chart). Berikut kuisioner umum yang akan ditanyakan:Q1 : Apakah Anda mengerti tentang Sintetik Biologi?(Ya/Tidak/Sedikit)

Q2 : Menurut pandangan Anda, apakah rekayasa genetik berguna bagi masa

depan?(Ya/Mungkin/Tidak)

Q3 : Apakah Anda mendukung pengaplikasian rekayasa genetik pada

penghasilan suatu produk/ industri atau perusahaan tersendiri?

39

(Ya/Tidak/Bergantung pada perusahaan tersebut, apakah sesuai dengan etika

penelitian yang diharapkan).

Bentuk SynBio Survey tim UCL

27. iGEM Mini Symposium 2013Pada konferensi tahunan keilmiahan, tim berharap mendapatkan kesempatan untuk memberikan kuliah terkait proyek tim dan menghadirkan poster tim.Target :Best Human Practice Advances

28. iGEM BAU(IPB)-Summer School Students 2013Peserta akan diikuti oleh mahasiswa universitas di Indonesia atau mahasiswa pertukaran magang dari luar Indonesia, terutama ditujukan pada mahasiswa Asia Tenggara. Tujuan dari program tersebut adalah mengenalkan kegiatan penelitian mahasiswa dan peneliti di Institut Pertanian Bogor, terutama riset penelitian iGEM IPB 2013, peserta mempelajari teknik mikrobiologi, mempelajari bioteknologi dan biologi sintetik, dan melihat sians dari segi perspektif lainnya. Selain itu, adanya kegiatan ini merangsang mahasiswa-mahasiswa tersebut untuk bergabung dalam kompetisi iGEM ke depannya. Adapun kegiatan summer yang dilakukan selama tiga hari berturut-turut adalah sebagai berikut:Introduction of synthetic biology- Pembukaan

40

- presentasi iGEM IPB- tur ke lab- makan siang - praktek : memandu peserta bagaimana mengkonstruksi

gen, bioinformatikaBeing a synthetic biologist

- Tur ke instansi/perusahaan yang berkolaborasi di dalam proyek tim

- Presentasi penelian genetika molekular- Praktek : percobaan proyek

Build it yourself!- Praktek- Makan siang dan diskusi hasil praktek- Penutup- Fun Dinner!*kegiatan ini akan berkolaborasi antara tim, Departemen Biologi, dan institusi penelitian terkait proyekTarget :Best Human Practice Advances

29. Scientific Conference-SynBioKeikutsertaan tim dalam konferensi keilmiahan sangat diperlukan guna membahas peranan biologi sintetik dalam pengaplikasian produk industrial yang efisien dan efektif serta daya gunanya bagi masyarakat. Tim akan sangat bangga apabila mendapatkan kesempatan untuk hadir dalam konferensi keilmiahan atau sejenisnya. Terlebih, adanya harapan akan adanya tanggapan positif dari audiens atas ketertarikannya dalam proyek tim IGEM.

30. FunBio Exhibit/ Science Exhibition CenterProyek tim iGEM dan biologi sintetik akan diperkenalkan dalam sebuah pameran secara interaktif dan atraktif, diantaranya

41

melalui permainan, seperti SynBio-monopoly (sedang dalam perencanaan pembuatan, khususnya untuk anak-anak). Dalam pembuatan SynBio-monopoly, tim akan berencana bekerja sama dengan Kak Annisa Hasanah ARL 44 IPB (creator of Eco-Monopoly). Pameran akan diadakan pada event/expo keilmiahan. Contohnya pameran di kegiatan IPB Green Living Movement/IGLM 2013 (jika proyek bertemakan lingkungan) atau kegiatan sejenisnya.

Contoh kegiatan Human Practice tim UCL 2012

31. Bio-paintings Tujuan kegiatan ini adalah mengenalkan bagaimana mahluk hidup renik bekerja dan bermanfaat bagi alam dan manusia. Kegiatan ini memberi kesempatan kepada masyarakat, diantaranya anak-anak muda, untuk mencoba karya seni buatan sendiri, yaitu melukis dengan bakteri neon non toksik/pathogen (Escherichia coli) pada cawan agar dengan menggunakan kuas. Tim akan mengajarkan keselamatan kerja dalam labortorium selama bio-paintings. Hasil lukisan diinkubasi selama 24 jam dan selanjutnya peserta dapat menikmati hasil kerja mereka. Untuk menjelaskan biologi sintetik yang mudah dipahami oleh mereka, tim akan menunjukkan beberapa lukisan menarik dengan seputar proyek tim, hasil karya tim.

42

32. Building an architectural model projectSpeed debating akan bekerja sama dengan mahasiswa Arsitektur Lanskap IPB dalam pembuatan miniature proyek. Di FunBio Exhibition, tim akan mengajak murid-murid SD sekitar lingkar kampus IPB untuk menyusun sebuah bangunan dari miniatur proyek.

33. SynBio video gameMemperkenalkan sintetik biologi dengan mudah kepada anak-anak muda, yaitu video game yang mendidik. Tujuan dari permainan adalah anak-anak muda dapat mengenal bagaimana keselamatan kerja dalam laboratorium, peralatan keselamatan kerja, dan tata cara menjaga kebersihan hidup sehingga terhindar dari kontaminan bakteri dan cendawan (contohnya:kebiasaan sehari-hari yang sederhana). Dalam pembuatan media permainan ini, tim akan bekerja sama dengan mahasiswa Ilmu Komputer IPB.

34. Minds in motionTim akan meminta anak-anak menggambarkan sesuatu yang baru dari yang mereka pelajari selama kegiatan SynBio-monopoly, Bio-paintings, and Building an architectural model project. Tim akan menyediakan kertas, pensil warna, dan krayon untuk merangsang kreatifitas anak-anak.

Rincian anggaran dasar iGEM BAU (IPB) Summer Camp 2013

Berikut rincian anggaran yang dibutukan tim selama pelaksanaan summer camp

a. Kesekretariatan

- Print proposal kegiatan,sponsorship, dan laporan

pertanggungjawaban

- Fotokopi perbanyakan proposal kegiatan,sponsorship, dan laporan

pertanggungjawaban

43

- Pembelian alat dan bahan yang tidak tersedia di laboratorium

- Pemesanan primer, dan sekuen sintetik ke perusahaan genetik

- Pendaftaran tim iGEM BAU(IPB) 2013

- Kehadiran anggota tim di jambore Regional Asia dan Worldchampionship

- Pendaftaran teacher workshop bagi faculty advisor

- Penginapan faculty advisor selama teacher workshopn

- Pembuatan poster, balio, leaflet dan media publikasi lainnya

- DVD untuk dokumentasi human practices, pre-post jamboree

- DVR-RW handycam

- Pembuatan surat undangan untuk kegiatan Human Practices

b. Transportasi

- Perjalanan untuk pengajuan sponsor ke perusahaan/industri

- Tiket pesawat selama jambore

- Sewa penginapan

- Pajak bandara

c. Hubungan masyarakat

- Pulsa telepon ke pihak-pihak sponsor

44