LAPORAN MINGGUAN

KIMIA KOMPUTASI

NO/Judul Percobaan :

Tanggal Percobaan :

Disusun Oleh :

Nama :

NIM :

Kelompok :

Asisten : Velyana

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS MULARMAN

2011

BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Docking molekuler dapat dianggap sebagai pemodelan molekul protein

dengan ligan menggunakan suatu program komputer.  Dalam hal Docking

molecular tersebut biasanya tidak dapat lepas dari yang namanya Biokimia dan

Kimia Fisik. Ada banyak sekali perhitungan yang di peroleh sehingga banyak

sekali sumber data yang dapat dianalisis untuk akhirnya menemukan suatu

kandidat obat yang diperlukan utnuk suatu target.

Marvin Sketch adalah software yang digunakan untuk menggambarkan

struktur, dikembangkan dengan java sehingga memerlukan Java Runtime

Environment (JRE) untuk berjalan. Hingga saat ini telah banyak tool dan fungsi

yang ditambahkan sehingga dapat memudahkan pengguna baru dalam

penggunaannya.

Pada sebuah senyawa organik diperlukan sebuah pengetahuan tentang

analisis unsur yang terdapat pada senyawa tersebut. Pengenalan tata nama

senyawa internasional (IUPAC), komposisi unsur paada senyawa tersebut dimana

akan ditentukan nomor massa, isotop formula dan konformer dari senyawa

tersebut.

NMR berfungsi untuk mengidentifikasi struktur senyawa rumus bangun

molekul senyawa organik. Dampak spektroskopi NMR pada senyawa bahan alam

sangat penting, ini digunakan untuk mempelajari campuran analisis, untuk

memahami efek dinamis seperti perubahan suhu dan mekanisme reaksi, dan

merupakan instrumen tak ternilai untuk memahami struktur dan fungsi asam

nukleat dan protein.

Metode spektroskopi jenis ini didasarkan pada penyerapan energi oleh

partikel yang sedang berputar didalam medan magnet yang kuat. Energi yang

dipakai dalam pengukuran dengan metode ini berada pada daerah gelombang

radio 75-0,5 m atau pada frekuensi 4-600 MHz yang bergantung pada jenis inti

yang diukur.

Pymol merupakan salah satu program visualisasi moleculer open source

yang cukup powerfull saat ini. Program ini dapat ditingkat kinerjanya dengan

script pyton untuk menampilkan efek-efek tertentu. Pymol ini biasanya digunakan

untuk visualisasi tiga dimensi suatu interaksi protein-ligan (Docking Molecular).

1.1 Rumusan Masalah

- Mengetahui interaksi antara protein sebagai reseptor dan calon obat

sebagai ligan dengan metode docking molecular menggunakan Autodock.

- Mengetahui hasil docking molecular terhadap virus H5N1

- Mengetahui

BAB 2

METODOLOGI PERCOBAAN

2.1. Perangkat Lunak

Perangkat keras yang digunakan adalah laptop Dell Inspiron N4110 Intel(R)

Core(TM) i5-2430M CPU @2.40 GHz RAM 4,00 GB, perangkat lunak yang

digunakan Hyperchem 6.01

2.2. Kajian Biokimia

Senyawa organik sebagai calon obat (ligan), yaitu ligan 1, (2R,3R,4S),-5-

[(2E)-3-aminoprop-2-en-1-yl]-3-acetamido-4-hydroxy-2-[(1R,2R)-1,2,3-

tryhydroxypropyl]-3,4-dihydro-2H-pyran-6-carboxylic acid dan ligan 2 yaitu 2-

(3,4-dihydroxyphenyl)-3-4H-chromene-3,4,5,7-tetrol dibuat dan dianalisis unsur

tersebut serta ditentukan spektra NMR menggunakan Marvin Sketch. Pada

docking molecular menggunakan Autodock, ligan yang telah dipreparasi sebagai

enzim diinteraksikan dengan protein Zana miver sebagai reseptor untuk

menghambat virus influenza dan dimodelkan hasilnya menggunakan Pymol untuk

mengetahui hasil interaksi yang terjadi.

2.3. Prosedur Percobaan

BAB 3

HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Pengenalan H5N1

Virus jenis H5N1 dikenal sebagai virus flu burung yang paling

membahayakan yang telah menginfeksi baik manusia ataupun hewan. Virus yang

juga dikenal dengan A(H5N1) ini merupakan virus epizootic (penyebab epidemik

di mahluk non manusia) dan juga panzootic (yang dapat menginfeksi binatang

dari berbagai spesies dari area yang sangat luas).

Virus HPAI A (H5N1) pertama kali diketahui membunuh sekawanan

ayam di Skotlandia pada tahun 1959, namun virus yang muncul pada saat itu

sangat berbeda dengan virus H5N1 pada saat ini. Jenis dominan dari virus H5N1

yang muncul pada tahun 2004 berevolusi dari virus yang muncul pada tahun 2002

yang menciptakan gen tipe Z. (http://fluburung.org/virus-h5n1.asp)

3.2 Analisis Unsur dan NMR

Data Hasil Analisis Unsur

Parameter Senyawa 1 Senyawa 2

Nama IUPAC (2R,3R,4S),-5-[(2E)-3-aminoprop-

2-en-1-yl]-3-acetamido-4-hydroxy-

2-[(1R,2R)-1,2,3-

tryhydroxypropyl]-3,4-dihydro-2H-

pyran-6-carboxylic acid

2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3-

4H-chromene-3,4,5,7-tetrol

Massa 346,3331 304,2516

Massa Tepat 346,137615615690 304,058302738

Formula C14H22N2O8 C15H12O7

Formula Isotop C14H22N2O8 C15H12O7

Komposisi C(48,55 %), H(6,4 %), N(8,09 %),

O(39,96 %)

C(59,21 %), H(3,98 %),

O(36,81 %)

Isotop C(48,55 %), H(6,4 %), N(8,09 %), C(59,21 %), H(3,98 %),

Komposisi O(39,96 %) O(36,81 %)

3.3 Data Interaksi Docking Molecular

BAB 4

PENUTUP

4.1. Kesimpulan

- Docking sering digunakan untuk memprediksi orientasi mengikat calon

obat molekul kecil untuk protein target mereka untuk pada gilirannya

memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil. Oleh karena docking

memainkan peran penting dalam desain obat rasional . Mengingat

pentingnya biologis dan farmasi docking molekuler, upaya besar telah

diarahkan untuk meningkatkan metode yang digunakan untuk

memprediksi docking.