A. Pewarnaan Struktural

Pewarnaan struktural merupakan metode pewarnaan yang menggunakan beberapa pewarna untuk mewarnai struktur khusus atau tertentu dari bakteri seperti bagian spora, kapsul, flagel dan sebagainya.

B. Pewarnaan EndosporaSpora bakteri (endospora) tidak dapat diwarnai dengan pewarnaan biasa, diperlukan teknik pewarnaan khusus. Pewarnaan Klein adalah pewarnaan spora yang paling banyak digunakan.Endospora sulit diwarnai dengan metode Gram. Untuk pewarnaan endspores, perlu dilakukan pemanasan supaya cat malachite hijau bisa masuk ke dalam spora , seperti halnya pada pewarnaan Basil Tahan Asam dimana cat carbol fuschsin harus dipanaskan untuk bisa menembus lapisan lilin asam mycolic dari Mycobacterium .Skema prosedur pengecatan Spora Schaeffer Fulton

Protokol pewarnaan diferensial endospores dan sel vegetatif adalah sebagai berikut:

Prinsip kerja:Spora kuman mempunyai dinding yang tebal sehingga diperlukan pemanasan agar pori-pori membesar zat warna fuchsin dapat masuk, dengan pencucian pori-pori kembali mengecil menyebabkan zat warna fuchsin tidak dapat dilepas walaupun dilunturkan dengan asam alkohol, sedangkan pada badan bakteri warna fuchsin dilepaskan dan mengambil warna biru dari methylen blue.

C. Endospora

Endospora adalahbentuk kehidupan alternatifyang dihasilkan olehBacillus,Clostridium,dan beberapa genera bakteri termasukDesulfotomaculum, Sporosarcina, Sporolactobacillus, Oscillospira,danThermoactinomyces. Endospora dibentuk oleh bakteri, pada kondisi lingkungan yang tidak menguntungkan, missal kekurangan nutrisi dan air, suhu yang sangat panas atau sangat dinging serta racun. Endosporaberupa tubuh berdinding tebal dan sangat resisten (tahan). Endospora mengandung sedikit sitoplasma, materi genetik, dan ribosom. Dinding endospora yang tebal tersusun atas protein dan menyebabkan endospora tahan terhadap kekeringan, radiasi cahaya, suhu tinggi dan zat kimia. Jika kondisi lingkungan menguntungkan endospora akan tumbuh menjadi sel bakteri baru.Endospora lebih tahan terhadap keadaan lingkungan yang kurang menguntungkan daripada sel vegetatif bakteri. Proses pembentukan spora dinamakan proses sporulasi. setelah kondisi lingkungan membaik, endospora akan pecah menjadi sel vegetatif kembali, dinamakan proses germinasi.

D. Klasifikasi Endospora

Endospora dapat di klasifikasikan menurut letaknya. Yaitu : Ditengah sel (sentral). Contoh Bacillus Cereus. Di ujung sel (terminal). Contohnya Clostridium thuringensis. Didekat ujung (sub terminal). Contohnya Clostridium subterminale.