5

BAB III

METODE PENELITIAN

3.1 Jenis Penelitian

Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif untuk

melanjutkan isolasi sekuen gen Pun1 pada Capsicum frutescens cv Cakra Hijau.

3.2 Objek Penelitian

Objek penelitian adalah daun Capsicum frutescens cv. Cakra Hijau yang

diperoleh dari Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Karangploso,

Malang.

3.3 Prosedur Kerja

Penelitian yang kami lakukan menggunakan teknik PCR (Polymerase

Chain Reaction). Tahapan kerja dalam penelitian ini adalah:

1. Isolasi DNA total (total genome) menggunakan DNA isolation kit (Plant)

Geneaid .

2. Pengukuran konsentrasi DNA yang diperoleh, menggunakan spektrofotometer

Nano Drop UV-Vis 2000. Kalibrasi menggunakan buffer EB dari kit isolasi

tumbuhan sebagai pelarut stok DNA.

3. PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan primer forward dan reverse

yang telah didesain sebelumnya.

4. Elektroforesis untuk pengecekan hasil amplifikasi PCR, dengan gel agarose

2%. Elektroforesis dilakukan 30 menit pada 100 mVolt. Hasil elektroforesis

kemudian dilihat pada UV Transilluminator.

5. Sekuensing untuk mengetahui sekuen gen Pun1, dengan DNA sekuenser

otomatis di Eijkman Institute for Molecular (Lembaga Biologi Molekular

Eijkman), Jakarta.

6. Analisis, dilakukan secara deskriptif dengan program Peak Trace untuk

membersihkan hasil sekuensing, DNA Baser untuk memperoleh consensus

sequence, BLAST untuk alignment, dan ClustalX untuk menganalisis sekuen

gen yang diperoleh.