New evidence of morphological characters and DNA barcoding of Pampus argenteus (Euphrasen, 1788).
Transcript of New evidence of morphological characters and DNA barcoding of Pampus argenteus (Euphrasen, 1788).
书书书
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!
$$$%&'()*+,-%'.
第 /0 卷第 11 期
231/ 年 11 月 4
水4产4学4报
!"#$%&'"(()*+,$),*"(-+)%&
./01/0" %/111
%/21" 231/
文章编号!1333 53617#231/$11 51631 538 3")!131/0294*51!112/11231/1/8829
收稿日期!231/630626444修回日期!231/63:617
资助项目!中央高校基本科研业务费专项#231262322$ %公益性行业#海洋$科研专项#231/3739/$
通信作者!高天翔",67890!:8/;<8=:;/>?1@A>1?=
银鲳形态特征与 !"#条形码研究
李4渊1
!4宋4娜1
!4B+&%(/;98*9C80
1
!4柳本卓2
!4高天翔1
"
#11中国海洋大学海洋生物多样性与进化研究所"山东 青岛426633/%
21日本中央水产研究所"神奈川 横滨42/6 58698$
摘要! 鲳属鱼类广泛分布于中国沿海!为重要经济鱼种!鲳属鱼类因外部形态存在较大的相似
性!分类一直存在分歧" 本研究于 2313 年 13 月#2312 年 : 月采集科威特 $科威特北部海
域%&巴基斯坦$松米亚尼湾&奥尔马拉和伯斯尼%&北部湾和台湾近海的银鲳样品!对其形态特
征进行重新描述!并对其 3%&条形码开展了研究" 银鲳的主要形态特征为背鳍!
5
"
6/: <
9/'胸鳍 21 <2:'臀鳍#
5
$
6/7 <91'尾鳍 26 <28" 鳃耙细弱&稀疏!2 </ =8 <: >13 <12"
头部后上方侧线管的横枕管丛和背分支丛后缘呈浅弧形!腹分支丛较背分支丛略长!向后延伸
未达背鳍起点!呈峨眉状" 脊椎骨数 /0 </8" 结合 D@=E8=F 中所有拉丁学名为 !"#$%&
"'()*+)%&的 ,-
%
基因进行同源序列比较发现!所有个体单倍型明显分为 9 个组群!而从氨基
酸遗传差异和组群间遗传距离可以看出!9 个组群应为不同的有效种'D@=E8=F 中只有
(!/89032 与本研究序列结果相近" 本研究描述了银鲳形态特征!并给出其正确的 ,-
%
基因
3%&条形码序列!为深入开展鲳属鱼类的分类研究奠定了基础"
关键词! 银鲳' 形态特征' 3%&条形码' 遗传差异
中图分类号! G109' *:101944444444 文献标志码(&
44银鲳#!"#$%&"'()*+)%&,>H<I8J@="1088$隶属
于鲈形目#5@I?9K/I7@J$&鲳科#*LI/78L@9A8@$&鲳属
#!"#$%&$"英文名为 J902@IH/7KI@L' 鲳属鱼类广泛
分布于我国沿海"为我国重要的经济鱼种' 1:63 年
以后"鲳属鱼类资源开始得到充分的开发利用"但由
于过度捕捞&环境破坏等原因"鲳属鱼类资源严重衰
退"近年国内学者开始了鲳属鱼类的繁育工作' 迄
今为止"鲳属鱼类相关研究报道较多"主要包括分类
学(1 5:)
&资源评估与分布(13 51/)
&生长与繁殖(19 523)
&形
态学(21)
&系统发育(22 526)
和遗传多样性(20 5/7)
等方面'
但由于鲳属鱼类在外部形态上存在较大的相似性"
因此鲳属鱼类的分类一直存在分歧"银鲳的定种更
是存在很大问题"其中灰鲳&翎鲳都曾以银鲳出
现(1":"/6 5/0)
"而珍鲳也曾被认为是银鲳的幼鱼(/8)
'
233/ 年"+@M@IL等(/:)
首次提出 3%&条形码"
即利用线粒体 ,-
%
基因片段序列作为物种快速鉴
定的标记"并以此建立 3%&序列和生物物种之间
一一对应的关系' 很多研究已经表明"种内的 ,-
%
序列变异很小"而种间的 ,-
%
序列差异显著"能明
显区分不同的物种(/0"93)
' 3%&条形码技术已被广
泛应用于物种鉴定(/:"91)
&新纪录种或新种的发
现(92 599)
&隐存种发掘(97 596)
&鱼卵仔稚鱼鉴定等研
究(90 598)
' 目前"D@=E8=F 中拉丁学名为 !"#$%&
"'()*+)%&的 ,-
%
基因序列很多"经过比对分析发现
这些 ,-
%
序列明显不是对应同一物种"显示出银鲳
种类鉴定方面存在诸多问题"亟需对其进行形态特
征描述和正确 3%&条形码的确定' 本研究采集了
科威特&巴基斯坦&北部湾和台湾沿海的银鲳标本"
对其形态特征进行重新描述"并测定 ,-
%
基因片段
序列"结合 D@=E8=F 中同源序列进行比较分析"给
出其正确的 3%&条形码"以期为鲳属鱼类分类的
深入研究提供依据'
!""#!
!
$$$%&'()*+,-%'.
444 水4产4学4报 /0 卷
14材料与方法
$%$&实验材料
于 2313 年 13 月*2312 年 : 月分别采集科威
特#科威特北部海域$ #只有肌肉$&巴基斯坦#松
米亚尼湾&奥尔马拉&伯斯尼$&北部湾和台湾近
海的银鲳样品#图 1$"并参照 B>I/=>78等(9:)
的
方法对其进行种类鉴定'
银鲳样品的体长范围为 12211 <2181/ 77"
现保存于中国海洋大学渔业生态学实验室' 下载
D@=E8=F 中 !."'()*+)%&和 !"#$%&JH1同源序列"
并采用北部湾中国鲳#!"#$%&/01*)*&1&$ #体长范
围为 2112 <2213 77$为外群进行遗传学比较分
析#表 1$'
图 $&银鲳
'()%$&!"#$%&"'()*+)%&*+,-./012"$344
表 $&研究所用样品和序列信息
5/6%$&7289.:/;(9298!"#$%&0/:,<10/2=01>+12?10(2;-(00;+=@
种名
JH@?9@J
地点
J87H09=: J9L@J
采样时间
J87H09=: L97@
编号
=>7M@I
序列号
8??@JJ9/= =/1
引用序列号
8??@JJ9/= =/1
银鲳
!."'()*+)%&
北部湾 2311612 EEE1 B(1:2/29
台湾 231263: NO16NO7 B(1:2//06B(1:2/91
科威特 231163: BO16BO7 B(1:2/276B(1:2/2:
巴基斯坦 松米亚尼湾 2313612 5B165B7 B(1:2//26B(1:2//6
巴基斯坦 奥尔马拉 2313612 5B665B13 B(2323966B(232373
巴基斯坦 伯斯尼 2313612 5B1165B17 B(2323916B(232397
3G1307:6" ,(630970" ,(630978" ,(63097:"
,(630963" ,#7:7229" (!/89032" +P36829:"
+P368273"+P368271"+P368272"+P36827/"
+P368279"+P368277"+P368276"+P368270"
+P368278"+P36827:"+P368263"+P368261"
+P368262"+P36826/"+P368269"!G68173/"
G0/878/" !G0/8789" !G0/8787" !G0/8786"
!G0/8780"!G0/8788
!"#$%&JH1 *** (!672926"(!672920
中国鲳
!./01*)*&1&
北部湾 2311612 5?<9=165?<9=2 B(1:2//3"B(1:2//1 ***
$%A&实验方法
形态学研究44对样品进行传统形态学测
定' 可数性状包括!背鳍鳍棘和鳍条&胸鳍鳍条&
臀鳍鳍棘和鳍条&尾鳍鳍条&第一鳃弓鳃耙数&脊
椎骨数%用游标卡尺测量银鲳体长&叉长&头长&眼
后头长&吻长&眼径&眼间距&尾柄长&尾柄高&体高
等可量性状"精确到 311 77'
遗传学研究44取银鲳适量肌肉组织"采用
酚*氯仿方法提取基因组 3%&"将乙醇沉淀后的基
因组3%&溶解于 133
&
'蒸馏水中"9 Q保存备用'
用于扩增线粒体 3%&,-
%
片段的引物为 (1!7R6
N-&&--&&--&-&&&D&-&NNDD-&-6/R%$2! 7R6
&-NN-&DDDND&--D&&D&&N-&D&&6/R' 5-$
反应体系为 27
&
'"包括 1127 #2"3 3%&聚合
酶"各种反应组分的终浓度为 233 =7/04'的正反
向引物%233
&
7/04'的 A%N5"13 77/04'NI9JH+
81/"73 77/04'B-0和 117 77/04'P:-0
2
' 反
应条件为 :9 Q预变性 / 79=%:9 Q变性 97 J"
72 Q退火 97 J"02 Q延伸 97 J"/3 个循环%02 Q延
伸 13 79=' 以上反应均设阴性对照以排除3%&污
染的情况' 取 2
&
'5-$扩增产物进行 1S琼脂糖
凝胶电泳检测 ##>7 .4?7$"用 #%)G613 柱式
3%&胶回收试剂盒进行目的片段的回收纯化"送
上海桑尼生物科技有限公司进行双向测序'
2361
!""#!
!
$$$%&'()*+,-%'.
11 期 李4渊"等!银鲳形态特征与 3%&条形码研究 44
$%B&数据处理
将测得的 ,-
%
基因片段序列用 3%&*L8I软
件中的 *@T78= 软件进行比对"并辅以人工校正'
从 D@=E8=F 库中下载所有拉丁学名为 !"#$%&
"'()*+)%&的 ,-
%
同源序列进行比对分析' 筛选
核苷酸最佳替换模型"以中国鲳为外群"利用
P,D&913 软件构建系统发育树"并计算组群间
和组群内的遗传距离'
24结果
A%$&形态描述
测量标本 16 尾"体长范围为 12211 <2181/
77"样品分别采自于巴基斯坦松米亚尼湾 # 12
尾$&中国台湾#/ 尾$和北部湾#1 尾$'
背鳍!
5
"
6/: <9/%胸鳍 21 <2:%臀鳍#
5
$
6/7 <91%尾鳍 26 <28'
头长为体长 2/S</3S%体长为叉长的 87S<
:2S%胸鳍长为体长 9/S<77S%体高为体长 70S
<02S%体宽为体长 :S<16S' 吻长为头长 22S<
26S%眼径为头长 /1S</7S%眼间距为头长的
99S<90S%眼后头长为头长 /:S<90S%尾柄高为
头长 19S<22S%尾柄高为尾柄长的 27S</8S'
体卵圆形"侧扁"背面与腹面狭窄"背缘和腹缘
弧形隆起"体以背鳍起点最高' 头较小"侧扁"背部
隆起"两侧平坦' 吻短而圆钝"稍突出"等于或略短
于眼径' 眼较小"靠近头部前上端"距吻端较距鳃
盖后上角为近' 鼻孔每侧 2 个"紧相邻"均位于眼
前上方' 口小"亚前位"上颌不能活动' 两颌牙细
小"一行' 犁骨齿及舌上均无齿' 前鳃盖骨不明
显' 鳃耙细弱&稀疏"2 </ =8 <: >13 <12'
体被细小圆鳞"鳞片极易脱落' 头部除两颌及
吻部外"全部被鳞' 侧线完全"上侧位"呈弧形且与
背缘平行' 头部后上方侧线管的横枕管丛和背分
支丛后缘呈浅弧形"背分支丛占头长的 97S<
70S"腹分支丛占胸鳍长的 /9S<91S"较背分支
丛略长"向后延伸未达背鳍起点"呈峨眉状'
背鳍一个"鳍棘较小"前部鳍条隆起呈镰刀
状"不伸达尾鳍基' 臀鳍与背鳍同形"其前部鳍条
隆起"较背鳍长' 胸鳍长大' 腹鳍无' 尾鳍分叉"
下叶较上叶长' 椎骨数 /0 </8'
体背部青灰色"腹部呈银白色' 多数鳞片上
有微小黑点' 各鳍呈淡灰色'
A%A&,-
!
序列分析
对科威特#7 尾$&巴基斯坦#松米亚尼湾&奥
尔马拉和伯斯尼各 7 尾$&台湾#7 尾$和北部湾#1
尾$的 26 尾银鲳的 ,-
%
基因片段进行双向测
序"得到 672 MH 的序列%结合 D@=E8=F 中同源序
列#632 MH$进行比对分析' 所有个体中出现变异
位点 1/: 个"简约信息位点 1/0 个' &=N碱基含
量#&!2710S%N!/219S$高于 D=-碱基含量
#D!1618S%-!2711S$'
以中国鲳为外群构建邻接系统发育树 #图
2$' 从系统树可以看出"所有鲳鱼个体单倍型明
显分为 9 个组群"组群 1 有 10 条序列"组群 2 有 2
条序列"组群 / 有 7 条序列"组群 9 由 29 条序列
组成" 9 个 组 群 间 支 持 率 均 为 133S' 仅 有
(!/89032 与本研究实测的 26 尾银鲳序列聚类到
一起'
图 A&基于邻接法构建的银鲳系统发育树
'()%A&C-@<9)121;(?;.1198!."'()*+)%&
6/01=9221()-69.DE9(2(2) :1;-9=
/361
!""#!
!
$$$%&'()*+,-%'.
444 水4产4学4报 /0 卷
44在 ,-
%
蛋白质编码基因部分片段中"大部
分的突变是同义突变"最普遍的核苷酸替代是发
生在密码子第三位点上的转换"其次是密码子第
三位点上的颠换和第一位点上的无义转换(73)
'
在 632 MH 同源序列中"组群 1 内有 16 处碱基差
异"而氨基酸序列仅有 1 处变异%组群 2 内仅有 1
个碱基差异"氨基酸序列没有变异%在组群 / 中"
有 1 MH 的碱基差异和 1 处氨基酸序列变异%在组
群 9 中"有 13 MH 的碱基差异"氨基酸序列没有变
异' 而在氨基酸水平上"在 ,-
%
基因 233 个氨基
酸序列上"9 个组群间共检测到氨基酸替代 11
处"可见 9 个组群在 ,-
%
基因氨基酸水平上产生
了一定程度的遗传分化'
基于核苷酸最佳替换模型 +BU分别计算 9
个组群内及组群间的遗传距离#表 2$' 可以看出
组群内的遗传距离范围为 31331 <31338"组群间
的遗传距离为 3132/ <31177"组群间遗传距离明
显大于组群内遗传距离'
表 A&F 个组群基于 ,-
!
基因序列的组内#对角线$和组间#下三角$的遗传距离
5/6%A&G121;(?=(0;/2?1098,-
!
H(;-(2#92;-1=(/)92/<$/2=/:92)#61<9H;-1=(/)92/<$89+.).9+,0
组群 1
:I/>H 1
组群 2
:I/>H 2
组群 /
:I/>H /
组群 9
:I/>H 9
中国鲳
!./01*)*&1&
组群 1 31330
组群 2 3132/ 31331
组群 / 311/0 311/9 31331
组群 9 31177 31171 31179 31338
中国鲳 31113 3113/ 311/: 31171 3133
/4讨论
1078 年"'9==8@>J运用双命名法将地中海北
岸的鲳鱼命名为 + 4+'5#"+)%&61"+57",' 1088 年"
瑞典鱼类学家 ,>H<I8J@= 在中国广东省虎门镇沿
海定名了 2 种鲳属鱼类*4+'5#"+)%&"'()*+)%&
,>H<I8J@= 和 4./01*)*&1&,>H<I8J@=' 随着时间的
推移和研究的深入"越来越多的鲳属鱼类被人们
认识&描述' 18/0 年"E/=8H8IL@在研究印度沿海
的鲳鱼模式种 4+'5#"+)%&/"*818%&时"发现其与
地中海和大西洋的 4+'5#"+)%&属鱼类存在属级的
差别"并提出 !"#$%&作为鲳属的新属名"而
4+'5#"+)%&仅作为分布于大西洋和东太平洋的真
鲳属的属名' 但直到 1:37 年"!"#$%&才被接受
并沿用至今(/6)
'
王以康(1)
是最早描述中国沿海鲳属鱼类的
鱼类分类学家之一"他将鲳属分为银鲳 # !.
"'()*+)%&$和中国鲳 #!./01*)*&1&$' 中国科学院
动物研究所等(2)
和朱元鼎等(/)
认为南海和东海
的鲳属鱼类分为燕尾鲳#4+'5#"+)518)&*59":")$&
银鲳#4."'()*+)%&$和中国鲳# 4./01*)*&1&$' 杨文
华等(9)
同意成庆泰等(7)
分类结论"但提出鲳属属
名 4+'5#"+)518)&应为 !"#$%&' 邓思明等(6)
和伍
汉霖(0)
认为鲳属鱼类包括银鲳#!."'()*+)%&$&灰
鲳#!"#$%&/1*)')%&$和中国鲳#!./01*)*&1&$' 张
春霖 等(8)
认 为 黄 渤 海 只 有 银 鲳 一 种 鲳 鱼'
U878A8等(71)
认为黄海和东海存在 9 种鲳属鱼
类***翎 鲳 # !"#$%& $%*/+"+1&&1#%&$& 镰 鲳
#!"#$%&)/01*5("&+)'$&中国鲳 #!./01*)*&1&$和
灰鲳#!./1*)')%&$' '9> 等(/8)
在台湾海峡和南海
近海发现鲳属鱼类一新种***珍鲳' 也有研究依
据鲳属鱼类的外部形态&内部结构&同工酶及线粒
体等研究结果(:"27 526"/6"/8"72 579)
"认为中国沿海鲳
属鱼类应包括 6 个种"即银鲳&镰鲳&灰鲳&翎鲳&
中国鲳和珍鲳' 尽管鲳属鱼类分类相关研究较
多"但鲳属鱼类的分类与定种依旧混乱"银鲳缺少
正确的形态特征描述和 3%&条形码'
我们对科威特&巴基斯坦&北部湾和台湾近海
的银鲳开展了研究' 在采集中国沿海银鲳样品过
程中"我们未能采集到台湾以北海域的银鲳"推测
银鲳主要分布于台湾海峡以南"应属暖水性鱼类'
U878A8等(71"77)
和 %8F8M/
(76)
都认为黄海和东海
存在 9 种鲳属鱼类"即镰鲳&翎鲳&中国鲳和灰鲳"
并未提及银鲳%%8F8M/
(76)
还明确指出银鲳只分布
于台湾海峡以南"这都与我们的研究结果相一致'
本研究银鲳的形态鉴别特征为背鳍!
5
"
6/: <
9/%胸鳍 21 <2:%臀鳍#
5
$
6/7 <91%尾鳍 26 <
28' 鳃耙细弱"稀疏"2 </ =8 <: >13 <12' 头部
后上方侧线管的横枕管丛和背分支丛后缘呈浅弧
形"腹分支丛较背分支丛略长"向后延伸未达背鳍
9361
!""#!
!
$$$%&'()*+,-%'.
11 期 李4渊"等!银鲳形态特征与 3%&条形码研究 44
起点"呈峨眉状' 脊椎骨数 /0 </8' 虽然其他关
于银鲳的形态描述与本研究中的形态特征有部分
重叠"但存在明显不同#表 /$%对银鲳分布区的描
述也存在问题' 根据 '9> 等(79)
可数性状无法区
分银鲳和镰鲳"且可数性状与本研究结果完全
不同'
表 B&各研究中银鲳可数性状的比较
5/6%B&I9:,/./;(J1?9+2;0/2==(0;.(6+;(9298!."'()*+)%&(2=(881.12;0;+=(10
文献
I@K@I@=?@
背鳍
A/IJ80K9=
胸鳍
H@?L/I80K9=
臀鳍
8=80K9=
尾鳍
?8>A80K9=
鳃耙
:900I8F@IJ
脊椎骨
2@IL@MI8@
分布
A9JLI9M>L9/=
本研究 L<9JH8H@I
!
5
"
6/: <9/ 21 <2:
#
5
$
6/7 <91 26 <28 13 <12 /0 </8 台湾海峡以南
(70)
/0 <9/ 29 <20 /9 <9/ 5 13 <1/ /9 </0
(78)
/0 <9/ 5 5 5 5 /9 </0
从波斯湾到印度尼西
亚"向北至日本北海道
(2)
'
5
(
6// </6 21
!
5
'
6/2 </7 10 11 <10 5
(/)
$
5
'
693 <97 21
'
69/ <90 10 18 <2/ 5
(0)
)
6/8 <9/ 2/
!
5
"
691 <9/ 10 5 /: <92
印度尼西亚&中国南
海&东海&黄渤海"朝
鲜"日本
(8)
)
5
*
692 <98 29 <20
$
5
!
"
%
691 <96 10 18 <21 5 5
(79)银鲳 '
5
*
699 <98 22 <29
$
5
!
69/ <90 23 <22 16 <1: 93 广东省及东南亚
(79)镰鲳 '
5
*
699 <9: 22 <29
$
5
!
692 <98 23 <22 16 <21 93 <91 台湾海峡以北
44分子标记已被广泛用于物种鉴定和遗传多样
性研究"D@=E8=F 中丰富的序列信息更是为物种
的比对研究提供了捷径' ,-
%
基因片段是鉴别
鱼种最有效的 3%&条形码之一"从系统发育树
可以看出"所有鲳鱼个体单倍型明显分为 9 个组
群' ->9等(27 526)
提出 !"#$%&JH1#(!672926 和
(!672920$可能为镰鲳或银鲳"但本研究结果表明
!"#$%&JH1并非银鲳'
蛋白质和核酸序列信息的迅速积累"使我们
能够利用这些现存的序列信息研究分子进化的
历史和规律' 氨基酸的变异主要归结为遗传密
码子碱基的转换和颠换"但由于生物密码子兼
并性的存在"许多密码子发生同义突变后所编
码的氨基酸种类仍保持不变"而不同物种的氨
基酸片段序列则会出现较大的变异(93"7:)
' 对 9
个组群氨基酸序列进行比较"发现仅组群 1 和组
群 / 在组群内氨基酸序列发生 1 处变异"而组群
间的氨基酸序列则存在 11 处变异"可见 9 个组
群的 ,-
%
基因片段在氨基酸水平上遗传分化
也较大' 这也说明了所用样品并非都是银鲳"
而应为 9 个独立的有效种' P@C@I等(63)
认为"
理想 3%&条形码检测到的同属内种间遗传差
异应该明显大于种内遗传差异"并在二者之间
形成一个明显的间隔区"称作 M8IA9=: :8H"在
,-
%
基因片段上"种内差异很少超过 2S"一般
都低于 1S%而种间差异大于 2S' 计算鲳鱼 9
个组群内及组群间的遗传距离可以看出"组群
内的遗传距离范围为 31331 <31338"组群间的
遗传距离范围为 3132/ <31177"组群间平均遗
传距离明显高于组内的遗传距离"说明组群 1 序
列可作为银鲳的 3%&条形码'
迄今为止"国内+银鲳,相关研究涉及的分布
范围广泛"但主要集中在渤海&黄海和东海' 施兆
鸿等(19 510)
和赵峰等(18)
先后对+银鲳,的繁育研究
进行了报道"发现 +银鲳,繁殖期的最适水温为
16 <23 Q"盐度为 26 </1%而科威特海域银鲳的
繁育水温为 26 </218 Q"盐度为 /: 左右(61)
"两
者存在明显的温盐差异' 可以看出这些研究涉及
的鲳鱼分布范围和繁育水温存在明显的不同"结
合 D@=E8=F 中 ,-
%
基因同源序列的分析"提示
分布在渤海&黄海和东海的鲳鱼并非银鲳'
正确的鱼种鉴定是进行渔业资源调查&鱼类
生态学及开发利用和管理的基础与前提' 由于鱼
类的形态特征因生长环境和发育阶段的不同而存
在差异"给依据形态特征鉴别物种的传统分类工
作带来很大困难"而 3%&条形码技术为鱼类的
分类鉴定提供了辅助手段' 将鱼类传统分类与
3%&条形码技术相结合"才能准确鉴别鱼种"为
后续分类地位和系统发育关系研究的开展奠定
基础'
感谢科威特科学院海水养殖和渔业研究所
3I1*>08978= &078L8I和陈卫忠研究员提供科威特
银鲳样品!
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