In situ DNA barcoding of Trichoderma in soil reveals ... - Zobodat

16
STAPFIA 96 (2012) | 179 FRIEDL & DRUZHININATrichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193 In situ DNA barcoding of Trichoderma in soil reveals a narrow community of opportunistic species § MARTINA A. FRIEDL & IRINA S. DRUZHININA * Abstract in situTrichoderma Hypocrea, Hypocrea/ Trichoderma Hypocrea/Trichoderma Hypocrea/Trichoderma Zusammenfassungin-situ TrichodermaHypocrea Hypocrea/Trichoderma Key wordsHypocrea * § FRIEDL & DRUZHININA ©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

Transcript of In situ DNA barcoding of Trichoderma in soil reveals ... - Zobodat

STAPFIA 96 (2012) | 179

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

In situ DNA barcoding of Trichoderma in soil reveals a narrow community of opportunistic species§

MARTINA A. FRIEDL & IRINA S. DRUZHININA*

Abstract������� ����������������������in situ�� ��� ����������������� ��������Trichoderma �����������Hypocrea, ����������� !���"����������������#��$��� %���������� �������������� �������� ����������� ��&�'����� �������������������$��� %��()*�����+�,���� ������������������������� �������� � ���-**�������������� �������#���� ��� ����./(0�"&�(������������� �������� � ��� ���� ��������������� �� ���������������������������2������ ����� ��������*4�!�������� �������+������� �����������#�&�(�����������#������������������*&4�5��������./(0���������� ������������������� ������������ ������Hypocrea/Trichoderma���� ��� ������������������ ������������������������� ��&�(������ ����������������� �� ������ ����� ����� ����%������������������ ������������������ �������� �� ��� ���������������������� ����� ������� ����������� ���������������%� ������� 6������"������������&�/������������������������������� �������������� ������Hypocrea/Trichoderma���� ��� ��������������� ���������� ����������������� ����� �������������������� ���������������� ����� �������� ������Hypocrea/Trichoderma��������"����� ���� �����������������&�

Zusammenfassung��� ����� �������8��� !�� ���6� ���:���� ������6;�� �����in-situ�� ��� �<����������������8 �6���Trichoderma������������Hypocrea������������� !���"���� ���������� ��������6 %�������������� �����)��� �&���6�������������������6 %����,���8 ����;��()*����������()+����� !����������� ��� ��������������=���� �� ����!��-**�������������� �������#���� ��� ���>�./(0�"���������&�� ��?����������6������������ �������� ����@��������������6�� ����� �������A!��������������������������������*4���!���������������6�� ������� �������������� ����6�������*�4�5������./(0�����������&��������<����� ������ ����������6�� ������ ��'����B����������<C �����?����!� ��������!��������� ���!��� � ���������������Hypocrea/Trichoderma��# �� ���&�� ������ ����������������������� ��� �� ��������� !�����@������%�������� ��&�:��!����������� ����!� ��?������������6� ��������������: �2�����!������ ��������� �����: ���������������@������������� ��������D������ ������������%� �<��6��,� 6����<�������� ����������&�

Key words��/� �������� ������������E�Hypocrea����������� ����������2������ ������ ������!������$������������� �� ���� ��&�

*F������������������6� � G�� �&6���&��� ��&�&��

��������,������� � � ������@ ���������������. �� �������. �� ������H��������� ��������F��� ���:�� ��� ����D �����0� ��� ������(����������H����������������*�����$*IJI�D ���������� �&

§�(� ������� ��� �����������FRIEDL & DRUZHININA��+I*+"�������LL� &���M������&��L������L*4NL*LJO&����

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

*NI | STAPFIA 96 (2012)

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

INTRODUCTION

Trichoderma���� ������������������������P������� ���������� � ������� ������������ Hypocrea�� Q�������������������� � !���"&� (���� ���!����� ���� ��� ���������� � ��� ������������������� % ����������������������������� ��� � � ��� ������� �� ������� ��� ���� ������� � ��� ��� �� ��������� ��� ��� � ���� �DRUZHININA� �����. +I**"&� (��� �#��� ��� ��� ��� ���� ���$��� ����� ��� ��� Trichoderma� �� � �$���������������� ��������������������� ����� ���� ��� ���� ������� �� ������� ��� �������� -omic� ���� ��� R����LORITO� ��� ��. � �+I*I"� ��� ���� �� ��S� �$��� ��� ���� ����� �������� ���������P������ ������� �������� ��� ���$� � ����� $� H. jecorina (MARTINEZ� ��� ��. +IIN"��H. virens�����H. atroviridis (KUBICEK ��� ��. +I**"&� (��� ������ ��� �����$� ����� ��������������� ������������������������������ �������� ����������������� ���������� �� ��� � ������Trichoderma����&���� ���������������$��� ����� ��!��������������� ���$������ � ������������ � ��"� ����������������������������������KUBICEK������. +I**"&� )������ ���� ��� ����� ���$������� ����� Trichoderma harzianum ������ ������T. asperellum�����T. asper-elloides� ��� � ����� � 6������� ��$������� ���� ��� ������� ��� �� ����������������� ��������������������������� ��������HARMANN������. +II-"&�

(��������� ��� ����������������$�� � ������ HypocreaLTrichoderma �� �2����� �� ����# ������� *JI� ���$ ����SAMUELS�+II4E�DRUZHININA������. +IIJE�KUBICEK� ��� ��. +IIN�� �F@�� (�#������@��������U������+I**"��������M� �������� ���������������� 6������������� �� ��� ���� ��P����� ������ �� ������������ ���������� ��� ���� ����������L�� ���� �� ��� ����&� �� ���� $��������������������� ����� ������������� ��� R���� KUBICEK� ��� ��. +IIN� ��� �$� �������JAKLITSCH��+II**"�����������S��������� ���� ������������ ��� �� ����������� ��� �������� ��� ��� ���� %�$� �������������������� ���� &�&����������� �� ��� ���� ��P����� ������$�� ��� ������ ����������� �������$

��� *� ���� +� ��()*� ���� +"� ��� ���� ,�������������������� ��DRUZHININA������. +II4E�KOPCHINSKIY������. +II4�����&�)(Q& ���"&�

(��� �������� �������� ��� ��$�������� ��� ��� ��� ��� �� F������:����� �������� ��V4� ��� ��� �JAKLITSCH +IIO�� +II*"&� ��� ��� � ��� ��� �� �������� ��6��� ��� ������� � ��� ��� ������ �� ��� ��#���� ������� ��� !����"����� ������� �� ������� ��� :��������� ��� ���� �� ��#���� � ���� ��� ���WUCZSKOWSKI������. +IIWE�KRAUS������. +II-E�SAMUELS������. +IIJ�E�JAKLITSCH������. +IIJE�KOMON$ZELAZOWSKAY� ��� ��. +IIVE� HAGN� �����. +IIVE�DRUZHININA������. +IINE�MIGHELI������. +IIOE�ZACHOW������. +IIO�����MEINCKE ��� ��. +IIO&� (����� ���� ������ ������ ������ ��� Hypocrea/Trichoderma� ��� ���!����� �� :����� ���� ��� ������ ����������&�

(��� ��M�� ����� ��� � ��� ���Hypocrea/Trichoderma� ���� ��� ��$�������������� �� ��� ������������$�� ���� ����������������������� ����� ������� � ������� �������"���� �� ���� ����� ���� ��M�� ����� �������������������������������� ������ ����������������� ����������������� ������������� ��� ��������������$�� ���� � �JAKLITSCH +IIO"&� Trichoderma ��� ��� ���� � � ����� ��� ����� ��� ��������� ���� ��� ����� ��#�� ���� �$ ��� �� �� ���������� �KLEIN� ���� EVELEIGH *OON"&�Q�������� �������������������������������� �������� �� ������� ��$���������� ��P��� ��� �������� ���������������� ��� ��$ ��������������$����� ��� ��� ���� �&�(��������� ���� ����������������������������Trichoderma � �� ��� ��������� ��� ��#�� �BÚEE������. +IIOE�LIM������. +I*I"&�

(����� �������� ������� ���� ��$��� ��������������� �� ������������$�������Hypocrea/Trichoderma� �� �� ������� �� ���� ��� � ���� �� ����������� ������ ��� �� ���� ���� �� ���� � ���������� ���� �� ����� �� ������"� �������� ��������������������������� ���� ��� �� ���� ����� ��� ������$� � ���� ��� ���� � ��� ����� ��� ��$������� ������� ��� �ROSSMAN� ��� ��. +IIWE� ���� DRUZHININA� ��� ��. +I**� ��� ������ ��"&

(��� � �� ��� �� �� ������ ���� ������� �� ��#��$��� %� ��������� �������� ���� �� �������� ��� ���������� ��� ������ ��� Hypocrea/Trichoderma�����#���������� ��� ���������������� ������ ����%���������� ���� ������� ������ �� �� ������ ���� � 6�L�$����� ��� ��� ������� � ����� $� ��&�

METHODS

Sampling sites

(��� ����� ��� � ���� ���� ������ �� ���� , ��� ������� ��� ����� 8�!�X��� ������!� �����$����Y� ����� �"&�(������������������������������$���� ����� ������� ��� ���� ������ ������ �������� ��������(�����*"&�(�������������� � ��� �Z-N[� O\� +N� ��� Z*J[W+\*O� '�����&�*J+��"��������� ��� ������������� �� ������������ �� ��� ����������������� ��������� ������� ���2��� �����������# ������� W� �� ������ ���� ����������"&�(���������������� ����Z-4[�WI\�-W����ZVW[�W+\�--�'�����&�*-*��"�������������� ��������� �� ��� ������ ��������2������ �� ��� ���� ��������� ����������2���&����� ��������� ������ �$� ��� ��� ����� ���������� �� � ���� ��(�����*&

Soil sampling and detec-tion of soil properties

��� ����� ����������� � ��� ��� ������*II��������������������������� ���������� ��� ������ +II� �� ���� ��!������� ���� �� �� �� 6��� �� ��� �� ��� ���!� ��&�(����� �������������� ���� ���$��������������������������������$� ������ �� �������� ���������������������� ����� ��� ������ %��� ��� ���� ]�+�����X%����������� ��Y"&�(�������������� ������������ ��������� ����������� � � ���� ���� +� #� +� �P������ � 6���������������������� ������� ���$����� ���������� � ��������������$�������� #���������� ���������������

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

STAPFIA 96 (2012) | *N*�

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

Table 1. Ecosystem description and soil properties.

Beech forest site Aspen forest site

Types of ecosystem Hard wood riparian forest patch Clearing of the soft wood riparian forest

Flooding frequency rare to none regular

Botanical description

Trees tall, thick moderately tall, thin

dominant Ulmus laevis, Populus canescens, Fraxinus excelsior P. alba, P. nigra, P. canescens

rare P. nigra, P. alba, Salix rubens S. rubens

Shrub and regeneration lighted dense

dominant Crataegus monogyna Rubus idaeus

rare Populus sp., Acer sp., Salix sp. Quercus robur, Populus sp.

Herbs lighted dense

dominant Aegopodium podagraria Allium ursinum, Ae. podagraria

rare Salvia glutinosa, Poaceae, Cyperaceae Carex acuta, Urtica dioica,

Epilobium sp., Salvia glutinosa, Solidago gigantea

Fallen trees abundant none

Soil properties

Litter layer thick, well developed thin, undeveloped

Soil type (FAO) cambic fluvisol calcaic fluvisol with high level of sandy sediments

Soil moisture content moderate high

Siltation moderate high

Vertical profile well differentiated well differentiated

horizon name A0 A B C A BC C

thickness (cm of 1 m section) 5 10 40-50 20+ 10 20-30 50-60

soil color very dark

brown

dark grayish grayish brown

very dark grayish brown

light olive brown

soil color code (Munsel) 10YR 2/2 10YR

4/2 2.5Y 5/2 2.5Y3/2 2.5Y 5/3

relative root density

no roots very high

high moderate high low no roots

Chemical characteristics pH 7.77 7.90 8.10 8.24 7.60 8.15 8.23

C, % 8.16 2.38 1.82 2.50 6.52 1.04 2.51

N, % 0.37 0.15 0.06 0.04 0.43 0.07 0.04

C/N 22.05 15.87 30.33 62.50 15.16 14.86 62.75

The table was originally published in FRIEDL & DRUZHININA 2012, the special issue of Microbiology “Trichoderma - from Basic Biology to Biotechnology”, January 2012

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

*N+ | STAPFIA 96 (2012)

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

�����������������P������������� ���(ROBERTSON�*OOO"&�U ������4I������������ ���������������$+I[�F���������������$���������� ��� ����� ��� ���&

)� ������ %�� ���������������� ������ �� �� �� 6���� ���� ����� � ����� ������� ���� ����� ��� �����&� (��� �� �� �������� ��%���� �� ��� �� �������� �������������� ��� �����.�������)� ��F����F������ 0&)&� ����&� ��� �� �����"&� (����� 6���� ���� � ������� � �� ��� �������������� ��� ��������� ��������� �$����� ����� ������ ��� ��� � ��� �������� ��&��������� �������������������������� �������%����������� ��&�(����������Q��*�������� �������������$��� ��*II�������*.�=F���������!���������� ���&� U ������� �Q� ���� ����� ����� ������������������&�(��� ������� ��$�������������������� �������$ ��� ��� ���� =M������� ������� ����� BATJES *OOJ������������"������D��������WI��H�������H�����"&�(�������������$ ��������������������������� ������� � ����������� ������� ����� BATJES *OOJ� ��� �� ������"�� �� �� �# � 6�������� � ��� ������ ��� � ������������P���� %����������������FWZ����$����� ����������*OJN-"&

Development of genus-specific primers

(��� �����$��� %� � ���� ����������������������������������� ��$�������� �()�*�����+�����NN����������� ��� ��� Hypocrea� ���� Trichoderma (DRUZHININA� ��� ��. +II4"� ��������������� ���� ���� ��� ��� ��� ���� � �������� � ��� �JAKLITSCH������. +II4E�JAKLITSCH ��� ��. +IIJ�E� JAKLITSCH� ��� ��.� +IIJ�E�OVERTON������. +IIJE�SAMUELS������. +IIJ�E�KOMON$ZELAZOWSKA������. +IIVE�JAKLITSCH������. +IINE� JAKLITSCH� +IIO�� +I**"&� ���� � �$��� ��� ������ � ���� ���� ��� ��$������������������������ ����()�4��4�$HH���H(������H(�FH(���F���H�H$W�"��(�����+"&�(������ � ������� ���� ��������������&�)(Q& ���L���������$ �&� (��� �� %�� ��� ��� � ��� ��� %$ ��� ���� ����� � ��� ������� ���������������� �� DRUZHININA� ��� ��. � �+II4"&�(���������������������� ��������� %������� ��� ���� ����� ��� ��P������ � �� ����������� �����F@��H��@��!��.���+IIJ"���M��������������P������$P�����&�

Isolation of DNA and ciPCR

�� ��������� ��� �������������*������ %��� �� �� ��� ��� ���� ������� ����� ��� ���� � ���� �� �� �� ��� ���������OI[F&����������� ���� �� � ����� �� ���������� ���� ����� ������� 6��� �������� ���� �#������ �� ��� �� U�������)� �� ! �� ��� �� �� �.8� @ �� ���� �����H�����"&�(�������������������������������������� 8F,�������� ������$�����8F,"�� ���Hypocrea/Trichoderma ��� %�,���� ������� � ����� ��(�����+&� F 8F,� ������� ��� ���� � #� � �������� ��� ���� ���� �� %��� �� ���� ��� !�8F,��� %�� ���! ���� ������H�����"&�

F 8F,� ��� ���� ���� � ��� ���� �� �� ������ ������� ��� 4I� ��� ���� � ���+&4��.�.�F�+��*I��.�( �$�QF���Q�O&I��4I��.�=F���I&*�5���L�"�( �����$*II��I&-��.� ��� ���� � ���� I&+� �.� ��� ������(8� ���� I&4� �� ��� ��� (�P$8����������8������� .�� ����� '�"&� (��� ���� $%�� ��� ������ ��� ����� ���� *� � �� � � ����������� ����O-[F"��WI������������� %�� ����*�� ��O-[F��*�� ��4+[�F��

Table 2. Genus and species-specific PCR primers designed in this study.

Primer Locus Application Suggested

pair Specificity Direction Primer sequence

Trirev1 ITS2 ciPCR ITS5 reverse 5'-CATTTC(A/C)GAAAGTTGGGGTG-3'

Trirev2 ITS2 ITS5

genus, Hypocrea and Trichoderma

5'-CATTTC(A/C)GAAGTTTGGGGTG-3'

Trirev3 ITS2 ITS5 5'-CATTTC(A/C)GAAAGTTTGGGTG-3'

Trirev4 ITS2 ITS5 5'-CATTTC(A/C)GAAAGTTGGGTG-3'

Trirev5 ITS2 ITS5 5'-CATTTC(A/C)GAAGTTGGGTG-3'

Trirev6 ITS2 ITS5 5'-CATTTC(A/C)GAAGTTTGGTG-3'

citro1_64 tef1 LLErev species,

H. schweinitzii forward 5'-CGCTACTGCCTTCAGACCAC-3'

asp7_60 tef1

ciPCR and qPCR

LLErev species,

T. asperellum forward 5'-GCTTTGCCAGTCTACCTACC-3'

The table was originally published in FRIEDL & DRUZHININA 2012, the special issue of Microbiology “Trichoderma - from Basic Biology to Biotechnology”, January 2012

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

STAPFIA 96 (2012) | *NW�

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

*�� ��V+[F"�������%�����#���� �����$ ������V�� �����V+[F&�

���� %�� ��������������� ����$ 6��� ��� *5� (�:� ������� ����� ���� ���� 8F,� ���� ���� ��� �� � 6�� ��� JII� !�������# �������� %����� ���� ��� !�H��� �# � ��� ! �� �� ������ H�����"��������������� ��+I� ������&�

Construction of clone libraries and sequencing

(��� 8F,����������������������� ��������H:.(������8�����"�����$����������&���� ������*II����� ������� �������� �������� �� �� ������&�8���� ��������#�������� ���������$����� � ����������&�������������$���� ����������� ������������ ������� ������ ���� ����� �� ���� ���� � �������� ���4������������ � �����6�����Not1 ����Eco,*���6������U���������H����

@�� ��� 0)�"&� U�� ��� � ��� �������� I&4� �������������� ����������%�������������� ���������� ��P��� ��� �:��%���.'H��:��������H�����"����������� �� ���&�

,��������� ��� �������� ��� ���� ���$ ��� ���� ���� �� 6��� ����� ���������� ���� �� ���� �F@�� H��@��!� ��$������� ����� ��� ������&� T. harzia-num�H�ON*J--��H�ON*J-4��H0IJIIOV�$� H0IJI*I4E� T. cerinum� H0IJI*IJ��H0IJI*IVE� T.pleuroticola� H0IJI*IN��H0IJI*IO�� H. alni� H0IJI**IE� H. virens H0IJI***E�T. ��&�./(0�*��J-�H0IJI**+�$� H0IJI**VE� T. brevicompactum H0IJI**N� $� H0IJI*+IE� H. pachybasi-odes� H0IJI*+*E� �����&� H. pachypal-lida� H0IJI*++� $� H0IJI*+4E� T. longi-brachiatum� H0IJI*+J� $� H0IJI*+NE� H. schweinitzii� H0IJI*+O�� T. asperellum H0IJI*WI� $�H0IJI*WVE�T. ��&�./(0�+@�-N� H0IJI*WN�� H0IJI*WO&� (��� �� ��$�������� #� ����� ������������P����&

Species identification by DNA barcode and diver-sity assessment

���� ��P������ ���� �� ����� ��H������ +&J� �NICHOLAS� ���� NICHOLAS *OOV"� �� ��� ���� �� ����� ���Hypocrea/Trichoderma� �()*� ���� +��� ������� ��� ���� ��� DRUZHININA� �����. ��+II4"����� ��������$� ������������LL���& ���& ���L�����L�����&���&� U����� ��� ���� %�� ��� ���� ������������ ��� ��P������ ���� ���� ����� ������� ���� �� �������� ��� ������������ TrichO=��� ������LL���& ���& ���L�����L���!��L ���#&���E� DRUZHININA ��� ��. +II4"&� ���� ��P������ ���� �������� ���� ��� %��� �����$��� %� ����$��!�� ���� ���� �������� ��� ��������� Hypocrea/Trichoderma&� Q����������� ��� � �� ��� ��P������ ���������P� ��&��������������()*�����+���$������ ����� ����� ������ �����6��� ���

Fig. 1��8 � ������������� �������� ����������� ��� ����������� ��TrichO=����DRUZHININA������&��+II4"

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

*N- | STAPFIA 96 (2012)

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

��P������ � �� ����������� ���������F@��H��@��!��Tricho@��)(��KOPCHINSKIY ��� ��. +II4"� ���� ���� ��P����� ����$����� ��� ���� (0F�.� ���� F����� ��� ��������� ���. ����� �����������D �����0� ��� ������ (��������� ���������������� ��� ���� ����� -III� HypocreaLTrichoderma� ��� ��� � ��� 44II� ��������� ��� ��P������ ���� ��� �()*�����+&�@�������� �� � ������ �������������� ����������� ��������������������()*�����+������#������������$���$ %�������!���� 4&N)� ,��������� ����DRUZHININA������. +II4"��+I�5������P����������� ����� � �������� ��� ���� �� � �$������P��� ������&�U�����P���������� ������������ �� ���� �� ����� $������ ��� �������������()*�����+������������������������ �������������$���� ������������������T.���&�./(0�*��J-����)�� ���Longibrachiatum�����T&���&�./(0�+@�-N� ��� )�� ��� Trichoderma"&�(��� � � ���� ��� ���� �� �������� ������������� �������� ��U �&�*&

Development and verifi-cation of species-specific tef1 primers for qPCR

��� ���� ��� ��� ��� ��� ��$��� �$ � P8F,� � ����� ��������� ��� ��$P��������� ����-��� ����� �������� tef1 ����� �� ��� ���� ������� ��� ����� *��������������������������Hypocrea/Trichoderma� ���� �� ����� ���� �������� ����� ��������� ��� ���������� ���!��� ����& ��& ���"� ���� ������� $����� �� ����� �� F������� �� �THOMPSON� �����. *OOV"&� (��� ��������� ��� tef1� ��$P����� ��� �� ������ ��� ��� ���� ���$� ����� ��� �F@�� ��P����� � � �� �������� ����� �������"� ���� ���� ������$���������������P��������¡+I"���$� ��������������������� ����� ��������� ������ ��� ���� � � ��� �� ������&�)����P�������� ��� ��$��� %� � ��$���� ��� �������������������������������� ������ ��� ��� �������� �������������� ������� � ������������� ���$��� %� �������� ��&� ��� ��������� ����������� ����������������������� ������������� ��� ��$��� %� � ���� �� Q¢�:�� �������� �LINHART� ���� SHAMIR +II4"& (��������� �����������������

�������� ������� ��� �� ������$�� ���� ��� ����� ������ ��� ����� ��$������� ����� ����� ��� ������ �� ���H���� ,����� �H���� ,����� W&I� ����$���"� ���� ).)� 8F,� 8 ��� )����� �����������LL���&� � ������ �&��L���+L�£� ��£�����&����&�)�� % ��������$������� �������� %��� ���������� �����F@�� H���@��!� ��������� �������� $����� ��� � 6��� ��� ����� P�� ��"� ��������� �� %��� ��� 8F,� ��� ���� �����JAKLITSCH������.�+IIJ�������� � ���"�� ������������������������������������������ ������������������������������� ���� �� ����� �����&� (��� ����� ��������� �������� ��$��� %��� ������$�� ���� ���� ������� ��� ���� ������ �����% ���� ��� ����� ��� �� ��� � ��� ��������� �����������#���&�)���� � ��������� ����� � ���� ���� �� %��� ��� ���$��� ��� ���� 8F,� ������ ���� �������� �� �� ���� �#���&� ������ -I� �� $�������� �������������� ������� 6������� ������� ��� �����������������P�������������� Hypocrea/Trichoderma ��� ����������������� ��������� ���T. asperellum ��� H. schweinitzii �(�����+" ������� � ��� ��� % ���� ����� � ������� ����� ���� ��% ���� �¡NI5"� ���������� ��������� ����������������&�

Semi-quantitative PCR assessment

����� ��� ���8F,����� %�� �������� �������� ������� ��4�,���$( ���8F,������ �����������@ �$,��"� ����+4�����$�� ������� � ���*+&4���� ��)¢@,�H����)���� #� �@ �$,��"�� ���� � ��� ��� ��������� ��� ��� +4I� �.� ���� �������������� ��� ��� ��� � � ��� ������$� ������I&4����������������&����� %�� �������� �������� ������������� ���8F,�������� � � ��� �������� ��� ��� W� � �����O4[F�� ������������-4��������� ��$ ��� ��� O4[F� ��� *4� ��� 4-&I[F� �tef1"�� �$���� ������ ��� +I� ��� ���� V+[F� ��� +I� �&�)������������ %�� ��������� %����������� ��� �������������� ���������$�������������������������������$� �&�U��������� ������� ������� ��� ��������������������������������% ������� ����8F,&� (��� ���������� ���� ���$� ���8F,����������6���� ��� ���� ��4���� $�������������������@ �$,��"&�0� �������

8F,� ����� � ��� ��������� ������ ������������� ���� ���� ��������� ��� ������������������������ %�� �����% ��$���������� ������������ ���&

Statistical analysis

F��� ��� ��$ ����������� � ��� ������� ��� ��� ������ ��� Hypocrea/Trichoderma�������������� ��:�� ����)�N&+&�,����� �����������������$������������ ����%��&�(��������������� �������P���� %������*II���������� ��� �������*��������P����������������������� ���*II��������������$����� ����� ����������� ��:�� ����)�(COLWELL�+II4"&

)��� �� ��� ��������� ��� ������$��� � ����� ���� in vitro� ������� � ����� ���� ���� ����� �� )��� �� ��J&*� �)���)���� ��&�� (������ 0)�"� ����������!������ ������ �������#����� ���������� ����� ��� ��� ���� �� ��������������������� ���� ������� P���������� ������ �� ���� ������ ������ �"&�� ���������������������� ��������$����������� �� ��� ����� ������������� �������Hypocrea/Trichoderma���� �������������������������� ��������$�������������$����M� � ��������������� �� ����������� ��)��� �� ��J&*�� �����$��P����� ���� ��� ��� ����� �� ��������������� ����������2����������$��� ������� �� �������������&�

RESULTS

The pedogenesis of both sites is strongly influenced by the river

(������������ ���� ����������� ��������� ����� � ������� � ������� �(����� *"� �� ���� �� ��� ������ ���� �������� ������, ������������� �����8�!������$��������D ���������� �&�'������������*����������� ��� �� ����� ������������������� ����������� �� ���P������� ������� ���� ������ ��� � �� ��������� ������ ���� �� �� �������� ���������������������#��� ���� 6����������������������� ��&

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

STAPFIA 96 (2012) | *N4�

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

Fig. 2: In situ�� ��� ������Hypocrea/Trichoderma� ����� �����%������������� ������ ����������������������������������������������� ��������� ����&�������� ������������� �� �����������������./(0������������ ���������E���������������������������������������� ���������$��� ��������������� ��������� ����&�(���� ����� ���� ��������������������� ���%����������2������� ������������������ �������������� ������������������ ���� ���&�¥�- T. longibrachiatum – H. orientalis���� ����� &�(���%��������� � ���������� ����� ��FRIEDL & DRUZHININA�+I*+��������� ��� ��������. �� ������XTrichoderma�$�����@�� �@ ���������@ ����������Y��¦������+I*+�������LL� &���M������&��L������L*4NL*LJO&����&

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

*NJ | STAPFIA 96 (2012)

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

(��� ��M�� � ������� �������� ���������� ���������� ���������������������� !��� ��4��"��� ��� ������������ 6����I��U�/"� �� ���������� ����� ������������� �����������������&�������������������� � ��� ���� ������ ��� ���� ������������ ����� ��� ������ ��� ���� ����$��� ���Alnus urcinum�� �����������$��� ������ ������ ��� ��� ����� (�����*"&� F������� ����� ���� ����� �������� �� ��%��� ���� ������� ���������� �������� ����� ���������������� ��� �� ���������� ������ �� � ��� ���� ���� ��� ����������������� ������������� 6��&

(��� ��������� �� ��� ����� � ���� ���������� �2������������� ��������$������ ������� ������2�� ������U�/����� $

%�� ����¦"�� ������ ��������������� ��� �� ���� ��� ���� ��� ������ ��&� (���2�������� �� ���������������������� ���� �� %������ ���� �� ����� ��������������������������(�����*"&�@����� ������������� 6����������������������� �� ��%���� ���� ������� ��� ��� ����������� �� 6���� �� U�/� ������������������ ����� ��������� ������������$��� 6������ ����������� 6�������@�����FE������������������������@���������� ���� � ����� ������ ��� ���������������� #���� �����������������$ ���� �������������� 6��������� �����$�� ���������������� %���������@F�����F��(�����*"&�(������ �������� ������������ ��������� ���� ��(�����*&

DNA barcode revealed restricted diversity of Hypocrea/Trichoderma in temperate soil

'�� ��� ����� ���� ���� ��� �����$��� %� 8F,� ������� �����������8F,"� ������ � ���� ( ��� �*� ��� J"�4\$F�(((F.HR�+L�3SHR(+L(3SRH+LH3LH-S(H$W\��(��J*§F"��(�����+"� ������W�� �������������� ����������� ���������+���()+"��������,���������������(�����+"&� (��� ��� � ��� ��� � ���� �� ������������� �����LL���& ���& ���L�������L������&���¨������£ �>*+&� � '�������� ��� �������� � ��� �()4� ������� ����WHITE������. *OO*"��������� �������� %������4*I�$�4-I��������������$� ���������������� ������ ���������()*�����+� ���� �������%��������$���$ %�������!���DRUZHININA������. +II4"&�

���� �� �������()4L( ���� ����� ���� 8F,� � ��� ���� �#����� ���� �� ����������� �������� ������� ������� ��� �$� � ������ ����������������P������%$ ���� ��� ( ��� � ���� �� � ������� ��$ 6���&�(���� ��������%� ������( ���� �$������������������������ 6��������$������������������������ ���� 6����������������������� ��&�8F,���% ���� ���� ��������������������������� ���������&��(���������� 8F,������������()4L( ������� ���� ��� ���� �� �� �� 6��� �����������������P����������� �� ��&

��� ������ -**� �()*� ���� +� ,��� ��$������ ��#���� � �� ��� �./(0�"� ����������� �U �&� +"&����� ��P����������� ������ � �����$��� %� ������!��(DRUZHININA������. +II4"� ������� ���� �������� � ��� ��� ( ��� � ���&� ���� ./(0������ ���� %��� ��� *4� !����� ��� ���������������� �����������#���(�����W"&�(��� ����� ��� ���� ���������� ������������ ��� ����������������������$�� ��� ��� ��� � ����� *II� ./(0�� ����������������������������� � ��������$ ����U �&�W"&�

./(0�� ��P��� ��� ���� ����� ����������� ���� � ��� ��� ���#� ��� ��� �$� ��� P���� ��� ��� ������� ��� ��$��� ��� ����� � ��&� (��� ��� �������� ��� �������� �����4-�����+N&J�5������������������������������� ����"�����T. asperellum��������� ����SAMUELS �����. +IIO"&

Fig. 3��,����� ���������� ��� �������������Hypocrea/Trichoderma������ ���� ��$� ��� ��� �� ���� ��� ��� ����� � ���� � 6�&� (��� ���� ���� �������� ���� *II� ������������ ����� �����"� ���� ���� �#������ ������ ���� ��� ���"� �� ���� ������ ��� ��� ������ ������ ������� ����� ��� � ������ ���������"� ���� ��� ��P������ �������&�D�� ��������������������������� �� ��&�(���%��������� � ���������� ����� ��FRIEDL & DRUZHININA�+I*+���������� ��� ��������. �� ������“Trichoderma�$�����@�� �@ ���������@ ����������Y��¦������+I*+�������LL� &���M������&��L������L*4NL*LJO&����&

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

STAPFIA 96 (2012) | *NV�

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

(�������� ������ �� �������$���$ ������ ��� T. harzianum� ������ �� ���(DRUZHININA������. +I*I�"��T. rossicum��H&����������6 ����\� �DRUZHININA� ��� ��. +I*I��� � ����� !����� ��� T. harzianum �����#"�����H&�pachypallida (JAKLITSCH +I**"��� ����� ������**��O��N�����J�5��������������� ��� �������� �� ���� ��&�)�P������ ��� T. longibrachiatum� $� H. orientalis� ��� ��� �� � �DRUZHININA� ��� ��. +IIN"�������4������������������������ ����� ��� �� ������ ����� ��#����U �&� +"&� T. pleuroticola� �+&45"�� H. sch-weinitzii� �*&+5"�� T. brevicompactum �I&N5"�� H. pachybasioides� �I&N5"� ������#���� ��� ������������� ����������$ ��� ���� )�� ��� Longibrachiatum T&��&� ��&� ���&� ./(0� *�� J-� �I&N5"� ������&�./(0�����H. atroviridis�����H. vi-rens������������� �������P������������������I&4�5&�

�� P��� ��� ����� � � ��� ���� P���� $��� ����� � ������� ��� ��� ����� � ��������������� �������������������U �&�

+"��������� �����T. asperellum��������$������ ��� �$��� ����� H&� pachypal-lida��+W5"��H&����������6 ����\��*J5"����� T. rossicum� �*4&45"&� (��� ������ $�������� ���H. alni��45"�����T. cerinum �W5"� ���� � �� %������ ����� ������&� T. harzianum� �&� �&� �+&-5"��T. longibrachia-tum�$�H. orientalis���� ����� ��*&N5"��T. pleuroticola��*&+5"��T. brevicompactum �*&+5"��T&���&�F&8&=&�+OV-���&�DRUZHININA����$���� ���������"��*&+5"������������ ���������� �������)�� ���Trichoderma T&���&����&�./(0�+@�-N�������E������()���P��������H. schweinitzii��������$������������&�

(�����������*V����������#�������������� � ��� ��� ��� ������� �� ������ ���� ���� ���� ��� ��� �� P��� ��� ������������&������������� ��� �������������� ���������������������� ���������������*W��$�# �� ��� Hypocrea/Trichoderma� ���$ ��� ��������� ������ ����� � ��� �������P���� ���������� ���&�

Highest Hypocrea/Trichoderma diversity was detected in the moist ho-rizon of aspen forest soil that has a low root density and poor carbon content

(��� ������ �� ��� Hypocrea/Tricho-derma� ��� ���� �� ��� ��� ��������� $��� �� ����%��� ������� �����T. asperel-lum����������������������� �������� ��� ���� ����� ��� ���� ����� ������ �N+� 5"����� ����� ��� ������ �� �� ���� @� �� $6�����4W�����4O�5������ ����"��� ��� �������� 6���F� ����������������� ������������������#����*J�5"&���� � ���� �� $��� ���������������������� ��������$������������ ���(�����W"&�(�������� ��������� �� ������� �� � �� %���� ����$� �������� ������T. asperellum�����$����� � ��� �Q� ������� �(����� W"� ������������� � ��� ������� �� �� ��� ������� ����� ��� ������ ������ ����� �������

Fig. 4��,����������������� $P���� ��� ���8F,������� �������������� ��$��� %�tef1 � ������$�����������T. asperellum�����H. schweinitzii������ ����&����������% �������� ����� �� ���������� ������������ �"����������� ������� ������������������������ ����������� $P���� ��$� ������� ���� ������ ���&��$*����������������������������L*"��������������������������������������� ������������&�(���%��������� � ���������� ����� ��FRIEDL & DRUZHININA�+I*+�� ������� ��� ��������. �� ������“Trichoderma�$�����@�� �@ ���������@ ����������Y��¦������+I*+�������LL� &���M������&��L������L*4NL*LJO&����&

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

*NN | STAPFIA 96 (2012)

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

Tab

le 3

. In

situ

div

ers

ity o

f H

ypo

cre

a/T

rich

od

erm

a in

ve

rtic

al s

oil

pro

file

an

d it

s c

orr

ela

tion

with

so

il p

rop

ert

ies.

b

ee

ch

fo

rest

/243

* a

spe

n f

ore

st/1

68

so

il h

oriz

on

s so

il h

oriz

on

s c

orr

ela

tion

co

eff

icie

nts

A

0 A

B

C

A

BC

C

Spe

cie

s

tota

l fr

eq

., %

loc

al

fre

q.,

%

61§

77

54

51

loc

al

fre

q.,

%

38

70

55

soil

ho

rizo

n

pH

C

%

N%

C

/N

roo

t d

en

sity

d

ep

th

(cm

)

T. a

spe

rellu

m

43.6

53

.9

0.20

6#

0.16

9 0.

132

0.03

3 28

.6

0.13

7 0.

107

0.04

2 -1

.0

-0.8

-

- -0

.8

- 0.

9 H

. pa

ch

ypa

llid

a

12.9

6.

2 -

-

-

0.

062

22.6

0.

018

0.07

7 0.

131

0.8

- -

- -

- -

T. ro

ssic

um

11

.7

9.1

-

0.01

6 0.

025

0.04

9 15

.5

0.03

0 0.

012

0.11

3 -

- -

- 0.

8 -

- H

. 'p

seu

do

ha

rzia

nu

m'

11.2

7.

8 -

0.

037

0.01

6 0.

025

16.1

0.

012

0.13

7 0.

012

- -

- -

- -

- T.

ha

rzia

nu

m s

.s.

7.5

11

0.04

5 0.

025

0.02

9 0.

012

2.4

0.02

4 -

-

-

- -

- -

- -

T. lo

ng

ibra

ch

iatu

m -

H.

orie

nta

lis

3.6

5 -

0.02

5 0.

008

0.01

6 1.

8 0.

006

0.00

6 0.

006

- -

- -

- 0.

9 -

H. a

lni

1.9

-

-

-

-

-

4.8

-

0.04

8 -

-

- -

- -

- -

T. p

leu

rotic

ola

1.

9 2.

5 -

0.

025

-

-

1.2

-

0.01

2 -

-

- -

- -

- -

T. c

erin

um

1.

2 -

-

-

-

-

3.

0 -

0.

018

0.01

2 -

- -

- -

- -

T. b

revi

co

mp

ac

tum

1.

0 0.

8 -

-

-

0.

008

1.2

-

0.00

6 0.

006

0.9

0.8

- -

- -

-0.8

H

. sc

hw

ein

itzii

1.0

1 -

0.

004

0.00

4 0.

004

0.6

-

0.00

6 -

-

- -0

.8

- -

-

-

T. s

p. C

.P.K

. 297

4 0.

5 -

-

-

-

-

1.

2 -

0.

006

0.00

6 -

- -

- -

- -

T. s

p. M

OTU

2B

48 s

ec

t.

Tric

ho

de

rma

0.

5 -

- -

- -

1.2

- 0.

012

- -

- -

- -

- -

H. p

ac

hyb

asio

ide

s 0.

5 0.

8 -

-

0.

008

-

-

-

-

-

- -

- -

- -

- T.

sp

. MO

TU 1

A 6

4 se

ct.

Lo

ng

ibra

ch

iatu

m

0.5

0.8

- 0.

008

- -

- -

- -

- -

- -

- -

-

H. a

tro

virid

is

0.2

0.4

-

0.00

4 -

-

-

-

-

-

-

- -

- -

- -

H. v

iren

s 0.

2 0.

4 -

0.

004

-

-

-

-

-

-

- -

- -

- -

-

Tota

l 10

0 10

0

10

0

Div

ers

ity In

de

x 1.

0 0.

8 0.

15

0.77

0.

34

0.62

0.

8 0.

46

0.92

0.

62

0.5

0.5

-0.7

-0

.5

0.0

0.4

-0.3

* -

tota

l siz

e o

f th

e c

lon

e li

bra

ry f

or t

he

sa

mp

ling

site

; § s

ize

of

the

ho

rizo

n-s

pe

cifi

c c

lon

e li

bra

ry, #

div

ers

ity in

de

x c

alc

ula

ted

as

ratio

be

twe

en

a n

um

be

r of

taxo

n a

ttrib

ute

d M

OTU

s (a

s g

ive

n in

Fig

. 2)

to a

to

tal n

um

be

r of

MO

TUs

pe

r so

il h

oriz

on

; bo

ld f

on

t in

dic

ate

s si

gn

ific

an

t p

rod

uc

t-m

om

en

t c

orr

ela

tion

co

eff

icie

nts

P<

0.05

, bo

ld x

ita

lics

ind

ica

tes

the

si

gn

ific

an

t c

oe

ffic

ien

ts f

or r

ep

ress

ed

sp

ec

ies.

Th

e t

ab

le w

as

orig

ina

lly p

ub

lish

ed

in F

RIE

DL

& D

RU

ZHIN

INA

201

2, t

he

sp

ec

ial i

ssu

e o

f M

icro

bio

log

y “T

rich

od

erm

a -

fro

m B

asi

c B

iolo

gy

to

Bio

tec

hn

olo

gy”

, Ja

nu

ary

201

2 h

ttp

://m

ic.s

gm

jou

rna

ls.o

rg/c

on

ten

t/15

8/1/

69.lo

ng

.

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

STAPFIA 96 (2012) | *NO�

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

�� ��� ������������ ���������������� ��� 6����&

(���� �� ��� ������������#���������$P����� ��� ��� H. pachypallida �� ������� ����� ����%��� ������������� ��$��������������T&�asperellum��U �&�+��(�����W"�� ������������������� �� ����� ������������������F��� 6����WI�5"��������������������� ���������� ��� ��������$���� ������ �� ���� ������ �� ���� �� 6��������� ��� ���� �����P��������������������&�(���� �� %��������� ������ ��� ������ � ��� ���� �� 6��� �(�����W"� ���� ���� � ��� ����� ������ �������������� �Q� ���� �����"� ��������� ����������� ��� ���� ������� ���������� �� ������� ���� � �� ��� ��� ��� �� ����� ��������� ������������� ����� ���� �������&�

T. rossicum�$�������������$��� �������� ��� ����������� ����²� �������������P����� �� ���� ������ �� �� �� 6�������� ��� �� � �� %���� ��� � ��� ����$� ���� �������FL���� ���(�����W"&�./(0���������T. longibrachiatum - H. orientalis ��� ����� ����������������P����� ���������� 6������ ����������� ����%����� ������ ����� ���������� ������ �����(r>I&N��P]I&I4"&�

��� ����� ���� ���� �������� ���H&� ���������6 ����\� ���� T. harzia-num��&��&

(���� ������� ��� ������Hypocrea/Trichoderma� �*+� ��# �� ��� ��� ��"����� ������ �� ���� �� ��� @F� �� 6������ ������ ������ �� ��� �� �� ���� �� �������� ���� ��� ���� ���� ������� ������������ ��� �� �� �����&� (��� ��#�� ������ ����� ������� � ����� ��� �*I���� ��"����� ����������� ���� 6����� �������������������� ����������� ��$������������ ��&��������������� � �������� � #� ��� ��� ���� ����� ��� � � �����P��� ���� ����P�������� ��� � �$� %��������� ������������ ��� ��� ������ ���� �� �� ����� ��� ���� ��$�����&�

) ��� ���� ����� � � ��� ��� ���Hypocrea/Trichoderma� �� �� � ������� �� ��%���� �������� ���#��������� ��� ��� ���� ��� ������� ���� �� ������� P���� ��� ������ ���� ���� �$���� ���� �������� ���� � �� ��� ������� ./(0�� ���� � ������� ��� ��&� (��������$������� ����� ��� �����$� �� ��%���� ���� � �� %���� �P]I&I4"�

����� ��� ����� ��� �������� T. asperellum� ��� ���� ����� ���� H. pachypallida�����T. rossicum���� ��������&� ��� ����� � �� %���� ����$� ���� �������� ��� ����� ��$� �������$"���� ����������������������$ ����������������� ��������� ���������������� ��� ���� � ������ ������ � ���&�

Quantitative PCR confirms the vertical distribution of T. asperellum

��� ���� ��� ����� �� ������ ������������� ������ ���� �� ��� ��� ���� ����$%��������� �������� ��$��� %�� �$������P���� ��� ���8F,��P8F,"���������� ���� �������� � �������� ��� ����tef1� ����&� ��������� -I� � ���� ����������� ����� .������� ��� ���� ��"�� ��������������T. asperellum�����H. schwein-itzii �������������� ���������� ���������% ������������� �������� �������#$���� �(����� +�� U �&� -"&� 0� ��� ������ �������������� ����������������T. as-perellum����������� ��������������������� H. schweinitzii� ���� �� ���� ����������������� �� �� ���������� ������� ��������� � ����&� ��� ���� ��������� ������������������� ������T. as-perellum�� ������� ����������� �������� �� ��� ������H. schweinitzii� ��� �����������&

DISCUSSION

(�� ������ ���� ���� � ����� ������ Hypocrea/Trichoderma� �� �� �� ����������� �� �� ��� ������ �� ���� , ���������� ��� ����� 8�!� �X��� ������!������$����Y"� ���������� ��� D ���������� �&� (� �� ��������� �� �� P���� ��� ���� ��� ��������� ���� � � ���� :������� ��� 2������ �� ��������� ���� �������������� � ���� ���� �WUCZSKOWSKI �����. +IIW"&�(��������� ������� 6������ � ��� � �� ��� ��� ���� ��� ������������ ��������������� ����TOCKNER �����. *OON"&�

Temperate soil supports a limited diversity of highly opportunistic Hypocrea/Trichoderma spp.

��������� ���� � �� ��� ��� ��� Q ����U��� � �� ��� ����� ��� ��� ������� ��$!����� �HAWKSWORTH� *OO*"�� ���� ���� ����� ��� ��� ��� ��$ ����������� ����$���� ������� ����� ������ �� ���� ���� %$�� ��� ��� �� � ��� ��������� ��� ��$!����� ��#��� �� �� �� ���� ���� ���� � ���Hypocrea/Trichoderma&�/����������$������������� ������ ���� ���������������� ���������� ������������� ������ ��$� ������Hypocrea/Trichoderma��������-**� ./(0�� -IV� ���� ������� ��� ��������� *4� �# �� ��� ��� ��� �� ��� ����� ��������� ��#�� ����� ����� ��� ������ ������������&� (��� � ��� ��� ��� Hypocrea/Trichoderma� �� :����� ��� ���� ��� ��������� V4� �������� � ��� ��� �JAKLITSCH +IIO"�����*I�$�+I�������� ���� �������� ���&� �� ������� ��"�� �� ������������� ��� ���� ������� ��#�&� /��%�� ��� ��� ����� �� � ��� ��� ��� ��� ��$���� ����� �#������ � ��� ��� ��������*4� 5"� �� �� ��������� � ��� ���� ��� $������������ �� ����� �� �� ������ ������ ����� ���� ����� ��� � ��� ��� ���� ��$���� �DRUZHININA� ��� ��. +I**"&� (��� � � ���������� ���� ����� ���� ���� ��� ����� ���� ��� ��������� � ���� ��� ���HypocreaTtrichoderma: HAGN� ��� ��. �+IIV"� ����� �()*� �������� ���� ���������������������6��� ��� ��� ���������� �&� MEINCKE� ��� ��. �+I*I"� ����� �� ��$� ��� �()*� ���� +� ���� �������� ������+I� Hypocrea/Trichoderma� ��#�� �� � $6������� ��� Solanum tuberosum�� ��$������� ��� ����������� ��� ��� ���� $%�� �����������&� (� ��� ��� ������� ����������� � ��� ���� ��� ����� ���� ���� ��$������������P��� ������ ���������������� in situ�� ��� ������� ��� ���$� � �� �� ��� �� ������ ���� ���� Hypocrea/Trichoderma� ./(0�� ���� ������ �������� � ��� ��� ���� ������� ��� �������� ��� ��� ������ ��� ���������(BÚEE������. +IIOE�LIM������. +I*I"&�

(��� ����� ��� ��� Hypocrea/Trichoderma�������������� ��������� �� ������ ��� ���� ��������� ����� ���������� ��������������$� ��&�Q���������� P��� ��� ��� ������ �� ��� ���� � ��$� ��� �������� �� ���� �������� ������

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

*OI | STAPFIA 96 (2012)

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

���� ��� ����� ��� ���� ����� *4� $� +I�� ����� ������� �� � ��� ��� ���� ���T. asperellum, T. asperelloides, T&� �&�harzianum��T. hamatum��T. atroviride, T. virens, T. longibrachiatum, T. gamsii, T. citrinoviride, T. koningiopsis, T. spirale, T. koningii �����# ��&�����������LL���& ���& ���L���� ���L��� &���¨���� ��£ �>-+�������� ��"��� ��� !�������� �������� �� � ��� ��� �������� � ������ ���� �� ���� ��� ��� � ������� �������� ���������� �� � ������ ��� ��� ������������������������������T. atroviride�����T. virens (DRUZHININA������. +I**E�KUBICEK������. +I**"&�.������������� ��������$� � ��� ��� Hypocrea/Trichoderma� ���&���������� ������ ���������������������������������������� &�(���� �������� ����������� ������� ��������Hypocrea/Trichoderma� ����� ��� � ��� ���������%��� ���������&

(��� P��� ��� ��� ����� � ��� ���Hypocrea/Trichoderma� ����� ���������� ����� �� �� �� ���� ���� ��� � ������������ �� � ��� ��� � ��� ������� $����� �� ��� ���������� ��#����#��������W�./(0���������� ������������ �����������������!������������� ���� ��$���������������������������� ����$ ��� �� �"� ���� ��������� ��������������$� ��&�

The occurrence of Hypocrea/Trichoderma species in different soil profiles is not determined by root density

(���8F,���% ����� ���Hypocrea/Trichoderma$��� %� � ���� ���� ��$���� ������ ���� �������� ����������$���� ����� �� 6���� �#���� ���� � ���� ������I"� ������� ��� ������ � ���� �� ���������������� ������ �������������������� � ���� ����� ������� ������� � �$��� ���� ���� ��� ������ ���� �����"&�(� ��%�� ��� �� �������������������������������������� �������Hypocrea/Trichoderma�� ���������������������������� �&�

.������� ���� ���� ��� ��� !�������� ��� ��������� �� �� �� �� ��� ���������� �������� �� �� �� ��%���&� U�� �$

������� ���� ����� ��P����� �������$�� � Hypocrea/Trichoderma� ��� ��� �� F������ :����� $� H. minutispora (JAKLITSCH� +IIO"� $��������� ������ �����������������&����� �������� ���H. minutis-pora���������������������� ��� ����$����� ������������������� ����� �� ���� ���� !�+"� ��� ���� ����� ���������$��� ��� ���� �.&� �&�FRIEDL�� �&)&� DRUZHININA�������� ����"�� ����� ������ ��� ���� ��$����� ��� ����� ����� ����������� ���� ��� �� ��� �#�� ������� �������&�) � ���� ����� ����� ���� ������ ��$���Hypocrea� ��� ��� �H. viridescens��H. rufa�� H. pulvinata�� H. strictipilosa ��&��JAKLITSCH������. +IIJE�OVERTON������. +IIJ"� ���� ���� �������� �� �������2������ �� �� ��� �� �� ��� ����� ��$��� ��� � ���� ��� ��� � ������� �������&�

(������������ �� ��� ������./(0�� �� ������� ��� �� ����%��������������������� �# ������ ��� ����� ��� ����������� ����� ��� ���� ��� ���� ��� ���Trichoderma&�T. asperellum���� ������������� �������� ��� ���� �������� ��������� ���� ���� ����� � ��� ������� ���� 6��������� ������������� �������������� ����������������� ���������������������� �����Q������ ������� ��&������������ ���������������./(0�����T. asperellum����������� ���������$�����I�� ���������������������� ������������������������������������ 6������� �� ���� ��� � ��� ��� ���&� Q������� ��� ���� ��� ����� ���� ��� ��� �� ������ ������������ �� �������������� ���� ��� �������� ����� �� �� �� 6���&� ��� ������� ��������� H&� pachypallida� ���� T. rossicum ���� ������� �#��� ����� �������� ������ �������� �� �� �� 6���� �����$ 6��� ��� ���� ���% ���� ���� � ��������� ���� ������ �������� ������� ��������� ����&� ��� ��������� ����� ��������������� ���� � ���������� ������������ ��� ��������� ���� 6���&�.������������� ��� ��� ������� ��� ������� ������ ��� ����� ����� ��� � ���� ��� � $������ ������ ��� ��� ���� ������� ���� ������ �� ��� � ��� ���� �� ���� ������� ���� ����� ����� ����� ����� �� ������������ �&�@��������� ������ ��� �$����� ��� ���� �������� � ����� �� �� �� $6���� �N� ��� ��� ������ ����� ��� � ��"�������� ��� P������ �������� � ��������������������� ��������������������� � ��� ���� ���� �������� � ����

���� ��������L��� �����������$������ �� ����"� ����� ����� ��� � ����$ �� ����� ����� �� ������ �� ������������� ���� 6���&

(��� � � ���� � ��� ��� ��� Hypocrea/Trichoderma� �� ���� ��� �� ��� ���� ������ ����������������� ������ ����Q����$�����������N"��� ������������� ������������ ���� ������������ ��� �������� ��&� Q������ ���� ����� ����$��� ��������������� �� ���� ������������ ��� ������ ����� � � � �� ��� ���)�� � �� ��Q� >³� 4�� MIGHELI� ��� ��. +IIO"���������������� ��� 6����� ��� �����Coffea arabica� �� :�� �� ��� � ���������������Q�>³�4&4��MULAU������. +I*I"����$���� ���������� �� �������������������������� ��� ��&

In situ diversity confirms the sympatric speciation within T. harzianum sensu lato and related taxa

��� ����� ��� ���� ���� ��� ����� �������� ��� ��$���������� �������� ���P���� ��� Hypocrea/Trichoderma� ���� ���� ��� ������ T. harzianum� ����������� ���������� ������������ ��������� ������ ����DRUZHININA������. +II4E�MIGHELI� ��� ��. +IIOE� ZACHOW� ��� ��. +IIO�����DRUZHININA������. +I*I�����������$�����"&������ ���� �����������������$��� �� ���!����� � ��� ��� ��� ����� $����� � �� ��� ��� ��� ���� Q�6 �����$�F��������F������CHAVERI������. +IIWE�DRUZHININA������. +I*I�"� ������������ �� ���������&�������� ������ ������� ������� ���� 6����������������������� ���T. har-zianum��&�&���# ������ �������������� H&� ���������6 ����\��DRUZHININA������. +I*I�"��� ��� ������������������� ����������������������������������� ����������������������Q�6 �����$�F�������������� T. cerinum�� T. pleuroticola� ����H. alni&� (� �� %�� ��� ��������� ���� ���$��� � ��� �� ������ �T. harzianum� �&� �&����� H.� ���������6 ����\� �DRUZHININA �����. +I*I�"������ ����������������������� �� �� ��� � ���� ��� ��� �� ���� ��$����Hypocrea/Trichoderma���������H. jecorina� ���� T. parareesei (DRUZHININA ��� ��. +I*I��� ATANASOVA�� JAKLITSCH� ��� ��. +I*I"���T. longibrachiatum ����H. ori-

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

STAPFIA 96 (2012) | 191

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

entalis (DRUZHININA������. +IIN"&���� ����$��������������� ���� ������� ���������� ���� ��� ��� �� ��� ������ ��� ���� ��������������������������� �� ������ ��������� ������������������������ ������� � ���� ����� �� ������ �������������������������� ������� ����� ��$������ �BURNETT� +IIW"&� /�� %�� ���� ��������� ���$������ ������� ��� ./(0����� ��������������T. harzianum��&��&�����H.� ���������6 ����\� �� ��� ������ ������ ����� ����&

Biocontrol formulations may benefit from syn-ergistic action of highly opportunistic Hypocrea/Trichoderma spp.

�� ����� ��� ��� � ����� ������� �$� � Hypocrea/Trichoderma� ���� ������������� �� ��� ���� ��� ��� ��$��$�������� ���� ���� MIGHELI� ��� ��. �+IIO"�������� ����� ������ *J� ��� ��� ��$������ ���� � ����� � ������� ���$� 6�$�������� ��� ��)�� � ��������"�H.� �����$����6 ������T. spirale��T. gamsii&�T. ha-matum� �� H. koningiopsis� ��� ���������$����&���� � ������������������� �� ����� ���� ������������ ���������� Trichoderma� �� �� ������� �� �������� ��������� ���� ��� Q�6 �����$� F�������� ���� Q������� F��������� �� ���� ��� ��� !����� ��� ��� �������� �� � ������ ���� ���� ���$���� ��������������������� �HAGN������. +IIV"&�ZACHOW������. ��+IIO"����� ������������ ���������������� � ��$������ ��� ������� P������������$ 6�� ����� ��� ������ ���� � �� � 6���������� ����� � ������ ��� ��� ��� (��� ����F����� �������"� ���� ������� �����$�# ������ ��� �#���� �� ��� � ��$��� ������� �� � ��� ��� ��� Hypocrea/Trichoderma&

U��� �� ��� ��� �� ��� ��� � ������ �� ������������ ����� ���� !����$����������� ������� ������ � ������� ����� ���� � ��� ��� �������� ������� ��� ��� Hypocrea/Trichoderma ��� ��� ��� ��� ����� ��� ���� � ���� �������������� ��������������������� ����� &�)��������� ������� �������� ���� ������������������������ ���� ��

��� �� � ������� ������� ����� �� ������ ���� ����� ������ ���� �� �������Hypocrea/Trichoderma� ������� ��������� ������� �� � ����� ��� ��� �������� ��������� ���������� ���"&

��� �� �� ������ ��� ����� ������ ������������������� � ������ ���������$�������� �� F������ :����&� Q���������� � ��� ��� ������ �� ���� ��� �������!� ������� ��������� Hypocrea/Trichoderma� ��� ��� ����� � ��� �� � ������� ���� �� ������� �� ���(MIGHELI� ��� ��.� +IIO�� HAGN� ��� ��.� +IIJ"&�(� �� %�� ��� �� ����� ����� ���� ������ ����� ������� � �� � ��� ��� ������������ ����������"�����������������������M�� ��#��������� ��� ���������Trichoderma�� ���������� ��&�

Both ITS rRNA and tef1 phylogenetic markers have limited applicability for in situ diversity studies using the high-throughput methods

HAGN� ��� ��. �+IIV"� ��� �����Hypocrea/Trichoderma-��� %� � �$�������()*����������������,�������������&�Q���������������� ����������������()*� ���������% ������� ������ ��������� ��� ��� ����� ���� ����� ������&�MEINCKE������. �+IIO"�������������$���$ %� � ���� � ��� ���� ������ � ���������� �� �� �� ��� �������� � ���� �$���$ ����������()+�WI������������������� ����� �����$��� %� ������!� �������!��� ������� ��� ��������������&�(��� � #� ( ��� � ���� ��������� �� �� ������������ ���������� ��� ������ ��$� ��� ��� �()*� ���� +� ��� ���� ������� ������� �����&� '�� ����� ���������������� � ��� ��� % ��� ���� ����� � ��� ���������� ����������./(0�������� ��������������� ������������������������ ������ �������� ��� �()*� ���� +� �����������&�

HOYOS-CARVAJALA������. �+IIO"������$��� ���� ������� ��� ���������� ��$ ��� ��� �()*� ���� +� �� ����� Hypocrea/Trichoderma ��� ��&� ��� ���� ��� ����� ���������������������� ���������������������������� �����T. asperel-

lum� ��>WI"����� ���������������������������� ���� �����"� ��� �()*� ���� +� ��$%� ������������������ ���������������� �� ����� �����������&�

(��� ���� �� � ��� ��� �()*� ���� +� �������� ��������� � ���� ��� �� ���� ���������������P��� �������������� ��� P���� ������&� /�� ���� �������()$������ P���� %�� ��� ��� ��� ������������ ����� ������������������ ���������������������������()���$ ��� �� ���� ����� ��� ������� ��������� ���� �������� � ������� ��� ��&�U��������� ���� ��� ��� ������ ���Hypocrea/Trichoderma� ��� ��� ��������� ����� ������� ��� �()� ��! ��� ��������#�� �� �� ��� ������� ��� �� �� �����(SAMUELS������. +IIJE�JAKLITSCH������. +IIJ��DRUZHININA������. +IINE�ATANASOVA��JAKLITSCH �����. +I*I"&��������� ���������������()*� ���� +� ����� ���� ���� ���� ����� �� �� ���� ����� ���� ��� �� ��� ��� ������ ��$��� %� P8F,� � ���� ��� ��������� ������ �6�������������������� ����� ���������� ��� �����������L�� ����� ��� ���������� HF� ��$�������&�BODROSSY�� �&)&�DRUZHININA�������$� ����"&� GAZIS� ��� ��. �+I**"� ��������������������� � �������������� ����� �������������������()����������$������������ ��������������������� ���� �������������� &�)�P�������������� ������������� �-�������� ��������tef1����������������� ���������������M� ��� ��� Hypocrea/Trichoderma ��� ��� ��! ��� �� �� ����� ������� ������ �()*� ���� +&� (� �� ����� ���� �� � ��������� �� ���� ������� ���� ��������������� ����� ���� ��� P���� ��$� ��������������&�¢���������������$� � ��������� ��� Q��������� tef1� ��$P������ ����� ���� ���� ������ ��� ��������$��� %� � ���&� ��� �� �� ��������� ���������� ��� �������� ��� ��$��� %� tef1� � ���� ��� ������ ��#����� �� ��� � ���� �������� ������./(0�� �� �� �� ��� ����� �#���� ������������� ������������� �������������� �#������� ��� JAKLITSCH� +IIO�� +I**"&�In vitro����������������������������������� -I� in silico� ��� ����� �� ������$�� ���� ��� ����� ��� ��� ������ ��#���� �������������������������� %���%� ��� ��� ���� ��� ���$������ ��� ���� !����������������������� ������$��� �������� ��� ���� �������. (�������������������������tef1� ����������� ��

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

*O+ | STAPFIA 96 (2012)

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

�������������� ���������������������������� � ������ �� ��� ���� ������������� ��������� ��� ��&�(������� �$� � ��������������������!����������rpb2���chi18-5 ����������������� �������\����������&

ACKNOWLEDGEMENTS

(� ������� ��� ����������������������������� �� ����������������������(FRIEDL AND DRUZHININA�+I*+"� ��������� ��� ����� ��� . �� ������ XTrichoderma� $����� @�� � @ ������ ��� @ ����������Y��¦������ +I*+� � �����LL� &���M������&��L������L*4NL*LJO&����� & (� �� ��!������������������������� ���) ����U���� ������ U'U� 8$*VN4O� ��� �&)&�&� (���������� ��� �������� ��� BENIGNO AQUINO ����LEA ATANASOVA��D �����0� ��� ������(�������������� �"������� ��������$����� ����������VERA TEREKHOVA��.�����)����� 0� ��� ���� ,��� �"� ��� ��� ���� ����� �������� �������� GOTTFRIED HAUBENBERGER ���� ������!� �����$������ ���� �"����� ��������� ������������ ������$���&� (����������������� ����!���� ���CHRISTIAN P&�KUBICEK� �D �����0� ��� ������(�������������� �"���� � ������ �������� ���� ��������������� ��&�

REFERENCES

ATANASOVA L., JAKLITSCH W. M., KOMON-ZELAZOWSKA M., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S.� �+I*I"��F������ ��� ��� Trichoderma parareesei ��&� ���&� � !���� ��������� ���� ���������� ���� ��������� ������ Hypocrea jecorina/T. reesei&� ´� ����&� :�� ��&�. �� ��&�76��V+4O$V+JV&

BAILEY B.A, BAE H., STREM M.D., ROBERTS D.P., THOMAS S.E., CROZIER J., SAMUELS G.J., CHOI IY & HOLMES K.A. �+IIJ"��U��������������������� �#���� ��� �� ��� ���� ���� 6�$� ��������������� ��������������� � ����������� ����Trichoderma� ��� ��&�´�8������224��*--O$*-J-&

BATJES N.H. (*OOJ"�� (����� ����� ���� � ��$���� �� ���� �� ��� ��� ��������&� :�������¦���������)� ��) ����47��*4*&

BETINA V. & FARKAS V&� �*OON"�� )������ ������� � ���$ ������ ������������ ��Trichoderma&� ´� ���� Trichoderma & Gliocladium Volume 1, ��&�V4$O-&�:� �������H&:&�HARMAN�����F&8&�KUBICEK��´�(�����µ�U�� ���������&

BISSETT J., SZAKACS G., NOLAN C.A., DRUZHININA I.S., GRADINGER C. & KUBICEK C.P.� �+IIW"�� ����

��� ��� ��� Trichoderma� ���� �� �&� ´�F��&�¦&�@��&�81��4VI$4NJ&

BUÉE M., REICH M., MURAT C., MORIN E., NILSSON R.H., UROZ S. & MARTIN F.� �+IIO"�� -4-�8����P��� ��� ��������� ��� ������ �� ��������� ��� ���#�������� � ��� �������� ��� ��&�´�����8������� ���184��--O$-4J&

BURNETT J.� �+IIW"�� Fungal populations and species&�´�0� ��� ���8�����/#���&

CHAVERRI P., CASTLEBURY L.A., SAMUELS G.J. & GEISER D.M.� �+IIW"�� .��� ����� ���������� �������� � �� �� ���� Trichoderma harzi-anum/Hypocrea lixii� �����#&� ´� .��&�8���������&�:���&�27��WI+$W*W&

COLWELL R.K.� �+II4"��:�� ����)��)��� �� �����$� ��� ��������� ��� ������������������� ��� ���� �������� �D�� ��� V&4"&�´� 0��\�� H� ��� ���� ���� �� ���� 0,�������LL���&��&��L��� ������&

DRUZHININA I.S., KOPCHINSKIY A.G., KOMON M., BISSETT J., SZAKACS G. & KUBICEK C.P.��+II4"������� $�������� ��������������� ��� ���$� %�� ��� ��Trichoderma�����Hypocrea&�´�U������H����&�@ ��&�42:�N*W$N+N&

DRUZHININA I.S., KOPCHINSKIY A.G. & KUBICEK C.P.� �+IIJ"�� (��� %��� ���� ������� ���Trichoderma� ��� ��� �� ����� 6������������������&�´�.��� ����47: 44$J-&

DRUZHININA I.S., KOMO�-ZELAZOWSKA M., KREDICS L., HATVANI L., ANTAL Z., BELAYNEH T. & KUBICEK C.P. �+IIN"�� ������� ��� ������ ��� ����$�� ��� ��� Hypocrea orientalis� ���� ��$��� ����� ����� ���� ������ Trichoderma longibrachiatum�� ����� ������� ������ ��� ���� �������������������&�´�. �� ������154:�W--V$W-4O&

DRUZHININA I.S., KOMO�-ZELAZOWSKA M., ATANASOVA L., SEIDL V. & KUBICEK, C.P&��+I*I�"��:����� ������������� ������������� ����� �����$���� Hypocrea jecorina ���������Trichoderma reesei"�����������������$ ��������� ��� ������� ��� �&�´�8��) /�:� 5�+"�� �O*O*&� �� �*I&*WV*LM�����&����&IIIO*O*&

DRUZHININA I.S., KUBICEK C.P., KOMO�-ZELAZOWSKA M., MULAW, T.B., AND BISSETT, J.��+I*I�"��(���Trichoderma harzianum� ������� ��$���#���� �� ���� ���������� ��� ����#$ ������ ��� �������� ��� � ���� ��� ���$ ����������������� �����������$���� �� �� � ������&� ´� @.F� :����� �����@ ������10:�O-.

DRUZHININA I.S., SEIDL-SEIBOTH V., HERRERA-ESTRELLA A., HORWITZ B.A., KENERLEY C.M., MONTE E., MUKHERJEE P.K., ZEILINGER S., GRIGORIEV I.V. & KUBICEK C.P.� �+I**"�� Trichoderma:� ���� ��$��� ������������ �� ������& ́ �������,�� ����. �� ����� 9�*I"��V-O$74O&

U�/� �*OON"�� '���� ,������� @���� ���)� �� ,������&� U���� ���� �� ������/��� 6�� ��� ��� ���� 0� ���� ��� �����,���&�

FRIEDL M.A., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S.��+IIN"��F���������������������������$���� ����� �������� � �� ��� ��Hypocrea atroviridis&� ´� ����&� :�� ��&� . �� ��&�74:�+-4$+4I&�

FRIEDL M.A. & DRUZHININA I.S. (2012):� (�#��$��� %���������� �����Trichoderma ������������������� ������������$

� �� ���� ������������������������\�������������&�´�. �� ��&�158:�JO$NW&

GAZIS R., REHNER S. & CHAVERRI P.��+I**"��)�� ������ � ��� ��� �� ������� ���������� � $��� ��� ���� ��� ���� ��� ��� �� ���� ������� ��� ���� � �������� � ���$����&�´�.��&�:��&��� ��*I&****LM&*WJ4$+O-�&+I**&I4**I&#&

HAGN A., WALLISCH S., RADL V., MUNCH J.C. & SCHLOTER M.� �+IIV"����������� ��� ��� �$���������� ������� ��� ������ ������� ��� ������ Trichoderma� ��� ��� �� �� ��&�´�¦&�. �� ��&�.�������69:� NJ$O+&

HAWKSWORTH D.L.��*OO*"��(����������� ���� ������� �� ��� �������� ������� �� %���������������� ��&�´�.�&�,��&�95:�J-*$J44&

HOYOS-CARVAJALA L., ORDUZ S. & BISSETT J.��+IIO"��H���� � ���� ������� � � �� ��� ��� ���Trichoderma� ����F����� ��������M�$���������� ��� ���&�´�U���&�H����&�����@ ��&�46:�J*4$JW*&

JAKLITSCH W.M., KOMON M., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S.� �+II4"�� Hypocrea vogl-mayrii� ��&� ���&� ���� ���� ���� ��� ������������������������������ ������ ��HypocreaLTrichoderma&� ´� .����� ��97:�*WJ4$*WVN&

JAKLITSCH W.M., KOMON M., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S.��+IIJ�"��Hypocrea crystalli-gena���&����&����������:����������$ ��� � ��� �� �� ��$������ Trichoderma �������&�´�.����� ��98:�-OO$4*W&

JAKLITSCH W.M., SAMUELS G.J., DODD S.L., LU B.-S. & DRUZHININA I.S.� �+IIJ�"��Hypocrea rufa/Trichoderma viride������������������������ �� ��� ��� %��� ������� ������� ���$ ��� � ��� ���� � ������ ������ �� � �&�´�)���&�.���&�56:�*W4$*VV&

JAKLITSCH W.M., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S. �+IIN"�� (���� :������� ��� ��� ���Hypocrea�� ��� ��� �������������������� ����� ��������&� ´� .����� ��100:�VOJ$N*4&

JAKLITSCH W.M. �+IIO"�� :������� ��� ��� ���Hypocrea�8����&�(�������$���������$ ��&�´�)���&�.���& 63:�*$O*&

KLEIN D. & EVELEIGH D.E&� �*OON"�� :������ ���Trichoderma&� ´� ���� Trichoderma & Gliocladium Volume 1, ��&�4V$VW&�:� �������H&:&�HARMAN�����F&8&�KUBICEK��´�(�����µ�U�� ���������&

KOMON-ZELAZOWSKA M., BISSETT J., ZAFARI D., HATVANI L., MANCZINGER L., WOO S., LORITO M., KREDICS L., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S&� �+IIV"��H���� ����� ������� ������� ���� �����$��� ����� � ������� Trichoderma� ���$ ������������������� ������ ���������������� ����� ����� ��&� ´� ����&�:�� ��&�. �� ��&�73:�V-*4$V-+J&��

KOPCHINSKIY A.G., KOMON M., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S.� �+II4"��Tricho@��)(�������$� �� � ��������� ��� Trichoderma� ����Hypocrea� ���� %�� ��&� ´� .���&� ,��&�109:�J4V$JJI&

KRAUS G.F., DRUZHININA I.S., GAMS W., BISSETT J., DOUSTMORAD Z., SZAKACS G., KOPCHINSKIY A.G., PRILLINGER H., ZARE R. & KUBICEK C.P&� �+II-"��Trichoderma brevicompactum� ��&� ���&�´�.����� ��96:�*I4O$*IVW&

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

STAPFIA 96 (2012) | 193

FRIEDL & DRUZHININA����������� ������Trichoderma STAPFIA 96 (2012): 179–193

KREDICS L., ANTAL Z., DOCZI I., MANCZINGER L., KEVEI F. & NAGY E. �+IIW"��F� � ��� ���������������������Trichoderma&����� ��&�´�����. �� ��&��������&�Q���&�50:�*I4$**V&�

KUBICEK C.P., KOMON-ZELAZOWSKA M. & DRUZHININA, I.S.� �+IIN"�� U������ ������ HypocreaLTrichoderma�� ���� ������� ��� � �� $��� ��&�´�¦&�?��M ����0� �&�) &�@�9:�V4W$VJW&�

KUBICEK C.P., MIKUS M., SCHUSTER A., SCHMOLL M. & SEIBOTH B.� �+IIO"��.������ ���� ��� ��������� ���������� �����������������$����� ����� ��� ��� Hypocrea jecorina&�´�@ �������&����@ �������2:�*O&�

KUBICEK C.P., HERRERA-ESTRELLA A., SEIDL-SEIBOTH V., MARTINEZ D.A., DRUZHININA I.S., THON M., ZEILINGER S., CASAS-FLORES S., HORWITZ B.A&� µ������ ������� �+I**"�� F������ ��� ��$����� ��P����� ������ �� ���������������� � ������������������� ������������Trichoderma.�´�H������@ ��&�12��,-I�

LINHART C. & SHAMIR R&��+II4"��(�������������� ��� ��� ��� �������� (����� �������� �� ���&�´�¦F@�12��-W*$-4J&�

LORITO M., WOO S. L., HARMAN G. E. & MONTE E. (+I*I"�� (������ ����� ������ ���Trichoderma��������� ���������%���&�´�����&�,��&�8����������&�48��WO4$-*V&

MARTINEZ D., BERKA, R.M., HENRISSAT, B., SALOHEIMO, M., ARVAS, M., BAKER, S.E., CHAPMAN, J., CHERTKOV, O., COUTINHO, P.M.� µ� ����� ��$����� �+IIN"�� H������ ��P��� ��� ���������� �� ��� ���� � �����$����� ��� ���$���� Trichoderma reesei� ����&� Hypocrea jecorina"&�´����&�@ �������&�26��44W$4JI&�

MEINCKE, R., WEINERT N., RADL V., SCHLOTER M., SMALLA K. & BERG, G.��+IIO"����������������� �� �������� ������� ��� ��� ������� ����� � ��� ��� Trichoderma� ��$��� � ��&� ´� ¦&� . �� ��&� .������� 80: JW$JO&

MIGHELI Q., BALMAS V., KOMO�-ZELAZOWSKA M., SCHERM B., CARIA R., KOPCHINSKIY A. G., KUBICEK C.P. & DRUZHININA I.S.��+IIO"��)� ��������.�� ��������

�������� ��� � �� ��� ��� ���� ����� ����)�� � ���(���� ����������"���� ���� ����������$:����������� � !���� ���� ������$ ������Hypocrea/Trichoderma. ´�:�� ��&�. �� ��& 1��W4$-J

NEMCOVIC M., JAKUBÍKOVÁ L., VÍDEN I. & FARKAS V.� �+IIN"�� ����� ��� ��� �� � �� ��� �������������� ����� ��� ��������� ��Trichoderma� ���&� ´� U:.)� . �� ��&�����&�284��+W*$+WJ&�

NICHOLAS K.B. & NICHOLAS H.B. JR. �*OOV"��H�������������� ����� � �����������$��� ��� ���� ���� ��P����� �� �������&�´� 0,�� �����LL���&��&���L� ����L������&

OVERTON B.E., STEWART E.L., GEISER D.M. & JAKLITSCH W.M&��+IIJ"��)������� �����Hypocrea ci-trina� ���� ������� ��#�&� ´� )���&� .���&�56:�*$WN&

PARK M.S., BAE K.S. & YU S.H.��+IIJ"��(���������� ������Trichoderma����� ������ ��������������������������������� ��$� ��� �� =���&� ´� .��� ������ 34:� ***$**W&

ROBERTSON G.P., COLEMAN D.C. & BLEDSOE C.S. �*OOO"�� )������� �� �� �������� ��� ����$��������� ��������&�́ �F��� ����0� ��� ���������/#���&

ROSSMANN A. Y., SAMUELS G. J., ROGERSON C. T. & LOWEN R&� �*OOO"�� H����� ���@ ���� ������ Q������������� ��� ����� �Q�������������������"&�´�)���&�.���&��42��*$�NW&

SAMUELS G.J., PARDO-SCHULTHEISS R.A., HEBBAR K.P., LUMSDEN R.D., BASTOS C.N., COSTA J.C. & BEZERRA J.L.��+III"��Trichoderma stromati-cum� ��&� ���&�� �� ���� ��� ��� ���� ����� ����� ����� ��������&� ´� .���&�,��&�104��VJI$VJ-&�

SAMUELS G.J.� �+II4"�� F������� �� ��#���$���� ������ ��� ���� ��#���� ���������� ������� ��� Trichoderma� ���&� ´�8��������������96��*O4$++I&

SAMUELS G.J., SUAREZ C., SOLIS K., HOLMES K.A., THOMAS S.E., ISMAIEL A. &EVANS H.C&��+IIJ�"��

Trichoderma theobromicola ����T. pau-cisporum�� ���� ���� ��� ��� ���������������� ��)�������� �&�´�.���&�,��&�110��WN*$WO+&

SAMUELS G.J., DODD S.L., LU B-S, PETRINI O., SCHROERS H. J. & DRUZHININA I.S&� �+IIJ�"��(���Trichoderma koningii��������� ������ ��&�´�)���&�.���& 56��JV$*W4&

SAMUELS G.J., ISMAIEL A., BON M.-C., DE RESPINIS S. & PETRINI�/&��+IIO"��Trichoderma asperel-lum� ������ ����� ��� ���� ��� ���� ��� ���� ��&�´�.����� ��102��O--$OJJ&

THOMPSON J.D., GIBSON T.J., PLEWNIAK F., JEANMOUGIN F. & HIGGINS D.G&��*OOV"��(���F��������� �$����� �������� 2�# ���� ������ ��� ������� ���� ��P������� �������� �������P��� ��� ������ �� �����&� ´� ���� � � ���,��&�25��-NVJ$-NN+&

TOCKNER K., SCHIEMER F. & WARD J. V.� �*OON"��F������� ��� ��� ������ ���� ���� ���$������������������� ��$2������ ����������������������� ��� ������ �. ´��P��� � F�����&� .�&� U����&� :�����&�8��V*$NJ&

WHITE T.J., BRUNS T., LEE S. & TAYLOR J.W&� �*OOI"������ %�� �������� �����P��� ������������� �������� ,��� ������ ��� �����$����� �&�´� ����PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications�� ��&� W*4$W++&�:� �������.&�&�INNIS���&Q&�GELFAND��¦&�¦&� SNINSKY�� ���� (&� ¦&� WHITE&� ´� ����� �8�������&������¢�!&

WUCZSKOWSKI M., DRUZHININA I., GHERBAWY Y., KLUG B., PRILLINGER H.J. & KUBICEK C.P&� �+IIW"��)�� ������������������� �� ��� ������Trichoderma� ����� �$:��������� ��$���� 2������ �$�����&� ´� . �� ��&� ,��&�158��*+4$*W-&

ZACHOW C., BERG C., MÜLLER H., MEINCKE R., KOMON-ZELAZOWSKA M., DRUZHININA I.S. KUBICEK C.P. & BERG��H&��+IIO"��U������� ��� ��� ������ � 6������� ��� ����� � ������ ���$ ��� ��� (��� ��� �F����� �������"�� ���$� ���� �� ��� ������� ��� 6����� ���� ��� $��������� �����&�´�(��� �).:�¦&�3�� VO$O+&

©Biologiezentrum Linz, Austria, download www.biologiezentrum.at

ZOBODAT - www.zobodat.atZoologisch-Botanische Datenbank/Zoological-Botanical Database

Digitale Literatur/Digital Literature

Zeitschrift/Journal: Stapfia

Jahr/Year: 2012

Band/Volume: 0096

Autor(en)/Author(s): Friedl Maria, Druzhinina I.S.

Artikel/Article: In situ DNA barcoding of Trichoderma in soil reveals a narrow community ofopportunistic species § 179-193