PDBJ(Protein Data Bank Japan)

Oleh Alifah Mustafidah(131810301002)Pricilia Citra(131810301016)Angelia Septaningrum(131810301025)Ardi Budianto(131810301038)Rizka Fithriani Safira Sukma(131810301049)

JURUSAN KIMIAFAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAMUNIVERSITAS JEMBER2013

BAB 1 PENDAHULUANPDBj merupakan sebuah web yang mempertahankan arsip PDB yang terpusat pada struktur molekular dan penyedia alat-alat yang terintegrasi. Mereka bekerjasama dengan RSCB, BMRB di United State of Amerika dan PDBe yang ada di Uni Eropa.PDBj didukung oleh JST-NBDCdan Osaka University (Jepang).Web PDBj menyediakan beberapa panduan yang akan mempermudah bagi pengguna web ini, khususnya bagi pendatang. Bagi pengunjung awal web ini, ada beberapa fitur bantuan sebelum penggunaan web ini lebih lanjut. Adapun bantuan fitur yang ditwarkan terdapat pada halaman depan dengan sub menu Guide for First Visitors. Menu utama dalam fitur baru web ini terdapat di kiri halaman. Adapun bagian isi menu sebagian masih sama, sedangkan untuk desain dan fungsi telah diubah secara signifikan. Setiap kategori fitur menu telah memisah dan memiliki panel-panel tersendiri. Website PDBj yang baru telah menjadi situs resmi PDBj pada 23 Mei 2013.

BAB 2 PEMBAHASAN

PDBj (Protein Data Bank Japan) mengurus arsip PDB terpusat dari struktur makromolekul dan menyediakan alat yang terintegrasi, bekerjasama dengan RCSB, BMRB di Amerika Serikat dan PDBe di Uni Eropa. PDBj didukung oleh JST-NBDC dan Universitas Osaka. PDBj berfungsi untuk melakukan pencarian, pengumpulan dan untuk melihat struktur molekul, baik dengan metode X-Ray atau pun dengan struktur elektron.Didalam PDB ini terdapat berbagai menu antara lain :a. Homeb. Data Depositionc. New Formatd. Search e. Service and Softwaref. Derived Databaseg. Educational Serviceh. About PDBj ; dani. Customizationa. Home Di dalamnya berisi beberapa pilihan menu diantaranya :1. Top Page merupakan tampilan awal dari PDBj.2. Statistic berisi tentang grafik pertumbuhan dan distribusi yang ada dalam PDBj.3. Help berisi bantuan dan petunjuk untuk menggunakan layanan PDBj.4. FAQ berisi berbagai pertanyaan yang ada secara berkala.5. Contact Us berfungsi untuk mengirim pesan kepada staff dan manajemen PDBj6. Links berisi berbagai sumber referensi PDBj.7. Download PDB Archive / snapshot archive, merupakan layanan untuk mengunduh arsip-arsip yang tersedia dalam PDBj.

b. Data DepositionData Deposition berisi beberapa hal tentang penyimpanan data. Baik untuk diakses, menyimpan sebuah data maupun mengentri data protein baru. Di dalam Data Deposition terdapat ADIT dan ADIT NMR. The Auto Dep Input Tool (ADIT) digunakan untuk mengirimkan informasi struktural protein pada PDB, Protein Data Bank, menggunakan web browser.The Auto Dep Input Tool ( ADIT ) memungkinkan pengguna untuk memeriksa format koordinat dan faktor struktur file dan melakukan berbagai tes validasi pada struktur sebelum dideposisi atau disimpan dalam database. Pemeriksaan ini dapat dilakukan tanpa campur tangan dari staf basis data.
Untuk deposit struktur, pengguna mengkoordinasikan struktur file dan kemudian menambahkan informasi tambahan untuk pengajuan menggunakan ADIT . berikut adalah tampilan dari ADIT.

Sedangkan ADIT-NMR digunakan untuk mengumpulkan informasi struktur protein yang ditentukan oleh NMR pada PDB menggunakan web browser. Berikut adalah tampilan ADIT-NMR.

c. New FormatPDB akan mulai menggunakan format standar baru, PDBx / mmCIF pada tahun 2014, menggantikan warisan "format PDB" yang telah digunakan sejak tahun sembilan belas tujuh puluhan. Rincian yang ditampilkan pada halaman Web untuk format standar baru. wwPDB / RDF adalah kumpulan data PDB di Resource Description Framework (RDF) format. Format RDF adalah format standar untuk Web Semantic. Ontologi didefinisikan dalam Web Ontologi Language (OWL) juga disediakan untuk PDB / RDF, yang merupakan terjemahan langsung dari PDB mmCIF Efek Dictionary.

d. SearchDi dalam search terdapat beberapa sub menu diantaranya :1. Help2. Search PDB (PDBj Mine) adalah tampilan umum yang baru untuk mencari entri PDB oleh PDB ID dan kata kunci dll.

3. Search PDB (advanced) adalah sebuah tampilan canggih untuk mencari entri PDB dengan kombinasi berbagai kondisi.4. Large structures untuk mengentri struktur besar yang melebihi keterbatasan format file PDB asli dan dirilis sebagai satu entri tanpa terpecah menjadi beberapa entri.5. Search BRMB adalah layanan untuk mencari entri dalam biomolekul NMR dalam BRMB6. Sequence-Navigator adalah layanan untuk mencari molekul dengan urutan yang sama.7. Structure-Navigator adalah layanan untuk mencari molekul dengan struktur yang sama.8. EM Navigator untuk mencari data 3D dari molekul mikroskopis.9. wwPDB/RDF adalah kumpulan data PDB di Resource Description Framework (RDF) format.10. SeSAW (Sequence-Derived Structural Alignment Weights) memberikan penjelasan fungsional yang mengidentifikasi urutan dilestarikan dan motif struktural dalam protein.11. Ligand Binding Sites (GIRAF) berfungsi mencari situs pengikatan ligan dikenal dalam PDB yang mirip dengan substruktur query.12. Latest Release Search adalah layanan untuk mencari daftar entri terbaru yang dirilis termasuk entri baru terdaftar dan entri diperbarui.13. Status search adalah layanan untuk mencari entri PDB yang sudah disimpan tapi belum dirilis belum

e. Service and SoftwareDi dalamnya berisi tentang :1. jV : Graphic Viewer adalah sebuah program untuk menampilkan grafis molekul protein dan asam nukleat. Program jV Graphic Viewer ini hanya tersedia untuk program Linux.2. Yorodumi : melihat dan memindah struktur 3 dimensi dari molekul biologi.3. Protein Globe : tinjauan global dan representasi dari seluruh protein.4. ASH : menampilkan deretan struktur 3 dimensi.5. MAFFTash : alat yang menghitung beberapa urutan dari urutan dan struktur.6. SEALA : menyediakan berbagai alat untuk menganalisis urutan keselarasan.7. NMRToolbox : layanan untuk mendownload berbagai peralatan yang berhubungan dengan NMR.8. CRNPRED : layanan berbasis web yang memprediksi satu dimensi struktur protein termasuk struktur sekunder, nomor kontak, dan residu-bijaksana kontak perintah dari urutan asam amino.9. Spanner : pemodelan homologi struktural program yaitu, benang urutan asam amino tertentu ke struktur PDB yang spesifik, menambal celah sebaik mungkin.10. SFAS : untuk memprediksi struktur dari asam amino.f. Derived DatabaseDi dalamnya berisi beberapa submenu yaitu diantaranya :1. Help2. eF- site menggambarkan bentuk permukaan dari sebuah protein3. eF- seek untuk memprediksi fungsi server yang berbasis struktur.4. eF- surf merupakan web server untuk menghitung permukaan molekul dan potensi elektrostatik bagi pengguna .5. Pro mode elasticProMode - elastis adalah database dari analisis modus normal data PDB . Analisis mode normal dilakukan oleh PDBETA. PDBETA merupakan program analisis modus normal elastis - network - model yang berbasis di torsional Angle ruang untuk data PDB . PDBETA dapat menggambarkan struktur molekul dengan jumlah yang relatif kecil dari derajat kebebasan , dan memperhitungkan perhitungan tidak hanya protein , tetapi juga , RNA , DNA dan molekul ligan ( atom hidrogen dan molekul air yang dikeluarkan saat ini untuk menekan jumlah variabel ) .

Dalam setiap halaman protein fitur dinamis karakteristik dapat diamati melalui vektor animasi dan perpindahan pada penampil seperti JV dan Jmol .

g. Educational ServiceDi dalamnya berisi beberapa submenu yaitu diantaranya :1. Help2. eProtsThe eProtS, Ensiklopedia Struktur Protein, adalah kamus dengan gambar dari protein struktur tiga dimensi, untuk memahami struktur tersier dan fungsi biologis untuk beberapa molekul protein dipilih yang sangat penting untuk biologi. Situs Web ini dapat dipersiapkan untuk non-spesialis struktur protein. 3. Molecule of the monthSitus ini menyediakan terjemahan Jepang Molekul of the Month, yang diproduksi oleh Dr David S. Goodsell dari RCSB. Yang termasuk penjelasan fungsional dan struktural molekul yang dipilih dari Protein Data Bank (PDB) yang merupakan topik yang populer di kalangan orang-orang.4. Previous workshop, dalam submenu ini pengguna dapat melihat workshop- workshop yang ada di jepang. 5. PDBj games, dalam submenu ini berisi games yang berbau pengetahuan tentang protein.h. About PDBj Di dalamnya berisi beberapa submenu yaitu diantaranya :1. Publication, berisi daftar daftar orang atau organisasi yang telah melakukan publikasi di web ini2. Newsletters, berisi tentang laporan berkala3. PDBj members yaitu submenu yang berisi daftar anggota PDBj4. Terms of use and Privacy policy, berisi tentang jangka waktu penggunaan dan kebijakan PDBj yaitu PDBj tidak akan mengungkapkan informasi i. CustomizationDi dalamnya berisi beberapa submenu yaitu diantaranya :1. Help2. Configure panels untuk mengkonfigurasi panel 3. Configure Customization untuk mengkonfigurasi beberapa pengaturan umum seperti tampilan4. Reset all Customization untuk mereset ulang 5. Job manager

KESIMPULAN

PDBj merupakan sebuah web yang menyediakan arsip PDB yang terpusat pada struktur molekular dan penyedia alat-alat yang terintegrasi.Didalam PDB ini terdapat berbagai menu antara lain :Home, Data Deposition, New Format, Search, Service and Software, Derived Database, Educational Service, About PDBj dan Customization. Pada menu-menu tersebut terdapat sub menu lagi yang mana tiap-tiap sub menu tersebut menjelaskan tentang penggunaan PDBj.