Transport electron terjadi di bagian membrane dalam mitokondria. NADH dan FADH2 yang dihasilkan dari siklus krebs dan glikolisis memberikan electron dan H+ ke system transport electron. Oleh karena electron bergerak melalui system transport, H+ dipompa ke luar dari membrane dalam mitokondria. Konsentrasi H+ di luar membrane dalam mitokondria menimbulkan gradient electron antara bagian luar dan dalam membrane dalam mitokondria. Akibatnya, ion H+ kembali menuju bagian dalam membrane dalam mitokondria melalui ATP sintase.

Atp sintase merupakan protein yang menempel di membrane dalam mitokondria. Aliran H+ melalui protein transport ini memacu pembentukan ATP dari ADP dan Fosfat (P). oksigen bebas menjaga pembentukan ATP terus berjalan, yaitu dengan menerima electron yang dilepaskan pada akhir system transport electron. Oksigen akan bergabung dengan H+ membentuk air. ATP yang di hasilkan pada tahap ini adalah 32 ATP.