TUGAS MATRIKULASI

DASAR KESEHATAN LINGKUNGAN

OLEH :..UNIVERSITAS AIRLANGGA

FAKULTAS KESEHATAN MASYARAKAT

PROGRAM MAGISTER

PROGRAM STUDI ILMU KESEHATAN MASYARAKAT

SURABAYA 2015A. PendahuluanMetode pencarian literatur : *???????????????????????1. Database yang digunakan:Cengage

2. Alamat akses:http://infotrac.galegroup.com/itweb3. Keyword pencarian:vector and rodent

4. Jumlah literatur didapatkan:367 Jurnal akademik

Abstrak (Abstrak dari artikel / jurnal yang di review) Background:Caviomorph rodents, some of the oldest Leishmania spp. hosts, are widely dispersed in Brazil. Despite both experimental and field studies having suggested that these rodents are potential reservoirs of Leishmania parasites, not more than 88 specimenswere analyzed in the few studies of natural infection. Our hypothesis was that caviomorph rodents are inserted in the transmission cycles of Leishmania in different regions, more so than is currently recognized.Methodology:We investigated the Leishmania infection in spleen fragments of 373 caviomorph rodents from 20 different speciescollected in five Brazilianbiomes in a period of 13 years.PCR reactions targeting kDNA of Leishmania sp. were used to diagnose infection, while Leishmania speciesidentification was performed by DNA sequencing of the amplified products obtained in the HSP70 (234) targeting. Serology by IFAT was performed on the available serum of these rodents.Principal findings: In 13 caviomorph rodents, DNA sequencing analyses allowed the identification of 4 species of the subgenus L. (Viannia): L. shawi, L. guyanensis, L. naiffi, and L. braziliensis; and 1 species of the subgenus L. (Leishmania): L. infantum. These include the description of parasite species in areas not previously included in their known distribution: L. shawi in Thrichomys inermis from Northeastern Brazil and L. naiffi in T. fosteri from Western Brazil. From the four other positive rodents, two were positive for HSP70 (234) targeting but did not generate sequences that enabled the species identification, and another two were positive only in kDNA targeting.B. Deskripsi Artikel / Jurnal

Deskripsi umum

1. Judul artikel / jurnal Distinct Leishmania Species Infecting Wild CaviomorphnRodents (Rodentia: Hystricognathi) from Brazil2. Penulis Renata Cassia-Pires, Mariana C. Boite, Paulo S. D' Andrea , Heitor M. Herrera, Elisa Cupolill, Ana Maria Jansen, Andre Luiz R. Roque3. Publikasi

PLoS Negl Trop Dis. 2014 Dec:FromNCBI.Deskripsi Content

1. Tujuan Penelitian

a. Mengetahui perbandingan spesies Leishmania yang menginfeksi Tikus Caviomorph liar (Rodentia: Hystricognathi) dari Brasil2. Hasil Penelitiana. Secara total, didapatkan sampel 1297 tikus di empat wilayah. Di wilayah Ambositra dan gunung yang tinggi dari Moramanga, sebagian besar hama tikus itu seronegative, dan wabah seroprevalence tingkat yang berbeda dari nol di satu jebakan situs per area (Ambositra: AAmpV, dua seropositive tikus; Moramanga: EMroR, satu seropositive Tikus) (Tabel 2). Di Betafo, wabah seroprevalence bernilai positif hanya di utara paling barat desa (BAln, BApg, BAtn (Gambar 1); Tabel 2). Di Mandoto, seropositive individu ditemukan di semua desa (Tabel 2).b. Secara total, 910 genotyped hama tikus itu. Sepuluh loci (D10R20, D7R13, Rr14, Rr17, Rr22, Rr54, Rr68, Rr93, Rr107, Rr114) berada di HWE. Yang lain lima (D11R56, D16R81, D11M5, Rr21, Rr67 ditampilkan) signifikan heterozygote kekurangan beberapa sub populasi. Semua analisis menghasilkan hasil yang sama dengan dan tanpa loci tidak di HWE: disajikan di sini mereka diperoleh dengan seluruh datanya. LD sangat penting untuk 25 dari 4200 dilakukan tes perbandingan (0.6% dari 15), sehingga loci dianggap independen.c. Hasil analisis tata genetik menghasilkan nilai positif untuk pertama jarak kelas (dalam jebakan situs) di tiap bidang. Untuk kedua (kelas yang sesuai dengan jarak jauh antara desa) dalam habitat penting bagi nilai korelasi positif dan hanya di Betafo dan Mandoto. genetik kesamaan antar individu untuk higher-order selanjutnya berkurang menjadi kelas, kebanyakan tidak signifikan. Parsial Mantel tes menggunakan seroprevalence data tersebut dilakukan untuk Mandoto dan Betafo (lebih dari satu subpopulation dengan tikus seropositive). Di Mandoto, korelasi signifikan ditemukan perbedaan antara wabah seroprevalence tingkat dan struktur genetik ([] r.sup.2 = 12.0, P= 0.038) atau geografis jarak ([] r.sup.2 P = = 16.7, 0.014). Ini spurious korelasi berkaitan dengan subpopulation MAhiV ditandai oleh tertinggi seroprevalence tingkat area (Tabel 2; Gambar 4A): saat ini subpopulation dihapus dari analisis, parsial Mantel tes tersebut tidak signifikan (struktur genetik: r.sup.2 = [], P 1.54 = 0.47; geografis jarak: r.sup.2 = [], 0.72) = 0.4 P. Di Betafo, tidak ada korelasi signifikan antara perbedaan wabah seroprevalence dan struktur genetik ([] r.sup.2 P = = 1.2, 0.47) atau geografis jarak (r.sup.2 = [], 0.1 P =0.81). Akan tetapi, ketika subpopulation BAtnV yang juga ditandai oleh tertinggi seroprevalence tingkat daerah, telah dihapus dari analisis, korelasi melibatkan struktur genetik menjadi sangat signifikan (= [] r.sup.2 P 42.6, 0.0001)3. Kesimpulan Penelitian

Seperti telah diperkirakan, populasi tikus yang lebih struktur genetik ditampilkan ditandai dengan meningkatnya reliefin highlands dari Madagaskar. Wabah tersebar di tikus dan populasi manusia dapat sebagian berhubungan dengan populasi struktur genetik dari penyimpan manusia, tetapi juga untuk kegiatan sosial. Perbaikan lebih lanjut untuk pemahaman kita akibat dari lanskap untuk mengganggu distribusi akan memerlukan analisis rinci dari kesempatan untuk gerakan terbuka terhadap berbagai peserta dalam siklus (penyakit manusia, tikus, kutu), bersama dengan longitudinal survei mengenai wabah di seroprevalence manusia dan populasi tikus.C. Telaah / Review Artikel / Jurnal1. Fokus penelitian

Landscape may affect the distribution of infectious diseases by influencing the population density and dispersal of hosts and vectors. Plague (Yersinia pestis infection) is a highly virulent, re-emerging disease, the ecology of which has been scarcely studied in Africa. Human seroprevalence data for the major plague focus of Madagascar suggest that plague spreads heterogeneously across the landscape as a function of the relief. Plague is primarily a disease of rodents. We therefore investigated the relationship between disease distribution and the population genetic structure of the black rat, Rattus rattus, the main reservoir of plague in Madagascar.Berdasarkan kutipan tersebut nampak bahwasanya kepadatan penduduk menjadi salah satu faktor penyebab penyebaran virus yang dilarkan oleh tikus. Kejadian infeksi semakin diperparah dengan jumlah populasi manusia2. Gaya dan sistematika penulisanSistematika penulisan sudah tersusun dengan baik mulai dari judul penelitian, nama penulis, sumber publikasi, abstrak, tujuan penelitian, desain / metode penelitian yang digunakan, analisa data yang dilakukan, hasil penelitian dan pembahasan.

3. Penulis

Peneliti dalam artikel yaitu Carine Brouat, Soandrasana Rahelinira, Anne Loiseau, Lila Rahalison, Minoariso Rajerison and Dominique Laffy. Masing-masing peneliti tidak mencantumkan gelar yang dimiliki sehingga tampak adanya kesetaraan peneliti dalam artikel ini4. Judul PenelitianPlague circulation and population genetics of the reservoir Rattus rattus. The influence of topographic relief on the distribution of the disease within the Madagascan focusPenulis telah menulis judul penelitian dengan jelas. Dalam judul juga telah dikenalkan mengenai masalah yang akan diteliti dan lokasi penelitian. Dengan adanya kejelasan judul penelitian akan mampu menarik minat pembaca untuk melanjutkan membaca hasil penelitian secara menyeluruh.

5. AbstrakKelebihan : alam penulisan abstrak, peneliti sudah menggambarkan mengenai permasalahan yang akan diteliti, tujuan penelitian juga telah disebutkan, metode penelitian yang digunakan dan hasil yang didapatkan

Kekurangan : untuk standar penulisan artikel ilmiah, artikel / jurnal ini masih belum dikatakan sempurna karena dalam abstrak hanya termuat introduction, metode, hasildan kesimpulan, namun untuk point discussion peneliti belum memasukkan dalam abstrak

6. Hipotesis / pertanyaan penelitian

Pertanyaan penelitian sudah dicantumkan sehingga memudahkan pembaca untuk mengetahui maksud dan tujuan dari dilakukannya penelitian ini

7. Ethical ClearanceSebelum melakukan penelitian, tim peneliti sudah mengajukan uji ethic untuk melakukan kegiatan penelitian. Namun dari subjek yang akan dilakukan penelitian tidak membutuhkan ijin yang tertulis mengingat hewan yang akan diteliti bukan termasuk satwa yang dilindungi namun sehingga peneliti tidak membutuhkan ijin untuk melakukan pemakaian hewan yang digunakan dalam penelitian ini8. Definisi operasional

Tidak ditemukan adanya definisi operasional dalam penelitian ini sehingga tidak dapat dilakukan telaah9. Populasi dan sampelKami menyelidiki infeksi Leishmania dalam fragmen limpa 373 tikus caviomorph dari 20 jenis yang berbeda di lima Brazilianbiomes dalam periode 13 tahun. PCR reaksi penargetan kDNA Leishmania sp. digunakan untuk mendiagnosis infeksi. 10. Hasil penelitianPada tikus 13 caviomorph, analisis sekuensing DNA memungkinkan identifikasi 4 spesies Subgenus L. (Viannia): L. shawi, L. guyanensis, L. naiffi dan L. braziliensis; dan 1 jenis subgenus L. (Pertamina menambahkan): L. infantum. Termasuk deskripsi spesies parasit di daerah-daerah yang sebelumnya tidak disertakan dalam distribusi mereka : L. shawi di Thrichomys inermis dari Timur Laut Brasil dan L. naiffi di T. fosteri dari Brasil Barat. Dari empat tikus positif lainnya, dua orang positif untuk penargetan HSP70 (234) tetapi tidak menghasilkan urutan yang memungkinkan identifikasi spesies, dan dua yang positif hanya dalam penargetan kDNA In 13 caviomorph rodents, DNA sequencing analyses allowed the identification of 4 species of the subgenus L. (Viannia): L. shawi, L. guyanensis, L. naiffi, and L. braziliensis; and 1 species of the subgenus L. (Leishmania): L. infantum. These include the description of parasite species in areas not previously included in their known distribution: L. shawi in Thrichomys inermis from Northeastern Brazil and L. naiffi in T. fosteri from Western Brazil. From the four other positive rodents, two were positive for HSP70 (234) targeting but did not generate sequences that enabled the species identification, and another two were positive only in kDNA targeting. Hasil penelitian menunjukkan bahwa reaksi penargetan kDNA Leishmania sp. berbeda yang digunakan untuk mendiagnosis infeksi.11. Pembahasan

The serological survey showed that 51.3% of the caviomorph rodents evaluated had become exposed to Leishmania parasites, and, therefore, are expected to be infected. However, we found only 4.6% of positive rodents through the molecular analysis of spleen fragments. Leishmania sp. has non-uniform distribution in tissues of vertebrate hosts, and may be present in other fragments of the spleen as well as in different tissues as skin and/or liver. The three animals that were positive for the molecular diagnosis, but negative for IFAT may have been caught in an initial phase of infection when there was not yet production of detectable IgG in serological tests. Another factor, although less known in wild hosts, may be an inability (permanent or temporary) of some individuals to produce detectable antibodies in serological assays. The rate of infection demonstrated by the serology points out that the natural Leishmania infection in caviomorph rodents is much higher than that observed in the molecular diagnosis. Our results based on PCR of spleen fragments and serology reflects only the tip of the iceberg highlighting that the knowledge about the epidemiology of different Leishmania species that infect caviomorph rodents is just at its beginning. The diversity of Leishmania species found infecting different caviomorph rodent species reflects the dynamism and complexity of the transmission cycles of these parasites in nature..

Dalam pembahasan, penulis sudah menjelaskan dati Survei serological menunjukkan bahwa 51,3% dari tikus caviomorph dievaluasi menjadi terbuka untuk parasit Leishmania, dan, oleh karena itu, diharapkan akan terinfeksi. Namun, hanya ditemukan 4.6% tikus positif melalui analisis molekuler limpa fragmen ReferensiReferensi yang digunakan sudah bagus karena menggunakan beberapa sumber buka dengan tahun terbit yang baru. Namun beberapa buku lama masih tetap digunakan oleh peneliti yang mungkin dikarenakan peneliti ingin mengutip dari sumber buku yang ada atau memang belum ada literatur terbaru yang terkait dengan apa yang ingin diteliti.

12. Kesimpulan dan saran

Tingkat infeksi yang ditunjukkan oleh serologi (51,3%) menunjukkan bahwa infeksi Leishmania pada tikus caviomorph jauh lebih tinggi daripada yang diamati dalam diagnosis molekuler (4.6%), menyoroti bahwa spesies host bertanggung jawab untuk menjaga spesies Leishmania di alam liar, pengetahuan kita saat ini mewakili hanya "tip of iceberg"

D. Penutup

Sebagai penutup, melihat hasil penelitian yang telah dilakukan dimana ada korelasi antara kepadatan penduduk dengan pola penyebaran infeksi melalui tikus, untuk itu diperlukan kebijakan dari pemerintah untuk melakukan pengkajian ulang terutama mengenai penyebaran penduduk agar infeksi yang diakibatkan oleh tikus tidak sampai menyebar dan terjadi di Indonesia.