Bakteri pembantu fermentasi berdasarkan aktivitas biokimianya diantaranya:Bakteri Amilosa : bakteri yang menghidrolisis pati karena adanya enzim amilolitik. Produk fermentasi bekteri amilolitik adalah, laktat, format, asetat, suksinat, propionat dan butirat.Bakteri Selulosa : bakteri yang mendegradasi selulosa. Bakteri ini menfermentasikan glukosa, selobiosa,pektin, pati, maltosa, sukrosa, salesin, fruktosa, dengan menghasilkan suksinat, format, butiral, asetat, propionat, asam diaminopimelat, ethanol, karbondioksida dan hidrogen.Bakteri Hemiselulosa (bakteri pencernaan Hemiselulosa) dan Pektinolitik (Bakteri Pencerna Pektin)Bakteri Lipolosa (bakteri pencerna lemak) berhubungan dengan hidrolisis lemak menjadi gliserol,dan asam-asam lemak. Produk fermentasi bakteri ini adalah asam asetat, propionat, butirat, dan suksinat serta gas hidrogen sulfidaa. Bakteri ini juga mampu menfermentasikan gula, gliserol, ribosa dan fruktosa.Bakteri Proteolosa (bakteri pencerna protein) mencerna protein pakan. Contoh spesies dari bakteri ini adalahProteus spp, Corny bacterium,danEubacterium ruminantium.(Didiek Rahmadi,2003)Rahmadi, Didiek. 2003. Ruminologi Dasar. Semarang : Universitas Diponenoro.Protease Mikroba Protease dapat dihasilkan oleh hewan, tumbuhan dan mikroba. Meskipun demikian yang paling banyak digunakan saat ini sebagai penghasil protease komersial adalah mikroba karena produktivitasnya yang tinggi sangat efisien dipandang dari sudut waktu dan tempat produksi, kemudahan pengaturan produksi dan tingginya peluang perbaikan produksi melalui teknik optimasi fermentasi, teknik mutasi serta rekayasa genetika (Rehm & Reed 1987). Bakteri proteolitik adalah bakteri yang memproduksi enzim protease ekstraseluler, yaitu enzim pemecah protein yang diproduksi di dalam sel kemudian dilepaskan keluar dari sel. Semua bakteri mempunyai enzim protease di dalam sel, tetapi tidak semua mempunyai enzim protease ekstraseluler. Enzim proteolitik akan mendegradasi protein sehingga terpisah dari kitin. Mikroba proteolitik akan mengeluarkan enzim protease yang dapat merombak protein menjadi polipeptida, lalu menjadi peptida sederhana dan akhirnya menjadi asam amino bebas, CO2 dan air.Berbagai jenis bakteri seperti Bacillus, Lactobacillus, Pseudomonas, Clostridium, Proteus dan Serratia serta kapang Aspergillus, Penicillium, Rhizopus, Endothia dan Mucor merupakan penghasil enzim protease yang berpotensi. (Rao et al. 1998). Spesies Bacillus banyak menghasilkan protease serin alkali dan protease logam, di antaranya protease serin alkali yang dihasilkan oleh Bacillus licheniformis yang lebih dikenal dengan nama subtilisin. Jenis enzim ini juga diproduksi oleh Bacilus pumilus. Dari golongan kapang, protease yang banyak dihasilkan umumnya juga termasuk golongan serin alkali. Kapang yang memproduksi enzim protease antara lain Aspergillus orizae, Aspergillus sydowi dan Aspergillus flavus. Kapang penghasil enzim termostabil dengan suhu optimum sekitar 65-70o C adalah Tritirachum album dan Malbranchea ounchella. Protease yang dihasilkan oleh Staphylococcus aureus dinamakan protease staphylococcus, sedangkan clostripain yang termasuk dalam golongan protease tiol dihasilkan oleh Clostridium hystolyticum (Suhartono 1989b). Huo et al. (1993) melaporkan bahwa empat jenis protease bakterinya mampu menginaktivasi inhibitor tripsin dan lektin pada kedelai mentah. Penurunan level inhibitor tripsin yang paling efektif (96%) terjadi pada dosis protease 1% dan lama inkubasi 12 jam. Menurutnya, protease bakteri lebih efektif dibandingkan protease kapang dalam menurunkan inhibitor tripsin. Mikroba penghasil protease dan jenis enzim yang dihasilkannya (Suhartono 1989b)MikrobaaJenispH optimum

Kelompok bakteri

Bacillus cereusnetral7.0

B. licheniformisnetral6.5 7.5

B. megateriumnetral7.0

B. polymixanetral6.0 7.2

B. amyloliquefaciensalkali10.2 10.7

B. amyloliquefaciensnetral6.5 7.5

B. cereusalkali10.5 11.0

B. licheniformsalkali10.3 11.8

B. pumilusalkali10.3 10.8

B. subtilisalkali10.3 10.8

Kelompok kapang

Aspergillus nigerasam2.8

A oryzaeasam3.0

A sojaenetral6.5 7.5

A candidusalkali10 11

A oryzaealkali8.5 10.0

Rehm HJ, Reed G. 1987. Biotechnology, Special Edition on Enzymes Technology. Vol 7a. WHC, Weinheim, Federal Republic of Germany.Rao MB, Tanksale AM, Ghatge MS, Deshpande VV. 1998. Molecular and biotechnological aspects of microbial protease. Microb. Mol. Biol. Rev. 62: 1092-2172.Suhartono, M.T. 1989b. Enzim dan Bioteknologi. Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Antar Universitas Bioteknologi. IPB.Hou H, Li B, Zhao X, Zhang Z, Li P. 2010. Optimization of enzymatic hydrolysis of Alaska Pollock frame for preparing protein hydrolysates with low bitterness. LWT-Food Science and Technology. Doi:10.1016/j.lwt.2010. 09.009.

(a) bakteri pencerna selulosa (Bakteroidessuccinogenes, Ruminococcus flavafaciens, Ruminococcus albus, Butyrifibriofibrisolvens), (b) bakteri pencerna hemiselulosa (Butyrivibrio fibrisolvens,Bakteroides ruminocola, Ruminococcus sp), (c) bakteri pencerna pati(Bakteroides ammylophilus, Streptococcus bovis, Succinnimonas amylolytica,(d) bakteri pencerna gula (Triponema bryantii, Lactobasilus ruminus), (e) bakteri pencerna protein (Clostridium sporogenus, Bacillus licheniformis).

Kapang selulolitik merupakan organisme yang mempunyai potensi untuk mendegradasi material organik selulosa. Selulosa merupakan penyusun utama dinding sel tumbuhan. Selulosa adalah polimer dari D-glukosa dengan ikatan (14) glukosida yang dapat dihidrolisis oleh enzim selulase yang dihasilkan oleh kapang selulolitik (Howard R. L., P. Masoko and E. Abotsi., 2003: 296 - 300).