perbedaan prokariot eukariot

8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot

1/21

Perbedaan transkripsi dan translasi pada eukariot dan prokariot

Transkripsi

1. Jenis gen

Prokariot

Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali

(promoter); bagian struktural; dan terminator.

Promoter merupakan bagian gen yang berperan dalam mengendalikan

proses transkripsi dan terletak pada ujung 5.Promoter pada prokariot juga

terdiri atas operator.

Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir

(downstream) dari promoter. Bagian inilah yang mengandung urutan DNA

spesifik (kode-kode genetik) yang akan ditranskripsi.

Terminator adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir dari bagian

struktural yang berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses

transkripsi. Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pada enzim RNA

polimerase agar menghentikan proses transkripsi. Proses terminasi

transkripsi pada prokariot dapat dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu 1)

terminasi yang ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-

independent) dan 2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-

dependent.

Eukariot

Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yang

mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA

polimerase I);

Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara

(spacer promoter) dan promoter utama.

Gen kelas II : meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa

RNA berukuran kecil yang terdapat di dalam nukleus (ditranskripsi oleh

RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu

sekuens pemulai (initiator) yang terletak pada daerah inisiasi transkripsi,


2/21

elemen hilir (downstream) yang terletak disebelah hilir dari titik awal

transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III :

meliputi gen-gen yang mengkode tRNA, 5S rRNA dan beberapa RNA

kecil yang ada di dalam nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III).

Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang.

2. Sistem operon

Prokariot

Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh :

operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa

pada bakteri Escherichia coli). Adanya sistem operon karena satu

promotor mengendalikan seluruh gen struktural.

Eukariot

Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan

seluruh gen struktural.

3.

Sifat gen

Prokariot

Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yang membawa

kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yang berbeda : mRNA

polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu

rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan

demikian, masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen

dari satu untaian mRNA yg sama.

Eukariot

Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yang

dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA

hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam

polipeptida).


3/21

4. Keberadaan intron

ProkariotCiri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi

translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon

STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian

asam amino. Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen

tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode

oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada

intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu.

Eukariot

Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering

dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron. Gen

eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang

mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak mengkode

urutan spesifik (intron).

5.

Letak RNA polymerase

Prokariot

Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di

daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang

membedakan dengan eukariot).

Eukariot

RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di

daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yang

disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu

: (1) TF umum dan (2) TF yg khusus untuk suatu gen. TF umum dalam

mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB,

TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ.


4/21

6. Proses transkripsi translasi

ProkariotPada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara

serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt

dimulai.

Eukariot

Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara

serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi

berlangsung di dalam sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda

waktu antara transkripsi dengan translasi, yang disebut sebagai fase pasca-

transkripsi.

Pada fase ini, terjadi proses :

1). Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);

2). Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3mRNA);

3). Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA dan

4). Penyuntingan mRNA

7. Mekanisme transkripsi

Prokariot

Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:

1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),

2) pemanjangan

3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida

komplementer dengan cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka

hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah

untai ganda, namun yang berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu

untaiannya

Eukariot

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai

mekanisme pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh


5/21

proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA

polimerase pada daerah promoter.

Translasi

1. Aliran informasi genetik

Prokariot

Prokariot tidak memiliki membran inti sehingga setelah transkripsi

langsung dapat melakukan translasi.

Eukariot

Pada eukariot, transkripsi harus sampai selesai baru diangkut ke

sitoplasma untuk ditranslasi.

2. Inisiator

Prokariot

Pada prokariot faktor insiasinya yaitu IF1, IF2, dan IF3.

Eukariot

Pada eukariot faktor inisiasinya yaitu eIF4A, eIF4E dan eIF4G.

3. Ribosomal

Prokariot

Pada prokariot ribosomal berupa 70S (subunit besar 50S dan subunit kecil

30S).

Eukariot

Pada eukariot ribosomal berupa 80S (subunit besar 60S dan subunit kecil

40S).

4. Pembentukan kompleks inisiasi

Prokariot

Macam faktor inisiasi translasi pada prokariot disebut IF.

Jumlah faktor inisiasi translasi pada prokariot lebih sedikit.

Asam amino pertama translasi pada prokariot berupa formyl methionin.


6/21

Eukariot

Macam faktor inisiasi translasi pada eukariot disebut eIF.Jumlah faktor inisiasi translasi pada prokariot lebih banyak.

Asam amino pertama translasi pada eukariot adalah methionin.


7/21

Macam RNA dan fungsinya

Pada dasarnya, terdapat dua kelompok utama RNA yang menyusun makhluk

hidup, yaitu RNA genetik dan RNA non genetik.

a. RNA genetik

RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yakni merupakan

molekul genetik yang secara keseluruhan bertanggung jawab dalam membawa

segala materi genetis, seperti yang dimiliki DNA, seperti pada beberapa jenis

virus. Selain sebagai materi genetik, RNA pulalah yang mengatur aktivitas sel.

b. RNA nongenetik

RNA nongenetik merupakan RNA yang tidak berperan sebagai DNA. RNA

nongenetik dimilik oleh makhluk hidup yang materi genetiknya diatur oleh

DNA. Pada makhluk hidup kelompok ini, di dalam di dalam selnya terdapat

DNA dan RNA.

Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA nongenetik dibedakan menjadi tiga

macam, yakni RNA duta, RNA ribosom, dan RNA transfer.

1.

RNA duta atau messenger RNA (mRNA) merupakan asam nukleat yang

berbentuk pita tunggal dan merupakan RNA terbesar atau terpanjang yang

bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida.

Gambar 1. Struktur mRNA


8/21

Fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA ke

ribosom. mRNA juga berfungsi sebagai cetakan dalam sintesis protein.

2. RNA transfer (tRNA) merupakan RNA terpendek yang bertindak sebagai

penerjemah kodon dari mRNA.

Gambar 2. Struktur tRNA

tRNA berfungsi mengikat asam-asam amino yang akan disusun menjadi

protein dan mengangkutnya ke ribosom. Pada tRNA terdapat bagian yang

berhubungan dengan kodon yang dibuat antikodon dan bagian yang berfungsi

sebagai pengikat asam amino.

3. RNA ribosom (rRNA) merupakan RNA dengan jumlah terbanyak dan

penyusun ribosom. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan

fleksibel. Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi rRNA sampai

sekarang masih belum banyak diketahui, tetapi diduga memiliki peranan

penting dalam proses sintesis protein.

RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat

di dalam nukleus. rRNA bersama protein membentuk ribosom, benda-benda

berbentuk butir-butir halus di dalam sitoplasma. Ribosom bertindak sebagai


9/21

Mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang

mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.

Gambar 3. Struktur rRNA


10/21

Proses maturasi RNA

Setelah DNA berhasil membuat RNA dalam proses transkripsi disebut RNA copy,

proses berikutnya adalah maturasi yaitu capping, splicing dan penambahan

poly(A)tail.


11/21

1. Capping adalah proses perubahan lima primer mRNA menjadi tiga primer

mRNA melalui pautan 5-5. Proses ini berguna agar mRNA dapat menempel

pada ribosom dan menghindari terdegradasinya mRNA oleh enzim 5

exonulcease.

2.

Splicing adalah membuang intron, bagian yang tidak memiliki kode (non

coding region), sehingga mRNA hanya terdiri dari exon saja, yaitu bagian

yang memiliki kode (coding region). Pada sel eukariot transkripsi terjadi satu

kali dan mengkode sejumlah rangkaian mRNA yang tidak mempunyai intron.

Proses ini dibantu oleh splicesome yang menempel pada intron, menjadikan

intron melingkar dan memotongnya. Dengan demikian dua exon dapat

bergabung.


12/21


13/21

Sistem deteksi dini cacat molekul

Berbagai metode yang digunakan untuk mendeteksi cacat molekul. Tergantung

pada tujuan, metode ini dapat digunakan sendiri atau dalam kombinasi. Metode

ini akan dibahas dalam dua kategori: deteksi mutasi dalam genom mitokondria

dan gen nukleus.

Analisis Perubahan dalam genom mitokondr ia

Deteksi berulang mutasi umum

Mutasi ini biasanya diskrining menggunakan metode PCR/RFLP atau PCR/ASO

(alel spesifik oligonukleotida). Yang pertama dilakukan adalah dengan menguji

setiap mutasi yang diketahui secara individual, sedangkan yang kedua dilakukan

dengan multipleks PCR daerah yang mengandung mutasi titik umum diikuti

dengan analisis dot-blot ASO. Metode deteksi mutasi lain termasuk tes

diskriminasi alel TaqMan atau Sanger sequencing daerah spesifik dari genom

mitokondria juga dapat digunakan.

Deteksi mutasi titik yang tidak diketahui dalam genom mitokondria

Secara historis, ada beberapa metode deteksi mutasi untuk skrining mutasi yang

tidak diketahui termasuk single strand conformation polymorphism (SSCP),

temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE), temperature gradient

gel electrophoresis (TGGE), denaturant gradient gel electrophoresis (DGGE) dan

denaturing high performance liquid chromatography (cHPLC). Karena Sanger

sequencing diperlukan untuk mengkonfirmasi mutasi yang tepat yang dihasilkan

dari perubahan deteksi, metode deteksi mutasi tidak langsung ini telah digantikan

oleh Sanger sequencing langsung dari daerah target menggunakan primer spesifik.

Analisis Sanger sequencing dari seluruh genom mitokondria biasanya dibentuk

oleh amplifikasi PCR menggunakan 24-36 pasangan primer amplifying

overlapping fragmen yang mencakup seluruh genom mitokondria diikuti oleh

sekuensing menggunakan primer spesifik. Karena luasnya fitur polimorfik dari

mtDNA, tingginya frekuensi single nucleotide polimorphisms (SNPs) di beberapa


14/21

sisi primer, dan gangguan urutan homolog mtDNA nukleus, fragmen mtDNA

mungkin tidak efisien beramplifikasi atau tidak beramplifikasi sama sekali.

Namun, kendala tersebut dapat diatasi dengan long-range PCR dari seluruh

genom mitokondria diikuti oleh massively parallel sequencing. Keuntungan dari

pendekatan yang dikembangkan baru-baru ini adalah deteksi simultan dari mutasi

titik mtDNA.

Kuantifikasi Titik Mutasi Heteroplasmi

Mengetahui tingkat mutasi heteroplasmi dan jaringan distribusi sangat penting

untuk menghubungkan fenotip klinis dengan hasil tes pasien dengan gangguan

mtDNA. Secara tradisional, ini dilakukan dengan penambahan -32 P-ATP ke

dalam campuran PCR pada siklus terakhir diikuti dengan analisis restriction

fragment length polymorphism (RFLP) dan kuantifikasi pita DNA dengan

Phosphor-Imager. Namun, karena kelemahan menggunakan bahan radioaktif dan

memakan waktu prosedur RFLP, metode ini secara bertahap digantikan oleh

pengembangan nonradioaktif, lebih akurat dan real-time yang cepat pada metode

amplification refractory mutation systems quantitative PCR (ARMS-qPCR), yang

menyediakan deteksi simultan dan kuantifikasi mutasi titik mtDNA heteroplasmi.

Pengukuran Jumlah Salinan mtDNA

Perubahan pada jumlah salinan mtDNA merupakan indikasi gangguan

mitokondria. Peningkatan kandungan mtDNA menunjukkan mekanisme

kompensasi karena kekurangan fungsi mitokondria, sedangkan pengurangan

kandungan mtDNA menunjukkan cacat pada biosintesis mtDNA, biasanya

sekunder akibat mutasi pada gen nukleus. Pengukuran jumlah salinan mtDNA

dilakukan oleh PCR kusntitatif real-time menggunakan probe mtDNA dan

referensi gen nukleus yang unik. Jumlah salinan rasio mtDNA/nDNA adalah

ukuran kandungan mtDNA. Ketika kandungan mtDNA bervariasi antara jaringan

yang berbeda dan dalam beberapa jaringan juga berubah dengan usia, jumlah

salinan mtDNA individu dibandingkan dengan nilai rata-rata jaringan dan kontrol

usia yang cocok. Kandungan mtDNA dalam jaringan otot dari pasien dengan


15/21

sindrom penurunan mtDNA encephalomyopathic adalah


16/21

jaringan yang terkena, seperti otot atau hati, menunjukkan penipisan dengan

metode qPCR, kemudian sekelompok gen yang bertanggung jawab untuk bentuk

hepatocerebral sindrom deplesi mtDNA dapat diurutkan. Jika ada indikasi miopati

dan / atau oftalmoplegia eksternal progresif, dan beberapa mtDNA deletion, maka

gen yang bertanggung jawab untuk fenotipe ini dapat diurutkan.

Oligonucleotide Array Comparative Genomic Hybridization (aCGH)

Meskipun analisis sekuensing mendeteksi mutasi titik dan sedikit penyisipan /

deletion, tidak mendeteksi intragenik besar atau keseluruhan gene deletion.

Sebuah metode oligonukleotida array-based comperative genomic hybridization

(aCGH) telah dikembangkan untuk menyediakan 16,6 kb genom mitokondria dan

high-density seluruh gen nukleus yang terlibat dalam biogenesis mitokondria,

struktur, dan fungsi. Beberapa studi telah menunjukkan bahwa desain ini mampu

mendeteksi deletion besar di kedua nukleus dan genom mitokondria. Paling

penting, breakpoints dan tingkat heteroplasmi deletion mtDNA besar dapat

diperkirakan. Selain itu, untuk pasien dengan sindrom penurunan mtDNA, array

ini dapat mendeteksi perubahan jumlah salinan pada kedua gen nukleus dan

mtDNA (dikurangi jumlah salinan mtDNA). Sebuah contoh yang baik adalah

bahwa bayi laki-laki yang mengembangkan gagal hati selama masa bayi. Sebuah

biopsi hati mengungkapkan deplesi mtDNA parah (hanya 6% dari jaringan

kontrol yang cocok). Kakaknya juga meninggal karena gagal hati selama masa

bayi. Analisis urutan menemukan mutasi heterozigot, p.E227K, pada gen

DGUOK. Karena bentuk hepatocerebral sindrom deplesi mtDNA adalah

gangguan resesif autosomal, sejarah keluarga dan konten mtDNA dalam hati

menyarankan bahwa alel mutan kedua harus hadir. Analisis aCGH

mengungkapkan deletion heterozigot ekson 4 di proband dan ibu pembawa, dan

profil mtDNA menunjukkan pengurangan 97% dalam jumlah salinan, konsisten

dengan deplesi mtDNA. Beberapa contoh lain yang menunjukkan deletion besar

dalam gen, termasuk POLG, DGK, TK2, TP, dan MPV17, bertanggung jawab

pada deplesi mtDNA, juga telah dilaporkan.


17/21

Interpretasi Urutan Varian

Untuk memahami signifikansi klinis dan/atau fungsional varian ini, mereka harus

diklasifikasikan secara tepat berdasarkan riwayat keluarga, keturunan, korelasi

klinis, studi fungsional, dan laporan literatur. Klasifikasi dan pedoman yang

diterbitkan oleh ABMG pada tahun 2008 untuk interpretasi varian baru dengan

menggunakan Standar dan Pedoman ACMG harus diikuti. Prosedur rinci juga

telah diterbitkan dalam Metode dalam Biologi Molekuler. Beberapa database

tersedia secara publik dan perangkat lunak yang dapat diakses di internet

termasuk Human Genome Mutation database (HGMD), Single Nucleotide

Polymorphism Database dbSNP, PubMed, Online Mendelian Inheritance in Man

(OMIM), Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT), Polymorphism Phenotypng

(PolyPhen), ESE, NetGene, dan BDGP.


18/21

Dewi,R. 2013.Proses Transkripsi pada Prokariotik dan Eukariotik. Universitas

Brawijaya. Malang.

Ferdinand, P.F. & M. Ariebowo. 2007.Praktis Belajar Biologi. Visindo Media

Persada. Jakarta.

Lusty,K. 2011. Translasi.

http://kurniacialusty.blogspot.com/2011/05/translasi_03.html.

Sutarno. 2013.Ekspresi Gen.http://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-

gen.

1.

Wong LJ (2010) Molecular genetics of mitochondrial disorders. Dev Disabil Res Rev 16(2):154162

2.

Wong LJ et al (2010) Current molecular diagnostic algorithm for mitochondrial disorders. Mol Genet Metab100(2):111117

3. Calvo S et al (2006) Systematic identification of human mitochondrial disease genes through integrativegenomics. Nat Genet 38(5):576582

4. Dimmock DP et al (2008) Clinical and molecular features of mitochondrial DNA depletion due to mutationsin deoxyguanosine kinase. Hum Mutat 29(2):330331

5.

El-Hattab AW et al (2010) MPV17-associated hepatocerebral mitochondrial DNA depletion syndrome: newpatients and novel mutations. Mol Genet Metab 99(3):300308

6. Tang S et al (2011) Mitochondrial DNA polymerase {gamma} mutations: an ever expanding molecular andclinical spectrum. J Med Genet 48(10):669681

7. Wong LJ, Boles RG (2005) Mitochondrial DNA analysis in clinical laboratory diagnostics. Clin Chim Acta354(12):120

8.

Galbiati S et al (2006) New mutations in TK2 gene associated with mitochondrial DNA depletion. PediatrNeurol 34(3):177185

9. Ostergaard E et al (2007) Deficiency of the alpha subunit of succinate-coenzyme A ligase causes fatalinfantile lactic acidosis with mitochondrial DNA depletion. Am J Hum Genet 81(2):383387

10.

Randolph LM et al (2011) Fatal infantile lactic acidosis and a novel homozygous mutation in the SUCLG1gene: a mitochondrial DNA depletion disorder. Mol Genet Metab 102(2):149152

11.

Wong LJ et al (2007) Mutations in the MPV17 gene are responsible for rapidly progressive liver failure ininfancy. Hepatol 46(4):12181227

12. Milone M et al (2008) Sensory ataxic neuropathy with ophthalmoparesis caused by POLG mutations.Neuromuscul Disord 18(8):626632

13. Milone M et al (2011) Novel POLG splice site mutation and optic atrophy. Arch Neurol 68(6):806811

50.

Calvo SE et al (2012) Molecular diagnosis of infantile mitochondrial disease with targeted next-generationsequencing. Sci Transl Med 4(118):118ra10

51.

Tang S, Huang T (2010) Characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy using a parallel sequencingsystem. Biotech 48(4):287296

52. Vasta V et al (2009) Next generation sequence analysis for mitochondrial disorders. Genome Med 1(10):10053.

Elpeleg O et al (2005) Deficiency of the ADP-forming succinyl-CoA synthase activity is associated with

encephalomyopathy and mitochondrial DNA depletion. Am J Hum Genet 76(6):1081108654.

Mandel H et al (2001) The deoxyguanosine kinase gene is mutated in individuals with depleted hepatocerebralmitochondrial DNA. Nat Genet 29(3):337341

55.

Saada A et al (2001) Mutant mitochondrial thymidine kinase in mitochondrial DNA depletion myopathy. NatGenet 29(3):342324

56.

Debray FG et al (2007) Diagnostic accuracy of blood lactate-to-pyruvate molar ratio in the differentialdiagnosis of congenital lactic acidosis. Clin Chem 53(5):916921

57.

Wolf NI, Smeitink JA (2002) Mitochondrial disorders: a proposal for consensus diagnostic criteria in infantsand children. Neurol 59(9):14021405

58.

CamposY et al (1995) Mitochondrial DNA deletion in a patient with mitochondrial myopathy, lactic acidosis,and stroke-like episodes (MELAS) and Fanconis syndrome. Pediatr Neurol 13(1):6972

59. Niaudet P et al (1994) Deletion of the mitochondrial DNA in a case of de Toni-Debre-Fanconi syndrome andPearson syndrome. Pediatr Nephrol 8(2):164168

60.

Barshop BA (2004) Metabolomic approaches to mitochondrial disease: correlation of urine organic acids.Mitochondrion 4(56):521527

61.

Gibson KM et al (1991) Phenotypic heterogeneity in the syndromes of 3-methylglutaconic aciduria. J Pediatr118(6):885890
http://kurniacialusty.blogspot.com/2011/05/translasi_03.htmlhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://kurniacialusty.blogspot.com/2011/05/translasi_03.html


19/21

62. Sperl W et al (2006) Deficiency of mitochondrial ATP synthase of nuclear genetic origin. NeuromusculDisord 16(12):821829

63. Cizkova A et al (2008) TMEM70 mutations cause isolated ATP synthase deficiency and neonatal

mitochondrial encephalocardiomyopathy. Nat Genet 40(11):1288129064. Shchelochkov OA et al (2010) Milder clinical course of type IV 3-methylglutaconic aciduria due to a novel

mutation in TMEM70. Mol Genet Metab 101(23):282285

65. Ostergaard E et al (2007) Mitochondrial encephalomyopathy with elevated methylmalonic acid is caused bySUCLA2 mutations. Brain 130(Pt 3):853861

66. Tanji K (2012) Morphological assessment of mitochondrial respiratory chain function on tissue sections.Methods Mol Biol 837:181194

67. Milone M et al (2009) Mitochondrial disorder with OPA1 mutation lacking optic atrophy. Mitochondrion9(4):279281

75.

Shanske S, Wong LJ (2004) Molecular analysis for mitochondrial DNA disorders. Mitochon-drion 4(56):403415

97. Wong LJ, Lam CW (1997)Alternative, noninvasive tissues for quantitative screening of mutant mitochondrialDNA. Clin Chem 43(7):12411243

98. Wong LJ, Senadheera D (1997) Direct detection of multiple point mutations in mitochondrial DNA. ClinChem 43(10):18571861

99.

Tang S et al (2012) Analysis of common mitochondrial DNA mutations by allele-specific oligonucleotide andSouthern blot hybridization. Methods Mol Biol 837:259279

100. Brautbar A et al (2008) The mitochondrial 13513G>A mutation is associated with Leigh disease phenotypesindependent of complex I deficiency in muscle. Mol Genet Metab 94(4):485490

101. Wang J et al (2009) Two mtDNA mutations 14487T>C (M63V, ND6) and 12297T>C (tRNA Leu) in a Leighsyndrome family. Mol Genet Metab 96(2):5965

102. Ware SM et al (2009) Infantile cardiomyopathy caused by a mutation in the overlapping region ofmitochondrial ATPase 6 and 8 genes. J Med Genet 46(5):308314

103. Suomalainen A et al (1992) Use of single strand conformation polymorphism analysis to detect pointmutations in human mitochondrial DNA. J Neurol Sci 111(2):222226

104. Wong LJ, Chen TJ, Tan DJ (2004) Detection of mitochondrial DNA mutations using temporal temperaturegradient gel electrophoresis. Electrophoresis 25(15):26022610

105. Chen TJ, Boles RG, Wong LJ (1999) Detection of mitochondrial DNA mutations by temporal temperaturegradient gel electrophoresis. Clin Chem 45(8 Pt 1):11621167

106. Wartell RM, Hosseini SH, Moran CP Jr (1990) Detecting base pair substitutions in DNA fragments by temperature-

gradient gel electrophoresis. Nucleic Acids Res 18(9):26992705107.

Michikawa Y et al (1997) Comprehensive, rapid and sensitive detection of sequence variants of humanmitochondrial tRNA genes. Nucleic Acids Res 25(12):24552463

108. Sternberg D et al (1998) Exhaustive scanning approach to screen all the mitochondrial tRNA genes formutations and its application to the investigation of 35 independent patients with mitochondrial disorders.

Hum Mol Genet 7(1):3342

109. Van Den Bosch BJ et al (2000) Mutation analysis of the entire mitochondrial genome using denaturing highperformance liquid chromatography. Nucleic Acids Res 28(20):E89

110. Landsverk ML, Cornwell ME, Palculict ME (2012) Sequence analysis of the whole mito-chondrial genomeand nuclear genes causing mitochondrial disorders. Methods Mol Biol 837:281300

111. Cui H, Zhang W, Wong LJC (2011) Comprehensive molecular analyses of mitochon-drial genome by next-

generation sequencing. In: 12th international congress of human genetics/61st annual meeting of the American

Society of Human Genetics, Montreal, Canada

112. Dimmock D et al (2010) Quantitative evaluation of the mitochondrial DNA depletion syndrome. Clin Chem56(7):11191127

113.

Bai RK, Wong LJ (2004) Detection and quantification of heteroplasmic mutant mitochondrial DNA by real-time amplification refractory mutation system quantitative PCR analysis: a single-step approach. Clin Chem50(6):9961001

114.

Cox R et al (2011) Leigh syndrome caused by a novel m.4296G>A mutation in mitochondrial tRNAisoleucine. Mitochondrion 12(2):258261

115.

Enns GM et al (2006) Molecular-clinical correlations in a family with variable tissue mitochondrial DNAT8993G mutant load. Mol Genet Metab 88(4):364371

116.

Venegas V, Halberg MC (2012) Quantification of mtDNA mutation heteroplasmy (ARMS qPCR). MethodsMol Biol 837:313326

117.

Lacbawan F et al (2000) Clinical heterogeneity in mitochondrial DNA deletion disorders: a diagnosticchallenge of Pearson syndrome. Am J Med Genet 95(3):266268

118.

Sadikovic B et al (2010) Sequence homology at the breakpoint and clinical phenotype of mitochondrial DNAdeletion syndromes. PLoS ONE 5(12):e15687

119.

Wong LJ (2001) Recognition of mitochondrial DNA deletion syndrome with non-neuromuscularmultisystemic manifestation. Genet Med 3(6):399404

120.

Chinault AC et al (2009) Application of dual-genome oligonucleotide array-based compar-ative genomichybridization to the molecular diagnosis of mitochondrial DNA deletion and depletion syndromes. Genet Med


20/21

11(7):518526

121. Wong LJ et al (2008) Utility of oligonucleotide array-based comparativegenomic hybridiza-tion for detection of target gene deletions. Clin Chem

54(7):11411148

122. Wang J et al (2012) Targeted array CGH as a valuable molecular

diagnostic approach: experience in the diagnosis of mitochondrial and metabolic

disorders. Mole Genet Metab 106(2):221230

123. Wong LJ et al (2003) Compensatory amplification of mtDNA in a patient

with a novel deletion/duplication and high mutant load. J Med Genet 40(11):e125

124. Bourdon A et al (2007) Mutation of RRM2B, encoding p53-controlledribonucleotide reductase (p53R2), causes severe mitochondrial DNA depletion.

Nat Genet 39(6):776780

125. Hakonen AH et al (2007) Recessive Twinkle mutations in early onset

encephalopathy with mtDNA depletion. Brain 130(Pt 11):30323040

126. Spinazzola A (2011) Mitochondrial DNA mutations and depletion in

pediatric medicine. Semin Fetal Neonatal Med 16(4):190196

127. Bai RK, Wong LJ (2005) Simultaneous detection and quantification of

mitochondrial DNA deletion(s), depletion, and over-replication in patients withmitochondrial disease. J Mol Diagn 7(5):613622

128. Zhang W, Cui H, Wong LJ (2012) Comprehensive one-step molecular

analyses of mitochon-drial genome by massively parallel sequencing in a clinical

diagnostic laboratory. Clin Chem (Epub PMID: 22777720)

129. Zhang W, Cui H, Wong LJC (2011) Next generation sequencing in

clinical diagnostic labo-ratories: implementation of quantitative and qualitative

controls in dual genome analysis. In: Association for molecular pathology 2011

annual meeting, Grapevine, TX

130. Shaibani A et al (2009) Mitochondrial neurogastrointestinal

encephalopathy due to mutations in RRM2B. Arch Neurol 66(8):10281032

131. Compton AG et al (2011) Application of oligonucleotide array CGH in the

detection of a large intragenic deletion in POLG associated withAlpers Syndrome.

Mitochondrion 11(1):104107

132. Douglas GV et al (2011) Detection of uniparental isodisomy in autosomal

recessive mi-tochondrial DNA depletion syndrome by high-density SNP array

analysis. J Hum Genet 56(12):834839


21/21

133. Lee NC et al (2009) Simultaneous detection of mitochondrial DNA

depletion and single-exon deletion in the deoxyguanosine gene using array-based

comparative genomic hybridisation. Arch Dis Child 94(1):5558

134. Zhang S et al (2010) Application of oligonucleotide array CGH to the

simultaneous detection of a deletion in the nuclear TK2 gene and mtDNA

depletion. Mol Genet Metab 99(1):5357

135. Wang J, Rakhade M (2012) Utility of array CGH in molecular diagnosis

of mitochondrial disorders. Methods Mol Biol 837:301312

136. Bainbridge MN et al (2011) Whole-genome sequencing for optimized

patient management. Sci Transl Med 3(87):87re3

137. Lupski JR et al (2011) Clan genomics and the complex architecture ofhuman disease. Cell 147(1):3243

138. Worthey EA et al (2011) Making a definitive diagnosis: successful clinical

application of whole exome sequencing in a child with intractable inflammatory

bowel disease. Genet Med 13(3):255262

139. Wang J et al (2012) An integrated approach for classifying mitochondrial

DNA variants: one clinical diagnostic laboratorys experience. Genet Med

14(6):620626

140. ZhangVW, Wang J (2012) Determination of the clinical significance of an

unclassified variant. Methods Mol Biol 837:337348

141. Richards CS et al (2008) ACMG recommendations for standards for

interpretation and reporting of sequence variations: revisions 2007. Genet Med

10(4):294300

perbedaan prokariot eukariot

Documents

Transcript of perbedaan prokariot eukariot