1

Hipermetilasi MGMT dan peranannya dalam kanker otakOleh Farid S Nagara dan Audi T Harsono

Metilasi merupakan reaksi penambahan gugus methyl pada basa sitosin (C) dalam DNA dan biasanya terjadi pada wilayah CpG Island dimana terdapat banyak basa Sitosin (C) dan Guanin (G) yang berdekatan. Jika metilasi terjadi pada situs promoter suatu gen

maka gen akan mengalami penurunan ekspresi. Di dalam kanker, terjadinya metilasi (Hypermethylation) pada situs promoter ini memiliki peranan yang cukup signifikan di dalam progresivitas tipe kanker tertentu. Apabila terjadi metilasi pada tumor supressor gene yang memiliki peran untuk menghambat pertumbuhan sel kanker, maka bisa dipastikan orang yang bersangkutan akan memiliki resiko yang lebih tinggi untuk terkena kanker.

O-6-Methylguanine-DNA

methyltransferase (MGMT) merupakan protein yang berfungsi

untuk memperbaiki kerusakan yang terjadi pada DNA. Pada pasien glioblastoma multiforme, salah satu tipe kanker otak akut, status metilasi biomarker MGMT ini memiliki peranan untuk menentukan responsifitas sel tumor pasien terhadap kemoterapi yang bekerja sebagai alkylating agent. Protein MGMT bekerja melepas gugus metil/alkil dari posisi O6-guanin pada basa DNA akibat kemoterapi sehingga kerusakan DNA yang berujung pada kematian sel dapat dicegah. Kemoterapi seperti Temozolomide tidak memberikan efek mematikan secara maksimal terhadap sel tumor yang masih bisa

melaksanakan fungsi repair ini. Alkilasi atau kerusakan DNA oleh kemoterapi tersebut ternyata diperbaiki oleh protein MGMT. Di lain pihak, metilasi gen MGMT menghambat fungsi perbaikan DNA oleh protein MGMT. Data penelitian dari pasien yang mendapatkan temozolomide menunjukkan bahwa pasien yang memiliki metilasi MGMT memiliki survival rate yang lebih tinggi daripada pasien yang tidak memiliki metilasi MGMT pada sel tumornya (Figur 1).

Riset global menunjukkan, 20-30% populasi memiliki promotor MGMT yang termetilasi pada sel kankernya. Hal ini mengarah pada penurunan aktifitas MGMT yang pada akhirnya akan meningkatkan efektivitas temozolomide. Data dari sampel-sampel yang dimiliki Kalgen dari tahun 2009 menunjukkan persentase pasien brain tumour yang memiliki metilasi maupun metilasi parsial pada situs MGMT sebesar 30.7% (figur 2).

Pewarnaan Hematoxylin Eosin pada spesimen kanker otak (Courtesy: Teguh P Putra, Prof dr I Made Nasar, Prof Santoso Cornain, dan Retno S)

GENEFLASHM

ei-A

gus

tus

2012

Another personalized info

GENEFLASH Official Newsletter of KalGen Laboratory

Advisory Board

Prof I Made Nasar SpPA

Prof Santoso Cornain DSc

Editorial Board

Ahmad R. Utomo PhD

dr Virgi Saputra

Managing Editor

Camy Febrero Surjadi

Staff Writers

Farid Sastra NagaraAudi Tri HarsonoEdi Sudianto

Iffat Lamya Jenie Teguh Pribadi Putra

Retno Setyaningsih

Advertisement

MulyonoYulia Sayekti Handayani

Teguh Tri MulyonoHerry Setiawan

Parwoto

Contact usPhone: 02170381283Email: info@kalgenlab.com

8%

23%

69%

Non methylated Partial MethylatedMethylated

Figur 1. Perkiraan harapan hidup pasien berdasarkan status metilasi promotor MGMT

Figur 2. Persentase status metilasi MGMT pasien KalGen 2009-2012

References:

Hegi ME, et al. MGMT Gene Silencing and Benefit from Temozolomide in Glioblastoma. n engl j med 352;10.

Wojdacz TK and Alexander Dobrovic. Methylation-sensitive high resolution melting (MS-HRM): a new approach for sensitive and high-throughput assessment of methylation. Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 6

Weinberg RA. 2007. Biology of Cancer. Garland Science, Taylor & Francis Group, LLC.

2

Assalamu’alaykum pembaca yang kami hormati

Dalam kurun dua tahun terakhir KalGen Laboratory sudah mengerjakan lebih dari 1.000 tes mutasi genetik pada kanker kolorektal dan kanker paru. Di samping mutasi genetik, KalGen Laboratory juga mengerjakan tes epigenetik yang kami angkat sebagai topik utama kali ini. Meski tidak seumum tes mutasi gen, tes epigenetik telah mendapat perhatian khusus. Tuntunan klinis dari lembaga NCCN (National Comprehensive Cancer Network) telah menyebutkan di tahun 2011 bahwa metilasi MGMT memiliki kegunaan klinis (markers with accepted clinical utility) dan dibuktikan dengan pembuktian level 2. Di samping diperkirakan memiliki nilai prediksi terhadap terapi

gabungan radiasi dan temozolomide, metilasi MGMT juga memiliki nilai prognosis untuk kasus glioblastoma (kanker otak).

Terkait dengan penggunaan metilasi MGMT sebagai biomarker kanker otak, kami mengulas komentar dan pandangan Dr Julius July SpBS, dokter spesialis bedah syaraf di rumah sakit Siloam yang bisa dibaca pada kolom WHOSays. Sebagaimana laju kemajuan ilmu biomolekuler, penggunaan biomarker lain seperti translokasi 1p19q dan mutasi IDH1 dan IDH2 diperkirakan akan membantu pengobatan personal pada kanker otak.

Sebagai bagian dari komunitas kedokteran molekuler, staf KalGen Laboratory juga aktif berkontribusi dan berpartisipasi dalam acara seminar dan konferensi.

Dalam Event Spotlight kami laporkan acara temu ilmiah Asia Pacific Society Molecular Histopathology di Bali. Di samping itu kami juga bangga dan mengucapkan selamat kepada DR Dr.Samuel Haryono yang telah berhasil mempertahankan disertasi Peran gen BRCA pada Kanker Payudara Herediter dan Non Herediter di Indonesia.

“... metilasi MGMT memiliki kegunaan klinis (markers with accepted clinical utility) dan

dibuktikan dengan pembuktian level 2. Di samping diperkirakan memiliki nilai prediksi terhadap terapi

gabungan radiasi dan temozolomide, metilasi MGMT juga memiliki nilai prognosis untuk kasus

glioblastoma (kanker otak).”

LABNOTESOleh Ahmad R Utomo

GENEFLASH

Mei

-Ag

ustu

s 20

12

WHOSAYSDR.Dr. Julius July SpBS, MKesOleh dr Virgi Saputra

Ditemui di ruang kerjanya di Siloam Hospital Karawaci, dr. Julius membagikan pengalamannya dalam menangani pasien kanker otak. Menurutnya menangani pasien kanker otak di Indonesia adalah seni tersendiri karena biaya pengobatan ditanggung sendiri oleh pasien sehingga masalah pembiayaan berpotensi menjadi penghalang penanganan yang ideal. Belum lagi respons tiap orang berbeda, sehingga keputusan terapi harus mempertimbangkan umur, perjalanan penyakit, respons, toleransi terhadap terapi, dan finansial. Salah satu contoh kasus, pengobatan yang ideal untuk kasus glioblastoma multiforme (GBM) adalah radiasi, kemoterapi dengan temozolomide, ditambah dengan terapi target nimotuzumab, itu pun sebetulnya belum bisa dikatakan ideal karena tidak bisa membunuh sel tumor 100% karena killing log radiasi terhadap GBM terbatas sekitar 60% - 70% , jika ditambah dengan pemberian temozolomide tumor kontrol bisa meningkat hingga 80%, dan jika dikombinasikan lagi dengan pemberian nimotuzumab, maka tumor kontrolnya bisa mencapai diatas 85%. Tentunya kombinasi radiasi, kemoterapi dan terapi target membutuhkan biaya yang amat mahal. Jika pasca operasi hanya diikuti dengan radiasi, harapan hidupnya hanya mencapai 8-9 bulan, tapi bila ditambahkan obat, pasien

bisa bertahan hingga 2 tahun. "Jadi mengkonsumsi obat itu seperti membeli

umur dan apabila responsnya bagus dan keuangan tidak menjadi masalah, pengobatan kemoterapi seperti temozolomide mungkin dapat diberikan seumur hidup" ujarnya. Pengalaman serupa juga beliau dengar dari koleganya dalam kongres internasional di Taiwan.Beliau juga mengatakan yang terpenting dalam menangani pasien kanker otak adalah kualitas hidup, bukan hanya respons terapi.

Secara radiologis bisa saja tumor mengecil tapi apabila pengobatan tidak

dapat ditoleransi, keadaan umum pasien menjadi jelek dan memperburuk perjalanan penyakit dan mengundang komplikasi lain seperti infeksi, anemia, dan lain-lain. "Jadi banyak sekali hal-hal yang harus dipertimbangkan yang tujuan akhirnya adalah kualitas hidup," katanya. Pembedahan dalam penanganan kanker otak tidak mudah karena ada area fungsional otak tertentu yang tidak bisa dijangkau. Inilah yang membuat beliau tertantang dalam bidang ini.

Ketika ditanya apa suka dukanya menjadi dokter bedah saraf, beliau mengatakan menangani kanker otak memberikan

depresi tersendiri, tapi dr. Julius sangat menyenangi bidang ini sehingga sebagian besar waktunya ada di kamar operasi. Beliau mengatakan ,"kesulitannya adalah menjaga keseimbangan waktu dengan keluarga."

Dalam praktek sehari-hari dr. Julius banyak menangani kasus Neuro-onkologi. Beliau menanggapi, "sebetulnya yang saya minati adalah teknik pembedahannya, sesuai profesi sebagai ahli bedah saraf, tapi apa boleh buat di Indonesia ini belum banyak medical Neuro-onkologi sehingga kita dituntut melakukan kemoterapi juga."

Di akhir wawancara Dokter lulusan Bedah Saraf FK Universitas Padjajaran tahun 2005, yang melanjutkan pendidikannya di Toronto Western Hospital 2006-2007 untuk skullbase and neuro oncology mengharapkan KalGen mendukung

penelitian-penelitian genetik di bidang bedah saraf yang perlu terus dikembangkan. Dokter yang ramah dan profesional, begitulah kesan kami saat mewawancarainya.

Baik dok, tetap teruskan perjuangannya. Sukses Selalu !!

“Belum lagi respons tiap orang berbeda, sehingga keputusan

terapi harus mempertimbangkan umur, perjalanan penyakit,

respons, toleransi terhadap terapi, dan finansial”

3

Hasil penelitian uji klinis fase II vaksin autologous heat shock protein-peptide (HSPPC-96) pada pasien Glioblastoma Multiforme (GBM) menunjukkan manfaat secara klinis. Hasil tersebut disampaikan pada Pertemuan Ilmiah Tahunan Asosiasi Dokter Bedah Saraf Amerika (AANS) ke 80 di Miami pada bulan April tahun ini, dengan menitikberatkan pelaksanaan uji lanjutan terhadap terapi GBM saat ini demi memperluas wawasan potensi penggunaan vaksin tersebut.

Pengobatan tambahan untuk pasien GBM yang kambuh setelah menjalani operasi telah cukup ditetapkan. HSPPC-96 — terbuat dari tumor para pasien GBM yang mengandung glycoprotein-96 yang berasosiasi dengan cancer-specific antigenic peptides — telah teruji klinis pada fase I untuk pasien GBM yang kambuh kembali. Uji klinis fase II ini dirancang untuk mengevaluasi kelangsungan hidup

pasca-operasi setelah vaksinasi HSPPC-96. Adapun kriterianya mencakup diagnosa dari GBM yang kambuh kembali; KPS >70; dan konfirmasi dari radiografi bahwa reseksi > 90%.

Lebih dari 40 pasien telah diobati dan populasi yang telah dievaluasi keberhasilannya mempunyai rata-rata KPS 80 dan rata-rata umur 53. Vaksin tersebut cukup dapat diterima, dengan tidak adanya toksisitas tingkat 3 atau tingkat 4. Rata-rata kelangsungan hidup dari pasien yang dapat dievaluasi adalah 47,6 minggu (persentil 25%-75% = 37,1-60,7) dan yang bertahan hidup hingga 6 bulan adalah 93%. Secara signifikan, pasien yang diobati dengan HSPPC-96 dapat

bertahan hidup lebih lama dari 86 pasien konsekutif yang tidak diikut

sertakan dalam uji klinis, tetapi diobati dengan terapi alternative selama periode studi. Seperti halnya pasien yang diobati dengan

HSPPC-96, pasien yang tidak menerima perlakuan juga menjalani

>90% reseksi terhadap GBM yang kambuh kembali dan memiliki KPS >70.

Rata-rata ketahanan hidup dari pasien-pasien ini hanya 32,8 minggu dengan 68%nya bertahan hidup hingga 6 bulan. Sementara pada pasien yang diberikan vaksin, rata-rata ketahanan hidup mencapai 47,6 minggu dengan

93%nya bertahan hidup hingga 6 bulan (p <0,01).

Berdasarkan pemimpin penelitian Dr. Andrew Parsa, “Vaksin kanker untuk pasien tumor otak menawarkan harapan akan terapi dengan spesifikasi tinggi dan toksisitas minimal. Berdasarkan studi sekarang, kami merencanakan untuk maju ke depan dengan uji coba yang lebih definitif dan acak untuk mengevaluasi keberhasilan HSPPC-96 dikombinasikan dengan bevacizumab dibandingkan dengan hanya bevacizumab saja pada pasien GBM yang kambuh kembali setelah menjalani operasi reseksi”.

http://www.aans.org

GENEFLASH

Mei

-Ag

ustu

s 20

12

Oleh Iffat L Jenie

HEALTHYTIPSKhasiat Terselubung Teh dan Kopi Oleh Edi Sudianto

Hingga saat ini, penyebab utama tumor otak masih belum sepenuhnya dimengerti. Walaupun risiko terkenanya sangat kecil (hanya sekitar 6 per 100,000 orang per tahun), tapi tidak banyak tindakan pencegahan yang dapat dilakukan untuk mengurangi .

Namun beberapa hasil penelitian dari Eropa dan Amerika Serikat dapat memberikan harapan dalam mengurangi resiko tumor otak, terutama glioma, yang merupakan jenis tumor otak yang paling umum. Penelitian di Amerika melibatkan 237.794 orang dipantau selama 24 tahun sedangkan di Eropa 521.448 orang dipantau selama kurang lebih 8.5 tahun. Hasil studi dari dua populasi yang berbeda itu menunjukkan bahwa kopi dan teh mempunyai peranan dalam mengurangi resiko pembentukan glioma (kanker otak).

Seperti yang diketahui, kopi dan teh memiliki kandungan kafein dan polifenol yang tinggi. Kopi kaya akan asam fenolik sedangkan teh kaya akan kandungan flavonoid. Polifenol sendiri adalah antioksidan yang dapat menurunkan aktivitas sel tumor dan bahan kimia asing dari tubuh.

Penjelasan mengenai efek kopi dan teh terhadap menurunnya resiko glioma masih belum diketahui secara jelas. Beberapa

kemungkinan yang dapat dijelaskan diantaranya bahwa kafein dalam kopi dapat menghambat aktivitas inotisol 1,4,5 triphosphate

receptor subtype 3-mediated calcium release (ITPR2), untuk memperlambat

pertumbuhan glioblastoma. Komponen lainnya, kahweol dan cafestol, dapat

meningkatkan aktivitas DNA repair protein, O6-methylguanine-DNA methyl-transferase

(MGMT). Teh berperan meningkatkan aktivitas MGMT dengan komponen

antioksidan

epigallocatechin-3-gallate (EGCG) yang dimilikinya. Aktivitas MGMT yang tinggi

memiliki efek protektif terhadap serangan beberapa tipe kanker, termasuk glioma.

Kebiasaan mengkonsumsi kopi dan teh bersifat non-dose related correlation, yang artinya semakin banyak jumlah kopi dan teh yang dikonsumsi tidak akan mempengaruhi terhadap penurunan tingkat resiko glioma

Holick CN. et al. 2010. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 19: 39-47

Michaud DS. et al. 2010. Am J Clin Nutr 92: 1145-1150

HOTNEWSVaksin HSPPC-96 Memberikan Peluang Baik bagi Pasien Glioblastoma Multiforme (GBM)

4

Acara yang bertempat di Sanur Bali di awal bulan Juni 2012 tidak memberikan ruang bagi Kalgeners (Teguh dan saya) untuk menikmati keindahan pantai dan suasana Bali. Acara temu ilmiah ini sarat dengan informasi terbaru mengenai perkembangan imunohistologi molekuler. Prof Scott Nelson dari UCLA menekankan pentingnya integrasi tes molekuler dalam pembacaan histopatologi dalam

membantu pengobatan yang lebih tepat dan terarah. Prof Nelson mengutarakan

pengalaman UCLA dalam deteksi mutasi C-KIT dan mutasi BRAF dalam tatalaksana pengobatan kasus GIST Gastrostromal intestinal tumor dan melanoma, dalam menentukan terapi imatinib mesylate dan vemuranib. Di samping penentuan pengobatan, diagnostik mutasi BRAF juga membantu dokter spesialis patologi dalam memberikan diagnosis yang lebih tepat terutama dalam kasus kanker tiroid, demikian paparan Prof Kato dari Jepang. Kemajuan diagnostik molekuler pada kanker payudara disampaikan oleh Prof Michael Bilous dari Australia yang menyatakan urgensi pemeriksaan paket IHC4 yang meliputi tes biomarker ER, PR, HER2, dan Ki67. Di saat yang sama Prof Bilous merekomendasikan angka 1% sebagai ambang positif tes ER dan PR dan 14% sebagai ambang positif tes Ki67, yang bisa membantu memperkirakan prognosis pasien kanker payudara.

Dalam sesi poster, Dr Irma dari RS Tarumanegara menampilkan laporan tentang Ki67 pada kanker payudara. Penelitian beliau merupakan buah kerjasama dan bimbingan dari Prof I Made Nasar dan Prof Santoso Cornain (FKUI RSCM). Di samping itu, KalGen juga melaporkan deskripsi profil ekspresi dan mutasi gen EGFR pada kasus kanker payudara tripel negatif. Pada kesempatan seminar tersebut, KalGen beruntung mendapatkan masukan berharga dari Prof Gary Tse, regional editor jurnal Histopathology.

Tes mutasi biomarker prediktif terapi target(KRAS, BRAF, EGFR)

Tes epigenetik metilasi biomarker prognostik glioblastoma (MGMT)

Ekspresi imunohistokimia untuk biomarker prognostik dan prediktif (EGFR, ER, PR, HER2, Ki67, TOPO2A, TP53)

Tes CISH HER2 amplifikasi sebagai biomarker prediktif kanker payudara

MAMMAPRINT 70-gen microarray sebagai prognosis kemoterapi

Tes HLA-Typing Molekuler untuk transplantasi jaringan

Tes LBC dan HPV Genotyping Deteksi dini kanker rahim

EVENTSPOTLIGHTAsia Pacific Society Molecular Histopathology (APSMI), Bali 23-25 Mei 2012Oleh Ahmad R Utomo

GENEFLASH

Mei

-Ag

ustu

s 20

12

BREAKTIME

Tes Biomarker KalGen Laboratory

Prof Scott Nelson MD (UCLA) dan Teguh Pribadi Putra (KalGen)

Sekitar lima tahun silam, saya beruntung bisa berkenalan dengan Dokter Samuel di ruang prakteknya RS Kanker Dharmais. Di luar dugaan saya, dokter Samuel ternyata sangat fasih

berbicara bahasa genetik molekuler, suatu bahasa yang hanya dimengerti oleh para peneliti biomedik. Seorang dokter bedah yang sangat sibuk dengan pasien di kamar operasi, ternyata memiliki kepedulian yang sangat kuat untuk benar-benar mengetahui apa peran genetik dalam mekanisme terjadinya kanker payudara. Kenapa dan bagaimana mutasi gen BRCA1 dan BRCA2 yang terwaris pada seorang wanita berujung pada terjadinya kanker payudara. Selama 7 tahun berjuang menyelesaikan disertasinya di antara diskusi larut malam, jadwal operasi, dan keluar masuk laboratorium dan perpustakaan di Belanda, Jogja, dan Jakarta, akhirnya dokter Samuel berhasil menyelesaikan disertasinya.

Beliau menemukan keunikan profil mutasi gen BRCA1 dan BRCA2 dari wanita Indonesia. Menariknya, beliau juga menemukan adanya bukti pewarisan mutasi gen BRCA pada keturunan sang pasien. Data seperti ini menunjukkan perlunya penelitian genetik molekuler di Indonesia yang masih sangat jarang dilakukan.

Segenap keluarga besar Kalbe Genomics Laboratory mengucapkan selamat kepada DR Dr Samuel Harjono SpB(Onk) K yang telah berhasil mempertahankan disertasi tentang gen BRCA1 dan BRCA2 pada kasus

kanker payudara herediter dan non-herediter di Indonesia. (Ahmad R. Utomo)

BREAKINGNEWS

Teguh Pribadi Putra (KalGen), Prof Gary Tse MD (Editor Histopathology), Prof I Made Nasar (KalGen)