LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK

Judul : Penggunaan Software Kimia untuk Penggambaran Struktur

Molekul

TujuanPercobaan : Mempelajari dan mengaplikasikan keterampilan menggambar

struktur molekul senyawa kimia menggunakan software Chemsketch.

Pendahuluan

Semakin hari semakin banyak perkembangan yang terjadi di dunia termasuk perkembangan

dalam ilmu pengetahuan, di mana semua orang berlomba-lomba membuat alat yang dapat

memudahkan melakukan sesuatu. Teknologi yang ada saat ini memungkinkan manusia tidak

perlu lagi datang kehadapan dosen untuk mengumpulkan tugas, cukup dengan mengupload

atau mengirim tugas melalui e-mail atau lainnya menggunakan koneksi internet. Kemajuan

tersebut juga mengharuskan manusia untuk mengikuti perkembangannya, termasuk juga di

kimia. Membuat struktur senyawa kini tidak harus dilakukan dengan cara menulis di kertas

secara manual. Struktur kimia dapat dibuat menggunakan software yang menyediakan

layanan untuk menggambar struktur sehingga kemudian dapat dikirim melalui internet. Salah

satu software yang dapat diunduh secara gratis atau freeware adalah ACD / Chemsketch.

ACD/Chemsketch adalah sebuah software yang digunakan untuk menggambar struktur kimia

diantaranya kimia organic, organologam, polimer dan Struktur Markush. Software

chemsketch dapat menggambarkan struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Software ini

dapat digunakan untuk membuat struktur dan diagram yang baik untuk laporan. Software ini

sangat mudah digunakan hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool yang tersedia untuk

menggambar struktur yang diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino,

alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, DNA/RNA, peralatan laboratorium yang berupa gelas,

orbital, steroid, terpen dan lain-lain yang tersimpan dalam menu templates. Software ini juga

menyediakan penggambaran kurva dan grafik. Chemsketch dikeluarkan oleh ACD/Labs.com

yang dapat diunduh secara gratis

Fitur-fitur yang terdapat dalam Chemsketch diantaranya :

Membentuk dan melihat struktur dalam 2D (2 dimensi) atau membuat bentuk 3D agar

Paraf Asisten

dapat dilihat dari berbagai sudut.

Menggambar reaksi dan menghitung kuantitas reaktan.

Menghasilkan struktur dari InChI

Menghasilkan nama sistematik (IUPAC) untuk berbagai molekul hingga 50 atom dan

3 cincin (siklis)

Memprediksi log P untuk struktur individu.

Chemsketch menyediakan lebih dari 165 ribu struktur dengan nama sistematik dan

trivial.

(Anonim, 2014).

Software ChemSketch dapat dijalankan seperti program-program lain pada komputer,

sebelumnya pengguna software terlebih dahulu harus menginstall sofware ChemSketch. Cara

memulai program ChemSketch yang telah terinstall yaitu dari menu windows klik start, lalu

klik program, pilih ChemSketch maka jendela program ChemSketch akan terbuka.

Menggambar bentuk molekul dalam bentuk 3D (misalkan molekul CH4) dapat dilakukan

rotasi untuk memberikan gambaran yang utuh dapat dilakukan dengan membuka aplikasi

Chemsketch yang telah terinstall. Klik Atom C pada Mode Structure yang ada di tool kiri dan

klik sekali pada area kerja hingga menghasilkan rumus molekul CH4. Add explicite hydrogen

dari menu Tools untuk membuat bentangan rumus struktur, seleksi rumus struktur, klik menu

Tools dan pilih Strucutre Properties maka akan muncul menu pop up dan pada tab Common

beri centang All Show Carbons. Optimisasi struktur 3D dengan cara klik menu Tools

kemudian klik 3D structure optimization, jika ada pilihan (klik yes untuk menghilangkan

atom H saat optimisasi 3D-nya), setelah itu buka 3D Viewer Acd Lab dari Start menu.

Kembali ke Chemsketch 2D untuk mengkopi 2D ke 3D. Merotasi untuk dapat menunjukkan

berbagai properties bentuk molekul seperti panjang ikatan dan sudut yang dibentuk oleh 3

buah atom dengan ChemSketch ini (Martoprawiro, 2008).

Keuntungan yang didapat dengan menggunakan Chemsketch adalah dapat memvisualisasikan

struktur kimia dalam bidang 2 dimensi (2D) atau 3 dimensi (3D) dengan harapan dapat

memperoleh pengetahuan lebih mengenai konfigurasi ruang dan hubungan antara sifat-sifat

molekul. Chemsketch juga dapat mengecek bentuk tautomer lain dari struktur yang telah

dibuat. Bentuk tautomer sangat penting untuk pencarian struktur, prediksi pKa dan sifat

psikokimia, serta interpetasi atau penerjemahan (NMR, MS dan data analitik lainnya).

Software ACD / Labs dapat membantu dalam pengajaran konsep kimia untuk SMA, sarjana,

dan mahasiswa pascasarjana kimia. Siswa ataupun mahasiswa juga mendapatkan manfaat

menggunakan ACD/Chemsketch pada saat belajar, untuk dapat dijadikan pengalaman pada

saat berada di dunia kerja.

Prinsip Kerja

Prinsip kerja dari praktikum ini adalah dengan menggunakan manual Chemsketch untuk

membuat dan menggambar struktur molekul kimia dalam bentuk 2D atau 3D.

Alat

Laptop atau PC, dan aplikasi ACD Chemsketch.

Prosedur Kerja

Prosedur pertama adalah menghidupkan laptop atau PC, membuka Software ACD

Chemsketch. Kemudian menggambar struktur senyawa kimia.

Hasil

1. Menggambar Struktur Sederhana

a.

b. menjadi

c.

2. Menggambar Struktur yang lebih kompleks

3. Memberi muatan

4. Stereodescriptor

5. Membuat ikatan terkoordinasi

6. Ikatan dan muatan terdelokalisasi

7. Markush Bond

8. Menggambar peptisida siklik : Tyr-Ala-Trp

Referensi

Anonim, 2015. ACD/Chemsketch for Academic and Personal Use : ACD/Labs.com. [Serial

Online]. http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/. Diakses tanggal

tanggal 3 Maret 2015.

Martoprawiro, Muhamad. 2008. Chemsketch :Membuat Molekul di Windows. (www.e-

learning.unej.ac.id). Diakses pada 19 Februari 2014.

.

Nama Praktikan

Rizka Fithriani Safira Sukma (131810301049)