Kuliah ke-3 Biokimia 111 Ind · PDF file2 Fungsi Gerakan (otot, silia, flagela) Katalis...
Transcript of Kuliah ke-3 Biokimia 111 Ind · PDF file2 Fungsi Gerakan (otot, silia, flagela) Katalis...
1
ProteinKuliah Biokimia ke-3
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2015
PROTEIN
� Protein berasal dari kata latin “Proteus” (penting)
� Makromolekul yang dibentuk dari satu atau lebih rantai tidak bercabang dari asam amino (polimer dengan ikatan peptida).
� Protein umumnya terdiri dari 200-300 asam amino, tetapi beberapa ada yang berukuran lebih kecil (peptida). Protein dengan rantai asam amino yang paling panjang adalah titin (34.350 asam amino).
http://www.biosci.ohio-
state.edu/~prg/journalclubs.htmlhttp://martin-protean.com/protein-structure.html
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
2
Fungsi� Gerakan (otot, silia, flagela)
� Katalis (enzim)
� Struktur sel (kolagen)
� Alat transport dalam cairan tubuh (hemoglobin)
� Reseptor untuk hormon
� Nutrisi (4 kkal/g)
� Dll
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Keberadaan protein
diberbagai lokasi dalam sel
http://e
n.w
ikip
edia
.org
/wik
i/P
rote
in
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
3
Asam amino
http://en.wikipedia.org/wiki/Amino_acid
Ikatan peptidaIkatan peptida
Struktur umumStruktur umum
ZwitterionZwitterion
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Bentuk dipeptida
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Asam amino (1) Asam amino (2)
Ikatan peptida
DipeptidaAir
4
Tipe asam amino
Esensial Nonesensial
Methionin Alanin
Arginin* Asparagin
Threonin Asam aspartat
Triptophan Sistein*
Histidin* Asam glutamat
Isoleusin Glutamin*
Lisin Glisin*
Leusin Prolin*
Valin Selenosistein*
Fenilalanin Serin*
Tirosin*
Ornithin*
Taurin
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Tipe asam aminoEsensial Esensial Nonesensial Nonesensial Nonesensial
Methionin Isoleusin Alanin Glutamin* Tirosin
Arginin* Lisin Asparagin Glisin* Ornithin
Threonin Leusin Asam aspartat Prolin* Taurin
Tryptophan Valin Sistein* Selenosistein
Histidin* Fenilalanin Asam glutamat Serin
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
5
Tipe asam amino
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Esensial Esensial Nonesensial Nonesensial Nonesensial
Methionin Isoleusin Alanin Glutamin* Tirosin
Arginin* Lisin Asparagin Glisin* Ornithin
Threonin Leusin Asam aspartat Prolin* Taurin
Tryptophan Valin Sistein* Selenosistein
Histidin* Fenilalanin Asam glutamat Serin
Tipe asam amino
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Esensial Esensial Nonesensial Nonesensial Nonesensial
Methionin Isoleusin Alanin Glutamin* Tirosin
Arginin* Lisin Asparagin Glisin* Ornithin
Threonin Leusin Asam aspartat Prolin* Taurin
Tryptophan Valin Sistein* Selenosistein
Histidin* Fenilalanin Asam glutamat Serin
6
Simbol asam amino
Esensial Nonesensial
Methionin (Met, M) Alanin (Ala, A)
Arginin* (Arg, R) Asparagin (Asn, N)
Threonin (Thr, T) Asam aspartat (Asp, D)
Triptophan (Trp, W) Sistein* (Cys, C)
Histidin* (His, H) Asam glutamat (Glu, E)
Isoleusine (Ile, I) Glutamin* (Gln, Q)
Lisin (Lys, K) Glisin* (Gly, G)
Leusin (Leu, L) Prolin* (Pro, P)
Valin (Val, V) Serin* (Ser, S)
Fenilalanin (Phe, F) Tirosin* (Tyr, Y)
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Struktur
Protein
http://sciencebiotech.net/struktur-molekul-protein/
Struktur primer dari Lisozim
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Struktur Protein Primer
Struktur primer
sekuen asam amino
Struktur tersier
struktur tiga dimensi
Struktur kuaterner
Kompleks dari molekul protein
hemoglobin
Struktur sekunder
sub-struktur umum
beta lempeng
Alfa heliks
Protein p13
7
Struktur sekunder Protein
Bentuk alfa (α)
Bentuk beta (β)
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Struktur Tersier dan Kuarterner Protein
http://ibhumanbiochemistry.wikispaces.com/C.2.4
Struktur kuarterner (hemoglobin)
http://www.chemguide.co.uk/organicprops/a
minoacids/proteinstruct.html
Struktur Tersier
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
8
Pembentukan struktur protein
Struktur protein dapat dirusak (denaturasi) oleh beberapa agen:
� Perubahan pH
� Perubahan konsentrasi garam
� Perubahan suhu
� Adanya agen pereduksi (memutus ikatan S-S )
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Sisi aktif
Denaturasi pH rendah dll
Tidak aktif
Renaturasi pH normal dll
Sisi aktif
Analisis Protein
�Konsentrasi Protein�Metode Kjeldahl�Metode Dumas�UV-Vis Spektroskopi�Pengukuran langsung pada 280 nm
�Metode Biuret
�Metode Lowrey
�Metode Dye binding
�Metode TurbimetriPS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
9
Analisis Protein� Pemisahan dan Karakterisasi Protein
� Berdasarkan perbedaan karakteristik kelarutan� Salting out
� Pengendapan Isoelectrik
� Fraksinasi solven
� Denaturasi dari kontaminasi protein
� Pemisahan berdasarkan perbedaan karakteristik adsorpsi� Khromatografi tukar ion (Ion exchange chromatography)
� Khromatografi afinitas (Affinity chromatography)
� Pemisahan berdasarkan perbedaan ukuran� Dialisis
� Ultrafiltrasi
� Size exclution chromatography
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016
Protein Analisis
� Pemisahan dengan elektroforesis
� Elektroforesis non-denaturasi
� Elektroforesis denaturasi
� Isoelectric focusing electrophoresis
� Elektroforesis dua dimensi
� Analisis asam amino
PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2016