Banyak obat mata adalah basa lemah dimana bentuk garamnya digunakan pada mata dalam larutan air. Karena kemampuan netralisasi dari air mata, pH dari tetes mata dengan cepat dirubah menjadi pH fisiologis. Tergantung dari sifat disosiasi dari alkaloid, sebagian dari garam akan dirubah menjadi bentuk basa bebas yang biasanya lebih larut lemak sehingga ion mudah ditransfer dalam sel epitel yang kaya akan lemak. Bentuk lemak dari alkaloid R3N melewati lapisan epitel ke dalam substansia propria (stroma). Lapisan stroma ini berlapis-lapis, kurang mengandung lipid dan kaya akan air. Obat yang berpenetrasi sebagian akan dirubah menjadi bentuk terprotonasi tergantung dari pH dan lingkungan berair pada stroma. Pada saat melewati lapisan lemak endothelium, obat masuk ke dalam cairan humor dimana obat akan berdifusi dengan cepat ke dalam iris dan badan siliar yaitu sisi / tempat dimana obat mempunyai aksi farmakologis.