Kekurangan GC:Menurut (Melly,2013) Analisis Menggunakan Kromatografi Gas memiliki beberapa kekurangan diantaranya Teknik Kromatografi gas terbatas untuk zat yang mudah menguap; Kromatografi gas tidak mudah dipakai untuk memisahkan campuran dalam jumlah besar; Harus menggunakan detektor tambahan yang sesuai; Tidak cocok untuk mendeteksi senyawa yang mengandung gula

1. Teknik Kromatografi gas terbatas untuk zat yang mudah menguapPada kromatografi gas senyawa akan di panaskan sesuai sejak di injeksikan, sehingga perlu adanya pengaturan gas injektor. Hal ini di karenakan pada kromatografi gas waktu retensi didasarkan pada kemampuan senyawa itu menguap. Senyawa yang tidak mudah menguap akan sukar keluar dan terhambat di dalam kolom. Sehingga pola kromatogram pada waktu retensi berada jauh dari axis sumbu y. 2. Kromatografi gas tidak mudah dipakai untuk memisahkan campuran dalam jumlah besarSampel yang digunakan pada kromatografi Gas umumnya berjumlah kecil pada ukuran mikroliter hingga mililiter. Sementara untuk pemisahan sampel dalam jumlah besar (Liter) sangat sukar dilakukan dengan metode konvensional kecuali digunakan metode lain dan penyesuaian alat. 3. Harus Menggunakan Detektor tambahan yang sesuaiPada umumnya analisis dengan kromatografi Gas tidak berdiri sendiri tetapi memerlukan analisis gabungan dengan detektor lain untuk meningkatkan tingkat akurasi. Misalnya TCD,MS,FID,ECD,HFD,GDD . Penggunaan detektor ini juga perlu melihat karakteristik analisis senyawa apakah destruktif atau non destruktif4. Tidak cocok untuk mendeteksi senyawa yang mengandung gulaKandungan gula yang terdapat dalam sampel sangat perlu di perhatikan karakteristik senyawanya. Hal ini dikarenakan kromatografi gas menggunakan pemanasan pada injektornya untuk menguapkan sampel, sementara sifat gula akan berubah menjadi karamel yang mengendap apabila pemanasan berlebihan.

(Fayekti,Melly Chandra . 2013. Makalah Kromatografi gas. PT Badak NGL-LNG Academi)