ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MIKROFLORA PADA ...repositori.uin-alauddin.ac.id/2034/1/Andi Marwah...

i

ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MIKROFLORA PADA SALURAN PENCERNAAN IKAN SEPAT SIAM (Trichogaster pectoralis) DI

PERAIRAN DANAU TEMPE SULAWESI SELATAN

Skripsi

Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Meraih Gelar Sarjana Sains Jurusan Biologi pada Fakultas Sains dan Teknologi

UIN Alauddin Makassar

Oleh:

ANDI MARWAH BAKRI

NIM. 603001112100

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UIN ALAUDDIN MAKASSAR

2016

ii

PERNYATAAN KEASLIAN SKRIPSI

Mahasiswa yang bertanda tangan di bawah ini:

Nama : Andi Marwah Bakri

NIM : 60300112100

Tempat/Tgl.Lahir : Soppeng/30 September 1992

Jur/Prodi : Biologi/S1

Fakultas : Sains dan Teknologi

Alamat : BTP Blok G 159

Judul :Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran

Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di

Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan

Menyatakan dengan sesungguhnya dan penuh kesadaran bahwa skripsi ini

benar adalah hasil karya sendiri. Jika dikemudian hari terbukti bahwa skripsi

tersebut merupakan duplikat, tiruan, plagiat, atau dibuat oleh orang lain, sebagian

atau seluruhnya, maka skripsi dan gelar yang diperoleh karenanya batal demi

hukum.

Makassar, 29 Agustus 2016

Penyusun

Andi Marwah Bakri Nim: 60300112100

iii

PENGESAHAN SKRIPSI

Skripsi yang berjudul, “Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan”, yang disusun oleh Andi Marwah Bakri, NIM: 60300112100, mahasiswa Jurusan Biologi pada Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar, telah diuji dan dipertahankan dalam sidang munaqasyah yang diselenggarakan pada hari Senin/ 29 Agustus 2016, bertepatan dengan 1 Dzulqaidah 1437 H, dinyatakan telah dapat diterima sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana dalam Ilmu Sains dan Teknologi, Jurusan Biologi (dengan beberapa perbaikan). Makassar, 29 Agustus 2016 M. 26 Dzulqaidah 1437 H.

DEWAN PENGUJI:

Ketua : Prof. Dr. H. Arifuddin, M.Ag (…...……………….) Sekretaris : Ulfa Triani A. Latif, S.Si., M.Si (……………...…….) Munaqisy I : Hafsan, S.Si., M. Pd (…..……….……….) Munaqisy II : Dr. Ernawati S. Kaseng, M.P (...……….………….) Munaqisy IIII : Nurkholis A Ghaffar, M. Hum (.….……………..….) Pembimbing I : Dr. Mashuri Masri, S.Si., M.Kes (…………………….) Pembimbing II : St. Aisyah S, S.Pd., M.Kes (…………………….) Diketahui oleh: Dekan Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar,

Prof. Dr. H. Arifuddin Ahmad M.Ag. NIP. 19710412 200003 1 001

iv

PERSETUJUAN PEMBIMBING

Pembimbing penulisan skripsi Saudari Andi Marwah Bakri, NIM: 60300112100, mahasiswa Jurusan Biologi pada Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar, setelah meneliti dan mengoreksi dengan seksama skripsi yang berjudul, “Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan”, memandang bahwa hasil penelitian skripsi tersebut telah memenuhi syarat-syarat ilmiah dan dapat disetujui untuk diajukan kesidang munaqasyah.

Demikian persetujuan ini diberikan untuk diproses lebih lanjut.

Makassar, 29 Agustus 2016 Pembimbing I Pembimbing II Dr. Mashuri Masri, S.Si, M.Kes St Aisyah S, S.Pd, M.Kes NIP. 19801216 200912 1 003 NIP. 19840102 201503 2 002

v

KATA PENGANTAR

Tiada kalimat yang pantas terucap, selain kalimat Alhamdulillahi Rabbil

alamin, sebuah untaian kata indah yang mampu mewakili ungkapan rasa syukur

kepada Allah swt, yang mana atas berkat rahmat dan hidayah-Nya sehingga

skripsi yang berjudul “Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran

Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) di Perairan Danau

Tempe Kabupaten Sengkang Sulawesi Selatan” ini dapat terselesaikan, yang

merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains (S.Si).

Shalawat dan Salam semoga tetap tercurahkan kepada Baginda Rasulullah SAW

yang telah mengajarkan beberapa ilmu pengetahuan yang dijadikan lampu

penerang dalam mengarungi bahtera kehidupan ini.

Penulis menyadari banyak pihak yang telah berpartisipasi dan membantu

dalam menyelesaikan penulisan skripsi ini. Untuk itu, secara khusus iringan doa

dan ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya penulis berikan kepada kedua

orang tua penulis ayahanda Drs. H. A. Muh. Bakri A. Laupe dan Ibunda Hj. Andi

Nawirah A. Suttara tersayang yang telah mendidik dan mencurahkan kasih sayang

dengan ketulusan dan keikhlasan, yang tak henti-hentinya melantunkan doa

terbaik di setiap akhir sujud beliau untuk penulis serta rela mengorbankan

segalanya demi tercapainya harapan dari sang anak tercinta yang tidak akan

pernah mampu untuk dibalas, serta saudari Imaftuha, S.KM yang menjadi

motivator penulis. Semoga berkah dan rahmat Allah swt selalu menaungi mereka.

vi

Selain itu juga penulis mengucapkan terima kasih dan memberikan penghargaan

setinggi-tingginya kepada:

1. Prof. Dr. Musafir Pababbari, M.Si selaku Rektor Universitas Islam Negeri

Alauddin Makassar yang telah memberikan kebijakan-kebijakan demi

membangun UIN Alauddin Makassar agar lebih berkualitas sehingga dapat

bersaing dengan perguruan tinggi lainnya.

2. Prof Dr. H. Arifuddin, M.Ag, selaku Dekan Fakultas Sains dan Teknologi UIN

Alauddin Makassar selaku Ketua Dewan Penguji. Beserta Wakil Dekan I,

Wakil Dekan II dan Wakil Dekan III dan seluruh staf administrasi yang telah

memberikan berbagai fasilitas kepada kami selama masa pendidikan.

3. Dr. Mashuri Masri, S.Si., M.Kes, selaku Ketua Jurusan Biologi sekaligus

sebagai pembimbing I yang telah banyak memberikan bimbingan dalam

proses penulisan skripsi dan nasehat-nasehat kepada penulis selama aktif

menjalani proses perkuliahan dan ibu Baiq Farhatul S.Si, M.Si selaku

sekretaris jurusan Biologi.

4. St Aisyah S, S.Pd, M.Kes selaku pembimbing II dalam proses penulisan

skripsi ini yang telah banyak meluangkan waktunya untuk membimbing

penulis sehingga skripsi ini telah terselesaikan.

5. Hafsah S.Si, M.Si, selaku penguji/pembahas I, Dr. Ernawati S Kaseng, M.P,

selaku penguji/pembahas II, dan Bapak Nurkholis A. Ghaffar, M.Hum, selaku

penguji/pembahas III, yang telah banyak memberikan masukan kepada

penulis.

vii

6. Bapak dan Ibu Dosen dalam jajaran Fakultas Sains dan Teknologi UIN

Alauddin Makassar yang selama ini telah mendidik penulis dengan baik

sehingga penulis dapat menyelesaikan pendidikannya pada tingkat perguruan

tinggi.

7. Kepala Laboratorium Mikrobiologi dan Laboran Fakultas Sains dan Teknologi

UIN Alauddin Makassar yang telah banyak memberikan bimbingan selama

penulis melakukan penelitian.

8. Saudara seperjuanganku Sri Wirastuti S.Si, Hartina, Reski Yunita Nasrul, Nur

Azizah Hasyim, Reski Nurul Hakiki, Nurmadina, Hasnidar, Firdayana, Andi

Nurul Azizah dan Muhammad Yusuf Usman yang telah banyak memberikan

masukan semangat satu sama lain, serta setia menemani penulis dalam suka

dan duka hingga tercapainya harapan bersama.

9. Sahabatku Nur aeni, Suriani, Nirma Musakkir, Nasriah dan Andi Anggi yang

walaupun berjauhan selalu memberi semangat serta motivasi dan memberi

senyum disaat kepenakan bergelut dengan skripsi.

10. Teman- teman “RANVIER” (Biologi Angkatan 2012) yang telah banyak

memberikan saran kepada penulis dan menghadirkan cerita indah selama

kurang lebih 4 tahun bersama.

11. Ikatan Alumni jurusan Biologi Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin

Makassar.

12. Adik-adik mahasiswa jurusan Biologi Angkatan 2013, 2014 dan 2015.

13. Serta semua pihak yang telah membantu dan memberikan dukungan, yang

tidak bisa penulis sebutkan satu persatu.

viii

Penulis juga menyadari bahwa karya sederhana ini masih jauh dari

kesempurnaan, karena kesempurnaan sesungguhnya hanyalah milik Allah swt.

Oleh karena itu penulis megharapakan kritik dan saran yang bersifat kontruktif

dari para pembaca, guna perbaikan kedepannya.

Akhirnya penulis berharap semoga skripsi ini dapat memberikan manfaat

bagi penulis khususnya, dan bagi para pembaca pada umumnya. Semoga Allah

senantiasa melindungi dan melimpahkan rahmat dan ridho-Nya, Amin

Makassar, 29 Agustus 2016

Penulis

ix

DAFTAR ISI

Halaman

HALAMAN JUDUL ....................................................................................... i

PERNYATAAN KEASLIAN SKRIPSI ........................................................... ii

PENGESAHAN SKRIPSI ............................................................................... iii

PERSETUJUAN PEMBIMBING .................................................................... iv

KATA PENGANTAR ..................................................................................... v

DAFTAR ISI ................................................................................................... ix

DAFTAR TABEL ............................................................................................. xi

DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... xii

DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... xiii

ABSTARK ....................................................................................................... xiv

ABSTRACT ...................................................................................................... xv

BAB I PENDAHULUAN .............................................................................. 1

A. Latar Belakang .............................................................................. 1 B. Rumusan Masalah ......................................................................... 4 C. Ruang Lingkup Penelitian ............................................................. 4 D. Kajian Pustaka ............................................................................... 5 E. Tujuan Penelitian ........................................................................... 6 F. Kegunaan Penelitian ...................................................................... 6

BAB II TINJAUAN TEORITIS ...................................................................... 7

A. Tinjauan Umum Mikroflora Saluran Pencernaan.......................... 7 B. Tinjauan Umum Saluran Pencernaan Ikan ................................... 11 C. Tinjauan Umum Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) ........ 16 D. Tinjauan Umum Danau Tempe Kab. Wajo Sulawesi Selatan ....... 19 E. Ayat Dan Hadist Yang Relevan ................................................... 21 F. Kerangka Pikir ............................................................................. 24

BAB III METODOLOGI PENELITIAN ......................................................... 25

A. Jenis dan Lokasi Penelitian .......................................................... 25 B. Pendekatan Penelitian .................................................................. 25

x

C. Variabel Penelitian ...................................................................... 25 D. Defenisi Operasional Variabel ..................................................... 25 E. Instrument Penelitian ( Alat dan Bahan) ...................................... 26 F. Prosedur kerja .............................................................................. 27

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ......................................................... 34

A. Hasil penelitian ............................................................................ 34 B. Pembahasan ................................................................................. 40

BAB V PENUTUP ........................................................................................ 53

A. Kesimpulan ................................................................................. 53 B. Saran ........................................................................................... 54

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 55

LAMPIRAN-LAMPIRAN ................................................................................. 63

DAFTAR RIWAYAT HIDUP ........................................................................... 71

xi

DAFTAR TABEL

Tabel 2.1. Genus bakteri yang diisolasi dari saluran pencernaan

beberapa Ikan Danau (Ringo, 1999) ................................................ 11

Tabel 3.1. Komposisi Primer Mix .............................................................. 32-33

Tabel 4.1. Pengamatan Makroskopik Koloni Bakteri dari Saluran

Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) ............. 35-36

Tabel 4.2. Pengamatan Mikroskopik Sel Bakteri dari Saluran

Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) .................. 36

xii

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1. Sketsa Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster

pectoralis) .............................................................................. 12

Gambar 2.2. Morfologi Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) ............. 20

Gambar 2.3. Peta dan Lokasi Penelitian di Danau Tempe ............................ 21

Gambar 4.1. Hasil Elektroforesis dari Produk Ampifikasi Gen 16S-rRNA ... 38

Gambar 4.2. Hasil Analisis BLAST Isolat MI 1, MI 5, MI 9 dan MI 10 .... 39-40

xiii

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Skema Penelitian ........................................................................ 63

Lampiran 2. Alur Kerja Penelitian .................................................................. 64

Lampiran 3. Pewarnaan Gram Bakteri ............................................................ 65

Lampiran 4. Alur Kerja Identifikasi Molekuler Bakteri

Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) .. 66

Lampiran 5. Gambar Pengamatan Makroskopik Koloni Bakteri


Lampiran 6. Gambar Pengamatan Mikroskopik Sel Bakteri


Lampiran 7. Perbandingan Urutan Nukleotida ............................................... 69

Lampiran 8. Alat dan Bahan Penelitian ........................................................... 69

xiv

ABSTRAK

Nama : Andi Marwah Bakri Nim : 60300112100 Judul Skripsi : Isolasi dan Identifikasi Mikroflora Pada Saluran

Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) Di Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan.

Mikroflora adalah mikroorganisme yang secara alami menghuni saluran

pencernaan mahluk hidup. Mikroflora terdiri atas berbagai mikroba dalam jumlah

besar, dengan aktivitas dan kapasitas metabolik yang sangat beragam. Penelitian

ini bertujuan untuk mengetahui spesies bakteri yang terdapat dalam saluran

pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). Isolasi mikroflora

menggunakan metode tuang pada media NA (Nutrient Agar). Isolat bakteri yang

didapatkan kemudian diidentifikasi secara makroskopik, mikroskopik dan

molekuler. Dari hasil isolasi saluran pencernaan didapatkan 10 isolat kemudian

empat diantaranya kemudian dilanjutkan untuk dilakukan identifikasi molekuler

diantaranya kode isolat MI 1 adalah spesies Bacillus cereus, MI 5 adalah spesies

Kluyvera cryocrescens, MI 9 adalah spesies Pantoea septica dan MI 10 adalah

spesies Alcaligenes sp.

Kata Kunci: Sepat Siam, Saluran Pencernaan, Mikroflora, Isolasi dan Identifikasi.

xv

ABSTRACT

Name : Andi Marwah Bakri NIM : 60300112100 Title : Isolation and Identification of the Intestinal Microflora In

Sepat Siam Fish (Trichogaster pectoralis) In the Waters of Lake Tempe South Sulawesi.

Microflora is a microorganism that naturally inhabit the intestinal tract

of living beings. Microflora consisting of various microbes in large quantities,

with diverse capacity and metabolic activities. This study aims to determine the

species of bacteria that found in the digestive tract of fish Sepat Siam

(Trichogaster pectoralis). Isolation of mikroflora using serial pour plate method

of NA media (Nutrient Agar). Bacterial isolates were obtained and identified by

macroscopic, microscopic and molecular identification. The result showed there

are 10 isolates of digestive tract bacteria and then the four of them was proceeded

to identify the moleculeraly like isolates code MI 1 is a species of Bacillus cereus,

MI 5 is a species Kluyvera cryocrescens, MI 9 is a species Pantoea septica and

MI 10 is the species Alcaligenes sp.

Keywords: Sepat Siam, gastrointestinal, Microflora, Isolation and Identification.

1

1

BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Alam semesta adalah al- samawat wal ardha wa maa bainahuma yang artinya

(Langit dam Bumi serta segala yang ada diantara keduanya). Di dalamnya terdapat

fenomena-fenomena alam yang sangat menarik apabila dibahas, mulai dari

bagaimana alam bisa muncul dan kejadian yang ada, sampai rahasia apa yang ada

dibalik semua itu. Dia Zat yang telah menciptakan segala sesuatu untuk kepentingan

hidup manusia. Allah swt telah mengungkapkan pernyataan ini dalam al-Qur’an, di

antaranya yaitu QS. Al-Baqarah/ ( 2 ); 164 yang berbunyi:

Terjemahnya:

“Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi, silih bergantinya malam dan siang, bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia, dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air, lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan, dan pengisaran angin dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi; sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan.”

2

Menurut Tafsir Ibnu Katsir dalam QS. Al-Baqarah ayat 164 Allah

menerangkan pada kata: ابة ل د ن ك ا م یھ ف ث ب yang berarti “Dan Dia sebarkan di “ و

bumi itu segala jenis hewan,” dalam bermacam-macam bentuk, warna, dan manfaat,

kecil dan besar. Dan Dia mengetahui semuanya itu dan memberikan rizki kepadanya,

tidak ada satu pun dari hewan-hewan itu yang tidak terjangkau atau tersembunyi dari-

Nya ( Abdullah, 2004)

Berdasarkan terjemahan tersebut maka dapat diartikan bahwa Allah

menciptakan berbagai macam hewan di muka bumi. Salah satu hewan yang

diciptakan adalah ikan. Ikan merupakan salah satu sumber protein hewani yang

banyak dikonsumsi masyarakat, mudah didapatkan dan harganya murah. Namun ikan

cepat mengalami proses pembusukan dan penurunan mutu dikarenakan daging ikan

mempunyai kadar air yang tinggi, pH netral, tekstur lunak dan kandungan gizi yang

tinggi sehingga menjadi medium yang sangat baik untuk pertumbuhan bakteri

(Angga, 2013).

Bakteri pada ikan dapat dijumpai pada permukaan tubuh dan saluran

pencernaan. Sebagian bakteri bersifat patogen, sedangkan sejumlah bakteri lainnya

menguntungkan bagi ikan karena membantu pencernaan, mensintesis vitamin-vitamin

serta mendekomposisi materi organik di perairan (Irianto, 2005). Hal ini diduga

karena adanya peran bakteri probiotik. Prinsip dasar kerja probiotik adalah dengan

memanfaatkan kemampuan mikroba untuk mempermudah penyerapan oleh saluran

pencernaan ikan (Feliatra dan Suryadi, 2004).

3

Bakteri-bakteri pada ikan tersebut berasal dari detritus yang dimanfaatkan

oleh ikan untuk memenuhi kebutuhan proteinnya. Berdasarkan hasil penelitian Xue et

al. (1999) menunjukkan bahwa detritus banyak mengandung bakteri yang ikut

berperan dalam menyumbangkan enzim pencernaan eksogen untuk mendegradasi

nutrient pakan yang dikomsumsi oleh ikan. Bakteri tersebut juga merupakan sumber

nutrient tambahan bagi ikan. Bakteri yang termakan oleh ikan akan membentuk

koloni dalam saluran pencernaan ikan dan disebut dengan Mikroflora (Aslamsyah,

2009)

Beberapa jenis mikroflora yang terdapat dalam saluran pencernaan hewan

memiliki peran penting dalam rangka meningkatkan pemanfaatan pakan, kesehatan

ikan dan perbaikan mutu lingkungan dan mikroorganisme (Watson et al. 2008).

Mikroflora hadir dalam usus melakukan sejumlah fungsi seperti fermentasi substrat

energi yang tidak terpakai, melatih sistem kekebalan tubuh, mencegah pertumbuhan

spesies berbahaya mengatur perkembangan usus dan memproduksi vitamin untuk

host. Namun, dalam kondisi tertentu beberapa spesies dianggap mampu menyebabkan

penyakit dengan menyebabkan infeksi ke host (Beaugeria 2004 dalam Aslamsyah,

2009).

Penelitian mikroflora pada saluran pencernaan ikan telah banyak dilaporkan.

Namun penelitian tentang mikroflora ikan sepat siam belum ditemukan. Oleh karena

itu, perlu dilakukan penelitian mikroflora saluran pencernaan pada ikan sepat siam

(Trichogaster pectoralis).

Berdasarkan latar belakang tersebut, maka dilakukan penelitian dengan judul

“Isolasi dan identifikasi mikroflora pada saluran pencernaan ikan sepat siam

4

(Trichogaster pectoralis) di perairan danau Tempe Sulawesi - selatan” yang bertujuan

untuk menambah informasi tentang mikroflora saluran pencernaan ikan sepat siam

(Trichogaster pectoralis).

B. Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah dalam penelitian ini adalah sebagai berikut:

1. Berapa jenis bakteri mikroflora yang didapatkan dari saluran pencernaan ikan

sepat siam (Trichogaster pectoralis)?

2. Bagaimana ciri makroskopik koloni dan mikroskopik sel isolat bakteri

didapatkan dari saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis)?

3. Apa nama species empat isolat mikroflora yang didapatkan dari saluran

pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) melalui identifikasi secara

molekuler?

C. Ruang Lingkup Penelitian

1. Sampel ikan diperoleh dari perairan Danau Tempe Kabupaten Wajo.

2. Mengisolasi mikroflora yang ada pada saluran pencernaan ikan Sepat Siam

(Trichogaster pectoralis) kemudian mengidentifikasi dan mengamati mikroflora yang

ditemukan secara molekuler sampai ketingkat spesies.

3. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2016 di Laboratorium

Mikrobiologi UIN Alauddin Makassar dan Rumah Sakit Pendidikan bagian

Mikrobiologi Universitas Hasanuddin Makassar.

5

D. Kajian Pustaka

1. WA Jimoh dkk (2014) tentang identifikasi bakteri flora normal pada saluran

pencernaan ikan Clarias garieepinus dan menemukan mikroflora pada saluran

pencernaan ikan Clarias garieepinus yaitu dari kelompok bakteri dan fungi.

Mikroflora jenis bakteri terisolasi beberapa species yaitu Pseudomonas fluorescens,

Bacillus alvei, aeromonas hydrophilia, Bacillus megaterium, Falovobacterium

rigense dan Enterobacter aerogenes. Sedangkan pada mikroflora jenis fungi terisolasi

beberapa species yaitu Apergillus niger, Aspergillus flavus, Penicillium atrovenetum

dan Penecillium expansum.

2. C.N Ariole (2013) dari Nigeria berkaitan dengan mikroflora saluran

pencernaan ikan dengan menggunakan 3 species ikan berbeda yaitu (Tilapia

guineensis, Sarotherodon melanotheron dan Liza falcipinnis)dan menemukan

beberapa genus bakteri yang umumnya ada di saluran pencernaan ikan yaitu dari

genus Aeromonas, Bacillus, Pseudomonas, Staphylococcus, Salmonella, Vibrio,

Eschericia, Flavobacterium, Lactobacillus, Mikrococcus dan Enterobacter.

3. Aslamsyah (2009) mikroflora yang ada pada saluran pencernaan ikan

Gurame. Dan menemukan species bakteri Stapylococcussp., Bacillus sp., Moraxella

sp., Nitrococcus sp., Aeromonas sp., Lactobacillus sp., Mycobacterium sp.,

Carnobacterium sp., Cytobacter sp., Streptococcus sp. dan Clostrodium sp. dan

mengemukakan bahwa mikroflora yang ditemukan pada saluran pencernaan ikan

gurame umumnya juga ditemukan pada saluran pencernaan species ikan. Oleh karena

itu, penting untuk melakukan penelitian saluran pencernaan pada ikan lain yaitu ikan

Sepat Siam (Trichogaster pectoralis).

6

E. Tujuan Penelitian

Adapun tujuan dilaksanakannya penelitian ini adalah sebagai berikut:

1. Untuk mengetahui jenis bakteri mikroflora yang didapatkan dari saluran

pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis).

2. Untuk mengetahui ciri makroskopik koloni dan mikroskopik sel bakteri

didapatkan dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis).

3. Untuk mengetahui spesies empat isolat mikroflora yang didapatkan dari

saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) melalui identifikasi

secara molekuler.

F. Kegunaan Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat bagi pengguna ilmu yang relevan

sebagai referensi tambahan tentang mikroflora yang terdapat pada saluran pencernaan

ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) informasi dari penelitian ini juga

diharapkan dapat menambah pengetahuan tentang bagaimana menjaga pakan ikan

budidaya dan melestarikan lingkungan khususnya di Perairan Danau Tempe Sulawesi

Selatan.

7

BAB II

TINJAUAN TEORITIS

A. Tinjauan Teoritis Mikroflora Saluran Pencernaan

Mikroflora adalah mikroorganisme yang secara alamiah menghuni saluran

pencernaan mahluk hidup. Mikroflora terdiri atas berbagai mikroba dalam jumlah

besar, dengan aktivitas dan kapasitas metabolik yang sangat beragam, serta dapat

memberi pengaruh positif dan negatif pada fungsi fisiologi saluran pencernaan

(Aslamsyah, 2009).

Pelczar dan Chan (1986) mengemukakan bahwa mikroflora asli saluran

pencernaan mempunyai hubungan mutualisme dengan inangnya, yaitu memanfaatkan

inang sebagai tempat hidupnya. Keuntungan bagi ikan adalah umumnya mikroba

memakan sisa atau menggunakan bahan buangan, banyak bakteri usus dapat

mensintesis vitamin, mensekresi enzim, dan membantu pencernaan nutrien dan

kehadiran mikroba asli cenderung menekan pertumbuhan bakteri patogen sehingga

dapat melindungi inang terhadap penyakit serta merangsang fungsi kekebalan tubuh

Beberapa jenis bakteri yang terdapat dalam saluran pencernaan hewan

memiliki peran penting dalam rangka meningkatkan pemanfaatan pakan, kesehatan

ikan dan perbaikan mutu lingkungan dan mikroorganisme. Selain itu, beberapa

mikroflora pada saluran pencernaan memainkan peran yang cukup penting dan

menghasilkan beberapa jenis enzim dalam saluran pencernaan yang kemungkinan

turut berperan dalam metabolisme inang (Watson et al. 2008 dalam Gaby S, 2014).

8

Proses pencernaan secara lebih sempurna dan penyerapan sari makanan

berlangsung di dalam usus. Di usus, bahan makanan (karbohidrat, lipid dan protein)

dicerna lebih lanjut dengan bantuan enzim dan diubah menjadi berbagai komponen

penyusunnya agar dapat diserap dan digunakan secara optimal oleh hewan. Secara

garis besar, enzim pencernaan pada hewan dapat dikelompokkan menjadi tiga, yaitu

enzim pemecah karbohidrat, pemecah lemak, dan pemecah protein (Wiwi, 2006)

Menurut Stickney dan Shumway (1974) enzim selulase diproduksi oleh

mikroflora usus, yang dihubungkan dengan aktivitas selulase dalam usus dengan

jumlah selulase/bakteri selulitik. Flora usus terdiri dari mikroorganisme yang

biasanya hidup di saluran pencernaan hewan (Gaby, 2014).

Mikroorganisme yang bersifat sementara pada ikan dapat digunakan

untuk memperbaiki kondisi kolam, bahkan Moriaty (1998) menyebutkan

probiotik sebagai “water additives”, tetapi definisi yang sebenarnya adalah

bakteri yang dimasukkan dengan berbagai macam cara kedalam saluran

pencernaan dan tetap hidup untuk memperbaiki kesehatan (Agustono, 2012)

Probiotik menurut Parker (1974) adalah organisme atau substansi yang

mendukung keseimbangan jumlah mikroorganisme dalam pencernaan ikan atau

kerapu. Pada stadia larva, ikan sudah hidup di lingkungan yang banyak sekali

bakteri patogen, pada waktu tersebut saluran pencernaan dan sistem immune

belum berkembang sehingga sebetulnya bakteri probiotik sangat diperlukan pada

waktu stadia larva (Vadstein, 1997).

Beberapa spesies bakteri dan jamur yang ditemukan dikaitkan dengan

spesies ikan. Parasit dan penyakit, yang disebabkan oleh kehadiran flora mikroba

9

patogen, mengancam produksi ikan dengan mempengaruhi fisiologi normal ikan

kemudian, jika dibiarkan begitu saja, bisa mengakibatkan kematian massal pada ikan,

atau dalam beberapa kasus, akan ikut terinfeksi pada manusia dan vertebrata lain

yang mengkonsumsinya (Shawn, 1997).

Berdasarkan penelitian patologi oleh Bambang Sutrisno (2004) menyatakan

bahwa bakteri bentuk Coccus seperti Staphylococcus sp dan Streptococcus sp akhir-

akhir ini telah banyak ditemukan pada ikan sakit. Kebanyakan kedua species tersebut

hidup sebagai saprofitik dan beberapa sebagai mikroflora normal di dalam saluran

pencernaan hewan dan selanjutnya dilepaskan bersamaan dengan feses.

Keberadaannya dilingkungan aquatik biasanya sebagai indikator kontaminasi feses

terhadap air (Pelezar dan Reid, 1985).

Staphylococcus sp bukan merupakan penyebab utama sebagai penyakit pada

perikanan di Amerika, tetapi sebagai penyebab utama kerugian pada nelayan ikan di

Jepang, Taiwan dan negara-negara Timur (Varvarigos, 2001). Infeksi Staphylococcus

sp pada ikan jarang terjadi, walaupun demikian pernah diisolasi dari darah jantung

pada ikan Salmon sakit di Argentina (Conroy, 1966).

Isolat tersebut telah diinjeksikan secara intraperitonial dan tidak

memperlihatkan adanya perubahan patologik pada organ ikan Mas. Pada ikan

Lepomis microlophus, infeksi Staphylococcus sp. menyebabkan beberapa lesi berupa:

nekrosis dan oedema di muskulus, hemoragi petichial di mesenterium dan intestinal

serta adanya timbunan cairan darah pada cavitas vaseralis. Selanjutnya Schaperclaus

(1992) menyatakan bahwa isolat yang didapat dari ikan apabila disuntikan secara

10

intra poritonial pada ikan sejenis tidak menunjukkan perubahan patologi (Bambang S,

2004)

Bakteri anaerob merupakan bagian yang secara numerik, dominan sebagai

flora normal dan jarang terdapat pada infeksi, namun dikenal sebagai penyebab

infeksi yang relatif umum pada hampir semua bagian tubuh. Beberapa bakteri

anaerob, terutama yang ditemukan sebagai flora normal dan jarang terdapat pada

tempat infeksi diianggap sangat rentang terhadap oksigen, karena akan mati beberapa

menit ketika terkontaminasi dengan udara (Sylvia, 2007).

Bakteri Gram negatif fakultatif anaerob banyak terdapat pada saluran

pencernaan ikan dan kerang - kerangan, sehingga simbiosis anaerob kemungkinan

dominan pada intestine bagian belakang ikan tropis herbivor (Clement, 1997

dalam Agustono, 2012). Vibrio dan Pseudomonas adalah bakteri yang umum

dijumpai pada crustacea, ikan laut dan kerang-kerangan. Sedangkan Aeromonas,

Plesiomonas dan bakteri dari genus Enterobacteriacea dominan pada ikan air

tawar (Sakata, 1990 dalam Agustono, 2012).

Menurut Tatang supandi (2014), ikan air tawar secara umum mengandung

Pseudomonas, Flavobacterium, Enterococcus, Micrococcus, Bacillus dan koliform.

Sedangkan ikan yang dipanen dari air yang tercemar kotoran hewan dan manusia

dapat mengandung Salmonella, Shigella, Clostredium perfringens dan Vibrio

cholera. Ikan tersebut juga dapat mengandung bakteri patogen oportunistik seperti

Aeromonas hydrophila dan Plesiomonas shigelliodes.

Bairagi et al. (2004) berhasil mengisolasi dua mikroba dari strain

Bacillus yaitu Bacillus subtilus dan Bacillus circulans dari saluran pencernaan

11

ikan Mas dan ikan Nila. Kedua jenis mikroba ini memproduksi enzim amilase,

selulase, protease dan lipase. Pertumbuhan beberapa mikroorganisme dipengaruhi

oleh beberapa faktor yaitu ketersediaan nutrisi, air, suhu, pH, oksigen, jumlah awal

populasi, adanya zat penghambat dan adanya jazad renik lainnya (Fardiaz, 1992).

Tabel 2.1. Genus bakteri yang diisolasi dari saluran pencernaan beberapa Ikan Danau (Ringo, 1999)

NO Spesies Ikan Genus Bakteri Referensi

1 Ikan Lele (Ictalurus punctatus)

Aeromonas, Pseudomonas, Enterobacteriaceae, Bacillus, Clostridium, Bacteroidaceae

MacMilan (1990), Sugita et al (1991)

2 Ikan Emas (Carassius auratus)

Aeromonas,Plesiomonas, Enterobateriaceae, Pseudomonas, Acinetobacter, Flavobacterium, Bacillus, Clostridium, Bacteroidaceae

Sugita et al (1988)

3 Masu salmon (Oncorhyncus masou)

Pseudomonas, Flavobacterium, Coryneforms

Yozhimitsu, et al (1980)

4 Belut/Ikan Sidat

Aeromonas,Enterobacteriaceae, Bacteroidaceae, moraxella, Clostridium, Streptococcus, Pseudomonas, Acinetobacter dan Plesiomonas .

Sugita et al (1997)

Variasi jenis mikroflora pada pencenaan ikan dipengaruhi oleh struktur

saluran pencernaan (Watanabe 1986), lingkungan habitat ikan, dan tahapan

perkembangan ikan (Ringgo, 1995). Saluran usus ikan umumnya dihuni oleh

sejumlah besar bakteri heterotrofik, termasuk aerob dan anaerob. Bakteri mikroflora

pencernaan ikan berperan dalam menghasilkan beberapa zat bioaktif, seperti

tetrodotoxin (Noguchi et al, 1987), asam eicosapentaenoic (Yazawa et al, 1988),

biotin (Sugita et al, 1992), vitamin B12 (Sugita et al, 1991) dan zat anti bakteri

12

(Westerdahl et al, 1991), yang dapat dimanfaatkan oleh ikan. Bahkan hubungan

simbiosis antara ikan dan mikroflora usus sangat erat kaitannya. Pada mamalia

teresterial, mikroflora usus dapat terlibat dalam pencernaan zat makromolekuler

(Mitsuoka, 1980 dalam Sugita et al, 1997)

B. Tinjauan Teoritis Saluran Pencernaan Ikan

Alat pencernaan ikan terdiri dari saluran pencernaan dan kelenjar

pencernaan. Pada umumnya saluran pencernaan berupa segmen-segmen yaitu, mulut,

rongga mulut, faring, esofagus, lambung pilorus, usus, rektum dan anus (Affandi,

2005).

Gambar 2.1. Sketsa Anatomi Saluran Pencernaan Ikan

Berdasarkan kebiasaan makan terlihat perbedaan struktur anatomis alat

pencernaan ikan. Perbedaan yang mencolok ditemukan pada struktur tapis insang,

struktur gigi pada pada rongga mulut, keberadaan dan bentuk lambung serta panjang

13

usus. Tapis insang pada ikan herbivora banyak, panjang dan rapat sementara pada

ikan omnivora sedang dan pada ikan karnivora sedikit, pendek dan kaku. Rongga

mulut pada ikan herbivora sering tidak bergigi, sementara pada ikan omnivora bergigi

kecil dan pada ikan karnivora umumnya bergigi kuat dan panjang. Ikan herbivora

berlambung palsu atau tidak berlambung dengan bentuk kantong, dan ikan karnivora

berlambung dengan bentuk bervariasi. Usus ikan herbivora sangat panjang beberapa

kali panjang tubuhnya, sementara pada ikan omnivora sedang 2 sampai 3 kali panjang

tubuh dan pada ikan karnivora pendek, kadang lebih pendek dari panjang tubuhnya

(Aslamyah S, 2006).

Organ hati dan pankreas adalah kelenjar pencernaan yang mensekresikan

bahan yang kemudian digunakan dalam proses pencernaan makanan. Bahan hasil

sekresi kedua organ tersebut kemudian masuk ke usus melalui ductus choleodochus

dan ductus pangkreaticus. Adanya hubungan antara kelenjar pencernaan dan usus

depan maka letak kelenjar tersebut berada di sekitar usus depan dan lambung

(Aslamyah S, 2006).

Keasaman (pH) lambung pada saat lambung kosong (tidak ada makanan)

berkisar antara 4 sampai 7,4 sedangkan pada saat penuh berkisar antara 2,2 dan 2,8

(Nikolsky, 1963 dalam Aslamsyah, 2006). Keasaman (pH) usus adalah netral atau

hampir alkalis yaitu antara 6 dan 8 (Hickling, 1960 dalam Aslamsyah, 2006).

Berdasarkan kebiasaan makannya, ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

adalah ikan omnivora yang bertendensi herbivora yaitu pemakan biji-bijian dan

plankton. Ikan yang masih muda lebih banyak memakan fitoplankton yang masih

lembut dari kelompok Bacillaryphyceae, Cyanophyceae dan Flagellata. Sedangkan

14

ikan dewasa lebih banyak memakan plankton dari kelompok Ciliata, Rotifera,

Cladocera, Capepoda dan Chlorophyceae, Sepat dewasa juga memakan tumbuhan

tingkat tinggi yang sudah membusuk di dalam air, ikan Sepat Siam juga memakan

kangkung dan berbagai tumbuhan air lainnya yang tumbuh di air (Ghufran, 2004).

Berdasarkan hasil penelitian (Samuel dan Safran Makmur, 2011)

mengemukakan bahwa ada 20 jenis makanan ikan Sepat Siam di Danau Tempe yang

terdiri dari fitoplankton (78,95%) biji tumbuhan (20,16%) dan zooplankton (0,89%).

Dan jenis fitoplankton yang dominan adalah Synedra (29,59%) dan Ulotrix (17,88%)

sedangkan pada sampling berikutnya terdiri dari 31 jenis makanan dan paling banyak

adalah Anabaena (28,32%) dan Ulotrix 18,67%) sehingga berdasarkan jenis makanan

tersebut ikan Sepat Siam termasuk kedalam jenis ikan herbivora dengan makanan

utamanya adalah fitoplankton, kondisi tersebut dimungkinkan karena perairan Danau

Tempe merupakan perairan yang subur dan juga banyak terdapat tanaman air.

Ikan Sepat yang dibudidayakan memerlukan pakan sejak mulai hidup dari

ukuran larva (burayak), dewasa sampai ukuran induk. Tillman et al. (1998)

menyatakan bahwa faktor-faktor yang mempengaruhi kecernaan pakan antara lain

komposisi pakan dan jumlah pakan yang diberikan. Fungsi pakan adalah untuk

pertumbuhan dan kelangsungan hidup. Pakan yang dimakan oleh ikan pertama-tama

digunakan untuk kelangsungan hidup dan apabila ada kelebihannya akan

dimanfaatkan untuk pertumbuhan. Jadi bila menghendaki pertumbuhan ikan yang

baik, maka harus diberi sejumlah pakan yang melebihi kebutuhan untuk pemeliharaan

tubuhnya (Djajasewaka, 1985).

15

Komponen pakan yang berkontribusi terhadap penyediaan materi dan

energi untuk pertumbuhan adalah protein, karbohidrat, dan lemak. Kemampuan

ikan menggunakan nutrient pakan bergantung pada berbagai faktor seperti sintesis

enzim yang tepat, produksi enzim dalam jumlah yang cukup, dan distribusi enzim

dalam saluran pencernaan (Tengjaroenkul et al. 2000). Sehingga kandungan nutrien

pakan nampaknya berpengaruh pula pada aktivitas enzim pencernaan.

Tersedianya substrat merupakan faktor yang nyata dalam pengaturan aktivitas

enzim pada ikan dan mamalia (Gaby S, 2014).

Aktivitas enzim sangat mempengaruhi kecernaan dan bervariasi menurut

umur ikan, keadaan fisiologi dan musim serta berkolerasi positif dengan kebiasaan

makan ikan (Kuzmina, 1996). Ikan yang tidak memiliki lambung dan pilorik kaeka,

aktivitas proteolitik terutama berasal dari cairan pangkreas. Beberapa hasil studi

menunjukkan bahwa komposisi cairan pencernaan berhubungan dengan makanan

yang dimakan oleh suatu spesies ikan.

Kemampuan ikan untuk mencerna suatu jenis makanan bergantung pada

faktor fisik dan kimia makanan, jenis makanan, umur ikan sifat fisik dan kimia air

serta jumlah enzim pencernaan dalam sistem pencernaan. Enzim karbohidrase,

protease dan lipase mempengaruhi pencernaan makanan di usus anterior. Protease

merupakan enzim yang berperan dalam hidrolisis protein. Enzim yang banyak

berperan dalam hidrolisis karbohidrat ialah amilase seperti yang ditunjukkan oleh

ikan Mas (Zonneveld et al, 1991).

Menurut Murjani (2009) ikan Sepat budidaya mempunyai kebiasaan makan

yang berbeda dengan ikan Sepat yang hidup bebas di Danau. Sifat umum makanan

16

ikan Sepat adalah omnivora, di perairan umum mereka lebih banyak memakan

fitoplankton. Sebagian besar makanan ikan Sepat adalah tumbuh-tumbuhan air

dan lumut. Namun ikan ini juga memangsa hewan-hewan kecil di air, termasuk

ikan-ikan kecil yang dapat termuat di mulutnya.

Dengan mengetahui kebiasaan makan suatu jenis ikan dapat diketahui

hubungan ekologis antara individu dalam suatu perairan, antara lain pemangsa,

persaingan, dan rantai makanan serta pengaruh parameter kualitas air dalam

keseimbangan lingkungan (Effendie, 1997).

Menurut Raharjo (2007) menyatakan bahwa pertumbuhan dan kelimpahan

populasi ikan di perairan ditentukan oleh makanan yang dikomsumsi, disamping

faktor fisik kimiawi yang berpengaruh langsung terhadap ikan maupun secara tidak

langsung melalui pengaruhnya terhadap jenis organisme makanan. Ikan bersifat

poikilothermic sehingga jumlah mikroba akan berhubungan dengan suhu air

(Lesel, 1990).

Suhu air merupakan salah satu fisik yang dapat mempengaruhi nafsu

makan dan pertumbuhan ikan. Menurut Cholik, et al (1986), ikan-ikan tropis

tumbuh dengan baik pada suhu antara 25oC sampai 30oC. Pendapat ini

diperkuat Jangkaru (1976) yang menyatakan bahwa suhu optimum untuk selera

makan bagi ikan adalah antara 25oC sampai 27oC, suhu optimum tersebut

biasanya pada pagi dan sore hari. Suhu air yang ideal untuk ikan Sepat yaitu

23oC sampai 28oC (Ortanez, 2008).

Ikan merupakan hewan air yang mengalami kehidupan sejak lahir atau

menetas dari telurnya sampai akhir hidupnya di air (Achjar, 1986). Ikan Sepat

17

mempunyai kebiasaan memijah dengan membuat sarang busa seperti balon. Sarang

tersebut dibuat oleh induk jantan dengan diameter sekitar 5 cm. Telur ikan Sepat

yang telah dibuahi akan terapung di dalam busa dan dijaga oleh induknya. Seekor

induk betina berumur 7 bulan dapat mengeluarkan 7.000 - 8.000 butir telur. Telur-

telur yang dibuahi berwarna kuning atau putih kekuning-kuningan dan biasanya akan

menetas 36 - 48 jam setelah pembuahan. Kantong kuning telur (yolk sack) yang

merupakan makan awal larva akan habis dalam waktu 3-7 hari. Di alam ikan sepat

mulai memijah pada akhir musim hujan dan sepanjang musim kemarau (Ghufran,

2010).

Berdasarkan hasil penelitian (Samuel dan Safran Makmur, 2011)

mengemukakan bahwa berdasarkan data distribusi ukuran panjang total ikan Sepat

Siam, diketahui bahwa ikan Sepat Siam di Danau Tempe diduga mempunyai dua

puncak rekruitmen dalam setahun yang mengindikaskan ikan Sepat Siam dapat

memijah lebih dari satu kali setahun. Diduga pemijahan ikan sepat siam di Danau

Tempe terjadi pada bulan-bulan ketika tinggi muka air danau bergerak naik dan

ketika tinggi muka air bergerak turun yaitu sekitar bulan Mei dan September 2011.

C. Tinjauan Teoritis Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

Ikan Sepat (Trichogaster pectoralis)merupakan ikan yang berasal dari Asia

Tenggara yaitu dari lembah sungai Mekong di Laos, Thailand, Kamboja, dan

Vietnam. Jenis ikan ini diintroduksi ke Indonesia pada tahun 1934 untuk

dikembangkan pembudidayaannya di kolam-kolam, sawah dan rawa. Pada tahun

1937 ikan Sepat ini dimasukkan ke danau Tempe di Sulawesi dan berhasil

18

mendominasi 70% hasil tangkapan di danau tersebut selama 2 tahun (Simatupang,

2012).

Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) merupakan salah satu dari tiga

jenis ikan introduksi yang masih dominan tertangkap di perairan Danau Tempe

Sulawesi Selatan. Danau Tempe dikenal sebagai penghasil ikan air tawar yang

sebagian ikan tersebut berasal dari ikan introduksi (Samuel, 2011).

Khairul (2008) mengemukakan klasifikasi Ikan Sepat Siam (Trichogaster

pectoralis) adalah sebagai berikut:

Kingdom : Animalia

Phyllum : Chordata

Kelas : Pisces

Ordo : Anabantoidae

Famili : Belontiidae

Genus : Trichogaster

Species : Trichogaster pectoralis

Nama Lokal : Sepat Siam

Ciri-ciri ikan Sepat Siam yaitu kepalanya mirip dengan ikan Gurami muda

yaitu lancip. Panjang tubuhnya tidak dapat lebih besar dari 15 cm Saanin

(1968). Ikan Sepat Siam memiliki tubuh memanjang dan pipih, bermulut kecil dengan

bibir yang tipis, tubuhnya ditutupi sisik-sisik kecil, sisik bagian punggung berwarna

hijau kehitam-hitaman dan bagian perut berwarna lebih terang. Garis hitam melintang

agak miring juga terdapat dalam tubuhnya, mulai dari belakang sirip dada dan

19

berakhir pada ekor. Dari hidung sampai pangkal ekor membujur bercak-bercak hitam

melalui di antara matanya (Bambang, 2004).

Ikan Sepat Siam memiliki keunggulan yaitu mampu beradaptasi dengan

lingkungan buruk. Hal ini dimungkinkan karena ikan tersebut sendiri memiliki alat

pernafasan tambahan berupa labirin (bunga karang). Selain itu, ikan ini juga memiliki

bulu cambuk yang merupakan modifikasi dari sirip anal dan berfungsi sebagai alat

perlindungan diri dan membantu dalam hal pencarian makanan (Simatupang, 2012).

Ikan-ikan yang hidup di perairan yang tenang dan tidak berenang secara

terus menerus pada kecepatan tinggi seperti pada ikan sepat umumnya mempunyai

tipe sisik yang kasar/sisik pasir (tipe sisik ctenoid). Tipe sisik ini mempunyai bentuk

seperti sikloid yaitu pinggiran yang kasar. Sedangkan tipe ikan perenang cepat atau

secara terus menerus bergerak pada perairan berarus deras mempunyai tipe sisik yang

lembut (Alamsjah, 1974).

Tubuh ikan terdiri atas caput, truncus, dan caudal. Batas yang nyata antara

caput dan truncus disebut tepi caudal operculum dan sebagai batas antara truncus dan

ekor disebut anus. Kulit terdiri atas Dermis dan Epidermis. Dermis terdiri dari

jaringan pengikat yang dilapisi dari sebelah luar oleh Nepitelium. Diantara sel – sel

Epitelium terdapat kelenjar uniselluler yang mengeluarkan lendir yang manyebabkan

kulit ikan menjadi licin (Radiopoetra, 1978).

20

Gambar 2.2. Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) (BKPMD, 2015)

Keterangan:

a. Mata (Visus) e. Sirip anal (Pinna analis)

b. Mulut ( Oris) f. Sirip ekor (Pinna caudalis)

c. Sirip dada (Pinna pectoralis) g. Sirip Punggung (Pinna dorsalis)

d. Sisik Ctenoid

D. Tinjauan Teoritis Danau Tempe Kabupaten Wajo Sulawesi Selatan

Pulau Sulawesi merupakan salah satu pulau besar di Indonesia yang

memiliki kekayaan biota yang tinggi. Pulau ini termasuk dalam kawasan Wallacea

bersama-sama dengan Philipina dan Nusa Tenggara merupakan daerah peralihan

antara zoogeografi Oriental dan Australia. Ada tiga tipe danau di sulawesi, yaitu tipe

danau vulkanik (Danau Tondano, danau Mooat), tipe danau tektonik (Danau Matano,

Danau Towuti dan Danau Poso) dan tipe danau rawa banjiran (Danau Tempe, Danau

Sidenreng) (Whitten, 1987 dalam Samuel, 2011).

Danau Tempe dengan tipe danau rawa banjiran, terletak di Kecamatan

Tempe, Kabupaten Wajo, Sulawesi Selatan. Luas sekitar 13.000 ha dengan

a b

c

d e

f g

21

kedalaman maksimum 5,5 meter dan dapat mencapai lebih dari 30.000 ha saat banjir

besar dan pada musim kemarau luas genangannya hanya ± 1.000 ha dengan

kedalaman maksimum 1 meter. Perbedaan tinggi permukaan air pada waktu musim

hujan dan musim kemarau ± 4 meter. Pada musim kemarau daerah yang tidak

digenangi air merupakan hamparan lahan yang subur yang digunakan sebagai lahan

pertanian palawija, sedangkan areal yang digenangi air diperkirakan ±45 %

permukaannya tertutupi oleh tumbuhan air, selebihnya merupakan areal penangkapan

ikan dan alur pelayaran (Samuel, 2011).

Gambar 2.3. Peta dan lokasi penelitian di Danau Tempe (BKPMD, 2015)

Danau Tempe adalah sebuah lokasi perairan potensial di Sulawesi Selatan.

Selain sebagai penghasil ikan tawar terbesar, danau tersebut juga dimanfaatkan

sebagai tempat bermukim di atas air dengan sistem rumah mengapung, sebagai

tempat tumbuhnya vegetasi terapung, tempat hidup berbagai jenis burung langka dan

sebagai tujuan wisata terbesar kedua di Sulawesi Selatan selain Toraja. Potensi danau

dengan berbagai jenis ikan yang hidup di dalamnya serta fungsi danau yang dapat

dimanfaatkan untuk menunjang keberlangsungan manusia dan beberapa ekosistem

22

lainnya, menjadikan Danau Tempe menjadi tujuan utama bagi masyarakat

disekitarnya dalam mencari nafkah (Naidah, 2009).

Danau Tempe dikenal sebagai penghasil ikan air tawar yang sebagian ikan

tersebut berasal dari ikan introduksi. Dari berbagai jenis ikan introduksi yang ditebar

di danau ini, terdapat tiga jenis ikan yang masih dominan tertangkap dan salah satu

jenis ikan tersebut adalah ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) (Samuel, 2011).

E. Ayat dan Hadist yang Relevan

Islam memerintahkan agar dengan kemampuan akalnya manusia mengamati

kelakuan alam, melalui observasi yang kritis dan sistematis sehingga akan terkumpul

data penelitian yang empirik. Dari pernyataan ini, akal manusia akan bermanfaat

penuh, untuk mengoptimalkan daya pikirnya. Karena Allah swt tidak menciptakan

sesuatu yang ada di dunia ini, kecuali ciptaan itu bermanfaat. Dengan demikian, bila

manusia selalu berdzikir dan bertafakkur kepada Allah, maka akal manusia akan

bermanfaat baginya.

Adapun ayat yang relevan dengan penelitian ini yaitu dalam QS Al-

Jatshiyah/ (45); 13 yang berbunyi:

Terjemahnya:

“Dan Dia telah menundukkan untukmu apa yang di langit dan apa yang di bumi semuanya, (sebagai rahmat) daripada-Nya. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar terdapat tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang berfikir”

23

Berdasarkan terjemahan tafsir Al-Misbah menjelaskan bahwa penundukan

langit dan bumi dipahami dalam arti semua bagian alam yang terjangkau dan berjalan

atas dasar satu sistem yang pasti, kait berkait dan dalam bentuk konsisten. Allah swt

menetapkan hal tersebut dan dari saat ke saat mengilhami manusia tentang

pengetahuan fenomena alam yang dapat mereka manfaatkan untuk kemaslahatan dan

kenyamanan hidup manusia (M. Quraish Shihab, 2004: 41).

Allah swt Yang Maha Pencipta menundukkan apa yang ada di langit dan di

bumi termasuk di dalamnya manusia, tumbuhan dan hewan bahkan organisme yang

renik sekalipun yang belum diketahui manfaat dan mudaratnya bagi manusia. Agar

manusia mampu mengkaji lebih dalam hubungan antara mahluk hidup dengan

mahluk hidup lainnya yang mana terjadi simbiosis antara keduanya. Karna sungguh

semua itu adalah tanda-tanda kekuasaan Allah bagi kaum yang berfikir.

Adapun hadist yang berkaitan dengan penelitian ini adalah sebagai berikut:

Ibnu Hajar rahimahullah menyatakan:

یھ ل ى هللا ع ل سول هللا ص ر ال : ق ال ا ق ھم ن هللا ع ي ض ر ر م ع ن ابن ع

: م ل س ا «و م أ ، و وت ح اد وال ر ج ال : ف یتتان ا الم م أ ، ف ان م د و یتتان نا م ل ت ل ح أ

ا م د لد ب ك ال حال و الط : ف ف ».ان ع ض یھ ف ھ، و اج م ابن د، و م ح ھ أ ج ر خ .أTerjemah Hadits :

Dari Ibnu Umar radliyallahu ‘anhu ia berkata: Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda: “Telah dihalalkan bagi kita dua macam bangkai dan dua macam darah, adapun dua macam bangkai adalah: (bangkai) belalang dan ikan, dan dua macam darah adalah limpa dan hati.” [HR. Ahmad no.5690, dan Ibnu Majah no.3314 dan 3218]

24

Menurut Fikih Islam menjelaskan bahwa “Telah dihalalkan bagi kita dua

macam bangkai dan dua macam darah” Dikecualikan juga darah yang tertinggal di

dalam daging binatang yang sudah disembelih, begitu juga darah ikan. Kedua macam

darah tersebut suci atau dimaafkan. Dalam arti diperbolehkan atau dihalalkan (Rasyid

S, 1994; 18)

Dari hadits diatas dapat kita ambil kesimpulan bahwasannya ada dua bangkai

yang dihalalkan yaitu bangkai belalang dan ikan dan diharamkan bangkai selain dari

kedua hewan tersebut. Hewan yang berdarah jika ingin dimakan maka haruslah

disembelih terlebih dahulu pada lehernya atau urat nadinya, sedangkan pada hewan

laut/ikan, maka tidak perlu disembelih. Dan yang patut di garis bawahi yaitu yang

dimaksud bangkai disini adalah hewan yang mati secara alami atau yang mati tanpa

disembelih sesuai syari’at (tertabrak, terjatuh,dll). Jadi meskipun itu adalah bangkai

ikan dan belalang tetapi jika keduanya mati karena diracun atau terkena zat-zat

berbahaya maka ia diharamkan dimakan karena adanya zat berbahaya atau zat racun

tersebut. Dan jika keduanya mati tidak terkena zat-zat berbahaya atau pun tidak

karena diracun maka tidak mengapa untuk dikonsumsi/dimakan.

25

F. Kerangka Pikir

Ikan sepat siam adalah ikan yang dominan dikomsumsi oleh masyarakat wilayah Danau Tempe

Mikroflora diisolasi dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam

Isolasi bakteri saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) dari Perairan Danau Tempe Sulawesi Selatan

Identifikasi makroskopik koloni bakteri dan mikroskopik sel bakteri

Identifikasi molekuler spesies bakteri mikroflora saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

Terdapat 10 isolat bakteri dan 4 diantaranya diidentifikasi secara molekuler

Input

Proses

Output

26

BAB III

METODE PENELITIAN

A. Jenis dan lokasi penelitian

Penelitian ini merupakan jenis penelitian kulitatif dengan pendekatan

eksploratif. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2016 – Mei 2016 di

Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Sains dan Teknologi UIN Alauddin Makassar

dan Laboratorium Mikrobiologi Lantai 6 (Rumah Sakit Pendidikan) Universitas

Hasanuddin Makassar.

B. Pendekatan penelitian

Penelitian ini menggunakan pendekatan eksploratif didasarkan pada

penemuan jenis mikroflora yang baru yang belum diketahui, belum dipahami dan

belum dikenali pada saluran pencernaan ikan Sepat Siam di perairan danau Tempe

kab. Wajo Sulawesi Selatan.

C. Variabel Penelitian

Penelitian ini menggunakan variabel tunggal yaitu mikroflora saluran

pencernaan ikan Sepat Siam

D. Defenisi Operasional Variabel

1. Isolasi adalah proses untuk memisahkan bakteri dari saluran pencernaan Ikan

Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) sehingga didapatkan bakteri murni dengan cara

27

ditumbuhkan pada media padat. Menggunakan media padat karena dapat

memudahkan melihat pertumbuhan mikroorganisme yang diisolasi.

2. Identifikasi adalah untuk mengetahui jenis bakteri yang telah diisolasi, dengan

mengamati secara makroskopik, mikroskopik dan molekuler.

3. Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis) yang digunakan sebanyak 5 ekor

ukuran sedang untuk pengambilan organ saluran pencernaan (berupa usus dan

lambung sebanyak 1 gram), ikan yang diambil merupakan ikan budidaya dari Danau

Tempe dikemas dalam ice box untuk menjaga kesegaran ikan.

4. Mikroflora adalah Bakteri yang secara alami menghuni saluran pencernaan

ikan diisolasi dan diidentifikasi secara makroskopik (bentuk, warna, elevasi, tepian

dan permukaan koloni), mikroskopik (bentuk sel dan sifat Gram) dan molekuler.

E. Instrumen Penenelitian (Alat dan Bahan)

1. Alat

Adapun alat yang digunakan adalah alat gelas berupa mortal-pastle,

erlenmeyer 1000 mL, gelas kimia, tabung reaksi, rak tabung, cawan petri, deck glass,

batang pengaduk, pipet tetes, pipet ukur dan bunsen. Alat non gelas berupa pinset,

pisau, talenan, tip dan jarum ose. Sedangkan alat eletrik berupa mikroskop binokuler,

neraca analitik, mikropipet 1 mL, Lamina air flow (LAF), inkubator, oven, autoklaf,

Hot plate, colony counter, vortex mixer dan, Sentrifuge, termometer, Water bath,

Stopwach, PCR workstation / cabinet (Scie-Plus)/ Biosafety Cabinet, Gene Amp PCR

system 9700 (Applied Biosystem), satu set alat elektroforesis, UV transulaminator,

28

komputer, freezer -200oC, Profuge Gk-centrifuge, ice maker (Memmert) Gel Doc XR

Model 785 dan kamera digital.

2. Bahan

Adapun bahan pada penelitian ini adalah ikan sepat siam (Trichogaster

pectoralis), media NA (Nutrient Agar), larutan fisiologi NaCl 0,9%, aquadest steril,

kapas, spiritus, alkohol 96%, alkohol 70%, aluminium foil, wrapping plastic, tissu,

karet gelang dan plastik makanan tahan panas. Reagen pewarnaan gram bakteri

kristal violet (A), iodin (B), etanol (C) dan safranin (D). Sepasang primer universal

yang digunakan untuk semua jenis bakteri yaitu forward primer dan reverse primer,

tabung PCR, (Sorensen, Cat. No P 7543). Parafilm (Sigma Cat. No P 7543)

erlenmeyer (Schott), filter tips 0,5 – 10 µL, Disposable gloves, VipPlus PCR Chiller,

tabung eppendorf, Loading dye, Agarose, template DNA, kit estraksi DNA (PrestoTM

Mini gDNA Bacteria Kit) ,buffer AL-Mix (gram (+) buffer, gram (-) buffer, GB

buffer, W1 buffer, wash buffer, elution buffer, etanol absolut 96%), medic cool, Kit,

nuclease free water, Tris borate EDTA (TBE)10x, Marker 100bp, malachine green

dan etidium bromide.

F. Prosedur Kerja

Penelitian ini terdiri atas tahapan sebagai berikut: tahap persiapan (Sterilisasi

alat dan bahan serta pembuatan medium). Pengambilan sampel dilakukan secara

random dari lokasi yang berada di Danau Tempe Kab. Wajo. Sampel kemudian

dimasukkan kedalam plastik dan dibawa menggunakan ice box (stereofoam) yang

berisi es ke Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Sains dan Teknologi untuk

29

dilakukan pemeriksaan bakteriologi. Selanjutnya tahap Isolasi bakteri pada usus ikan

Sepat Siam (Trichogaster pectoralis). Dan tahap karakterisasi bakteri secara

makroskopik, mikroskopik dan molekuler.

a. Pengambilan Organ Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster

pectoralis)

Pengambilan organ pencernaan dilakukan secara aseptis di ruangan steril

dengan menggunakan alat bedah pada Lamina Air Flow (LAF) dengan cara menyayat

bagian perut ikan kemudian mengeluarkan organ pencernaan berupa lambung dan

usus selanjutnya organ pencernaan yang telah dikeluarkan diencerkan dengan 90 mL

cairan fisiologi (NaCl 0,9%) steril. Kemudian digerus dan ditimbang, sampel yang

telah dihaluskan kemudian dilakukan pengenceran dengan menyiapkan 9 tabung

mulai dari pengenceran 10-1 sampai 10-8. Metode pengenceran yang dilakukan

dengan mengambil sebanyak 1 gram sampel, dimasukkan ke dalam tabung reaksi

yang berisi 9 ml aquades sehingga didapat pengenceran 10-1 untuk mendapatkan

pengenceran 10-2 dilakukan dengan mengambil 1 ml dari pengenceran 10-1

dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berisi 9 ml akuades, demikian seterusnya

dilakukanseri pengenceran hingga 108 (Darmayasa, 2008).

b. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri

Isolasi bakteri dilakukan dengan mengambil 1 ml suspensi pada seri

pengenceran 10-1 , 10-5 dan 10-8. Kemudian diisolasi dengan metode tuang (Pour plate

method) ke dalam cawan petri secara aseptis, kemudian menuang media NA (Nutrient

Agar) secara duplo dan meratakan dengan memutar media searah angka delapan agar

homogen. Bakteri diinkubasi selama 24-48 jam pada suhu 37oC (WA Jimoh, 2014).

30

Setelah koloni tumbuh di masing-masing media, selanjutnya koloni berbeda dari

warna, bentuk, tepian dan elevasi dipilih dan dikultur kembali pada media NA dengan

menggunakan teknik goresan kuadran beberapa tahap hingga diperoleh isolat murni,

kultur diinkubasi dengan posisi cawan terbalik selama 24 jam pada suhu 35oC

(Darmayasa, 2008). Dari tiap koloni yang tumbuh kemudian diremajakan pada media

miring untuk memperoleh stok bakteri.

Karakterisasi dilakukan dengan pengamatan morfologi bakteri, yaitu secara

makroskopik dan mikroskopis. Pengamatan secara makroskopis meliputi pengamatan

morfologi koloni bakteri dengan mengamati bentuk, elevasi, tepian, dan warna koloni

bakteri yang tumbuh pada media NA (Nutrient Agar). Sedangkan pengamatan secara

mikroskopik dilakukan untuk melihat bentuk sel dan sifat gram,dengan membuat

preparat dari masing-masing sampel bakteri kemudian melakukan pewarnaan pertama

dengan menggunakan kristal violet selama 1 menit kemudian dibilas dengan aquades

dan ditiriskan. Pewarnaan ke dua dengan larutan iodium selama 1 menit dan

membuang larutan iodium tersebut dengan cara memiringkan kaca preparat kemudian

dibilas dengan aquades dan ditiriskan. Selanjutnya dekolorisasi dengan etanol 96%

selama 30 detik dan dicuci dengan aquades, terakhir yaitu dengan menggunakan

safranin selama 1 menit dibilas aquades dan dikeringkan. Setelah proses pewarnaan

selesai dilanjutkan dengan mengamati bentuk, elevasi, tepian, dan warna sel bakteri

di bawah mikroskop binokuler (Irianto, 2006). Selanjutnya Identifikasi molekuler

dengan menyiapkan stok bakteri dari seri pengenceran 10-1 sampai 10-8 dan memilih

bakteri yang berbeda dari segi morfologi untuk dilakukan identifikasi molekuler

yang diawali dengan estraksi DNA pada bakteri.

31

c. Estraksi DNA

Estraksi DNA bakteri bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponen-

komponen sel lainnya. Estraksi DNA pada organisme prokariotik dilakukan melalui

Sampel Preparasi, Melisiskan sel, DNA Binding, Wash, Elution. Adapun langkah-

langkah tersebut adalah sebagai berikut:

1. Preparation sample (Sampel Preparasi)

Sebanyak satu ose sampel bakteri yang telah dipilih yaitu pada kode isolat

MI 1, MI 5, MI 9 dan MI 10 masing-masing, dimasukkan ke dalam tabung

microcentrifuge 1,5 mL steril yang telah berisi 200 µl PBS (Phospate Buffer saline)

yang telah ditambahkan 20 µL Proteinase K. Menghomogenkan dengan cara

pipetting. Kemudian diinkubasi pada suhu 60oC selama 5 menit pada waterbath .

2. Cell lysis (Melisiskan sel)

Menambahkan 200 µL gram GSB buffer lalu divortex dan diinkubasi

kembali pada suhu 60oC selama 2 menit.

3. DNA Binding

Menambahkan 200 µL etanol absolute 96% dan di vortex selama 10 detik.

Memindahkan semua campuran tersebut ke dalam GD column (spin column) pada 2

mL collection tube, kemudian sentrifugasi pada kecepatan 14.000 xg selama 1 menit.

Membuang collection tube yang berada di bawah spin column dan mengganti dengan

collection tube yang baru.

4. Wash (Pencucian)

Menambahkan 400 µl WI buffer lalu disentrifugasi pada kecepatan 14.000

xg selama 30 detik, kemudian membuang cairan yang ada collection tube.

32

Menambahkan 600 µl wash buffer (Geneid) dan disentrifugasi kembali selama 30

detik, kemudian membuang cairan yang ada collection tube dan sentrifugasi kembali

selama 3 menit, dan meletakkan tabung mikrocentrifuge steril pada bagian bawah

spin column.

5. Elution

Menambahkan 100 µL Elution buffer, diamkan selama 3 menit kemudian

disentrifugasi dengan kecepatan yang sama selama 30 menit. Cairan yang

mengandung DNA yang tertampung pada tabung mikrocentrifuge disimpan pada

suhu -4 oC untuk digunakan sebagai template PCR.

d. Ampifikasi PCR (Polymerase Chan Reaction)

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu proses sintesis

enzimatik untuk melipat gandakan sekuens nukleotida tertentu secara in vitro.

Prosesnya meliputi 3 tahap yaitu denaturasi, annealing, dan extension. Prosedur ini

dikerjakan pada sampel DNA yang telah diisolasi, estrak DNA dari sample dan

aquadest sebagai kontrol negatif “PCR mix” dimasukkan dalam tabung PCR:

Tabel 3.1 Komposisi Primer Mix

Reaksi (µL)

ddH2O 34,75

PCR buffer 5

MgCl2 2

dNTP 1

33

Reverse primer 1

Forward primer 1

Hotstart DNA pol 0,25

DNA sampel 5

Total premix 50

Amplifikasi dilakukan dengan mesin PCR (DNA Thermal Chycler) untuk

amplifikasi PCR, tahap awal denaturasi pada suhu 95oC selama 15 menit, selanjutnya

94oC selama 1 menit, annealing pada suhu 55oC selama 30 detik, ekstensi 72oC

selama 1 menit sebanyak 40 siklus dilanjutkan dengan ekstensi akhir suhu 72oC

selama 5 menit dan 12oC ± 30 menit untuk penyimpanan jenis primer yang digunakan

adalah primer universal dengan urutan sequens UI 5’

CCAGCAGCCGCGGTAATACG-3’ dan U2 5’ATCGG(C/T)TACC

TTGTTACGACTTC-3’ (Jang-Jih Lu, 2003 dalam asrianti, 2015)

e. Elektroforesis gel agarose

Agarose dibuat dengan melarutkan 2 g agarose (BioRad) dalam 100 mL 10

Tris borate EDTA (100 g Tris base, 27,5 g asam borat, 20 ml 0,5 M EDTA pH 8

dalam 1 liter air). Kemudian memanaskan sampai mendidih dan larut selanjutnya

menambahkan 1 µL ethidium bromida (0.2 µg/ml) dan dimasukkan dalam pencetak

gel yang telah dipasangi sisir. Setelah agarose memadat (sekitar 30 menit) selanjutnya

dimasukkan ke dalam tank elektroforesis yang berisi larutan TBE 0,5%. Memasukkan

34

DNA sampel yang telah dicampur dengan cairan “loading dye” ke dalam sumur

dengan perbandingan 2:1 dengan cara pippeting, kemudian memasukkan Marker

100bp setelah keseluruhan sampel dimasukkan. Elektroda dihubungkan dengan

Power supply dengan volt 100 selama 40 menit. Setelah itu Power supply dimatikan

kemudian mengangkat gel dari dalam alat tersebut. Gel dipindahkan ke dalam UV

transiluminator kemudian diamati hasilnya pada komputer.

f. Sekuensing DNA

Pengurutan atau sekuensing DNA hasil PCR dikirim ke 1st BASE

sequensing INT di Malaysia untuk pemetaan pasang basa yang berhasil diamplifikasi.

Data sekuens selanjutnya diedit dengan menggunakan Clustal W dalam program

MEGA 5 (Tamura et al., 2011) dan dilakukan perbandingan sekuen yang diperoleh

(Query) dengan yang telah ada pada GeneBank dengan menggunakan fasilitas

BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) pada database Searches NCBI internet

site (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Ukuran fragmen hasil ampifikasi PCR ditentukan

dengan cara membandingkan antara posisi ukuran penanda DNA (Marker) dengan

ukuran fragamen sampel. Hasil positif ditunjukan dengan adanya band pada ukuran

996 bp.

35

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil Penelitian

1. Isolasi Bakteri Mikroflora dari Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

Isolasi bakteri dari saluran pencernaan ikan sepat berupa estrak organ

pencernaan dari lambung dan usus ikan dijadikan sampel untuk mengisolasi bakteri

mikroflora. Karakteristik bakteri yang berhasil diisolasi dilakukan diamati secara

makroskopik meliputi pengamatan morfologi koloni bakteri dengan mengamati

bentuk, elevasi, tepian, dan warna koloni bakteri yang tumbuh pada media NA

(Nutrient Agar). Hasil pengamatan makroskopik koloni bakteri yang berhasil diisolasi

dapat dilihat pada tabel di bawah ini:

Tabel. 4.1 Pengamatan Makroskopik koloni bakteri dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

No Makroskopik Koloni

Kode Isolat

Ukuran Bentuk Warna Elevasi Tepian Permukaan

1 MI1 Sedang Circular Putih susu

Flat Curled Kasar

2 MI 2 Kecil Irreguler Kuning Flat Lobate Halus Mengkilap

3 MI 3 Kecil Irreguler Kuning Flat Endulate Berkerut

4 MI 4 Kecil Circular Kuning Flat Entire Halus Mengkilap

5 MI 5 Kecil Circular Putih Susu

Flat Entire Halus Mengkilap


36


8 MI 8 Kecil Circular Kuning Raised Entire Halus Mengkilap

9 MI 9 Titik Circular Putih Flat Entire Halus Mengkilap

10 MI 10 Sedang Irreguler Kuning Bening

Flat Curled Halus Mengkilap

Pengamatan mikroskopik sel bakteri dilakukan dengan melihat bentuk sel dan

sifat Gram. Pengamatan mikroskopik menunjukkan hanya satu isolat bakteri bersifat

Gram postif yaitu isolat dengan kode MI 1. Hasil tersebut dapat dilihat pada tabel 4.2.

Tabel. 4.2. Pengamatan Mikroskopik sel bakteri dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

No Mikroskopik Sel

Kode Isolat Bentuk sel Sifat Gram

1 MI 1 Basil +

2 MI 2 Coccus -

3 MI 3 Coccus -

4 MI 4 Streptococcus -

5 MI 5 Basil -

6 MI 6 Coccus -


8 MI 8 Coccus -

9 MI 9 Basil -


37

2. Identifikasi Molekuler Bakteri Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

Salah satu metode karakterisasi genotip adalah analisa molekuler dengan

metode Random Amplified Polymhorpic DNA (RAPD) menggunakan teknik PCR

(Polymerase Chain Reaction). Penanda molekuler RAPD yang digunakan merupakan

sekuen DNA polimorfik yang dipisahkan oleh gel elektroforesis PCR menggunakan

satu primer oligonukleotida pendek berukuran sekitar 10 basa dari sekuens acak.

Metode RAPD memiliki beberapa keunggulan diantaranya mampu mendeteksi

sekuen nukleotida hanya dengan satu primer, polimorfisme tinggi, dan dapat

digunakan tanpa mengetahui latar belakang genom sebelumnya (Dunham, 2004).

RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan metode

perbanyakan genom yang paling sering digunakan karena sangat mudah dan

membutuhkan jumlah DNA genom yang tidak terlalu banyak (Williams, 1990).

Polimorfisme yang terjadi antara individual atau strain dikenali melalui perbedaan

pada fragmen DNA yang diperbanyak oleh primer yang tersedia (Micheli, 1994).

Identifikasi hanya dilakukan pada empat isolat. Keempat isolat bakteri ini

dideterminasi menggunakan sekuen 16S-rRNA. Gen 16S-rRNA dianilisis secara

lengkap di 1st BASE sequencing INT Malaysia. Analisis cluster pada sekuens tersebut

dilakukan dengan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dari NCBI

(National Center for Biotechnloghy Information) secara online pada website NCBI

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

Adapun hasil elektroforesis dari hasil amplifikasi gen 16S-rRNA yang

dilakukan dengan menggunakan mesin PCR ( DNA Thermal Cycler ) pada keempat

38

sampel bakteri dari saluran pencernaan Ikan sepat siam dapat dilihat pada gambar di

bawah ini:

Gambar 4.1. Hasil elektroforesis dari produk ampifikasi gen 16S-rRNA

Hasil sekuensing yang diperoleh dari Malaysia selanjutnya dianalisis pada Gen

Bank menggunakan analisis BLAST. Analisis BLAST dilakukan dengan tujuan untuk

membandingkan hasil yang diperoleh dengan tujuan membandingkan hasil yang

diperoleh dengan hasil sekuen DNA dari seluruh dunia yang didepositkan pada

database Gen Bank. Analisis BLAST dilakukan secara online pada website NCBI

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Hasil analisis BLAST dari keempat isolat bakteri

saluran pencernaan ikan sepat siam seperti pada gambar di bawah ini:

MI 10 MI 9

MI 5

MI 1

996bp

100bp

39

HASIL BLAST MI 1

HASIL BLAST MI 5

40

Gambar 4.2. Tabel hasil analisis BLAST isolat MI 1, MI 5, MI 9 dan MI 10

HASIL BLAST MI 9

HASIL BLAST MI 10

41

B. Pembahasan

Isolasi dilakukan pada organ saluran pencernaan yaitu lambung dan usus

ikan karena lambung dan usus ikan merupakan saluran pencernaan yang memegang

peranan penting dalam mengubah pakan (senyawa kompleks) menjadi senyawa

sederhana dengan bantuan bakteri. Dari hasil isolasi dan pemurnian didapatkan 10

isolat bakteri yang berbeda berdasarkan pengamatan makroskopik dan mikrosokopik.

Beragamnya karakteristik isolat bakteri yang didapatkan mengindikasikan bahwa

spesies bakteri yang terdapat pada saluran pencernaan ikan berbeda dan beragam.

Variasi jenis mikroflora pada pencenaan ikan dipengaruhi oleh struktur

saluran pencernaan (Watanabe 1986), lingkungan habitat ikan, dan tahapan

perkembangan ikan (Ringgo, 1995). Saluran usus ikan umumnya dihuni oleh

sejumlah besar bakteri heterotrofik, termasuk aerob dan anaerob. Bakteri mikroflora

pencernaan ikan berperan dalam menghasilkan beberapa zat bioaktif, seperti

tetrodotoxin (Noguchi et al, 1987), asam eicosapentaenoic (Yazawa et al, 1988),

biotin (Sugita et al, 1992), vitamin B12 (Sugita et al, 1991) dan zat anti bakteri

(Westerdahl et al, 1991), yang dapat dimanfaatkan oleh ikan. Bahkan hubungan

simbiosis antara ikan dan mikroflora usus sangat erat kaitannya. Pada mamalia

teresterial, mikroflora usus dapat terlibat dalam pencernaan zat makromolekuler

(Mitsuoka, 1980 dalam Sugita et al, 1997)

Menurut Rahayu et. al., (1992), beberapa peneliti melaporkan jumlah bakteri

pada ikan yaitu berkisar antara 102 sampai 106 per cm2 pada kulit, 103 sampai 105 per

gram di dalam insang dan sampai 107 per gram di dalam usus. Pada permukaan tubuh

ikan ditemukan jenis bakteri Pseudomonas sp., Sarcina sp., Serratia sp., Achromobacter

42

sp., Flavobacterium sp., Micrococcus sp., Vibrio sp. Dan Bacillus sp. Sedangkan pada isi

perut ikan ditemukan jenis bakteri Achromobacter sp., Acinetobacter sp., Aeromonas sp.,

Alcaligenes sp., Enterobacter sp., Flavobacterium sp., Pseudomonas sp.,Xanthomonas

sp., Vibrio sp., Clostridium sp.dan Escherichia coli.

1. Pengamatan Makroskopik Koloni dan Mikroskopik Sel Bakteri Saluran pencernaan Ikan Sepat Siam

Berdasarkan hasil yang diperoleh dari pengamatan makroskopik koloni bakteri

untuk 10 isolat dapat dilihat pada tabel 4.1. MI 1 memiliki karakteristik makroskopik

koloni yaitu ukuran koloni sedang dengan bentuk koloni circular, berwarna putih susu,

memiliki elevasi datar, tepian koloni Curled dan permukaan koloni kasar. MI 2 memiliki

ukuran koloni kecil, bentuk koloni irreguler dengan warna koloni kuning, elevasi datar,

tepian koloni lobate dan permukaan koloni halus mengkilap. Isolat dengan kode MI 3

memiliki ukuran koloni, bentuk, warna dan elevasi yang sama dengan MI 2 hanya saja

memiliki tepian koloni endulate dan permukaan koloni yang berkerut. MI 4, MI 5, MI 6,

MI 7 dan MI 8 memiliki ukuran bentuk, elevasi, tepian dan permukaan yang sama yaitu

ukuran koloni yang kecil bentuk koloni Circular, elevasi koloni datar dengan tepian

Entire dan permukaan yang halus mengkilap dan warna koloni yang dimiliki dari

keempat isolat tersebut berbeda MI 4, MI 6, MI 7 dan MI 8 memiliki warna koloni

kuning sedangkan MI 5 berwarna putih susu. Untuk kode isolat MI 9 memiliki ukuran

koloni seperti titik, bentuk koloni circular dengan warna koloni putih, elevasi datar,

tepian koloni entire dan permukaan koloni halus mengkilap sedangkan MI 10 memiliki

ukuran koloni sedang, bentuk koloni irreguler dengan warna koloni kuning bening,

elevasi datar, tepian koloni curled dan memiliki warna koloni yang sama dengan MI 9

yaitu permukaan koloni halus mengkilap

43

Pengamatan mikroskopik sel dapat dilihat pada tabel 1.2. Menunjukkan

bahwa salah satu dari 10 jumlah isolat hasil pewarnaan Gram kode isolat MI 1

merupakan bakteri Gram positif dan yang lainnya adalah Gram Negatif. Menurut

Pelczar dan Chan (1986) mekanisme pewarnaan gram berdasarkan pada struktur dan

komposisi dinding sel bakteri. Bakteri Gram negatif memiliki dinding sel yang tipis

dan komposisi lipid yang tinggi yaitu 11-22%. Sedangkan bakteri gram positif

memiliki dinding sel yang tebal dan hanya memiliki kandungan lipid sebesar 1-4%.

Bakteri Gram negatif memiliki kandungan lipid yang tinggi dan dinding sel yang tipis

sehingga ketika mendapat perlakuan alkohol pada proses pewarnaan gram

menyebabkan terekstraksinya lipid sehingga memperbesar daya rembes

(permeabilitas) dinding sel. Hal ini menyebabkan warna Ungu Kristal-Yodium (UK-

Y) terekstraksi sehingga organisme Gram negatif kehilangan warna tersebut.

Sedangkan warna ungu pada bakteri Gram positif setelah mendapat perlakuan

pewarnaan gram dikarenakan oleh rendahnya kandungan lipid pada dinding sel

sehingga lipid menjadi terdehidrasi selama perlakuan alkohol. Ukuran pori-pori

mengecil, permeabilitasnya berkurang dan kompleks UK-Y tidak dapat terekstraksi

(Pelczar dan Chan, 1986)

Selain itu Pelczar dan Chan (1986) juga menjelaskan bahwa warna merah

pada sel bakteri Gram negatif juga disebabkan oleh sedikitnya kandungan

peptidoglikan pada dinding sel. Peptidoglikan bakteri Gram negatif mempunyai

ikatan silang yang jauh kurang ekstensif dibandingkan dengan yang dijumpai pada

dinding bakteri Gram positif. Hal ini menyebabkan pori-pori pada peptidoglikan

bakteri gram negatif tetap cukup besar sekalipun setelah perlakuan etanol sehingga

44

memungkinkan terjadi ekstraksi UK-Y pada bakteri gram positif, setelah perlakuan

etanol, kompleks UK-Y terperangkap di dalam dinding, yang tampaknya mengurangi

diameter pori-pori pada peptidoglikan dinding sel.

Pada Tabel 4.2 juga dapat dilihat bahwa bentuk sel isolat bakteri yang

diamati memiliki bentuk sel coccus dan bacil. Menurut Dwijoseputro (2005), bakteri

memiliki bentuk sel batang (coccus), bulat (bacil), dan bengkok (spiril). Bentuk sel

bakteri sangat penting dalam mencirikan morfologi suatu spesies (Pelczar dan Chan,

1986).

2. Identifikasi Molekuler Bakteri Saluran pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

Secara umum penggunaan teknik molekuler untuk tujuan identifikasi suatu

organisme mempunyai keunggulan yang lebih akurat, lebih cepat, dan untuk mikroba

dapat mencakup keseluruhan mikroba termasuk yang “viable but not yet culturable”.

Dalam proses identifikasi molekuler mikroorganisme, ada 3 proses utama yang paling

dasar yaitu estraksi DNA, ampifikasi dan elektroforesis serta tahap paling penting

yaitu sequensing. Pada tahap estraksi terjadi pemisahan benang-benang DNA dengan

komponen sel yang lain. Isolasi/estraksi DNA diperoleh dengan cara merusak atau

memecahkan dinding sel sehingga DNA akan keluar dari dalam sel. Pada metode

boiling, pemanasan tinggi selama beberapa menit akan menyebabkan peningkatan

permeabilitas dinding sel yang berakibat pada masuknya cairan dan materi lain di

sekitar sel dan keluarnya materi-materi dari dalam sel. Suhu tinggi juga bermanfaat

untuk inaktifasi enzim, terutama DN-ase yang dapat merusak DNA. Suhu yang

digunakan dan lamanya pemanasan tergantung sampel yang digunakan. Pada

45

penelitian ini, pemanasan dilakukan pada suhu 60oC selama 5 menit seperti yang

tertera pada manual prosedur geneaid.

Proses estraksi DNA yang dilakukan memacu pada pedoman instruksi

manual oleh geneaid dengan menggunakan PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit. Di

dalam prosedur manual ini ada beberapa proses penting dalam estraksi yaitu preparasi

sampel, lisis sel, pengikatan DNA, pencucian dan elusi. Kit komersial PrestoTM Mini

gDNA Bacteria Kit menggunakan prinsip mini column atau fitrasi DNA. Pertama

dinding sel dihancurkan. Untuk bakteri gram (+) buffer yang telah ditambahkan

lysozyme sedangkan untuk bakteri gram negatif menggunakan gram (-) buffer dan

proteinase K. Sel dilysis menggunakan lysis buffer (buffer GSB) Geneaid. DNA

diendapkan dengan etanol absolut 96%, difilter dan dicuci dengan washing buffer

(buffer W1 atau buffer wash). Terakhir, DNA dilarutkan dalam elution buffer.

Estraksi DNA dengan mini column merupakan metode estraksi yang paling umum

dilakukan karena hasil yang didapatkan sangat baik dalam waktu yang tidak lama dan

biaya yang lebih murah.

Bahan yang digunakan pada penelitian ini memiliki fungsi yang berbeda-

beda. gram (+) buffer yang telah ditambahkan lysozyme berfungsi khusus untuk

menghancurkan dinding sel bakteri gram positif, penambahan buffer bertujuan untuk

menjaga keadaan pH tetap stabil sehingga DNA tidak rusak selama pengerjaan.

Proteinase K yang berfungsi menghancurkan komponen sel (terutama protein) dan

gram (-) buffer fungsinya khusus untuk menghancurkan dinding sel bakteri gram

negatif. GSB Buffer berfungsi untuk melisiskan sel bakteri. Etanol absolut digunakan

untuk mengendapkan atau pemekatan DNA. Wash buffer digunakan untuk

46

membersihkan DNA dan pengotor lain. Marker DNA yang terdapat dalam gel

eletroforesis berfungsi untuk mengetahui ukuran DNA hasil ampifikasi dan sebagai

penanda posisi molekul DNA yang bermigrasi untuk menentukan perkiraan ukuran

basa-basanya. Loading dye berfungsi sebagai pemberat agar tidak keluar dari sumur

agar elektroforesis. Etidium bromide sebagai pewarna DNA. 2x KAPA2G Fast Ready

Mix PCR Kit merupakan master mix PCR komersial yang didalamnya terkandung

Taq DNA Polymerase, PCR buffer, MgCl2, dNTP dan ddH2O. Master mix PCR

komersial ini berfungsi sebagai komponen atau campuran DNA template yang akan

diampifikasi menggunakan mesin PCR. Primer forward berfungsi untuk meginisiasi

sintesis untai DNA dari ujung 5’---------3’ sedangkan primer Reverse berfungsi untuk

menginisiasi untai DNA dari ujung 3’--------5’.

Hasil isolasi genomik DNA kemudian diamplifikasi dengan PCR sebanyak

40 siklus. Untuk mengetahui ukuran produk hasil ampifikasi maka dilakukan

elektroforesis selama 40 menit 100 volt pada gel agarose dengan konsentrasi 2%.

Dari hasil elektroforesis ke empat sampel dapat dilihat pada Gambar 4.1. berdasarkan

Gambar 4.1 terlihat bahwa proses purifikasi terlihat pita tunggal pada daerah 996bp

hal ini mengindikasikan bahwa fragmen gen yang teramplifikasi dengan ukuran

996bp menunjukkan hasil positif, sehingga dapat disimpulkan bahwa proses

ampifikasi keempat bakteri saluran pencernaan berhasil dilakukan. Target yang telah

dicapai ini cukup untuk melakukan identifikasi spesies bakteri tersebut. Selanjutnya,

hasil dikirim PT. Genetika Science Indonesia yang kemudian akan dikirim ke 1st

BASE sequensing INT di Malaysia untuk pemetaan pasang basa yang berhasil

47

diamplifikasi. Hasil yang diperoleh selanjutnya dianalisis pada Gen Bank

menggunakan analisis BLAST.

Hasil analisis BLAST dari keempat isolat bakteri saluran pencernaan dapat

dilihat pada gambar 4.3 menunjukkan bahwa spesies isolat MI 1 adalah bakteri

Bacillus cereus strain VITSN04 dengan nilai maximum score 1275, total score 1275,

Query coverage 95% dan identities 99%. Spesies isolat MI 5 Kluyvera cryocrescens

adalah bakteri strain KUDC1771 dengan nilai maximum score 1727, total score 1727,

Query coverage 75% dan identities 97%. Spesies isolat MI 9 Pantoea septica adalah

bakteri strain IHB B 1545 dengan nilai maximum score 1692, total score 1692, Query

coverage 96% dan identities 99%. Sedangkan Spesies isolat MI 10 Alcaligenes sp.

adalah bakteri strain ACS1 dengan nilai maximum score 638, total score 638, Query

coverage 82% dan identities 84%.

a. Bacillus cereus

Bacillus cereus merupakan bakteri yang terlibat dalam pembusukan

makanan. Dari hasil penelitian terdahulu, menunjukkan bahwa B. cereus membentuk

spesies yang umumnya ditemukan dalam usus hewan dan serangga. Bacillus

umumnya diisolasi dari ikan dan krustasea, serta udang dan ditemukan dalam

mikroflora insang, kulit dan saluran pencernaan (Cutting, 2006).

Menurut penelitian yang dilakukan oleh Mohan dan Palavesam (2012)

Bacillus cereus yang diisolasi dari saluran pencernaan ikan menunjukkan aktivitas

tertinggi pada kisaran pH 7 dan pada temperatur 37oC sedangkan berdasarkan

kandungan lipid di dalam substrat yang menunjukkan aktivitas tertinggi yaitu pada

konsentrasi 1%. B. cereus ditemukan memiliki bentuk koloni dengan tepian seperti

48

cambuk atau silia, elevasi rata dan berwarna putih. Menurut Holt dkk., (1994), B.

cereus memiliki koloni besar, kasar, datar, tidak teratur dengan tepian seperti

cambuk, putih dengan penampilan berbintik-bintik. Variasi lain yaitu tipis dan

menyebar, kasar, halus dan padat (Ernawati, 2015)

Bacillus cereus adalah bakteri gram positif, berbentuk batang dan termasuk

bakteri aerobik atau anaerob fakultatif yang berarti bakteri tersebut tidak memerlukan

oksigen atmosfer, namun tumbuh lebih baik dalam lingkungannya, bersifat motil,

membentuk spora, dan bakteri tersebut didistribusikan secara luas di lingkungan. B.

cereus selalu dikaitkan terutama pada keracunan makanan, dan sering dilaporkan

menjadi penyebab infeksi saluran non-gastrointestinal yang serius dan berpotensi

fatal (Edwar J, 2010).

Menurut NCBI (2016) Klasifikasi dari bakteri Bacillus cereus sebagai

berikut:

Kingdom : Bacteria

Phylum : Firmicutes

Class : Bacilli

Order : Bacillales

Family : Bacillaceae

Genus : Bacillus

Species : Bacillus cereus

b. Kluyvera cryocrescens

Kluyvera adalah genus yang relatif baru dalam family Enterobacteriaceae

yang jarang menyebabkan infeksi pada manusia. Bakteri tersebut telah diisolasi dari

49

berbagai spesimen klinis, namun signifikasinya belum jelas. Bahkan, telah dianggap

sebagai bakteri yang bersifat saprofit, oportunistik, atau patogen. Genus bakteri

tersebut diredefinisi pada tahun 1981 (Public Healt England, 2015)

Kluyvera telah dilaporkan sebagai hasil kultur dari kelompok Enterik 8 Sejak

tahun 1977 dan di sekitar tahun 1978, (B.H.) melihat bahwa reaksi biokimia

kelompok Enterik 8 hampir identik dengan sekelompok bakteri yang telah ditemukan

di Jepang yang diberi nama Kluyvera kemudian bakteri tersebut dimasukkan ke

dalam genus Escherichia. Pada 1 Januari 1980 kemudian dilaporkan Kluyvera

sebagai kelompok Enterik 8 dan membandingkan strain yang lainnya dengan strain

Kluyvera, atas dasar kemiripan DNA, hibridization, reaksi biokimia dan kerentanan

antibiotik, kemudian Kluyvera di kenal sebagai genus baru pada family

Enterobacteriaceae dengan dua spesies K. ascorbata dan K. cryocrescens ( J.J.

Farmer, 1981).

Spesies dari Kluyvera cryocrescens “cryocrescens” berasal dari kata “kryos”

menunjukkan kata sifat “cold” dan “crescens” berasal dari bahas latin yang berarti

“growing”. Sehingga Kluyvera cryocrescens dikatakan sebagai bakteri yang hanya

tumbuh pada suhu dingin karena dapat tumbuh dan melakukan fermentasi glukosa

pada suhu 5oC.

Kluyvera cryocrescens adalah bakteri gram negatif, bersifat motil, dan

memilik tipe flagella peritrik, tumbuh dengan baik pada suhu 37 oC dan beberapa

spesies bakteri pula dapat tumbuh antara suhu 25oC – 30oC (Public Healt England,

2015). Menurut Juan C (2001) Bakteri Kluyvera dibedakan dari genus terkait dengan

kemampuannya untuk menggunakan sitrat, malonat, lisin dekarboksilasi, dan

50

ornithine untuk menghasilkan sejumlah besar asam ofα-ketoglutarat selama

fermentasi glukosa. Kluyvera tumbuh baik dalam media kultur biasa, dan koloni-

koloninya hampir mirip dengan Escherichia. Kluyvera hadir dalam lingkungan

sebagai organisme yang hidup bebas dalam air, tanah, limbah rumah sakit dan produk

makanan yang berasal dari hewan. Pada manusia, biasanya diisolasi dari sputum,

urine, dan sampel tinja. Kluyvera juga merupakan bagian dari flora normal pada

saluran pencernaan manusia (J.J Farmer, 1981).

Menurut NCBI (2016) klasifikasi dari bakteri Kluyvera cryocrescens sebagai

berikut:

Kingdom : Bakteri

Phylum : Proteobacteria

Class : Gammaproteobacteria

Order : Enterobacteriales

Family : Enterobacteraceae

Genus : Kluyvera

Species : Kluyvera cryocrescens

c. Pantoea septica

Genus Pantoea bakteri terdiri dari banyak spesies serbaguna yang telah

diisolasi dari banyak lingkungan. Pantoea digambarkan sebagai genus sekitar 25

tahun yang lalu tetapi sejak itu, sekitar 20 spesies telah diidentifikasi memiliki

keragaman karakteristik berbeda (Alyssa M, 2015). Berdasarkan hasil penelitian B.

Austin (2006) menemukan 41 genus kultur bakteri mikroflora yang telah di

sequensing menggunakan marka 16s rRNA pada saluran pencernaan dan lendir usus

51

ikan Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) dan termasuk di dalamnya adalah genus

Pantoea dari family Enterobacteriaceae. Bakteri Enterobacteriaceae ditemukan di air,

tanah, dan saluran pencernaan manusia dan hewan. Awalan entero- mengacu pada

gastrointestinal (GI) saluran. Dengan demikian, nama Enterobacteriaceae

menyiratkan bahwa anggota dari family ini adalah bakteri yang memiliki hubungan

dengan saluran pencernaan.

Pantoea septica merupakan bakteri gram negatif batang pendek tidak

memiliki spora, berukuran 0,9 x 1,5 - 3.0 bentuk koloni bulat, cembung dan memiliki

permukaan yang halus, bersifat motil, hidup pada kisaran suhu 37oC – 45oC dan

termasuk bakteri aerobik, berkoloni tunggal bahkan berpasangan (Carrie Louise,

2008).

Menurut NCBI (2016) klasifikasi dari bakteri Pantoea septica sebagai

berikut:

Kingdom : Bakteri


Class : Gammaproteobacteria

Order : Enterobacteriales

Family : Enterobacteraceae

Genus : Pantoea

Species : Pantoea septica

d. Alcaligenes sp.

Alcaligenes sp adalah family dari Alcaligenaceae (De Ley et al., 1986), yang

berafiliasi dengan "Betaproteobacteria." Yang berarti genus lain dari family ini,

52

meskipun tidak semua dijelaskan secara resmi sebagai anggota familinya yaitu

Achromobacter, Bordetella, Kerstersia, Pigmentiphaga. Alcaligenes sp adalah bakteri

Gram negatif, berbentuk batang, bersifat aerobik dan mempunyai tipe flagella peritrik

yang memungkinkan untuk bergerak (motil) pada tubuhnya. Dengan diameter 0,5 -

1,0 um x 0,5 - 2,6 m. Mikroba tersebut tumbuh optimal pada suhu antara 20-37° C

(Hans Jurgen, 2006)

B. Austin (2006) dalam penelitiannya menemukan bakteri Alcaligenes sp

pada ikan yang diisolasi dari danau dan pada ikan laut, Genom DNA telah diisolasi

dari isi usus dan lendirnya yang digunakan untuk menghasilkan 104 random klon dan

kebanyakan dari bakteri tersebut berafiliasi dengan Proteobacteria (>70% dari total

keseluruhan) ini membuktikan bahwa Alcaligenes sp mungkin saja termasuk dalam

bakteri mikroflora pada saluran pencernaan ikan walaupun bukan merupakan family

Enterobacteriaceae.

Menurut NCBI (2016) klasifikasi dari bakteri Alcaligenes sp. sebagai

berikut:

Kingdom : Bakteri


Class : Betaproteobacteria

Order : Burkholderiales

Family : Alcaligenaceae

Genus : Alcaligenes

Species : Alcaligenes sp.

53

BAB V

PENUTUP

A. Kesimpulan

Adapun kesimpulan dari penelitian ini adalah sebagai berikut:

1. Jumlah isolat yang didapatkan dari saluran pencernaan ikan Sepat Siam

(Trichogaster pectoralis) adalah 10 jenis.

2. Ciri mikroskopik 4 isolat bakteri yang terpilih MI 1 adalah memiliki ukuran

sedang, bentuk Circular, berwarna putih susu, elevasi Flat, tepian Curled dan

memiliki permukaan yang kasar. MI 5 memiliki ukuran koloni yang kecil, bentuk

Circular, berwarna putih susu, elevasi Flat, tepian Entire dan memiliki permukaan

yang halus mengkilap. MI 9 memiliki ukuran koloni seperti titik, bentuk Circular,

berwarna putih, elevasi Flat, tepian Entire dan memiliki permukaan yang halus

mengkilap. Sedangkan MI 10 memiliki ukuran koloni sedang, bentuk Irreguler,

berwarna kuning bening, elevasi Flat, tepian Curled dan memiliki permukaan yang

halus mengkilap. Ciri mikroskopik 4 isolat tersebut adalah MI 1 memiliki bentuk sel

Basil dengan sifat Gram Positif (+), MI 5, MI 9 dan MI 10 memiliki sifat Gram yang

sama yaitu Gram Negatif (-) dengan bentuk sel MI 5 dan MI 9 yaitu Basil dan MI 10

adalah Sterptococcus.

3. Empat nama isolat bakteri yang telah disequensing adalah kode isolate MI 1

adalah spesies Bacillus cereus, MI 5 adalah spesies Kluyvera cryocrescens, MI 9

adalah spesies Pantoea septica dan MI 10 adalah spesies Alcaligenes sp.

54

B. Saran

Adapun saran dari penelitian ini adalah sebaiknya pada penelitian selanjutnya

dilakukan identifikasi disemua bagian tubuh ikan Sepat Siam (Trichogaster

pectoralis) untuk melihat perbedaan mikroflora yang ada pada bagian tubuh tersebut.

55

KEPUSTAKAAN

Achjar, M. Perikanan Darat. Cetakan Ke Sepuluh. Bandung : CV. Sinar Batu, 1986.

Affandi, R. 2005. Studi Kebiasaan Makan Ikan Gurami (Osphronemus gouramy

Lac.). Jurnal Ilmu-Ilmu Peprairan dan Perikanan Indonesia. 1-56-57.

Agustono. 2012. “Strategi Bakteri Probiotik Untuk Menekan Pertumbuhan

Bakteri Patogen Didalam Pencernaan Kerapu (Chromileptes altivelis) Dengan Memproduksi Beberapa Bakterial Substansi”. Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Vol. 4 (2).

Alamsjah, Z. Ichthyologi I. Bogor: Departemen Biologi Perairan. Fakultas

Perikanan. Institut Pertanian Bogor, 1974. Alyssa M. “Pantoea: insights into a highly versatile and diverse genus within the

Enterobacteriaceae. Federation of European Microbiological Societies, 2015.

Angga K. “ Palatabilitas dan pertumbuhan sidat Anguilla marmorata dengan

pemberian atraktan tepung Cumi dan tepung udang rebon”. Bogor: IPB, 2013.

Aslamyah, Siti. Penggunaan Mikroflora Saluran Pencernaan Sebagai Probiotik

Untuk Meningkatkan Pertumbuhan dan Kelangsungan Hidup Ikan Bandeng (Chanos chanos)” Bogor: Institut Pertanian Bogor, 2006.

Aslamsyah, Siti dkk. 2009. Mikroflora Saluran Pencernaan Ikan Gurame

(Osphronemus gouramy). Jurnal Ilmu Kelautan dan Perikanan Universitas Hasanuddin vol.19 (1).

Bambang Sutrisno dan Yuli Purwandari K. “ Lesi patologik organ dan jaringan

ikan nila (Oerochromis niloticus) yang diinfeksi bakteri Staphylococcus sp.” Yogyakarta: Universitas Gadja Mada, 2004.

Bairagi, A., GK.Sarkar., SK. Sen and AK. Ray. 2004. Evaluation of the nutritive

value of Leucaena leucocephala leaf meal, inoculated with fish intestinal bacteria Bacillus subtilus and Bacillus circulans in formulated diets for rohu, Lobeo rohita (Hamilton) fingerlings. Aquaculture Research, 35: 436-446.

56

BKPMD, “Kondisi Geografis wilayah Sulawesi Selatan” http://bkpmd.sulselprov.go.id, 2015 (Diakses tanggal 20 Desember 2015).

B. Austin. 2006. “The bacterial microflora of fish”. Journal Science. World J.

Vol 6, 931-945. Carrie Louise Brady. “Taxonomic evaluation of the genus Pantoea Based on a

multigene approach”. The Faculty of natural and Agricultural Sciences University Of Pritoria. Tesis. 2008.

Cheikh Ibrahima. 2015. “Genome sequence and description of Pantoea septica

strain FF5”. Journal of Standards in Genomic Sciences. Vol 10:103. Cholik, et al. Pengelolahan Kualitas Air Kolam Ikan. Jakarta: UNFISH dan

IDRC, 1986. Clement, K.D. 1997 “Fermentation and gastrointestinal microorganism in

fishes”. In: Mackei, R.I., B.A.Withe, R.E.Isaccson (Ed), Gatrointestinal Microbiology, Vol 1, Chapman and Hall Microbiology Series, New York: International Thomson Publishing, pp 156-198.

C.N Ariole. 2013. Bacterial Flora Associated with Intestine of Tropical Estuarine Fish Species. Journal of Chemical, Biological and Physical Sciences.Vol. 4, No. 1; 209-215.

Conroy, DA. 1966. “A reporton the problem of bacterial fish disease in the

Argentina Republic”. Bull. Of int:. Epizootic65 (576)

Cutting, S. “Bacterial Spore Formes as Probiotics”. Journal Research and Development. 2006 hal.14 (6).

Darmayasa I.B.G. 2008. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Pendegradasi Lipid

(Lemak) pada Beberapa Tempat Pembuangan Limbah dan Estuari DAM Denpasar. Jurnal Bumi Lestari. Vol 8 (2): 122-127.

Djajasewaka,. “Pakan Ikan (Makanan Ikan)”. Jakarta: Yasaguna, 1985. Dunham RA. Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach.

USA: CABI Publishing Cambridge, 2004. P. 85-99. Edwar J Bottone. “Bacillus cereus, a Volatile Human Pathogen”. Journal of

Clinical Microbiology Rev. 2010 Apr; Vol 23(2): 382–398

57

Effendie, M.I. “Biologi Perikanan”. Yogyakarta: Yayasan Pustaka Nusatama,

1997.

Ernawati. “Asai Bakteri Potensial Probiotik dari ikan Gurame (Osphronemus gouramy Lac) Dalam Menghambat Pertumbuhan Bakteri Aeromonas hydrophila”. Skripsi. Universitas Sumatera Utara, Medan, 2015.

Fardiaz, S. “Petunjuk Laboratorium”.Analisis mikrobiologi Pangan, .Bogor:

pusat antar universitas pangan dan gizi, direktorat jendral pendidikan tinggi departemen pendidikan dan kebudayaan, Institute pertanian Bogor, 1992.

Farmer JJ III, Davis BR, Hickman-Brenner FW, et al. 1985. “Biochemical identification of new species and biogroups of Enterobacteriaceae isolated from clinical specimens”. Journal Clinic Microbiologi. Vol 21:46-76.

Feliatra E dan Suryadi E. 2004.“Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik dari Ikan Kerapu Macan (Ephinephelus fuscogatus) dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan”.Jurnal Natur Indonesia. Vol 6(2): 75-80.

Gaby Stephani. 2014. “Jumlah total bakteridalam saluran pencernaan ikan gurami (Osphronemus gouramy) dengan pemberian beberapa pakan komersial yang berbeda”. Jurnal Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga, Vol: 6 No.1.

Ghufran H. “Pakan Ikan Formulasi, Pembuatan dan Pemberian”Jakarta:PT.

Perca, 2004. Ghufran H, Kordi K, M.. Panduan Lengkap Memelihara Ikan Air Tawar Di

Kolam Terpal. Yogyakarta: ANDI OFFSET, 2010. Hal 142.

Hans Jurgen. “Achromobacter, Alcaligenes and Related Genera”. Volume 5: Proteobacteria: Alpha and Beta Subclasses. Springer New York, 2006.

Holt JG, Krieg NR, Sneath PH, Staley JT & Williams ST .Bergey’s manual of

determinative bacteriology, 9th edition. Baltimore, Md: The Williams & Wilkins Co, Pp 787. 1994.

Irfan, Mohkamad. “Isolasi dan enumerasi bakteri tanah gambut di perkebunan

kelapa Sawit PT. Tambang hijau kecamatan Tambang kabupaten Kampar”. Jurnal Agroteknologi, Vol. 5 No. 1.

58

Irianto, A. Patologi Ikan Teleostei. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press, 2005.

Irianto, Koes. Mikrobiologi Jilid 1. Bandung: Yrama Widya, 2006.

Jangkaru, Z., R. Djajadireja. “Peneltian ikan mas secara Intensif dalam kolam air deras”. LPPD: Bogor. 1976.

Juan C. 2001.“Infections Caused by Kluyvera Species in Humans” Oxford Juornal. Volume (33) 69-74.

Khairul Amri, S.Pi, MSi, dan Khairuman, S.P. “Buku Pintar Budidaya 15 Ikan

Konsumsi”. Jakarta: Agromedia pustaka, 2008. Kuzmina, W. 1996. Influence of age on digestive enzyme activity insome

freshwater teleostei. Aquaculture, 148:25-37. Lesel, R. ”Thermal effects on bacterial flora in the gut of rainbow trout

and african catfish”. 1990. In: Lesel, R (Ed): Microbiology in Poecilotherms.Elsevier, Amsterdam, pp 33-38.

Naidah, Naing,.“Kearifan Lokal Tradisional Masyarakat Nelayan Pada

Pemukiman Mengapung Di Danau Tempe Sulawesi Selatan”Teknosains 1 no. 1 (November 2009): 22.

NCBI. “Taxonomy of Bacteria” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68042481

(Diakses pada tanggal 28 Mei 2016). Noguchi et al. 1987. “ Vibrio alginolyticus, a tetrodotoxin-producing bacterium,

in the intestines of the fish Fugu vermicularis vermicularis. Journal of Marine Biology Vol 94, hal. 625-630.

Micheli MR, Bova R, Pascale E, D’Ambrosio E. 1994. Reproducible DNA

fingerprinting with the random and polymorphic DNA (RAPD) method. Journal Nucleic Acid Research Vol 22 (10) : 1921-22.

Muhammad, Abdullah Bin. “Tafsir Ibnu Katsir Jilid 1”. Bogor: Pustaka Imam Asy-

Syafi’i, 2004. Murjani. 2009. Budidaya Ikan Sepat Rawa (Trichogaster trichopterus) Dengan

Pemberian Pakan Komersil. Skripsi. Fakultas perikanan Universitas lambung mangkurat.

Mohan T dan Palavesam A. 2012. Optimization of Lipase by Bacillus Cereus

Isolated From Fish Gut. International Conference on Biological and

59

Life Sciences IPCBEE. Singapore. Journal of oceanology singapore. Vol 3(4): 29.

Moriarty, D.J.W “Control of luminous Vibrio species in penaeid aquaculture

ponds”. 1998 Aquaculture 164: 351-358. Ortanez,A.K. 2008. “Trichogaster sp”. http:// www. fishbase. org/ Summary/

Species Summary. Php (diakses tanggal 2 Juni 2016). Parker, R.B. 1974. “Probiotics, the other half of the antibiotic story”. Journal of

Animal Nutrition Health. Vol 29: 109-121. Pelczar, M.J.Jr. and E.C.S. Chan. “Dasar-Dasar Mikrobiologi” (diterjemahkan

dari bahasa Inggris oleh Hadioetomo, R.S.,T. Imas, S.S.Tjitrosomo & S.L.Angka). Volume ke-1,2. Jakarta: UI Press, 1986.

Pelezar, M.J. and Ried, R.D., “Mikrobiology” London: McGraw-Hill Book

Company Inc., New York, Toronto, 1985. Public Healt England. “Identification Of Enterobacteriaceae”. England: Standar

Unit Microbiology Services, 2015. Raharjo, M.F. 2007. “Perubahan musiman makanan ikan tiga waja, Otolithers

ruberBI,Sch (Pisces: Scianenidae) di perairan pantai mayangan”,Jawa barat. Ichtyos 22 no. 15 (Agustus: 2012): 59-62.

Rahayu, W.P.“Teknologi Fermentasi Produk Perikanan”. Bogor : Pangan dan

Gizi IPB. 1992.

Radiopoetra, Zoologi. Jakarta: Erlangga, 1978. Rasyid, Sulaiman H. “ Fikih Islam”. Bandung: Sinar Baru Algensindo, 1994. Ringo. 1999 “Intestinal microflora of fish larvae and fry” Department of Arctic

Veterinary Medicine, Norwegian College of Veterinary Medicine. Aquaculture, Vol. 30, pp.73-93.

Ringo E., Strom E. & Tabachek J.- A. 1995. “Intestinal microflora of salmonids:

a review”. Aquaculture Research 26, 773—789. Saanin, H. Taksonomi dan Kunci Identifikasi Ikan. Jakarta: Bina Cipta, 1968. Sakata, T. 1990 “Microfora in the digestive tract of fish and shellfish”. In :Lesel,

R. (Ed), Microbiology in Poecilotherms, Elsevier, Amsterdam, pp 171-176.

60

Samuel, Safran Makmur “Karakteristik Biologi Beberapa Jenis Ikan Introduksi

Di Danau Tempe Sulawesi Selatan” KSI-26 (Oktober 2011): 1-2. Schaperclaus, W., 1992 “Fish Disease” Balkema, Roterdam. Journal Vol. 1, A.A.

hal. 583. Shawn P. 1997. Diseases of Fish. Disease in Nature part 10 Aquarium.net

Article Index (0897).http://www.reefs.org/library/aquarium_net /0897/0897_4.html (Diakses tanggal 21 Desember 2015).

Simatupang Nova F. “Karakterisasi Ragam Genetik Ikan Sepat (Trichogaster

Pectoralis) Berdasarkan Analisis Rapd (Random Amplified Polymorphic DNA) Dan Morfometrik” Skripsi Fakultas perikanan dan ilmu kelautan. Bogor: Institut Pertanian Bogor, 2012.

Stickney R. R. & Shumway S.E. 1974 “Occurrence of cellulase activity in the

stomachs of fishes”. Journal of Fish Biology. Vol 6.779—790.

Sugita H, Kawasaki J dan Deguchi Y. 1997.“Production of Amylase by the Intestinal Microflora in Cultured Freshwater Fish.Departemen of marine science of Resources, Nihon University, Fujisawa, Kanagawa, Japan. Journal of society for applied bacteriology. Vol 24 (105-108).

Sugita H, Miyajima, C dan Deguchi Y. 1991. “ The Vitamin B12 – Producting ability of the intestinal microflora of Freshwater Fish. Journal Aquacultur Vol 92. (267-276).

Sugita H,. Takashi, J and Duguchi, Y. 1992. “ Production and Comsumption of biotin by intestinal microflora of cultured freshwater fishes”. Journal Bioscience, Biotechnology and Biocemistry. Vol 86 (1678-1679).

Sylvia Y, Muliawan, DR. “Bakteri Anaerob Yang Erat Kaitannya Dengan Problem Di Klinik” Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC, 2007.

Tamura, et al. 2011. MEGA 5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using

Maximum Likelihood, Evolutionary Distance and Maximum Parsimony Methods. Journal Mol. Biol. vol.10.1093.

Tatang, Supandi. “Mikrobiologi Pangan, Teori dan Praktik”. Yogyakarta: C.V

Andi Offset, 2014 (hal.61). Tillman, A. D., H. Hartadi,dkk. “Ilmu Makanan Ternak Dasar”. Yogyakarta:

Gadjah Mada University Press, 1998.

61

Tengjaroenkul, B., BJ. Smith.,dkk. 2000. “Distribution of intestinal enzyme activities along the intestinal tract of cultured Nile tilapia, Oreochromis niloticus L”. Aquaculture 182: 317-327.

Vadstein, O. 1997. “The Use Of Immunostimulation In Marine Larviculture:

Possibilities And Challenges”. Jurnal Norwegian University of Science and Technology, Volume 155:401-407.

Varvarigos, P. 2001. “Gram positive cocco-bacteria (Micrococcaceae,

Streptococcaceae) causing systemic disease in intensive farmed fish in greece”. http://www.vetcare.gr/Gram positive cocci.htm.

Waluyo, Lud. Teknik Metode Dasar Mikrobiologi. Malang: Universitas

Muhammadyah Malang, 2008. Watanabe K., Sezaki K., Yazawa K. & HinoA. 1992 “Nutritive fortification of

the rotifer Brachionus plicatilis with eicosapentaenoic acid-producing bacteria”. Journal Nippon Suisan Gakkaishi Vol 58 (271—27).

Watson, K, A., Kaspar, H., Lategan, M.J., Gibson, L. 2008. Probiotics in

aquaculture: The need, principles and mechanisms of action and screening processes. Aquaculture, Vol. 274. No.1, pp.1-14.

WA Jimoh. 2014. Microbial flora of the gastro-intestinal tract of Clarias

gariepinus caught from river Dandaru Ibadan, Nigeria. Sokoto Journal of Veterinary Sciences. Volume 12 (No. 2).

Westerdahl A., Olsson J.C., Kjelleberg S. & Conway P.L. 1991. “Isolation and

characterization of turbot (Scophthalmus maximus) — associated bacteria with inhibitory effects against Vibrio anguillarum”. Applied and Environmental Microbiology 57,2223—2228.

Wiwi Isnaeni. Fisiologi Hewan. Yogyakarta: Kanisius, 2006.

Williams JG, et al. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Journal Nucleic Acids Res Vol 18 (22) : 6531-5.

Xue et al. 1999. “ Caracterization of cellulase activity in the digestive system of

the redclaw crayfish (Cherax quadicarinatus). Journal of aquaculture. Vol 180 (373-386).

Quraish Shihab M. “Tafsir Al-Misbah Cetakan Ke Tujuhpuluh Tiga” Jakarta: PT.

Hidakarya Agung, 2004.

62

Yazawa K, et al. 1988. “ Eicosapentaenoic acid productivity of the bacteria isolated from fish intestines”. Journal of Nippon Suisan Gakkaishi Vol 54, hal. 1835-1838.

Zonneveld, et al. “Prinsip-prinsip budidaya Ikan”. Jakarta: PT Gramedia, 1991.

63

LAMPIRAN-LAMPIRAN

Lampiran 1. Skema Penelitian

ESTRAK ORGAN SALURAN PENCERNAAN IKAN

ISOLASI BAKTERI MIKROFLORA SALURAN PENCERNAAN IKAN

KARAKTERISASI BAKTERI MIKROFLORA SALURAN

PENCERNAAN

IDENTIFIKASI SECARA MOLEKULER

SPESIES BAKTERI MIKROFLORA SALURAN

PENCERNAAN

64

Lampiran 2. Alur Kerja Penelitian

Dilakukan pengenceran sampai 10-8

dan setiap seri pengenceran 10-1, 10-5 dan 10-8. Dan setiap seri pengenceran ditanam pada media NA dengan metode tuang

SAMPELL

Metode Tuang Secara Duplo

Isolat-isolat digores kembali pada media NA dengan menggunakan ose bulat

Pengamatan makroskopik koloni (Bentuk, elevasi dan tepian koloni) dan mikroskopik sel bakteri (bentuk sel dan sifat gram)

STOK BAKTERI

IDENTIFIKASI MOLEKULER

65

Lampiran 3. Pewarnaan Gram Bakteri

Memfiksasi isolat Menambahkan Gram A (Kristal Violet)

2-3 tetes Diamkan selama 1 menit Mencuci dengan aquades mengalir lalu

keringkan

Teteskan isolat dengan Gram B (Iodium) Diamkan selama 1 menit Mencuci dengan aquades mengalir lalu keringkan

Tambahkan Gram C (Etanol 96%) Diamkan selama 30 detik Mencuci dengan aquades mengalir lalu

keringkan

Tambahkan Gram D (safranin) Diamkan selama 30 detik Mencuci dengan aquades mengalir lalu keringkan

Hasil pengecatan Gram dilihat

dibawah Mikroskop

66

Lampiran 4. Alur Kerja Identifikasi Molekuler Bakteri Saluran Pencernaan Ikan Sepat Siam (Trichogaster pectoralis)

ISOLAT BAKTERI TERPILIH

ESTRAKSI DNA

AMPLIFIKASI PCR

( Polymerase Chain Reaction)

ELEKTROFORESIS

SEKUENSING

67

Lampiran 5. Gambar Pengamatan Makroskopik koloni bakteri dari saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis)

MI 1

MI 2

MI 3

MI 4

MI 5

MI 6

MI 7

MI 8

MI 9

MI 10

68

Lampiran 6. Gambar Pengamatan Mikroskopik sel bakteri dari saluran pencernaan ikan sepat siam (Trichogaster pectoralis)

MI 1

MI 2

MI 3

MI 4

MI 5 MI 6

MI 7 MI 8

MI 9

MI 10

69

Lampiran 7. Gambar Perbandingan Urutan Nukleotida

Gambar 7.1. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 1 (Query) dengan bakteri Bacillus cereus strain VITSN04 (Subjct)

Gambar 7.2. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 5 (Query) dengan bakteri Kluyvera cyocrescens strain KUDC1771 (Subjct)

70

Gambar 7.3. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 9 (Query) dengan bakteri Pantoea septica strain IHB B (Subjct)

Gambar 7.4. Perbandingan urutan nukleotida isolat MI 10 (Query) dengan bakteri Alcaligenes sp. ACS1 (Subjct)

71

Lampiran 8. Alat dan Bahan Penelitian

Tahap Pembuatan Medium Tahap Isolasi Bakteri

Tahap Pewarnaan Gram Tahap estraksi

Tahap PCR dan Elektroforesis

Tahap Sequensing (dikirim ke 1st BASE sequensing INT di Malaysia)

72

RIWAYAT HIDUP

ANDI MARWAH BAKRI, lahir di Soppeng, 30

September 1992. Anak kelima dari 12 bersaudara dari

pasangan Drs. H. Andi Muh Bakri dan Hj. Andi

Nawirah. Penulis memulai pendidikan Sekolah Dasar di

SDN 35 Tajuncu pada tahun (2000-2005). Dan

melanjutkan jenjang pendidikan SMP pada tahun (2005-

2008) dan pendidikan SMA pada tahun (2008-2011) di

PON-PES YASRIB LAPAJUNG. Setelah itu, pada tahun 2012 penulis dinyatakan

lulus pada ujian UMM dan akhirnya melanjutkan jenjang studi pada jurusan Biologi

Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar.

Selama tercatat sebagai mahasiswa Biologi, penulis juga aktif tercatat

sebagai anggota bidang Ilmu dan Penalaran HMJ Biologi pada periode 2014 dan

tahun 2015 tercatat sebagai Wakil Sekertaris pada periode 2015, serta tercatat sebagai

asisten praktikum; Biologi Dasar, Biologi Terapan, Biokimia dan Genetika.

ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MIKROFLORA PADA ...repositori.uin-alauddin.ac.id/2034/1/Andi Marwah...

Documents

Transcript of ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MIKROFLORA PADA ...repositori.uin-alauddin.ac.id/2034/1/Andi Marwah...