Adalah gen struktural yang unik pada gen-nya? Jawabannya bisa ambigu. Seluruh panjang gen yang unik seperti itu, tapi ekson yang sering berhubungan dengan dari gen lain. Sebagai aturan umum, ketika dua gen yang terkait, hubungan antara ekson mereka lebih dekat daripada hubungan antara intron. Dalam kasus ekstrim, ekson dari dua gen mungkin kode untuk urutan protein yang sama, tetapi intron mungkin berbeda. Ini menyiratkan bahwa dua gen berasal oleh duplikasi dari beberapa gen leluhur umum. Kemudian perbedaan akumulasi antara salinan, tetapi mereka dibatasi dalam ekson oleh kebutuhan untuk kode untuk fungsi protein.

Seperti yang kita lihat nanti ketika kita mempertimbangkan evolusi gen, ekson dapat dianggap sebagai blok bangunan dasar yang dirakit dalam berbagai kombinasi. Sebuah gen mungkin memiliki beberapa ekson yang terkait dengan ekson dari gen yang lain, tetapi ekson lain mungkin tidak berhubungan. Biasanya intron tidak berhubungan sama sekali dalam kasus tersebut. Gen tersebut mungkin timbul dengan duplikasi dan translokasi ekson individu.

Hubungan antara dua gen dapat diplot dalam bentuk perbandingan dot matrix dari Gambar 2.15. Sebuah titik ditempatkan untuk menunjukkan setiap posisi di mana urutan yang sama ditemukan dalam gen masing-masing. Titik-titik membentuk garis pada sudut 45 X ¢ jika dua urutan yang identik. Line rusak oleh daerah yang kurang kesamaan, dan dipindahkan lateral atau vertikal dengan penghapusan atau sisipan dalam satu urutan relatif terhadap yang lain.

Gambar 2.15 urutan dari amaj mouse dan globin amin gen yang erat kaitannya dalam coding daerah, tetapi berbeda di daerah mengapit intron dan besar. Data baik yang diberikan oleh Philip Leder.

Ketika dua β-globin gen mouse dibandingkan, seperti garis memanjang melalui tiga ekson dan intron melalui kecil. Garis peters di daerah mengapit dan di intron besar. Ini adalah pola yang khas, di mana coding urutan baik terkait, hubungan dapat melampaui batas-batas ekson, tetapi hilang dalam intron lama dan daerah di kedua sisi gen.

Tingkat keseluruhan perbedaan antara dua ekson berkaitan dengan perbedaan antara protein. Hal ini sebagian besar disebabkan oleh substitusi basa. Di daerah diterjemahkan, ekson berada di bawah kendala perlu kode untuk sekuens asam amino, sehingga mereka terbatas dalam potensi mereka untuk mengubah urutan. Banyak perubahan tidak mempengaruhi makna kodon, karena mereka mengubah satu kodon ke lain yang mewakili asam amino yang sama. Perubahan terjadi lebih bebas di daerah nontranslated (sesuai dengan 'pemimpin dan 3' pada 5 trailer mRNA).

Dalam intron yang sesuai, pola divergensi melibatkan baik perubahan dalam ukuran (karena penghapusan dan sisipan) dan substitusi dasar. Intron berkembang jauh lebih cepat daripada ekson. Ketika gen dibandingkan pada spesies yang berbeda, kadang-kadang ekson yang homolog, sedangkan intron telah menyimpang sehingga urutan terkait tidak dapat dikenali.

Mutasi terjadi pada tingkat yang sama di kedua ekson dan intron, tetapi dihapus lebih efektif dari ekson oleh adverse selection. Namun, dengan tidak adanya batasan yang dikenakan oleh fungsi coding, intron mampu cukup bebas untuk mengakumulasi substitusi titik dan perubahan lainnya. Perubahan ini menyiratkan bahwa intron tidak memiliki fungsi-urutan tertentu. Apakah kehadirannya sama sekali diperlukan untuk fungsi gen tidak jelas.