7. LAMPIRAN 7.1. Perhitungan efisiensi isolat proteinrepository.unika.ac.id/14666/8/12.70.0154...
Transcript of 7. LAMPIRAN 7.1. Perhitungan efisiensi isolat proteinrepository.unika.ac.id/14666/8/12.70.0154...
46
7. LAMPIRAN
7.1. Perhitungan efisiensi isolat protein
Isolat protein diperoleh dengan menggunakan presipitasi dengan 3 metode berbeda. Isolat
protein yang diambil berdasarkan perhitungan pada 3 batch dengan 3 kali pengulangan.
Perhitungan efisiensi isolat protein dengan rumus:
%𝑃𝑟𝑜𝑡𝑒𝑖𝑛 =𝑏𝑒𝑟𝑎𝑡 𝑖𝑠𝑜𝑙𝑎𝑡 𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑖𝑛
𝑏𝑒𝑟𝑎𝑡 𝑎𝑤𝑎𝑙× 100%
7.1.1. Efisiensi isolat protein metode phenol/chloroform
Berat sampel awal yang digunakan adalah 15 gram
Berat isolat protein (gram) = 0.025 + 0.026 + 0.056 + 0.018 + 0.024 + 0.019 + 0.28 +
0.018 + 0.02 = 0.486.
Efisiensi isolat protein = 0.486
15 x 100% = 3,24 %
7.1.2. Efisiensi isolat protein metode TCA/Asetone
Berat sampel awal yang digunakan adalah 15 gram
Berat isolat protein (gram) = 0.015 + 0.015 + 0.009 + 0.01 + 0.02 + 0.017 + 0.01 +
0.008 + 0.008 = 0.112
Efisiensi isolat protein = 0.112
15 x 100% = 0,75 %
7.1.3. Efisiensi isolat protein metode salting out
Berat sampel awal yang digunakan adalah 15 gram
Berat isolat protein (gram) = 0.033 + 0.022 + 0.037 + 0.017 + 0.019 + 0.03 + 0.027 +
0.023 + 0.027 = 0.235
% protein = 0.235
15 x 100% = 1,57 %
47
7.2. Perhitungan konsentrasi isolat protein
Konsentrasi isolat protein dihitung dengan menggunakan metode kurva standart metode
Bradford.
Tabel 7. Hasil absorbansi standart BSA (Bovine Serum Albumin)
BSA (ppm) Absorbansi
0 0.0002
10 0.0378
20 0.111
40 0.1878
60 0.2941
80 0.3947
100 0.4475
120 0.4899
140 0.5768
160 0.6306
180 0.7128
200 0.7514
Gambar 10. Kurva standart BSA
7.2.1. Konsentrasi Protein Metode Phenol/chloroform (mg/ml)
Absorbansi ulangan 1 = 0.0486
y.= 0,0049x – 0,0018
0,0486 = 0,0049x – 0,0018
X = 9,9
y = 0.0049x - 0.0018R² = 0.9969
-0.1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0 20 40 60 80 100
Absobansi
BSA (ppm)
Kurva standart BSA
48
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 99
Absorbansi ulangan 2 = 0,056
y.= 0,0049x – 0,0018
0,056 = 0,0049x – 0,0018
X = 11,796
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 117,959
Absorbansi ulangan 3 = 0,0565
y.= 0,0049x – 0,0018
0,0565 = 0,0049x – 0,0018
X = 11,898
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 118,979
Rata-rata = 99+117,959+118,979
3 = 112
7.2.2. Konsentrasi Protein Metode TCA/Aseton (mg/ml)
Absorbansi ulangan 1 = 0,0319
y.= 0,0049x – 0,0018
0,0319 = 0,0049x – 0,0018
X = 6,9
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 69
Absorbansi ulangan 2 = 0,05
y.= 0,0049x – 0,0018
0,05 = 0,0049x – 0,0018
X = 10,571
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 105,71
Absorbansi ulangan 3 = 0,0596
y.= 0,0049x – 0,0018
0,0596 = 0,0049x – 0,0018
X = 12,531
49
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 125,31
Rata-rata = 69+105,71+125,31
3 = 100
7.2.3. Konsentrasi Protein Metode Salting out (mg/ml)
Absorbansi ulangan 1 = 0,0278
y.= 0,0049x – 0,0018
0,0278 = 0,0049x – 0,0018
X = 6
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 60
Absorbansi ulangan 2 = 0,0533
y.= 0,0049x – 0,0018
0,0533 = 0,0049x – 0,0018
X = 11,245
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 112,45
Absorbansi ulangan 3 = 0,0501
y.= 0,0049x – 0,0018
0,0501 = 0,0049x – 0,0018
X = 10,592
Karena 1 kali pengulangan, maka :
Konsentrasi x 10 = 105,92
Rata-rata = 60+112,45+105,92
3 = 9
50
7.3. Hasil Uji Beda Efisiensi isolat protein daun yakon
Tabel 8. Uji Beda Efisiensi isolat protein daun yakon
Dari Tabel 8, diperoleh hasil bahwa terdapat perbedaan antara efisiensi metode isolasi protein pada metode TCA/Acetone dan Salting Out
(0<0,05)
Independent Samples Test
Levene's Test
for Equality of
Variances t-test for Equality of Means
F Sig. t df Sig. (2-tailed) Mean Difference Std. Error Difference
95% Confidence Interval of
the Difference
Lower Upper
Efisiensi Equal variances assumed 1.138 .302 -5.201 16 .000 -.01367 .00263 -.01924 -.00810
Equal variances not
assumed
-5.201 13.986 .000 -.01367 .00263 -.01930 -.00803
51
Tabel 9. Uji Beda konsentrasi protein daun yakon
Dari Tabel 9, diperoleh hasil bahwa tidak terdapat perbedaan antara konsentrasi metode TCA/Acetone dengan metode Salting Out. (0,773>0,05)
Independent Samples Test
Levene's Test for
Equality of
Variances t-test for Equality of Means
F Sig. t df Sig. (2-tailed)
Mean
Difference Std. Error Difference
95% Confidence Interval of the
Difference
Lower Upper
Konsentrasi Equal variances assumed .015 .907 .309 4 .773 7.21667 23.33915 -57.58321 72.01655
Equal variances not assumed .309 4.000 .773 7.21667 23.33915 -57.58321 72.01655
52
y = -1.0561x + 2.1394R² = 0.9219
0
0.5
1
1.5
2
2.5
0 0.2 0.4 0.6 0.8 1
Log
BM
Rf
Kurva Rf
7.4. Perhitungan Berat Molekul
Tabel 10. Hasil perhitungan Rf dari berat molekul pada marker protein
Berat Molekul (kDa) Panjang pita (cm) Log (BM) Rf
180 0.316 2,2553 0.06389
130 0.382 2,1139 0.07723
100 0.558 2 0.11282
75 0.782 1,8751 0.15811
63 1.148 1,7993 0.23211
48 1.994 1,6812 0.40315
35 2.426 1,5441 0.4905
28 3.286 1,4471 0.66438
17 4.602 1,2304 0.93045
Gambar 11. Kuva Rf pada perhitungan marker protein
Persamaan linear regresi y= -1.0561x+ 2.139
Perhitungan Berat Molekul:
Sumur 2, 3 dan 4 : metode phenol/chloroform
1. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 0.726 cm
x = Rf = 0.726
4,946 = 0,146785
y = 1,984380
BM = antilog y = 97 kDa
2. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 2.132 cm
x = Rf = 0.726
4,946 = 0,431055
y = 1,6841624
BM = antilog y = 48 kDa
53
3. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 2,29 cm
x = Rf = 2,29
4,946 = 0.463000
y = 1.650425
BM = antilog y = 45 kDa
4. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 2.550 cm
x = Rf = 0.726
4,946 = 0,515568
y = 1,5949085
BM = antilog y = 39 kDa
5. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 2,644 cm
x = Rf = 2,644
4,946 = 0,534573
y = 1.574837
BM = antilog y = 37 kDa
6. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 3,02 cm
x = Rf = 3,02
4,946 = 0.610594
y = 1,494551
BM = antilog y = 31 kDa
7. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 3,306 cm
x = Rf = 3,306
4,946 = 0,668419
y = 1.433483
BM = antilog y = 27 kDa
8. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 4.544 cm
x = Rf = 0.726
4,946 = 0,918722
y = 1,169138
BM = antilog y = 15 kDa
54
Sumur 5,6 dan 7 : Metode TCA/Aseton
1. Sejajar dengan 180 kDa
2. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 1.684 cm
x = Rf = 1,684
4,946 = 0,340477
y = 1,7798221
BM = antilog y = 60 kDa
3. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 2,078 cm
x = Rf = 2,078
4,946 = 0,420138
y = 1,695693
BM = antilog y = 50 kDa
Sumur 8,9 dan 10 : Metode Salting out
1. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 1,244 cm
x = Rf = 1,244
4,946 = 0,251516
y = 1,873774
BM = antilog y = 75 kDa
2. Panjang gel : 4,946 cm
Panjang pita = 4.144 cm
x = Rf = 0.726
4,946 = 0,837848767
y = 1,254548
BM = antilog y = 18 kDa
55
7.5. Sekuens Asam Amino penyusun protein hasil analisa SDS PAGE dan
Bioinformatika
10 20 30 40 50
MIDRYTHQQL RIGLVSPQQI STWSKKILPN GEIVGEVTKP YTFHYKTNKP
60 70 80 90 100
EKDGLFCERI FGPIKSGICA CGNYRVIGDE KEDPQFCEQC GVEFVDSRIR
110 120 130 140
RYQMGYIKLA YPVMHVWYLK RLPSYIVNLL DKPLNELEDL VYCG
Gambar 12. Sekuens asam amino penyusun RNA polymerase beta subunit (sumber:
www.uniprot.org)
10 20 30 40 50
MFPMVTEFMN YGQQTVRAAR YIGQGFMITL SHANRLPVTI QYPYEKLITS
60 70 80 90 100
ERFRGRIHFE FDKCIACEVC VRVCPIDLPV VDWKLETDIR KKRLLNYSID
110 120 130 140 150
FGICIFCGNC VEYCPTNCLS MTEEYELSTY DRHELNYNQI ALGRLPMSII
160
DDYTIRTILN LPEIKT
Gambar 13. Sekuens asam amino penyusun NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I,
chloroplastic (sumber: www.uniprot.org)
10 20 30 40 50
MALVNVNSFL AKAESKDLKI DAVRSSELYK DATMLNPSVL NCIKRFETNV
60 70 80 90 100
KVYAQDGQDL CFTDFQLFDK DEIESIRGMS GKYKYVHVGV ILIAIRAMFP
110 120 130 140 150
NYKGKGGRVI VYDGSCIDDD KSQGFIAADE FTFTDDTCYF AIRPSHIFST
160 170 180 190 200
TDAHIADLLR FSIDLDCPKY KDDRELIALD IGVAYRMCNA SRFLDTKGGA
210 220 230 240 250
NNWSHQAIHG CSALEYGPDI ERVLSRPRIP MEVRDRGSNI FERKRIFGKN
260 270 280 290 300
ELRRSRNIEA RRFGRGDEAR FRSGSIRIDR YSKDEFGERY SSDESTQGYS
310 320
IPVGELHRQR KEVEEGTSKS RQP
Gambar 14. Sekuens asam amino penyusun Putative 36.9 kDa movement protein
(sumber: www.uniprot.org)
10 20 30 40 50
YHFQLDDPLI QLVEDYKWIN FFDFRWKLGI DGLSIGPVLL TGFITTLATL
60 70 80 90 100
AAWPVTRDSR LFHFLMLAMY SGQIGSFSSR DLLLFFIMWE LELIPVYLLL
110 120 130 140 150
56
SMWGGKKRLY SATKFILYTA GGSIFLLMGV LGVGLYGSNE PTLNFETSVN
160 170 180 190 200
QSYPVALEII FYIGFFIAFA VKLPILPLHT WLPDTHGEAH YSTCMLLAGI
210 220 230 240 250
LLKMGAYGLI RINMELLPHA HSIFSPWLMI VGTIQIIYAA STSPGQRNLK
260 270 280 290 300
KRIAYSSVSH MGFILIGIAS ITDTGLNGAI LQIISHGFIG AALFFLAGTS
310 320 330 340 350
YDRIRLVYLD EMGGVAIPMP KIFTMFSSFS MASLALPGMS GFVAEVIVFL
360 370 380 390 400
GIITSQKYLL MPKIAITFVM AIGMILTPIY LLSMSRQMFY GYKLFNIPNS
410
YVFDSGPREL FVSISIF
Gambar 15. Sekuens asam amino penyusun NADH dehydrogenase subunit 4
(sumber:www.uniprot.org)
10 20 30 40 50
MRMNPTTSSS GVATLDKKNL GRIAQIIGPV LDVAFPPGKM PNIYNALVVK
60 70 80 90 100
GRDTVGQPIN VTCEVQQLLG NNRVRAVAMS ATDGLTRGMD VIDTGAPLSV
110 120 130 140 150
PVGGATLGRI FNVLGEPIDN LGPVDNSTTF PIHRSAPAFI QLDTKLSIFE
160 170 180 190 200
TGIKVVDLLA PYRRGGKIGL FGGAGVGKTV LIMELINNIA KAHGGVSVFG
210 220 230 240 250
GVGERTREGN DLYMEMKESG VINEQNIAES KVALVYGQMN EPPGARMRVG
260 270 280 290 300
LTALTMAEYF RDVNEQDVLL FVDNIFRFVQ AGSEVSALLG RMPSAVGYQP
310 320 330 340 350
TLSTEMGSLQ ERITSTKEGS ITSIQAVYVP ADDLTDPAPA TTFAHLDATT
360 370 380 390 400
VLSRGLAAKG IYPAVDPLDS TSTMLQPRIV GDEHYETAQQ VKQTLQRYKE
410 420 430 440 450
LQDIIAILGL DELSEEDRLT VARARKIERF LSQPFFVAEV FTGSPGKYVG
460 470 480 490
LAETIRGFQL ILSGELDGLP EQAFYLVGNI DEATAKAMNL EMESNLKK
Gambar 16. Sekuens asam amino penyusun ATP synthase subunit beta, chloroplastic
(sumber: www.uniprot.org)
10 20 30 40 50
FYFARPIDKK PTFLRLRGLL EYEIQPWKYR IPIFFTTRSF DTFRNREMST
60 70 80 90 100
GGGSIRQQLA NLDLRMIIDY SLVEWKELEE EEPTGNEWED RKVGRRKDFL
110 120 130 140 150
LRRMELAKHF IRTNIEPKWM VLCLLPVLPP ELRPIYHIDE DKLVTSDINE
160 170 180 190 200
IYRRIIYRNN TLTDLLTTSI ATPEXLIISQ EKLLQEAVDA LLDNGICGQP
210 220 230 240 250
57
MRDDHNRIYK SLSDVIEGKE GRVRETLLGK RVDYSGRSVI VVGPSLSLHR
260 270 280 290 300
CGLPREIAIE LFQAFVIRDL IRKHLASNIG VAKSQIRKKK PIVWEILQEI
310 320 330 340 350
LDDHPVLLNR APTLHRLGIQ AFLPVLVEGR AICLHPLVCK GFNADFDGDQ
360 370 380 390 400
MAVHVPLSLE AQAEARLLMF SHMNLLSPTI GDPISAPTQD MLSGLYVLTS
410 420 430 440 450
GNRRGICVNR YNPCNRRNYQ NEDNNYKYTK KKEPFFCNAY DAIGAYRQKR
460 470 480 490 500
INLGSPLWLR WRLDQRVIAA REAPIEIHYE SLGTYYEIYG HYLIVRSIKK
510 520 530 540
EILYIYIRTT LGHISLYREI EEAIQGFWQG CCNSMLPAGI RVSPG
Gambar 17. Sekuens asam amino penyusun DNA-directed RNA polymerase subunit
(sumber: www.uniprot.org)
10 20 30 40 50
MEQTYQYAWI IPFLPLPVPM LIGLGLLLFP TATKSLRRMW AFQSVLLLSI
60 70 80 90 100
VMIFSMNLSI QQINSSSVYQ YVWSWIINND FSLEFGYLID PLTSIMSILI
110 120 130 140 150
TTVGIMVLIY SDNYMSHDHG YLRFFAYMSF FSTSMLGLVT SSNLIQIYIF
160 170 180 190 200
WELVGMCSYL LIGFWFTRPV AAKACQKAFV TNRVGDFGLL LGILGFYWIT
210 220 230 240 250
GSFEFRDLFQ IFNNLISNNE VNFVFVTLCA VLLFAGAIAK SAQFPLHVWL
260 270 280 290 300
PDAMEGPTPI SALIHAATMV AAGIFLVARL MPLFIVIPHI MNFISLIGII
310 320 330 340 350
TVFFGATLAL AQKDIKRGLA YSTMSQLGYM MLALGMGSYR SALFHLITHA
360 370 380 390 400
YSKALLFLGS GSVIHSMETL VGYCPKKSQN MVLMGGLTKH VPITKNSFLL
410 420 430 440 450
GTLSLCGIPP LACFWSKDEI LNDSWLYSPI FAIIAWSTAG LTAFYMCRIY
460 470 480 490 500
LLTFEGHLNV HFQNYSGKRN TPLYSISLWG KEGSKISNKN FRLVTLLKMK
510 520 530 540 550
KNGRPSFFSN KVYKMDENVR NLIQPFLSIP NFGNTKTYLY PYESDNTMLF
560 570 580 590 600
PILILILFTL FVGFLGIPFN QDVDILSKWL TPSINLLHKN SNNSIDWYEF
610 620 630 640 650
CKDAVFSVSI ASFGIFISFF LYKPVYSSFQ NLDLINSVVK MGPKRIFSDK
660 670 680 690 700
IKNAIYDWSY NRGYIDAFYG TFLTVGVRRL AEFTHFFDRR IIDGIPNGVG
710 720 730 740
FMSFFVAEVI KSVGGGRISS YLFFYFSYVS IFLLIYYFIK SL
Gambar 18. Sekuens asam amino penyusun NAD(P)H-quinone oxidoreductase
subunit 5, chloroplastic (sumber:www.uniprot.org)
58
10 20 30 40 50
KDLQKKFFQQ RCELGGIGRR NMNRRLNLDI PQNNTFLLPR DILAAADRLI
60 70 80 90 100
RIKFGMGTLD DMNHLQNKRI RSVADLLQEQ FGLALVRLEN MARGNIYAAL
110 120 130 140 150
KHNWTPTPQN LVNSTPLTDT YKVFFRLHPL SQVLDRTNPL TQIVHGRKLS
160 170 180 190 200
YLGPGGLTAR TATFPIRDIH PSHYGRICPI DTSEGINVGL IGSLAIHARI
210 220 230 240 250
GRWGSLESPF YKISERSKGA QMLYLSPGRD EYYMVAAGNS LALNQGIQEE
260 270 280 290 300
QVVPARYRQE FLTIAWEQVH LRSIFAFQYF SIGASLIPFI EHNDANRALM
310 320 330 340 350
SSNMQRQAVP LSQSEKCIVG TGLEGQAALD SGALAIAEHE GKIFYTDTDK
360 370 380 390 400
ILLSGNGDTL RIPLVMYQRS NKNTCMHQKP QVRRGKCIKK GQILAYGAAT
410 420 430 440 450
VGGELALGKN VLVAYMPWEG YNFEDAVLIS ERLVYEDIYT SFHIRKYEIQ
460 470 480 490 500
INQGPERVTN EIPHLEVHLL RNLDKNGIVM LGSWVETGDI LVGKLTPQMV
510 520 530 540 550
KESSYAPEDR LLRTILGMRV YTSKETCLKL PIGGRGRVID VRWVQSSKTD
560 570 580 590 600
ETEKTESIRV YILQKREIKV GDKVAGRHGN KGIISKILPR QDMPYLQDGR
610 620 630 640 650
PVDMVFNPLG VPSRMNVGQI FESSLGLAGD LLDRHYRIAP FDERYEQEAS
660 670 680 690 700
RKLVFSELYE ASKQTANPWI FEPESPGKSR IFDGRTGDPF EQSVIIGKPY
710 720 730 740 750
ILKLIHQVDD KIHGRSSGRY SRLTQQPLKG RAKKGGQRVG EMEVWALEGF
760 770 780 790 800
GVAYILQEML TYKSDHIRAR QEVLGTIIFG GRIPTPEDAP ESFRLFVREL
810 820
RSLALELNHF LVSEKTFQLN RKEA
Gambar 19. Sekuens asam amino penyusun DNA-directed RNA polymerase subunit
beta (sumber: www.uniprot.org)