Post on 25-Jan-2016
description
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 1
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 2
Pembimbing :Dr.Achmad Saifuddin Noer
Tiga lokus STR untuk melengkapi informasi
identitas mtDNA
Karina Hidayat20506038
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 3
Agenda Presentasi
• Pendahuluan
• Tujuan
• Metoda
• Hasil
• Kesimpulan
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 4
Pendahuluan
• Identifikasi identitas individu dengan polimorfisme DNA inti dan mtDNA
• Identifikasi dengan mtDNA
• Identifikasi dengan DNA inti
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 5
Tujuan
• Mendapatkan beberapa STR yang dapat
memisahkan individu dengan pola
hipervariabel-mtDNA yang sama
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 6
Metoda
• Retrieve data dari public database
• Pengelompokan data berdasarkan pola
pengulangan
• Pemilihan lokus
• Sintesis primer dan PCR
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 7
Hasil
• Raw data dari public database (ENFSI)
• Pengelompokan pola pengulangan
• Pemilihan lokus
• PCR dan elektroforesis gel agarosa
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 8
Kesimpulan
• Lokus yang diduga memiliki kemampuan mendiferensiasi ialah D8S1179, D21S111, dan FGA
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 9
Terimakasih
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 10
Sintesis Primer
FGA5'-GCCCCATAGGTTTTGAACTCA-3' (CTTT strand) 5'-TGATTTGTCTGTAATTGCCAGC-3' (GAAA strand)
D215'-ATA TGT GAG TCA ATT CCC CAA G-3' 5'-TGT ATT AGT CAA TGT TCT CCA G-3'
D185' - TTTTTGTATTTCATGTGTACATTCG - 3' 5' - CGTAGCTATAATTAGTTCATTTTCA - 3'
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 11
Raw data
Data yang berasal dari public site:
• 1172 individu
• Masing-masing terdiri atas 9 lokus
• Setiap lokus terdiri atas dua data repeat
• Total data = 21.096
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 12
Raw Data
Total data 1172
lokus
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 13
Hasil pengelompokan9 lokus9 lokus
Total d
ata 1172T
otal data 1172
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 14
Pemilihan lokus
LokusVARIAN
ALLELEJUMLAH KOMBINASI
REALJUMLAH KOMBINASI
TEORITIS% kombinasi real terhadap teoritis
FGA 33 113 561 20.14
D21S11 22 87 253 34.39
D18S51 21 87 231 37.66
D5S818 12 34 78 43.59
D8S1179 11 44 66 66.67
D13S317 11 34 66 51.52
D3S1358 11 28 66 42.42
VWA 9 35 45 77.78
D7S820 9 33 45 73.33
nHr =nHr = (n+r-1)! (n+r-1)! r!(n-1)!r!(n-1)!
nHr =nHr = (n+r-1)! (n+r-1)! r!(n-1)!r!(n-1)!
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 15
Elektroforesis gel agarosa
Lajur 1 : lokus D8 sampel 1
Lajur 2 : lokus D21 sampel 1
Lajur 3: lokus FGA sampel 1
Lajur 4 : kontrol negatif
Lajur 5 : DNA ladder 0,15-1kb
Lajur 6 : lokus D8 sampel 2
Lajur 7: lokus D21 sampel 2
Lajur 8 : lokus FGA sampel 2
1 2 43 5 76 8
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 16
mtDNA untuk identitas
• Jumlah DNA yang relatif banyak dalam jumlah
sampel sedikit
• Pewarisan sifat dari ibu.
• HV I dan HV II
• Daerah HV I memiliki urutan yang lestari
hingga 7 keturunan
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 17
HVS (Hypervariable Segment)
HVII : 57-372HVI : 16.024-16.383
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 18
Pola polimorfisme DNA inti
• VNTR - Variable Number Tandem Repeat
• STR -Short Tandem Repeat
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 19
VNTR
• Terdiri atas 8 - 80pb yang berulang
sebanyak 15-35 kali
• Panjang fragmen terbesar ~10 kpb
• Dianalisa dengan metoda restriksi
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 20
VNTR
4
9
14
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 21
STR
• Terdiri atas 3-5 bp yang biasanya
berulang sebanyak 7-15 kali
• Dianalisa dengan metoda PCR
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 22
STR
Child
Mother
Father
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 23
3 Mei 2007 Seminar Penelitian 24