Post on 25-Oct-2021
IDENTIFIKASI ISOLAT JAMUR ENDOFIT POHON SENGON
PROVENAN WAMENA BERDASARKAN ANALISIS
RDNA ITS
SKRIPSI
Untuk memenuhi sebagian persyaratan
Mencapai derajat Sarjana S-1 pada Program Studi Biologi
disusun oleh:
Fitria Sofiyani
10640029
PROGRAM STUDI BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN KALIJAGA
YOGYAKARTA
2014
ii
iii
iv
v
Motto
“Demi Masa. Sesungguhnya manusia itu benar-benar dalam kerugian. Kecuali orang-orang yang beriman, beramal shaleh, menasehati dalam kebenaran, menasehati dalam kesabaran”
(Al-Ashr)
fabiayyi’ala irobbikuma tukadziban
“Maka nikmat Tuhanmu yang manakah yang kamu dustakan?”
(Ar-Rahman)
v
vi
HALAMAN PERSEMBAHAN
Bissmillahirahmanirahim
Karya sederhana ini aku persembahkan kepada Sang Maha
Pemilik Semesta,
ALLAH Subhanahu waTa’ala atas limpahan nikmat Iman,
Islam dan Ihsan yang diberikan kepadaku sehingga karya
sederhana ini dapat ku tulis dengan baik, semoga karya ini
bisa menjadi pemupuk ketaqwaanku akan kebesaranNya.
Amin.
Kepada kedua Cahaya Pelitaku, Arti Hidupku, dan
Matahariku,
Bapa’ dan Ibu terkasih ku persembahkan dengan bangga
karya sederhana ini. Meski tak secuil dari pengorbanan
kalian semoga menjadi ridho Allah kepada anakmu ini.
Kepada sahabat-sahabatku yang senantiasa menyertai
semangat dan senyum aku hadiahkan karya ini untuk
kalian, semoga segala kebaikan kalian Allah balas dengan
kebahagiaan.
Kepada darah-darah muda yang haus akan ilmu dan
pengalaman di Almamaterku tercinta kampus hijau UIN
Sunan Kalijaga Yogyakarta, kupersembahkan karya
penelitianku untuk kalian. semoga bermanfaat dan
memberikan keberkahan bagi siapa saja yang membaca.
Amin
vi
vii
KATA PENGANTAR
Bismillahirrahmanirrahiim,
Puji syukur kehadirat Ilahi rabbi yang senantiasa melimpahkan rahmat,
hidayah dan inayah-Nya kepada segala makhluk ciptaan-Nya. Shalawat dan salam
selalu tercurah kepada junjungan kita Nabi Agung Muhammad SAW beserta
keluarga dan sahabat-sahabatnya, yang senantiasa kita nantikan syafa’atnya di
yaumul qiyamah.
Skripsi yang berjudul “Identifikasi Isolat Jamur Endofit Provenan
Wamena Berdasarkan Ananlisis rDNA ITS” ini disusun sebagai syarat untuk
menyelesaikan pendidikan strata-1 UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Penulis sadar
sepenuhnya bahwa skripsi ini tidak mungkin tersusun tanpa bantuan dari banyak
pihak. Untuk itu, dengan segala kerendahan hati, penulis menyampaikan
terimakasih yang sedalam-dalamnya kepada:
1. Bapak Prof. H. Akhmad Minhaji, M.A., Ph.D. Selaku Dekan Fakultas
Sains dan Teknologi.
2. Ibu Anti Damayanti H., S.Si., M.Mol.Bio selaku Ketua Program Studi
Biologi Fakultas Sains dan Teknologi, juga selaku Pembimbing I dan
Pembimbing Akademik, terimakasih atas bimbingan serta arahan dalam
penulisan skripsi ini.
3. Ibu Dr. Istiana Prihatini M.Si selaku Pembimbing II beserta Penguji I
yang telah berjasa memberikan bimbingan, arahan, serta kesempatan
vii
viii
besar sehingga penulis mendapat pengalaman yang sangat berharga dan
Insyaallah bermanfaat.
4. Ibu Erny Qurotul Ainy, M.Si selaku penguji II yang telah memberi
masukan, arahan dan bimbinganya sehingga skripsi ini dapat lebih baik.
5. Ibu Dr. ILG. Nurtjahjaningsih dan Bapak Dr. AYPBC. Widyatmoko
selaku Ketua Kelti Bioteknologi serta Bapak Dr. Anto Rimbawanto
selaku kepala laboratorium Genetika Molekular BBPBPTH Yogyakarta
yang telah mengijinkan melakukan penelitian di Lab. Genetika
Molekular BBPBPTH.
6. Ibu Maya, Mbak Yanti dll, yang telah membantu mengarahkan dalam
pengerjaan penelitian di BBPBPTH Yogyakarta.
7. Mbak Ethik, Mbak Anif beserta staff di Laboratorium Biologi UIN
Sunan Kalijaga. Terimakasih atas segala bantuan dan kerjasamanya
selama pelaksanaan penelitian ini.
8. Ayahanda tercinta, Bp. Yahyo yang selalu memberi wejangan-
wejangan yang berarti, serta Ibunda terkasih, Tina Rahayu yang tanpa
lelah senantiasa mendukung dan menyebut nama penulis di setiap
tadahan tangan dan airmata dalam doanya. Terimakasih atas support
yang tiada henti selama pengerjaan TA ini.
9. Adik tersayang, Afifah Nur Faida yang dengan ikhlas dan sabar
mendoakan kelancaran pengerjaan skripsiku ini.
10. Sahabat seperjuangan selama di tanah rantau: Huda, Arin (tante), Diska,
Meilan, Dewi, Nurma, dan Anisa dkk. Terimakasih atas segala bentuk
ix
support dan bantuannya saat penulis sedang berproses dan berjuang
untuk menyelesaikan apa yang sudah dimulai ini. Dan kesetiaannya
menemani penulis dari pertama menjadi mahasiswa UIN, menemani
seminar proposal Skripsi, hingga sidang munaqosah yang alhamdulillah
sukses.
11. Kawan-kawan Biologi 2010 (GABINAS) yang telah menjadi keluarga
selama menimba pengalaman dan ilmu di almamater tercinta Prodi
Biologi UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Semoga sukses untuk kita
semua! Allahuakhbar!!!
12. Sahabat pena nan jauh disana, Meilan, Uci, ibu muda Mbak Uthe, Lilie,
dua keponakan kembar ku Mira dan Najwa yang selalu memberikan
alasan dan semangat untuk segera menyelesaikan TA ini.
13. Semua pihak yang telah memberikan manfaat sekecil papaun, yang
turut membantu dalam memberikan bantuan, motivasi dan doanya.
Penulis menyadari bahwa penulisan skripsi ini masih jauh dari
kesempurnaan sehingga kritik dan saran yang membangun sangat diharapkan
untuk menjadi masukan yang berharga. Semoga skripsi ini dapat memberikan
wawasan dan manfaat bagi kita semua. Amiin.
Yogyakarta, 17 Agustus 2014
Penulis
x
IDENTIFICATION OF ENDOPHYTIC FUNGI ISOLATES FROM
SENGON WAMENA PROVENANCE BASED ON RDNA ITS ANALYSIS
by:
Fitria Sofiyani
10640029
Fungal endophytes are fungi found in plant tissue system that do not cause
disease symptoms on host plants. Endophytic fungi can produce antibacterial
compounds that have potential as a biological control agent (BCA) Likewise,
endophytic fungi isolated from sengon Wamena provenance could have potential
as biological control agent. Twenty isolates of fungi with different morphological
characters of colonies were isolated from leaves, petioles, barks and twigs of
sengon. Three isolates were not included in the phylogenetic analysis as the result
of sequencing were not clear. Identification based on ITS rDNA sequences (ITS1-
5.8S-ITS2) and phylogenetic analysis of the seventeen isolates showed that the
isolates are divided into three classes, namely Sordariomycetes taxa (75%),
Dothideomycetes (20%) and Eurotiomycetes (5%). Fifteen isolates were
identified to genus level, namely Fusarium, Phomopsis (Diaporthe telomorf),
Phialemonium, Colletotrichum, Lasiodiplodia, and Penicillium. Two other
isolates were identified only to the level of orders namely, Pleosporales. The
result of molecular identification is supported by morphological data of each
isolate. The frequently isolated fungal endophyte were Fusarium (40%), and the
genus Phomopsis (Diaporthe telomorf) (20%).
Keywords: Identification, ITS, Endophytic Fungi, Sengon
x
xi
IDENTIFIKASI ISOLAT JAMUR ENDOFIT POHON SENGON
PROVENAN WAMENA BERDASARKAN ANALISIS RDNA ITS
Oleh:
Fitria Sofiyani
10640029
Jamur endofit merupakan jamur yang terdapat pada sistem jaringan tanaman
yang tidak menyebabkan gejala penyakit pada tanaman inang. Jamur endofit dapat
menghasilkan senyawa antibakteri yang berpotensi sebagai agen pengendali
hayati. Begitu pula dengan jamur endofit yang diisolasi dari pohon sengon
provenan Wamena dapat memiliki potensi sebagai agen pengendali hayati.
Sebanyak dua puluh isolat jamur endofit dengan karakter morfologi koloni yang
berbeda telah diisolasi dari daun, tangkai daun, kulit batang dan ranting batang
pohon. Tiga isolat diantaranya tidak disertakan dalam analisis filogenetik
dikarenakan hasil sequensing yang kurang baik. Identifikasi berdasarkan sekuen
rDNA ITS (ITS1-5.8S-ITS2) dan analisis filogenetik terhadap tujuh belas isolat
menunjukan bahwa isolat terbagi menjadi tiga kelas taksa yaitu Sordariomycetes
(75%), Dothideomycetes (20%) dan Eurotiomycetes (5%). Lima belas isolat
teridentifikasi hingga tingkat genus yaitu genus Fusarium, Phomopsis (telomorf
Diaporthe), Phialemonium, Colletotrichum, Lasiodiplodia, dan Penicillium. Dua
isolat yang lain hanya teridentifikasi hingga tingkat ordo yaitu ordo Pleosporales.
Hasil identifikasi molekular didukung oleh data morfologi masing-masing isolat.
Isolat yang paling sering ditemukan yaitu jamur endofit dari genus Fusarium
(40%), dan genus Phomopsis (telomorf Diaporthe) (20%).
Kata kunci: Identifikasi, ITS, Jamur Endofit, Sengon
xi
xii
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ...................................................................................... i
HALAMAN PENGESAHAN ......................................................................... ii
HALAMAN PERSETUJUAN SKRIPSI ......................................................... iii
HALAMAN PERSETUJUAN KEASLIAN .................................................... iv
HALAMAN MOTTO ..................................................................................... v
HALAMAN PERSEMBAHAN ...................................................................... vi
KATA PENGANTAR .................................................................................... vii
ABSTRACT ................................................................................................... x
ABSTRAK ..................................................................................................... xi
DAFTAR ISI .................................................................................................. xii
DAFTAR TABEL .......................................................................................... xiv
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... xv
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................... xvi
BAB I PENDAHULUAN ............................................................................... 1
A. Latar Belakang .................................................................................... 1
B. Rumusan Masalah ............................................................................... 8
C. Tujuan Penelitian ................................................................................ 8
D. Manfaat Penelitian............................................................................... 8
BAB II Tinjauan Pustaka ................................................................................ 9
A. Tanaman Sengon (Paraserianthes falcataria (L.)) ............................... 9
B. Jamur Endofit ...................................................................................... 11
C. Identifikasi Jamur ................................................................................ 15
a. Identifikasi jamur secara morfologi................................................ 15
b. Identifikasi jamur secara molekuler ............................................... 16
D. Internal Trancribed Spacer (ITS) ........................................................ 20
BAB III METODE PENELITIAN .................................................................. 21
A. Waktu dan Tempat Penelitian .............................................................. 21
B. Alat dan Bahan .................................................................................... 21
C. Prosedur Penelitian .............................................................................. 22
xii
xiii
1. Pemurnian atau Subkultur Isolat Jamur Endofit ............................. 22
2. Seleksi Isolat Berdasarkan Karakter Morfologi .............................. 23
3. Identifikasi Molekuler Isolat Endofit ............................................. 24
a. Ekstraksi DNA dari Miselium .................................................. 24
b. Amplifikasi PCR dengan ITS region ........................................ 25
c. Elektroforesis Gel Agarose ...................................................... 26
d. Sequensing & Analisis Filogenetik ........................................... 27
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ......................................................... 28
A. Hasil.................................................................................................... 28
B. Pembahasan ........................................................................................ 44
BAB V KESIMPULAN .................................................................................. 53
A. Kesimpulan ......................................................................................... 53
B. Saran ................................................................................................... 53
DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... 54
LAMPIRAN ................................................................................................... 64
xiii
xiv
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Karakterisasi morfologi koloni isolat jamur endofit pohon sengon
provenan Wamena ................................................................................30
Tabel 2. Deskripsi mikroskopis isolat jamur endofit pohon sengon provenance
Wamena ...............................................................................................33
Tabel 3. Hasil pencocokan BLAST dari setiap sampel isolat jamur endofit
sengon beserta prosentase (%) kesamaan identitas query sequen
dengan sequen database genbank (GB) dari NCBI ...............................35
xiv
xv
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1. Konidia Aspergilus sp. ......................................................................13
Gambar 2. Penampakan mikroskopis Penicillium sp ..........................................14
Gambar 3. Konidia Fussarium sp. ......................................................................14
Gambar 4. Grafik jumlah kultur murni hasil subkultur isolat jamur endofit dari
beberapa jaringan pada pohon sengon provenan Wamena ................28
Gambar 5. Analisis filogenetik menggunakan Maximum Likelihood terhadap
sekuen ITS jamur endofit sengon kelompok Dothideomycetes .........38
Gambar 6. Analisis filogenetik menggunakan Maximum Likelihood terhadap
sekuen ITS jamur endofit sengon kelompok Eurotiomycetes............40
Gambar 7. Analisis filogenetik menggunakan Maximum Likelihood terhadap
sekuen ITS jamur endofit sengon kelompok Sordariomycetes ..........43
.
xv
xvi
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1. Hasil subkultur ...............................................................................64
Lampiran 2. Daftar sekuen referensi dari genbank (GB) yang digunakan dalam
analisis filogenetik ...........................................................................65
Lampran 3. Hasil elektroforesis produk PCR ITS1F-ITS4 ke-20 sampel isolat
jamur endofit pohon sengon provenan Wamena ...............................67
Lampiran 4. Pohon filogenetik ke-20 isolat jamur endofit provenan Wamena ....68
Lampiran 5. Proses PCR ....................................................................................69
Lampiran 6. Keterangan kode isolat ...................................................................70
Lampiran 7. Hasil pengamatan morfologi dan mikroskopis 20 sampel isolat jamur
endofit pohon sengon provenan Wamena .........................................71
Lampiran 8. Hasil sequensing ............................................................................78
xvi
1
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Sengon (Paraserianthes falcataria) merupakan tanaman hutan dan
termasuk dalam famili Mimosoidae. Tanaman ini berasal dari Indonesia, Papua
Nugini, Kepulauan Solomon dan Australia (Soerianegara dan Lemmens, 1993),
serta hingga saat ini tersebar di Sulawesi Selatan, Maluku, Papua dan Jawa
(Martawijaya et al., 1989). Di Maluku, tanaman sengon dapat ditemukan di
Pulau Talibu, Mangolle, Sasan, Obi, Bacan, Halmahera, Seram dan Buru. Di
Papua, sengon alam ditemukan di Sorong, Manokwari, Kebar, Biak, Serui,
Nabire dan Wamena.
Tanaman sengon memiliki waktu tumbuh yang relatif cepat. Pada umur 5
tahun pohon sengon sudah dapat dimanfaatkan kayunya sebagai kayu
pertukangan, bahan baku pabrik kertas dan kayu bakar. Sengon juga mampu
tumbuh pada lahan yang kurang subur sehingga dapat merehabilitasi lahan
kritis dan menciptakan iklim mikro yang lebih baik bagi lingkungan (ICRAF,
2006 dalam Dwiyanti, 2009). Sifat kayu sengon yang ringan, agak padat, agak
besar, dan putih segar menarik pengusaha properti untuk menggunakan kayu
ini sebagai bahan utama produknya.
Menurut Krisnawati et al., (2011) tanaman sengon akan menjadi jenis
yang semakin penting bagi industri perkayuan di masa mendatang. Pasalnya,
permintaan ekspor akan kayu sengon kian meningkat dan kebutuhan dalam
1
2
negeri pun belum seutuhnya terpenuhi (Siregar dan Tedi, 2008). Saat ini
sengon banyak diusahakan di kawasan hutan, perkebunan maupun di kebun-
kebun milik rakyat (hutan rakyat) di pulau Jawa dan luar pulau Jawa. Akan
tetapi, satu masalah yang dihadapi dalam pengembangan sengon sekarang ini
adalah adanya wabah penyakit karat tumor (gall rust) yang dapat mematikan
sengon di tingkat semai sampai tegakan (Anggraeni, 2008).
Penyakit karat tumor mengakibatkan pertumbuhan sengon terhambat
sehingga terjadi kegagalan penanaman dan menyebabkan kerugian secara
ekonomi bagi petani. Notoatmodjo (1963) melaporkan perkiraan kerugian
tanaman sengon di Jawa Timur akibat serangan hama dan penyakit adalah 12%
pada saat tanaman dipanen umur 4 tahun dan sekitar 74% jika dipanen setelah
8 tahun. Potensi kerugian akibat serangan penyakit karat tumor di Propinsi
Jawa Timur dapat mencapai 24 trilyun rupiah dan apabila dibiarkan akan
berdampak pada ketersediaan bahan baku kayu untuk industri (Dwiyanti,
2009).
Karat tumor pada sengon disebabkan oleh jamur Uromycladium
tepperianum Sacc. Jamur ini masuk ke dalam divisi Basidiomycota, kelas
Urediniomycetes, ordo Uredinales, famili Pileolariaceae. Jamur ini hanya
mampu menginfeksi jaringan-jaringan tanaman yang muda (Anggraini, 2008).
Dengan demikian, kemungkinan terjadinya infeksi baru pada jaringan tanaman
dewasa di lapangan sangat kecil. Respon tanaman sengon terhadap penyakit
karat tumor dipengaruhi oleh faktor genetik dari tanaman itu sendiri dan faktor
di sekitar pertanaman (Rahayu, 2008).
3
Mengatasi penyakit karat tumor bukan hal yang mudah, mengingat
penyebabnya adalah dari golongan jamur. Menurut Wiryadiputra (2007),
beberapa upaya pengendalian serangan jamur penyebab karat tumor pada
sengon adalah dengan pembatasan penyebaran penyakit, aplikasi fungisida,
penanaman sengon tahan penyakit, dan pengendalian dengan agen biologis.
Pembatasan penyebaran penyakit dilakukan dengan membatasi bahan
tanaman atau produk tanaman sengon yang masuk dan keluar lokasi yang telah
terserang. Hal ini telah dilakukan oleh pemerintah Filipina untuk membatasi
penyebaran penyakit ke daerah lain yang masih bebas penyakit (Wiryadiputra,
2007). Pada kayu hasil panen yang terpaksa diangkut keluar dari lokasi yang
terserang, sebelumnya harus dilakukan desinfeksi menggunakan fungisida.
Aplikasi fungisida dimaksudkan untuk mengurangi sumber infeksi
sebanyak-banyaknya sehingga spora jamur yang muncul dari karat tumor
menjadi berkurang. Menurut penelitian yang dilakukan Anggaeni dan Lelana
(2011), penggunaan belerang dan kapur (1:1) dapat menekan serangan penyakit
karat tumor. Akan tetapi, belerang dan kapur tersebut hanya bersifat fungistat
yaitu bahan yang hanya menghambat pertumbuhan patogen sementara
(Anggraeni dan Lelana, 2011). Apabila bahan tersebut tidak diberikan maka
patogen akan tumbuh kembali. Penggunaan fungisida juga perlu dilakukan
dengan hati-hati karena akan berdampak buruk bagi lingkungan, berpengaruh
pada jamur non-target, dan menyebabkan kekebalan terhadap jamur sasaran
(Wiryadiputra, 2007).
4
Cara penanggulangan dengan penanaman sengon tahan penyakit
merupakan cara yang paling efektif, murah, dan aman bagi lingkungan namun
memerlukan waktu yang lama. Eksplorasi pada lokasi-lokasi asli tanaman
sengon perlu dilakukan untuk mendapat jenis-jenis sengon yang tahan
penyakit. Charomaini dan Ismail (2008) menyebutkan dalam penelitiannya
bahwa tanaman sengon yang berasal dari beberapa provenan Papua (Irian Jaya)
seperti Waga-waga, Hobikosi, Wamena dan Muliama Bawah lebih tahan
terhadap serangan penyakit karat tumor.
Pengendalian biologis adalah tindakan memanfaatkan agen hayati untuk
menghambat perkembangan jamur U. tepperianum. Agen hayati yang efektif
perlu dikaji dan diuji pada skala laboratorium dan lapangan. Jamur antagonis
seperti Penicillium sp. dan Acremonium sp. dilaporkan dapat menghambat
perkembangan jamur U. tepperianum dan beberapa jenis serangga juga
dijumpai memakan karat tumor pada sengon di lapangan sehingga memiliki
potensi sebagai agen hayati (Wiryadiputra, 2007).
Pengendalian penyakit dengan agen hayati merupakan upaya yang paling
efektif dan ramah lingkungan karena menggunakan musuh alami, seperti
predator, parasitosis, patogen, maupun antagonis. Penggunaan mikroba
antagonis seperti jamur endofit perlu diupayakan, pasalnya jamur endofit
menghabiskan sebagian bahkan seluruh siklus hidup koloninya di dalam
maupun di luar sel jaringan hidup tanaman inangnya, secara khas tanpa
menyebabkan gejala penyakit yang nyata (Li et al., 2008). Sehingga jamur
5
endofit tidak harus bersaing dalam ekosistem yang baru dan kompleks pada
tubuh inangnya (Chen et al., 1995 dalam Yulianti, 2013).
Peranan endofit sebagai agensia hayati mulai banyak diteliti sejak
diketahui adanya fenomena mengenai kemampuan tanaman dalam menghadapi
stres biotik maupun abiotik terkait dengan keberadaan endofit di dalam
jaringannya (Sturz et al., 2000). Webber (1981, dalam Yulianti, 2013)
melaporkan terjadinya penurunan penyebaran penyakit Dutch pada pohon elm
yang disebabkan oleh Ceratocystis ulmi. Setelah diteliti, ternyata vektor
penyebar penyakit ini yaitu kumbang Physocnemum brevilineum yang juga
menyerang pohon elm dan mengalami penurunan populasi akibat racun yang
dihasilkan oleh jamur endofit Phomopsis oblonga. Jamur endofit merangsang
pertumbuhan tanaman dan meningkatkan ketahanan inang terhadap jamur
patogen (Perrig et al., 2007).
Jamur endofit dapat ditemui pada sistem jaringan tumbuhan seperti daun,
ranting atau akar. Menurut penelitian Prihatini (2012), ditemukan sebanyak 65
jenis jamur yang diisolasi dari jaringan daun Pinus radiata dengan identifikasi
secara molekuler menggunakan metode direct PCR. Kelompok jamur endofit
yang ditemukan pada tanaman inang dan berperan sebagai agen pengendali
hayati antara lain adalah Fusarium solani, Acremonium zeae, Verticillium sp.,
Ampelomyces sp., Neotyphodium lolii (Gao et al., 2010).
Identifikasi jenis jamur endofit yang bersimbiosis pada tanaman inang
merupakan bagian dari upaya menggali potensi jamur endofit sebagai agen
hayati pengendali penyakit. Identifikasi jamur endofit dapat dilakukan secara
6
morfologi maupun molekuler. Identifikasi secara morfologi dilakukan dengan
memisahkan koloni yang berbeda pada media yang baru, seperti berbeda pada
warna koloni, tekstur dan rata-rata waktu tumbuh koloni (Frohlich et al., 2000).
Akan tetapi, susunan dari taksonomi morfospesies tidak dapat menggambarkan
filogeni hingga tingkat spesies dan oleh karena itu diperlukan pendekatan
identifikasi alternatif.
Teknik identifikasi secara molekuler biasa dilakukan untuk mengatasi
masalah taksonomi jamur (Takamatsu, 1998) dan beberapa penelitian juga
menggunakan teknik ini untuk identifikasi jamur (Guo et al., 2000).
Perbandingan sekuen pada gen penyandi ribosomal DNA dapat digunakan
sebagai karakter untuk identifikasi molekular suatu organisme karena gen ini
memiliki sekuen yang terkonservasi maupun variabel (Kurtzman dan Fell,
2006). Beberapa ribosomal DNA yang digunakan untuk mengidentifikasi suatu
organisme eukariota hingga tingkat spesies yaitu small sub unil (SSU) (18S),
internal transcribed spacer (ITS), 5.8 S, large sub unit (LSU) (18S), 5S, dan
intergenic spacer (IGS) (Ediningsari, 2008).
Pada penelitian kali ini ribosomal DNA yang digunakan sebagai sekuen
karakter untuk identifikasi jamur endofit tanaman sengon adalah internal
transcribed spacer (ITS). Daerah D1/D2 LSU (18S) juga dapat digunakan
untuk mengidentifikasi jamur hingga tingkat spesies (Ediningsari, 2008), tetapi
daerah D1/D2 LSU yang identik dapat ditemukan pada spesies jamur yang
memiliki kekerabatan sangat dekat sehingga daerah sequence D1/D2 LSU
tidak dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies-spesies tersebut (Fell et
7
al., 2004). Sementara itu, daerah ITS memiliki variasi sekuen yang lebih tinggi
dari daerah D1/D2 LSU karena daerah tersebut merupakan daerah noncoding
yang memiliki laju mutasi lebih tinggi dari daerah coding (SSU dan LSU)
(James et al., 1996). Dengan demikian, identifikasi dengan analisis sekuen ITS
dapat dilakukan pada beberapa spesies yang memiliki kekerabatan dekat.
Beberapa penelitian yang pernah dilakukan di antaranya, Guo et al.,
(2000) menggunakan daerah ITS pada rDNA untuk membedakan Mycelia
sterilia pada tanaman Livistona chinensis. Sette et al., (2006) mengidentifikasi
jamur endofit dari tanaman kopi hingga tingkat genus dan hasilnya sesuai
dengan karakter morfologi jamur sebelumnya. Menurut Li et al., (2007), 48,9%
jamur non-sporulating dari Camptotheca acuminata teridentifikasi berdasarkan
analisis sequens ITS rDNA. Youngbae et al., (1997 dalam Chen et al., 2010)
membuktikan bahwa ITS dapat menyelesaikan hubungan kekerabatan pada
tingkat takson yang lebih rendah seperti pada tingkat genus hingga spesies.
Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan data jenis jamur endofit yang
ada pada tanaman sengon bibit asal Wamena yang memiliki tingkat resistensi
tinggi terhadap penyakit karat tumor. Data jenis jamur yang diperoleh dari
penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai sumber jamur endofit yang
berpotensi untuk dikembangkan sebagai agen pengendali penyakit karat tumor
dan mendukung kegiatan biosekuriti tanaman hutan.
8
B. Rumusan Masalah
a. Bagaimana karakter morfologi isolat jamur endofit yang diisolasi dari organ
daun, tangkai daun, ranting dan kulit batang pohon sengon provenan
Wamena?
b. Jenis jamur endofit apa saja yang terdapat pada jaringan daun, tangkai daun,
ranting dan kulit batang tanaman sengon provenan Wamena?
C. Tujuan
a. Mempelajari karakter morfologi isolat jamur endofit dari organ daun,
tangkai daun, ranting dan kulit batang pohon sengon provenan Wamena.
b. Mengidentifikasi jenis jamur endofit yang terdapat pada organ daun, tangkai
daun, ranting dan kulit batang tanaman sengon provenan Wamena
menggunakan penanda molekuler ITS.
D. Manfaat Penelitian
1. Sebagai database jenis jamur endofit yang ada pada tanaman sengon
provenan Wamena.
2. Sebagai informasi pendukung dalam melihat peranan jamur endofit bagi
lingkungannya seperti sebagai biosekuriti tanaman hutan.
53
BAB V
PENUTUP
A. Kesimpulan
Dari 98 kultur isolat jamur endofit dari organ daun, tangkai daun, kulit
batang, dan ranting pohon sengon provenan Wamena diperoleh 20 isolat
dengan karakter morfologi yang berbeda. Berdasarkan analisis penanda
molekuler ITS, sebagian isolat teridentifikasi hingga tingkat genus, yaitu genus
Colletotrichum (isolat Pf64 dan Pf25), genus Fusarium (isolat Pf39, Pf58,
Pf73, Pf76, Pf91, Pf103), genus Phomopsis (isolat Pf26, Pf39, Pf79, Pf90,
Pf109), genus Phialemonium (isolat Pf65), genus Penicillium (isolat Pf23), dan
genus Lasiodiplodia (isolat Pf110). Dan dua isolat lainnya hanya teridentifikasi
hingga tingkat ordo Pleosporales yaitu isolat Pf44 dan Pf46. Isolat yang paling
sering ditemukan yaitu jamur endofit dari genus Fusarium (40%), dan genus
Phomopsis (telomorf Diaporthe) (20%). Kelas Sordariomycetes merupakan
kelompok terbesar (75%) endofit yang ditemukan pada pohon sengon provenan
Wamena.
B. Saran
Saran dari penelitian ini adalah adalah:
1. Diperlukan sekuen rDNA lain yang lebih terkonservasi untuk dapat
mengidentifikasi isolat jamur endofit hingga tingkat spesies.
2. Diperlukan penelitian mengenai bioaktivitas dari setiap isolat jamur endofit
untuk menyeleksi isolat yang berpotensi sebagai agen biologis di alam.
53
54
DAFTAR PUSTAKA
Agrios, G. N. 1996. Ilmu penyakit tumbuhan. (M. Busnia, Terj.). Gadjah Mada
University Press. Yogyakarta. Terjemahan dari Plant’s pathology 3rd
ed.
Alves, A., Crous, P.W., Phillips, A.J.L. 2008. Morphological and molecular data
reveal cryptic speciation in Lasiodiplodia theobromae. Fungal diversity. 28:
1-13.
Anggraeni, I., Lelana, N. E. 2011. Penyakit karat tumor pada sengon. Badan
Penelitian dan Pengembangan Kehutanan. Jakarta.
Anggraeni, I. 2008. Pengendalian penyakit karat tumor (Gall Rust) pada sengon
(Paraseranthes Falcataria) di RPH Pandantoyo, PKPH Pare, KPH Kediri.
Makalah Workshop Penanggulangan Karat Puru pada Tanaman Sengon.
Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan. 19
Nop 2008.
Barnett, H. L & Hunter, B. B. 1998. Illustrated genera of imperfect fungi. Edisi
ke-2. Burgress publishing company. West Virginia.
Barnett, J.A., R.W. Payne, and D. Yarrow. 2000. Yeast: Characteristics and
identification. 3rd Ed. Cambridge university press. Cambridge: ix + 1139
hlm
Bessey, E. A. 1979. Morphology and taxonomy of fungi. Edisi ke-3. Vikas
publishing house PVT LTD. New Delhi.
Bills, G. F. & Polyshook, J.D. 1992. Recovery of endophytic fungus from
Chamaechy parasthyoides. Sydowia. 44: hlm. 1-12.
Boddy, L. & Griffith, G.S. 1989. Role of endophytes and latent invasion in the
development of decay communities in sapwood of angiospermous trees.
Dalam: Udayanga, D., Liu, X., McKenzie, E. H., Chukeatorote, E., Bahkali,
A.H., Hyde, K. D. 2011. The genus Phomopsis: Biology, applications,
species concepts and names of common phytopathogens. Fungal diversity.
50: 189-225.
Carrol & Clay, K. 1988. Fungal endophytes of grasses: a Defensive mutualism
between plants and fungi. Ecology. 69:10-16.
Charomaini & Ismail, B. 2008. Indikasi awal ketahanan sengon (Falcataria
moluccana) provenan Papua terhadap jamur Uromycladium tepperianum
54
55
penyebab penyakit karat tumor (Gall Rust). Jurnal pemuliaan tanaman
hutan. Vol. 2 No. 2: September 2008.
Chen, X. Y., Qi, Y.D., Wei, J. H., Zhang, Z., Wang, D. L., Feng, J. D,. Gan, B. C.
2011. molecular identification of endophytic fungi from medicinal plant
Huperzia Serrata based on rDNA ITS analysis. Microbiol biotechnol. 27:
495-503.
Dewi, G. A. 2011. Identifikasi molekuler dan keragaman genetik patogen
penyebab penyakit pembuluh kayu pada tanaman kakao berdasarkan
sekuens ITS. [Thesis] Universitas Udayana. Bali.
Dismukes, W. E., Pappas, P.G., Sobel, J.D. 2003. Clinical mycology: Laboratory
aspects of medical mycology. Oxford University Press, Inc. New York
Dwiyanti, F. G. 2009. Keragaman sengon solomon (Paraserianthes falcataria (L)
Nilsen) pada uji keturunan di hutan percobaan Cirangsad. [Skripsi]
Fakultas Kehutanan Institut Pertanian Bogor.
Ediningsari, Anisa R. 2008. Identifikasi khamir dari perairan mangrove dan laut
cagar alam pulau rambut berdasarkan daerah Internal Transcribed Spacer
(ITS). [Skripsi] Fakultas MIPA Universitas Indonesia. Depok
Elfina, D., Martina, A., Roza., R.M. 2013. Isolasi dan karakterisasi fungi endofit
dari kulit buah manggis (Garcinia mangostana L) sebagai Antimikroba
terhadap Candida albicans, Staphylococcus aureus dan Escherichia coli.
[Skripsi]. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Kampus
Binawidya Pekanbaru.
Faeth, S. H & Fagan, W.F. 2002. Fungal endophytes: common host plant
syimbionts but uncommon mutualists. Integrative and comperative
biotechnology. 42: 360-368.
Fell, J.W., A, Statzell-Tallman & C.P. Kurtzman. 2004. Lachancea meyersii sp.
nov., an ascosporogenous yeast from mangrove regions in the Bahama
island. Studies in mycology. 50: 359-363
Frohlich, J., Hyde, K.D., Petrini, O. 2000. Dalam: Guo, L.D., K.D. Hyde and
E.C.Y, Liew. 2000. Identification of endophytic fungi from Livistona
Chinensis based on morphology and rDNA sequences. Research New
Phytol. 147: 617-630
Fujita, S., Y. Senda, S. Nakaguchi and T. Hashimoto. 2001. Multipex PCR using
Internal Transcribed Spacer 1 and 2 regions for rapid detection and
56
identification of yeast strains. Journal of clinical microbiology. 39 (10):
3617-3622
Gams, W., McGinnis, M.R. 1983. Phialemonium, a new anamorph genus
intermediate between Phialophora and Acremonium. Mycologia. 75: 977-
987.
Gandjar, Indrawati., Sjamsuridjal, W. 2006. Mikologi: dasar dan terapan.
Yayasan obor Indonesia. Jakarta.
Gao, F.K., Dai, C.C., Liu, X.Z. 2010. Mechanisms of fungal endophytes in plant
protection against pathogens. African journal of microbiology research. 4:
1346-1351.
Gardes, M., Bruns, T.D. 1993. ITS primer with enhanced specificity for
basidiomycetes application to the identification of mycorrhizae and rusts.
Molecular ecology. 2:113-118
Geiser, D.M. 2004. a Higher Level phylogenetic clasification of the fungi.
Mycological research. 111: 509-547.
Glen, M., Tommerup, I,C., Bougher, N.L. & O’Brien, P.A. 2002. Are
sebacinaceae common and widespread ectomycorrhzal associates of
eucalyptus species in australian forest?. Original paper of mycorrhyza. 12:
243-247
Guaro, J., J. Gene, A.M. Stchigel. 1999. Developments in fungal taxonomy.
Cllinical microbiology reviews. 12(3): 454-500
Guo, L.D., K.D. Hyde and E.C.Y, Liew. 2000. Identification of endophytic fungi
from Livistona chinensis based on morphology and rDNA sequences.
Research new phytol. 147: 617-630
Hall, B. G. 2004. Phylogenetic trees made easy: a how to manual. 2nd ed. Sinauer
assiciates, Inc., Massachusets: xiii + 221 hlm.
[ICRAF] World Agroforestry Center. 2006. Agroforestry tree database.
Paraserianthes falcataria. Dalam: Dwiyanti, F. G. 2009. Keragaman
sengon solomon (Paraserianthes falcataria (L) Nilsen) pada uji keturunan
di hutan percobaan Cirangsad. [Skripsi] Fakultas Kehutanan Institut
Pertanian Bogor.
57
Ilyas, Muhammad. 2006. Isolasi dan identifikasi kapang pada relung rrizosfir
tanaman di kawasan cagar alam gunung Mutis, Nusa Tenggara Timur.
Biodiversitas. Vol. 7 No. 3: 216-220.
James, S.A., M.D. Collins, I.N. Roberts. 1996. Use of an rRNA Internal
Transcribed Spacer of the genera Zygosaccharomyces and Torulaspora.
International journal of systematic bacteriology. 46(1): 189-194.
James, R.S, Ray, J., Tan, Y.P, Shivas, R.G. 2014. Colletotrichum siamense, C.
theobromicola and C. queenslandicum from several plant species and the
identification of C. asianum in the Northern Territory, Australia. Autralian
plant pathology. 13314-014-0138
Jamil, I. 2005. Analisis sekuen daerah its DNA ribosom (rDNA) dan desain
primer untuk mendeteksi Phytophthora palmivora butl pada kakao. Dalam:
Mulyatni, A.S., Priatmojo, A., Purwantara, A. 2011. Sekuen Internal
Trancribed Spacer (ITS) DNA ribosomal Oncobasidium theobromae dan
jamur sekerabat pembanding. Menara perkebunan. 79(1): 1-5.
Johnston, C.L. 2008. Identification of Penicillium species in the South African
litchi export chain. [Thesis]. Faculty of natural and agricultural sciences
University of Pretoria. South Africa.
Jos, A.M.P., Jens, C. F., Samson, R. 2010. Taxonomy of Penicillium citrium and
related species. Fungal diversity. 44: 117-133.
Kanematsu, S., Kobayashi, T., Kudo, A., Ohtsu, Y. 1999. Conidial morphology,
pathogenicity and culture characteristics of Phomopsis isolates from peach,
Japanese pear and apple in Japan. Ann phytopathol society Japan. 65:264-
273.
Katsu, M., A. Kidd, A. Ando, M.L. Moretti-Branchini, Y. Mikami, K. Nishimura,
W. Meyer. 2003. The Internal Transcribed Spacer and 5.8S rRNA gene
show extensive diversity among isolates of the Cryptococcus neoformans
species complex. FEMS yeast research. 1608:1-12.
Kirk, P.M., Cannon, P.F., Minter, D.W., Staplers, J.A. 2008. Dictionary of the
fungi 10th edn. CABI bioscience. UK.
Krisnawati, H., Varis, E., Kallio, M., Kanninen, M. 2011. Paraserianthes
falcataria (L.) nielsen, ekologi, silvikultur dan produktivitas. Central for
international forestry research. Bogor.
58
Kruys, Å., Eriksson, O.E., Wedin, M. 2006. Phylogenetic relationships of
coprophilous Pleosporales (Dothideomycetes, Ascomycota), and the
classification of some bitunicate taxa of unknown position. Mycology.
110:527–536.
Kurtzman, C.P., P.A. Blanz. 1998. Ribosomal RNA/DNA sequence comparison
for assessing phylogenetic relationship. Dalam: Ediningsari, Anisa R. 2008
Identifikasi khamir dari perairan mangrove dan laut cagar alam pulau
rambut berdasarkan daerah Internal Transcribed Spacer (ITS). [skripsi]
Fakultas MIPA Universitas Indonesia. Depok.
Kurtzman, C.P., T. Boekhout, V. Robert, J.W.Fell, T. Deak. 2003. Methods to
identify yeasts. Dalam: Ediningsari, Anisa R. 2008. Identifikasi khamir dari
perairan mangrove dan laut cagar alam pulau rambut berdasarkan Daerah
Internal Transcribed Spacer (ITS). [skripsi] Fakultas MIPA Universitas
Indonesia. Depok.
Kurtzman, C.P. and J.W. Fell. 2006. Yeast systematics and phylogeny
implications of molecular identification methods for studies in ecology.
Dalam: Ediningsari, Anisa R. 2008. Identifikasi khamir dari perairan
mangrove dan laut cagar alam pulau rambut berdasarkan daerah Internal
Transcribed Spacer (ITS). [skripsi] Fakultas MIPA Universitas Indonesia:
Depok
Li, J., Zhao J.L., Xu, L.J., Zhou, L.G., Li, X. 2008. Endophytic fungi from
rhizomes of Paris polyphylla Var. yunnanensis. World journal microbiol
biotechnol. 24:733-737
Li, N., Chen, X., Zhu, D.Y. 2007. Effect of the fungi on the rooting of Huperzia
Serrata and mechanism. Jiangsu agritechnology science. (5): 181-184.
Li, W.H and D. Graur. 1991. Fundamentals of molecular evolution. Sinauer
associates, Inc. Publisers, Sunderland: 18Altschul, S.F., W. Gish, W. Miller,
E.W. Myers and D.J. Lipman. 1990. Basic Local Aligment Search Tool.
Journal of molecular biology. 215: 403-410
Martawijaya, A. Kartasujana, I., Mandang, Y.I., Prawira, S.A. dan Kadir, K. 1989.
Atlas kayu Indonesia jilid II. Pusat Penelitian dan Pengembangan Hasil
Hutan. Bogor.
Nair, K.S.S dan Sumardi. 2000. Insect pests and diseases of major plantation
species. Research efforts and literature. Center of International Forestry
Research. Bogor.
59
Notoatmodjo, S.S. 1963. Cara-cara mencegah serangan masal dan boxtor
xystrocera festiva pascoe pada tegakan Albizia falcataria. Laporan lembaga
penelitian hutan No. 92. Bogor.
Noverita, Fitria., D. Sinaga, E. 2009. Isolasi dan uji aktivitas antibakteri jamur
Endofit dari daun dan rimpang Zingiber ottensii Val.. Jurnal farmasi
Indonesia Vol. 4 No.4: 171-176
Olliphant. 2006. BioEdit. Dalam: Ediningsari, Anisa R. 2008. Identifikasi khamir
dari perairan mangrove dan laut cagar alam pulau rambut berdasarkan
daerah Internal Transcribed Spacer (ITS). [skripsi] Fakultas MIPA
Universitas Indonesia. Depok.
Pavlic, D., Slippers, B., Coutinho, T.A., Gryenhout, M., Wingfield, M.J. 2004.
Lasiodiplodia gonubiensis sp. nov., a new Botryosphaeria anamorph from
native Syzygium cordatum in South Africa. Study of mycology 50:313–322.
Perrig, D., Boiero, M.L., Masciarelli, O.A., Penna, C., Ruiz, O.A., Cassán, F.D.,
Luna, M.V. 2007. Plant growth promoting compounds produced by two
aronomically import strains of Azospirillum Brasilense, and implications for
inoculant formulation. Microbiology biotechnology. 75: 1143-1150
Petrini, O., T. N. Sieber, L. Toti and O. Viret. 1992. Ecology metabolite
production and substrate utilization in endophytics fungi. Dalam Sinaga, E.
2009. Isolasi dan uji kemampuan antifungal bakteri endofit dari andaliman
(Zanthozylum acanthopodium DC.) Terhadap fungi perusak Makanan.
[Skripsi] Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas
Sumatera Utara. Medan.
Photita, W., Taylor, P. W. J., Ford, R., Kevin, D. H., Lumyong. S. 2005.
Morphological and molecular characterization of Colletotrichum species
from herbaceus plant in Thailand. Fungal diversity. 18: 117-133.
Price, T. V. 2000. Plant parasitic nematodes. Pelatihan Nematodologi. Jakarta.
Prihatini, Istiana. 2012. Identifikasi jamur endofit pada tanaman hutan
menggunakan penanda molekuler. Prosiding seminar nasional bioteknologi
hutan, 9 Oktober 2012. Hal: 109-118
Proia, L. A., Hayden, M.K., Kammeyer, P.L., Ortiz, K., Sutton, D.A, Clark, T.,
Schtoers, H., Summerbell, R.C. 2004. Phialemonium: an emerging mold
pathogen that caused 4 cases of hemodialysis-associated endovascular
infection. Clinical infectious diseases. 39: 373-9.
60
Punithalingam, E. 1980. Plant diseases attributed to Botryodiplodia theobromae.
Dalam: Alves, A., Crous, P.W., Phillips, A.J.L. 2008. Morphological and
Molecular data reveal cryptic speciation in Lasiodiplodia theobromae.
Fungal diversity. 28: 1-13.
Purwanto. 2011. Isolasi dan identifikasi senyawa penghambat polimerisasi HEM
dari fungi endofit tanaman artemisia annua L. Universitas Gadjah Mada.
Yogyakarta.
Rahayu, Sri. 2008. Penyakit karat tumor pada sengon. Makalah Workshop
Penanggulangan Karat Puru pada Tanaman Sengon. Balai Besar Penelitian
Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan. 19 Nop 2008.
Reader, U. and Broda, P. 1985 Rapid preparation of DNA from filamentous fungi.
Dalam: Prihatini, Istiana. 2012. Identifikasi jamur endofit pada tanaman
hutan menggunakan penanda molekuler. Prosiding seminar nasional
bioteknologi hutan 09 Oktober 2012. Hal: 109-118
Rhoden, S. A., Garcia, A., Rubin Filho, C. J., Azevedo, J. L., Pamphile, J. A.
2012. Phylogenetic diversity of endophytic leaf fungus isolates from the
medicinal tree Trechilia elegans (Meliaceae). Genetics and molecular
research. 11 (3): 2513-2522.
Rubini, M.R., Silva-Ribeiro, R.T., Pomella, A.W., Maki, C.S., Araujo, W.L., dos
Santos, D.R. and Azevedo, J.L. 2005. Diversity of endophytic fungal
community of cacao (Theobroma cacao L.) and biological control of
Crinipellis perniciosa, causal agent of witches' broom disease. International
journal of biological sciences. 1: 24-33.
Sakayaroj, J., Preedanon, S., Supaphon, O., Jones, E. B. G., Pongpaichit, S. 2010.
Phylogenetic diversity of endophyte assemblages associated with the
tropical seagrass Enhalus acoroides in Thailand. Fungal diversity. 42: 27-
45.
Sambrook, J. and D.W. Russel. 2001. Molecular cloning: a laboratory manual.
3rd ed. Cold spring harbor laboratory press. New York: xxvii:11-18
Sette, L.D., Passaridi, M.R.Z., Delarmelina, C., Salati, F., Duarti, M.C.T. 2006.
Molecular characterization and antimicrobial activity endophytic fungi from
coffe plants. World journal micobiol biotechnol. 22:1185-1195
Shiono Y, Yokoi M, Koseki T, Murayama T, Aburai N, Kimura K. 2010.
Allantopyrone A, a new alpha-pyrone metabolite with potent cytotoxicity
from an endophytic fungus, Allantophomopsis lycopodina KS-97. Dalam:
61
Selim KA, El-Beih AA, AbdEl-Rahman TM, El-Diwany AI. 2012. Biology
of Endophytic Fungi. Current research in environmental & applied
mycology. 2(1): 31–82.
Sikora, R. A. & Niere, B. 2003. Endophytic microbial diversity and plant
nematode management in African agriculture, Neuenschwer P,
Borgemeister C and Langewald J (Eds), Biological control in IPM systems
in Africa. CAB International. Wallingford. 179-192.
Siregar, I.Z., Tedi, Y. 2008. Kayu sengon. Penebar Swadaya. Bandung.
Soerianegara, I. dan Lemmens, R.H.M.J. 1993 Plant resources of South-East Asia
5(1): Timber trees: major commercial timbers. Pudoc Scientific Publishers.
Wageningen.
Southcott, K. A & Johnson, J. A. 1997. Isolation of endophytes from two species
of palm, from Bermuda. Canadian Journal of Microbiology. 43: 789-
792.Stoval, M.E. (1987). An investigations of the fungal Balansis cyperi
and its effect on purple nutsedge. Cyprus rotundus. Dalam: Suniarsih, N. L.,
Suada, I. K., Suniti, N.W. (2014). Identifikasi jamur endofit dari biji padi
dan uji daya hambatnya terhadap Pyricularia oryzae Cav. Secara in Vitro.
Agroteknologi Tropika. 3: 52-55.
Stalpers, J.A. 1978. Identification of wood-inhabiting Aphyllophorales in pure
culture. Studies in Mycology. 16.
Sturz, A.V., B.G. Christie, J. Nowak. 2000. Bacterial endophytes: potential role in
developing sustainable systems of crop production. Critical Review of Plant
Science. 19:1-30
Starr, C., R. Taggart. 2004. Biology: The unity and diversity of life. 10th ed.
Brooks/Cole-Thomson Learing. Belmont: xxv+1022 hlm.
Sunariasih, L. Niputu., Suada, I ketut., Suniti, Ni Wayan. 2014. Identifikasi jamur
endofit dari biji padi dan uji daya hambatnya terhadap Pyricularia oryzae
Cav. Secara in Vitro. Agroteknologi Tropika. 3: 52-55.
Sunarmi, N. 2010. Isolasi dan identifikasi jamur endofit dari akar tanaman
kentang sebagai antijamur (Fusarium sp, Phytoptora infestans) dan
antibakteri (Ralstonia solanacaerum). [skripsi]. Universitas Islam Negeri
Malang Maulana Malik Ibrahim. Malang.
Syahirul, A. 2008. Isolasi dan identifikasi jamur endofit dari biji pinang (Areca
catechu l.) sebagai penghasil senyawa antibakteri terhadap bakteri Vibrio
62
cholerae dan Staphylococcus aureus. [Skripsi]. Fakultas Sains dan
Teknologi Universitas Islam Negeri Malang.
Takamatsu S. 1998. PCR Applications in Fungal Phylogeny, dalam: Bridge, PD,
Arora, DK, Reddy, CA, Elander, RP, eds. Applications of PCR in mycology.
Wallingford. UK: CAB International: 125-152
Tamura, K., Ddudley, J., Nei, M and Kumar, S. 2007. MEGA4: Molecular
Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular
biology evolution. 24: 1596-1599
Tan, R. X dan Zou, W. X. 2001. Endophytes: A rich source of functional
metabolites. Institute of Functional Biomolecule. School of life sciences.
Nanjing University.
Udayanga, D., Liu, X., McKenzie, E. H., Chukeatorote, E., Bahkali, A.H., Hyde,
K. D. 2011. The genus Phomopsis: Biology, applications, species concepts
and names of common phytopathogens. Fungal diversity. 50: 189-225.
Vossen, V.D., J.M.B.M., H. Rahaoui, M.W.C.M. De Nus & B.J. Jartog. 2003.
PCR methods for tracing and detection of yeasts in the chain. Dalam:
Ediningsari, A. R. (2008). Identifikasi khamir dari perairan mangrove dan
laut cagar alam pulau rambut berdasarkan daerah Internal Trancribed
Spacer (ITS). [Skripsi]. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Indonesia. 115 hal.
Wahyuningtias, Retno. R. 2013. Isolasi dan identifiksi fungi endofit pada jaringan
muda tanaman gaharu (Aquilaria malaccencis Lamk.). [Skripsi]. Fakultas
Pertanian Universitas Sumatera Utara. 31 hal.
White, T.J., Bruns, T.D., Lee, S., and Taylor, J.W. 1990. Amplification and direct
sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Dalam: Innis
MA, Gelfand DH, Sninsky JS, White TJ,ads. PCR Protocols: a guide to
methods and applications. New York, USA: Academic Press, 315-322
Wiryadiputra, S. 2007. Epidemi penyakit tumor pada sengon (Paraserianthes
falcataria) di Jawa Timur Indonesia. Jurnal ilmu kehutanan. Vol. 1 No. 1
(2007).
Youngbae S, Kim S, Park CW. 1997. Dalam: Chen XY, Yao DQ, Jian HW,
Zheng Z, De LW, Jin DF, and Bing CG. 2010. Molecular identification of
endophytic fungi from medicinal plant Huperzia serrata based on rDNA
analysis. World journal micobiology bitechnology. 27: 495-503
63
Yulianti, Titiek. 2013. Pemanfaatan endofit sebagai agensia pengendali hayati
hama dan penyakit tanaman. Buletin tanaman tembakau, serat & minyak
industri. 5(1): 40-49.
Zabalgogeazcoa, I. 2008. Fungal endophytes and their interaction with plant
pathogens. Spanish journal of agricultural research. 2008, 6 (special issue),
138- 146.
Zhang, Y., W. Pedro, L., Conrad, Hyde., K.D. 2012. Pleosporales. Fungal
diversity. 53:1-221.
64
LAMPIRAN
Lampiran 1. Hasil Subkultur
Jumlah Kultur Murni Hasil Subkultur Isolat Jamur Endofit Pohon Sengon
Daerah asal
isolat
Jumlah isolat dari jaringan tumbuhan
Kode isolat Daun Tulang
daun
Ranting
batang
Kulit
batang
Hobikosi
2 2 2 2
J51/L
J51/LS J51/B
J51/T
Nifasi
2 1 0 2
J35/L
J35/LS J35/B
J35/T
Worbeg
2 1 1 3
J37/L J37/LS
J37/B
J37/T
Keterangan : /L = daun, /LS = Tangkai daun, /B = Ranting, /T = Kulit batang
64
65
Lampiran 2. Daftar sekuen referensi dari genbank (GB) yang digunakan dalam
analisis filogenetik.
No. Akses
GB species
No. Akses
GB species
JF710584 Alternaria sesami JN418795 Microdiplodia sp. E10
EU732734 Alternaria tenuis NR_103636 Mucor guilliermondii FJ194523 Ascochyta pinodes AB299414 Neosartorya coreana
KJ185130 Colletotrichum
fructicola AB299413 Neosartorya laciniosa
AY266402 Colletotrichum
gloeosporioides GU325660 Penicillium camemberti
GQ369600 Colletotrichum
incarnatum NR_111492 Penicillium chrzaszczii
JN050242 Colletotrichum
thailandicum JQ901861 Penicillium citrinum
KC343044 Diaporthe carpini JN617685 Penicillium copticola KC343150 Diaporthe cf. nobilis NR_121516 Penicillium copticola
NR_111847 Diaporthe
endophytica AY313621 Penicillium decaturense
GQ305306 Didymella fabae JN617681 Penicillium sanguifluum NR_111855 Diaporthe novem NR_111495 Penicillium shearii
AB245446 Diaporthe sp. MI 02 NR_111488 Penicillium steckii
HM595720 Fusarium asiaticum DQ123664 Penicillium sp. DQ459834 Fusarium asiaticum AF455437 P. roseopurpureum
KC817122 F. chlamydosporum NR_121515 Penicillium terrigenum
KF494038 F.chlamydosporum KF679754 Peyronellaea arachidicola
KF493867 Fusarium equiseti EU035984 Phialemoniopsis
curvata
KJ000430 Fusarium fujikuroi JN559402 Phialemonium dimorphosporum
KF494108 Fusarium oxysporum KJ573444 Phialemoniopsis
ocularis
KJ767073 Fusarium
proliferatum KF850377 Phoma medicaginis
KF918580 Fusarium solani JF502462 Phoma sp. 1-12
AB563193 Fusarium sp. MF-27 EU573028 Peyronellaea pinodella KJ458978 Fusarium sp. 079M JQ613999 Phomopsis asparagi
KM051401 Fusarium sp. BAB JN198407 Phomopsis fukushii
JF740930 Fusarium sp. NRRL HM439635 Phomopsis occulta KF428712 Fusarium sp. JF441201 Phomopsis sp. RP
KJ801959 Fusarium
verticillioides JX139559 Phomopsis sp. A5
GQ924900 Colletotrichum
acutatum KJ739488 Diaporthe vaccinii
KJ638946 Glomerella cingulata KC005686 Phyllosticta sp. JF
AB738850 Glomerella septospora
AB938189 Pleospora herbarum
KJ756381 Lasiodiplodia HQ008911 Pleosporales sp. E8006
66
No. Akses
GB species
No. Akses
GB species
sp.CMB
KJ885546 Lasiodiplodia jatrophicola
JN545760 Rhizopycnis sp. E9303f
KC218447 Massarinaceae sp.
Fataf KJ471488 Rhizopycnis vagum
AF383965 Massarina walkeri
Catatan:
Sekuens yang digunakan sebagai referensi adalah sekuen yang memiliki
kecocokan paling tinggi (closely related species) terhadap sekuen sampel (query)
67
Lampiran 3. Hasil Eelektroforesis produk PCR ITS1F-ITS4 ke-20 sampel isolat
jamur endofit pohon sengon Provenance Wamena
Gambar. Elektroforesis PCR ITS1F-4
sampel isolat Pf 23, 25, 26, 37, 39, 44
Gambar. Elektroforesis PCR ITS1F-4
sampel isolat Pf 46, 48, 58, 64, 65
Gambar. Elektroforesis PCR ITS1F-4
sampel isolat Pf 73, 76, 79, 90, 91, 96
Gambar. Elektroforesis PCR ITS1F-4
sampel isolat PF 103, 109, 110
400
100 200
500
Pf
44 pf
39
pf
37
pf
26
pf
25
Pf 23 M
200 100
400 500
pf
48
pf
64
pf
58
pf
46
pf
48 M
500 400
100 200
pf
96
pf
91
pf
90
pf
79
pf
76
pf
73 M
200 100
400 500
M pf
109
pf
110
pf
103
68
Lampiran 4. Pohon filogenetik ke-20 isolat jamur endofit provenan Wamena
Analisis filogenetik menggunakan Maximum Likelihood model Tamura-Nei
terhadap sekuen ITS jamur endofit sengon. Sekuen jamur Mucor guilliemondii
digunakan sebagai outgroup dalam analisis ini.
Fusarium solani (KF918580)
Fusarium sp. (KM051401)
Pf91
Pf103
Pf76
Fusarium equiseti (KF493867)
Fusarium chlamydosporum (KC817122)
Pf73
Pf58
Fusarium sp. (JF740930)
Pf39
Fusarium oxysporum (KF494108)
Fusarium proliferatum (KJ767073)
Fusarium fujikuroi (KJ000430)
Fusarium verticillioides (KJ801959)
Colletotrichum fructicola (KJ185130)
Colletotrichum ignotum (KC790967)
Pf25
Pf64
Colletotrichum gloeosporioides strain (AY266402)
Colletotrichum incarnatum (GQ369600)
Diaporthe longicolla (KJ466980)
Pf26
Phomopsis sp. (JF441201)
Pf90
Phomopsis vaccinii clone FN-4-W1-1-6 internal transcribed spacer 1,
Pf79
Diaporthe helianthi (JQ936143)
Diaporthe lusitanicae (KC343136)
Diaporthe endophytica (NR_111847)
Pf109
Diaporthe sp. (AB245446)
Phialemonium dimorphosporum (JN559402)
Phialemonium sp. (KF746157)
Phialemoniopsis ocularis (KJ573444)
Pf65
Sordariomycetes
Penicillium sanguifluum (JN617681)
Penicillium camemberti (GU325660)
Pf23
Penicillium sp. (DQ123664)
Penicillium copticola (NR_121516)
Penicillium roseopurpureum (AF455437)
Eurotiomycetes
Lasiodiplodia sp. (KJ756381)
Lasiodiplodia jatrophicola (KJ885546)
Pf110
Massarina walkeri (AF383965)
Phoma sp. (JF502462)
Massarinaceae sp. (KC218447)
Pf44_
Pf46
Pleosporales sp. (HQ008911)
Phoma medicaginis (KF850377)
Dothideomycetes
Mucor guilliermondii (NR_103636)
85
87
73
95
89
56
38
59
70
98
99
80
97
76
78
89
100
53
54
100
69
55
51
93
72
61
100
0.05
69
Lampiran 5. Proses PCR
Komposisi PCR Master Mix
Bahan Konsentrasi Volume
MgCl2 2.0 mM 1µl
5X Buffer PCR BioLine
67mM Tris HCl; 16mM
(NH4)2SO4 (dalam NH4- based reaction buffer)
5µl
BSA 0.2µg/µl 0.5µl
Primer Forward (ITS1F) 5µM 0.25µl
Primer Reverse (ITS4) 5µM 0.25µl
dNTP 200 mM 0.25µl
Mangotaq Polymerase by
Bioline 0.02units/µL 0.1µl
Sample genomic DNA 10-20 ng 5µl
ddH2O - 12.65µl
Cycling Protocol of amplification PCR
Fase Suhu Waktu
Fase denaturation 95 ºC 120 sec
Fase amplifikasi (35 siklus)
denaturation annealing
extention
95ºC 55ºC
72ºC
30 sec 30 sec
60 sec
Fase final extension 72ºC 600 sec
Duration of protocol 2 hr 3 min
Primer ITS
Primer Urutan basa DNA
ITS 1F (CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA) (Gardes and Brun, 1993)
ITS 4 (GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG)
(White et al., 1990)
Keterangan: Konsentrasi Primer 5 µM (pmol/ µl) dalam buffer TBE
70
Lampiran 6. Keterangan Kode Isolat
Kode Sampel Identitas Isolat Keterangan Asal
Organ Lokasi
Pf23 J51/1/1/L/4 Daun Hobikosi
Pf58 J51/3/1/L/7 Daun Hobikosi
Pf25 J35/1/1/L/6 Daun Nifasi
Pf26 J35/2/1/L/7 Daun Nifasi
Pf90 J37/3/1/L/2 Daun Worbeg
Pf91 J37/1/1/L/3 Daun Worbeg
Pf46 J51/1/1/LS/2 Tangkai Daun Hobikosi
Pf48 J51/1/1/LS/4 Tangkai Daun Hobikosi
Pf37 J35/2/1/LS/5 Tangkai Daun Nifasi
Pf96 J37/3/1/LS/1 Tangkai Daun Worbeg
Pf64 J51/3/3/B/3 KulitBatang Hobikosi
Pf65 J51/3/3/B/4 KulitBatang Hobikosi
Pf39 J35/2/1/B/1 KulitBatang Nifasi
Pf44 J35/2/1/B/6 KulitBatang Nifasi
Pf103 J37/1/1/B/1 KulitBatang Worbeg
Pf109 J37/1/1/B/7 KulitBatang Worbeg
Pf110 J37/3/1/B/8 KulitBatang Worbeg
Pf73 J51/3/1/T/1 Ranting Hobikosi
Pf76 J51/3/3/T/4 Ranting Hobikosi
Pf79 J37/2/1/T/1 Ranting Worbeg
71
Lampiran 7. Hasil pengamatan morfologi dan mikroskopis 20 sampel isolat jamur endofit pohon sengon provenance Wamena
No Kode Sampel Koloni Mikroskopis
1 Pf23
Surface Reverse
400X 1000X
2 Pf25
Surface Reverse
400X 1000X
3 Pf26
Surface Reverse
400X 1000X
Klamidiospora
Konidia
Phialides
Klamidiospora
Klamidiospora
Klamidiospora
72
(Lanjutan)
No Kode Sampel Koloni Hifa
4 Pf37
Surface Reverse
400X 1000X
5 Pf39
Surface Reverse
400X 1000X
6 Pf44
Surface Reverse
400X 400X
Klamidiospora Konidiofor
Konidia
Konidiofor
Klamidiospora
Hifa
73
(Lanjutan)
No Kode Sampel Koloni Hifa
7 Pf46
Surface Reverse
400X 1000X
8 Pf48
Surface Reverse
400X 1000X
9 Pf58
Surface Reverse
400X 1000X
Hifa
Konidiofor Konidia
Klamidiospora
Clamps
Konidiofor Makrokonidia
74
(Lanjutan)
No Kode Sampel Koloni Hifa
10 Pf64
Surface Reverse
400X 1000X
11 Pf65
Surface Reverse
400X 1000X
12 Pf73
Surface Reverse
400X 1000X
Klamidiospora
Hifa
Klamidiospora
Konidia
Hifa
Konidiofor
Mikrokonidia
75
(Lanjutan)
No Kode Sampel Koloni Hifa
13 Pf76
Surface Reverse
400X 1000X
14 Pf79
Surface Reverse
400X 1000X
15 Pf90
Surface Reverse
400X 1000X
Inti sel
Rantai
Klamidospora Konidiofor
Konidiofor Konidia
Klamidiospora
Klamidiospora
Hifa
76
(Lanjutan)
No Kode Sampel Koloni Hifa
16 Pf91
Surface Reverse
400X 1000X
17 Pf96
Surface Reverse
400X 1000X
18 Pf103
Surface Reverse
400X 1000X
Klamidiospora Makrokonidia
Konidiofor
Hifa
Klamidiospora
Klamidiospora Hifa
Konidiofor
77
(Lanjutan)
No Kode Sampel Koloni Hifa
19 Pf109
Surface Reverse
400X 400X
20 Pf110
Surface Reverse
400X 1000X
Klamidiospora
Hifa Klamidiospora Konidia
78
Lampiran 8.Hasil Sequencing
79
80
81
82
83
84
85
86
87