LAPORAN TERBAIK PRAKTIKUM

PERCOBAAN VI

BIOINFORMATIKA

KELOMPOK I

Ismi Simpang Anggia 24030112120008

Nabila Yaman 24030112140067

Putri Intan Pratiwi 24030112130068

Ratna Indria Sari 24030112130061

Rizka Andianingrum 24030112140060

Salsabila 24030112130063

Septyandini 24030112130062

Setya Nata Mahardika 24030112130050

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA

UNIVERSITAS DIPONEGORO

SEMARANG

2014

ABSTRAK

Telah dilakukan percobaan yang berjudul “Bioinformatika (Konstruksi

Pohon Filogeni)” bertujuan untuk Menentukan hubungan kekerabatan antar

organisme (bakteri) melalui konstruksi pohon filogeni.Fungsi filogeni yaitu dapat

menunjukkan hubungan evolusi antar organism (hubungan kekerabatan) yang

mana sampel memiliki sifat yang sama dengan kerabat yang terdekat karena

sejenis. Sampel DNA identik dengan Streptococcus Agalatiae SA20. Program

yang digunakan dalam percobaan ini adalah NCBI, BLAST, seqbooth, exe,

DNAPARS dan consense.exe. Metode yang digunakan adalah metode

higuchifractal. Prinsipnya adalah search engine ( memberi input berupa urutan

nukleotida ) dan menerjemahkannya ke dalam kode-kode genetic sehingga

diketahui susunan asam amino dalam skuensinya. Hasil yang diperoleh adalah

sampel mempunyai kekerabatan dekat dengan Streptococcus Agalatiae SA20.

yaitu merupakan jenis gen 16 S rRNA sehingga dapat disimpulkan bahwa sampel

merupakan jenis bakteri yang mempunyai gen jenis 16 S rRNA.

Kata Kunci : Bioinformatika, pohon filogeni, NCBI, BLAST, 16 S rRNA

ABSTRACT

Have performed experiments entitled " Bioinformatics ( Phylogeny Tree

Construction ) " aims to Determine kinship between organisms ( bacteria )

through filogeni.Fungsi phylogeny tree construction is that it can show the

evolutionary relationships between organisms ( kinship ) in which the sample has

the same properties as nearest relatives because similar . DNA sample identical to

the organism Streptococcus Agalatiae SA20. The program used in this experiment

is the NCBI , BLAST , seqbooth , exe , DNAPARS and consense.exe. Method

used are higuchifractal method . The principle is to search engines ( give input in

the form of a sequence of nucleotides ) and translate them into the genetic codes

that are known amino acid composition in skuensinya . The result is a sample has

a close kinship with Streptococcus Agalatiae SA20, which is a type 16 S rRNA

gene so that it can be concluded that the sample is a type of bacteria that have a

type 16 S rRNA gene .

Keywords : Bioinformatics , tree phylogeny , NCBI , BLAST, 16 S rRNA

PERCOBAAN VI

BIO INFORMATIKA

(Konstruksi Pohon Filogeni)

I. TUJUAN PRCOBAAN

Menentukan hubungan kekerabatan antar organisme (bakteri) melalui

konstruksi pohon filogeni.

II. DASAR TEORI

2.1.Bioinformatika

Bioinformatika adalah bidang ilmu yang lahir dan

diperlukannya kemampuan computer berdaya tinggi untuk membantu

mengorganisir, menganalisis dan menyimpan informasi biologis

(Susan, 2002)

Tipe-tipe informasi biologis primer yang terlibat dalam bio

informatika adalah data sekuens DNA dan protein. Setelah teknologi

sequencing DNA menjadi mudah dan otomatis, dihasilkan sekuens gen

dalam jumlah yang luar biasa banyaknya. Database public diciptakan

untuk menampung informasi dan mengizinkan semua orang untuk

menggunakannya. Data base yang tetap atau definitive di Amerika

Serikat bagi sekuens-sekuens gen disebut Gen Bank yang ditangani

oleh National Center yor Biotechnology Information (NCBI) (Susan,

2002).

Karena teknologi sequencing DNA telah mengalami kemajuan

dengan amat cepat, para peneliti tidak hanya melakukan sequencing

atas gen-gen tunggal namun juga genom keseluruhan organism,

berkisar dari bakteri dan virus sampai tumbuhan, serangga dan

manusia. Sebagian besar informasi itu juga dimasukkan ke dalam

database public untuk digunakan dan dianalisis oleh para saintis dari

seluruh dunia.Sebagian informasi itu digunakan oleh perusahaan-

perusahaan bioteknologi dan farmasi untuk membantu mereka

mengembangkan obat-obatan dan penanganan penyakit lebih

baik.(Susan, 2002)

2.2. DNA

Asam deosiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA, adalah

sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyususn

berat kering setiap organisme. DNA umumnya terdapat di dalam

sel.DNA merupakan suatu polimer , rekombinasi DNA merupakan

suatu proses alamiah denagn unsure-unsur material genetik (pecahan-

pecahan molekul DNA) dipersatukan ke dalam suatu molekul DNA

yang lain. DNA produk dirujuk sebagai suatu DNA rekombinan

(Fessenden, 1986).

DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari

ribuan deoksiribosa nukleotida yang tergabung dalam suatu urutan

yang bersifat khas bagi setiap organisme. Molekul ini biasanya

berbentuk rantai ganda. Kromosom sel kariotik merupakan satu

molekul besar DNA yang berikatan erat menjadi suatu daerah int i

atau nukleotida. Sel eukariotik mengandung sejumlah molekul DNA.

Masing-masing pada umumnya memiliki ukuran jauh lebih besar

daripada sel prokariota.molekul DNA dalam eukariota bergabung

dengan molekul protein dan dikelompokan menjadi serabut kromatin

di dalam nucleus, yang dikelilingi sistem ganda yang kompleks. DNA

berfungsi untuk menyimpan informasi genetik seacra lengkap yang

diperlukan untuk menentukan struktur semua protein dari tiap-tiap

spesies organisme agar biosintesis sel dan jaringan berlangsung secara

teratur, untuk menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus

hidupnya dan untuk menentukan kekhususan organisme tertentu. Basa

purin yang terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin sedangkan

basa pirimidin yang terdapat dalam DNA adalah sitosin dan timin.

Antara basa-basa yang terdapat pada rantai asam nukleat ini terikat

dengan suatu ikatan hidrogen. Adenin dapat membentuk dua ikatan

hidrogen dengan timin (A=T), sedangkan Guanin dan sitosin dapat

membentuk tiga ikatan hidrogen (G C). Ikatan yang terbentuk antara

basa-basa tersebut dapat dilihat dari struktur berikut:

(William, 2002)

2.3. Filogenetika

Protein-protein dapat berevolusi dengan laju yang berbeda-

beda akibat adanya factor intrinsik (mekanisme perbaikan-perbaikan )

dan faktor ekstrinsik (mutagen dari lingkungan). Protein-protein yang

sangat lestari (conversed) tampaknya hanya mampu monoleransi

sedikit perubahan kecil sedangkan sejumlah protein lainnya mampu

menyerap berbagai mutasi tanpa kehilangan fusngsinya. Mutasi yang

terjadi di luar daerah yang terlibat dalam fungsi normal molekul dapat

ditoleransi sebagai mutasi netral secara selektif.Seiring berjalannya

waktu geologis, mutas-mutasi netral tersebut cenderung terakumulasi

di dalam garis keturunan geneologis. Jika kita asumsikan kalau

mutasi-mutasi netral semacam itu terakumulasi dengan laju konstan

untuk protein yang sangat lestari, maka kita bisa menentukan pola

percabangan dari pohon filogenetik (disebut juga kladogram atau

pohon evolusi).(William,2002)

2.4. Blast

Membandingkan data urutan nukleotida/protein dengan

database nukleotida/protein di seluruh dunia melalui situs dan

beberapa situs lainnya (Susan, 2002).

N

N

O

H3C

OH

HH

HN N

N

N

N

Timin

Adenin

N

N

HN O

H H H

O N

N

N

N

N H

Sitosin

Guanin

Selain sekedar menyimpan informasi biologis, database itu bisa

digunakan untuk menganalisis gen-gen, fungsi-fungsinya dan

evolusinya, Sebagai contoh, jika sebuah gen diklona dan di

sequencing, sekuens itu bisa digunakan untuk penelusuran yang

disebut BLAST, terhadap semua sekuens yang diketahui (yang

berjumlah 12 juta dan masih terus bertambah) (Susan, 2002).

Hal tersebut dilakukan untuk menentukan apabila (I) gen itu

sudah penuh diklono dan (2) gen itu baru, kekerabatannya dengan

sekuens-sekuens lain bisa membantu kita untuk menentukan

kemungkinan fungsi biologisnya database protein juga bisa

ditelusuri.( Susan,2002).

2.5.NCBI

Database publik diciptakan untuk menampung informasi dan

mengizinkan semua orang untuk menggunakannya. Database yang

tetap atau definitive di Amerika Serikat bagi sekuens-sekuens gen

disebut gen bank yang ditangani oleh National Center for

Biotechnology Information (NCBI) dan pada juni 2001, telah

memiliki 12.973.766 catatan sekuens dari ribuan spesies mikroba,

tumbuhan dan hewan berbeda.Database tersebut bisa ditemukan

dalam situs NCBI, http:// www.ncbi.nlm.nih.gonav/. Ada database-

database tambahan untuk sekuens DNA di Jepang pada data bank of

japan (DDBJ) dan di Eropa pada European Molecular Biology

Laboratory (GMBL). Semua database itu merupakan sistem-sistem

yang bekerja sama.( Susan, 2002)

Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI), telah didirikan

sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk informasi

biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses

secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk

menganalisis data genom yang menyebabkan informasi biomedik

yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses

molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia

(Susan, 2002).

2.6 Gen 16S – RNA

Mekanisme translasi atau sintesis protein secara garis besar

terdiri dari 3 tahapan, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada tahap

inisiasi, sebuah molekul rRNA akan terikat pada permukaan ribosom

dansub unitnya telah bergabung. Pengikatan ini terjadi pada 16SrRNA

di bagian sub unitnya 303 pada ribosom prokariot. Karena pada

mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu yang disebut sebagai

tempat pengikatan ribosom (ribosom bending site) atau urutan Shine –

Dolyarna (5+ - AGUmGGU – 3

+). Ribosom ini spesifik dikenali oleh

IGSrRNA, atau dengan kata lain sekuens 16SrRNA berfungsi sebagai

sekuen anti – shine – dalyarna (Witarto, 2003).

Sifat spesifik dari 16SrRNA yang bebas ini dimiliki oleh setiap

spesifik bakteri. Oleh karena itu, gen yang mengkode pembentukan

16SrRNA bias dijadikan alat identifikasi bakteri tertentu. Penggunaan

analisis gen 16SrRNA sebagai acuan identifikasi bakteri secara

molekuler memiliki keunggulan, dimana gen ini relatif konstan dan

tidak berubah dalam jangka waktu yang sangat lama atau dengan kata

lain laju mutasinya sangat kecil.

-8 +3

mRNA 5+ GGC AAG GAG GUA AAA AUG ACC

16S 3+ A UUC CUC CAU AG....

1542 1537 1530

(Witarto, 2003)

Gen – gen yang mengkode pembentukan ribosomat (rRNA)

bervariasi dalam suatu operon yang sama, secara berurutan dari ujung

5+ gen tersebut masing-masing adalah 16SrRNA , 235 rRNA dan 5

GGC AAA AAA

rRNA. Jumlah men-operon bervariasi mulai dari satu sampai 15

operon per total genom bakteri (terminus) S‟ 16S rRNA berada pada

ujung daerah dan mengkode pembentukan RNA ribosomat pada sub

unit kecil ribosom. Ketiga gen tersebut dipisahkan oleh daerah spacer

yang dinamakan ISR (Inter Spacer Region). Lestari (conserved area)

selanjutnya akan membentuk RNA konster (lRNA) yang berperan

pada proses sintesis protein (Witarto, 2003).

5+ - - Spacer - - - - 3

+

1540 b 280 b 100 b

Gen 16S rRNA berurutan panjang antara 1500 – 1550 ph dan

kaya basa nitrogen guanin dan sitosin. Pada gen 16S rRNA terdapat

suatu daerah yang dinamakan daerah variabel dan daerah lestari

(conserved area) , sebagian atau seluruh urutan basa pada daerah inilah

yang akan menjadi urutan basa yang akan disebut oleh primer gen 16S.

Daerah Lestari (conserved area) pada gen 16S rRNA umumnya

memiliki ukuran sekitar 540 ph. Teknik identifikasi bakteri

menggunakan analisis sekuen gen 16S rRNA sudah dimulai sejak

tahun 1580-an, sehingga database nukleotida gen 16S pada bakteri

sudah cukup tersedia untuk menjadi acuan identifikasi isolasi bakteri

dan studi filogenik.(Witarto, 2003)

2.7 Pohon Filogenik

Pohon filogenetika atau pohon evolusi adalah diagram

percabangan atau "pohon" yang menunjukkan hubungan evolusi antara

berbagai spesies makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan

karakteristik fisik dan/atau genetik mereka. Takson yang terhubung

pada pohon tersebut berarti diturunkan dari satu nenek moyang

bersama. Penggambaran pertama pohon ini antara lain ditemukan pada

bukuElementary Geology dari Edward Hitchcock (1840) dan The

Origin of Species dari Charles Darwin (1859). Pohon filogenetika ini

Gen IGS Gen 235 Gen 53 Gen rRNA

dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi, seperti pohon

kehidupan. Selain itu pohon ini dapat digunakan untuk mencari fungsi

dari suatu gen atau protein, riset medis dan epidemiologi seperti HIV,

dan studi evolusi.Menurut jurnal internasional (Saitou,1987), pohon

filogeni dibentuk dengan menggunakan PHYLOWIN. Dasar untuk

menentukan urutan gen 16 S rRNA pada Cytophaga fermentants

sebagai hasil atau luasan. Jarak pohon terbentuk dari alogaritma

Neighbour_Joining dengan dua parameter koreksi.(Saitou,1987).

2.8 Higuchifractal

Metode higuchifractal merupakan metode yang cocok untuk

mempelajari fluktuasi signal dan telah diaplikasikan pada urutan

nukleotida. Dalam hal ini, basa ATCG dikonversikan menjadi

penomoran sekuens berdasarkan nomor atom, total dari proton.

(Berryman,2004)

2.9 RNA

2.9.1 Pengertian RNA

Asam ribonukleat (RNA) adalah rantai nukleotida hadir dalam

sel-sel dari semua kehidupan. Rantai ini memiliki sejumlah fungsi

penting bagi organisme hidup, mulai dari regulasi ekspresi gen untuk

bantuan dengan menyalin gen. Severo Ochoa, Robert Holley, dan Carl

Woese semua memainkan peran penting dalam menemukan RNA dan

memahami cara kerjanya, dan penelitian lebih lanjut terus-menerus

dilakukan.

(Berryman,2004)

RNA terdiri dari serangkaian nukleotida, yang pada gilirannya terdiri dari

gula ribosa, basa dan fosfat. Banyak orang yang akrab dengan asam

deoksiribonukleat (DNA), asam nukleat yang sering disebut sebagai “blok

bangunan kehidupan” karena mengandung materi genetik bagi orangtua

organisme tersebut. RNA sama pentingnya, bahkan jika itu adalah kurang

dikenal, karena memainkan peran penting dalam membantu DNA untuk

menyalin dan mengekspresikan gen, dan untuk mengangkut bahan genetik

di dalam sel. RNA juga memiliki sejumlah fungsi independen yang tidak

kalah penting (Berryman,2004).

RNA untai memiliki tulang punggung yang terbuat dari kelompok

fosfat dan ribosa, yang empat basa dapat menempel. Keempat basa adalah

adenin, sitosin, guanin, dan urasil. Tidak seperti DNA, RNA terdiri dari

untai tunggal, dengan helai lipat untuk kompak diri ke dalam ruang yang

ketat dari sel. Banyak virus bergantung pada RNA untuk membawa materi

genetik mereka, menggunakannya untuk membajak DNA dari sel yang

terinfeksi untuk memaksa sel-sel untuk melakukan apa yang diinginkan

virus mereka lakukan (Berryman,2004).

Asam nukleat berperan dalam sintesis protein, duplikasi materi

genetik, ekspresi gen, dan regulasi gen, antara lain. Ada beberapa jenis

yang berbeda, termasuk ribosom RNA (rRNA), RNA transfer (tRNA), dan

RNA (mRNA), yang semuanya memiliki fungsi yang sedikit berbeda.

Studi pada jenis yang berbeda kadang-kadang mengungkapkan informasi

menarik. rRNA, misalnya, mengalami sedikit perubahan selama ribuan

tahun, sehingga dapat digunakan untuk melacak hubungan antara

organisme yang berbeda, mencari nenek moyang yang sama atau

berbeda.(Griffiths,2000)

2.9.2 Struktur RNA

RNA tersusun atas molekul-molekul berikut :

1. Gula D-ribosa

2. Fosfat

3. Basa nitrogen

RNA terdiri atas rantai poliribonukleotida yang basa-basanya

biasanya adalah adenin, guanin, urasil, dan citosin. RNA terdapat dalam

nukleus maupun sitoplasma sel. Variasi bentuk RNA lebih banyak

daripada DNA. RNA memiliki berat molekul antara 25.000 sampai

beberapa juta. Kebanyakan RNA berisi rantai polinukleotida tunggal ,

tetapi rantai ini bisa terlipat sedemikian rupa membentuk daerah heliks

ganda yang mengandung pasangan pasangan basa A:U dan G:C.

(Griffiths,2000)

Molekul RNA mempunyai bentuk yang berbeda dengan DNA.

RNA memiliki bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA

merupakan polinukleotida yang tersusun atas banyak ribonukleotida.

Tiap ribonukleotida tersusun atas gula ribosa, basa nitrogen, dan asam

fosfat. Basa nitrogen RNA juga dibedakan menjadi basa purin dan basa

pirimidin. Basa purinnya sama dengan DNA tersusun atas adenin (A) dan

guanin (G), sedangkan basa pirimidinnya berbeda dengan DNA yaitu

tersusun atas sitosin (C) dan urasil (U). (Griffiths,2000)

2.9.3 Jenis-Jenis RNA

Terdapat tiga tipe utama RNA, yakni :

1. Transfer RNA(tRNA)

RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di

dalam sitoplasma. tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai

penerjemah kodon dari mRNA. tRNA memiliki proporsi nukleosida yang

lebih relatif tinggi.Transfer RNA (transfer-Ribonucleic acid) atau asam

ribonukleat transfer adalah molekul yang menginterpretasikan pesan

genetik berupa serangkaian kodon di sepanjang molekul mRNA dengan

cara mentransfer asam-asam amino ke ribosom dalam proses translasi.

Tiap tRNA mengandung suatu sekuen dengan tiga rangkaian basa

pendek (antikodon). Semua ujung 3‟ tRNA mengandung sekuen SSA yang

terletak berseberangan dengan sekuen antikodon . Suatu asam amino

tertentu akan melekat pada ujung 3 tRNA. Pelekatan ini merupakan cara

berfungsinya tRNA, yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya

berguna dalam sintesis protein, yaitu pengurutan asam amino sesuai urutan

kodon pada mRNA.

2. Ribosomal RNA(rRNA)

rRNA terdapat dalam ribosom,yang mengandung protein yang

massanya kurang lebih sama. Molekulnya berupa pita tunggal, tak

bercabang, dan fleksibel. rRNA meliputi sekitar 80 persen total RNA

dalam sel danpada sel-sel yang tidak mempunyai inti sejati terdiri atas

beberapa tipe rRNA yaitu 23S rRNA, 16S rRNA, dan 5S rRNA.

3. Messenger RNA(mRNA)

RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal

linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus. mRNA berupa rantai

tunggal yang relatif panjang . Panjang pendeknya mRNA berhubungan

dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan

asam amino yang menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan

kodon yang terdapat di dalam molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA

bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida. Setiap molekul

membawa salinan urutan DNA, yang ditranslasikan dalam sitoplasma

menjadi satu rantai polipeptida atau lebih.

Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik

dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini dibentuk

bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan dihancurkan dalam

plasma. (Griffiths,2000)

2.9.4 Fungsi RNA

Pada sekelompok virus (misalnya bakteriofag), RNA merupakan

bahan genetik. Ia berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik,

sebagaimana DNA pada organisme hidup lain. Ketika virus ini menyerang

sel hidup, RNA yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang

kemudian di translasi oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru

(Griffiths,2000).

Namun demikian, peran penting RNA terletak pada fungsinya

sebagai perantara antara DNA dan proteindalam proses ekspresi

genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini,

RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam

proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet',

tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon setiap kodon berelasi

dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer yang

menyusun protein.(Griffiths,2000)

Struktur RNA dan DNA

.(Griffiths,2000)

2.10 Gen Bank

GenBank adalah akses terbuka, yang berisis koleksi beranotasi dari

semua urutan nukleotida serta terjemahan proteinnya yang tersedia untuk umum.

Database ini diproduksi dan dikelola oleh National Center for Biotechnology

Information (NCBI) sebagai bagian dari International Nukleotida Sequence

Database Colaboration (INSDC). Pusat Nasional untuk informasi bioteknologi

merupakan bagian dari National Institutes of Health di Amerika Serikat. GenBank

dan kolaborator menerima urutan DNA yang diproduksi di laboratorium di

seluruh dunia dari lebih dari 100.000 organisme yang berbeda. Dalam lebih dari

30 tahun sejak berdirinya, GenBank telah menjadi database yang paling penting

dan paling berpengaruh untuk penelitian di hampir semua bidang biologi, yang

datanya diakses dan dikutip oleh jutaan peneliti di seluruh dunia. GenBank terus

tumbuh pada tingkat yang eksponensial, dua kali lipat setiap 18 bulan (Da,

Benson, et al, 2010)

III. METODE PRAKTIKUM

Masuk NCBI

(www.ncbi.nlm.gov)

BLAST-n

Pilih menu nukleotida

File (blast.txt) dimasukkan Muncul blast kosong

Klik Blast

Pilih Sterptococcus Agalatiae SA20 Copy subject

Data pembanding Paste subject yg telah dicopy dan simpan

dalam format txt

blast1.txt

Masuk program clustalW2.exe

Ketik 1 dan Enter

Input file dengan mengetik nama file “blast1.txt” dan Enter

Ketik 2 dan Enter

Ketik 9 dan Enter

Ketik 4 dan Enter

Enter

Ketik 1 dan Enter

Ketik nama file “blast1.aln” dan Enter

Ketik nama file “blast1.dnd” dan Enter

Ketik nama file “blast1.phy” dan Enter

Masuk program seqboot.exe

Ketik nama file “blast1.phy”

Pilih “Y”dan Enter

Muncul pertanyaan:”Random number seed?” ketik 111, lalu Enter untul keluar

Outfile

Rename menjadi “boot_blast1”

boot_blast1

Masuk program DNApars.exe

Ketik nama file “boot_blast1” dan Enter

Ketik Y dan Enter

Outfile Outtree

Rename “tree_blast1”

Pilih program “consense.exe”

Ketik nama file “tree_blast1” dan Enter

Ketik F dan Enter

Ketik “con_blast1” dan Enter

Ketik Y dan Enter

Outree

Rename menjadi “tree_blast1.txt”

tree_blast1.txt

Masuk website www.google.com Ketik Phylodendron

Muncul beberapa pilihan

pilih phenogram

Input file “tree_blast1.txt dan Submit

Pohon Filogeni

IV.DATA PENGAMATAN

NO PERLAKUAN HASIL

1 NCBI dan BLAST

-Pemasukan data pada NCBI

-Masuk ke Blast

-Pada saat muncul ke data pembanding maka

delete query dan sisakan subjek lalu copy

subjek, di simpan dalam format txt

-Masuk dalam program clustalw

-terdapat 3 data nama blast.aln, blast.dnd,

blast.phy

Nama file: blast1.aln ;

blast1.dnd ; blast1.phy

2 Phylips 3.69

-Pilih program seqboot.exe

-mengikuti pertanyaan sampai ke outfile

-pilih program DNA pars

-Terdapat 2 data outfile dan infile

Hasilnya terbentuk

pohon filogeni dari

bakteri 16 RNA

(Bentuk pohon terlampir

dalam lampiran )

Dari pohon filogeni

terlihat ada 3 spesies

yang dekat dengan

sampel data

3 Consense.exe

-Pilih program consense.exe

-Mengikuti alur kerja

-Masuk website www.google.com

-Ketik philodendron free printer

-Masukkan file tree name blast

-Sesuaikan format (pdf)

-Submit

4 Notepad

-Copy soal praktikum dan 2 spesies yang

sama

-simpan file dengan namablast.txt

-Membuka clustawl

-Ketik 1,namablast.txt, 2, 9,4,enter

-nama blast.aln,blast.dnd,blast.phy

Dari data terakhir maka

akan muncul multiple

sequence alignment

(Bentuk file terlampir di

lampiran)

Dari data ini kita tahu

letak perbedaan

sequencenya dimana

V. HIPOTESIS

Percobaan ini berjudul “Bioinformatika (Kostruksi Pohon Filogeni)”

bertujuan untuk mengetahui fungsi dari filogeni, yaitu dapat menunjukkan

hubungan evolusi antar organisme (hubungan kekerabatan), dimana sampel

memiliki sifat yang mirip dengan kerabat terdekat karena sejenis. Prinsip dari

percobaan ini adalah memberikan input berupa yang urutan nukleotida dan

penerjemahan kode-kode genetik, yang berfungsi untuk mengetahui susunan

asam-asam amino dalam sekuen. Metode yang digunakan adalah metode

higuchifractal yaitu metode yang cocok untuk mempelajari fluktuasi signal dan

telah diaplikasikan pada urutan nukleotida.. Kemungkinan yang akan didapat

terdapat beberapa kemiripan terhadap kekerabatan masing-masing

bakteri/organisme, karena dalam pohon filogeni yang telah dibuat pasti terdapat

satu atau dua pecabangan yang memiliki sifat yang mirip.

VI. PEMBAHASAN

Percobaan ini berjudul “Bioinformatika (Kostruksi Pohon Filogeni)”

bertujuan untuk mengetahui fungsi dari filogeni, yaitu dapat menunjukkan

hubungan evolusi antar organisme (hubungan kekerabatan), dimana sampel

memiliki sifat yang mirip dengan kerabat terdekat karena sejenis. Prinsip dari

percobaanini adalah memberikan input berupa yang urutan nukleotida dan

penerjemahan kode-kode genetik, yang berfungsi untuk mengetahui susunan

asam-asam amino dalam sekuen. Metode yang digunakan adalah metode

higuchifractal yang merupakan metode untuk mempelajari fluktuasi signal dan

telah diaplikasikan pada urutan nukleotida (Fatchiah, 2009). Program-program

yang digunakan dalam percobaan ini adalah NCBI, Blast, seqbooth.exe, dnapars

dan consense.exe. Fungsi penelusuran blast pada data sekuens adalah mencari

sekuens yang baik dari asam nukleat, DNA maupun protein yang mirip dengan

sekuens tertentu yang ada pada sampel. Hal ini berguna untuk memeriksa

keabsahan hasil sekuens atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuennya.

Algoritma yang mendasari blast adalah penyejajaran sekuens (Kuncoro, 2011).

Penyejajaran sekuen (Sequence Alignment) adalah proses penyusunan atau

pengaturan dua atau lebih sekuens, sehingga proses persamaan sekuen-sekuen

tersebut tampak nyata (Krane,V.E, 2009). Sedangkan sekuen itu sendiri adalah

sederatan pernyataan-pernyataan yang uruta dan pelaksanaan eksekusinya runtut,

yang lebih dahulu ditemukan (dibaca) akan dikerjakan (dieksekusi) terlebih

dahulu, dan apabila urutan tersebut pernyataannya dibalik, maka maknanya akan

berbeda (Kuncoro, 2011).

Bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan

analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi dalam

program software dan didukung dengan kesediaan internet. (Utama, 2002). Dari

program-program yang dipakai akan dihasilkan pohon filogeni. Filogeni

merupakan sejarah evolusi dari kelompok spesies. Untuk menyusun filogeni, para

ahli Biologis menggunakan sistematika yaitu disiplin ilmu yang terfokus pada

klaifikasi organisme dan hubugan evolusinya. Data yang digunakan dalam

sistematika untuk menyusun filogeni dapat berupa data fosil, molekul, maupun

data gen untuk membangun hubungan evolusi antar organisme (hubungan

kekerabatan). (Campbell,et all, 2009).

Hubungan antar spesies ini bisa dilihat dari jenis gen, urutan, panjang bp,

jarak maksimal dan jarak individu. (Vardivalagan, 2012). Bioinformatika

memiliki banyak fungsi, salah satunya adalah ketika kita mendapatkan satu

sekuen DNA yang belum diketahui fungsinya, maka dengan membandingkannya

dengan data yang ada dalam database, dapat diperkirakan fungsinya, sehingga

dapat diketahui kualitas maupun kuantitas transkripsi suatu gen yang dapat

menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif terhadap perlakuan tertentu. (LIPI,

2009)

Program awal yang digunakan dalam percobaan ini adalah notepad, yang

berfungsi untuk memindahkan data urutan DNA hasil sekuenting dengan cara

mengcopy paste, kemudian data tersebut diatur dalam format fast A sebagai

berikut:

File tersebut diberi nama, contohnya “kelompok1.txt”. Selanjutnya

membuka gen bank yang dioperasikan oleh NCBI (National Center for

Biotechnology Information) yang berisi informasi dari sekuen DNA yang sama

dengan sekuen DNA dalam EMBL (European Molecular Biology Laboratory) dan

DOB (DNA Bank of Japan). NCBI ini merupakan situs informasi database DNA,

RNA dan protein. (Fachriah, 2003).

Urutan DNA tersebut pertama kali akan diproses menggunakan program

online Blast untuk mengetahui seberapa banyak jenis organisme yang memiliki

kemiripan urutan DNA nya, serta mengetahui jenis organisme apa yang ada pada

sampel.

Pencocokan sekuens dilakukan secara online dengan urutan sebagai berikut:

1. Buka Google Chrome dan ketik situs www.ncbi.nlm.nih.govdan search

2. Pilih „BLAST‟ pada popular resources yang berada pada sebelah kanan

3. Pilih menu „nucleotide‟

>nama urutan DNA

ATGL ............... dan seterusnya (urutan hasil sekuenting DNA)

4. Masukkan urutan nama DNA sampel yang sebelumnya telah disimpan

dalam notepad dalam bentuk txt (nama file: blast1.txt)

5. Pilih „other, (n.R. etc) pada choose search set

6. Pilih „BLAST‟ pada program seletion

7. Muncul diagram alignment (pembanding) → 100 data

Data yang telah didapat dihapus query nya dan diambil subject nya saja,

kemudian di copy lalu paste di dalam notepad dan diberi nama dengan maksimal

10 karakter (blast.txt). Data-data tersebut diberi nama yang berbeda satu sama lain

agar tidak terjadi kekeliruan dalam penerjemahan kode genetik.

Banyaknya cabang yang memiliki kemiripan nama dalam pohon filogeni,

menunjukkan kemiripan DNA pada suatu organism. Data tersebut diperoleh dari

NCBI. Persentase dalam percobaan ini adalad sebesar 100%. Semakin besar

presentase yang dihasilkan, maka semakin tinggi kemiripan urutan DNA terhadap

urutan DNA organisme yang telah ada (alignment). Menurut (Vardivalagan,

2012), kemiripan suatu sampel DNA berkisar antara 100% - 97%. Sedangkan

presentase dibawah 97% biasanya adalah DNA organisme baru. Dari hasil

percobaan ini didapatkan presentase kemiripan DNA sampel adalah 100%.

Data yang telah didapat kemudian diubah ke bahasa pemrograman, dalam

bentuk (.phy) agar dapat diproses membentuk pohon filogeni yang menunjukkan

kekerabatan dar sampel dengan organisme lainnya. Tahapan yang dilakukan

adalah sebagai berikut:

1. Masuk program clustalw 2

2. Ketik 1, <enter> (sequence input from dist)

3. Setelah muncul tulisan „enter the name of the sequence file‟, masukkan nama

file (blast1.txt)

4. Pilih 2, <enter> (multiple alignment)

5. Pilih 9, <enter> (output format option)

6. Pilih 4, <enter> (toogle phylip format output = off → on)

7. Pilih 1, <enter> (do complete multiple alignment now show / accurate)

8. Ketik blast.aln, blast1.phy, blast1.dnd, <enter>

9. Exit

Setelah didapat format tersebut, lalu di copy dan paste ke dalam program

phylip.exe agar program tersebut dapat mendeteki file yang akan di proses. Hasil

data dengan format (.phy) akan diproses melalui program offline phylps 3.69

untuk mendapatkan konstruksi pohon fiogeni dari sampel dan data yang memiliki

kemiripan dengan sampel DNA yang ada. Program phylip 3,69 berfungsi sebagai

data pada phylodendron. Berikut tahapan proses dalam program phylip 3,69 untuk

memperoleh outtree filogeni:

1. Pilih seqboot.exe pada phylip 3,69

2. Masukkan nama file dengan format (.phy) → blast1.phy

3. Keik R, lalu <enter>

4. Ketik 1000, <enter>

5. Ketik Y, <enter>

6. Ketik 111, <enter>

7. Rename (boot_blast1), <enter>

8. Ketik Y, <enter>

9. Klik <enter> lagi untuk keluar

10. Didapat file untuk pohon filogeni dengan nama outtree, yang kemudian di

rename menjadi tree_blast1

11. Pilih consence.exe untuk mendapatkan konstruksi pohon filogeni

12. Ketik F, <enter>

13. Ketik nama baru con_blast1, <enter>

14. <enter> untuk keluar

Setelah didapat outtree sebagai konstruksi, kemudian rename menjadi

tree_blast.txt untuk selanjutnya dimasukkan dalamsitus online phylodendron

untuk mendapatkan pohon filogeni dari data tersebut. Tahapan yang dilakukan:

1. Masuk ke situs google (www.google.com)

2. Ketik phylodendron dan search

3. Pilih pilih phylogenetik → tree printer

4. Masuk website phylodendron

5. Klik browse, masukkan file tree_blast1.txt

6. Submit

7. Didapat hasil konstruksi pohon filogeni

Dari bagan pohon filogeni, didapatkan 1 kekerabatan paling dekat dengan

sampel yaitu StrepSA20 (Streptococcus Agalatiae SA20). Sehingga dapat

disimpulkan bahwa sampel mempunyai kedekatan karena kelompok organism

yang memiliki nenek moyang yang mirip secara langsung dan membuat taksa

tersebut menjadi kerabat terdekat. Sampel yang kita dapatkan serta Strep 2-22

yang merupakan Streptococcus Agalatiae 2-22 sebagai kerabat terdekatnya

membentuk suatu group yang dinamakan monophyletic group yakni kelompok

yang tersusun atas takso yang memiliki nenek moyang yang sama. (Campbell et

al, 2009)

VII. PENUTUP

7.1 Kesimpulan

Dari sampel data dihasilkan pohon filogeni. Pohon ini menunjukkan

hubungan evolusi antar organism ( hubungan kekerabatan ), dalam

hubungan kekerabatan yang paling dekat dengan sampel DNA adalah

kelompok Streptococcus Agalatiae SA20.

7.2 Saran

- Sampel yang digunakan lebih baik adalah sampel DNA suatu organism baru

agar dapat diketahui kemiripan serta hubungan kekerabatannya dengan

organism yang sudah ada.

DAFTAR PUSTAKA

Aprijossi,D.Adan Elpaizi,M.A, 2004, Bioinformatika : Perkembangan Disiplin

Ilmu dan Perkembangannya di Indonesia

Beaulieu, M. Jeremy et al, 2012, Synthesizing phylogenetic knowledge for

ecological research, Ecological Society of America, Vol. 93: S4-S13

Campbell, 2009, Sejarah Kehidupan di Bumi, dalam Mekanisme Teori Evolusi II

Da, Benson, I. Karsch-Mizrachi, D. J. Lipman, J. Ostell, and E. W. Sayers. 2010,

GenBank. Nucleic acids research 38 : 46-51.

Esmaelizad, M et al, 2011, Phylogenetic analysis of Peste des Petits Virus

(PPRV) isolated in Iran based on partial sequence data from the fusion (F)

protein gene, Karaj, Iran, Vol. 35: 45-50

Karunasekera, Hasanthi., 2013, Molecular identification and phylogenic analysis

by sequencing the rDNA of copper-tolerant soft-rot Phialophora spp.,

International Biodeterioration & Biodegradation, Vol. 82: 45-52

Nusantara, 2009, Internet untuk Biologi Molekuler, Waria Biotek Vol.14 No.2

Juni

Pearman, B, Petter et al, 2014, Phylogenetic patterns of climatic, habitat and

trophic niches in a European avian assemblage, Global Ecology and

Biogeography, Vol. 23: 414-424

Razia, M, 2011, 16-S rDNA Based Phylogeny of Non-Symbiotit Bacteria of

Entomopanthogenic Nematodes from Infected Insect Cadavers, Genomic

Proteomic & Bioinformatics 9(3) : 104-112

Reddy, K. Sumitha et al,2013, Phylogenetic analysis and substrate specificity of

GH2 β-mannosidases from Aspergillus species, FEBS Letters, Vol. 587:

3444-3449

Roukaerts, D.M Inge et al, 2014, Phylogenetic analysis of feline

immunodeficiency virus strains from naturally infected cats in Belgium and

The Netherlands, Virus Research, Vol. 196: 30-36

Smithson, Chad, 2014, Incongruencies in Vaccinia Virus Phylogenetic Tress,

Computation, Vol 2: 182-198

Utama,A,2003, Peran Bionformatika dalam Dunia Kedokteran, Artikel Populer

Ilmu Komputer di akses melalui hhtp://www.ilmukomputer.com pada 19

november 2012

Zhai, S.L et al ,2014, Complete genome characterization and phylogenetic

analysis of three distinct buffalo-origin PCV2 isolates from China, Infection,

Genetics and Evolution, China.

LAMPIRAN

Multiple Sequence Aligment DNA sampel dan Streptococcus Agalatiae SA20

Pohon Filogeni yang menunjukkan hubungan kekerabatan sampel dengan

Streptococcus Agalatiae SA20

RESUME JURNAL INTERNASIONAL

Karakterisasi Genom Lengkap Dan Analisis Filogenetik

Tiga Kerbau Yang Berbeda Asal PCV2 Isolat Dari China

Porcine circoviruses(PCVs) adalah DNA dengan ambisense sirkular

anggota genus circovirus dari family circovirus. Ukuran genome bervariasi dari

1759 bp sampai 1768 bp. Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mengetahui

karakter lengkap genome dan analisa filogenetik dari kerbau dengan ukuran

genome PCV2 strain (kerbau 1, kerbau 2 dan kerbau 3) yaitu 1767 bp, 1767 bp,

dan 1768 bp. Metode yang digunakan adalah analisa menggunakan PCR,

DNAstar dan MEGA. Prinsipnya adalah identifikasi genome lengkap pada tingkat

nukleotida, tingkat asam amino, analisa blast online, dan pohon filogenetik. Hasil

yang diperoleh adalah pada tingkat nukleotida, genome lengkap dari 95% hingga

96% , 97% hingga 97.8% untuk ORF1, dan dari 90.6% hingga 94.4% untuk

ORF2. Pada tingkat asam amino, teridentifikasi dari 98,7%-99% (ORF1) dan

88%-94,9% (ORF2). Analisa blast online menunjukkan kerbau 1,2 dan 3 memiliki

nukleotida tinggi 999,77%-99,83%) dengan PCV2 strain. Pohon filogenetik,

dibagi menjadi 3 clusters dan termasuk pada genotype PCV2b, PCV2c dan

PCV2a.

Kata kunci : PCV2, karakteristik genome, analisa foilogenetik.

Referensi: Zhai, S.L et al ,2014, Complete genome characterization and

phylogenetic analysis of three distinct buffalo-origin PCV2 isolates

from China, Infection, Genetics and Evolution, China.

ISMI SIMPANG ANGGIA

24030112120008

Analisis filogenetik dari strain kucing immunodeficiency virus dari

kucing alami terinfeksi di Belgia dan Belanda

Berdasarkan keragaman genetik dari wilayah V3-V4 strain gen env virus

yang beredar di kucing domestik dibagi lagi menjadi filogenetik yang berbeda

clades (A-E). Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis filogenetik dari

strain kucing immunodeficiency virus dari kucing alami terinfeksi di Belgia dan

Belanda. Metode yang digunakan adalah pengumpulan sampel dari berbagai

lokasi geografis dan analisis filogenetik. Prinsip yang mendasari adalah perbedaan

genom untuk klasifikasi strain FIV yang berbeda sehingga dapat meningkatkan

korelasi antara virus subtype dan virus virulensi, perkembangan penyakit dan

proteksi silang setelah fraksinasi.

Hasil yang diperoleh adalah sebagian besar sampel yang terinfeksi FIV

berasal dari kucing jantan karena menurut teritorial perilaku kucing jantan

mengarah pada insiden pertempuran yang lebih tinggi yang menyebabkan adanya

peningkatan resiko infeksi FIV. Peningkatan ini mungkin berhubungan dengan

faktor humoral dan / atau dengan menginduksi sel-sel memori yang cepat

diaktifkan pada infeksi FIV, pengaktifan limfosit merupakan target ideal untuk

FIV.

Kata kunci: Kucing domestik, FIV, Analisis filogenetik, Eropa, Subtipe

Referensi : Roukaerts, D.M Inge et al, 2014, Phylogenetic analysis of feline

immunodeficiency virus strains from naturally infected cats in Belgium

and The Netherlands, Virus Research, Vol. 196: 30-36

NABILA YAMAN

24030112140067

Analisis Filogenetik dan Spesifisitas Substrat GH2 β-mannosidases dari

Spesies Aspergillus

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis filogenik dan

spesitisitas GH2 β-mannosidases dari spesies Aspergillus. Prinsip dari penelitian

ini adalah penerjemahan kode-kode genetic yang berfungsi untuk mengetahui

susunan asam amino dari sekuen. Metode yang digunakan adalah analisis

bioinformatika dengan metode BLASTP, selain itu juga menggunakan analisis

spesifisitas substrat. Hasil yang didapatkan dari penelitian ini adalah homolog

GH2 β-mannosidasesdi Aspergillus telah berevolusi melalui dua jalur yang

berbeda, menghasilkan clades A dan B dimana enzim milik clade A telah

berevolusi menjadi ekstraseluler mengambil bagian dalam hidrolisis polimer

mannan tumbuhan dan bertindak atas manno-oligosakarida, disisi lain enzim clade

B mungkin telah berevolusi menjadi intraseluler dan khusus untuk menghidrolisis

GH2 β-mannosidases tak tersubstitusi yang lebih kecil seperti mannobiose.

Keyword : Keluarga hidrolase glikosida 2, intraseluler dan ekstraseluler, GH2 β-

mannosidases

Referensi : Reddy, K. Sumitha et al,2013, Phylogenetic analysis and substrate

specificity of GH2 β-mannosidases from Aspergillus species, FEBS

Letters, Vol. 587: 3444-3449

RATNA INDRIA SARI

24030112130061

Pola Filogenetik dari Iklim, Habitat, dan Ceruk Tropis dalam Kumpulan

Burung Eropa

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengurain pola evolusi relung

ekologi dalam populasi burung Eropa dan untuk membandingkan pola filogenetik

dalam trofik, habitat, dan komponen iklim. Metode yang digunakan adalah dengan

melengkapi lamda dan kappa pada statistic Padel serta melakukan analisis

kesenjangan melalui waktu. Prinsipnya adalah penerapan analisis komparatif

filogenetik. Hasil yang didapatkan dari penelitian ini adlah spesies yang terkait

mirip satu sama lain lebih rendah dalam hal relung iklim dan habitatnya

dibandingkan yang dilakukan di relung trofik.

Keyword: sinyal filogenik, metode komparatif, diversifikasi ekologi

Referensi : Pearman, B, Petter et al, 2014, Phylogenetic patterns of climatic,

habitat and trophic niches in a European avian assemblage, Global

Ecology and Biogeography, Vol. 23: 414-424

PUTRI INTAN PRATIWI

24030112130068

Pengumpulan Pengetahuan Filogenetik dari Penelitian Ekologi

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menerapkan ilmu filogenetik pada

penelitian ekologi. Prinsip yang digunakan yaitu filogenetik dengan pengambilan

dari rangkaian DNA. Metode yang digunakan yaitu Supertree dengan

mengumpulkan pohon terbesar dari kumpulan kecil, mendekomposisi ke dalam

representasi matrix yang terkombinasi, dan analisis menggunakan pohon heuristic.

Hasil yang didapat yaitu bahwa estimasi komunitas fillogenik dari DNA menjadi

terkenal dengan urutan teknologi dan komputasi.

Keyword: komunitas filogenik, filografer, filomatik

Referensi : Beaulieu, M. Jeremy et al, 2012, Synthesizing phylogenetic knowledge

for ecological research, Ecological Society of America, Vol. 93: S4-

S13

SEPTYANDINI W

24030112130062

Molecular Identification and Phylogenic Analysis by Sequencing the Rdna

OF Copper-tolerant soft-rot Phialophora SPP

Tujuan dari penelitian ini adalh untuk mendapatkan analisis filogenik dari

spesies phialophora yang berbeda. Prinsip yang ditetapkan adalah perbedaan

kondisi dari masing-masing spesies terhadap CuSO4. Metode yanf digunakan

adalah isolasi dan in vitro. Hasil yang didapatkan adalah P. malosum 211-C-15-1

menunjukkan toleransi tertinggi pada CuSO4 kemudian diikuti P.malosum 1

mutablus dan Phialophora Sp. A

Keyword: Phylogeny, soft-rot, Copper tolerance

Referensi : Karunasekera, Hasanthi., 2013, Molecular identification and

phylogenic analysis by sequencing the rDNA of copper-tolerant soft-

rot Phialophora spp., International Biodeterioration & Biodegradation,

Vol. 82: 45-52

SALSABILA

24030112130063

Incongruencies in Vacinia Virus Phylogenetic Tree

Selama bertahun-tahun genom poxivirus telah diurutkan secara lengkap

dan studi filogera virus menjadi lebih umum digunakan. Namun beberapa

mengalami inkonsistensi dalam menunjukkan hubungan yang sama antar spesies

proxvirus. Percobaan ini berjudul Ketidaksesuaian dalam Pohon Filogeni Virus

Vaccinia dengan tujuan untuk mengetahui ketidaksesuaian dalam phon filogeni

Virus Vaccinia. Prinsip dasar yang digunkana adalah memberi input urutan basa

nukleotida dan penerjemahan kode genetic asam amino. Metode percobaan adalah

BLAST yaitu salah satu metode aligment dalam penelusuran basis data sekuens

untuk identifikasi spesies berdasarkan urutan homolog. Hasil yang didapat adalah

dalam spesies proxivirus ditemukan posisi unik di setiap VACU-Pryvax genom.

Genom Vacu ditemukan mengandung urutan DNA blok pendek

Keyword: Proxvirus, Phylogenetic tree, Vaccinia Virus

Referensi : Smithson, Chad, 2014, Incongruencies in Vaccinia Virus Phylogenetic

Tress, Computation, Vol 2: 182-198

SETYA NATA MAHARDIKA

24030112130050

Analisis Filogenetik dari Peste des Petits Ruminants Virus (Virus PPRV)

yang Diisolasi di Iran Berdasarkan Data Sekuens Parsial dari Fusi (F) Gen

Protein

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan beberapa

pengetahuan mengenai asal usul PPRV yang diisolasi dari Iran dengan sampel

yang digunakan adalah domba dan selanjutnya dilakukan analisis filogenetik.

Prinsip yang digunakan dalam percobaaan ini adalah berdasarkan sekuens parsial

dan fusi (F) gen protein dan analisis keseluruhan dari asam amino dan nukleotida

tersubstitusi. Sedangkan metode yang digunakan adalah ekstraksi RNA, sintesis

Cdna, dan reaksi polimerisasi strain. PPRV telah homologdi Negara-negara Asia,

dimana isolate Iran memiliki tingkat tertinggi homologi dengan mayoritas strain.

Selain itu, urutan nukleotida protein F parsial isolat Iran akan membantu

memperjelas asal suatu penyakit.

Keywords: PPRV, filogenetik, isolat, sekuens

Referensi : Esmaelizad, M et al, 2011, Phylogenetic analysis of Peste des Petits

Virus (PPRV) isolated in Iran based on partial sequence data from the

fusion (F) protein gene, Karaj, Iran, Vol. 35: 45-50

RIZKA ANDIANINGRUM

24030112140060

LEMBAR PENGESAHAN

Semarang, 1 Desember 2014

Praktikan,

Ismi Simpang Anggia Putri Intan Pratiwi

24030112120005 24030112130068

Septyandini Widowati Setya Nata Mahardika

24030112130062 24030112130050

Nabila Yaman Ratna Indria Sari

24030112140067 24030112130061

Rizka Andianingrum Salsabila

24030112113060 24030112130063

Mengetahui,

Asisten,

Rosihan Azwar

24030111130048