Penerima Habibie Award tahun 1999 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Moehamad Barmawi, Ph.D.2. Bidang Ilmu Rekayasa : DR. Ir. Dicky Rezadi Munaf, MS.MSCE.

Penerima Habibie Award tahun 2000 adalah :1. Bidang Ilmu Kedokteran dan Bioteknologi :

Prof. Dr. dr. MulyantoProf. Dr. Soewignyo Soemohardjo, SPPd-KGEH

2. Bidang Ilmu Rekayasa : Dr. Ir. I Gede Wenten, M.Sc.3. Bidang Ilmu Hukum : Prof. Dr. Mochtar Kusumaatmadja, SH.,LLH.4. Bidang Ilmu Kebudayaan : WS Rendra

Penerima Habibie Award tahun 2001 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Terry Mart2. Bidang Ilmu Rekayasa : Prof. Dr. Ir. Aryadi Soewono3. Bidang Ilmu Sosial : Prof. Dr. Hj. Edi Sedyawati4. Bidang Ilmu Kebudayaan : Prof. Dr. Taufik Abdullah, APU

Penerima Habibie Award tahun 2003 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Bambang Hidayat2. Bidang Ilmu Kedokteran & Bioteknologi : Prof. Dr. Sangkot Marzuki3. Bidang Ilmu Kebudayaan : Prof. Dr. I Made Bandem

Penerima Habibie Award tahun 2004 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Laksana Tri Handoko2. Bidang Ilmu Rekayasa : Prof. Dr. Wilson Walery Wenas

Penerima Habibie Award tahun 2005 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Djoko Tjahjono Iskandar2. Bidang Ilmu Kedokteran dan Bioteknologi :

Prof. Sjamsul Arifin Achmad, B.Sc., Ph.D.

Penerima Habibie Award tahun 2006 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Freddy Permana Zen, M.S., M.Sc., D.Sc.2. Bidang Ilmu Kedokteran : Prof. DR. Dr. Askandar Tjokroprawiro3. Bidang Ilmu Ekonomi : DR. Thee Kian Wie

Penerima Habibie Award tahun 2007 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Sri Widiyantoro2. Bidang Ilmu Kedokteran dan Bioteknologi :

Prof. Dr. Elin Yulinah Sukandar, Apt.3. Bidang Ilmu Sosial : Dr. H.C. Rosihan Anwar4. Bidang Ilmu Kebudayaan : Dr. H.C. Taufiq Ismail

Penerima Habibie Award tahun 2008 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Drs. Jatra Supriatna, M.Sc. Ph.D.2. Bidang Ilmu Kedokteran dan Bioteknologi :

Dr. Herawati Sudoyo, MS., Ph.D.3. Bidang Ilmu Rekayasa : Dr. Bambang Widiyatmoko, M.Eng.4. Bidang Ilmu Kebudayaan : Prof. Dr. Sardono W. Kusumo

Penerima Habibie Award tahun 2009 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Edi Tri Baskoro2. Bidang Ilmu Rekayasa : Dr. Nurul Taufiqu Rochman M.Eng.

Penerima Habibie Award tahun 2010 adalah :1. Bidang Ilmu Rekayasa :

Dr.-Eng. Eniya Listiani Dewi, B.Eng., M.Eng.2. Bidang Ilmu Kebudayaan : Prof. Dr. Adrian Bernard Lapian3. Bidang Ilmu Harmonisasi Kehidupan Beragama :

Prof. Dr. Ahmad Syafii Maarif4. Bidang Ilmu Harmonisasi Kehidupan Beragama :

Prof. Dr. Frans Magnis Suseno, SJ

Penerima Habibie Award tahun 2011 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Soekarja Somadikarta2. Bidang Ilmu Sosial : Prof. Dr. Ir. Sajogyo

Penerima Habibie Award tahun 2012 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. H. Effendy, M.Pd., Ph.D2. Bidang Ilmu Kedokteran : Prof. DR. Dr. Teguh Santoso Sukamto

Penerima Habibie Award tahun 2013 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Dr. Anto Sulaksono, M.Si2. Bidang Ilmu Kedokteran dan Bioteknologi : Prof. Dr. Ir. Irwandi Jaswir, M.Sc.3. Bidang Ilmu Rekayasa : Prof. Dr. Ir. Mohammad Nasikin, M.Eng.4. Bidang Ilmu Kebudayaan : Prof. Dr. Abdul Hadi Wiji Muthari

Penerima Habibie Award tahun 2014 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Dr. Ferry Iskandar2. Bidang Ilmu Rekayasa : Prof. Dr. Ahmad Agus Setiawan3. Bidang Ilmu Sosial Politik : Prof. Dr. Salim Said4. Bidang Ilmu Kebudayaan : Nobertus Riantiarno

Penerima Habibie Award tahun 2015 adalah :1. Bidang Ilmu Rekayasa : Dr.Eng. Wisnu Jatmiko, S.T., M.Kom.2. Bidang Ilmu Sosial : Prof. Dr. Hj. Nina Herlina, M.S.3. Bidang Ilmu Kebudayaan : Prof.Emr. Drs. Abdul Djalil Pirous

Penerima Habibie Award tahun 2016 adalah :1. Bidang Ilmu Dasar : Prof. Hendra Gunawan , Ph.D.2. Bidang Ilmu Kedokteran & Bioteknologi : Prof. Dr. Raymond Tjandrawinata3. Bidang Ilmu Rekayasa : Prof. Ir. Tommy Firman, M.Sc., Ph.D.4. Bidang Ilmu Sosial, Ekonomi, Politik & Hukum : Prof. Dr. Sapardi Djoko Damono