LAPORAN PENELITIAN HIBAH BERSAING

KARAKTERISASI GENETIK UDANG PUTIH (Penaeus vanamei) PADA 2

FILIAL MENGGUNAKAN PCR-RFLP YANG DIANALISA DENGAN COIL-

COIH PADA mt- DNA

Oleh:

1. YUNI KILAWATI, S.Pi., M.Si NIP. 132 311 771 2. FENI IRANAWATI, S.Pi., M.Si NIP. 132 304 394 3. ATING YUNIARTI,S.Pi, M.Aqua NIP. 132 240 359

Dibiayai Oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional, melalui DIPA Universitas Brawijaya Nomor : 0174.0/023-04.2/XV/2009, tanggal 31 Desember 2008 dan berdasarkan SK Rektor Nomor : 147/SK/2009, tanggal 30 April 2009.

UNIVERSITAS BRAWIJAYA NOPEMBER 2009

MIPA

RINGKASAN

Tujuan jangka panjang dari penelitian ini adalah mendukung kebijakan pemerintah untuk mengurangi import dan meningkatkan eksport non migas dengan menampilkan karakteristik genetik dari udang putih (Penaeus vannamei), sehingga produk ini bisa dihasilkan di Indonesia dengan kualitas yang tidak kalah dengan produk import. Target khusus yang ingin dicapai pada penelitian tahun kedua ini adalah memperoleh pola atau karakteristik genetik udang putih (Penaeus vannamei) filial 2 (F2) serta membandingkannya dengan filial 1 (F1). Latar belakang dari penelitian ini adalah mudah terserangnya induk udang ketika sudah pada tahap F2 dan seterusnya. Manfaat dari penelitian ini adalah untuk memberikan informasi kepada para pembudidaya udang tentang kualitas udang dilihat dari karakteristik genetiknya, sehingga pemilihan terhadap induk udang bisa dilakukan secara lebih optimal. Manfaat yang kedua adalah untuk para pengusaha udang tentang pola genetis udang pada filial1 dan 2.

Metode yang digunakan adalah analisis mitokondria DNA dengan PCR-RFLP. Rincian kegiatan yang dilakukan meliputi : sampling induk udang putih (Penaeus vannamei) dan induk udang windu (Penaeus monodon), ekstraksi DNA, amplifikasi PCR menggunakan universal primer COIL-COIH dan analisa restriksi, pengamatan single strain menggunakan elektroforesis gel agarose, pewarnaan dengan EtBr, pemotongan PCR product, pengamatan hasil dibawah transluminator, pendokumentasian. Karakteristik genetik udang F1 yang telah diperoleh pada penelitian pada tahun pertama dan F2 yang akan diperoleh pada penelitian tahun kedua dibandingkan sehingga ditemukan faktor pembeda diantara sampel tersebut.

SUMMARY Long-range Target of this research is to support policy of government to lessen

import and improve export of non migas presented characteristic of genetic of white prawn mains (Penaeus Vannamei), so that this product can be yielded in Indonesia with high quality which do not fail with import product. Special goals wishing to be reached at this research is to get characteristic or pattern of genetic white prawn (Penaeus Vannamei) Filial 2 and were compared with filial 1. Benefit of this research is to give information to all aquaculturist of prawns concerning genetic characteristic prawn, so that selection to prawn mains can be done better. Second benefit is to all aquaculturist of prawn mains concerning pattern of genetics mains on filial 1 and 2. Method the used is analysis of mitochondria DNA with PCR-RFLP. Detail of activity which cover : white prawn mains sampling (Penaeus Vannamei), collecting DNA, PCR amplification use universally primary of COIL-COIH and analysis of restriction, perception of strain single use gel electroforesis of agarose, coloration with Etbr, cutting PCR product, perception of result by transluminator, documentation. characteristic of Genetik prawn of F1 which have been obtained at research at first year and of F2 to be obtained [at] research of compared to both year is so that found by distinguishing factor among sampel.

DAFTAR PUSTAKA

Asmanik, 2003. Kajian Variasi Genetik Udang Api-Api (Metapneus monoceros ,Fab) di Perairan Jawa Timur dan Sulawesi Selatan Dideteksi Melalui analisis RFLP mt-DNA. Tesis. Tidak diterbitkan. Malang: Program Pascasarjana Unibraw.

Baldwin, J.D., Bass, A.L., Bowen B.W. and Clark, Jr., W.H. 1998. Molecular

phylogeni and biogeography of marine shrimp Penaeus. Mol. Phylogent. Evol. 10, 399-407.

Brown, T.A., 1991. Pengantar Kloning Gena. Yogyakarta. Yayasan Essensia Edica. Chakraborty A., Aranishi F., and Iwatsuki Y. 2005. Molecular Identification of Hairtail

Species. ( Pisces: Trichiuridae) Based on PCR-RFLP Analysis of the Mitochondrial 16S Gene. Journal of Application Genetic. Vol. 46. No. 4. pp. 381-385.

Chow, S. 1998. Universal PCR Primer for Cadmodulin Gene Intron in Fish.

Fisheries Science. 64. P. 999-1000. Corach, D and D’Amato, M.E. 1996. Genetic Diversity of Populations of The Fresh

Water Shrimp Macrobrachium borelli (Caridea : Palae monidae) Evaluated by RAPD Analysis Crustacean Biology, 16 (4) : 650-655.

Fanning, S. & Gibbs, R.A. 1997. PCR in Genome Analysis. ColdSpring Harbor

Laboratory Press. Haryanti. Sugama, K. Moria S.B dan Permana I.G.N. 2001. Keragaman mt DNA

Beberapa Mikroalga Sebagai Pakan Alami Larva Ikan Bandeng dan Kerapu. Teknologi Budidaya Laut dan Pengembangan Sea Farming di Indonesia. Jakarta : Departemen Kelautan dan Perikanan. Hal 265-269.

Khamnamtong B., Klinbunga S., and Menasveta P. 2005. Species Identification of

Five Penaeid Shrimp Using PCR-RFLP and SSCP Analyses of 16S Ribosomal DNA. Journal of Biochemistry and Molecular Biology, Vol. 38, No. 4, pp. 491-499.

Lavery , S., Chan, t.y., Tam, Y.K. and Chu, K.H. 2004. Phylogenetic relationship

and evolutionary history of the shrimp genus Penaeus s.l. derived from mitochondrial DNA. Mol. Phylogent. Evol. 31, 39-49

Ovenden J. 2000. Development of Restriction Enzyme Markers for Red Snapper

(Lutjanus eriptroterus and Lutjanus malabaricus ) Stock. Dicrimination

Using Genetic Variation in mt-DNA. Molecular Fisheries Laboratory, Southern Fisheries Center. Produced for CSIRO Marine Laboratories as Part of The ACIAR Indonesia Snapper Project.

Sugama K. Haryanti. Moria S.B dan Permana I.G.N. 2000. Analisis mt-DNA

Sebagai Marker Gen Pertumbuhan dan Ketahanan Penyakit Pada Kerapu Bebek Cromileptes altivelis. Laporan Teknis Balai Besar Riset Perikanan Budidaya Laut. Bali. 11 Halaman ( Inpress ).

Suryani, S.A.M.P. 2001. Hubungan Kekerabatan Tiga Spesies Ikan Kerapu

(Plectropomus spp ) atas Dasar Variasi Genetik. Tesis. Tidak diterbitkan. Malang: Program Pascasarjana Unibraw.

Susanto, B. 2002. Analisis 16s rDNA sebagai marka genetik variabilitas

pertumbuhan Ikan kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus) melalui metode PCR-RFLP. Tesis tidak diterbitkan. Yogyakarta. Program Pascasarjana Universitas Gajjah Mada.

Thaewnon-ngiw, B., Klinbunga,S., Phanwichien, K., Sangduen, N., Lauhajinda, N.

And Menasveta, P. 2004. Genetic deversity and molecular markers of introduced and native apple snails ( Genera Pomacea and Pila ) in Thailand. J. Biochem. Mol. Biol. 37, 493-502.