LAPORAN TERBAIK PRAKTIKUM
PERCOBAAN VIII
BIOINFORMATIKA
DISUSUN OLEH :
Glar Donia Deni 24030111130067
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2013
ABSTRAKTelah dilakukan percobaan yang berjudul “Bio informatika (Konstruksi
Pohon Filogeni)” bertujuan untuk Menentukan hubungan kekerabatan antar
organisme (bakteri) melalui konstruksi pohon filogeni. Fungsi filogeni yaitu dapat
menunjukkan hubungan evolusi antar organism (hubungan kekerabatan) yang
mana sampel memiliki sifat yang sama dengan kerabat yang terdekat karena
sejenis. Sampel DNA identik dengan Uncultured organism clone ELU0026,
uncultured organism clone ELU0020 dan Enterocococcus Foecium gene. Program
yang digunakan dalam percobaan ini adalah NCBI, BLAST, seqbooth, exe,
DNAPARS dan consense.exe. Metode yang digunakan adalah komputasi dan
BLAST. Prinsipnya adalah search engine ( memberi input berupa urutan
nukleotida ) dan menerjemahkannya ke dalam kode-kode genetic sehingga
diketahui susunan asam amino dalam skuensinya. Hasil yang diperoleh adalah
sampel mempunyai kekerabatan dekat dengan entero 76, entero 77 dan entero 78
yaitu merupakan jenis gen 16 S rRNA sehingga dapat disimpulkan bahwa sampel
merupakan jenis bakteri yang mempunyai gen jenis 16 S rRNA.
Keywords : Bioinformatika, pohon filogeni, NCBI, BLAST
PERCOBAAN VIII
BIO INFORMATIKA
(Konstruksi Pohon Filogeni)
I. TUJUAN PRCOBAAN
Menentukan hubungan kekerabatan antar organisme (bakteri) melalui
konstruksi pohon filogeni.
II. DASAR TEORI
II.1. Bioinformatika
Bioinformatika adalah bidang ilmu yang lahir dan
diperlukannya kemampuan computer berdaya tinggi untuk
membantu mengorganisir, menganalisis dan menyimpan informasi
biologis.
Tipe-tipe informasi biologis primer yang terlibat dalam bio
informatika adalah data sekuens DNA dan protein. Setelah teknologi
sequencing DNA menjadi mudah dan otomatis, dihasilkan sekuens
gen dalam jumlah yang luar biasa banyaknya. Database public
diciptakan untuk menampung informasi dan mengizinkan semua
orang untuk menggunakannya. Data base yang tetap atau definitive
di Amerika Serikat bagi sekuens-sekuens gen disebut Gen Bank
yang ditangani oleh National Center yor Biotechnology Information
(NCBI).
Karena teknologi sequencing DNA telah mengalami kemajuan
dengan amat cepat, para peneliti tidak hanya melakukan sequencing
atas gen-gen tunggal namun juga genom keseluruhan organism,
berkisar dari bakteri dan virus sampai tumbuhan, serangga dan
manusia. Sebagian besar informasi itu juga dimasukkan ke dalam
database public untuk digunakan dan dianalisis oleh para saintis dari
seluruh dunia. Sebagian informasi itu digunakan oleh perusahaan-
perusahaan bioteknologi dan farmasi untuk membantu mereka
mengembangkan obat-obatan dan penanganan penyakit lebih baik.
(Susan, 2002)
II.2. DNA
Asam deosiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA, adalah
sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyususn
berat kering setiap organisme. DNA umumnya terdapat di dalam sel.
DNA merupakan suatu polimer , rekombinasi DNA merupakan suatu
proses alamiah denagn unsure-unsur material genetik (pecahan-
pecahan molekul DNA) dipersatukan ke dalam suatu molekul DNA
yang lain. DNA produk dirujuk sebagai suatu DNA rekombinan
(Fessenden, 1986).
DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari
ribuan deoksiribosa nukleotida yang tergabung dalam suatu urutan
yang bersifat khas bagi setiap organisme. Molekul ini biasanya
berbentuk rantai ganda. Kromosom sel kariotik merupakan satu
molekul besar DNA yang berikatan erat menjadi suatu daerah inti
atau nukleotida. Sel eukariotik mengandung sejumlah molekul DNA.
Masing-masing pada umumnya memiliki ukuran jauh lebih besar
daripada sel prokariota.molekul DNA dalam eukariota bergabung
dengan molekul protein dan dikelompokan menjadi serabut kromatin
di dalam nucleus, yang dikelilingi sistem ganda yang kompleks.
DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik seacra lengkap
yang diperlukan untuk menentukan struktur semua protein dari tiap-
tiap spesies organisme agar biosintesis sel dan jaringan berlangsung
secara teratur, untuk menentukan aktivitas organisme sepanjang
siklus hidupnya dan untuk menentukan kekhususan organisme
tertentu. Basa purin yang terdapat dalam DNA adalah adenin dan
guanin sedangkan basa pirimidin yang terdapat dalam DNA adalah
sitosin dan timin. Antara basa-basa yang terdapat pada rantai asam
nukleat ini terikat dengan suatu ikatan hidrogen. Adenin dapat
membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin (A=T), sedangkan
Guanin dan sitosin dapat membentuk tiga ikatan hidrogen (G C).
Ikatan yang terbentuk antara basa-basa tersebut dapat dilihat dari
struktur berikut:
II.3. Filogeni
Protein-protein dapat berevolusi dengan laju yang berbeda-
beda akibat adanya factor inkrinsik ( mekanisme perbaikan-
perbaikan ) dan faktor ekstrinsik ( mutagen dari lingkungan ).
Protein-protein yang sangat lestari (conversed) tampaknya hanya
mampu monoleransi sedikit perubahan kecil sedangkan sejumlah
protein lainnya mampu menyerap berbagai mutasi tanpa kehilangan
fusngsinya. Mutasi yang terjadi di luar daerah yang terlibat dalam
fungsi normal molekul dapat ditoleransi sebagai mutasi netral secara
selektif. Seiring berjalannya waktu geologis, mutas-mutasi netral
tersebut cenderung terakumulasi di dalam garis keturunan
geneologis. Jika kita asumsikan kalau mutasi-mutasi netral semacam
itu terakumulasi dengan laju konstan untuk protein yang sangat
lestari, maka kita bisa menentukan pola percabangan dari pohon
filogenetik (disebut juga kladogram atau pohon evolusi)
(William,2002)
II.4. Blast
Membandingkan data urutan nukleotida/protein dengan
database nukleotida/protein di seluruh dunia melalui situs dan
beberapa situs lainnya.
Selain sekedar menyimpan informasi biologis, database itu
bisa digunakan untuk menganalisis gen-gen, fungsi-fungsinya dan
evolusinya, Sebagai contoh, jika sebuah gen diklona dan di
sequencing, sekuens itu bisa digunakan untuk penelusuran yang
disebut BLAST, terhadap semua sekuens yang diketahui (yang
berjumlah 12 juta dan masih terus bertambah).
Hal tersebut dilakukan untuk menentukan apabila (I) gen
itu sudah penuh diklono dan (2) gen itu baru, kekerabatannya dengan
sekuens-sekuens lain bisa membantu kita untuk menentukan
kemungkinan fungsi biologisnya database protein juga bisa
ditelusuri.
( Susan,2002)
II.5. NCBI
Database publik diciptakan untuk menampung informasi
dan mengizinkan semua orang untuk menggunakannya. Database
yang tetap atau definitive di Amerika Serikat bagi sekuens-sekuens
gen disebut gen bank yang ditangani oleh National Center for
Biotechnology Information (NCBI) dan pada juni 2001, telah
memiliki 12.973.766 catatan sekuens dari ribuan spesies mikroba,
tumbuhan dan hewan berbeda. Database tersebut bisa ditemukan
dalam situs NCBI, http:// www.ncbi.nlm.nih.gonav/. Ada database-
database tambahan untuk sekuens DNA di Jepang pada data bank of
japan (DDBJ) dan di Eropa pada European Molecular Biology
Laboratory (GMBL). Semua database itu merupakan sistem-sistem
yang bekerja sama.
( Susan, 2002)
Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI), telah
didirikan sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk
informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat
diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk
menganalisis data genom yang menyebabkan informasi biomedik
yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses
molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia.
2.6 Gen 16S – RNA
Mekanisme translasi atau sintesis protein secara garis besar
terdiri dari 3 tahapan, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada
tahap inisiasi, sebuah molekul rRNA akan terikat pada permukaan
ribosom dan sub unitnya telah bergabung. Pengikatan ini terjadi pada
16S rRNA di bagian sub unitnya 303 pada ribosom prokariot. Karena
pada mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu yang disebut
sebagai tempat pengikatan ribosom (ribosom bending site) atau
urutan Shine – Dolyarna (5+ - AGUmGGU – 3+). Ribosom ini
spesifik dikenali oleh IGSrRNA, atau dengan kata lain sekuens 16S
rRNA berfungsi sebagai sekuen anti – shine – dalyarna.
Sifat spesifik dari 16S rRNA yang bebas ini dimiliki oleh
setiap spesifik bakteri. Oleh karena itu, gen yang mengkode
pembentukan 16S rRNA bias dijadikan alat identifikasi bakteri
tertentu. Penggunaan analisis gen 16S rRNA sebagai acuan
identifikasi bakteri secara molekuler memiliki keunggulan, dimana
gen ini relatif konstan dan tidak berubah dalam jangka waktu yang
sangat lama atau dengan kata lain laju mutasinya sangat kecil.
-8 +3
mRNA 5+ GGC AAG GAG GUA AAA AUG ACC
16S 3+ A UUC CUC CAU AG....
1542 1537 1530
Gen – gen yang mengkode pembentukan ribosomat (rRNA)
bervariasi dalam suatu operon yang sama, secara berurutan dari
ujung 5+ gen tersebut masing-masing adalah 16S rRNA , 235 rRNA
dan 5 rRNA. Jumlah men-operon bervariasi mulai dari satu sampai
15 operon per total genom bakteri (terminus) S’ 16S rRNA berada
pada ujung daerah dan mengkode pembentukan RNA ribosomat
pada sub unit kecil ribosom. Ketiga gen tersebut dipisahkan oleh
daerah spacer yang dinamakan ISR (Inter Spacer Region). Lestari
(conserved area) selanjutnya akan membentuk RNA konster (lRNA)
yang berperan pada proses sintesis protein.
5+ - - Spacer - - - - 3+
1540 b 280 b 100 b
Gen 16S rRNA berurutan panjang antara 1500 – 1550 ph
dan kaya basa nitrogen guanin dan sitosin. Pada gen 16S rRNA
terdapat suatu daerah yang dinamakan daerah variabel dan daerah
lestari (conserved area) , sebagian atau seluruh urutan basa pada
daerah inilah yang akan menjadi urutan basa yang akan disebut oleh
primer gen 16S. Daerah Lestari (conserved area) pada gen 16S rRNA
umumnya memiliki ukuran sekitar 540 ph.
GGC AAA AAA
Gen IGS Gen 235 Gen 53 Gen rRNA
Teknik identifikasi bakteri menggunakan analisis sekuen gen 16S
rRNA sudah dimulai sejak tahun 1580-an, sehingga database
nukleotida gen 16S pada bakteri sudah cukup tersedia untuk menjadi
acuan identifikasi isolasi bakteri dan studi filogenik.
(Witarto, 2003)
III. METODE PRAKTIKUM
Masuk NCBI
(www.ncbi.nlm.gov)
BLAST-n
Pilih menu nukleotida
File (Blast_Gb.txt) dimasukkan Muncul blast kosong
Klik Blast
Muncul 1.3.3 Copy subject
Data pembanding Paste dan simpan dalam format txt
BlastGb.txt
Masukkan file BlastGb.txt Masuk program clustal-W
BlastGb.aln BlastGb.dnd BlastGb.phy
Phylip 3.69
Tulis nama file ( BlastGb.phy ) Pilih program “seqboot.exe”
“Pilih Y to accept this letter or type the letter for the one change”
Pilih “Y”dan Enter
Muncul pertanyaan:”Random number seed?” ketik 111,lalu enter (untuk keluar)
Muncul proses complete replicates Outfile
Rename (Boot_BlastGb)
Pilih program DNApars.exe
Ketik Enter
Muncul pertanyaan: “Y to accept these or type this letter for the one change?”
Ketik Y dan Enter
Muncul proses adding spesies and global rearrangement Enter (Untuk Keluar)
Outfile Outtree
Rename “tree_blastGb”
Pilih program “consense.txt”
Muncul pertanyaan: Do you want to replace it, append to it, write a new file or quit?
Ketik F dan Enter
Tulis Nama Baru (con_blastGb)Enter
Muncul pertanyaan : are these setting correct ? (Periksa apakah setting sudah sesuai
yang diinginkan? ) Ketik Y dan Enter
Con_blastGb Out tree
(tree_blastGb untuk file konstruksi pohon filogeni)Rename
Masuk website www.google.com Ketik Phylodendron
Muncul beberapa pilihan
pilih filogenetik tree printer
HASIL
IV.DATA PENGAMATAN
NO PERLAKUAN HASIL
1 NCBI dan BLAST
-Pemasukan data pada NCBI
-Masuk ke Blast
-Pada saat muncul ke data pembanding maka
delete query dan sisakan subjek lalu copy
subjek, di simpan dalam format txt
-Masuk dalam program clustalw
-terdapat 3 data nama blast.aln, blast.dnd,
blast.phy
2 Phylips 3.69
-Pilih program seqboot.exe
-mengikuti pertanyaan sampai ke outfile
-pilih program DNA pars
Hasilnya terbentuk
pohon filogeni dari
bakteri 16 RNA
(Bentuk pohon terlampir
dalam lampiran )
Dari pohon filogeni
terlihat ada 3 spesies
-Terdapat 2 data outfile dan infile yang dekat dengan
sampel data
3 Consense.exe
-Pilih program consense.exe
-Mengikuti alur kerja
-Masuk website www.google.com
-Ketik philodendron free printer
-Masukkan file tree name blast
-Sesuaikan format (pdf)
-Submit
4 Notepad
-Copy soal praktikum dan 2 spesies yang
sama
-simpan file dengan namablast.txt
-Membuka clustawl
-Ketik 1,namablast.txt, 2, 9,4,enter
-nama blast.aln,blast.dnd,blast.phy
Dari data terakhir maka
akan muncul multiple
sequence alignment
(Bentuk file terlampir di
lampiran)
Dari data ini kita tahu
letak perbedaan
sequencenya dimana
V. HIPOTESIS
Percobaan ini berjudul “Bioinformatika (Kostruksi Pohon Filogeni)”
bertujuan untuk mengetahui fungsi dari filogeni, yaitu dapat menunjukkan
hubungan evolusi antar organisme (hubungan kekerabatan), dimana sampel
memiliki sifat yang mirip dengan kerabat terdekat karena sejenis. Prinsip dari
percobaan ini adalah memberikan input berupa yang urutan nukleotida dan
penerjemahan kode-kode genetik, yang berfungsi untuk mengetahui susunan
asam-asam amino dalam sekuen. Metode yang digunakan adalah metode Blast
(Basic Local Aligment), yaitu salah satu metode aligment yang sering digunakan
dalam penelusuran basis data sekuens, dimana metode blast ini digunakan untuk
mengidentifikasi spesies berdasarkan urutan pencarian homolog. Kemungkinan
yang akan didapat terdapat beberapa kemiripan terhadap kekerabatan masing-
masing bakteri/organisme, karena dalam pohon filogeni yang telah dibuat pasti
terdapat satu atau dua pecabangan yang memiliki sifat yang mirip.
VI. PEMBAHASAN
Percobaan ini berjudul “Bioinformatika (Kostruksi Pohon Filogeni)”
bertujuan untuk mengetahui fungsi dari filogeni, yaitu dapat menunjukkan
hubungan evolusi antar organisme (hubungan kekerabatan), dimana sampel
memiliki sifat yang mirip dengan kerabat terdekat karena sejenis. Prinsip dari
percobaan ini adalah memberikan input berupa yang urutan nukleotida dan
penerjemahan kode-kode genetik, yang berfungsi untuk mengetahui susunan
asam-asam amino dalam sekuen. Metode yang digunakan adalah metode Blast
(Basic Local Aligment), yaitu salah satu metode aligment yang sering digunakan
dalam penelusuran basis data sekuens (Fatchiah, 2009). Metode blast ini
digunakan untuk mengidentifikasi spesies berdasarkan urutan pencarian homolog,
yang diasumsikan secara orthologis dengan clustawl (Vardivalagan, 2012).
Program-program yang digunakan dalam percobaan ini adalah NCBI, Blast,
seqbooth.exe, dnapars dan consense.exe. Fungsi penelusuran blast pada data
sekuens adalah mencari sekuens yang baik dari asam nukleat, DNA maupun
protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang ada pada sampel. Hal ini berguna
untuk memeriksa keabsahan hasil sekuens atau untuk memeriksa fungsi gen hasil
sekuennya. Algoritma yang mendasari blast adalah penyejajaran sekuens
(Kuncoro, 2011).
Penyejajaran sekuen (Sequence Alignment) adalah proses penyusunan atau
pengaturan dua atau lebih sekuens, sehingga proses persamaan sekuen-sekuen
tersebut tampak nyata (Krane,V.E, 2009). Sedangkan sekuen itu sendiri adalah
sederatan pernyataan-pernyataan yang uruta dan pelaksanaan eksekusinya runtut,
yang lebih dahulu ditemukan (dibaca) akan dikerjakan (dieksekusi) terlebih
dahulu, dan apabila urutan tersebut pernyataannya dibalik, maka maknanya akan
berbeda (Kuncoro, 2011).
Bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan
analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi dalam
program software dan didukung dengan kesediaan internet. (Utama, 2002). Dari
program-program yang dipakai akan dihasilkan pohon filogeni. Filogeni
merupakan sejarah evolusi dari kelompok spesies. Untuk menyusun filogeni, para
ahli Biologis menggunakan sistematika yaitu disiplin ilmu yang terfokus pada
klaifikasi organisme dan hubugan evolusinya. Data yang digunakan dalam
sistematika untuk menyusun filogeni dapat berupa data fosil, molekul, maupun
data gen untuk membangun hubungan evolusi antar organisme (hubungan
kekerabatan). (Campbell,et all, 2009).
Hubungan antar spesies ini bisa dilihat dari jenis gen, urutan, panjang bp,
jarak maksimal dan jarak individu. (Vardivalagan, 2012). Bioinformatika
memiliki banyak fungsi, salah satunya adalah ketika kita mendapatkan satu
sekuen DNA yang belum diketahui fungsinya, maka dengan membandingkannya
dengan data yang ada dalam database, dapat diperkirakan fungsinya, sehingga
dapat diketahui kualitas maupun kuantitas transkripsi suatu gen yang dapat
menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif terhadap perlakuan tertentu. (LIPI,
2009)
Program awal yang digunakan dalam percobaan ini adalah notepad, yang
berfungsi untuk memindahkan data urutan DNA hasil sekuenting dengan cara
mengcopy paste, kemudian data tersebut diatur dalam format fast A sebagai
berikut:
File tersebut diberi nama, contohnya “kelompok1.txt”. Selanjutnya
membuka gen bank yang dioperasikan oleh NCBI (National Center for
Biotechnology Information) yang berisi informasi dari sekuen DNA yang sama
dengan sekuen DNA dalam EMBL (European Molecular Biology Laboratory) dan
DOB (DNA Bank of Japan). NCBI ini merupakan situs informasi database DNA,
RNA dan protein. (Fachriah, 2003).
Urutan DNA tersebut pertama kali akan diproses menggunakan program
online Blast untuk mengetahui seberapa banyak jenis organisme yang memiliki
kemiripan urutan DNA nya, serta mengetahui jenis organisme apa yang ada pada
sampel.
Pencocokan sekuens dilakukan secara online dengan urutan sebagai berikut:
1. Buka Google Chrome dan ketik situs www.ncbi.nlm.nih.gov dan search
2. Pilih ‘BLAST’ pada popular resources yang berada pada sebelah kanan
3. Pilih menu ‘nucleotide’
4. Masukkan urutan nama DNA sampel yang sebelumnya telah disimpan
dalam notepad dalam bentuk txt (nama file: kelompok1.txt)
5. Pilih ‘other, (n.R. etc) pada choose search set
6. Pilih ‘BLAST’ pada program seletion
7. Muncul diagram alignment (pembanding) → 100 data
>nama urutan DNA
ATGL ............... dan seterusnya (urutan hasil sekuenting DNA)
Data yang telah didapat dihapus query nya dan diambil subject nya saja,
kemudian di copy lalu paste di dalam notepad dan diberi nama dengan maksimal
10 karakter (kelompok1.txt). Data-data tersebut diberi nama yang berbeda satu
sama lain agar tidak terjadi kekeliruan dalam penerjemahan kode genetik.
Banyaknya data yang muncul menunjukkan banyaknya kemiripan urutan
DNA pada suatu organisme sampel. Presentase yang muncul menandakan
seberapa dekat urutan DNA sampel dengan DNA organisme yang telah ada
(alignment). Semakin besar presentase yang dihasilkan, maka semakin tinggi
kemiripan urutan DNA sampe terhadap urutan DNA organisme yang telah ada
(alignment). Kemiripan suatu sampel DNA berkisar antara 100% - 97%.
Sedangkan presentase dibawah 97% biasanya adalah DNA organisme baru.
Data yang telah didapat kemudian diubah ke bahasa pemrograman,
dalam bentuk (.phy) agar dapat diproses membentuk pohon filogeni yang
menunjukkan kekerabatan dar sampel dengan organisme lainnya. Tahapan yang
dilakukan adalah sebagai berikut:
1. Masuk program clustalw 2
2. Ketik 1, <enter> (sequence input from dist)
3. Setelah muncul tulisan ‘enter the name of the sequence file’, masukkan nama
file (kelompok1.txt)
4. Pilih 2, <enter> (multiple alignment)
5. Pilih 9, <enter> (output format option)
6. Pilih 4, <enter> (toogle phylip format output = off → on)
7. Pilih 1, <enter> (do complete multiple alignment now show / accurate)
8. Ketik kelompok1.aln, kelompok1.phy, kelompok1.dnd, <enter>
9. Exit
Setelah didapat format tersebut, lalu di copy dan paste ke dalam program
phylip.exe agar program tersebut dapat mendeteki file yang akan di proses. Hasil
data dengan format (.phy) akan diproses melalui program offline phylps 3.69
untuk mendapatkan konstruksi pohon fiogeni dari sampel dan data yang memiliki
kemiripan dengan sampel DNA yang ada. Program phylip 3,69 berfungsi sebagai
data pada phylodendron. Berikut tahapan proses dalam program phylip 3,69 untuk
memperoleh outtree filogeni:
1. Pilih seqboot.exe pada phylip 3,69
2. Masukkan nama file dengan format (.phy) → kelompok1.phy
3. Keik R, lalu <enter>
4. Ketik 1000, <enter>
5. Ketik Y, <enter>
6. Ketik 111, <enter>
7. Rename (boot_blast), <enter>
8. Ketik Y, <enter>
9. Klik <enter> lagi untuk keluar
10. Didapat file untuk pohon filogeni dengan nama outtree, yang kemudian di
rename menjadi tree_blast
11. Pilih consence.exe untuk mendapatkan konstruksi pohon filogeni
12. Ketik F, <enter>
13. Ketik nama baru con_blast, <enter>
14. <enter> untuk keluar
Setelah didapat outtree sebagai konstruksi, kemudian rename menjadi
tree_blast.txt untuk selanjutnya dimasukkan dalamsitus online phylodendron
untuk mendapatkan pohon filogeni dari data tersebut. Tahapan yang dilakukan:
1. Masuk ke situs google (www.google.com)
2. Ketik phylodendron dan search
3. Pilih pilih phylogenetik → tree printer
4. Masuk website phylodendron
5. Klik browse, masukkan file tree_blast.txt
6. Submit
7. Didapat hasil konstruksi pohon filogeni
Dari bagan pohon filogeni, didapatkan 3 kekerabatan paling dekat dengan
sampel yaitu “Entero 76”, “Entero 77” dan “Entero 78”dimana “Entero 7” yaitu
Unclutured clone ELU0020-793 , “Entero13” adalah Enterococcus foecium dan
“Entero 14” adalah uncultured organism clone ELU0026.Sehingga dapat
disimpulkan bahwa sampel mempunyai kedekatan dengan ketiga alignment
tersebut. Dimana Entero 76 merupakan sistertaxa dengan sampel kita, dimana
sistertaxa yaitu kelompok organism yang memiliki nenek moyang yang mirip
secara langsung dan membuat taksa tersebut menjadi kerabat terdekat. Sampel
yang kita dapatkan serta entero 76, entero 77 dan entero 78 sebagai kerabat
terdekatnya membentuk suatu group yang dinamakan monophyletic group yakni
kelompok yang tersusun atas takso yang memiliki nenek monyang yang sama
(Campbell et al,2009)
Selanjutnya untuk mengetahui perbedaan urutan DNA sampel dengan
berikut kedua alignment terdekat dapat dilakukan dengan langkah sebagai berikut:
1. Buka Note pad baru
2. Copy sampel dan kedua alignment terdekat dengan sampel (Entero 7, entero
13 dan entero 14)
3. Simpan nama blast baru.txt
4. Buka clustalw
5. Ketik 1 , enter
6. Ketik name blast baru.txt
7. Ketik 2, enter
8. Ketik 9, enter untuk output format options
9. Ketik 4, enter (toogle phylip format output = off→on)
10. Ketik nama blast baru.aln, namablastbaru.phy, namablastbaru.dnd
11. Enter muncul urutan disertai perbedaan urutan DNA dengan symbol “…”
atau disebut juga garis polytomi yang menandakan urutan DNA tersebut
berbeda dengan urutan DNA sampel. Apabila hanya terdapat sedikit
perbedaan urutan DNA maka bisa dikatakan sampel identik (mempunyai
kekerabatan dekat). Hasilnya dapat disimpulkan bahwa sampel kita
mempunyai kekerabatn paling dekat dengan sampel, entero-76, entero-77,
entero 78 yaitu IGS ribosomal RNA gene.
Baris sekuens dalam suatu kolom-kolomnya membuat karakter yang identik
di antara sekuens tersebut.(Krane,2003)
Sedangkan tanda *** menunjukkan bahwa dalam sekuen-sekuen tersebut
spesiesnya mirip jadi bisa dikatakan identik. Namun kekerabatan dari hasil yang
kita dapatkan sekitar 63% kedekatannya.Kekerabatan dekat berarti sifat dari
organism tersebut memiliki kemiripan dengan sifat sampel kita, dapat terlihat dari
konstruksi pohon filogeni.
VII. PENUTUP
7.1 Kesimpulan
Dari sampel data dihasilkan pohon filogeni. Pohon ini menunjukkan
hubungan evolusi antar organism ( hubungan kekerabatan ), dalam
hubungan kekerabatan yang paling dekat dengan sampel DNA adalah
kelompok entero 76, entero 77 dan entero 78.
7.2 Saran
- Pada saat praktikum seharusnya praktikan telah mengcopy program
- Bawalah modem dan laptop untuk memudahkan pada saat praktikum.
DAFTAR PUSTAKA
Anonim, 2011, Prinsip Genomik untuk Programming Bioinformatika, dalam
http://teknologi.kompasiana.com, diakses pada 19 November 2011
Aprijossi,D.Adan Elpaizi,M.A, 2004, Bioinformatika : Perkembangan Disiplin
Ilmu dan Perkembangannya di Indonesia
Campbell, 2009, Sejarah Kehidupan di Bumi,dalam Mekanisme Teori Evolusi II
Nusantara, 2009, Internet untuk Biologi Molekuler, Waria Biotek Vol.14 No.2
Juni
Razia, M, 2011, 16-S rDNA Based Phylogeny of Non-Symbiotit Bacteria of
Entomopanthogenic Nematodes from Infected Insect Cadavers, Genomic
Proteomic & Bioinformatics 9(3) : 104-112
Utama,A,2003, Peran Bionformatika dalam Dunia Kedokteran, Artikel Populer
Ilmu Komputer di akses melalui hhtp://www.ilmukomputer.com pada 19
november 2012
Top Related