VIRUS

a. Sifat Umum Virus

Virus adalah agen penyebab infeksi yang berukuran paling kecil (diameter

berkisar 20 nm sampai sekitar 300 nm). Genom virus hanya mengandung satu

jenis asam nukleat (RNA atau RNA). Asam nukleat dibungkus dalam

selubung protein, yang dikelilingi oleh mebran yang mengandung lipid.

Seluruh unit infeksius disebut virion. Virus bersifat inert dalam lingkungan

ekstraseluler, virus hanya bereplikasi dalam sel yang hidup, menjadi parasit

pada tingkat genetik. Asam nukleat virus mengandung informasi penting

untuk memerintahkan sel penjamu yang terinfeksi agar menyintesis

makromolekul spesifik virus yang diperlukan untuk produksi turunan virus.

Selama siklus replikatif, dihasilkan banyak salinan asam nukleat virus dan

protein selubung. Protein selubung menyatu membentuk kapsid, yang

membungkus dan menstabilkan asam nukleat virus terhadap lingkungan

ekstraseluler dan mempermudah pelekatan dan penetrasi virus ketika

berkontak dengan sel-sel rentan yang baru. Infeksi virus mungkin sedikit atau

tidak mempunyai efek pada sel penjamu atau dapat menyebabkan kerusakan

atau kematian sel.

b. Istilah dan Definisi dalam Virologi

1. Kapsid : selubung protein atau lapisan yang menyelubungi genom asam

nukleat.

2. Kapsomer : unit morfologi yang terlihat pada mikroskop elektron di

permukaan partikel virus ikosahedral. Kapsomer merupakan sekelompok

polipeptida, tetapi unit-unit morfologi tidak perlu sesuai dengan sifat

kimia unit struktur.

3. Virus defektif : partikel virus yang kurang berfungsi pada beberapa aspek

replikasi.

4. Selubung (envolepe) : membran yang mengandung lipid yang

mengelilingi beberapa partikel virus. Selubung tersebut diperoleh selama

maturasi virus dengan proses budding suatu proses reproduksi aseksual

melalui membran sel. Glikoprotein yang dikode virus terpajan pada

permukaan selubung. Proyeksi tersebut disebut peplomer.

5. Nukleokapsid : protein dasar yang membangun cetakan lapisan. Unit

tersebut biasanya merupakan kumpulan dari suatu unit yang tidak identik.

Unit struktural sering disebut sebagai protomer.

6. Subunit : rantai polipeptida viral berlipat tunggal.

7. Virion : partikel virus lengkap. Pada viral yang berlipat tunggal. (misal :

Papilovirus, Picornavirus), virion identik dengan nukleokapsid. Pada

virion yang lebih kompleks (Herpesvirus, Ortomyxovirus), termasuk

nukleokapsid ditambah selubung sekitar. Struktur tersebut, virion

berperan untuk memindahkan asam nukleat virus dari satu sel ke sel lain.

c. Klasifikasi Virus

1. Dasar klasifikasi

Sifat berikut telah digunakan sebagai dasar untuk klasifikasi virus. Jumlah

informasi yang tersedia pada setiap klasifikasi virus. Cara virus

digolongkan berubah secara cepat. Skuens genom sekarang sering

dilakukan dini dalam idenditifikasi virus, dan perbandingan data dasar

menyingkirkan kebutuhan untuk mendapatkan data yang lebih klasik

(densitas ringan virion, dll). Data sekuens genomik adalah kriteria

taksonomik yang berkembang (misal, ordo gen) dan dapat memberikan

dasar bagi idendifikasi famili virus baru.

Beberapa dasar klasifikasi virus yaitu morfologi virion, sifat genom

virion, sifat fisiokimia virion, sifat protein virus, susunan dan replikasi

genom, sifat antigenik, sifat biologi.

2. Sistem universal taksonomi virus

Dalam setiap famili, subdivisi yang disebut genus biasanya didasarkan

pada perbedaan fisikokimia atau serologi. Kriteria yang di gunakan untuk

menjelaskan genus bervariasi diantara famili-famili. Nama genus ditandai

dengan akhiran-virus. Pada empat famili (Poxviridae, Herpesviridae,

Parvoviridae, Paramyxoviridae ), pengelompokan yang lebih besar yang

disebut subfamili telah diterangkan, menggambarkan kompleksitas

hubungan diantara sejumlah virus. Ordo virus dapat digunakan

mengelompokan famili-famili virus yang mempunyai ciri khas umum

yang sama. Saat ini, satu ordo saja yang telah di definisikan

Mononegavirales, meliputi famili Filoviridae, Paramyxoviridae, dan

Rhabdoviridae.

Pada tahun 2000, International Committe on Taxonomy of Virusses telah

menyusun lebih dari 4000 virus hewan dan tanaman 56 famili, 9

subfamili, dan 233 genus, dengan ratusan virus masih belum ditetapkan.

Akhir-akhir ini, 24 famili merupakan virus yang mengimfeksi manusia

dan hewan.

BAKTERI

Morfologi Bakteri

Morphologi yaitu bentuk luar,yg dapat diamati langsung. Menurut pendapat

Anthoni Van Leuwenhoek, bentuk bakteri adalah seperti tongkat (Bacill).

Kenyataannya bentuk dasar bakteri adalah : Bacill; Coccus dan

Vibrio(koma) dengan variasi bentuk masing-masing. Bakteri bentuk

Bacill/batang yg hidup soliter disebut Bacillus. Bacillus berbagai macam : ada

yg ujungnya tumpul, rata,seperti kulit kacang tanah,runcing. Bila formasinya

dua-dua disebut Diplobacil. Bila formasinya seperti rantai disebut

Streptobacill. Bila bentuknya selembar disbt filament. Bila kedua ujungnya

tajam seperti jarum dsbt : Fusiformis.,dan lain sebagainya. Bentuk Bacil

pendek,dan tampak seperti coccus tapi tidak,disebut Coccobacil/ Coccoid.

Bentuk Coccus yang soliter, sendiri-sendiri. Bentuk Coccus dengan variasi

dua-dua disebut Diplococcus, dengan berbagai formasi. Bentuk Coccus

empat-empat seperti persegi disebut Tetrad/Gaffkya. Bentuk Coccus, delapan-

delapan seperti kubus disebut Sarcina. Bentuk coccus seperti rantai disebut

Streptococcus. Bentuk Coccus dengan formasi bergerombol disebut

Staphylococcus. Bentuk bakteri Vibrio/koma ;baik kecil besar, bahkan hampir

setengah lingkaran. Variasi bentuk vibrio adalah spiral(koma

berulang),dengan berbagai variasi. Bentuk tidak

beraturan/Pleomorpha/inovatif : Bentuk L-Form, untuk Gram negatip disebut

Sferoplast dan Gram Positip disebut Protoplast. Bentuk Egg Fried pada

Archaebacteria. Bentuk seperti huruf Cina, L; V; T; dan halter ditemukan

pada Corynebacterium diphteriae.

Struktur Eksternal

• Flagel : terdiri dari protein yg diseut flagellin, merupakan alat gerak bagi

bakteri, umumnya yang memiliki flagel adalah bentuk Bacill,Vibrio dan

Spiral.

• Pili/Fimbriae : bulu halus, pendek dan kaku, memiliki 2 fungsi : sebagai

adhesi, melekat pada hostnya dan sebagai konyugasi (sex pili).

• Dinding sel : Fungsinya : memberi bentuk pada sel/tubuh bakteri.

Melindungi sel dari faktor luar yg merugikan. Mengatur keluar masuknya

zat yg dibutuhkan dan tidak dibutuhkan (keluar,masuk). Memegang

peranan penting dlm pembelahan sel Terdiri dari : peptidoglikan/

mukopeptin / murein

Struktur Internal

Membran sitoplasma

Merupakan bagian terluar dari sitoplasma, yang melekat pada dinding sel.

Merupakan bagian penting karena bersifat semipermeabel dan aktif

mengambil zat yang di perlukan, jaga menolak yang tidak dibutuhkan dan

yg beracun bagi bakteri. Membentuk ensim hidrolytis (exoenzim), yang

berguna untuk menghancurkan zat makanan,hingga dapat diserap.

Bertugas mempertahankan keseimbangan elektrolit,kadar air,pH dari

sitoplasma. Bersifat antigen, jadi dapat merangsang terbentuknya antibodi.

Aktip dalam pembentukan kapsul, pembentukan spora, dan pembelahan

sel. Tempat melekatnya flagel dan vili.

Cairan plasma atau sitoplasma

Cairan plasma/sitoplasma merupakan zat hidup dari sel, terdapat dalam

lingkungan dinding sel, terutama terdiri atas protein. Merupakan koloid,

mengandung karbohidrat, protein, enzim, belerang, kalsium karbonat, dan

volutin ( zat yang banyak mengandung RNA),mudah menyerap zat warna

yg bersifat basa. Volutin tampak berupa titik metakromatis (berwarna),

dapat dilihat pada bakteri diphteriae.

Nukleoid (inti tidak sejati)

Terdiri dari DNA dan RNA. RNA mrpk bagian dari Ribosom (organel),

ber- fungsi sbg sintesa protein. Tdk ada nucleolus, tidak ada organel. Pada

Gram Positip mitochondria berupa lipatan 2 yg disebut Mesosome, fungsi

sebagai mitochondria. Banyak bakteri yg punya satuan kecil terdiri DNA,

satuan kromosom itu disebut plasmid.

Spora

nama spora bakteri adalah Endospora. Fungsinya sebagai perlindungan

diri terhadap pengaruh buruk dari lingkungan luar. Spora tahan panas dan

kering.(stadium istirahat). Bila lingkunga berubah baik maka spora akan

bertunas dan menjadi sel vegetatif kembali. Umumnya termasuk famili

Bacillaceae. Taraf metabolisme rendah,sehingga dapat bertahan hidup

lama tanpa sumber makanan dari luar. Letak dan ukuran endospora

bervariasi seperti: Bentuk Sentral, bentuk terminal, bentuk sub terminal

dan bentuk drum stick.

Reproduksi dan Pertumbuhan Bakteri

Reproduksi bakteri terjadi secara pembelahan biner. Kecepatan pembelahan

ditentukan dengan waktu generasi yaitu waktu yg dibutuhkan oleh sel untuk

membelah (pembelahan biner melintang), tiap species punya waktu generasi

sendiri. Contoh : waktu generasi Escherishia coli 20 menit, Mycobacterium

tuberculosa 20 jam, Treponema pallidum 34 jam, dan lain sebagainya. Zat

makanan yg diserap oleh bakteri, sebagian akan digunakan untuk membangun

protoplasmanya, sehingga tumbuh mencapai besar tertentu. Setelah ukuran

bakteri cukup, ia akan melakukan reproduksi. Kadang pertumbuhan pada

bakteri diartikan sebagai meningkatnya jumlah konstituen sel, dan

meningkatnya jumlah bakteri berhubungan dengan reproduksi.

Kurva pertumbuhan bakteri dibagi menjadi 4 phase :

1. Lag Phase / Phase Penyesuaian / Phase adaptasi

2. Phase Logaritma / Log Phase / Phase Exponential

3. Phase Tetap Maksimum / Stationer Phase

4. Phase Deklinasi / Lethal Phase / Phase Kematian