VALIDASI METODE EKSTRAKSI DNA PADA ANALISIS DNA · PDF fileValidasi Metode Ekstraksi DNA pada...

Click here to load reader

  • date post

    24-Mar-2019
  • Category

    Documents

  • view

    258
  • download

    5

Embed Size (px)

Transcript of VALIDASI METODE EKSTRAKSI DNA PADA ANALISIS DNA · PDF fileValidasi Metode Ekstraksi DNA pada...

VALIDASI METODE EKSTRAKSI DNA PADA ANALISIS DNA BABI DALAM PRODUK BAKSO

ANDIKA ARDI

DEPARTEMEN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR

2012

ABSTRAK

ANDIKA ARDI. Validasi Metode Ekstraksi DNA pada Analisis DNA Babi dalam Produk Bakso. Dibimbing oleh PURWANTININGSIH SUGITA dan HENNY NURAINI.

Banyak kasus pemalsuan produk pangan berbahan dasar daging yang dijumpai di masyarakat. Reaksi rantai polimerase (PCR) telah dikembangkan sebagai metode yang tepat dan cepat untuk mengidentifikasi spesies daging baik dari daging mentah maupun produk makanan olahan daging. Ekstraksi merupakan titik kritis pada analisis PCR karena sangat berkaitan dengan mutu DNA yang diisolasi. Oleh karena itu, validasi metode ekstraksi dilakukan dalam penelitian ini untuk memastikan bahwa hasil ekstraksi memiliki mutu DNA yang baik. Metode ekstraksi DNA yang telah divalidasi selanjutnya diuji sensitivitasnya untuk mendeteksi kontaminasi daging babi dalam produk bakso yang diberi variasi cemaran daging babi serta dalam produk bakso yang dijual di Kota Bogor. Hasil validasi menunjukkan bahwa metode ekstraksi DNA memiliki limit deteksi kemurnian DNA sebesar 0.117, limit kuantitasi kemurnian DNA sebesar 0.389, persen simpangan baku relatif sebesar 2.31%, dan ketidakpastian kemurnian DNA sebesar (1.93 0.04). Cemaran babi masih dapat terdeteksi hingga tingkat cemaran 0.5% (b/b), dan tidak ditemukan cemaran daging babi pada sampel bakso dari 3 pasar di Kota Bogor (Pasar Anyar, Pasar Bogor, dan Pasar Warung Jambu)

ABSTRACT ANDIKA ARDI. Validation of DNA Extraction Methods on DNA Analysis of Pork in Meatball Products. Supervised by PURWANTININGSIH SUGITA and HENNY NURAINI.

There are many cases of fraud meat-based food products found in our society. Polymerase chain reaction (PCR) technique has been developed as a precise and quick method to identify meat species both from raw meat and from meat products. Extraction is the critical level on PCR analysis because it was very related with the quality of the isolated DNA. Therefore, validation of extraction method was carried out in this research to ensure that the extraction results had good DNA qualities. The validated extraction method was then tested for its sensitivity to detect the contamination of pork meat in meatball products made with various pork contamination and also in meatball products sold in Bogor. The validation results showed that the DNA extraction method had detection limit of DNA purity of 0.117, quantitation limit of DNA purity of 0.389, relative standard deviation of 2.31%, and uncertainty of DNA purity of (1.93 0.04). The pork contamination could still be detected up to 0.5% (w/w) contamination and no pork contamination found in meatball samples from 3 market in Bogor (Pasar Anyar, Pasar Bogor, and Pasar Warung Jambu)

VALIDASI METODE EKSTRAKSI DNA PADA ANALISIS DNA BABI DALAM PRODUK BAKSO

ANDIKA ARDI

Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Sains pada Departemen Kimia

DEPARTEMEN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR

2012

Judul Skripsi : Validasi Metode Ekstraksi DNA pada Analisis DNA Babi dalam Produk Bakso

Nama : Andika Ardi NIM : G44096021

Disetujui

Pembimbing I

Prof Dr Purwantiningsih Sugita, MS NIP 19631217 198803 2 002

Pembimbing II

Dr Ir Henny Nuraini, MSi NIP 19640202 198903 2 001

Diketahui Ketua Departemen Kimia

Prof Dr Ir Tun Tedja Irawadi, MS NIP 19501227 197603 2 002

Tanggal Lulus:

PRAKATA

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas berkat limpahan rahmat dan hidayah-Nya penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah dengan judul Validasi Metode Ekstraksi DNA pada Analisis DNA Babi dalam Produk Bakso. Salawat serta salam semoga selalu tercurahkan kepada Nabi Muhammad SAW, keluarganya, dan semoga kita semua menjadi pengikutnya hingga akhir zaman.

Penulis mengucapkan terima kasih kepada Prof Dr Purwantiningsih Sugita, MS dan Dr Ir Henny Nuraini, MSi selaku pembimbing yang senantiasa memberikan arahan, dorongan semangat, dan doa kepada penulis selama melaksanakan penelitian. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Kepala Laboratorium Genetika Molekuler Prof Dr Ir Muladno, MSA, koordinator laboratorium Eryk Andreas, SPt, MSi dan rekan-rekan di laboratorium atas bantuan serta masukan selama penelitian berlangsung.

Terima kasih tak terhingga penulis ucapkan kepada Ayah, Ibu, serta seluruh keluarga, atas doa dan kasih sayangnya. Kepada Eris, Mas Yana, Gina, Idis, Mbak Ana, dan teman-teman Ekstensi Kimia angkatan 2009 yang telah banyak membantu, memberikan saran, semangat, motivasi, dan dorongan selama penelitian, penulis ucapkan terima kasih.

Penulis berharap karya ilmiah ini dapat bermanfaat bagi perkembangan ilmu pengetahuan.

Bogor, Februari 2012

Andika Ardi

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 22 Desember 1987 sebagai putra pertama dari Bapak H Mawardi dan Ibu Hj Syamsidar. Penulis lulus dari SMA Negeri 2 Bogor pada tahun 2006 dan pada tahun yang sama diterima di Akademi Kimia Analisis (AKA) Bogor melalui jalur seleksi tes tulis. Penulis lulus dari AKA Bogor dengan predikat sangat memuaskan pada tahun 2009 dan melanjutkan pendidikan S1 melalui Program Penyelenggaraan Khusus Departemen Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor (IPB) pada tahun yang sama. Selama menjalani masa perkuliahan di AKA Bogor, Penulis pernah mengikuti kegiatan Pelatihan Pengantar Sistem Manajemen Lingkungan (ISO 14001), Pelatihan Pengantar Sistem Manajemen Mutu (ISO 9001:2001), dan Pelatihan Sistem Manajemen Keselamatan dan Kesehatan Kerja OHSAS 18001:2007. Penulis melakukan praktik kerja lapangan di PT Indonesia Power Suralaya pada tahun 2009 dengan judul laporan Pengujian Air pada Pengoperasian Ketel Uap Tekanan Tinggi di Unit Bisnis Pembangkitan Suralaya PT Indonesia Power.

vi

DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR TABEL ................................................................................................. vii

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ vii

DAFTAR LAMPIRAN ......................................................................................... vii

PENDAHULUAN .................................................................................................. 1

METODE

Bahan dan Alat .............................................................................................. 1 Lingkup Kerja ................................................................................................ 2 Proses Pembuatan Bakso ............................................................................... 2 Ekstraksi DNA ............................................................................................... 2 Pengujian DNA Total .................................................................................... 2 Penentuan Konsentrasi dan Indeks Kemurnian DNA .. ................................ 3 Pengujian DNA dengan PCR ........................................................................ 3 Validasi Metode Ekstraksi ............................................................................. 3 Identifikasi Sampel Pasaran ........................................................................... 4

HASIL DAN PEMBAHASAN

Validasi Metode Ekstraksi DNA ................................................................... 4 Identifikasi Bakso .......................................................................................... 6

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan ...................................................................................................... 10 Saran ............................................................................................................ 10

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 10

LAMPIRAN .......................................................................................................... 11

vii

DAFTAR TABEL Halaman

1 Hasil uji limit deteksi dan limit kuantitasi metode ekstraksi DNA pada sampel bakso dengan cemaran ...................................................................................... 5

2 Hasil uji presisi dan keterulangan metode ekstraksi DNA pada sampel bakso dengan cemaran ................................................................................................. 5

3 Hasil uji ketidakpastian kemurnian metode ekstraksi DNA pada sampel bakso dengan cemaran ................................................................................................. 6

4 Sekuens primer reverse spesifik fragmen DNA sapi dan babi ......................... 6 5 Tingkat keberhasilan amplifikasi DNA bakso dengan 7 variasi cemaran ........ 8 6 Tingkat keberhasilan amplifikasi DNA bakso dari pasar ................................. 9

DAFTAR GAMBAR Halaman

1 Fase yang terbentuk sesudah proses ekstraksi fenol-kloroform ........................ 5 2 Visualisasi DNA hasil ekstraksi pada gel agarosa 1%: sampel bakso dengan

berbagai macam variasi cemaran (17) (a); sampel bakso pasar (110) (b). .... 6

3 Interaksi antara etidium bromida (EtBr) dan DNA .......................................... 6 4 Proses reaksi PCR ............................................................................................. 8 5 Visualisasi hasil amplifikasi DNA samp