Bukti evolusi tak langsung bidang taksonomi, berdasarkan Biokimia, genetika, dan fisiologi.

Sistem klasifikasi makhluk hidup (taksonomi) berdasarkan pada hubungan kekerabatan secara evolusioner. Beberapa parameter yang digunakan dalam klasifikasi ini adalah sebagai berikut:

a. Persamaan struktur tubuh dapat diketahui secara eksternal dan internal

b. Menggunakan biokimia perbandingan. Misalnya, hewan Limulus polyphemus, dahulu dimasukkan ke dalam golongan rajungan (Crab) karena bentuknya seperti rajungan, tetapi setelah dianalisis darahnya secara biokimia, terbukti bahwa hewan ini lebih dekat dengan laba-laba (Spider). Berdasarkan bukti ini, Limulus dimasukkan ke dalam golongan laba-laba.

Pada tumbuhan, penggolongan ganggang didasarkan pada pigmen dalam plastidanya serta susunan kimia, senyawa cadangan makanan. Cari kimiawi dapat mempunyai nilai taksonomi yang tinggi jika dapat menunjukkan konstan, tidak menyebar pada seluruh takson secara sama, tidak mudah terpengaruh satu dengan yang lainnya. Ciri kimiawi pada ganggang dapat digolongkan menjadi 3 kelompok, yaitu :

Secara langsung dapat dilihat seperti butiran pati dan rafid Berupa hasil tumbuhan seperti alkaloid, flavonoid dan terpenoid Serologi dan elektroforesis protein

c. Genetika

Berdasarkan genetika modern. Gen dipergunakan juga untuk melakukan klasifikasi makhluk hidup. Adanya persamaan gen menunjukkan adanya kekerabatan.

d. Fisiologi

Makhluk hidup yang tergolong dalam satu jenis dianggap menunjukkan sifat fisiologi yang sama pula. Sedangkan makhluk hidup yang menunjukkan sifat morfologi yang sama belum tentu sifat fisiologisnya sama pula.

Sumber : Lumowa, sonja V.T. 2012 . bahan ajar botani tingkat tinggi. Universitas mulawarman:samarinda

Tjitrosoepomo, Gembong. 1993. Taksonomi Umum Dasar-Dasar Taksonomi Tumbuhan. Gadjah Mada University Press ; Yogyakarta.