SKRINING GEN CASC11 SINGLE NUKLEOTIDE POLYMORPHISM

rs9642880 SEBAGAI PREDIKTOR KANKER KANDUNG KEMIH PADA

MAHASISWA PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER UNIVERSITAS

ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA ANGKATAN 2012-

2014

Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk

memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN

OLEH:

HIPNI SOLEHUDIN

NIM: 1112103000001

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER

FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF

HIDAYATULLAH JAKARTA

1436 H/2015

v

KATA PENGANTAR

Assalamualaikum wr. wb.

Puji syukur peneliti panjatkan kepada Allah SWT yang telah melimpahkan

rahmat dan hidayah-Nya sehingga penelitian ini dapat diselesaikan dengan baik.

Shalawat serta salam tidak lupa peneliti sampaikan kepada Nabi Muhammad

SAW beserta keluarga dan sahabatnya.

Alhamdulillah, penelitian ini telah selesai, dan akan sulit terselesaikan jika tanpa

bantuan dan bimbingan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, saya mengucapkan banyak

terima kasih kepada:

1. Prof. DR. Arif Sumantri S.K.M., M.Kes. selaku Dekan Fakultas

Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif

Hidayatullah Jakarta.

2. dr. Achmad Zaki, M.Epd, Sp.OT selaku Kepala Program Studi Pendidikan

Dokter FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.

3. Chris Adhiyanto, S.Si, M.Biomed, PhD dan dr. Nouval Shahab, SpU,

Ph.D, FICS, FACS selaku dosen pembimbing yang telah membimbing,

mengarahkan, dan memberikan motivasi kepada peneliti mulai dari awal

hingga akhir penelitian.

4. dr. Mukhtar Ikhsan, Sp.P(K), MARS dan Nurlaely Mida R., S.Si, M.

Biomed, DMS., selaku penguji sidang laporan penelitian ini.

5. dr. Nouval Shahab, SpU, Ph.D, FICS, FACS dan dr. Flori Ratna Sari,

Ph.D. selaku penanggung jawab riset Program Studi Pendidikan Dokter

angkatan 2012 yang telah memberikan motivasi untuk dapat

menyelesaikan penelitian tepat pada waktunya.

6. dr.Witri Ardini, M.Gizi, Sp.GK selaku pembibing akademik yang telah

sabar menasehati dan memberikan dukungan dalam proses pembelajaran

di Program Studi Pendidikan Dokter.

7. Kedua orang tua tercinta, terhebat, Bapak H. Aan dan Ibu Hj. Onih yang

selalu memberikan dukungan kepada peneliti baik moral maupun

materil.

8. Kakak kandung saya, H. Herman, Hj. Ifah, dan Hj. Aisyah yang

memberikan motivasi, semangat dalam mengikuti proses pembelajaran di

vi

Program Studi Pendidikan Dokter FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.

9. Fitri Handayani yang selalu memberikan dukungan, mengingatkan, dan

selalu memberikan motivasi terus menerus.

10. Teman kelompok penelitian saya, Nurul Hasanah, Rizky Ananda,

Amatilah Raifah, dan Adamilzary Fikry yang telah berjuang bersama.

11. Untuk sahabat terbaik, Rizky, Faruq, Fikry, Fitria Anis, Putri Lubis, yang

selalu menasehati, mendukung, dan memotivasi peneliti.

12. Untuk grup bola PSPD 2012, Anak Kost Astya Puri Blok E5 yang selalu

membuat saya terus termotivasi dalam proses pemberlajaran Kuliah.

13. Seluruh mahasiswa PSPD 2012 yang terus semangat bersama dalam

menimba ilmu di UIN Syarif Hidayatullah.

14. Bagian laboratorium Mba Ai, Mba Syur, yang telah membantu

berlangsungnya penelitian ini.

15. Dan semua pihak yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu.

Peneliti menyadari bahwa laporan penelitian ini masih terdapat

ketidaksempurnaan. Oleh karena itu, peneliti mengharapkan kritik dan saran yang

membangun bagi penelitian ini. Semoga penelitian ini dapat bermanfaat bagi

masyarakat dan para pembaca.

Ciputat, 16 Oktober 2015

Peneliti

vii

ABSTRAK

Hipni Solehudin. Program Studi Pendidikan Dokter. Skrining Gen CASC11

Single Nukleotide Polymorphism rs9642880 Sebagai Prediktor Kanker Kandung

Kemih pada Mahasiswa Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Islam

Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta Angkatan 2012-2014.

SNP (Single Nukleotide Polymorphism) rs9642880 merupakan salah satu

prediksi kanker kandung kemih akibat adanya mutasi pada basa nukleotida G (Guanin)

menjadi T (Timin). Mutasi tersebut terletak pada kromosom 8q24 yang memiliki

kerentanan terhadap kanker kandung kemih. Pada penelitian ini digunakan metode

Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping yang merupakan metode yang lebih cepat dan

efektif. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui persentase dan frekuensi gen

CASC11 SNP rs9642880 sebagai prediktor kanker kandung kemih serta melihat

hubungannya dengan jenis kelamin pada mahasiswa PSPD UIN Jakarta angkatan 2012-

2014. Sampel yang digunakan yaitu sampel DNA 102 mahasiswa PSPD UIN Jakarta

yang dipilih secara acak. Hasil penelitian menunjukan bahwa terdapat genotip

heterozigot & mutan (GT/TT) sebesar 66 orang (64,7%), genotip wild-tyipe (GG) 36

orang (35,3%), dan genotip (GT,TT,GG) tidak berhubungan dengan jenis kelamin pada

mahasiswa PSPD UIN Jakarta angkatan 2012-2014.

Kata kunci: SNP rs9642880, kanker kandung kemih, metode Hydrolysis Probe

Endpoint Genotyping.

ABSTRACT

Hipni Solehudin. Medical Education Program. Gen CASC11 Screening Single

Nukleotide Polymorphism rs9642880 as a Predictor of Bladder Cancer in Student

Medical Education Program Syarif Hidayatullah State Islamic University Jakarta

Force 2012-2014.

SNP (Single Nukleotide Polymorphism) rs9642880 is one predictor of bladder

cancer due to mutations in the nucleotide bases G (Guanine) to T (Thymine). The

mutation is located on chromosome 8q24 which has a susceptibility to bladder cancer.

The method that used in this research was the Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping

which is faster and more effective. The aim of this study was to determine the

percentage and frequency gene CASC11 SNP rs9642880 as a predictor of bladder

cancer and its correlation with the gender of the student UIlN Jakarta force 2012-2014.

The samples that used in this study is DNA samples of 102 students of UIN Jakarta

force 2012-2014. The results of this study show that there were heterozygous and

homozygous mutant genotype (GT/TT) of 66 sampels (64,7%),36 sampels (35,3%)

GG genotype, and (TT,GT,GG) genotype is not related to the gender of the student

UIN Jakarta Force 2012-2014.

Key words: SNP rs9642880, bladder cancer, Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping

method.

viii

DAFTAR ISI

LEMBAR JUDUL .............................................................................................................. i

LEMBAR PERNYATAAN .............................................................................................. ii

LEMBAR PERSETUJUAN ............................................................................................ iii

LEMBAR PENGESAHAN ............................................................................................. iv

KATA PENGANTAR ........................................................................................................v

ABSTRAK ....................................................................................................................... vii

ABSTRACT ..................................................................................................................... viii

DAFTAR ISI..................................................................................................................... ix

DAFTAR GAMBAR ....................................................................................................... xii

DAFTAR TABEL .......................................................................................................... xiii

DAFTAR SINGKATAN ................................................................................................ xiv

DAFTAR LAMPIRAN ....................................................................................................xv

BAB I PENDAHULUAN ..............................................................................................1

1.1 Latar Belakang .............................................................................................1

1.2 Perumusan Masalah .......................................................................................3

1.3 Tujuan Penelitian ...........................................................................................3

1.4 Manfaat Penelitian .........................................................................................3

BAB II TINJAUAN PUSTAKA ....................................................................................4

2.1 Landasan Teori ..............................................................................................4

2.1.1 Isolasi Genom DNA ...................................................................................4

2.1.2 PCR (Polymerase Chain Reaction) .......................................................5

2.1.3 Konsep Genotip untuk Sistem LightCycler® 480 .................................7

A. Prinsip Melting Curve Genotyping ..................................................7

B. Prinsip Endpoint Genotyping ...........................................................8

2.1.4 Pengenalan Evolusi, Genetika, dan Kromosom ....................................9

2.1.5 Penyebab Timbulnya Kanker ...................................................................10

2.1.6 Kandung Kemih ..................................................................................11

A. Anatomi dan fisiologi ....................................................................12

B. Kanker kandung kemih (Bladder Cancer) ....................................12

C. Epidemiologi kanker kandung kemih ............................................14

D. Faktor resiko kanker kandung kemih ............................................14

ix

2.2 Kerangka Teori ............................................................................................15

2.3 Kerangka Konsep ........................................................................................16

2.4 Definisi Operasional ....................................................................................16

BAB III METODE PENELITIAN ...............................................................................18

3.1 Desain Penelitian .........................................................................................18

3.2 Waktu dan Tempat Penelitian .....................................................................18

3.3 Populasi dan Sampel ...................................................................................18

3.3.1 Populasi target ....................................................................................18

3.3.2 Populasi terjangkau ............................................................................18

3.3.3 Perkiraan besar sampel .......................................................................18

3.3.4 Kriteria pemilihan sampel ..................................................................18

3.3.5 Teknik pengambilan sampel ...............................................................19

3.4 Prosedur Penelitian ......................................................................................20

3.4.1 Alat dan bahan uji ...............................................................................20

3.4.2 Cara kerja ................................................................................................21

A. Pengumpulan data .........................................................................21

B. Desain Probe Taqman® (#435137) ................................................21

C. Isolasi DNA ....................................................................................23

D. Analisis DNA genom dengan elektroforesis ..................................25

E. Deteksi dan skrining rs9642880 (Probe Taqman® #435137) ........26

3.5 Alur Kerja Penelitian ...................................................................................28

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................................29

4.1 Hasil .............................................................................................................29

4.1.1 Hasil isolasi DNA genom dari sel darah (whole blood) .....................29

4.1.2 Data Karakteristik Responden ............................................................30

A. Karakteristik Jenis Kelamin Responden .........................................30

B. Karakterisrik Umur responden ......................................................31

4.1.3 Hasil Analisis Endpoint Genotyping rs9642880 .................................31

A. Hasil skrining rs9642880 DNA genom Responden ......................31

B. Hubungan genotip GG, GT, dan TT dengan jenis kelamin ...........32

C. Hasil pengamatan alel T dan G pada seluruh responden ...............33

D. Hubungan alel T dan G dengan jenis kelamin ...............................33

4.1.4 Menghitung Frekuensi Gen (Alel) ......................................................34

x

4.2 Pembahasan .................................................................................................35

4.3 Aspek Keislaman .........................................................................................38

BAB V SIMPULAN DAN SARAN ............................................................................39

5.1 Simpulan ......................................................................................................39

5.2 Saran ............................................................................................................39

DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................................40

LAMPIRAN......................................................................................................................44

xi

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1. Perbandingan proses PCR konvensional dan real time .................................. 7

Gambar 2.2. Melting curve genotyping instrument LightCycler® 480 .............................. 9

Gambar 2.3. Contoh analisis SNP Endpoint genotyping .................................................... 10

Gambar 2.4. Alel dan gen pada kromosom ......................................................................... 11

Gambar 2.5. Saluran kandung kemih .................................................................................. 13

Gambar 2.6. Lapisan kandung kemih ................................................................................. 13

Gambar 4.1. Isolasi genom DNA ........................................................................................ 30

Gambar 4.2. Karakteristik jenis kelamin ............................................................................ 31

Gambar 4.3. Karakteristik umur responden ........................................................................ 32

Gambar 4.4 Hasil skrining rs9642880 DNA genom responden ......................................... 33

Gambar 4.5 Analisis Endpoint Genotyping pada responden .............................................. 38

xii

DAFTAR TABEL

Tabel 4.1. Kategori kemurnian DNA genom ............................................................... 31

Tabel 4.2. Kategori konsentrasi DNA genom .............................................................. 31

Tabel 4.3. Hubungan genotip GG,GT, dan TT dengan jenis kelamin ......................... 33

Tabel 4.4. Hasil perhitungan alel G dan T pada responden ......................................... 34

Tabel 4.5. Hubungan alel G dan T dengan jenis kelamin ............................................ 34

xiii

DAFTAR SINGKATAN

CASC11 Cancer Susceptibility Candidate 11

DNA Deoxyribonucleic Acid

E-Boxes Enhancer box sequence

HATs Histone acetyltransferases

NCD Non Communicable Disease

NTC Non Template Control

PCR Polymerase Chain Reaction

qPCR Quantitative Polymerase Chain Reaction

RAPD Random Amplified Polymorphic DNA

RFLP Restriction Fragmen Length Polymorphism

RNA Ribonucleic Acid

RT-PCR Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction

SNP Single Nucleotide Polymorphism

UIN Universitas Islam Negeri

WHO World Health Organization

XIV

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Surat Tanda Terima Kemite Etik ............................................................. 44

Lampiran 2 Persetujuan responden ............................................................................. 45

Lampiran 3 Alat dan bahan peneltian ......................................................................... 46

Lampiran 4 Hasil isolasi DNA dengan elektroforesis................................................. 48

Lampiran 5 Hasil kemurnian dan konsentrasi DNA sampel ........................................ 49

Lampiran 6 Hasil Analisis Endpoint Genotyping responden ....................................... 52

Lampiran 7 Hasil skrining rs9642880 pada seluruh responden ................................... 53

Lampiran 8 Hasil analisis statistika.............................................................................. 55

Lampiran 9 Riwayat Penulis ........................................................................................ 60

SKRINING GEN CASC11 SINGLE NUKLEOTIDE POLYMORPHISM

rs9642880 SEBAGAI PREDIKTOR KANKER KANDUNG KEMIH PADA

MAHASISWA PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER UNIVERSITAS

ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA ANGKATAN 2012-

2014

Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk

memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN

OLEH:

HIPNI SOLEHUDIN

NIM: 1112103000001

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER

FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF

HIDAYATULLAH JAKARTA

1436 H/2015