Salah satu masalah yang dihadapi dalam pengelolaan waduk adalah masalah sedimentasi.

Sedimentasi yang terjadi pada waduk dapat disebabkan akibat erosi yang terjadi pada lahan-

lahan kritis yang terdapat pada daerah tangkapan waduk. Jika material sedimen yang terbentuk

akibat erosi lahan tersebut masuk ke dalam aliran sungai dalam jumlah yang besar maka akan

menyebabkan laju sedimen yang masuk ke dalam waduk menjadi besar bahkan akan melampaui

laju sedimen rencana. Akibat sedimen yang mengendap di dasar waduk, kapasitas tampungan

dan kapasitas tampungan efektif waduk akan mengalami penyusutan. Demikian juga dengan usia

rencana waduk, usia rencana waduk akan mengalami percepatan pengurangan.

Untuk menambah usia waduk dapat dilakukan dengan pengerukan dasar waduk, dengan

prioritas pekerjaan adalah pada titik-titik dimana dimungkinkan terganggunya aktivitas

operasional waduk. Terutama untuk menjaga keamanan daerah sekitar saluran intake untuk

turbin pembangkit listrik.

Pola penyebaran sedimentasi di dasar waduk tergantung dari topografi waduk, ukuran

butir sedimen, dan pola operasi waduk. Pengaruh sedimentasi terhadap berkurangnya volume

waduk dapat menyebabkan berkurangnya volume efektif waduk dan tingkat operasional waduk.

Selama banjir profil muka air di atas bendungan akan mencapai ketinggian maksium di atas

tampungan efektif waduk. Perhitungannya disesuaikan dengan kondisi dari karakteristik tahap

debit pengeluaran, sebagaimana diatur oleh pintu operasi, geometri dan hidrolik karakteristik

sepanjang jangkauan serta karakteristik debit dari hidrograf pemasukan.

Profil aliran diatas waduk bisa dihitung dengan menggunakan model aliran

seragam seperti HEC-2 (US Army, 1990) atau model aliran tidak seragam seperti UNET

(US Army, 1992) dan DAMBRK (fread, 1988).

Ketika arus banjir tidak seragam yang disalurkan melalui waduk, penyimpanan sementara

banjir secara signifikan akan mengurangi puncak banjir di bendungan. Sedimentasi yang

mengurangi penyimpanan banjir tidak hanya akan meningkatkan profil aliran di atas bendungan

karena naiknya endapan, tetapi juga akan meningkatkan debit puncak di bendungan. Dengan cara

ini, sedimentasi yang luas dapat menyebabkan kapasitas desain pelimpah untuk dilampaui.

Hasil dari satu atau beberapa waduk dapat dianalisis dengan perhitungan keseimbangan untuk

volume penyimpanan yang diberikan, menggunakan persamaan kontinuitas memiliki bentuk

umum sebagai berikut:

Penyimpanan t = penyimpanan t-1 + inflow - outflow - kehilangan

Penyimpanan adalah volume air yang tertampung di waduk. Inflow mencakup

semua aliran yang masuk ke waduk. Outflow mencakup semua pelepasan terkontrol dari

waduk. Kelilangan mencakup penguapan, dan rembesan. Dengan mengungkapkan

geometri waduk menggunakan tahap-daerah dan kurva tahap-penyimpanan,

Sebuah analisis perilaku untuk waduk dengan menggunakan dataset historis dapat

dilakukan menggunakan perangkat elektronik. Sebuah sistem sederhana dan kompleks, termasuk

beberapa DAS, dapat dianalisis dengan model komputer seperti HEC-5 (US Army, 1982) dan

Ackers Reservoir Simulation Program (ARSP) - Boss International 1993.

Dalam memanfaatkan tampungan waduk harus diingat bahwa kuantitas air sangat

terbatas, sehingga pemakaian air harus dilakukan sebaik mungkin. Pengaturan pendistribusian air

di waduk sangat diperlukan dalam menentukan pelepasan yang terencana dan

berkesinambungan.