Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

52

Click here to load reader

description

IDENTIFIKASI BAKTERI INDIGENOUS PEreduksi LOGAM BERAT Cr (VI) DENGAN METODE MOLEKULER DI SUNGAI CIKIJING RANCAEKEK JAWA BARAT SEMINAR KOLOKIUM SYAFRUDIN LEWARU 230110080114. Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012. LATAR BELAKANG. - PowerPoint PPT Presentation

Transcript of Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Page 1: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

IDENTIFIKASI BAKTERI INDIGENOUS PEREDUKSI LOGAM BERAT CR (VI) DENGAN METODE MOLEKULER DI SUNGAI CIKIJING RANCAEKEK JAWA BARAT

SEMINAR KOLOKIUM

SYAFRUDIN LEWARU230110080114

PROGRAM STUDI PER IKANAN

FAKULTAS PER IKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERS ITAS PADJADJARAN

2012

Page 2: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

• Pencemaran sungai akibat pembangunan• Pencemaran di sungai Cikijing telah terjadi akibat dari

pembuangan limbah yang pada umumnya berasal dari industri tekstil yang berupa Cr, Cu, dan Zn (Andarani dan Roosmini, 2010).

• metode biologi atau biodegradasi oleh mikroorganisme merupakan salah satu cara yang tepat (Feliatra (1996) dalam Dharmawibawa (2004))

• Badan sungai dengan nilai pH > 5, kromium yang terbentuk berupa kromium Cr (VI) (Effendi, 2003 dalam Agustinus, 2010).

• Identifikasi Bakteri dengan Metode Molekuler lebih cepat dan akurat (Suryanto, 2003).

LATAR BELAKANG

Page 3: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Identifikasi Masalah

Seberapa besar potensi bakteri indigenous sebagai pereduksi logam berat Cr (VI) yang diisolasi dari Sungai Cikijing Rancaekek Kabupaten Bandung.

Page 4: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Tujuan Penelitian

Untuk mencari bakteri-bakteri potensial yang bisa menjadi kandidat agen bioremediasi logam Cr (VI) di sungai Cikijing Rancaekek.

Page 5: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

untuk mengetahui jenis bakteri pereduksi logam berat Cr (VI) di Sungai Cikijing Rancaekek Kabupaten Bandung, sehingga kedepannya dapat menjadi referensi sebagai pengurang beban pencemaran akibat logam berat Cr di sungai tersebut atau wilayah lain.

Manfaat Penelitian

Page 6: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Pendekatan Masalah

Pencemaran sungai

Bakteri sebagai agen biodegradasi

Sungai Cikijing Tercemar logam

dari Tekstil

Cr, Cu, dan Zn Bakteri Indigenous

Pereduksi Logam Cr (VI)

Identifikasi Molekuler

Page 7: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

1. Lokasi Penelitian

Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. Sampel bakteri diperoleh dari Sungai Cikijing Rancaekek Kabupaten Bandung Jawa Barat.

2. Waktu PenelitianWaktu penelitian adalah 5 bulan, dimulai dari bulan Maret sampai dengan bulan Juli 2012.

Metode Penelitian

Page 8: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

3. Alat dan BahanALATProses isolasi Bakteri dan Uji ResistensiErlenmeyer, Thermometer, Indikator universa, Kamera digital, Tabung reaksi , Rak tabung reaksi,Pipet, Mikropipet, Bunsen , Cawan petri, Jarum ose, L glass, Plastik wrap, Laminar, Inkubator , Timbangan digital, Alumunium foil , Autoklaf , Gelas, Plastic, Kertas Oven, Labu Erlenmeyer, Hot plate, Stearer , Kertas label

Page 9: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Identifikasi Bakteri dengan 16S rRNAEkstraksi DNA:Rak micro tube, Micro pipet, Centrifuge, Timer, Micro Tube, Timbangan analitik, , Vortex

PCR (Amplifikasi)Thermal cycler, Microtube, Micropipet,

Elektroforesis gel agarose:Gelas ukur, Timbangan analitik, Cetakan gel agarose , Hot Plate/Magnetic Stirrer, Alat elektroforesis, Power supply, Ultraviolet Transilluminator, Sendok pipih, Kamera, Komputer.

Page 10: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

BAHANBahan-bahan yang digunakan dalam penelitian ini meliputi :Isolat Bakteri dan Uji Resistensi1. Sampel Air dan sedimen2. Nutrien Agar (NA)3. Nutrien Broth (NB)4. NaCl fisiologis5. Akuades 6. Alkohol 70%7. Spirtus8. Cr Powder (K2CrO4)

9. DPC10. Asam Sulfat (H2SO4)

Page 11: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Identifikasi Bakteri Isolasi DNA Bakteri• Nuclease free water (NFW)• Solution I : 50 mM Glucos, 25 mM Tris.Cl (pH 8),

10 mM EDTA (pH 8) • Solution II : 0,2 N NaOH, 1 % SDS• Solution III : 5 M Potasium Asetat 60 mL, Asam

Asetat Glasial 11,5 mL, H2O 28,5 mL. • Es curai• Ethanol Absolute dan ethanol 70%• TE 1/10

Page 12: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Amplifikasi• DNA template• PCR Master Mix (KAPA 2G FAST)• Primer Forward F 16S rRNA• Primer Reverse R 16S rRNA• Nuclease Free Water Elektroforesis• Gel agarose• Larutan pemberat dan pewarna (Loading dye)• Larutan Tris glacial acetate acid EDTA (TAE)• Ethidium Bromide (EtBr)• PCR marker (Ikb Ladder)• Aquades

Page 13: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

PROSEDUR PENELITIAN

Sterelisasi Alat

Pengambilan Sampel Air

dan Sedimen

Kultivasi/Isolasi Bakteri

Uji Tantang Bakteri

Uji Reduksi Bakteri

Identifikasi Molekuler

Sequencing

Analisis Bioinformatik

Page 14: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

2.Kultivasi Bakteri

1. Sampel diencerkan dengan NaCl fisiologis di dalam tabung reaksi. Sampel air sungai sebanyak 1 mL dan sedimen sebanyak 1 g, lalu masukkan masing-masing sampel ke dalam tabung pengencer yang masing-masing berisi 9 mL akuades secara aseptis.

2. Membuat pengenceran sampel pada tabung yang lain sampai 10-4, 10-5, dan 10-6

3. Memindahkan 1 ml biakan dari tabung pengencer ke atas media Nutrien Agar yang telah disiapkan di dalam cawan petri, kemudian ratakan dengan batang L

4. Diinkubasikan pada suhu 30oC selama 2-3 hari

Page 15: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

5. Setelah terlihat ada partumbuhan bakteri, diambil single koloni secepatnya dan goreskan atau pindahkan ke media NA yang baru. Setelah terlihat tumbuh kembali pada media baru, lalu dilanjuti pemurnian isolate hingga benar-benar tidak ada isolate lain yang tumbuh

6. Setelah murni, isolat dikultur dalam medium NA yang telah diperkaya K2CrO4 0,2 mg/L

7. Isolat diperbanyak dalam media agar miring dan cawan petri untuk dilakukan uji karakteristik isolat

Page 16: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

3. Uji Tantang

1. Setelah didapatkan beberapa isolat murni bakteri, lalu bakteri diinokulasikan ke dalam medium cair Nutrien Broth (NB) yang telah diperkaya K2CrO4 dengan konsentrasi masing-masing 50, 150, 500, 1000, dan 1500 ppm.

2. Kemudian diinkubasikan kedalam incubator shaker selama 18 jam pada suhu 37oC dengan kecepatan 220 rpm, untuk melihat ketahanan bakteri terhadap logam berat.

3. Kemudian masing-masing bakteri setiap perlakuan diukur nilai Optical Density (OD) dengan panjang gelombang 600 nm untuk mengetahui tingkat kepadatan bakteri pada spektrofotometer

Page 17: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

4. Setelah diketahui beberapa isolate yang bertahan terhadap logam berat berdasarkan tingkat kepadatan, diambil yang tertinggi untuk dilanjutkan ke tahap uji reduksi

5. Setelah diamati, dan diperoleh beberapa isolate yang dapat mereduksi logam Cr (VI), lalu diteruskan identifikasi bakteri dengan metode PCR dengan 16S rRNA

Page 18: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

4. Uji Reduksi Bakteri

1. Setelah didapatkan bakteri tahan Cr (VI), lalu bakteri diinokulasikan ke dalam medium cair Nutrien Broth (NB) yang telah diperkaya K2CrO4 dengan konsentrasi masing-masing 300, 700, dan 1000 ppm.

2. Kemudian diinkubasikan kedalam incubator shaker selama ±24 jam pada suhu 37oC dengan kecepatan 220 rpm

3. Sentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 5 menit, masing-masing konsentrasi untuk mendapatkan supernatan cairan Cr (VI)

Page 19: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

4. Buat kompleks Cr dalam tabung reaksi dari supernatan dengan komposisi : 12,5 mL Aquades pH 3, 250 µL Larutan Diphenil Charbazida 1g/400 mL aseton, sampel yang sesuai dengan faktor pengenceran

5. Diukur absorbansinya di dalam spektrofotometer dengan panjang gelombang 540 nm.

6. Plotkan pada nilai kurva standar yang telah dibuat (y = 0,1057x + 0,0025)

Page 20: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

4. METODE MOLEKULERIsolasi DNA genom bakteriMetode isolasi DNA genom bakteri yang digunakan adalah metode Alkaline Lysis. Dijelaskan sebagai berikut:

1. Setiap kultur dipindahkan ke dalam tabung eppendorf 1,5 mL dan disentrifugasi selama 30 detik pada kecepatan 1200 rpm

2. Kemudian supernatan dibuang3. Lalu sebanyak 100 μL larutan I (resuspension solution)

ditambahkan ke dalam tiap tabung lalu diresuspensi dengan di-vortex.

4. Selanjutnya ke dalam tiap tabung ditambahkan 200 μL larutan II (lysis solution) lalu dicampur dengan membolak-balikkan tabung beberapa kali dan biarkan lysis terjadi selama 2-3 menit di dalam es

5. Setelah itu, sebanyak 150 μL larutan III (neutralizing solution) ditambahkan (on ice) lalu di-vortex

6. Lalu didiamkan selama 3-5 menit di dalam es.

Page 21: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

7. Kemudian tabung disentrifugasi dengan kecepatan 12000 rpm selama 5 menit dalam microcentrifuge.

8. Supernatan yang diperoleh dipindahkan ke dalam tube baru, ditambah ethanol absolute 2x volume larutan alkalin lysis (±900µL), lalu di-vortex

9. Lalu disentrifugasi pada 12000 rpm selama 5 menit. Kemudian supernatannya dibuang.

10. Lalu sebanyak 1 mL etanol (EtOH) 70% ditambahkan dan disentrifugasi kembali selama 5 menit. Kemudian supernatannya dibuang dengan cara dibalikkan sampai kering ±10 menit . Akan terlihat pelet DNA

11. Pelet DNA dikeringkan, lalu diresuspensi dalam 30 μL buffer TE dan di-flick kemudian disimpan pada suhu -20°C.

Page 22: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Amplifikasi DNA dengan PCR (Sadi, 2009)• Amplifikasi ini menggunakan primer 16S rRNA

Primer Urutan Nukleotida

9F1492R

5’-GAGTTTGATCCTGGCTCAG5’-GGCTACCTTGTTACGACTT

Komponen PCR Konsentrasi Akhir

Deionized water -

50 μL GoTaq Green Master Mix 1x

Primer forward 2 μL

Primer reverse 2 μL

DNA template -

Page 23: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Siklus Suhu Waktu Jumlah Siklus

Inisialisasi 95 oC 2 menit 1

- Denaturasi

- Annealing

- Elongasi

95 oC55 oC75 oC

30 detik30 detik1 menit

30

Final elongasi 75 oC 5 menit 1

Final hold 4 oC - 1

Pengaturan Program PCR

Page 24: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

ElektroforesisProses pembuatan gel agaros 1 % dengan mencampurkan bubuk agarosa sebanyak 0,4 g dalam TBE 40 ml (Thris-Borate EDTA). Gel agarose direndam secara sub marine atau terendam seluruhnya dalam running buffer yaitu TBE. 10 uL DNA hasil PCR dan penanda berat molekul dimasukkan ke dalam sumur-sumur gel. Voltase yang digunakan ntuk proses elektroforesis adalah 75 volt, dengan kuat arus 100 mA selama 60 menit.

Page 25: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

5. Analisis Bioinformatik

Hasil purifikasi produk PCR 16S rRNA kemudian dilakukan sequencing dan selanjutnya dianalisis menggunakan perangkat bioinformatik (bioedit) dan dicocokan dengan data di www.ncbi.nih.nlm.gov melalui program BLAST untuk menentukan jenis dari 4 isolat tersebut dari database yang ada.

Page 26: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

HASIL PENELITIAN

ISOLASI BAKTERII Uji Tantang Bakteri

Uji Reduksi Bakteri

Identifikasi Molekuler

Sequencing

Analisis Bioinformatika

POTENSI BAKTERI

Page 27: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

1. ISOLASI BAKTERI• medium padat NA tetapi diperkaya oleh

K2CrO4 sebesar 0,2 mg/L. • Pada tahap ini didapat 13 isolat bakteri murni

yang dapat bertahan pada medium. Setelah itu. Dari 13 isolat bakteri yang telah diisolasi hanya 10 isolat bakteri yang benar-benar murni

Page 28: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012
Page 29: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

2. Uji Tantang Bakteri Terhadap Cr (VI)

Nutrien Broth (NB) yang diperkaya dengan K2CrO4 konsentrasi 50, 150, 500, 1000, dan 1500 ppm.

Page 30: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Isolat Bakteri dengan Nilai OD 600 nm Tertinggi pada 1500 ppm

Kode Bakteri Optical Density (OD)

S.3.14 1,125

A.3.3 0,366

A.2.1 0,348.

Page 31: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

3. Uji Reduksi Bakteri terhadap Cr (VI)

• Uji ini dilakukan pada konsentrasi K2CrO4 yaitu 300, 700, dan 1000 ppm didalam medium cair Nutrien Broth (NB).

• Perhitungan jumlah reduksi bakteri terhadap Cr (VI) dilakukan dengan Diphenyl Carbazida (DPC) sebagai indikator Cr (VI)

• Kurva Standar y = 0,1057x + 0,0025• Absorbansi Reduksi

Page 32: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Penurunan Jumlah Konsentrasi Cr (VI) Selama ±24 jam

BakteriKonsentrasi Awal

(ppm)Konsentrasi Akhir

(ppm)Total Reduksi

(ppm)

A.3.3

314,56 210,50 104,06

799,4 80,42 718,98

1083,25 468,30 614,95

A.2.1

314,56 295,65 18,91

799,4 298,013 501,387

1083,25 553,40 529,85

S.3.14

314,56 224,69 89,87

799,4 250,709 548,69

1083,25 856,20 227,05

Page 33: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Uji Reduksi pada 1000 ppm

A.3.3 A.2.1 S.3.14 1000 Blank

Page 34: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

4. IDENTIFIKASI MOLEKULER 16S RRNA

Primer yang digunakan adalah primer 16S rRNA dengan urutan basa primer

9F (5’-GAGTTTGATCCTGGCTCAG) dan 1492R (5’-GGCTACCTTGTTACGACTT) (Sadi, 2009). proses isolasi DNA dengan metode Alkalyne

Lysis dari Sambrook (1989).

Page 35: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Hasil Elektroforesis Amplikon

Keterangan :

M = Marker

1500 bp = Panjang pita DNA

A.3.3 = Isolat DNA bakteri

S.3.14 = Isolat DNA bakteri

Page 36: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Hasil PurifikasiSumber : 1st BASE

Ket :DNA 1 yaitu isolat bakteri A.3.3

DNA 2 yaitu isolat bakteri S.3.14

Page 37: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Sequencing A.3.3Sumber : 1st BASEForward :

NGGCGGTGGGGGGGGCTTATAATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGGAGCATGTGGGTTTAATTCTAAGCCACCGCGAAAAAACCTTACCATGGTCTTGGACATCCTCTGGAAAAACCCTAAAGGAAATGGGCTTCCTCTTTTCGGGAGCAAAGTTGACCAGGTGGTGCCTTGGTTTGTCCCCCCCCTCCTTGCCTTTT

Page 38: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

• Reverse :ACCCTTGTTTCACCTTTAGGCGGCTGGCTCAAAAAGGTTACCCCACCGACTTCGGGTGTTACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCATGTAGGCGAGTTGCAGCCTACAATCCGAACTGAGAACGGTTTTATGAGATTAGCTCCACCTCGCGGTCTTGCAGCTCTTTGTACCGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTTAATGATGGCAACTAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACTCTGCTCCCGAAGGAGAAGCCCTATCTCTAGGGTTTTCAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAACTTCAGCACTAAAGGGCGGAAACCCTCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGTGTCAGTTACAGACCAGAAAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCATATCTCTACGCATTTCACCGCTACACATGGAATTCCACTTTCCTCTTCTGCACTCAAGTCTCCCAGTTTCCAATGACCCTCCACGGTTGAGCCGTGGGCTTTCACATCAGACTTAGGAAACCACCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATAATTCCGGATAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCCAGCTTATTCGACTAGCACTGGTTCTTCCCTAACAACAGAGTTTTACGACCCGAAAGCTTCGTCACTAAGGCGGCGTTGCTCGTCAGACTTTCGTCAATGCGGGAGATTCCTGCTGCTGCCGCCGTAAGAAGCTGGGACGTGGTTCAGTCCCAGGTGGCCAATCACCTTTCAGGGGGCTAAGCATGGTGCCTTGGGAGGCGTAACGCCCCAATAGCTAAGGGACGGGGGTCTT

Page 39: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Sequencing S.3.14

Sumber : 1st BASE• Forward :AGGCCCTTGCGGCGTGCTATACATGCAGTCGAGCGAACAGATAAGGAGCTTGCTCCTTTGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGAATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATGCCGGATAACATTTAGAACCGCATGGTTCTAAAGTGAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAAGGTAATGGCTTACCAAGGCAACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACAAACGTGTAAGTAACTGTGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACCACTCTAGAGATAGAGTTTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGAGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAACTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCAATCTAGGTTGACTGCCGGGTGACAAACCGGAAGGAAGGCTGGGGATGACGTCCAATCATCATGGCCCCTTATGATTTGGGCTACCACCGTGCTTAAATGGAAAAAACAAAGGGCAGCTAAACCGGCGAGGCATGGCAAATCCCATAAAGTTGTTTCCCAGNCCGGAAA

Page 40: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

• Reverse :CCCCTTTGTTCCCCTTCGACGGCTAGCTCCATAAATGGTTACTCCACCGGCTTCGGGTGTTACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAACGTATTCACCGTAGCATGCTGATCTACGATTACTAGCGATTCCAGCTTCATGTAGTCGAGTTGCAGACTACAATCCGAACTGAGAACAACTTTATGGGATTTGCATGACCTCGCGGTTTAGCTGCCCTTTGTATTGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAAATCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCAACCTAGAGTGCCCAACTAAATGCTGGCAACTAAGTTTAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACTTTGTCCCCCGAAGGGGAAAACTCTATCTCTAGAGTGGTCAAAGGATGTCAAGATTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGATCCCCACGCTTTCGCACATCAGCGTCAGTTACAGACCAGAAAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCATATCTCTGCGCATTTCACCGCTACACATGGAATTCCACTTTCCTCTTCTGCACTCAAGTCTCCCAGTTTCCAATGACCCTCCACGGTTGAGCCGTGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCGCCTACGCGCGCTTTACGCCCAATAATTCCGGATAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAATTAGCCCGTGGCTTTCGGATTAGGTACCGTCAAGACGTGCACAGTTACTTACACGGTTTGTTCTTCCCTAAATAACAGAGTTTTACGAAGCCGAAACCCCTTCATCACTCCCGCCGGCGTTTGCTCCCGTCAGGCTTTTCGTCCATTTGGGGAAAAATTCCCTAACTGGCTGCCTCCCCGGAAGGAATCTGGGACCGGGGTCTCAGGTTCCCA

Page 41: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

5. Analisis Bioinformatika

Kode Bakteri Description Max score Total scor

eQuery coverage

Max ident

A.3.3Bacillus thuringiensis strain IAM 12077

2338 2338 98% 95%

S.3.14Staphylococcus Arlettae strain ATCC 43957

2438 2438 99% 96%

www.ncbi.nih.nlm.gov

Page 42: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Bacillus Thuringiensis mendegradasi minyak diesel (Kebria et al. 2009) mereduksi Cr (VI) dari 100 mg/L menjadi 20

mg/L selama 115 jam (Meli, 2009) dijadikan sebagai agen biologi pemberantasan

hama pada tanaman (Kumar, 2008) mendegradasi PCB (polychlorinated bifenyls)

sebesar 75% dalam konsentrasi PCB tinggi (Rojas-(Avelizapa et al. 1999 dalam Erdogan et al. 2011)

dapat mereduksi Cr (VI) 1083,25 ppm menjadi 468,30 ppm selama ±24 jam.

6. POTENSI BAKTERI

Page 43: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012
Page 44: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Staphylococcus Arlettae menghilangkan cemaran warna pada

limbah tekstil (Elisangela et al. 2008) Dapat resisten dan mereduksi Cr (VI)(Bopp

and Ehlich (1988), Kouadjo dan Zeze (2010), Zolfaghary (2012) )

mereduksi Cr (VI) dari 1083,25 ppm menjadi 856,20 ppm selama ±24 jam.

Page 45: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012
Page 46: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

7. KESIMPULAN DAN SARANKesimpulanDari kesepuluh isolat bakteri yang diperoleh, isolat bakteri dengan kode A.3.3 dan S.3.14 yang memiliki daya reduksi dalam medium NB yang diperkaya K2CrO4 paling tinggi yaitu dengan total reduksi 614,95 ppm dan 227,05 ppm dari konsentrasi awal 1083,25 ppm. Bakteri S.3.14 adalah Staphylococcus Arlettae strain ATCC 43957 dengan nilai Query Coverage 99 % dan keidentikan maksimum sebesar 96 %

Saran1. dilanjutkan penelitian potensi isolat bakteri yang diperoleh selain

mereduksi logam Cr (VI). 2. penelitian bioremediasi dengan memanfaatkan bakteri dalam skala

lapangan (in vivo)

Page 47: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

LOKASI PENGAMBILAN SAMPEL

Sumber : googlemaps.com

UTARA

Page 48: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

ISOLAT BAKTERI

Page 49: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012
Page 50: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

Konsentrasi Absorbansi

0 0

0,2 0,024

0,4 0,045

0,6 0,072

0,8 0,085

1 0,106

Page 51: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012
Page 52: Program Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan Universitas Padjadjaran 2012

TERIMA KASIHATAS PERHATIANNYA