Pengembangan Riset di Bidang Kedokteran: Penggunaan Metode PCR dan Sekuensing

Dodi Safari

Laboratorium Streptococcus

Lembaga Biologi Molekular Eijkman

Jakarta

Lokakarya Peneliti

Program HPEQ FK Universitas Yarsi

14-15 Mei 2013

Outline

• Penelitian di Bidang kedokteran

• Contoh penelitian di Lembaga Eijkman

• Fasilitas Pendukung

• Laboratorium Streptococcus

– Fokus penelitian

– Metode yang digunakan

• PCR

• Sekuensing

• Bioinformatika

Riset Kedokteran

Kanker

Stem cell

epidemiologi

Genetik

Genome

Penyakit infeksi

Nutrigenomik Zoonosis

Vaksin

Kelainan genetik

Forensik

Human pathogens

kloning

Evolusi

Human microbime

Resistensi obat

dll

Bioinformatika Nanoteknologi

Translational medicine

proteomik Personalized medicine

Lembaga Biologi Molekuler Eijkman

Jl. Diponegoro no 69, Jakarta

Penelitian Bidang Kedokteran di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta

Penelitian Bidang Kedokteran di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta

Penelitian Bidang Kedokteran di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta

Penelitian Bidang Kedokteran di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta

Fasilitas Pendukung di Lembaga Eijkman

• Mesin Sekuensing (2)

• Mesin PCR (15)

• BSL-3

• Transmission electron microscope

• Sarana hewan coba (mencit)

• Klinik genetik dan Forensik

• Bioinformatika

Laboratorium Streptococcus

• Distribusi serotipe dari S. pneumoniae pada populasi Indonesia: anak-anak, orang tua, imunokompromis, dan pasien

• Rensistensi anti-mirkrobial

• Keragaman genetika dari S. pneumoniae

• Pengembangan vaksin S. pneumoniae

Biology of Streptococcus pneumoniae

• A gram-positive coccus, alpha hemolytic, lancet-shaped cocci, and optochin sensitive

• The normal nasopharyngeal microbial flora

• Cause of bacterial pneumonia, meningitis, and sepsis

Ref: Bogaert, D., et al. 2004. Lancet. Infect. Dis. 4: 144-154.

Pathogenic route for Streptococcus pneumoniae infection

Diversity of Capsular polysaccharide

• More than 92 serotypes based on their patterns of reactivity with the factor sera

• A consequence of selection for antigenic diversity imposed by the human immune system

• For vaccine development and serotype identification

Hammerschmidt, S., et al (2005). Infect. Immun. 73: 4653-4667

Identifikasi Streptococcus pneumoniae

• Mikrobiology: – Kultur dan uji biokimia

– Uji serologi: penentuan serotipe

• Biology Molekular: – PCR

– Real time PCR

– Microarray

– Sekuensing

http://users.ugent.be/

Capsular polysaccharide gene cluster of serotype 14

Bentley, S. D., et al (2006). PloS Genetics. 2: 263-269.

PCR Multiplex untuk penentuan serotipe dari Streptococcus pneumoniae

Pai, 2006

Perbandingan identifikasi serotipe dengan metode konvensional dan molekular

Real Time PCR

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechQPCR.shtml

Kuantifikasi kolonisasi Streptococcus pneumoniae pada nasofaring

Clinical Infectious Diseases 2012;54(5):601–9

Sekuensing

http://users.ugent.be/~avierstr/principles/seq.html www.sciencemag.org

DNA Alignments (Bioinformatik)

Phylogenetic tree of 313-bp recA sequences of Streptococcus type strains and Streptococcus clinical isolates (bioinformatik).

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Feb. 2011, p. 523–527 Vol. 49, No. 2

Kesimpulan

• Pengembangan penelitian kedokteran lebih difokuskan ke bidang biologi molekular dan genomik

• Fokus pada satu penelitian dengan penelitian yang mendalam/komprehensif

Terima kasih