PENGARUH PERBANDINGAN VOLUME DARAH DAN LISIS .percobaan yang digunakan adalah rancangan acak lengkap

download PENGARUH PERBANDINGAN VOLUME DARAH DAN LISIS .percobaan yang digunakan adalah rancangan acak lengkap

of 44

  • date post

    07-Mar-2019
  • Category

    Documents

  • view

    222
  • download

    1

Embed Size (px)

Transcript of PENGARUH PERBANDINGAN VOLUME DARAH DAN LISIS .percobaan yang digunakan adalah rancangan acak lengkap

PENGARUH PERBANDINGAN VOLUME DARAH DAN

LISIS BUFFER SERTA KECEPATAN SENTRIFUGASI

TERHADAP KUALITAS PRODUK DNA PADA

SAPI FRIESIAN HOLSTEIN (FH)

SKRIPSI

KOKOM KOMALASARI

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN

FAKULTAS PETERNAKAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2009

RINGKASAN

KOKOM KOMALASARI. D14051702. 2009. Pengaruh Perbandingan Volume

Darah dan Lisis Buffer serta Kecepatan Sentrifugasi Terhadap Kualitas Produk

DNA pada Sapi Friesian Holstein (FH). Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan

Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.

Pembimbing Utama : Prof. Dr. Ir. Ronny Rachman Noor, MRur.Sc

Pembimbing Anggota : Dr. Ir. Endang Tri Margawati, M. Agr.Sc

Deoxyribonucleic Acid (DNA) adalah molekul terkecil dari suatu sel

berbentuk untai panjang yang membawa informasi genetik dan mengontrol semua

fungsi seluler pada semua bentuk kehidupan. DNA diperoleh dengan cara ekstraksi

dari jaringan atau darah segar hewan. Terdapat berbagai metode ekstraksi DNA,

salah satunya adalah phenol-choroform-isoamyl alcohol (PCI) yang digunakan dalam

penelitian ini. Tujuan penelitian ini yaitu mencari perbandingan yang optimal antara

volume darah segar dan lisis buffer dengan kecepatan sentrifugasi untuk memperoleh

produk DNA yang berkualitas tinggi.

Materi penelitian berupa darah segar Friesian Holstein (FH) yang diperoleh

dengan cara penyedotan dengan jarum suntik (G18) dari pembuluh darah ekor sapi

yang dialirkan ke dalam tabung vacum berisi 15% EDTA, sebanyak 5 ml per ekor.

Darah diperoleh dari 4 ekor sapi sesuai dengan jumlah ulangan (4). Rancangan

percobaan yang digunakan adalah rancangan acak lengkap faktorial dengan dua

factor (3x2). Faktor pertama yaitu kombinasi volume darah dan lisis buffer (l darah

: l lisis buffer), terdapat 3 kombinasi, yaitu 100 : 800, 200 : 700, dan 300 : 600.

Faktor kedua yaitu kecepatan sentrifugasi (10.000 rpm dan 12.000 rpm). Dengan

demikian terdapat 6 kombinasi perlakuan. Masing-masing perlakuan diulang 4 kali.

Data yang dikoleksi berupa konsentrasi DNA dan kemurnian DNA pada rasio OD

260/280 yang diukur dengan GeneQuant DNA calculator. Sementara kualitas DNA

dicek melalui gel agarose (1%) yang dialiri listrik 100 voltage selama 1 jam. Data

dianalisis dengan sidik ragam (ANOVA). Perbedaan antara perlakuan diuji dengan

Tukey pada taraf perbedaan 5% (p

ABSTRACT

THE EFFECT OF BLOOD AND BUFFER LYSIS COMPOSITION AND

SPINNING SPEED ON DNA YIELDS OF Friesian Holstein (FH)

Komalasari, K., R. R. Noor and E. T. Margawati

Deoxyribonucleic Acid (DNA) is smallest part (molecule) of a cell in the form of a

long chain that carries genetic information and controlling all cellular functional in

all life form. The DNA can be obtained by extracting tissue or fresh whole blood of

animal. There are several methods of DNA extraction, one of which is phenol-

choroform-isoamyl alcohol (PCI) that used in this research. The aim of this research

was to determine the best combination of fresh blood and buffer lysis with two

differences of spinning speed on DNA quantity and quality. The fresh whole blood

of Friesian Holstein (FH) dairy cattle was collected using a vacuum tube

(vacutainer) containing 15% EDTA with a 18G needle to suck the blood of tail vena

with the amount of 5 ml per head. A 3x2 factorial completely random design was

used. First factor was three combinations of fresh whole blood and buffer lysis

volume (l), i.e., 100 : 800, 200 : 700, and 300 : 600. Second factor was spinning

speeds, i.e., 10.000 rpm and 12.000 rpm. There were 6 combination treatments used

in this research which replicated 4 times of each treatment. Data of DNA

concentration was collected by a GeneQuant DNA calculator at the 260 nm and 280

nm wave length of optical density (OD). The quality of DNA was obtained by

running the DNA through electrophoresis with 1% gel agarose and electricity flow of

100 voltage for an hour. The DNA purity was examined at OD 260/280 ratios. DNA

concentration and purity were analyzed by using ANOVA, the differences between

theatments were tested by tukey test at the level of 5% (p0.05). The highest DNA concentration was obtained from

the treatment of ratio of 300 l blood and 600 l buffer lysis. The DNA

concentration tended to increase with the increase of blood volume. The DNA purity

was obtained at the ratio of 1.3 (260/280) meaning that the DNA was a slighty

contaminated by the chemical used. A ratio of 1.8 is the optimal purity of DNA. The

DNA quality linearly correlated to DNA concentration and showed a single band.

Keywords: blood, DNA extraction, phenol-choroform-isoamyl alcohol (PCI),

buffer lysis, spinning speed

PENGARUH PERBANDINGAN VOLUME DARAH DAN

LISIS BUFFER SERTA KECEPATAN SENTRIFUGASI

TERHADAP KUALITAS PRODUK DNA PADA

SAPI FRIESIAN HOLSTEIN (FH)

KOKOM KOMALASARI

D14051702

Skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk

memperoleh gelar Sarjana Peternakan pada

Fakultas Peternakan

Institut Pertanian Bogor

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN

FAKULTAS PETERNAKAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2009

PENGARUH PERBANDINGAN VOLUME DARAH DAN

LISIS BUFFER SERTA KECEPATAN SENTRIFUGASI

TERHADAP KUALITAS PRODUK DNA PADA

SAPI FRIESIAN HOLSTEIN (FH)

Oleh

KOKOM KOMALASARI

D14051702

Skripsi ini telah disetujui dan disidangkan di hadapan

Komisi Ujian Lisan pada tanggal 18 Juni 2009

Pembimbing Utama

Prof. Dr. Ir. Ronny R. Noor, MRur.Sc.

Pembimbing Anggota

Dr. Ir. Endang T. Margawati, M.Agr.Sc.

Dekan

Fakultas Peternakan

Institut Pertanian Bogor

Dr. Ir. Luki Abdullah, M.Sc.Agr.

Ketua Departemen

Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan

Institut Pertanian Bogor

Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc.

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan pada tanggal 8 Desember 1986 di Pangkalan Boros,

Sumedang. Penulis anak kedua dari dua bersaudara dari pasangan Bapak Wiharya

dan Ibu Uka. Pendidikan dasar diselesaikan pada tahun 1999 di SD Negeri Boros,

Sumedang. Pendidikan lanjutan menengah pertama diselesaikan pada tahun 2002 di

SLTP Negeri II Buahdua, Sumedang dan pendidikan menengah atas diselesaikan

pada tahun 2005 di SMU Negeri I Cimalaka, Sumedang. Penulis diterima sebagai

mahasiswa Program Studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Departemen

Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian

Bogor melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) pada tahun 2005.

Penulis aktif di berbagai organisasi meliputi Staf ahli divisi Unggas,

Himpunan Mahasiswa Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan (HIMAPROTER),

Fakultas Peternakan (2006-2007), sekertaris umum Famm Al AnAm, Fakultas

Peternakan Institut Pertanian Bogor (2007-2008), dan aktif pada berbagai kegiatan

kampus (2005-2008) serta pernah menjadi asisten mata kuliah Tingkah Laku dan

Kesejahteraan Ternak (2009).

Penulis aktif menulis beberapa karya ilmiah diantaranya Chicken Jelly Drink

sebagai Inovasi Minuman Instant Sumber Protein (2005), Pemanfaatan Telur Busuk

sebagai Bahan Peningkat Mutu Pupuk Organik Cair Berbahan Baku Effluent Biogas

(2006), Persilangan Puyuh dan Ayam (Puyam) (2007) dan Pengaruh Perbandingan

Volume Darah dan Lisis Buffer serta Kecepatan Sentrifugasi terhadap Kualitas

Produk DNA pada Sapi Friesian Holstein (FH). Penulis juga merupakan salah satu

penerima beasiswa BP POM tahun 2005-2007 dan beasiswa Gudang Garam 2007-

2009 serta memperoleh hibah dana dari Dikti dalam rangka mengikuti Program

Kreativitas Mahasiswa-Penelitian (PKM-P) tahun 2006 dan Program Kreativitas

Mahasiswa-Ilmiah (PKM-I) tahun 2008.

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmaniirahim,

Alhamdulillah setelah disiapkan dalam waktu yang cukup singkat akhirnya

skripsi ini telah diselesaikan. Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Allah

SWT yang telah memberikan rahmat, karunia, rizki, dan nikmat iman dan islam yang

telah diberikan sehingga penulis memperoleh kemudahan dalam menyusun dan

menyelesaikan skripsi ini yang berjudul Pengaruh Perbandingan Volume Darah

dan Lisis Buffer serta Kecepatan Sentrifugasi terhadap Kualitas Produk DNA

pada Sapi Friensian Holstein (FH). Shalawat dan salam semoga tetap tercurahkan

ke junjungan kita Nabi Muhammad SAW.

Skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana

Peternakan di Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Di samping itu

penulisan skripsi ini bertujuan untuk memberikan satu sumbangan untuk kemajuan di

dunia peternakan, khususnya bioteknologi molekuler hewan.

Penelitian dilaksanakan di Laboraturium Biologi Molekuler Hewan, Pusat

Penelitian Bioteknologi-LIPI Cibinong pada bulan Februari-April 2009. Sampel

darah diambil dari sapi FH dengan jarum G-18 pada pembuluh halus di ekor

kemudian diekstraksi dengan metode phenol-choroform-isoamyl alc