Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya. Prinsip kerja dari elektroforesis adalah adanya pergerakan komponen bermuatan positif (+) pada kutub negatif (-) serta komponen bermuatan negatif (-) pada kutub positif (+). Pegerakan yang terjadi disebut "elektrokinetik".Hasil yang didapatkan dari elektroforesis adalaha elektroforegram yang memberikan informasi mengenai seberapa cepat perpindahan komponen (tm) atau biasa disebut kecepatan migrasi. Besaran yang digunakan sama dengan pada proses kromatografi.

Rangkaian Alat Elektroforesis

Berdasarkan bentuk alat, elektroforesis dibagi menjadi dua:elektroforesis planar dan elektroforesis kolom.

Pemisahan pada elektroforesis, selain disebabkan oleh fenomena elektrokinetik, juga dapat disebabkan karena adanya filtrasi, yakni interaksi dengan fasa diam. Pemisahan yang disebabkan karena interaksi tersebut tidak disebut elektroforesis, melainkan "elektrokromatografi". Arus yang digunakan pada elektroforesis adalah arus DC dengan nilai tegangan kurang dari 1000 volt. Apabila digunakan lebih dari 1000 volt maka akan terjadi efek pemanasan pada media gel. Efek pemanasan tersebut disebut "efek Joule" yang disebabkan karena adanya tumbukan partikel elektron. Efek pemanasan dapat dihilangkan dengan dua cara, yakni: Pendingina dan Efek Konveksi.

Electro Osmotic Flow(EOF)Jika kapiler pada elektroforesis diberi tegangan, maka akan terjadi perpindahan muatan ke arah kutub negatif (-). Perpindahan yang terjadi disebut "electroosmotic flow (EOF)". Pergerakan elektrolit yang tidak dipengaruhi oleh EOF disebut "elektroforetik".

Kecepatan migrasi elektroforesis dipengaruhi oleh ukuran, bentuk, serta muatan dari masing-masing komponen. Kecepatan migrasi yang tinggi akan terjadi jika komponen memiliki muatan tinggi dan ukuran rendah, dengan kata lain memiliki densitas muatan yang tinggi. Densitas muatan sendiri adalah perbandingan anatara muatan dengan ukuran yang dimiliki oleh suatu komponen.

Contoh Aplikasi Elektroforesis1. Pemisahan ion Li+ dan Na+Kedua kation ini, Li+ dan Na+ sama-sama memiliki muatan +1, namun memiliki ukuran berbeda. Ion Li+ memiliki ukuran yang lebih kecil dari Na+. Ion Li+ akan lebih tersolvasi dengan air sehingga akan mengikat banyak molekul air. Akibatnya mobilitas Li+ akan menjadi kecil dan ion Na+ akan lebih dahulu keluar dari kapiler.2. Pemisahan NO2- dan NO3- menggunakan EOFHNO3 merupakan asam kuat, dalam air akan terurai sempurna menjadi H+ dan NO3-, sedangkan HNO2 merupakan asam lemah, dalam air akan terdisosiasi sebagian. Pada pH 7, HNO2 akan terdisosiasi sebagian, menyisakan spesi HNO2. Hal ini tidak baik untuk pemisahan karena tidak semua HNO2 berada dalam spesi NO2-. Untuk melakukan pemisahan dengan baik, kita harus menggunakan pH yang tinggi sehingga kedua spesi tersebut dapat berada dalam bentuk anionnya. Namun ketika pH sudah diatur tinggi, hanya akan terbentuk satu puncak pada elektroforegram. Hal ini disebabkan karena kedua spesi akan menuju pada kutub yang sama. Pemisahan dapat tetap dilakukan dengan baik asalkan muatan detektor diatur menjadi positif dan muatan injektor diatur menjadi negatif.