Mikrosatelit merupakan salah satu marka generasi kedua yang berkembang pada awal tahun

1990 (Tautz, 1990) karena mempunyai potensi yang besar dalam menganalisis berbagai

keragaman populasi atau individu. Mikrosatelit atau juga dikenal Short Tandem Repeats

(STRs) atau Variabel Number of Tandem Repeats (VNTR) merupakan untaian basa

nukleotida 1-6 pasang basa yang berulang dan tersebar di dalam genom, baik genom inti

(SSRs) maupun genom organel. Tipe pengulangan basa dari mono-, di-, tri-, tetra-, dan penta-

nukleotida. Mikrosatelit genom organel terdiri mikrosatelit kloroplas (cpSSRs) dan

mikrosatelit mitokondria (mtSSRs) dengan tipe dominan mononukleotida.

Mikrosatelit yang berasal dari genom organel ini banyak digunakan untuk studi antar

spesies karena sifat dari genom organel ini hanya diturunkan secara uniparental. Mikrosatelit

mempunyai keunggulan dalam berbagai studi genetika seperti keterwarisan hukum Mendel,

tingkatan polimorfik tinggi, bersifat marka kodominan, keakuratan yang tinggi dan berlimpah

di dalam genom. Isolasi marka mikrosatelit yang dilakukan hingga saat ini secara garis besar

dikelompokan ke dalam tiga bagian: pencarian database nukleotida di GeneBank, enrichment

libary (Edward et al., 1996), dan dual-suppression (Lian et al., 2001). Pencarian sekuen

mikrosatelit pada database nukleotida hanya pada tanaman yang telah lengkap sekuen

genomnya, akan tetapi sekuen lengkap tersebut tidak tersedia pada semua jenis tanaman.

Oleh karena itu banyak dikembangkan metode dengan mengisolasi fragmen-fragmen

mikrosatelit dengan membuat pustaka genomnya. Metode enrichment library merupakan

metode yang paling banyak digunakan dan telah dimodifikasi untuk meningkatkan persentase

fragmen mikrosatelit (Zane et al, 2002).

Isolasi dengan menggunakan metode enrichment library dapat menggunakan non-probe

radioaktif (Estoup et al., 1993) atau probe radioaktif (Edward et al., 1996). Penggunaan

mikrosatelit dalam studi-studi genetik telah banyak dilakukan untuk studi genetik populasi,

ekologi, pemuliaan tanaman, aliran gen (gene flow), dan keragaman genetik intraspesies

maupun interspesies. Penggunaan model ikan banyak digunakan untuk studi analisis gene

flow karena mudah dilakukan dan dianalisis. Penggunaan ikan dikarenakan mempunyai

mobilitas yang tinggi sehingga memungkinkan terjadinya migrasi populasi ikan secara cepat

dan lingkungan akuatik yang mudah berubah. Hal ini memungkinkan terjadinya isolasi dari

populasi-populasi ikan yang bermigrasi. Pada penelitian yang telah dilaporkan oleh Was and

Wenne (2003) pada jenis ikan seatrout. Penelitian ini menggunakan lima jenis pasangan

primer polimorfik. Hasil penelitian mampu menjelaskan asal populasi ikan yang terpisah

karena topografi dengan menghitung jumlah alel spesifik yang muncul dalam populasi. Pada

tanaman studi terhadap alfafa (Falahati-Anbaran et al., 2007) menunjukkan keragaman

genetik tanaman tersebut di daerah timur tengah berdasarkan letak lintang subtropis. Studi

lain pada gandum yang tersebar di seluruh dunia menunjukkan keragaman genetik yang

tinggi (Prasad et al., 2000) dari 48 genotipe gandum terhadap 55 genotipe gandum yang diuji

menggunakan 12 pasang primer polimorfik.

pustaka :

Edwards, K. J. E., J. H. A. Barker, A. Daly, C. Jones, and A. Karp. 1996. Microsatellite

libraries enriched for several microsatellite sequences in plants. BioTechniques 20:758–760.

Falahati-Anbaran, M, A. A. Habashi, M. Esfahany, S. A. Mohammadi dan B. Ghareyazie.

2007. Population genetic structure based on SSR markers in alfalfa (Medicago sativa L.)

from various regions contiguous to the centres of origin of the species. J. Genet. 86(1):59-63.

Lian, C., Z. Chou and T. Hogetsu. 2001. A simple method for developing microsatellite

markers using amplified fragments of inter-simple sequence repeats (ISSR). J. Plant Res.

114:381-385.

Prasad, M., R.K. Varshney, J.K. Roy, H.S. Balyan, dan P.K. Gupta. 2000. The use of

microsatellites for detecting DNA polymorphism, genotype identification and genetic

diversity in Wheat. Theor. Appl. Genet. 100:584–592

Tautz, D. 1989. Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic

DNA marker. Nucl. Acids Res. 17:6443-6471.

Wąs, A. dan R Wenne. 2003. Microsatellite DNA polymorphism in intensely enhanced

populations of Sea Trout (Salmo Trutta) in the Southern Baltic. Marine Biotechnol. 5:234-

243.

Zane, L., L. Bargelloni and T. Patarnello. 2002. Strategis for microsatellite isolation: a

review. Mol. Eco. 11:1-6.