LAPORAN PENELITIAN · Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri...

1

LAPORAN PENELITIAN

Penggunaan Metode PCR Tiga Primer Spesifik dalam

Membedakan Antara Spesies Leptospira Patogen dengan

Leptospira Saprofit dari Air Lingkungan Sekitar Pasar

Tradisional di Kota Denpasar

PENELITI :

dr.Made Agus Hendrayana,M.Ked

dr.Wayan Surudarma,M.Si

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS UDAYANA

2

DAFTAR ISI

Hal.

Cover................................................................................................... 1

Daftar isi......................................................................................................... 2

Kata Pengantar...................................................................................... 3

Ringkasan....................................................................................................... 4

1. PENDAHULUAN ........................................................................... . 6

1.1 Latar Belakang................................................................................... 6

1.2 Rumusan Masalah.............................................................................. 8

1.3 Tujuan Penelitian.............................................................................. 9

1.4 Manfaat Penelitian............................................................................ 9

2. KERANGKA KONSEP PENELITIAN................................................ 10

3. METODE PENELITIAN.......................................................................... 12

3.1 Rancangan Penelitian........................................................................... 12

3.2 Lokasi penelitian................................................................................... 12

3.3 Waktu penelitian.................................................................................. 12

3.4 Populasi dan Sampel Penelitian........................................................... 13

3.5 Metode Pengambilan dan Besar Sampel.…………........................... 13

3.6 Definisi operasional variabel.................................................................. 13

3.8 Prosedur penelitian…………………………………………………... 14

3.9 Alur Penelitian………………………………………………………… 19

4. HASIL PENELITIAN ................................................................................ 20

4.1 Pengambilan Sampel air lingkungan pasar tradisional........................... 20

4.2 Deteksi Leptospira patogen dan saprofit metode PCR

menggunakan 3 primer………………………………………………. 24

5. PEMBAHASAN…………………………………………………………… 35

6. KESIMPULAN…………………………………………………………….. 37

DAFTAR PUSTAKA…………………………………………………………. 38

LAMPIRAN…………………………………………………………………… 41

3

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan ke hadapan Tuhan Yang Maha Esa atas rahmat

Beliau penelitian yang berjudul “Penggunaan Metode PCR Tiga Primer Spesifik dalam

Membedakan Antara Spesies Leptospira Patogen dengan Leptospira Saprofit dari Air

Lingkungan Sekitar Pasar Tradisional di Kota Denpasar” ini dapat diselesaikan dengan

baik.

Dalam pelaksanaan penelitian ini kami mengucapkan terimakasih yang sebesar-

besarnya kepada :

1. Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Udayana atas kesempatan dan

fasilitas yang diberikan selama pelaksanaan penelitian ini.

2. Ketua Unit Penelitian dan Pengembangan (Litbang) FK.Unud/RS.Sanglah

atas kesempatan yang diberikan kepada saya.

3. Kepala Bagian/SMF.Mikrobiologi FK.UNUD/RS.Sanglah atas ijin serta

bantuan dan fasilitas yang diberikan selama pelaksanaan penelitian ini.

4. Kepala Instalasi Mikrobiologi Klinik RSUP.Sanglah atas bantuan dan fasilitas

yang diberikan selama pelaksanaan penelitian ini.

5. Para analis lab. Mikrobiologi FK.UNUD dan RSUP.Sanglah atas bantuan dan

kerjasamanya.

6. Para mahasiswa FK.UNUD bimbingan spesial study semester atas kerjasama

dan bantuan dalam pelaksanaan penelitian ini.

7. Berbagai pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu yang telah

membantu pelaksanaan penelitian ini.

Semoga tulisan ini dapat memberikan manfaat dan sumbangan ilmiah dalam

masalah Mikrobiologi dan dalam dunia kedokteran.

Penulis

4

RINGKASAN

Penggunaan Metode PCR Tiga Primer Spesifik dalam Membedakan Antara Spesies

Leptospira Patogen dengan Leptospira Saprofit dari Air Lingkungan Sekitar Pasar

Tradisional di Kota Denpasar

Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri yang

berbentuk spiral dari genus Leptospira, yang menyerang hewan dan manusia.

Leptospira dapat hidup di dalam air tawar, air selokan dan air kemih selama kurang

lebih satu bulan. Penularan tidak langsung terjadi melalui genangan air, sungai, danau,

selokan saluran air dan lumpur yang tercemar urin hewan seperti tikus, umumnya terjadi

saat banjir. Pasar tradisional dengan begitu banyak kios tempat berjualan dan berbagai

macam penyimpanan bahan makanan untuk dijual tentu aja menjadi tempat yang baik

untuk berkembang-biaknya hewan pengerat liar seperti contohnya tikus. Tikus dapat

berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional. Tikus sebagai pembawa bakteri

Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari lingkungan pasar tradisional terutama air

lingkungan disekitar pasar melalui air kencing yang dikeluarkannya yang dapat

mengandung bakteri Leptospira.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi

adanya kontaminasi bakteri Leptospira saprofit dan Leptospira patogen dari air

lingkungan di sekitar Pasar Tradisional di Kota Denpasar.

Pengambilan spesimen air dari lingkungan pasar tradisional dilaksanakan di

sekitar 7 lokasi pasar tradisional di wilayah Kota Denpasar dengan keterwakilan di

wilayah kota Denpasar yaitu wilayah Denpasar Pusat Kota, Denpasar Selatan dan

Denpasar Timur. Sampel air lingkungan pasar tradisional yang telah dihomogenkan

selanjutnya dilakukan pemeriksaan dengan metoda PCR untuk mendeteksi gen spesifik

yang dapat membedakan leptospira yang patogen dengan yang saprofit menggunakan

tiga spesifik primer yang didesain dari gen 16S rRNA yaitu : Lepto1(F) =

5’GTCAAACGGGTAGCAATACC 3’, Lepto2(R) = 5’GTCCGCCTA

CACACCCTTTAC3’ dan Lepto3(F)=5’AATACTGGATAGTCCCGAGAG GTC3’.

5

Untuk isolasi Gen spesifik dari sampel air dengan dilakukan tahapan-tahapan

dimulai dari tahap ekstraksi DNA, amplifikasi dengan PCR dan deteksi DNA dengan

eletroforesis dengan gel agarose 2%. Sampel dari air lingkungan genangan air depan

toko kelontong Pasar Badung, selokan dekat tempat sampah Pasar Desa Sanur, genangan

air komplek dagang timur Pasar Ketapian, genangan air dekat pintu keluar Pasar

Ketapian, selokan kran air umum depan Pasar Renon mempunyai dua pita yang sejajar

dengan kontrol K1 dan K2 dapat diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri

leptospira patogen. Hasil penelitian ini mendapatkan Sampel dari air lingkungan selokan

samping Dagang Desa Yang Batu, selokan belakang Dagang Desa Yang Batu, selokan

air kran untuk umum Pasar Kreneng, selokan kran air umum dekat toilet Pasar Surabi,

selokan lorong penjual daging Pasar Badung, selokan kran air umum belakang Pasar

Desa Sanur, genangan air komplek dagang di luar Pasar Surabi, genangan air komplek

dagang di dalam Pasar Ketapian, selokan kran air umum timur Pasar Renon

menunjukkan hasil PCR hanya 1 pita pada 503 bp dimana diduga ditemukan spesies

leptospira saprofit. Sampel dari air lingkungan selokan depan Dagang Desa Yang Batu,

selokan dekat penjual daging Pasar Kreneng, selokan disamping dagang sate parkiran

Pasar Kreneng, genangan air depan pintu masuk Pasar Desa Kesiman, sungai besar pasar

badung tidak menunjukkan kedua pita seperti kontrol dimana diduga tidak terdapat

bakteri leptospira patogen dan saprofit. Pemeriksaan PCR pada penelitian ini yang

menggunakan kombinasi tiga primer dapat membedakan adanya leptospira patogen,

leptospira saprofit maupun yang tidak ada leptospira patogen dan saprofit dari sampel air

lingkungan pasar tradisional.

6

BAB I

PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri yang

berbentuk spiral dari genus Leptospira, yang menyerang hewan dan manusia (Brooks GF

et al, 2001). Penyakit ini masih menjadi masalah kesehatan masyarakat, terutama di

daerah beriklim tropis dan subtropis, dengan curah hujan tinggi (kelembaban), khususnya

di negara berkembang, dimana kesehatan lingkungannya kurang diperhatikan terutama.

pembuangan sampah. Leptospirosis tersebar baik di Indonesia maupun di luar negeri. Di

Indonesia Leptospirosis ditemukan antara lain di propinsi Jawa Barat, Jawa Tengah, DIY,

Lampung, Sumatera Selatan, Bengkulu, Riau, Sumatera Barat, Sumatera Utara, Bali,

NTB, Sulawesi Selatan, Sulawesi Utara, Kalimantan Timur, dan Kalimantan Barat.

Leptospirosis umumnya menyerang para petani, pekerja perkebunan, pekerja

tambang/selokan, pekerja rumah potong hewan dan militer. Angka kematian akibat

penyakit Leptospirosis termasuk tinggi, bisa mencapai 2,5-16,45% (rata-rata 7,1%). Pada

usia lebih dari 50th malah kematian bisa sampai 56%. (Widarso et al, 2005).

Sebanyak 175 macam leptospira yang berbeda dari segi aspek antigeniknya (yang

disebut serovars), baru tujuh macam yang berhasil diisolasi. Sampai saat ini ada dua

spesies Leptospira yang paling dikenal yaitu Leptospira interogans dan Leptospira

biflexa. Spesies pertama dikenal patogen terhadap manusia dan hewan, sedangkan spesies

kedua merupakan safrofit yang hidup bebas di perairan dangkal dan jarang dihubungkan

dengan infeksi pada manusia (Higgins R. 2004).

Manusia terinfeksi leptospira melalui kontak dengan air, tanah atau tanaman yang

telah dikotori oleh air seni hewan yang menderita leptospirosis. Bakteri masuk ke dalam

tubuh manusia melalui selaput lendir (mukosa) mata, hidung, kulit yang lecet atau atau

makanan yang terkontaminasi oleh urine hewan terinfeksi leptospira. Penularan

leptospirosis pada manusia ditularkan oleh hewan yang terinfeksi kuman leptospira.

Hewan yang menjadi sumber penularan adalah tikus (rodent), babi, kambing, domba,

kuda, anjing, kucing, serangga, burung, kelelawar, tupai dan landak. Sedangkan

penularan langsung dari manusia ke manusia jarang terjadi. Pejamu reservoar utama

7

adalah roden/tikus dengan kuman leptospira hidup di dalam ginjal dan dikeluarkan

melalui urin saat berkemih. (Heath SE et al, 1994)

Leptospira dapat hidup di dalam air tawar, air selokan dan air kemih selama kurang

lebih satu bulan. Penularan tidak langsung terjadi melalui genangan air, sungai, danau,

selokan saluran air dan lumpur yang tercemar urin hewan seperti tikus, umumnya terjadi

saat banjir (Soejoedono RR. 2000).

Beberapa pemeriksaan mikrobiologis telah biasa dilakukan untuk mendeteksi

adanya bakteri Leptospira baik dari cairan tubuh maupun dari lingkungan. Pemeriksaan

standar yang biasa dilakukan untuk mendeteksi adanya bakteri Leptospira patogen adalah

dengan Microscopic Agglutination Test (MAT) dimana pemeriksaan ini memerlukan

pemeriksaan labolatoris teknik khusus dan menghabiskan banyak waktu. Pemeriksaan

langsung dengan kultur pada media sering menemui kendala dimana sulitnya bakteri ini

untuk tumbuh dan sering pertumbuhannya diganggu dengan kontaminan yang sering

tumbuh lebih cepat. Pemeriksaan yang sedang dikembangkan beberapa tahun belakangan

ini adalah dengan pemeriksaan PCR dimana pemeriksaan ini telah berkembang sampai

dapat membedakan antara spesies Leptospira yang patogen maupun yang non patogen

(Uavechanichkul R et al,2011).

Istilah pasar tradisional diartikan sebagai tempat berkumpulnya sejumlah penjual

dan pembeli dimana terjadi transaksi jualbeli barang-barang yang ada disana. Proses

perpindahan hak milik barang terjadi setelah penjual dan pembeli mencapai kesepakan

harga, pasar yang demikian disebut juga pasar konkret/sandang. Ikhwal pasar tradisional

sebagai tempat perdagangan sudah ada semenjak dahulu, sejak manusia mulai melakukan

pola sistem dagang barter (tukar-menukar barang) dalam memenuhi kebutuhan hidupnya.

Pasar tradisional sebagai tempat bertemunya para penjual dan pembeli, tempat

penimbunan logistik barang dagangan serta tersedianya berbagai macam barang dari

kebutuhan sehari-hari sampai dengan kebutuhan sandang dan pangan tentu menimbulkan

masalah klasik bagi sistem lingkungan di sekitar pasar tradisional yaitu kesemerawutan

dan lingkungan kotor. klasik karena faktor simultan yang terus menerus,dimana ada

sebuah pasar tradisional beroperasi maka lingkungan kotor tidak akan terhindarkan

sebagaimana tampak pada pada pasar-pasar tradisional (Deperindag RI,2007).

8

Pasar tradisional dengan begitu banyak kios tempat berjualan dan berbagai

macam penyimpanan bahan makanan untuk dijual tentu aja menjadi tempat yang baik

untuk berkembang-biaknya hewan pengerat liar seperti contohnya tikus. Tikus dapat

berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional karena tersedianya makanan bagi

mereka dan banyak sudut dan lingkungan pasar yang menjadi sarang mereka. Tikus tidak

hanya sebagai hama yang merusak bahan makanan yang diperjual belikan akibat

digerogoti juga tentu saja membawa penyakit bagi manusia yang salah satunya adalah

penyakit Leptospirosis (Heath SE et al, 1994). Tikus sebagai pembawa bakteri

Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari lingkungan pasar tradisional terutama air

lingkungan disekitar pasar melalui air kencing yang dikeluarkannya yang dapat

mengandung bakteri Leptospira (Soejoedono RR, 2000).

Masyarakat yang terlibat langsung di pasar tradisional baik pedagang, pembeli,

buruh pasar maupun masyarakat yang tinggal disekitar pasar tradisional dapat saja

terinfeksi oleh bakteri Leptospira akibat adanya kontak langsung dengan air di sekitar

pasar tradisional yang sudah terkontaminasi oleh bakteri Leptospira. Maka dari itu perlu

kiranya dilakukan penelitian yang mendeteksi keberadaan bakteri Leptospira pada air

disekitar pasar tradisional dengan menggunakan metode yang lebih cepat dan akurat

dimana salah satunya dengan menggunakan metode PCR.

1.2 Rumusan masalah

Berdasarkan latar belakang di atas beberapa permasalahan yang akan dijawab dalam

penelitian ini adalah :

1. Air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota Denpasar yang

terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen?


terkontaminasi oleh bakteri Leptospira saprofit?


tidak terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen dan Leptospira saprofit?

9

4. Bagaimanakah kemampuan metode PCR tiga primer dalam membedakan antara

bakteri Spesies Leptospira patogen dengan Leptospira Saprofit dari air

lingkungan sekitar pasar tradisional di Kota Denpasar ?

1.3 Tujuan Penelitian

Tujuan umum :

Untuk mendeteksi adanya kontaminasi bakteri Leptospira saprofit dan Leptospira

patogen dari air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional di Kota Denpasar

Tujuan khusus :

1. Untuk mengetahui air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota

Denpasar yang terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen?


Denpasar yang terkontaminasi oleh bakteri Leptospira saprofit?


Denpasar yang tidak terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen dan

Leptospira saprofit?

4. Untuk mengetahui bagaimana kemampuan metode PCR tiga primer dalam

membedakan antara bakteri Spesies Leptospira patogen dengan Leptospira

Saprofit dari air lingkungan sekitar pasar tradisional di Kota Denpasar

1.4 Manfaat Penelitian

1. Memberikan informasi tentang persentase dan lingkungan pasar tradisional mana

saja yang terkontaminasi bakteri Leptospira saprofit dan Leptospira patogen pada

air lingkungan sekitar pasar tradisional di Kota Denpasar

2. Memberikan pengetahuan dan ketrampilan kepada peneliti tentang isolasi dan

identifikasi bakteri Leptospira pathogen dilihat dari aspek mikrobiologi dan

biologi molekuler.

3. Memberikan informasi awal tentang kontaminasi bakteri Leptospira kepada

instansi terkait sebagai upaya penanggulangan pencemaran dan upaya pencegahan

penyakit menular pada masyarakat yang mengunjungi pasar tradisional di Kota

Denpasar.

10

BAB II

KERANGKA KONSEP PENELITIAN

Pasar tradisional sebagai tempat bertemunya banyak orang dengan aktifitas jual

beli dan tempat penyimbanan barang dagangan yang berupa bahan makanan dan dengan

begitu banyak kios tempat berjualan tentu aja menjadi tempat yang baik untuk

berkembang-biaknya hewan pengerat liar seperti contohnya tikus. Tikus dapat

berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional karena tersedianya makanan bagi

mereka dan banyak sudut dan lingkungan pasar yang menjadi sarang mereka. Tikus tidak

hanya sebagai hama yang merusak bahan makanan yang diperjual belikan akibat

digerogoti juga tentu saja membawa penyakit bagi manusia yang salah satunya adalah

penyakit. Tikus sebagai pembawa bakteri Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari

lingkungan di sekitar pasar tradisional seperti selokan, saluran pembuangan air limbah,

sungai, kios atau toko, gudang tempat sampah dan terutama air lingkungan disekitar pasar

melalui air kencing yang dikeluarkannya yang dapat mengandung bakteri Leptospira.

Masyarakat yang terlibat langsung di pasar tradisional baik pedagang, pembeli, buruh

pasar maupun masyarakat yang tinggal disekitar pasar tradisional dapat saja terinfeksi

oleh bakteri Leptospira akibat adanya kontak langsung dengan air di sekitar pasar

tradisional yang sudah terkontaminasi oleh bakteri Leptospira sehingga dapat

menimbulkan penyakit leptospirosis.

11

Gambar 3.1 Skema Kerangka Konsep Penelitian

Bagan dengan dasar warna abu-abu merupakan ranah yang akan diteliti

12

BAB III

METODE PENELITIAN

3.1 Rancangan Penelitian

Penelitian ini merupakan penelitian deskritif yang merupakan studi eksploratif.

3.2 Lokasi Penelitian

Pengambilan spesimen air dari lingkungan pasar tradisional dilaksanakan di sekitar 7

lokasi pasar tradisional di wilayah Kota Denpasar dengan keterwakilan di wilayah

kota Denpasar yaitu wilayah Denpasar Pusat Kota, Denpasar Selatan dan Denpasar

Timur seperti yang terlihat pada tabel di bawah.

Tabel 4.1 lokasi pengambilan sampel air di sekitar lingkungan pasar tradisional

seluruh wilayah Kota Denpasar

No. Wilayah Nama Pasar

1 Denpasar pusat kota 1. Pasar Badung Kumbasari

2. Pasar Kreneng

2 Denpasar Selatan 1. Pasar Desa Sanur

2. Pasar Renon

3 Denpasar Timur 1. Pasar Desa Kesiman

2. Pasar Ketapian

3. Pasar Surabi

Pemeriksaan sampel air dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik

FK.Unud/RS.Sanglah Denpasar.

3.3 Waktu Penelitian

Penelitian dimulai sejak proposal ini dinyatakan diterima dan berakhir diperkirakan 8

bulan setelahnya.

13

3.4 Populasi Penelitian

Populasi Target Penelitian

Populasi target penelitian ini adalah Lingkungan sekitar Pasar Tradisional seluruh

wilayah Kota Denpasar

Sampel Penelitian

Sebagai sampel dalam penelitian ini adalah air dari lingkungan sekitar pasar

tradisional seperti : selokan, saluran pembuangan limbah, tempat penampungan air,

genangan air maupun sungai yang ada di sekitar pasar tradisional. Dari setiap pasar

tradisional minimal diambil dari dua lokasi tempat pengambilan air.

3.5. Metode pengambilan Sampel dan Besar sampel

Pengambilan sampel menggunakan salah satu teknik non-random sampling yaitu

quota sampling. Besar sampel ditentukan dengan cara quota sampling yaitu lokasi

pengambilan dan jumlah sampel yang akan diambil telah ditentukan oleh peneliti

sebelumnya. Besar sampel yang ditentukan sebanyak 7 pasar tradisional dengan

masing-masing minimal 2 sampai 3 lokasi pengambilan air, sehingga diperkirakan

besar sampel air yang diperoleh sebanyak 19 sampel air.

3.6 Definisi Operasinal Variabel

1. Pasar Tradisional adalah tempat berkumpulnya sejumlah penjual dan pembeli

dimana terjadi transaksi jual-beli barang dengan tempat berjualan yang masih

sederhana dimana antar penjual dan pembeli bertatap muka langsung dengan

terjadi transaksi langsung dimana pembeli mendapatkan langsung barang yang

dibeli dengan membayar sejumlah uang yang telah disepakati.

2. Air di Lingkungan sekitar pasar tradisional adalah sejumlah air sebagai sampel

yang didapatkan dari lingkungan pasar tradisional seperti dari selokan, saluran

pembuangan limbah, tempat penampungan air, genangan air maupun sungai

yang ada di sekitar pasar tradisional.

14

3. Leptospira patogen adalah bakteri genus leptospira yang dapat menimbulkan

penyakit infeksi pada manusia dengan spesies Leptospira interrogans dan

Leptospira borgpetersenii

4. Leptospira saprofit adalah Leptospira jenis non-patogen dengan genus

leptospira yang tidak menimbulkan penyakit infeksi pada manusia dengan

spesies Leptospira biflexa

5. Hasil polymerase chain reactions (PCR) positif adalah apabila dari hasil

ekstraksi DNA bakteri yang diamplifikasi pada regio gen spesifik

menggunakan set primer spesifik, dimana pada visualisasi dengan proses

elektroporesis dan pada ultra violet (UV) transiluminator tampak pita berwarna

putih pada ukuran basepair yang sesuai dengan yang diharapkan.

3.7 Prosedur Penelitian

3.7.1 Cara pengambilan sampel

Untuk memperoleh sampel yang berasal dari air lingkungan di sekitar pasar

tradisional dilakukan dengan memakai botol penampungan steril untuk lokasi

dengan air yang banyak seperti sungai dan dengan menggunakan container steril

ukuran 100 cc untuk pengambilan sampel pada air yang sedikit seperti selokan dan

genangan air. Unutk lokasi dengan air yang banyak seperti sungai dilakukan

dengan cara berikut; botol penampungan steril dibenamkan ke dalam tempat

genangan air sampai air dapat masuk ke botol, ambil air dengan cara aseptik

minimal 50 cc. Untuk air yang sedikit cukup diambil langsung dengan

menggunakan wadah steril dan ditutup rapat untuk mencegah kontaminasi, lalu

botol diberi label (nama/nomor, lokasi sumber air, tanggal pengambilan).

Selanjutnya wadah dimasukkan kedalam cool box yang berisi ice pack lalu ditutup

rapat dan segera dikirim ke laboratorium untuk diproses.

3.7.2 Filtrasi air dengan kasa steril untuk sampel air yang banyak.

Telah disiapkan gelas kaca (becker) steril ukuran 1000 ml dan corong kaca dan kain

kasa atau kertas saring yang juga telah disteril. Air sampel kemudian dituangkan

kedalam corong kaca yang telah berisi kertas saring atau kasa steril dengan air hasil

15

saringan ditampung pada gelas kaca steril. proses penyaringan dilakukan dengan

memperhatikan prosedur aseptik.

3.7.3 Filtrasi air dengan membran milipore untuk sampel air yang banyak

Sampel air yang telah melalui filtrasi menggunakan kasa steril dilanjutkan dengan

filtrasi dengan menggunakan membran milipore 0.4 µm. alat filtasi membran

milipore berupa pompa, filter steril, gelas kaca steril dan milipore 0,4 µm disiapkan

disiapkan. Air sampel kemudian dialirkan pada mesin filtrasi dan hasil filtrasi

ditampung pada gelas kaca yang lain. Kemudian membran filter milipore 0.4 µm

hasil filtrasi diresuspensi dengan 10 ml larutan NaCL 0.9%, kemudian dipotong-

potong dengan gunting steril kemudian dilakukan vortex untuk proses

homogenisasi, kemudian sampel resuspensi dialikuot, 1 ml untuk kultur tanpa

diasamkan dan 1 ml untuk bahan PCR.

3.7.4 Ekstraksi DNA bakteri dari air

DNA dari serum sampel diekstraksi menggunakan kit komersial QIAamp DNA

mini kit (Qiagen, Inc) dengan prosedur kerja sebagai berikut :

17

3.7.5 pemeriksan PCR

1. Dalam collection tube ukuran 200 µl, campur reagen PCR mix dengan komposisi :

Komponen Volume (µl) Untuk 1 Reaksi

H2O 7

Master Mix 10

Primer Lepto1(F) 1

Primer Lepto2(F) 1

Primer Lepto3(F) 1

Primer yang digunakan adalah tiga spesifik primer yang didesain dari gen 16S

rRNA yaitu :

Lepto1(F) = 5’GTCAAACGGGTAGCAATACC 3’

Lepto2(R) = 5’GTCCGCCTACACACCCTTTAC3’

Lepto3(F) = 5’AATACTGGATAGTCCCGAGAGGTC3’

(Uavechanichkul R et al,2011).

Jumlah campuran ini hanya untuk 1 reaksi jadi hitung dengan baik jumlah

campuran untuk menjalankan sampel, kontrol positif dan kontrol negatif.

Spin beberapa detik

2. Pindahkan dalam semua campuran (20µl) ke dalam tabung 200µl, tambahkan

template DNA atau sampel atau kontrol positif atau kontrol negatif (H2O)

sebanyak 5µl (Total campuran = 25µl)

3. Masukkan dalam Thermal Cycler dengan program berikut :

1. Initial PCR activation step (1 siklus)

92 ºC 2 menit

2. 3 step cycling (35 siklus)

94ºC 2 menit (denaturasi)

54ºC 1 menit (annealing)

18

72ºC 1 menit (ekstensi)

3. Final extension

72ºC 5 min

5. Tunggu hasil amplifikasi, lanjutkan dengan elektroforesis.

3.7.6 Membuat gel agarose 1,5%

Pembuatan gel agarose 1,5% dilakukan dengan prosedur sebagai berikut :

- Timbang Agarose sebanyak 0,6 gram

- Tuang kedalam tabung tahan panas

- Tambahkan 40 ml TBE buffer

- Didihkan Sampai larut dalam microwave selama 4 menit

- Biarkan sampai suhunya 60ºC

- Tambahkan 2 µl Etidium bromide gel staining

- Tuang dalam tray yang telah dipasang comb

- Biarkan Sampai mengeras, angkat comb

3.7.7 Prosedur elektroforesis

- Siapkan hasil PCR (sampel, Kontrol positif dan kontrol negatif) sebanyak

masing-masing 5 µl tanpa loading dye.

- Masukkan masing-masing hasil PCR kedalam sumuran pada gel agarose

dalam elektroforesis chamber

- Isi salah satu sumur dengan marker 100 bp

- Nyalakan power suplay pada posisi 100 volt selama 40 menit

- Baca hasil elektroforesis dengan menggunakan UV Transluminator/gel doc

19

3.7.8 Analisis dan Penyajian Data

Data yang diperoleh pada penelitian ini akan disajikan dalam bentuk tabel serta

narasi.

3.8 Alur Penelitian

20

BAB IV

HASIL PENELITIAN

4.1 Pengambilan Sampel air lingkungan pasar tradisional

Penelitian ini telah mengambil sampel dari air lingkungan sekitar pasar tradisional

di Denpasar sebanyak 19 titik lokasi yang berasal dari 8 lokasi pasar radisional yang ada

di Denpasar dengan meliputi wilayah Denpasar pusat kota, Denpasar Selatan dan

Denpasar Timur seperti yang tampak pada Gambar 4.1. Hasil pengumpulan sampel dan

lokasi daerah pengambilan sampel air lingkungan beserta kode sampel disajikan seperti

pada Tabel 4.1 dan Tabel 4.2.

Tabel 4.1 Distribusi pasar tradisional tempat pengambilan sampel air

No. Wilayah Nama Pasar

1 Denpasar pusat kota 3. Pasar Badung Kumbasari

4. Pasar Kreneng

2 Denpasar Selatan 3. Pasar Desa Sanur

4. Pasar Renon

3 Denpasar Timur 4. Pasar Desa Kesiman

5. Pasar Ketapian

6. Pasar Surabi

21

Tabel 4.2 Lokasi pengambilan air lingkungan pasar tradisional

No. Nama Pasar Lokasi pengambilan sampel Kode Sampel

1 Pasar Badung Kumbasari Selokan lorong penjual daging BD 1

Sungai besar pasar badung BD 2

Genangan air depan toko

kelontong

BD 3

2 Pasar Kreneng Selokan dekat penjual daging KR 1

Selokan disamping dagang sate

parkiran

KR 2

Selokan air kran untuk umum KR 3

3 Pasar Desa Sanur Selokan kran air umum

belakang

SNR 1

Selokan dekat tempat sampah SNR 2

4 Pasar Renon Selokan kran air umum timur RN 1

Selokan kran air umum depan RN 2

5 Pasar Desa Kesiman Genangan air depan pintu

masuk

KM 1

6 Pasar Ketapian Genangan air komplek dagang

timur

KT 1

Genangan air komplek dagang

di dalam

KT 2

Genangan air dekat pintu

keluar

KT 3

7 Pasar Surabi Genangan air komplek dagang

di luar

SR 1

Selokan kran air umum dekat

toilet

SR 2

8 Dagang Desa Yang Batu Selokan depan MD 1

Selokan Belakang MD 2

Selokan samping MD 3

22

A.

B.

23

C.

Gambar 4.1. Titik lokasi Pengambilan sampel dari air lingkungan sekitar pasar tradisional

A. Pasar Kreneng B. Pasar Badung C. Sungai di Pasar Badung

Semua sampel yang telah dikumpulkan kemudian di catat dengan pemberian

kode sampel, sehingga sampel semua terkumpul menjadi sebanyak 16 sampel. Setiap

sampel yang telah diambil kemudian disimpan dulu di dalam lemari pendingin untuk

kemudian bersama-sama dilakukan pemeriksan lebih lanjut. (Gambar 4.2).

24

Gambar 4.2 Semua sampel yang telah dikumpulkan

Setiap sampel air yang diperoleh dipersiapkan untuk dilakukan ekstraksi DNA. Sebelum

ektraksi DNA untuk sampel air yang diambil lebih dari 500 cc difiltrasi dengan membran

milipore 0.2 µm, kemudian membran filter diresuspensi dengan 10 ml larutan NaCL

0.9%, dilakukan vortex untuk proses homogenisasi, kemudian sampel resuspensi

dialikuot, 1 ml diambil untuk bahan pemeriksaan PCR. Untuk sampel yang kurang dari

500 cc cukup dihomogenkan dengan cara digoyang-goyangkan sampai tampak homogen.

4.2 Deteksi Leptospira patogen dan saprofit metode PCR menggunakan 3 primer

Sampel air lingkungan pasar tradisional yang telah dihomogenkan selanjutnya

dilakukan pemeriksaan dengan metoda PCR untuk mendeteksi gen spesifik yang dapat

membedakan leptospira yang patogen dengan yang saprofit menggunakan tiga spesifik

primer yang didesain dari gen 16S rRNA yaitu :

Lepto1(F) = 5’GTCAAACGGGTAGCAATACC 3’,

Lepto2(R) = 5’GTCCGCCTACACACCCTTTAC3’ dan

Lepto3(F) = 5’AATACTGGATAGTCCCGAGAGGTC3’

untuk isolasi Gen spesifik dari sampel air dengan dilakukan tahapan-tahapan dimulai dari

tahap ekstraksi DNA, amplifikasi dengan PCR dan deteksi DNA dengan eletroforesis

dengan gel agarose 2%. Awalnya dilakukan optimasi PCR pada bakteri kontrol positif.

Hasil elektroforesis dibawah sinar UV short wave disajikan seperti pada gambar

dibawah:

25

Gambar 4.3 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel kontrol bakteri patogen

Leptospira interogans serovar bataviae dan Leptospira borgpetersenii serovar

ballum untuk optimasi pemeriksaan PCR dengan hasil tampak adanya pita di

atas 400 bp (409 bp) yang tampak pada kedua kontrol positif


sebagai kontrol positif 1 yaitu Leptospira interogans serovar bataviae dan

kontrol positif 2 yaitu Leptospira borgpetersenii serovar ballum untuk optimasi

pemeriksaan PCR dengan hasil tampak adanya pita di atas 400 bp (409 bp)

yang tampak pada kedua kontrol positif

26


sebagai kontrol positif 1 yaitu Leptospira interogans serovar bataviae dan

kontrol positif 2 yaitu Leptospira borgpetersenii serovar ballum untuk optimasi

pemeriksaan PCR dengan A dan B menggunakan pengenceran DNA yang

berbeda pada hasil ekstraksi DNA dimasil hasil PCR menunjukkan adanya pita

di atas 400 bp (409 bp) yang tampak pada kedua kontrol positif dan pda

masing-masing pengenceran yang menunjukkan hasil tidak ada perbedaan.

Setelah dilakukannya optimasi pemeriksaanPCR pada kedua kontrol yaitu kontrol positif

1. Leptospira interogans serovar bataviae dan kontrol positif 2 yaitu Leptospira

borgpetersenii serovar ballum kemudian metode ini dilanjutkan diterapkan pada semua

sampel dengan dilakukan tahapan-tahapan dimulai dari tahap ekstraksi DNA, amplifikasi

dengan PCR dan deteksi DNA dengan eletroforesis dengan gel agarose 2%. Hasil

elektroforesis dibawah sinar UV short wave pada semua sampel disajikan seperti pada

gambar dibawah:

27

Gambar 4.6 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel air lingkungan pasar

tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400

bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol

positif 1. Leptospira interogans serovar bataviae. Tampak adanya beberapa

sampel yang menunjukkan adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400

bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel no. 5, 8,10,11. Sedangkan

beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang diatas 500 bp (503 bp)

yaitu sampel no.1,3,6, 9 yang menunjukkan adanya DNA saprofit leptospira.

28

Gambar 4.7 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel air lingkungan pasar

tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409

bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol positif 2. Leptospira

borgpetersenii serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan

adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp)

yaitu sampel no. 18, Sedangkan beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang

diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel no.13,14,15,17,19 yang menunjukkan adanya DNA

saprofit leptospira

29

Gambar 4.8 Gambar hasil elektroforesis ulangan produk PCR sampel air lingkungan

pasar tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp

(409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol positif 1.

Leptospira interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 Leptospira borgpetersenii

serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan adanya dua pita

yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel

no. ,5, 8,10,11. Sedangkan beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang diatas

500 bp (503 bp) yaitu sampel no.3,6, 9 yang menunjukkan adanya DNA saprofit

leptospira.

30

Gambar 4.9 Gambar hasil elektroforesis ulangan produk PCR sampel air lingkungan

pasar tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp

(409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol positif 1.

Leptospira interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 Leptospira borgpetersenii

serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan adanya dua pita


no. 18, Sedangkan beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang diatas 500 bp

(503 bp) yaitu sampel no.12, 13,14,15,17,19 yang menunjukkan adanya DNA saprofit

leptospira

31

Gambar 4.10 Gambar hasil elektroforesis ulangan produk PCR sampel untuk

memperjelas adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas

500 bp (503 bp) pada sampel-sampel yang diduga memiliki 2 pita sejajar dengan kontrol

positif 1. Leptospira interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 Leptospira

borgpetersenii serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan

adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp)

yaitu sampel no. 5, 8,10,11,18

32

Pada semua gambar diatas menunjukkan hasil elektroforesis produk PCR pada

kontrol positif 1 (K1) yang merupakan bakteri kontrol Leptospira Leptospira

interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 (K2) Leptospira borgpetersenii

serovar ballum. Setelah dilakukan beberapa kali pengulangan pemeriksaan PCR tampak

adanya beberapa sampel yang menunjukkan hasil yang postif dimana adanya dua pita


no. 5, 8,10,11,18. Kelima sampel yang mempunyai 2 pita yang sejajar dengan kontrol K1

dan K2 dapat diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri leptospira patogen

sehingga diasumsikan pada kelima sampel air lingkungan pasar tradisional terdapat

bakteri leptospira patogen.

Sampel no. 5, 8,10,11,18 mempunyai dua pita yang sejajar dengan kontrol K1 dan

K2 dapat diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri leptospira patogen sehingga

diasumsikan pada kelima sampel air lingkungan pasar tradisional terdapat bakteri

leptospira patogen. Kelima sampel tersebut adalah seperti tabel berikut :

Tabel 4.3 Kode sampel dan kolasi tempat pengambilan sampel yang diduga terdapat

Leptospira patogen

No.Sampel Kode Sampel Lokasi sampel

5 BD 3 Genangan air depan toko kelontong

Pasar Badung

8 SNR 2 Selokan dekat tempat sampah Pasar

Desa Sanur

10 KT 1 Genangan air komplek dagang timur

Pasar Ketapian

11 KT 3 Genangan air dekat pintu keluar Pasar

Ketapian

18 RN 2 Selokan kran air umum depan Pasar

Renon

33

Sedangkan sampel no.3,6,9,13,14,15,17,19 menunjukkan adanya DNA saprofit

leptospira.

Tabel 4.4 Kode sampel dan kolasi tempat pengambilan sampel yang diduga terdapat

Leptospira saprofit


1 MD 3 Selokan samping Dagang Desa Yang

Batu

3 MD 2 Selokan belakang Dagang Desa Yang

Batu

6 KR 3 Selokan air kran untuk umum Pasar

Kreneng

9 SR 2 Selokan kran air umum dekat toilet

Pasar Surabi

13 BD 1 Selokan lorong penjual daging Pasar

Badung

14 SNR 1 Selokan kran air umum belakang Pasar

Desa Sanur

15 SR 1 Genangan air komplek dagang di luar

Pasar Surabi

17 KT 2 Genangan air komplek dagang di dalam

Pasar Ketapian

19 RN 1 Selokan kran air umum timur Pasar

Renon

34

Tabel 4.5 Kode sampel dan kolasi tempat pengambilan sampel yang diduga tidak

terdapat Leptospira patogen dan Saprofit


2 MD 1 Selokan depan Dagang Desa Yang Batu

4 KR 1 Selokan dekat penjual daging Pasar Kreneng

7 KR 2 Selokan disamping dagang sate parkiran Pasar

Kreneng

12 KM 1 Genangan air depan pintu masuk Pasar Desa

Kesiman

16 BD 2 Sungai besar pasar badung

35

BAB V

PEMBAHASAN

Diantara beberapa cara alternative untuk mendeteksi leptopsira, deteksi DNA

merupakan cara yang cepat, lebih sensitif dan spesifik. Metode ini dapat dilakukan baik

dengan konvensional PCR mupun real-time PCR (Karuniawati A,et al 2012)

Pemeriksaan pada sampel dari lingkungan memerlukan evaluasi dan perhatian

lebih. Leptospira non patogen atau disebut saprofit yang diwakili oleh .L. biflexa

merupakan yang paling sering sebagai kontaminan lingkungan dan sering meragukan

pada identifikasi strain patogen dari sampel lingkungan. Metode PCR merupakan salah

satu cara yang dapat digunakan untuk identifikasi (Smythe LD et al, 2002)

Pita 503 bp dari hasil pcr ditemukan pada leptospira patogen serovar autumnalis,

bataviae, canicola, djasiman, hebdomadis, icterohaemorrhagiae, pamona, pyrogenes dan

sejroe. Hasil penelitian menunjukkan produk PCR pada 409 bp ditemukan dari sampel

patogen. Ada atau tidaknya suatu hasil PCR dapat dengan mudahterjadi salah interpretasi

sebagai negative palsu oleh karena itu salah satu cara yang dapat ditempuh dengan

melakukan pemeriksaan PCR menggunakan kombinasi tiga primer Yaitu Lepto1(F),

Lepto2(R) dsn Lepto3(F). Hasilnya menunjukkan dengan menggunakan 3 primer

sekaligus dapat mengamplifikasi genom DNA dari 21 leptospira serovar patogen dan 4

serovar saprofit. Adanya 2 pita yaitu pada 503 bp dan 409 bp terdeteksi pada kelompok

patogen, sedangkan yang hanya menunjukkan 1 pita pada 503 bp ditemukan pada spesies

leptospira saprofit. (Uavechanichkul R, 2011)

Bakteri leptospira sebagai penyebab penyakit leptospirosis merupakan penyakit

zoonosis yang dapat menyebar luas.Bakteri ini mempunyai sumber penularan infeksi

pada manusia melalui kontak secara langsung atau tidak langsung dengan urin hewan

yang terinfeksi. Leptospira masuk ke dalarn tubuh melalui kulit yang terbuka atau

membrane mukosa. Orang-orang yang berhubungan dengan perairan, lumpur dan hewan

merupakan orang dengan resiko terinfeksi lebih besar (Levett PN, 2001).

Leptospira dapat bertahan hidup di dalam air bersifat basa sampai 6 bulan.

Penularan juga dapat terjadi jika kontak Iangsung dengan tanah basah yang

terkontaminasi urin hewan penderita leptospirosis (Infectious Disease Information

36

Center, 2005). Leptospira biflexa merupakan safrofit yang hidup bebas di perairan

dangkal dan jarang dihubungkan dengan infeksi pada manusia (Higgins R. 2004).

Pasar tradisional sebagai tempat jual beli barang dan bahan makanan serta

tersimpannya dagangan yang tentu saja banyak terdapat sarang hewan pengerat seperti

tikus. Tikus dapat berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional karena tersedianya

makanan bagi mereka dan banyak sudut dan lingkungan pasar yang menjadi sarang

mereka. Tikus tidak hanya sebagai hama yang merusak bahan makanan yang diperjual

belikan akibat digerogoti juga tentu saja membawa penyakit bagi manusia yang salah

satunya adalah penyakit Leptospirosis (Heath SE et al, 1994). Tikus sebagai pembawa

bakteri Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari lingkungan pasar tradisional

terutama air lingkungan disekitar pasar melalui air kencing yang dikeluarkannya yang

dapat mengandung bakteri Leptospira (Soejoedono RR, 2000).

Dengan timbulnya ada pita yang muncul pada pemeriksaan PCR dari sampel yaitu

sampel yang menunjukkan adanya 2 pita yang sejajar seperti kontrol positif yaitu pada

503 bp dan 409 bp dimana diduga terdeteksi pada kelompok patogen, dan ada sampel

yang menunjukkan 1 pita pada 503 bp dimana diduga ditemukan spesies leptospira

saprofit serta ada sampel yang tidak menunjukkan kedua pita seperti kontrol dimana

diduga tidak terdapat bakteri leptospira patogen dan saprofit. Pemeriksaan PCR pada

penelitian ini yang menggunakan kombinasi tiga primer dapat membedakan adanya

leptospira patogen, leptospira saprofit maupun yang tidak ada leptospira patogen dan

saprofit dari sampel air lingkungan pasar tradisional. Pemeriksaan PCR menggunakan

kombinasi tiga primer ini telah dikembangkan dan digunakan untuk mendeteksi dan

membedakan antara spesies leptospira patogen dengan spesies saprofit pada gel agarose

yang mana dapat diaplikasikan pada diagnosis rutin (Uavechanichkul R, 2011)

37

BAB VI

KESIMPULAN

1. Sampel dari air lingkungan genangan air depan toko kelontong Pasar Badung, selokan

dekat tempat sampah Pasar Desa Sanur, genangan air komplek dagang timur Pasar

Ketapian, genangan air dekat pintu keluar Pasar Ketapian, selokan kran air umum

depan Pasar Renon mempunyai dua pita yang sejajar dengan kontrol K1 dan K2 dapat

diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri leptospira patogen.

2. Sampel dari air lingkungan selokan samping Dagang Desa Yang Batu, selokan

belakang Dagang Desa Yang Batu, selokan air kran untuk umum Pasar Kreneng,

selokan kran air umum dekat toilet Pasar Surabi, selokan lorong penjual daging Pasar

Badung, selokan kran air umum belakang Pasar Desa Sanur, genangan air komplek

dagang di luar Pasar Surabi, genangan air komplek dagang di dalam Pasar Ketapian,

selokan kran air umum timur Pasar Renon menunjukkan hasil PCR hanya 1 pita pada

503 bp dimana diduga ditemukan spesies leptospira saprofit

3. Sampel dari air lingkungan selokan depan Dagang Desa Yang Batu, selokan dekat

penjual daging Pasar Kreneng, selokan disamping dagang sate parkiran Pasar

Kreneng, genangan air depan pintu masuk Pasar Desa Kesiman, sungai besar pasar

badung tidak menunjukkan kedua pita seperti kontrol dimana diduga tidak terdapat

bakteri leptospira patogen dan saprofit

4. Pemeriksaan PCR pada penelitian ini yang menggunakan kombinasi tiga primer

dapat membedakan adanya leptospira patogen, leptospira saprofit maupun yang tidak

ada leptospira patogen dan saprofit dari sampel air lingkungan pasar tradisional.

38

DAFTAR PUSTAKA

Brooks GF, Butel JS, Morse SA. 2001. Mikrobiologi untuk Profesi Kesehatan, Penerbit

Buku Kedokteran Jakarta..

Center for Diseases Control and Prevention (CDC).2005. Leptospirosis. Available at:

http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/leptospirosis_g.htm

Darodjat M, Ronohardjo P. 1989. Diagnosa Serologik Microscopic Agllutination Test

(MAT) untuk leptospirosis pada serum manusia. Penyakit Hewan XXl(37)

Semester 1 : 1-8 .

Departemen kesehatan RI.2009.Awas, Gejala Leptospirosis menyupai Flu.Avilable at:

http://www.depkes.go.id/index.php?option=articles&task

Ebrahimi A, Nasr Z, Koiouri GHA. 2004. Scroinvestigation of bovine leptospirosis in

Shahrekord district, central Iran . Iranian J . Vet .Res. University of Shiraz . 5(2)

Ser. (10) . 1383 : 110-113 .

Ellis WA, Obrien JJ, Nell SO, Bryson DG. 1986. Bovine leptospirosis: experimental

serovar hardjo infection. Vet. Microbiol. 11 : 293-299.

Faine S. 1982. Guidelines for the Control of Leptospirosis.WHO, Geneva. 171 p .

Hartman EG, Van Den Ingh TSGAM, Rothutzen J. 1986 . Clinical, pathological and

serological features of spontaneous canine leptospirosis. An evaluation of the IgM- and

IgGspecific ELISA. Vet. Immunol . and Immunopathol.13:261-271.

Heath SE, Johnson R. 1994. Leptospirosis. Javma 205(11) : 1518-1523 .

Hickey PW, Deemeks D. 2003. Leptospirosis. Emedicine . pp .1-9 .

Higgins, R. 2004. Emerging or re-emerging bacterial zoonotic diseases : bartonellosis,

leptospirosis, Lyme borreliosis, plague.Rev.Sci.Tech. Off. Int . Epiz. 23(2):569-581

.

Infectious Disease Information Center. 2005 . Leptospirosis-weil's disease-sewerman's

fluswineherd's disease-Milker's disease . available in http .://www.Leptospirosis-

weil's disease.htm .

Karuniawati A, Yasmon A, Ningsih I, 2012, Optimizing real-time PCR method to detect

Leptospira spp. in human blood and urine specimens Department of Microbiology,

Faculty of Medicine, Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia Med J Indones Vol.

21, No. 1

http://www.depkes.go.id/index.php?option=articles&task

39

Kocabiyik AL, Cetin C. 2003. Detection of antibodies to Leptospira interrogans serovar

Hardjo by the Microscopic Agglutination Test and Enzyme-Linked Immunosorbent

Assay in cattle sera . Indian Vet. J . 80:969-971.

Kusmiyati, Noor SM, Supar. Leptospirosis pada hewan dan manusia di Indonesia. Balai

Penelitian Veteriner Bogor. Indonesia.Wartazoa. 2005;15:213-20.

Levett PN. 2001 . Leptospirosis. Clinical Microbiol. Review.14(2):296-326.

Nazir H. 2005 . Diagnosis klinis dan penatalaksanaan leptospirosis . Disampaikan pada

Workshop dan Training Penanggulangan Leptospirosis bagi Dokter Puskesmas di

Propinsi DKI Jakarta, Bapelkes Depkes Cilandak, 29 Maret 2005.

Office International Des Epizooties. 2000. Leptospirosis, in Manual of standards for

diagnostic test and vaccines, 4th edition: 265-275.

Pusat Penelitian dan Pengembangan Perdagangan Dalam Negeri Departemen

Perdagangan RI bekerja sama dengan PT Indef Eramadani (INDEF), 2007,

Desember. “Kajian Dampak Ekonomi Keberadaan Hypermarket terhadap Pasar

Tradisional”. Jakarta

Ratnam S, Everard COR, Alex C. 1994. A pilot study on the prevalence of leptospirosis

in Tamilmadu State . Indian Vet. J . 71 : 1059-1063 .

Simanjuntak GM, Koesharjono C, Hardjoutomo S.1986 . Leptospirosis di daerah

transmigrasi Kuala Cinaku propinsi Riau tahun 1981 . Penyakit Hewan XVI11(31)

Semester I : 6-13

Scott-ORR, H, Darodjat M. 1978 . Leptospirosis : Kerja Pendahuluan di LP :PII . Bull .

Lembaga Penelitian Penyakit Hewan (16) : 35-44.

Scott-ORR, H, Darodjat M, Aciidijati J. 1980. Kejadian Leptospirosis dan Brucellosis

pada ternak di Indonesia. Risalah (Proc.) Seminar Penyakit reproduksi dan unggas .

Tugu, Bogor, 13 15 Maret 1980. LPP:II-Puslitbangnak, Deptan : 31-57.

Smythe LD, Smith IL, Smith GA, Dohnt MF, Symonds ML, Barnett LJ, 2002, A

quantitative PCR (TaqMan) assay for pathogenic Leptospira spp, BMC Infectious

Diseases 2002, 2:13http://www.biomedcentral.com/1471-2334/2/13

Soejoedono RR. 2000. Zoonosis. Laboratorium Kesehatan Masyarakat Veteriner,

Fakultas Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Uavechanichkul R, Sraphet S, Suwancharoen D, Triwitayakorn K, 2011. PCR-Based

Technique for Detection and Differentiation of Pathogenic and Saprophytic

Leptospira Species. Int.J.Microbiol.Res.,2(1):43-48

40

Wagenaar J, Zuener RL, David ALT, Bolin CA. 2000. Comparison of polymerase chain

reaction assays with bacteriologic culture, immunoftiorescence, and nucleic acid

hybridization for detection of Leptospira borgpetersenii serovar hardjo in urin of

cattle . AJVR 61(3) : 316-320 .

Widarso,Wilfried, Siti G. 2005. Penanggulangan Leptospirosis di Indonesia. Pusat Data

Informasi-Perhimpunan Rumah Sakit Seluruh Indonesia. Jakarta.

Woodward M J, Sullivan AG, Palmer NMA, Woolfy JC,Redstone JS. 1991 Development

of a PCR test specific for Leptospira hardjo genotype bovis. Vet. Rec .128:282-283

41

L A M P I R A N

Dokumentasi penelitian

46

CURICULUM VITAE

BIOGRAFI / DAFTAR RIWAYAT HIDUP

1. Nama lengkap dan gelar : dr. Made Agus Hendrayana,M.Ked

2. Tempat / tanggal lahir : Denpasar, 17 Juli 1978

3. NIP : 197807172006041004

4. Pangkat/Gol. : Penata / III c

5. Bagian : Mikrobiologi

6. Alamat Rumah : Jl.Soka gg.VI no:50 B – Denpasar

7. HP / email : 08123921590 / [email protected]

8. Pendidikan (dari sarjana muda / yang sederajat ke atas )

UNIVERSITAS / INSTITUT

DAN LOKASI

GELAR

TAHUN

BIDANG STUDI

1. Fakultas Kedokteran UNUD

2. Fakultas Kedokteran UNAIR

Dokter

M.Ked

2003

2010

Dokter Umum

Ilmu Kedokt. Tropis

Pendidikan non-gelar

1). Short couse and workshop Tropical infectious diseases, Unsyah, Banda Aceh, 2008

2). Summer school on Molecular Biology and Tropical Infectious Disease, University

of Goettingen, German, 2009

9. Pengalaman kerja dalam penelitian dan pengalaman professional

INSTITUSI

JABATAN

PERIODE KERJA

I. Pengalaman Kerja :

1. Dosen FK UNUD

2. Anngota SMF. Mikrobiologi

Klinik, FK UNUD/RS.Sanglah

3. Peneliti Tropical Disease Center

UNAIR.

Asisten Ahli

Anggota

Anggota peneliti

2004 s/d sekarang

2005 s/d sekarang

2008 s/d sekarang

47

10. Penelitian yang pernah dilakukan

Judul Penelitian Kedudukan Sumber dana Tahun

Identifikasi bakteri patogen sebagai penyebab

wabah diare dari sumber mata air dan hapusan

dubur penderita di Kecamatan Selat,

Karangasem, Bali

Ketua

Peneliti

Pengmas FK-

UNUD

2008

Pola distribusi genotipe VHB dan Subtipe

VHC di Puskesmas Mengwi I

Ketua

Peneliti

DP2M Dikti 2009

Analisis genotipe, subgenotipe dan subtipe

VHB di Mengwi, Badung

Ketua

Peneliti

BPPS Dikti 2009

Identifikasi Gen ctx-A dengan Metode PCR

dari Bakteri Vibrio Cholera serotype O1 pada

Es Batu dan Air Es Pendingin Tempat

Penyimpanan Hasil Laut

Ketua

Peneliti

Litbang

FK UNUD

2010

Identifikasi Gen Shiga-like toxin SLT II atau

VT2 dari Bakteri Escherichia coli O157 Pada

Daging Babi di Kota Denpasar

Anggota

Peneliti

Litbang

FK UNUD

2010

Identifikasi Gen ctx-A dari DNA Bakteri Vibrio

Cholera serotype O1 dengan Metode PCR

pada Air Laut di Pantai Wisata Seluruh Bali

Anggota

Peneliti

Litbang

FK UNUD

2011

Analisis genotipe dan subgenotipe virus

hepatitis B pada DNA gen regio s (surface)

dari

ibu hamil dengan HBsAg positif di wilayah

Batubulan, Gianyar, Bali

Ketua

Peneliti

Litbang

FK UNUD

2011

Karakterisasi Molekuler Molekul Adhesin

Helicobacter pylori Menggunakan Kultur Sel

Lambung Mencit (Mus musculus) dan Sel

Caco-2(Studi Patogenesis Infeksi Helicobacter

pylori pada Lambung Mencit)

Ketua

Peneliti

RISBIN

IPTEKDOK

2012

( dr. Made Agus Hendrayana, M.Ked )

48

BIOGRAFI / DAFTAR RIWAYAT HIDUP

Nama : dr. I Wayan Surudarma, M.Si.

Tempat/tanggal lahir : Gianyar, 14 Pebruari 1973

Unit Kerja : Bagian Biokimia FK UNUD

Riwayat pendidikan :

Jenjang

pendidikan

Bidang Ilmu Universtas Kota Tahun lulus

S1 Kedokteran UNUD Denpasar 2000

S2 Bioteknologi UGM Jogjakarta 2006

Riwayat Pekerjaan :

- Dosen Biokimia di FK UNUD sejak tahun 2003 sampai sekarang.

Pengalaman Penelitian

- Tahun 2006. Kloning Gen Penyandi Protein Rhoptry (ROP1) Takizoit

Toxoplasma gondii Isolat Lokal

Karya Ilmiah

- Kloning Gen Penyandi Protein Rhoptry (ROP1) Takizoit Toxoplasma gondii

Isolat Lokal. Journal of GMU Biotechnology. Vol III, Juli 2007, hal. 49-57.

LAPORAN PENELITIAN · Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri...

Documents

Transcript of LAPORAN PENELITIAN · Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri...