LAPORANPRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

“ISOLASI DNA KASAR”

Disusun Oleh:

Nama : Frelyta A. Z.

NIM : 115040201111290

Kelompok : Selasa, 06.00 WIB

Asisten : Dita Pahlevi

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2012

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Isolasi DNA merupakan teknik analisa dan pengambilan

DNA dari sampel makhluk hidup. Tekniknya pun cukup rumit

dan terkesan lama namun cukup maksimal dan DNA yang

diisolasi pun murni. Tetapi, kendala lain yang jadi masalah

ialah mahalnya biaya dalam proses pengerjaanya karena

melibatkan sejumlah bahan kimia dan alat yang tidak sedikit

untuk memilikinya. Untuk mengatasi hal tersebut, ada teknik

lain untuk mendapat DNA makhluk hidup yang diinginkan

yaitu dengan teknik isolasi DNA kasar. Selain murah, mudah

pula dalam proses pengerjaannya. Walaupun DNA yang

dihasilkan belum murni namun sudah cukup untuk

mendapatkan DNA dari sampel yang diinginkan.

1.2 Tujuan

Untuk Mengetahui Definisi dari Isolasi DNA

Untuk Mengetahui Metode Isolasi DNA

Untuk Mengetahui Tahap Isolasi DNA

Untuk Mengetahui Manfaat Isolasi DNA

1.3 Manfaat

Mahasiswa mampu dan mengerti dalam melaksanakan

tahap-tahap dari isolasi DNA

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Definisi Isolasi DNA

Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau

pembuangan dinding sel, yang dapat dilakukan baik dengan

cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh

maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim

(Istanti,1999).

Isolasi DNA adalah suatu tekhnik yang digunakan untuk

memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari

suatu sel dalam jaringan (Aditya, 2010).

Isolation of DNAis the process ofDNA extraction

fromsubstances-substancesother thanDNA.

“Isolasi DNA adalah proses memisahkan DNA dari zat

– zat lain selain DNA” (Iqbali, 2012).

2.2 Macam Metode Isolasi DNA

Metode konvensional terdiri dari banyak macam.

Macam – macam metode konvensional ini menunjukkan

kemajuan ilmu pada saat itu. Setidaknya terdapat lima macam

metode konvensional dalam isolasi DNA yaitu salting out dan

presipitasi DNA, ekstraksi menggunakan pelarut organik, resin

silika, anion exchange, dan hydroxyapatite. Metode

konvensional salting out dan presipitasi DNA menggunakan

chaotrope dan kosmotrope dalam pemisahan komponen dalam

sel. Chaotrope dan kosmotope merupakan klasifikasi dari

kation dan anion. Chaotrope merupakan masuknya garam –

garaman kedalam reaksi sedangkan cosmotrope merupakan

keluarnya garam – garaman dari suatu reaksi.

Isolasi DNA juga dilakukan terhadap tumbuhan dan

dapat diambil dari DNA inti, DNA mitokondria, dan DNA

kloroplas. Definisi isolasi DNA pada tumbuhan sendiri

diartikan sebagai pemisahan DNA dari zat – zat lain. Isolasi

DNA pada tumbuhan dibagi dalam dua metode yaitu metode

konvensional dan metode modifikasi. Metode konvensional

menggunakan Cetyl Trimethyl Ammonium Brommide (CTAB).

Prinsip isolasi DNA menggunakan Cetyl Trimethyl Ammonium

Brommide didasari pada pemisahan DNA dari protein dan

selulosa. Metode modifikasi menggunakan Quick Extract

Plant DNA Extraction Solution Kit dengan prinsip dasar

dengan menggunakan teknik pemanasan guna untuk pelisisan

dinding sel tumbuhan sehingga DNA dapat diisolasi

(Campbell, N.A. 2002).

2.3 Tahap Isolasi DNA

Suspensikan protoplas dalam medium A yang

mengandung sorbitol 0,275 M

Homogenkan 0,5 ml suspense dalam alat

penghomogen Dounce (10 pukulan ringan)

Lewatkan homogenate 1x melalui selapis Miracloth,

dan 2x melalui 3 lapis Miracloth

Tuangkan filtrate membentuk lapisan pada 4 ml

medium A yang mengandung sorbitol 0,4 M

Sentrifuga pada 400x selama 5 menit

Suspensikan pellet inti sel dalam medium A yang

mengandung sorbitol 0,275 M sehingga volume akhir

2 ml

Ulangi taha 4 dan 5 diatas untuk menghilangkan

serpihan protoplas, organel dan granul pati

Letakkan suspensi inti sel dalam bentuk lapisan pada 5

mlsorbitol 0,5 M dalam medium A dan 2 ml sorbitol

1,0 M dalam medium A

Sentrifuga pada 100x selama 3 menit

Ambil lapisan atas yang mengandung inti sel, dan

sentrifuga pada 400x g selama 5 menit

Suspensikan pellet dalam medium A yan mengandung

sorbitol 0,275

Ulangi 2x untuk memastikan bahwa partikel besar

seperti protoplas utuh yang kecil sudah benar-benar

dihilangkan (periksa di bawah mikroskop cahaya)

Hitung jumlah inti sel denan hematositometer, kalau

perlu (Wetter dan Constabel, 1991)

2.4 Manfaat Isolasi DNA

Untuk mendapatkan DNA murni

Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel.

Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan

secara enzimatik melalui teknik Hibridisasi Southern

Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan

pustaka genomik.

Isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedur rutin

peminakan DNA,

Isolasi DNA yang diperlukan sebagai cetakan

(template) dalam prosedur perbanyakan DNA secara

in vitro melalui teknik PCR (Istanti,1999).

BAB III

METODOLOGI

3.1 Alat dan Bahan

Alat:

Alat tulis menulis : untuk mencatat

Kamera : dokumentasi

Timbangan digital : menimbang bahan

Mortar dan pistils : menumbuk (menghaluskan) bahan

Gelas beker : wadah menghomogenkan bahan

Pipet : memindahkan cairan

Tabung reaksi : mereaksikan bahan

Pisau : mengiris bahan

Bahan :

Mangga (arum manis) 3 @5 gr: bahan

Detergen (padat, cair, bubuk) : meluruhkan dinding sel

Garam : memisahkan benang-benang DNA

Aquades 50 ml : pelarut

Alcohol 6 ml : untuk melihat benang-benang DNA

3.2 Cara Kerja

Siapkan alat dan bahan

↓

Timbang mangga 5 gr sebanyak 3x

\↓

Timbang masing-masing detergen 2,5 gr

↓

Kemudian masukkan kedua macam bahan tersebut kedalam

gelas beker dan tambahkan aquades 50 ml sebagai pelarut.

↓

ambil masing-masing bahan sebanyak 5 ml dan masukkan ke

dalam 3 tabung reaksi

↓

Tambahkan masing-masing tabung reaksi alcohol sebanyak 6

ml

↓

Amati perubahan

↓

Hasil

→ → →

→ → →

→ → →

→

3.3 Analisa Perlakuan

Mula-mula mangga di iris dan ditimbang sebanyak 5 ml

setelah itu haluskan dengan mortar dan pistils. Timbang juga

detergen sebanyak 2,5 gr dan camburkan kedua bahan tersebut

kedalam gelas beker yang telah ditambah aquades 50 ml

sebagai pelarut. Setelah homogen masukkan ke dalam tabung

reaksi dan tambahkan 6 ml alcohol dan amati perubahannya.

BAB IV

HASIL dan PEMBAHASAN

4.1 Hasil

a. detergen cair

b. detergen bubuk

c. detergen padat

4.2 Pembahasan

Terlihat pada gambar hasil praktikum bahwa DNA yang

terlihat paling banyak ialah yang menggunakan detergen

bubuk kemudian itu padat dan yang terakhir detergen cair. Hal

ini dimungkinkan karena bahan yang mengurai atau

melepaskan DNA dari sel cukup tinggi. Karena kandungan

masing-masing bahan aktif yang terkandung dalam tiga jenis

detergen tersebut berbeda. Menurut Wetter (1991) bahan

kimia yang mampu meluruhkan DNA dari sel merupakan

senyawa kuat namun tidak cukup kuat untuk menghancurkan

sel seluruhnya. Oleh karena itu, detergen bubuk memiliki

senyawa kimia tersebut. Disamping itu, larutnya detergen juga

mempengaruhi. Karena detergen bubuk strukturnya bubuk,

sehingga lebih mudah larut dibandingkan detergen padat.

Meskipun detergen cair malah lebih mudah larut, namun

kandungan bahan aktif yang mampu mengeluarkan DNA dari

sel tidak cukup kuat.

BAB V

PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Dari ketiga jenis detergen yang dipakai untuk meluruhkan

DNA, jenis detergen bubuklah mampu meluruhkan DNA yang

paling banyak. Kemudian diikuti oleh detergen padat dan

terakhir detergen cair.

5.2 Saran

Be a good assisten !!!!

DAFTAR PUSTAKA

Aditya.2010. Definisi Isolasi DNA.http://sharkest-

aditya.blogspot.com/2010/03/isolasidna.html#!/2010/0

3/isolasi-dna.html.

Campbell, N.A. 2002. Biologi 5th ed. Erlangga, Jakarta.

Iqbali.2012.Definition of DNA Isolation. http://

www.iqbalali.com /2012/08/isolasi-dna-sederhana.

html.

Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang: Jurusan Biologi

FMIPA UM.

Wetter, L.R dan F. Constabel. 1991. Metode Kultur Jaringan

Tanaman Edisi Kedua. Bandung: ITB Press.