ISOLASI DNA TANAMAN dan

ELEKTROFORESIS DNALaporan Praktikum Genetika

Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Kuliah Genetika (BI409)

Disusun oleh

Kelompok 1 Kelas B

Ridwan Maulana (0704739)

Adriana (0706685)

Eva Hafida (0704558)

Jeina Kranimulia Putri (0608383)

Noviyanti F (0704401)

Ratna Sari Murti (0700733)

Zea Zetina (0704479)

JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA

2010

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk

mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler DNA terdapat

pada nukleus mitikondria dan kloroplas Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus

berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon sedangkan DNA

mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon

Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas yaitu hanya mewariskan

sifat-sifat yang berasal dari garis ibu Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan

sifat dari kedua orangtua Dilihat dari organismenya struktur DNA prokariot tidak

memiliki protein histon dan berbentuk sirkular sedangkan DNA eukariot berbentuk linier

dan memiliki protein histon

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-

komponennya yaitu gula pentosa (deoksiribosa) gugus fosfat dan pasangan basa Sebuah

sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh

sistem kehidupan Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki

suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom DNA juga dapat diisolasi

baik pada manusia maupun tumbuhan DNA manusia dapat diisolasi melalui darah

Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih karena memiliki nukleus dimana

terdapat DNA didalamnya

DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontamoinasi oleh polisakarida

dan metabolit sekunder seperti tannin pigmen alkaloid dan flavonoid Salah satu

kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk

melepaskan isi sel Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat

dan pada beberapa tanaman kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat

Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim misalnya DNA tidak

sensitive oleh enzim retriksi dsan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan PCR

Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan

mengidentifikasi mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNARNA Cara

pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok

dalam teknologi DNA rekombinan dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk

pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA

12 Tujuan

1 Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman

2 Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA

13 Dasar Teori

Isolasi DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting

dalam makhluk hidup DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik

makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004 57)

Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom Genom meliputi bagian gen

yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme DNA genom meliputi gen

danintergen(Campbell dkk2004221)

DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk Organisme

prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular sedangkan organisme eukariotik mempunyai

DNA berbentuk linier DNA eukariot terletak dalam inti sel sedangkan DNA prokariot

terletak dalam sitoplasma (Jusuf 20017)

Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick Mereka

memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind

Franklin dan Maurice Wilkins Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA

merupakan rantai ganda (double helix) Untai ganda tersusun dari dua rantai

polinukelotida yang terpilin Kedua rantai memiliki susunan antiparalel yaitu satu rantai

berorientasi dari ujung 5rsquo ke 3rsquosedangkan yang lain berorientasi ujung 3rsquo ke 5rsquo Ujung 5rsquo

merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3rsquo berakhir dengan

gugus OH Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan

kedua basa nitrogen (Sadava dkk2004218--220)

Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada

DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen

Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi

menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin

dansitosin (Sadava dkk2004219)

DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut

dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup

Fungsi-fungsi tersebut adalah

1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava

dkk2004220)

2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-

molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk

mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)

DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada

mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat

berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari

protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002

94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA

ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu

esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan

perumbuhan dalam lokasi hidupnya

Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan

basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi

diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua

plasmid tereplikasi (Pierce2005203)

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada

dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan

campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat

molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada

bagian atas tabung

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu

supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)

Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen

dari campuran (Alberts dkk 1994 254)

Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA

Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)

dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA

Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida

yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru

Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm

dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA

diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm

dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada

260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah

sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi

protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio

260280 lebih rendah dari 18

DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi

menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang

berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal

Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih

lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi

diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan

untuk perbandingan identifikasi dan analisis

Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat

dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA

dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan

berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil

yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam

konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan

dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi

hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam

ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel

melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak

pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa

tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan

hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan

kimia KIRSMAN832010isolasi DNA

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik

dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini

dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul

misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan

melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang

berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub

positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap

massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan

dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati

dan kondisi elektris lingkungan

Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah

medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan

mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk

mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler DNA terdapat

pada nukleus mitikondria dan kloroplas Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus

berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon sedangkan DNA

mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon

Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas yaitu hanya mewariskan

sifat-sifat yang berasal dari garis ibu Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan

sifat dari kedua orangtua Dilihat dari organismenya struktur DNA prokariot tidak

memiliki protein histon dan berbentuk sirkular sedangkan DNA eukariot berbentuk linier

dan memiliki protein histon

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-

komponennya yaitu gula pentosa (deoksiribosa) gugus fosfat dan pasangan basa Sebuah

sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh

sistem kehidupan Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki

suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom DNA juga dapat diisolasi

baik pada manusia maupun tumbuhan DNA manusia dapat diisolasi melalui darah

Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih karena memiliki nukleus dimana

terdapat DNA didalamnya

DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontamoinasi oleh polisakarida

dan metabolit sekunder seperti tannin pigmen alkaloid dan flavonoid Salah satu

kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk

melepaskan isi sel Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat

dan pada beberapa tanaman kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat

Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim misalnya DNA tidak

sensitive oleh enzim retriksi dsan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan PCR

Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan

mengidentifikasi mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNARNA Cara

pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok

dalam teknologi DNA rekombinan dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk

pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA

12 Tujuan

1 Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman

2 Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA

13 Dasar Teori

Isolasi DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting

dalam makhluk hidup DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik

makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004 57)

Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom Genom meliputi bagian gen

yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme DNA genom meliputi gen

danintergen(Campbell dkk2004221)

DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk Organisme

prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular sedangkan organisme eukariotik mempunyai

DNA berbentuk linier DNA eukariot terletak dalam inti sel sedangkan DNA prokariot

terletak dalam sitoplasma (Jusuf 20017)

Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick Mereka

memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind

Franklin dan Maurice Wilkins Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA

merupakan rantai ganda (double helix) Untai ganda tersusun dari dua rantai

polinukelotida yang terpilin Kedua rantai memiliki susunan antiparalel yaitu satu rantai

berorientasi dari ujung 5rsquo ke 3rsquosedangkan yang lain berorientasi ujung 3rsquo ke 5rsquo Ujung 5rsquo

merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3rsquo berakhir dengan

gugus OH Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan

kedua basa nitrogen (Sadava dkk2004218--220)

Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada

DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen

Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi

menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin

dansitosin (Sadava dkk2004219)

DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut

dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup

Fungsi-fungsi tersebut adalah

1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava

dkk2004220)

2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-

molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk

mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)

DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada

mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat

berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari

protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002

94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA

ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu

esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan

perumbuhan dalam lokasi hidupnya

Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan

basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi

diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua

plasmid tereplikasi (Pierce2005203)

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada

dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan

campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat

molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada

bagian atas tabung

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu

supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)

Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen

dari campuran (Alberts dkk 1994 254)

Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA

Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)

dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA

Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida

yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru

Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm

dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA

diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm

dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada

260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah

sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi

protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio

260280 lebih rendah dari 18

DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi

menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang

berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal

Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih

lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi

diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan

untuk perbandingan identifikasi dan analisis

Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat

dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA

dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan

berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil

yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam

konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan

dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi

hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam

ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel

melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak

pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa

tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan

hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan

kimia KIRSMAN832010isolasi DNA

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik

dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini

dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul

misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan

melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang

berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub

positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap

massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan

dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati

dan kondisi elektris lingkungan

Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah

medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan

mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA

Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan

mengidentifikasi mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNARNA Cara

pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok

dalam teknologi DNA rekombinan dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk

pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA

12 Tujuan

1 Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman

2 Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA

13 Dasar Teori

Isolasi DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting

dalam makhluk hidup DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik

makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004 57)

Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom Genom meliputi bagian gen

yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme DNA genom meliputi gen

danintergen(Campbell dkk2004221)

DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk Organisme

prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular sedangkan organisme eukariotik mempunyai

DNA berbentuk linier DNA eukariot terletak dalam inti sel sedangkan DNA prokariot

terletak dalam sitoplasma (Jusuf 20017)

Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick Mereka

memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind

Franklin dan Maurice Wilkins Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA

merupakan rantai ganda (double helix) Untai ganda tersusun dari dua rantai

polinukelotida yang terpilin Kedua rantai memiliki susunan antiparalel yaitu satu rantai

berorientasi dari ujung 5rsquo ke 3rsquosedangkan yang lain berorientasi ujung 3rsquo ke 5rsquo Ujung 5rsquo

merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3rsquo berakhir dengan

gugus OH Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan

kedua basa nitrogen (Sadava dkk2004218--220)

Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada

DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen

Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi

menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin

dansitosin (Sadava dkk2004219)

DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut

dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup

Fungsi-fungsi tersebut adalah

1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava

dkk2004220)

2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-

molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk

mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)

DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada

mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat

berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari

protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002

94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA

ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu

esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan

perumbuhan dalam lokasi hidupnya

Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan

basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi

diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua

plasmid tereplikasi (Pierce2005203)

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada

dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan

campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat

molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada

bagian atas tabung

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu

supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)

Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen

dari campuran (Alberts dkk 1994 254)

Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA

Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)

dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA

Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida

yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru

Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm

dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA

diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm

dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada

260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah

sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi

protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio

260280 lebih rendah dari 18

DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi

menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang

berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal

Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih

lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi

diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan

untuk perbandingan identifikasi dan analisis

Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat

dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA

dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan

berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil

yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam

konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan

dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi

hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam

ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel

melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak

pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa

tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan

hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan

kimia KIRSMAN832010isolasi DNA

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik

dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini

dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul

misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan

melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang

berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub

positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap

massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan

dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati

dan kondisi elektris lingkungan

Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah

medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan

mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA

Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada

DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen

Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi

menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin

dansitosin (Sadava dkk2004219)

DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut

dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup

Fungsi-fungsi tersebut adalah

1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava

dkk2004220)

2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-

molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk

mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)

DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada

mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat

berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari

protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002

94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA

ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu

esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan

perumbuhan dalam lokasi hidupnya

Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan

basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi

diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua

plasmid tereplikasi (Pierce2005203)

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada

dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan

campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat

molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada

bagian atas tabung

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu

supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)

Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen

dari campuran (Alberts dkk 1994 254)

Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA

Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)

dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA

Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida

yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru

Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm

dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA

diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm

dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada

260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah

sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi

protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio

260280 lebih rendah dari 18

DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi

menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang

berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal

Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih

lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi

diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan

untuk perbandingan identifikasi dan analisis

Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat

dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA

dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan

berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil

yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam

konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan

dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi

hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam

ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel

melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak

pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa

tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan

hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan

kimia KIRSMAN832010isolasi DNA

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik

dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini

dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul

misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan

melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang

berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub

positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap

massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan

dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati

dan kondisi elektris lingkungan

Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah

medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan

mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA

molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada

bagian atas tabung

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu

supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)

Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen

dari campuran (Alberts dkk 1994 254)

Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA

Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)

dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA

Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida

yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru

Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm

dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA

diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm

dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada

260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah

sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi

protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio

260280 lebih rendah dari 18

DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi

menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang

berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal

Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih

lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi

diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan

untuk perbandingan identifikasi dan analisis

Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat

dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA

dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan

berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil

yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam

konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan

dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi

hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam

ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel

melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak

pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa

tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan

hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan

kimia KIRSMAN832010isolasi DNA

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik

dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini

dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul

misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan

melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang

berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub

positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap

massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan

dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati

dan kondisi elektris lingkungan

Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah

medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan

mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA

konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan

dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi

hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam

ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel

melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak

pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa

tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan

hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan

kimia KIRSMAN832010isolasi DNA

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik

dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini

dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul

misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan

melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang

berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub

positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap

massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan

dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati

dan kondisi elektris lingkungan

Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah

medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan

mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA

Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV

Jenis Elektroforesis

Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase

diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion

kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem

pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat

terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion

pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut

Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk

memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel

kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-

protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan

poliakrilamida sebagai gel media

14 Metode Kerja

Isolasi DNA Tanaman

Alat

mikrovivet berbagai ukuran

tabung 15 ml

tips mikropipet berbagai ukuran

saringan

gelas kimia

sendok

penangas

vorteks

mini sentrifuga

blender lumping

Bahan

buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB

2)

Potasium asetat 5 M

SDS 20

Kloroform Isoamil alcohol (241)

Alkohol 100 (pa)

TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)

Buah strowberi

CTAB 2

Elektoforesis DNA

Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel

Agarose Seaparsi optimal dari

molekul DNA (Kb)

03 50-60

06 10-20

07 08-10

09 05-70

12 04-60

15 02-40

20 01-30

Bahan kimia

Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )

Eidium bromida

Loading buffer

DNA Marker

Agarose

Alat dan bahan

Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)

Power suply

Mikropipet digital

Transilluminator UV

BAB II

HASIL PENGAMATAN

Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan

Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit

Warna merah muda

Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x

Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit

Larutan Bening

DNA

Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan

Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye

Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )

Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA

Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna

PERTANYAAN DAN JAWABAN

Isolasi DNA

1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18

Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x

Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x

Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-

senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses

destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA

SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi

protein

Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih

menempel pada kromosom

Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat

Elektroforesis DNA

1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda

2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA

berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan

pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan

berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu

UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses

pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna

yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida

akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah

lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

BAB III

PEMBAHASAN

Isolasi DNA

Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry

Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu

mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang

buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan

dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer

ekstraksi

Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut

yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya

sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan

pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan

hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis

sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks

(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu

dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan

larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya

Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi

tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak

lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan

tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim

endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris

EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan

detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan

EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease

Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah

dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah

Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan

Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

Elektoforesis DNA

Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel

Agarose Seaparsi optimal dari

molekul DNA (Kb)

03 50-60

06 10-20

07 08-10

09 05-70

12 04-60

15 02-40

20 01-30

Bahan kimia

Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )

Eidium bromida

Loading buffer

DNA Marker

Agarose

Alat dan bahan

Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)

Power suply

Mikropipet digital

Transilluminator UV

BAB II

HASIL PENGAMATAN

Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan

Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit

Warna merah muda

Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x

Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit

Larutan Bening

DNA

Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan

Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye

Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )

Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA

Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna

PERTANYAAN DAN JAWABAN

Isolasi DNA

1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18

Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x

Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x

Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-

senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses

destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA

SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi

protein

Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih

menempel pada kromosom

Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat

Elektroforesis DNA

1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda

2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA

berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan

pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan

berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu

UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses

pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna

yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida

akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah

lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

BAB III

PEMBAHASAN

Isolasi DNA

Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry

Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu

mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang

buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan

dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer

ekstraksi

Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut

yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya

sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan

pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan

hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis

sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks

(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu

dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan

larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya

Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi

tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak

lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan

tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim

endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris

EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan

detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan

EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease

Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah

dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah

Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan

Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

BAB II

HASIL PENGAMATAN

Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan

Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit

Warna merah muda

Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x

Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit

Larutan Bening

DNA

Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan

Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye

Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )

Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA

Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna

PERTANYAAN DAN JAWABAN

Isolasi DNA

1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18

Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x

Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x

Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-

senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses

destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA

SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi

protein

Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih

menempel pada kromosom

Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat

Elektroforesis DNA

1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda

2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA

berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan

pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan

berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu

UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses

pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna

yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida

akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah

lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

BAB III

PEMBAHASAN

Isolasi DNA

Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry

Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu

mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang

buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan

dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer

ekstraksi

Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut

yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya

sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan

pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan

hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis

sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks

(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu

dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan

larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya

Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi

tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak

lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan

tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim

endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris

EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan

detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan

EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease

Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah

dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah

Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan

Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan

Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye

Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )

Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA

Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna

PERTANYAAN DAN JAWABAN

Isolasi DNA

1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18

Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x

Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x

Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-

senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses

destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA

SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi

protein

Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih

menempel pada kromosom

Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat

Elektroforesis DNA

1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda

2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA

berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan

pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan

berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu

UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses

pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna

yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida

akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah

lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

BAB III

PEMBAHASAN

Isolasi DNA

Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry

Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu

mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang

buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan

dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer

ekstraksi

Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut

yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya

sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan

pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan

hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis

sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks

(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu

dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan

larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya

Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi

tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak

lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan

tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim

endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris

EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan

detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan

EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease

Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah

dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah

Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan

Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )

Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA

Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna

PERTANYAAN DAN JAWABAN

Isolasi DNA

1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18

Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x

Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x

Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-

senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses

destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA

SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi

protein

Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih

menempel pada kromosom

Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat

Elektroforesis DNA

1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda

2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA

berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan

pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan

berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu

UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses

pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna

yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida

akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah

lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

BAB III

PEMBAHASAN

Isolasi DNA

Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry

Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu

mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang

buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan

dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer

ekstraksi

Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut

yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya

sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan

pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan

hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis

sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks

(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu

dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan

larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya

Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi

tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak

lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan

tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim

endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris

EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan

detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan

EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease

Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah

dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah

Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan

Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

PERTANYAAN DAN JAWABAN

Isolasi DNA

1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18

Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x

Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x

Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-

senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses

destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA

SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi

protein

Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih

menempel pada kromosom

Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat

Elektroforesis DNA

1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda

2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA

berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan

pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan

berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu

UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses

pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna

yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida

akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah

lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo

BAB III

PEMBAHASAN

Isolasi DNA

Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry

Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu

mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang

buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan

dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer

ekstraksi

Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut

yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya

sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan

pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan

hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis

sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks

(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu

dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan

larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya

Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi

tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak

lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan

tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim

endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris

EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan

detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan

EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease

Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah

dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah

Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan

Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

BAB III

PEMBAHASAN

Isolasi DNA

Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry

Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu

mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang

buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan

dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer

ekstraksi

Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut

yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya

sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan

pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan

hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis

sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks

(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu

dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan

larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya

Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi

tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak

lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan

tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim

endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris

EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan

detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan

EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease

Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah

dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah

Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan

Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein

sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris

sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit

Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak

dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa

atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut

juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari

zat-zat lainnya

Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)

yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom

sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian

alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam

alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi

protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap

presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai

DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang

menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-

benang endapan DNA pada dasar tabung

Pembahasan Elektroforesis

Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan

menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah

penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan

dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb

Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi

dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida

sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk

DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV

Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita

DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami

ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA

bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar

Bab IV

Kesimpulan

DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada

praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung

sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan

isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam

larutan purifikasi dan presipitasi

Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan

Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang

DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari

proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya

tertentu

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

DAFTAR PUSTAKA

Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA

httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml

httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )

httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna

buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml

httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)

Lampiran Gambar

Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet

Sentrifuge

Pipet Ukur

• FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
• • PENDAHULUAN
  • • Isolasi DNA Tanaman
    • Elektoforesis DNA
    • BAB II

Pipet Ukur

• FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
• • PENDAHULUAN
  • • Isolasi DNA Tanaman
    • Elektoforesis DNA
    • BAB II