LAPORAN AKHIR TAHUNAN KEGIATAN PENELITIAN TAHUN ANGGARAN 2017-2019

(Periode Maret-November 2019)

DR. IRMA SHITA ARLYZA

PUSAT PENELITIAN OSEANOGRAFI LEMBAGA ILMU PENGETAHUAN INDONESIA

2017

DNA BARCODING ORGANISME ASSOSIASI KARANG DAN IMPLIKASINYA TERHADAP TAKSONOMI DAN

MOLEKULER EKOLOGI

LEMBAR PENGESAHAN

1. Judul Kegiatan/Penelitian : DNA barcoding organisme assosiasi karang dan

implikasinya terhadap taksonomi dan molekuler ekologi

2. Sub Kegiatan : DIPA Tematik P2O LIPI

3. Peneliti Kepala :

Dr. Irma Shita Arlyza

Perempuan

4. Lama Penelitian :

2017

2019

5. Tahun ke- : I (Pertama)

6. Total Biaya Keseluruhan : Rp. 900,000,000,-

Tahun I (2017) : Rp.300,000,000,-

Tahun II (2018) : Rp.300,000,000,-

Tahun III (2019) : Rp.300,000,000,-

Jakarta, 30 November 2017

Kepala Kelompok Penelitian Peneliti Kepala/Koordinator

Dr. Nurul Dhewani M.S. Dr. Irma Shita Arlyza

NIP. 196106241988032002 NIP. 197407302005022005

Kepala Pusat Penelitian Oseanografi LIPI Ketua PME Satker

Dr. Dirhamsyah, MA Dr. A’an Johan Wahyudi

NIP. 196112211981031001 NIP. 1983012022006041005

PENGANTAR

Jakarta, 30 November 2017

Tim Peneliti :

1. Dr. Irma Shita Arlyza

2. M. Reza Cardova, M.Si

3. Riyana Subandi

Peneliti Titipan Kerjasama Penelitian :

1. Onny Nurahman Marwayana, S.Si

Kontak :

Dr. Irma Shita Arlyza

08121971490

irma003@lipi.go.id

DAFTAR ISI

A. PENDAHULUAN 7

1. Latar Belakang 7

2. Permasalahan 8

3. Tujuan dan Saran 9

4. Hipotesis 9

B. PROSEDUR DAN METOLOGI 9

C. HASIL DAN PEMBAHASAN 14

D. KESIMPULAN DAN SARAN 17

E. REKAPITULASI PENGGUNAAN DANA 17

F. DAFTAR PUSTAKA 18

DAFTAR GAMBAR

Gambar 1. Wilayah Coral Triangle memiliki biodiversitas karang tertinggi di dunia

(Veron et al. 2007)

8

Gambar 2. Biodiversitas ikan karang di wilayah Coral Triangle Allen 2008

(unpublished)

8

Gambar 3. Kerangka berpikir dari kegiatan penelitian 10

Gambar 4. Peta lokasi sampling DNA barcoding organisme laut Indonesia

didasarkan pada Kochzius et al. (2009) dan Voris (2000)

13

Gambar 5. Ilustrasi buku DNA barcoding ikan Indonesia 16

DAFTAR TABEL

Tabel 1. Target taksa dan output dari DNA barcoding organisme laut assosiasi

karang Indonesia

11

Tabel 2. Lokasi dan waktu pengambilan sampel 12

Tabel 3. Target taksa dan output 2017 dari DNA barcoding organisme laut

assosiasi karang Indonesia

14

Tabel 4. Sampel lobster yang telah berhasil diblast 15

A. PENDAHULUAN 1. Latar Belakang

Marine Biological Resources adalah sumberdaya hayati (biodiversitas) yang berasal

dari laut yang dapat dimanfaatkan untuk kebutuhan hidup manusia dan kemakmuran bangsa.

Biodiversitas laut terkonsentrasi di wilayah Indo-Pasifik, dengan biodiversitas spesies

tertinggi berada di segitiga karang (Coral Triangle) di wilayah kepulauan Indo-Malay-

Filipina ((Roberts et al. 2002; Carpenter and Springer, 2005; Tittensor et al. 2010). Indonesia

memiliki biodiversitas laut yang jauh lebih tinggi dari kedua negara kepulauan lainnya,

menjadikannya pusat global (hotspot) biodiversitas laut (Allen 2007; Hoeksema 2007, Veron

et al. 2009) dan prioritas global bagi konservasi (Allen 2000; Briggs 2005; Hughes et al.

2002; Roberts et al. 2002; Wallace et al. 2001). Indonesia telah menjadi salah satu dari 17

negara yang memiliki biodiversitas laut tertinggi di dunia (Biodiversity Theme Report, 2001).

Selain itu, Indonesia memiliki keuntungan dengan posisi wilayah yang berada di jantung

Coral Triangle. Beberapa penelitian yang telah dilakukan di kawasan ini menunjukkan

adanya beberapa hambatan penyebaran organisme yang menyebabkan terjadinya struktur

pada populasi organisme laut di lautan Hindia dan Pasifik (Carpenter et al. 2011). Posisi

Indonesia yang berada diantara kedua lautan tersebut menjadikan negara ini sebagai target

penelitian yang menjanjikan dalam bidang kelautan, seperti yang telah dilakukan oleh

Plaisance et al. (2009) dan beberapa peneliti dunia lainnya (Crandall et al. 2014; DeBoer et

al. 2014; Jackson et al. 2014, Allen et al. 2013a).

Indonesia sebagai kawasan terluas dan terbesar dari wilayah Coral Triangle ternyata

masih belum tergali secara maksimal. Wilayah ini telah menjadi target penelitian kelautan

dunia, karena keberadaan biodiversitasnya yang sangat tinggi. Wilayah Coral Triangle

diketahui memiliki biodiversitas karang sebanyak 605 spesies dari 798 spesies karang dunia

dan wilayah kepala burung, Papua memiliki biodiversitas tertinggi (lihat Gambar 1.). Raja

Ampat merupakan kawasan yang memiliki biodiversitas karang terbesar di Indonesia dengan

jumlah spesiesnya mencapai 553 spesies karang (Veron et al. 2007).

Gambar 1. Wilayah Coral Triangle memiliki biodiversitas karang tertinggi di dunia (Veron et

al. 2007) Selain itu, wilayah Coral Triangle juga diketahui memiliki biodiversitas ikan karang tertinggi

didunia, dimana total ikan karang dunia ada sebanyak 6000 spesies (lihat Gambar 2.), 37%

(2228 spesies) hidup di Coral Triangle dan 56% hidup di wilalah Indo-Pasific (4050 spesies).

Sementara itu, ikan karang Indonesia diketahui ada sebanyak 2080 spesies (Froese and Pauly

2013). Menurut Allen 2008 (unpublished), wilayah Coral Triangle memiliki spesies ikan

karang endemik tertinggi, khususnya Indonesia, Philippines dan Papua New Guinea (PNG).

Gambar 2. Biodiversitas ikan karang di wilayah Coral Triangle Allen 2008 (unpublished)

2. Permasalahan

Indonesia dengan segala kelimpahan biodiversitas lautnya, ternyata memiliki

permasalahan pelik terkait dengan ketersediaan data dan informasi. Kurun waktu 10 tahun

terakhir ternyata ketersediaan data dan informasi biodiversitas laut Indonesia masih sangat

minim. Penemuan akan spesies baru ataupun catatan baru spesies banyak dihasilkan oleh

peneliti asing, seperti Paracheilinus rennyae, spesies baru ikan dari famili labridae yang

baru-baru ini dipublikasi oleh Allen et al., (2013b). Kalau kita amati dan cermati ternyata

biodiversitas laut Indonesia lebih banyak dimanfaatkan oleh peneliti asing dari pada peneliti

Indonesia sendiri. Sudah sepantasnya, peneliti Indonesia mulai bergiat melakukan eksplorasi

untuk menghasilkan temuan baru sehingga dapat mempublikasikan temuan tersebut pada

jurnal ilmiah bertaraf internasional.

3. Tujuan dan sasaran

Maksud dari usulan penelitian ini adalah untuk menghasilkan database lengkap

(specimen records, specimen with barcodes dan species with barcode) dari setiap organisme

laut. Catatan spesimen (specimen records) akan mencakup data-data taksonomi klasikal

dipadu dengan data taksonomi molecular (DNA barcode) untuk menghasilkan catatan

spesimen berbarcode (specimen with barcodes). Sedangkan untuk menghasilkan spesies

berbarcode (species with barcode) diperlukan data tambahan lain yaitu foto lengkap, populasi

dan distribusi selain dari DNA barcode organisme laut tersebut. Organisme assosiasi karang

yang dimaksud disini adalah ikan karang dan teripang. Sasaran dari penelitian ini adalah

untuk menghasilkan temuan spesies baru dan catatan baru spesies dari organisme laut

Indonesia.

4. Hipotesis

Pendekatan cepat yang dapat dilakukan untuk menghasilkan temuan ataupun catatan

baru spesies adalah dengan pendekatan molekuler. Pendekatan molekuler yang saat ini

sedang galak-galaknya digunakan untuk mengidentifikasi spesies adalah DNA barcoding.

Pendekatan pada skala DNA berbasis sekuensing ini telah terbukti dapat mengungkapkan

keanekaragaman organisme laut yang sangat tinggi.

B. PROSEDUR DAN METODE PENELITIAN

Metode penelitian akan mencakup desain pengambilan sampel, metode identifikasi

dan metode analisis. Desain pengambilan sampel terdiri dari area studi yang mencakup

wilayah Barat, Tengah dan Timur Indonesia, lokasi dan waktu penelitian secara detail

ditampilkan pada Tabel 2. Metode identifikasi awal di lapangan melalui pengamatan

langsung secara morfologi dengan bantuan buku identifikasi untuk masing-masing taksa.

Metode analisis dilakukan dengan pendekatan taksonomi klasikal dan molekuler dengan

pendekatan barcode DNA menggunakan marker genetik cytochrome oxidase I (COI)

(Knowlton et al. 1993; Knowlton et al. 2000; Ward et al. 2005; Ward et al. 2008; Emerson et

al. 2011). Mekanisme kegiatan secara detail dapat dilihat pada Gambar 3.

Gambar 3. Kerangka berpikir dari kegiatan penelitian

Organisme Laut Indonesia

Pendekatan klasikal (taksonomi tradisional)

Pendekatan molekuler (taksonomi molekuler)

Sampling lapangan

Identifikasi sampel awal

Analisis sampel

Spesies baru dan catatan baru spesies

Internasional Publikasi

Koleksi sampel langsung dialam; selam, koleksi bebas

Koleksi sampel di TPI/pengumpul teripang

Nasional

Barcode sampel

Koleksi sampel yang terdampar

Catatan baru spesies yang dimaksudkan disini adalah spesies yang selama ini diketahui memiliki sebaran tertentu tetapi ditemukan di

lokasi lain yang berbeda dan spesies yang diduga telah punah tetapi ditemukan kembali, seperti contoh pada ikan Coelacanth. Cakupan

lokasi pengambilan sampel yang merata di tiga wilayah utama Indonesia (Barat, Tengah dan Timur Indonesia) diharapkan dapat

menjawab interaksi karang dengan assosiasinya (ikan karang dan teripang), sebaran biodiversitas dan kelimpahan, diketahuinya

keanekaragaman genetik terkait dengan loss genetic diversity, molekuler ekologi dari target taksa dalam suatu populasi di tiga wilayah

Indonesia.

Tabel 1. Target taksa dan output dari DNA barcoding organisme laut assosiasi karang Indonesia

No. Sub Kel. penelitian

Famili/Group Koordinator Luaran/Dua Tahun Kegiatan

Vertebrata Koleksi spesimen

Koleksi DNA

Spesies baru/ Catatan baru spesies

Publikasi Nas./Internas.

1.

Ikan karang

Scaridae, Lethrinidae, Labridae, Serrinidae, Siganidae, Monacanthidae, Dasyatidae

Dr. Irma Shita Arlyza, Onny N. Marwayana, S.Si

10-50 50-100 1/2 2/2

Invertebrata Koleksi spesimen

Koleksi DNA

Spesies baru/ Catatan baru spesies

Publikasi Nas./Internas.

2.

Echinodermata (teripang), Coral

Holothuroidae

Dr. Irma Shita Arlyza memback up Ana Setyastuti, M.Si

10-30

15-30 1/1 1/-

Catatan: Luaran publikasi akan dihasilkan pada tahun kedua (ditahun pertama akhir diharapkan naskah publikasi minimal dalam status inprep)

Waktu dan Tempat Pelaksanaan

Kegiatan penelitian ini akan dilakukan di beberapa lokasi di kawasan Barat, Tengah

dan Timur Indonesia, seperti terlihat pada Tabel 2.

Tabel 2. Lokasi dan waktu pengambilan sampel

No. Lokasi Perkiraan waktu Titik sampling/pendekatan sampling 1. Kep. Selayar-Takabonerate Mei 2017 Pulau Jampea dan Bonerate; selam,

pendaratan ikan tradisional 2. Kep. Wakatobi Mei 2017 Wangi-wangi; selam, pendaratan ikan

tradisional dan pasar ikan; untuk wilayah Wakatobi lainnya dilakukan dengan pemesanan sampel

3. Kep. Supermonde Mei 2017 Pulau Bara Lompo; selam, pendaratan ikan tradisional

4. Pulau Sembilan Juni 2017 Pulau Sembilan; selam, pendaratan ikan tradisional, TPI

5. Kep. Derawan Juni 2017 Pulau Kakaban, pemesanan sampel ke nelayan

6. Teluk Tomini Juni 2017 Poso, Pasar ikan 7. Merauke April 2018 Sampling dipusatkan di Merauke, Supiori,

Misool, Jayapura; target pasar ikan dan pendaratan ikan tradisional untuk sampling wilayah lainnya dilakukan dengan pemesanan sampel

8. Pulau Misool April 2018 9. Pulau Supiori Mei 2018 10. Jayapura Mei 2018 11. Sorong Juni 2018 12. Pulau Yapen Juni 2018 13. Labuhan Bajo Maret 2019 Labuhan Bajo, Alor, Sumba, Rote, pasar

ikan dan pendaratan ikan tradisional untuk sampling wilayah lainnya dilakukan dengan pemesanan sampel

14. Pulau Lembata-Alor Maret 2019 15. Pulau Sumba-Rote Maret 2019 16. Pulau Kisar-Tanimbar April 2019 17. Pulau Jamdena April 2019 18. Pulau Shangihe-Talau Mei 2019 Shangihe, TPI 19. Pulau Ternate-Bacan Mei 2019 Bacan, TPI Catatan: Waktu dan target titik sampling akan disesuaikan dengan cuaca, rute

penyeberangan kapal dan rute penerbangan, lokasi sudah disampling.

Gambar 4. Peta lokasi sampling DNA barcoding organisme laut Indonesia didasarkan pada Kochzius et al. (2009) dan Voris (2000)

C. HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN

Hasil yang diharapkan dari penelitian DNA barcoding organisme laut Indonesia ini

adalah temuan baru dan catatan baru spesies yang berasal dari beberapa target taksa. Target

taksa dari penelitian ini akan dibagi menjadi dua yaitu vertebrata dan invertebrata. Taksa

vertebrata terdiri dari berbagai jenis ikan karang, sedangkan invertebrata akan fokus pada

teripang. Capaian target taksa menghasilkan minimal 4 temuan spesies baru dan 1-2 catatan

baru spesies sedang dalam proses analisis (Tabel 3).

1. Capaian 2017

Tabel 3. Target taksa dan output 2017 dari DNA barcoding organisme laut assosiasi karang Indonesia

No. Taksa Famili/Group Koordinator Luaran/Dua Tahun Kegiatan

Vertebrata Koleksi spesimen

Koleksi DNA

Spesies baru/ Catatan baru spesies

Publikasi Nas/Internas

1.

Ikan karang

Scaridae, Lethrinidae, Labridae, Serrinidae, Siganidae, Monacanthidae, Dasyatidae

Dr. Irma S. Arlyza backup Onny N. Marwayana, S.Si

179 179 4/0 0/2 (publikasi terlampir)

Invertebrata Koleksi spesimen

Koleksi DNA/ Seq.

Spesies baru/

Catatan baru

spesies

Publikasi Nas/Internas

2.

Echinodermata (teripang)

Holothuroidae

Dr. Irma S. Arlyza backup Ana Setyastuti, M.Si

10

0 0/0 0/-

3. Sea stars Dr. Irma S. Arlyza

3 0 0/0 0/-

4. Lobsters Dr. Irma S. Arlyza

54 40 0/0 0/-

5. Lola Dr. Irma S. Arlyza

3 0 0/0 0/-

6. Sea snake Dr. Irma S. Arlyza

1 0 0/0 0/-

2. Target spesies lobster

Tabel 4. Sampel lobster yang telah berhasil diblast

No. Sampel Kode seq. Spesies Blast 1 Lobster_Lombok IR1A Panulirus penicillatus 2 Lobster_Lombok IR1B Panulirus penicillatus 3 Lobster_Lombok IR1C Panulirus versicolor 4 Lobster_Lombok IR1D Panulirus versicolor 5 Lobster_Lombok IR1E Puerulus sp/Panulirus interruptus 6 Lobster_Lombok IR1F Panulirus longipes 7 Lobster_Lombok IR1G Panulirus longipes 8 Lobster_Lombok IR1H Panulirus homarus 9 Lobster_Lombok IR2A Panulirus homarus

10 Lobster_Lombok IR2B Panulirus ornatus 11 Lobster_Lombok IR2C Panulirus ornatus 12 Lobser_Barru IR2D Panulirus versicolor 13 Lobser_Barru IR2E Panulirus homarus 14 Lobser_Barru IR2F Panulirus ornatus 15 Lobser_Barru IR2G Panulirus marginatus/P. pascuensis/P. cygnus 16 Lobster_Nias IR2H Panulirus penicillatus 17 Lobster_Nias IR3A Panulirus penicillatus 18 Lobster_Nias IR3B Panulirus penicillatus 19 Lobster_Natuna IR3C Panulirus versicolor 20 Lobster_Natuna IR3D Panulirus longipes 21 Lobster_Selayar IR3E Panulirus versicolor 22 Lobster_Selayar IR3F Panulirus versicolor 23 Lobster_Selayar IR3G Panulirus versicolor 24 Lobster_Selayar IR3H Panulirus versicolor 25 P. Lobster_Selayar IR4A ??? 26 Lobster_Selayar IR4B Panulirus marginatus 27 Lobster_Selayar IR4C Panulirus marginatus 28 Lobster_Selayar IR4D Panulirus marginatus 29 Lobster_Selayar IR4E Panulirus marginatus 30 Lobster_Bone Bay IR4F Panulirus marginatus 31 Lobster_Bone Bay IR4G Panulirus versicolor 32 Lobster_Tual IR4H Panulirus versicolor 33 Lobster_Pemempek IR5A Puerulus sp./Panulirus interruptus 34 Lobster_Pemempek IR5B Panulirus homarus 35 Lobster_Pemempek IR5C Panulirus penicillatus 36 Lobster_Lombok IR5D Panulirus ornatus 37 Lobster_Lombok IR5E Panulirus homarus 38 Lobster_Lombok IR5F Panulirus homarus 39 T. Lobster_Lombok IR5G Puerulus sp./Panulirus interruptus 40 T. Lobster_Selayar IR5H Panulirus homarus

3. Target buku ikan

Cover buku (tampak depan) Cover buku (tampak belakang)

Isi buku

Gambar 5. Ilustrasi buku DNA barcoding ikan Indonesia

Target Spesies Ikan yang telah dikoleksi sebelumnya belum selesai semua

diidentifikasi dengan teknik nucleotide BLAST di website blast.ncbi.nlm.nih.gov. Sampel

ikan dari survey tahun ini telah diproses sampai tahap koleksi tissue untuk analisis DNA

tahap awal. Dikarenakan ada kegiatan training regional MARBest, laboratorium genetik perlu

direnovasi dan penambahan alat sehingga aktivitas analisis di laboratorium untuk sementara

terhenti dan dilanjutkan November 2017 s/d 2018.

Begitu juga tambahan Target Spesies Lobster dari beberapa wilayah antara lain

Makassar, Ujung Genteng, Batam, Sabang, dan Wakatobi belum selesai dianalisis DNAnya.

D. KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan dari kegiatan penelitian ini adalah :

1. Seefektif mungkin untuk menghasilkan karya untuk 2 publikasi internasional dengan

minimnya waktu untuk pengerjaan di laboratorium.

2. Target spesies ikan yang telah dikoleksi sebelumnya, berpeluang mendapatkan spesies

baru dari taksa Dasyatidae dan catatan baru spesies dari taksa ikan karang.

Saran dari kegiatan penelitian ini adalah :

1. Menghasilkan publikasi yang bagus bertarap internasional membutuhkan kualitas dan

kuantitas data yang memadai, itu semua akan terpenuhi bila sumber daya manusia juga

memadai dan mumpuni. Kegiatan penelitian ini membutuhkan tambahan pembantu

peneliti ditahapan analisis laboratorium.

E. REKAPITULASI PENGGUNAAN DANA

PERIODE 1 FEBRUARI S/D 30 NOVEMBER 2017 No. Jenis Belanja Pagu

Anggaran Daya Serap Sisa

Jumlah % Jumlah % 1. Honorarium penunjang

peneliti/perekayasa 0 0 0 0 0

2. Honorarium kegiatan seminar/rakor/sosialisasi/diseminasi/FGD/ kegiatan sejenis

0 0 0 0 0

3. Belanja Bahan (habis pakai) 168,724,000 100 0 0 4. Belanja Barang Non Operasional 9,106,000 100 0 0 5. Belanja Perjalanan lainnya 122,170,000 100 0 0 6. Kegiatan rapat/pertemuan di luar kantor

(dalam/luar kota) 0 0 0 0 0

7. Peralatan dan Mesin (rancang bangun) 0 0 0 0 0 Jumlah Seluruhnya 300,000,000

F. DAFTAR PUSTAKA

Allen G.R., White W.T., Erdmann M.V., 2013a. Two new species of snappers (Pisces: Lutjanidae: Lutjanus) from the Indo-West Pacific. Journal of the Ocean Science Foundation. 6:33-51.

Allen, G.R., Mark V. Erdmann and Ni Luh Astria Yusmalinda, 2013. Paracheilinus rennyae, a new species of flasherwrasse (Perciformes: Labridae) from southern Indonesia, aqua 19(4) pp. 193-206.

Allen, G.R., 2007. Conservation hotspots of biodiversity and endemism for Indo-Pacific coral reef fishes. Aquatic conservation: Marine and Freshwater Ecosystems 17:1-6.

Allen, G.R., 2000. Indo-Pacific coral-reef fishes as indicators of conservation hotspots. In Moosa, M.K., S. Soemodihardjo, A. Soegiarto, K. Romimohtarto, A. Nontji, Soekarno and Suharsono (ed.). Proceedings of the Ninth International Coral Reef Symposium, Bali. 23-27 Oct. 2000. Vol. 2:921-926.

Biodiversity Theme Report, 2001. The Meaning, Significance and Implications of Biodiversity (continued).

http://www.environment.gov.au/soe/2001/publications/theme-reports/biodiversity/biodiversity01-3.html

Briggs, J. C., 2005. The marine East Indies: diversity and speciation. Journal of Biogeography 32 (9), 1517-1522.

Carpenter K.E., Springer VG. 2005. The center of the center of marine shore fish biodiversity:

the Philippine Islands. Environ Biol Fish. 72:467–480. http://dx.doi.org/10.1007/s10641-004-3154-4.

Carpenter K.E., Barber P.H., Crandall E.D., Ablan-Lagman M.C.A., Ambariyanto, Mahardika G.N., Manjanji-Matsumoto B.M., Juinio-Menez M.A., Santos M.D., Starger C.J., Toha A.H.A., 2011. Comparative phylogeography of the Coral Triangle and implication for marine management. Journal of Marine Biology, article ID 396982, pp14.

Crandall, E.D., Treml, E.A., Liggins, L., Gleeson, L., Yasuda, N., Barber, P.H., Wörheide, G., Riginos, C., 2014. Return of the ghosts of dispersal past: historical spread and contemporary gene flow in the blue sea star Linckia laevigata. Bull Mar Sci. 90(1):000–000. http://dx.doi.org/10.5343/bms.2013.1052

DeBoer T.S., Naguit M.R.A., Erdmann M.V., A Ablan-Lagman M.C., Ambariyanto, Carpenter K.E., Toha A.H.A., Barber P.H., 2014. Concordant phylogenetic patterns inferred from mitochondrial and microsatellite DNA in the giant clam Tridacna crocea. Bull Mar Sci. 90(1):000–000. http://dx.doi.org/10.5343/bms.2013.1002

Emerson BC, Cicconardi F, Fanciulli PP, Shaw PJA. 2011. Phylogeny, phylogeography, phylobetadiversity and the molecular analysis of biological communities. Phil. Trans. R. Soc. B. 366 (1576): 2391-2402.

Froese, R. and D. Pauly. 2013. Fish Stocks. Vol. 3, p. 477-487 In: S. Levin (ed.) Encyclopedia of Biodiversity - Second Edition, Academic Press/Elsevier, Waltham M.A. [Updated version of Pauly and Froese’s 2001 entry in the 1st edition]

Hoeksema, B.W., 2007. Delineation of the Indo-Malayan Centre of Maximum Marine Biodiversity: The Coral Triangle Biogeography, Time, and Place: Distributions, Barriers, and Islands. Volume 29. 117-178.

Hughes, T.P., D.R. Bellwood and S.R. Connolly, 2002. Biodiversity hotspots, centres of endemicity, and the conservation of coral reefs. Ecology Letters 5:775-784.

Jackson, A.M., Ambariyanto, Erdmann, M.V., Toha, A. H. A., Stevens, L. A., Barber, P.H., 2014. Phylogeography of commercial tuna and mackerel in the Indonesian Archipelago. Bull Mar Sci. 90(1):000–000.

http://dx.doi.org/10.5343/bms.2012.1097

Knowlton N. 1993. Sibling Species in the Sea. Annual Review of Ecology and Systematics 24:189-216.

Knowlton N. 2000. Molecular genetic analyses of species boundaries in the sea. Hydrobiologia 420:73–90.

Kochzius M, Seidel C, Hauschild J, Kirchhoff S, Mester P, Meyer-Wachsmuth I, Nuryanto A, Timm J (2009) Genetic population structures of the blue starfish Linckia laevigata and its gastropod ectoparasite Thyca crystallina. Marine Ecology Progress Series 396:211-219. doi:10.3354/meps08281

Plaisance L., J. Caley, R. Brainard, C. Meyer, N. Knowlton. 2009. Standardized Sampling and DNA Barcoding for Assessing Coral Reefs Biodiversity. www.dnabarcodes2009.org/.

Roberts CM, McClean CJ, Veron JEN, Hawkins JP, Allen GR, McAllister DE, Mittermeier CG, Schueler FW, Spalding M, Wells F, et al. 2002. Marine biodiversity hotspots and conservation priorities for tropical reefs. Science. 295:1280–1284. PMid:11847338. http://dx.doi.org/10.1126/science.1067728.

Satheesh, S., S. G. Weesley. 2012. Diversity and distribution of seaweeds in the Kudankulam coastal waters, South-Eastern coast of India. Biodiversity Journal, 3 (1): 79-84.

Thorne-Miller Boyce, 1999. The living ocean: understanding and protecting marine biodiversity. United States of America. p213.

Tittensor DP, Mora C, Jetz W, Lotze HK, Ricard D, Vanden Berghe E, Worm B. 2010. Global patterns and predictors of marine biodiversity across taxa. Nature. 466(7310):1098–1101. http://dx.doi.org/10.1038/nature09329.

Veron, J.E.N., L. M. DeVantier, and E. Turak, 2007. Compiled from global distribution data of all coral species. Production by Stuart Kininmonth. A product of Coral Geographic. http://ctatlas.reefbase.org/coraltriangle.aspx.

Veron, J.E.N., L. M. DeVantier, E. Turak, A.L. Green, S. Kininmonth, M. Stafford-Smith and N. Peterson., 2009. Delineating the Coral Triangle. Galaxea, Journal of Coral Reef Studies 11: 91-100.

Voris HK (2000) Maps of Pleistocene sea levels in Southeast Asia: shorelines, river systems and time durations. Journal of Biogeography 27 (5):1153-1167. doi:10.1046/j.1365-2699.2000.00489.x

Wallace, C.C., & Z. Richards & Suharsono, 2001. Regional Distribution Patterns of Acropora And Their Use In The Conservation Of Coral Reefs In Indonesia. Proyek Pesisir, Volume 4, No.1.

Ward RD, Zemlak TS, Innes BH, Last PR, Hebert PDN. 2005. DNA barcoding Australia's fish spesies. Phil. Trans. R. Soc. B 360:1847-1857.

Ward RD, Holmes BH, White WT, Last PR. 2008. DNA barcoding Australasian chondrichthyans: results and potential uses in conservation. Journal Marine and Freshwater Research, CSIRO PUBLISHING 59:57–71.

G. LAMPIRAN Data dan Analisis data

1. Batam

No. Jenis/Kelompok Lokasi Keterangan

1 Kerapu1 Pulau Abang Kecil

2 Kerapu2 Pulau Abang Kecil

3 Siganus sp.1 Pulau Abang Kecil

4 Siganus sp.2a Pulau Abang Kecil

5 Siganus sp.2b Pulau Abang Kecil

6 Siganus sp.2c Pulau Abang Kecil

7 Myripristis sp. Pulau Abang Kecil

8 Siganus sp.3 Pulau Abang Kecil

9 Myripristis sp. Pulau Abang Kecil

10 Pempheris sp.1a Pulau Abang Kecil

11 Pempheris sp.1 Pulau Abang Kecil

12 Caetodon sp.1a Pulau Abang Kecil

13 Caetodon sp.1b Pulau Abang Kecil

14 Caetodon sp.1c Pulau Abang Kecil

15 Caetodon sp.2 Pulau Abang Kecil

16 Caetodon sp.3 Pulau Abang Kecil

17 Siganus sp. (dot kuning) Pulau Abang Kecil

18 Ikan karang1 Pulau Abang Kecil

19 Ikan karang2 Pulau Abang Kecil

20 Ikan karang3 Pulau Abang Kecil

21 Ikan karang4 Pulau Abang Kecil

22 Ikan karang5 Pulau Abang Kecil

23 Kerapu Pulau Abang Kecil

24 Cumi/Cotong karang Pulau Abang Kecil

25 Kepiting Pulau Abang Kecil

26 Kerapu3 Kijang, Bintan

27 Kerapu4 Kijang, Bintan

28 Kerapu5 (totol gelap) Piayu, Batam

29 Kerapu6 (sunu pucat totol kecil) Piayu, Batam

30 Kerapu7 (gelap) Piayu, Batam

31 Kerapu8 (totol merah) Piayu, Batam

32 Karangidae (bias kuning) Piayu, Batam

33 Kakak tua Piayu, Batam

34 Ikan sebelah Piayu, Batam

35 Lobster kipas (pucat) Piayu, Batam

2. Sabang

No. Jenis/Kelompok Lokasi Keterangan 1 Kakak tua1 Sabang 2 Kakak tua2 Sabang 3 Kerapu1 Sabang

4 Kerapu2 Sabang 5 Kerapu3 Sabang 6 Ikan karang1 Sabang 7 Ikan karang2 Sabang 8 Ikan karang3 Sabang 9 Ikan karang4 Sabang 10 Ikan karang5 Sabang 11 Ikan karang6 Sabang 12 Ikan karang7 Sabang 13 Kerapu4 Sabang 14 Kerapu5 Sabang 15 Kerapu6 Sabang 16 Kerapu7 Sabang 17 Kerapu8 Sabang 18 Ikan karang8 Sabang 19 Ikan karang9 Sabang 20 Ikan karang10 Sabang 21 Ikan karang13 Sabang 22 Ikan karang14 Sabang 23 Kerapu11 Sabang 24 Kerapu12 Sabang 25 Ikan karang15 Sabang 26 Ikan karang16 Sabang 27 Ikan karang17 Sabang

28 Ikan karang18 Sabang 29 Kakak tua3 Sabang 30 Kakak tua4 Sabang 31 Ikan karang19 Sabang 32 Kakak tua5 Sabang 33 Kakak tua6 Sabang 34 Kakak tua7 Sabang 35 Kakak tua8 Sabang 36 Kakak tua9 Sabang 37 Lobster1 (bambu) Sabang 38 Lobster2 Sabang 39 Lobster3 (batik) Sabang 40 Lobster4 (batik) Sabang 41 Lobster5 (batik) Sabang 42 Lobster6 Sabang 43 Lobster7 (mutiara) Sabang 44 Lobster8 Sabang 45 Teripang 6 ekor Sabang 46 Lola 3 ekor Sabang

3. Wakatobi

No. Jenis/Kelompok Lokasi Keterangan 1 Kerapu1 Wangi-wangi 2 Ikan karang1 Wangi-wangi 3 Ikan karang2 Wangi-wangi

4 Ikan karang3 Wangi-wangi 5 Ikan karang4 Wangi-wangi 6 Ikan karang5 Wangi-wangi 7 Ikan karang6 Wangi-wangi 8 Ikan karang7 Wangi-wangi 9 Ikan karang8 Wangi-wangi 10 Ikan karang9 Wangi-wangi 11 Ikan karang10 Wangi-wangi 12 Ikan karang11 Wangi-wangi 13 Ikan karang12 Wangi-wangi 14 Kerapu2 Wangi-wangi 15 Kerapu3 Wangi-wangi 16 Kerapu4 Wangi-wangi 17 Kerapu5 Wangi-wangi 18 Ikan karang13 Wangi-wangi 19 Ikan karang14 Wangi-wangi

20 Kerapu6 Wangi-wangi 21 Kerapu7 Wangi-wangi 22 Kerapu8 Wangi-wangi 23 Kerapu9 Wangi-wangi 24 Kerapu10 Wangi-wangi 25 Kerapu11 Wangi-wangi 26 Kerapu12 Wangi-wangi 27 Ikan karang15 Wangi-wangi 28 Ikan karang16 Wangi-wangi 29 Ikan karang17 Wangi-wangi 30 Ikan karang18 Wangi-wangi 31 Ikan karang19 Wangi-wangi 32 Napoleon2 Wangi-wangi 33 Kerapu13 Wangi-wangi 34 Kerapu14 Wangi-wangi 35 Kerapu15 Wangi-wangi 36 Kerapu16 Wangi-wangi 37 Lobster1 (bambu) Wangi-wangi 38 Lobster2 (bambu) Wangi-wangi 39 Lobster3 (batik) Wangi-wangi 40 Lobster4 (batik) Wangi-wangi 41 Terpang (bersih isi pencernaan 2 ekor) Wangi-wangi

5. Ternate

No. Jenis/Kelompok Lokasi Keterangan 1 Ikan karang1 Ternate 2 Ikan karang2 Ternate 3 Ikan karang3 Ternate 4 Lutjanus1 Ternate 5 Ikan karang4 Ternate 6 Lutjanus2 Ternate 7 Ikan karang5 Ternate 8 Ikan karang6 Ternate 9 Ikan karang7 Ternate 10 Gymnocranius1 Ternate 11 Kerapu1 Ternate 12 Kerapu2 Ternate 13 Kerapu3 Ternate 14 Kerapu4 Ternate 15 Kerapu5 Ternate 16 Kerapu6 Ternate 17 Kerapu7 Ternate 18 Kerapu8 Ternate 19 Kerapu9 Ternate 20 Kerapu10 Ternate

21 Kerapu11 Ternate 22 Kerapu12 Ternate 23 Kerapu13 Ternate 24 Kerapu14 Ternate 25 Kerapu15 Ternate 26 Kerapu16 Ternate 27 Kerapu17 Ternate 28 Kerapu18 Ternate 29 Kerapu19 Ternate 30 Kerapu20 Ternate 31 Kerapu21 Ternate 32 Ikan karang8 Ternate 33 Ikan karang9 Ternate 34 Ikan karang10 Ternate 35 Ikan karang11 Ternate 36 Ikan karang12 Ternate 37 Ikan karang13 Ternate 38 Ikan karang14 Ternate 39 Ikan karang15 Ternate 40 Ikan karang16 Ternate 41 Ikan karang17 Ternate 42 Ikan karang18 Ternate 43 Kerapu21 Ternate 44 Ikan karang19 Ternate 45 Siganus1 Ternate 46 Siganus2 Ternate 47 Gymnocranius2 Ternate 48 Gymnocranius3 Ternate 49 Gymnocranius4 Ternate 50 Gymnocranius5 Ternate 51 Gymnocranius6 Ternate 52 Kuda laut1 Ternate 53 Ikan karang20 Ternate 54 Ikan karang21 Ternate 55 Ikan karang22 Ternate 56 Ikan karang23 Ternate 57 Ikan karang24 Ternate 58 Ikan karang25 Ternate 59 Ikan karang26 Ternate 60 Ikan karang27 Ternate 61 Ikan karang28 Ternate 62 Ikan karang29 Ternate 63 Ikan karang30 Ternate 64 Ikan karang31 Ternate 65 Ikan karang32 Ternate 66 Ikan karang33 Ternate 67 Ikan karang34 Ternate 68 Ikan karang35 Ternate 69 Ikan karang36 Ternate 70 Kuda laut2 Ternate 71 Ikan karang37 Ternate

72 Ikan karang38 Ternate 73 Kuda laut3 Ternate 74 Ular belang putih-hitam Ternate 75 Bintang laut1 Ternate 76 Bintang laut2 Ternate 77 Bintang laut3 Ternate

Abstrak publikasi

Acceptance publikasi

Rencana Kerja Tahun Berikutnya (2018): 1. Melanjutkan analisis DNA barcoding untuk sampel 2017 yang belum selesai

dikerjakan. 2. Mengumpulkan sampel dari lokasi yang belum disampling.

3. Membuat data portal DNA barcoding ikan dan menyelesaikan buku “DNA Barcode of Indonesian Fish”.