Lap Resmi P2

36
LAPORAN RESMI PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER PRAKTIKUM II ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN Disusun Oleh : Indra Irfanudin (115010734) M. Ilzam Haq (115010735) LABORATORIUM KIMIA FARMASI FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS WAHID HASYIM 1

description

laporan resmi

Transcript of Lap Resmi P2

Page 1: Lap Resmi P2

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

PRAKTIKUM II

ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

Disusun Oleh :

Indra Irfanudin (115010734)

M. Ilzam Haq (115010735)

LABORATORIUM KIMIA FARMASI

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS WAHID HASYIM

SEMARANG

2012

1

Page 2: Lap Resmi P2

PERCOBAAN 2

ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

I. TUJUAN

1. Mahasiswa mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat

mendeteksi hasil ekspresi gen.

2. Mahasiswa dapat mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari

manusia dengan gen beberapa organisme lain.

II. DASAR TEORI

1. Ekspresi Gen

Ekspresi gen adalah proses dimana informasi dari gen yang

digunakan dalam sintesis produk gen fungsional. Produk-produk ini

seringkali protein, tetapi dalam non-protein coding gen seperti gen rRNA

atau gen tRNA, produk adalah RNA fungsional. Proses ekspresi gen

digunakan oleh semua kehidupan yang dikenal - eukariota (termasuk

organisme multisel), prokariota (bakteri dan archaea) dan virus - untuk

menghasilkan mesin makromolekul untuk hidup (http://www.news-

medical.net/health/What-is-Gene-Expression-%28Indonesian%29.aspx,

2012)

Ekspresi gen terdiri dari dua tahap:

a. Transkripsi, proses pembuatan salinan RNA.

b. Translasi, proses sintesis polipeptida yang spesifik di dalam ribosom.

Proses transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA

menjadi sebuah polipeptida disebut dogma sentral (central dogma).

Dogma sentral berlaku pada prokariot dan eukariot. Namun, pada

eukariot ada tahap tambahan yang terjadi di antara transkripsi dan

2

Page 3: Lap Resmi P2

translasi yang disebut tahap pre-mRNA. Tahap pre-mRNA adalah untuk

menyeleksi mRNA yang akan dikirim keluar nukleus untuk

ditranslasikan di ribosom. Ekson merupakan mRNA yang akan dikirim

keluar nukleus untuk ditranslasikan, sedangkan intron merupakan mRNA

yang akan tetap berada di dalam nukleus karena kemungkinan mRNA

tersebut akan membentuk protein yang tidak fungsional (tidak berguna)

jika ditranslasikan. Intron kemudian akan terurai kembali untuk

membentuk rantai mRNA baru (http://id.wikipedia.org/wiki/Gen, 2012)

Dalam ekspresi gen genetika adalah tingkat yang paling

mendasar di mana genotipe menimbulkan fenotip. Kode genetik adalah

"ditafsirkan" oleh ekspresi gen, dan sifat dari produk ekspresi

menimbulkan fenotipe organisme

(http://www.news-medical.net/health/What-is-Gene-Expression-

%28Indonesian%29.aspx, 2012).

2. Homologi Protein

Homologi dipakai di bidang genetika bagi gen yang memiliki

kemiripan urutan (sekuens) basa DNA. Gen-gen yang homolog memiliki

banyak sekuens basa yang mirip, yang bila diekspresikan dapat

menghasilkan protein yang serupa dalam struktur dan fungsinya. Gen-

gen homolog ini, bila berasal dari spesies yang berbeda-beda, akan

membentuk keluarga gen (gene family) atau keluarga-besar gen (gene

superfamily). Apabila variasi sekuens ini menghasilkan protein dengan

fungsi berbeda atau tidak berfungsi, ia akan disebut sebagai alel.

Dari pengertian homologi ini kemudian diturunkan berbagai

istilah yang menggambarkan derajat kemiripan atau kejadian kemiripan

ini.

3

Page 4: Lap Resmi P2

Kromosom yang homolog adalah kromosom yang berpasangan

(sinapsis) pada waktu proses meiosis (pada profase I) terjadi.

Pemasangan ini terjadi akibat kedua kromosom tersebut memiliki

kesamaan (tetapi tidak identik) pada urutan basanya

(http://id.wikipedia.org/wiki/Homologi_%28biologi%29, 2012).

Metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat

dikategorikan kedalam dua kelompok, yaitu metode pemodelan protein

komperatif dan metode pemodelan de novo. Pemodelan protein

komperatif meramalkan suatu protein berdasarkan struktur protein yang

lain telah diketahui salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan

homologi yaitu prediksi struktur tersier berdasarkan atas kesamaan

struktur primer protein.

Pemodelan homologi didasarkan atas teori bahwa dua protein

yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Pada

metode ini struktur suatu protein disebut dengan protein target yang

diketahui dan memiliki kemiripan. Sekuens dengan protein target, selain

itu pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan atas

kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer, latar belakang

protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi

daripada sekuens protein selama evolusi.

Dalam pendekatan de novo atau abinito struktur primer di

tentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur

protein lain. Terdapat banyak kemungkinan misalnya dengan menirukan

proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primer menjadi struktur

tersier misalnya dengan simulasi dinamika molekuler atau dengan

optimasi global fungsi energi protein. Prosedur-prosedur ini cenderung

membutuhkan proses komputasi yang intens sehingga saat ini hanya

4

Page 5: Lap Resmi P2

digunakan dalam menentukkan struktur protein-protein kecil

(http://kuhascexpress.blogspot.com/2010/12/prediksi-struktur-

protein.html, 2012)

3. Estrogen Receptor 1

Reseptor estrogen mengacu pada sekelompok reseptor yang

diaktifkan oleh 17β-estradiol hormon (estrogen). Dua jenis reseptor

estrogen yang ada: ER, yang merupakan anggota keluarga reseptor

hormon nuklir intraseluler, dan estrogen G protein-coupled reseptor

GPR30 (GPER), yang merupakan reseptor protein G-coupled. Artikel ini

merujuk ke ER reseptor hormon nuklir.

Fungsi utama dari reseptor estrogen sebagai faktor transkripsi

DNA-mengikat yang mengatur ekspresi gen. Namun, reseptor estrogen

memiliki fungsi tambahan independen dari mengikat DNA.

Kedua reseptor estrogen secara luas dinyatakan dalam jenis

jaringan yang berbeda, namun ada beberapa perbedaan penting dalam

pola ekspresi mereka:

a. ERα ditemukan dalam endometrium, sel-sel kanker payudara, sel

stroma ovarium, dan hipotalamus Pada laki-laki, protein ERα

ditemukan dalam epitel duktus eferen.

b. Ekspresi protein ERβ telah didokumentasikan dalam ginjal, otak,

tulang, jantung, paru-paru, mukosa usus, prostat, dan sel endotel.

Seluruh ERs dianggap akan reseptor sitoplasmik di negara

unliganded mereka, tetapi penelitian visualisasi telah menunjukkan

bahwa sebagian kecil dari seluruh ERs berada dalam inti. The "ERα"

transkrip primer menimbulkan varian alternatif disambung beberapa

fungsi yang tidak diketahui.

5

Page 6: Lap Resmi P2

Ada dua bentuk yang berbeda dari reseptor estrogen, biasanya

disebut sebagai α dan β, masing-masing dikodekan oleh gen terpisah

(ESR1 dan ESR2, masing-masing). Hormon-reseptor estrogen yang

diaktifkan bentuk dimer, dan, karena dua bentuk yang coexpressed di

banyak jenis sel, reseptor dapat membentuk ERα (αα) atau ERβ (ββ)

homodimers atau ERαβ (αβ) heterodimer. Estrogen reseptor alfa dan beta

menunjukkan homologi urutan signifikan secara keseluruhan, dan kedua

terdiri dari lima domain (http://en.wikipedia.org/wiki/Estrogen_receptor,

2012).

Reseptor estrogen 1 mengkodekan reseptor estrogen, suatu

ligan-faktor transkripsi yang diaktifkan terdiri dari beberapa domain

penting untuk mengikat hormon, mengikat DNA, dan aktivasi transkripsi.

Protein melokalisasi ke inti di mana ia mungkin membentuk homodimer

atau heterodimer dengan reseptor estrogen 2. Estrogen dan reseptornya

sangat penting untuk perkembangan seksual dan fungsi reproduksi, tetapi

juga memainkan peran dalam jaringan lain seperti tulang. Reseptor

estrogen juga terlibat dalam proses patologis termasuk kanker payudara,

kanker endometrium, dan osteoporosis. Alternatif splicing transkrip hasil

dalam beberapa varian, yang berbeda dalam UTRs 5 mereka dan

menggunakan promotor berbeda

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2099, 2012).

4. KCNE1-like (KSNE1L)

KCNE1-seperti juga dikenal sebagai KCNE1L adalah protein

yang pada manusia dikodekan oleh gen KCNE1L

(http://en.wikipedia.org/wiki/KCNE1L, 2012).

Tegangan-gated kalium (Kv) saluran mewakili kelas paling

kompleks dari tegangan-gated ion channel dari sudut pandang fungsional

6

Page 7: Lap Resmi P2

dan struktural. Berbagai fungsi mereka termasuk rilis neurotransmiter

yang mengatur, denyut jantung, sekresi insulin, rangsangan saraf,

transportasi elektrolit epitel, kontraksi otot polos, dan volume sel. Gen ini

mengkode protein membran yang memiliki kemiripan urutan dengan

produk gen KCNE1, anggota saluran kalium, tegangan-gated, ISK-terkait

subfamili. Gen ini intronless dihapus dalam sindrom gen AMME

berdekatan dan mungkin terlibat dalam kelainan jantung dan neurologis

ditemukan dalam gen sindrom AMME berdekatan

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/23630, 2012).

7

Page 8: Lap Resmi P2

III.CARA KERJA

1. Analisis Ekspresi Gen

Buka situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov).

Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan

dianalisis (NM_012282).

Pilih gen yang akan dianalisis.

Copy sekuens dalam region CDS.

Buka situs NCBI lagi kemudian klik ORF Finder (buka situs

www.ncbi.nlm,nih.gov/gorf/gorf.html)

Masukkan sekuens CDS yang telah dicopy ke kolom FASTA Format-V.

Klik OrfFind, akan muncul 6 frame.

Klik frame tersebut satu persatu maka akan muncul sekuen asam amino

hasil transkripsi dari CDS yang telah dimasuki tadi. Carilah frame mana

yang merupakan sekuens gen pengkode protein target dengan

mencocokkam sekuen asam amino yang didapat dengan sekuen asam

amino pada tampilan awal identitas gen.

8

Page 9: Lap Resmi P2

2. Homologi protein

Buka situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov).

Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan

dianalisis (NM_000125 dan NM_012282).

Tentukan gen yang akan dianalisis homologi proteinnya, copy kode

proteinnya.

Buka situs NCBI lagi, masukkan kode protein pada kotak search protein,

KLIK.

Copy sekuens asam aminonya.

Klik menu BLAST, paste sekuens asam amino pada kotak QUERY untuk

mencari homologinya.

Tekan BLAST.

Lakukan analisis lebih lanjut mengenai homologi protein terhadap

sekuens asam amino yang dimasukkan tadi, yaitu pada organisme lain

selain Homo sapiens, perhatikan scorenya.

9

Page 10: Lap Resmi P2

IV. ANALISIS DATA

1. Analisis Ekspresi Gen

Kode Gen : NM_000075.2

Nama Gen : Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4

CDS : 288 - 1139

Panjang : 690 base pair

Hasil ORF Finder

Frame ORFAsam Amino

PanjangStart

KodonStop

Kodon+1 1 229 690 7 ATG 1 TGA+2 1 38 117 1 ATG 1 TGA+2 1 40 123 2 ATG 1 TGA-1 1 36 111 2 ATG 1 TAA-2 1 97 293 1 ATG 1 TAA

ORF Finder (Open Reading Frame Finder)

PubMed Entrez BLAST OMIM Taxonomy Structure

Anonymous

Frame from to Length

+1 163..85

1690

-2 1..29

3293

+2 647..76

9123

+2 512..62

8117

-1 115..22

5111

10

Page 11: Lap Resmi P2

a. Frame +1

b.

Length: 229 aac. 163 atggacgtctgtgccacatcccgaactgaccgggagatcaaggtad. M D V C A T S R T D R E I K V e. 208 accctggtgtttgagcatgtagaccaggacctaaggacatatctgf. T L V F E H V D Q D L R T Y L g. 253 gacaaggcacccccaccaggcttgccagccgaaacgatcaaggath. D K A P P P G L P A E T I K D i. 298 ctgatgcgccagtttctaagaggcctagatttccttcatgccaatj. L M R Q F L R G L D F L H A N k. 343 tgcatcgttcaccgagatctgaagccagagaacattctggtgacal. C I V H R D L K P E N I L V T m. 388 agtggtggaacagtcaagctggctgactttggcctggccagaatcn. S G G T V K L A D F G L A R I o. 433 tacagctaccagatggcacttacacccgtggttgttacactctggp. Y S Y Q M A L T P V V V T L W q. 478 taccgagctcccgaagttcttctgcagtccacatatgcaacacctr. Y R A P E V L L Q S T Y A T P s. 523 gtggacatgtggagtgttggctgtatctttgcagagatgtttcgtt. V D M W S V G C I F A E M F R u. 568 cgaaagcctctcttctgtggaaactctgaagccgaccagttgggcv. R K P L F C G N S E A D Q L G w. 613 aaaatctttgacctgattgggctgcctccagaggatgactggcctx. K I F D L I G L P P E D D W P y. 658 cgagatgtatccctgccccgtggagcctttccccccagagggcccz. R D V S L P R G A F P P R G P aa. 703

cgcccagtgcagtcggtggtacctgagatggaggagtcgggagcabb. R P V Q S V V P E M E E S G

A cc. 748

cagctgctgctggaaatgctgacttttaacccacacaagcgaatcdd. Q L L L E M L T F N P H K R

I

11

Page 12: Lap Resmi P2

ee. 793 tctgcctttcgagctctgcagcactcttatctacataaggatgaa

ff. S A F R A L Q H S Y L H K D E

gg. 838 ggtaatccggagtga 852 hh. G N P E *

Frame from to Length

+1 163..

851 690

-2 1..

293 293

+2 647..

769 123

+2 512..

628 117

-1 115..

225 111

b) Frame +2

c)

Length: 38 aad) 512

atgcaacacctgtggacatgtggagtgttggctgtatctttgcage) M Q H L W T C G V L A V S L Q f) 557

agatgtttcgtcgaaagcctctcttctgtggaaactctgaagccgg) R C F V E S L S S V E T L K P h) 602 accagttgggcaaaatctttgacctga 628 i) T S W A K S L T *

Frame from to Length

+1 163..

851 690

-2 1..

293 293

+2 647..

769 123

+2 512..

628 117

12

Page 13: Lap Resmi P2

-1 115..

225 111

c) frame +2

d)

Length: 40 aae) 647

atgactggcctcgagatgtatccctgccccgtggagcctttccccf) M T G L E M Y P C P V E P F P g) 692

ccagagggccccgcccagtgcagtcggtggtacctgagatggaggh) P E G P A Q C S R W Y L R W R i) 737 agtcgggagcacagctgctgctggaaatgctga 769 j) S R E H S C C W K C *

Frame from to Length

+1 163..

851 690

-2 1..

293 293

+2 647..

769 123

+2 512..

628 117

-1 115..

225 111

d) Frame -1

13

Page 14: Lap Resmi P2

e)

Length: 36 aaf) 225 atgctcaaacaccagggttaccttgatctcccggtcagttcgggag) M L K H Q G Y L D L P V S S G h) 180 tgtggcacagacgtccatcagccggacaacattgggatgctcaaai) C G T D V H Q P D N I G M L K j) 135 agcctccagtcgcctcagtaa 115 k) S L Q S P Q *

Frame from to Length

+1 163..

851 690

-2 1..

293 293

+2 647..

769 123

+2 512..

628 117

-1 115..

225 111

e) Frame -2

f)

14

Page 15: Lap Resmi P2

Length: 97 aag) 293 ttgatcgtttcggctggcaagcctggtgggggtgccttgtccagah) L I V S A G K P G G G A L S R i) 248 tatgtccttaggtcctggtctacatgctcaaacaccagggttaccj) Y V L R S W S T C S N T R V T k) 203 ttgatctcccggtcagttcgggatgtggcacagacgtccatcagcl) L I S R S V R D V A Q T S I S m) 158 cggacaacattgggatgctcaaaagcctccagtcgcctcagtaaan) R T T L G C S K A S S R L S K o) 113 gccacctcacgaactgtgctgatgggaaggcctcctccacctcctp) A T S R T V L M G R P P P P P q) 68 cctccattggggactctcacactcttgagggccacaaagtggccar) P P L G T L T L L R A T K W P s) 23 ctgtggggatcacgggccttgta 1 t) L W G S R A L

Frame from to Length

+1 163..

851 690

-2 1..

293 293

+2 647..

769 123

+2 512..

628 117

-1 115..

225 111

Frame yang merupakan sekuen pengkode protein target yaitu frame

+1.

15

Page 16: Lap Resmi P2

2. Homologi Protein

a. Homo sapiens Estrogen Receptor Isoform 1

Kode mRNA : NM_000125

Kode Protein : NP_000116.2

Nama Protein : Homo sapiens estrogen receptor isoform 1

No. Kode Spesies Score bit1. NP_000116.2 Homo sapiens 12412. NP_001158059.1 Papio Anubis 12253. NP_001001443.1 Bos Taurus 11464. NP_001019402.1 Felis catus 11275. NP_999385.1 Sus scrofa 11226. NP_001075241.1 Equus caballus 10947. NP_031982.1 Mus musculus 10928. NP_036821.1 Rattus norveqiucus 10649. NP_990514.1 Gallus gallus 97710. NP_001070169.1 Taeniopygia guttata 96911. NP_0010883084.2 Xenopus laevis 84512. NP_988866.1 Xenopus (Silurana) tropicalis 766

Homologi :

Protein ini homolog dengan protein pada Papio anubis, dilihat

dari kedekatan nilai score bit.

16

Page 17: Lap Resmi P2

b. Potassium voltage-gated channel subfamily E member 1-like

protein [Homo sapiens]

Kode mRNA : NM_012282

Kode Protein : NP_036414

17

Page 18: Lap Resmi P2

Nama Protein : Potassium voltage-gated channel subfamily

E member 1-like protein [Homo sapiens]

No. Kode Spesies Score bit1. NP_0336414.1 Homo sapiens 2862. NP_001071343.1 Bos Taurus 2183. NP_001094473.1 Rattus novergicus 1964. NP_067462.1 Mus musculus 1865. NP_001082344.1 Zenopus laevis 86,76. NP_065599.1 Mus musculus 47,87. NP_071571.1 Rattus novergicus 47,88. NP_005463.1 Homo sapiens 47,89. NP_999258.1 Sus scrofa 46,610. NP_001082346.1 Xenopus laevis 43,111. NP_001009206.1 Felis catus 36,212. NP_001103292.1 Oryctolagus cuniculus 36,213. NP_037105.1 Rattus novergicus 3514. NP_999330.1 Sus scrofa 3515. NP_032450.1 Mus musculus 3516. NP_001071445.1 Bos Taurus 34,717. NP_000210.2 Homo sapiens 34,7

Homologi :

Protein ini homolog dengan protein pada Bos taurus, dilihat dari

kedekatan nilai score bit.

18

Page 19: Lap Resmi P2

c. Klasifikasi Ilmiah

1) Homo sapiens

19

Page 20: Lap Resmi P2

(http://id.wikipedia.org/wiki/Manusia, 2012)

2) Papio anubis

(http://en.wikipedia.org/wiki/Olive_baboon, 2012)

3) Bos taurus

(http://id.wikipedia.org/wiki/Sapi, 2012)

4) Felis catus

20

Page 21: Lap Resmi P2

(http://en.wikipedia.org/wiki/Cat, 2012)

5) Sus scrofa

(http://id.wikipedia.org/wiki/Babi_hutan, 2012)

6) Equus caballus

(http://en.wikipedia.org/wiki/Horse, 2012)

7) Mus musculus

21

Page 22: Lap Resmi P2

(http://en.wikipedia.org/wiki/House_mouse, 2012)

8) Rattus norvegicus

(http://en.wikipedia.org/wiki/Brown_rat, 2012)

9) Gallus gallus

(http://id.wikipedia.org/wiki/Ayam_hutan, 2012)

22

Page 23: Lap Resmi P2

10) Taeniopygia guttata

(http://commons.wikimedia.org/wiki/Taeniopygia_guttata,2012)

11) Xenopus laevis

(http://en.wikipedia.org/wiki/African_clawed_frog, 2012)

12) Xenopus (Silurana) tropicalis

(http://en.wikipedia.org/wiki/Western_clawed_frog, 2012)

23

Page 24: Lap Resmi P2

13) Oryctolagus cuniculus

(http://en.wikipedia.org/wiki/European_Rabbit, 2012)

V. PEMBAHASAN

Pada praktikum ini dilakukan analisis ekspresi gen dan homologi

protein. Analisis ekspresi gen dilakukan pada gen dengan kode NM_000075.2

yaitu gen cyclin-dependent pada homo sapiens. Sekuens yang digunakan

yaitu pada daerah origin CDS pada pasangan basa 288-1139. Pasangan basa

tersebut dicopy, kemudian di-pastekan pada Orf finder sehingga didapatkan 5

frame.

1. Frame +1 mempunyai 7 start kodon dan 1 stop kodon. Frame ini

mempunyai panjang 690 pasangan basa dan 229 asam amino. Pada

frame ini terdapat lebih dari satu start kodon, hal ini karena dalam setiap

rantai asam amino mungkin terdapat lebih dari satu metionin, sehingga

pada frame ini terdapat lebih dari 1 start kodon, dimana start kodon

tersebut akan ditranslasikan menjadi metionin.

2. Pada frame +2 mempunyai panjang 117 pasangan basa dan 38 asam

amino. Frame ini mempunyai satu start kodon dan satu stop kodon.

3. Frame +2 mempunyai panjang 123 pasangan basa dan 40 asam amino,

pada frame ini terdapat 2 start kodon dan 1 stop kodon,

24

Page 25: Lap Resmi P2

4. Frame -1 mempunyai panjang 111 pasangan basa dan 36 asam amino,

pada frame ini terdapat 2 start kodon dan 1 stop kodon

5. Frame -2 mempunyai panjang 293 pasangan basa dan 97 asam amino.

Pada frame ini terdapat satu start kodon dan satu stop kodon.

Untuk mendapatkan sekuen gen pengkode protein target, masing-

masing frame dicocokkan sekuens asam amino yang didapat pada frame

dengan sekuens asam amino pada identitas awal gen. Dari kelima frame

tersebut, kesamaan sekuens asam amino dengan sekuens asam amino pada

identitas awal gen didapatkan pada frame +1, sehingga frame +1 merupakan

sekuen pengkode protein target.

Pencarian homologi protein dilakukan pada dua gen, yaitu gen

dengan kode NM_000125 dan NM_000075.2.

1. NM_000125 mengekspresikan protein dengan kode NP_000116.2

(Homo sapiens estrogen receptor isoform 1). Dari percobaan didapatkan

bahwa protein tersebut homolog dengan protein pada Papio anubis

(Olive baboon),

2. NM_000075.2 mengekspresikan protein dengan kode NP_000066.1

(Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4). Dari percobaan didapatkan

bahwa protein ini homolog dengan protein pada synthetic construct.

Homologi protein adalah kemiripan struktus protein, pada praktikum

ini dilihat kemiripan struktur protein tertentu pada manusia dengan protein

pada organisme lain. Homologi protein dilihat dari maxsimal score yang

paling mendekati dengan maximal score pada manusia.

Uji homologi protein ini sangat berguna pada manusia dan dapat

digunakan untuk menggantikan protein secara eksogen apabila dalam tubuh

25

Page 26: Lap Resmi P2

manusia gagal mengahsilkan protein endogen. Misalnya pada penderita

diabetes yang mengalami kerusakan sel β dimana produksi insulin endogen

menurun dan kebutuhan insulin tidak tercukupi, sehingga membutuhkan

insulin eksogen. Dengan homologi protein maka dapat dicari insulin pada

organisme lain yang mempunyai kemiripan sangat tinggi dengan insulin pada

manusia, yang kemudian dapat digunakan sebagai terapi insulin eksogen.

VI. KESIMPULAN

1. Frame +1 merupakan sekuen pengkode protein target pada gen Homo

sapiens cyclin-dependent kinase 4

2. Protein Homo sapiens estrogen receptor isoform 1 homolog dengan

protein Papio anubis estrogen receptor isoform 1.

3. Protein Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4 homolog dengan

protein synthetic construct cyclin-dependent kinase 4

26

Page 27: Lap Resmi P2

VII. DAFTAR PUSTAKA

http://www.news-medical.net/health/What-is-Gene-Expression%28Indonesian%

29.aspx, diakses pada tanggal 2 Desember 2012

http://id.wikipedia.org/wiki/Gen, diakses pada tanggal 2 Desember 2012

http://id.wikipedia.org/wiki/Homologi_%28biologi%29, diakses pada tanggal 2

Desember 2012

http://kuhascexpress.blogspot.com/2010/12/prediksi-struktur-protein.html,

diakses pada tanggal 2 Desember 2012

http://en.wikipedia.org/wiki/Estrogen_receptor, diakses pada tanggal 2 Desember

2012

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2099, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://en.wikipedia.org/wiki/KCNE1L, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/23630, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://id.wikipedia.org/wiki/Manusia, diakses pada tanggal 2 Desember 2012

http://en.wikipedia.org/wiki/Olive_baboon, diakses pada tanggal 2 Desember

2012.

http://id.wikipedia.org/wiki/Sapi, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://en.wikipedia.org/wiki/Cat, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://id.wikipedia.org/wiki/Babi_hutan, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://en.wikipedia.org/wiki/Horse, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://en.wikipedia.org/wiki/House_mouse, diakses pada tanggal 2 Desember

2012.

http://en.wikipedia.org/wiki/Brown_rat, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://id.wikipedia.org/wiki/Ayam_hutan, diakses pada tanggal 2 Desember 2012.

http://en.wikipedia.org/wiki/African_clawed_frog, diakses pada tanggal 9 Januari

2012.

27